pos ref alt in_target n_oysters_with_alt alt_freq_Pum alt_freq_Qui alt_freq_Rio pop_differentiated cpg_destroying Pum1 Qui1 Qui2 Qui3 Qui4 Rio1 Rio2 Rio3 Rio4 38843010 A T True 1 0.0 0.0 0.107 False False 0.00/7 0.00/9 0.00/9 0.00/7 0.00/6 0.00/7 0.00/2 0.33/9 0.00/10 38843023 T A True 1 0.0 0.0 0.08 False False 0.00/6 0.00/8 0.00/9 0.00/8 0.00/8 0.00/6 0.00/2 0.25/8 0.00/9 38843029 A G True 3 0.0 0.219 0.192 False False 0.00/6 0.29/7 0.11/9 0.12/8 0.38/8 0.20/5 0.00/3 0.38/8 0.10/10 38843041 T A True 1 0.0 0.0 0.042 False False 0.00/7 0.00/8 0.00/8 0.00/6 0.00/7 0.00/5 0.25/4 0.00/7 0.00/8 38843047 C A True 1 0.0 0.095 0.0 False False 0.00/7 0.00/4 0.00/7 0.00/5 0.40/5 0.00/2 0.00/2 0.00/4 0.00/6 38843050 A G True 2 0.0 0.0 0.087 False False 0.00/9 0.00/7 0.00/8 0.00/6 0.00/7 0.00/6 0.25/4 0.25/4 0.00/9 38843054 T C True 1 0.0 0.0 0.043 False False 0.00/10 0.00/8 0.00/8 0.00/6 0.00/8 0.00/6 0.00/4 0.25/4 0.00/9 38843055 A T True 1 0.0 0.0 0.045 False False 0.00/10 0.00/8 0.00/8 0.00/6 0.00/8 0.00/5 0.00/4 0.25/4 0.00/9 38843057 A T True 1 0.0 0.0 0.045 False False 0.00/11 0.00/8 0.00/8 0.00/6 0.00/8 0.00/5 0.00/4 0.25/4 0.00/9 38843095 T A True 1 0.0 0.161 0.091 False False 0.00/10 0.08/13 0.80/5 0.00/5 0.00/8 0.00/5 0.20/5 0.00/1 0.09/11 38843098 C T True 1 0.0 0.2 0.091 False True 0.00/5 0.20/5 0.60/5 0.00/5 0.00/5 0.00/1 0.00/3 0.14/7 38843100 T C True 1 0.0 0.097 0.045 False False 0.00/10 0.00/14 0.60/5 0.00/4 0.00/8 0.00/5 0.00/5 0.00/1 0.09/11 38843129 G T True 4 0.167 0.733 0.727 False False 0.17/6 0.60/10 1.00/1 1.00/4 0.50/4 0.50/2 1.00/1 1.00/4 38843171 G T True 1 0.0 0.062 0.1 False False 0.00/5 0.12/8 0.00/4 0.00/4 0.25/4 0.00/2 0.00/4 38843224 G T True 1 0.0 0.071 0.0 False False 0.00/6 0.25/4 0.00/2 0.00/4 0.00/4 0.00/4 0.00/1 0.00/2 0.00/2 38843334 G A True 4 1.0 0.737 0.636 False True 1.00/7 0.67/6 1.00/6 0.50/6 1.00/1 0.67/3 0.33/3 1.00/2 0.67/3 38843341 A C True 1 0.0 0.0 0.048 False False 0.00/12 0.00/6 0.00/5 0.00/9 0.00/9 0.00/6 0.00/7 0.00/4 0.25/4 38843349 T A True 1 0.0 0.0 0.045 False False 0.00/12 0.00/6 0.00/5 0.00/9 0.00/8 0.00/6 0.00/7 0.00/5 0.25/4 38843357 C T True 3 1.0 0.923 0.75 False True 1.00/4 0.00/1 1.00/2 1.00/3 1.00/7 0.67/3 0.60/5 1.00/2 1.00/2 38843391 C A True 