pos ref alt in_target n_oysters_with_alt alt_freq_Pum alt_freq_Qui alt_freq_Rio pop_differentiated cpg_destroying Pum1 Qui1 Qui2 Qui3 Qui4 Rio1 Rio2 Rio3 Rio4 101237021 A T True 1 0.0 0.094 0.059 False False 0.00/5 0.14/7 0.14/7 0.10/10 0.00/8 0.00/5 0.00/6 0.00/2 0.25/4 101237038 G T True 3 0.24 0.312 False False 0.00/3 0.00/5 0.17/6 0.25/8 0.50/6 0.20/5 0.20/5 0.00/2 0.75/4 101237058 A T True 1 0.0 0.0 0.056 False False 0.00/7 0.00/5 0.00/6 0.00/7 0.00/8 0.00/8 0.00/4 0.00/2 0.25/4 101237059 A C True 1 0.0 0.0 0.056 False False 0.00/7 0.00/5 0.00/6 0.00/7 0.00/8 0.00/8 0.00/4 0.00/2 0.25/4 101237060 T C True 1 0.0 0.0 0.059 False False 0.00/7 0.00/5 0.00/6 0.00/7 0.00/8 0.00/7 0.00/4 0.00/2 0.25/4 101237061 A G True 1 0.286 0.077 0.0 False False 0.29/7 0.20/5 0.00/6 0.00/7 0.12/8 0.00/8 0.00/4 0.00/2 0.00/4 101237063 G C True 1 0.0 0.0 0.071 False False 0.00/5 0.00/4 0.00/6 0.00/5 0.00/6 0.00/5 0.00/3 0.00/2 0.25/4 101237074 G C True 1 0.0 0.091 0.0 False False 0.00/6 0.00/4 0.29/7 0.00/6 0.00/5 0.00/4 0.00/3 0.00/2 0.00/3 101237075 G T True 1 0.0 0.091 0.0 False False 0.00/6 0.00/4 0.29/7 0.00/6 0.00/5 0.00/4 0.00/3 0.00/2 0.00/3 101237101 A T True 1 0.0 0.103 0.0 False False 0.00/8 0.40/5 0.14/7 0.00/8 0.00/9 0.00/6 0.00/1 0.00/2 0.00/4 101237138 C G True 1 0.167 False False 0.00/2 0.00/2 0.25/4 0.00/3 101237155 C A True 0 0.0 0.25 False False 0.00/2 0.00/2 0.00/4 0.00/3 1.00/1 101237162 G C True 1 0.0 0.0 0.083 False False 0.00/5 0.00/4 0.00/6 0.00/7 0.00/8 0.25/4 0.00/3 0.00/3 0.00/2 101237175 T C True 4 0.0 0.324 0.294 False False 0.00/8 0.00/4 0.29/7 0.30/10 0.46/13 0.43/7 0.33/3 0.00/4 0.33/3 101237244 A T True 1 0.0 0.0 0.048 False False 0.00/4 0.00/4 0.00/10 0.00/10 0.00/9 0.00/8 0.00/3 0.00/6 0.25/4 101237247 G C True 1 0.0 0.036 0.0 False False 0.00/4 0.25/4 0.00/10 0.00/8 0.00/6 0.00/7 0.00/3 0.00/6 0.00/2 101237249 A C True 1 0.0 0.029 0.0 False False 0.00/4 0.25/4 0.00/11 0.00/10 0.00/10 0.00/8 0.00/3 0.00/5 0.00/3 101237250 G C True 2 0.25 0.074 0.0 False False 0.25/4 0.25/4 0.00/10 0.14/7 0.00/6 0.00/7 0.00/3 0.00/5 0.00/2 101237252 G C True 1 0.25 0.0 0.0 False False 0.25/4 0.00/3 0.00/10 0.00/7 0.00/6 0.00/8 0.00/3 0.00/6 0.00/2 101237254 A T True 1 0.0 0.045 False False 0.00/3 0.00/3 0.00/11 0.00/9 0.00/10 0.00/9 0.25/4 0.00/6 0.00/3 101237267 A C True 1 0.0 0.0 0.042 False False 0.00/4 0.00/3 0.00/11 0.00/9 0.00/11 0.00/9 0.00/3 0.00/8 0.25/4 101237269 A C True 1 0.0 0.0 0.04 False False 0.00/4 0.00/3 0.00/11 0.00/10 0.00/11 0.00/9 0.00/4 0.00/8 0.25/4 101237273 A C True 1 0.0 0.0 0.04 False False 0.00/4 0.00/3 0.00/10 0.00/11 0.00/11 0.00/9 0.00/4 0.00/8 0.25/4 101237275 A C True 1 0.0 0.029 0.04 False False 0.00/4 0.00/3 0.00/11 0.10/10 0.00/10 0.00/9 0.00/4 0.00/8 0.25/4 101237278 A T True 1 0.0 0.139 0.208 False False 0.00/5 0.67/3 0.09/11 0.18/11 0.00/11 0.00/9 0.75/4 0.12/8 0.33/3 101237360 G A True 4 0.0 0.41 0.185 False True 0.00/10 0.00/3 0.50/8 0.47/17 0.36/11 0.45/11 0.00/5 0.00/8 0.00/3 101237401 G A True 1 0.182 0.057 0.0 False True 0.18/11 0.50/4 0.00/6 0.00/17 0.00/8 0.00/8 0.00/4 0.00/4 0.00/4 101237406 G A True 1 0.182 0.056 0.0 False True 0.18/11 0.50/4 0.00/7 0.00/17 0.00/8 0.00/8 0.00/4 0.00/4 0.00/6 101237420 G A True 1 0.182 0.054 0.0 False True 0.18/11 0.40/5 0.00/7 0.00/16 0.00/9 0.00/9 0.00/5 0.00/4 0.00/7 101237471 A G True 4 0.158 0.2 0.302 False False 0.16/19 0.29/7 0.21/14 0.24/21 0.08/13 0.17/12 0.44/9 0.36/11 0.27/11 101237489 A G True 1 0.0 0.21 0.146 False False 0.00/21 0.00/7 0.33/18 0.21/24 0.15/13 0.20/15 0.18/11 0.00/12 0.20/10 101237497 C G True 1 0.0 0.056 0.0 False False 0.00/4 0.00/2 0.00/6 0.00/6 0.25/4 0.00/3 0.00/2 0.00/1 0.00/2 101237499 G T True 1 0.071 0.043 0.0 False False 0.07/14 0.33/6 0.00/12 0.00/19 0.00/10 0.00/12 0.00/8 0.00/11 0.00/8 101237519 C A True 3 0.5 0.4 0.556 False False 0.50/4 0.50/2 0.33/6 0.67/6 0.17/6 0.67/3 0.33/3 1.00/1 0.50/2 101237551 G T True 3 0.167 0.208 0.222 False False 0.17/12 0.25/8 0.18/11 0.24/21 0.12/8 0.09/11 0.33/6 0.36/11 0.12/8 101237577 C T True 1 0.0 0.083 False True 0.00/3 0.00/2 0.00/5 0.00/5 0.00/8 0.00/4 0.25/4 0.00/2 0.00/2 101237589 T A True 3 0.25 0.207 0.19 False False 0.25/12 0.29/7 0.19/16 0.32/22 0.00/13 0.23/13 0.11/9 0.20/10 0.20/10 101237590 T G True 4 0.0 0.259 0.19 False False 0.00/12 0.00/7 0.38/16 0.36/22 0.08/13 0.08/13 0.33/9 0.00/10 0.40/10 101237595 C A True 1 0.0 0.083 False False 0.00/1 0.00/1 0.00/6 0.00/5 0.00/8 0.00/3 0.00/4 0.25/4 0.00/1 101237618 A G True 2 0.143 0.143 0.159 False False 0.14/7 0.14/7 0.06/17 0.28/18 0.07/14 0.07/14 0.25/8 0.18/11 0.18/11 101237619 A T True 8 0.286 0.527 0.435 False False 0.29/7 0.29/7 0.47/17 0.78/18 0.38/13 0.36/14 0.67/9 0.18/11 0.58/12 101237673 G C True 1 0.0 0.0 0.04 False False 0.00/4 0.00/4 0.00/7 0.00/11 0.00/6 0.00/5 0.25/4 0.00/8 0.00/8 101237674 G T True 2 0.0 0.036 0.08 False False 0.00/4 0.25/4 0.00/7 0.00/11 0.00/6 0.00/5 0.25/4 0.12/8 0.00/8 101237682 C A True 1 0.25 0.0 0.0 False False 0.25/4 0.00/1 0.00/4 0.00/5 0.00/4 0.00/5 0.00/3 0.00/4 0.00/3 101237719 G A True 1 0.25 0.0 0.0 False True 0.25/4 0.00/1 0.00/7 0.00/9 0.00/7 0.00/2 0.00/5 0.00/6 0.00/6 101237729 G T True 1 0.25 0.059 0.083 False False 0.25/4 0.00/1 0.00/5 0.20/5 0.00/6 0.50/2 0.00/1 0.00/5 0.00/4 101237731 C T True 1 0.0 0.167 0.083 False True 0.00/5 0.50/2 0.00/1 0.25/4 0.00/5 0.20/5 0.00/1 0.00/3 0.00/3 101237733 G A True 1 0.118 0.2 False True 0.00/3 0.00/1 0.00/5 0.40/5 0.00/6 0.50/2 1.00/1 0.00/3 0.00/4 101237744 G A True 1 0.087 0.062 False True 0.00/3 0.00/1 0.00/8 0.25/8 0.00/6 0.00/1 0.20/5 0.00/3 0.00/7 101237752 A G True 5 0.286 0.459 0.281 False False 0.29/7 0.00/3 0.70/10 0.73/11 0.15/13 0.14/7 0.56/9 0.00/5 0.27/11 101237828 A G True 1 0.0 0.122 0.026 False False 0.00/5 0.00/3 0.00/10 0.31/16 0.00/12 0.07/14 0.00/11 0.00/6 0.00/7 101237837 C A True 1 0.0 0.062 False False 0.00/2 0.00/2 0.00/3 0.00/6 0.00/5 0.25/4 0.00/2 0.00/5 101237839 T C True 1 0.0 0.098 0.146 False False 0.00/4 0.00/3 0.20/10 0.06/16 0.08/12 0.13/15 0.08/13 0.00/6 0.43/7 101237847 A T True 1 0.0 0.119 0.025 False False 0.00/4 0.00/3 0.00/10 0.29/17 0.00/12 0.00/15 0.08/12 0.00/7 0.00/6 101237877 G A True 1 0.138 0.0 False True 0.00/2 0.00/3 0.00/7 0.31/13 0.00/6 0.00/11 0.00/6 0.00/4 0.00/3 101237891 G A True 4 0.346 0.25 False True 0.00/3 0.00/3 0.62/8 0.36/11 0.00/4 0.27/11 0.43/7 0.00/4 0.00/2 101237931 A G True 1 0.25 0.0 0.027 False False 0.25/4 0.00/5 0.00/7 0.00/14 0.00/9 0.00/12 0.00/8 0.12/8 0.00/9 101237961 G A True 2 0.136 0.08 False True 0.00/3 0.00/2 0.00/4 0.30/10 0.00/6 0.00/8 0.25/8 0.00/5 0.00/4 101237978 G A True 1 0.053 0.091 False True 0.00/3 0.00/2 0.00/3 0.11/9 0.00/5 0.00/7 0.33/6 0.00/5 0.00/4 101237986 G A True 1 0.0 0.062 0.091 False True 0.00/4 0.00/1 0.00/3 0.14/7 0.00/5 0.00/7 0.33/6 0.00/5 0.00/4 101237988 A G True 1 0.0 0.043 0.067 False False 0.00/4 0.00/3 0.00/4 0.09/11 0.00/5 0.00/10 0.33/6 0.00/6 0.00/8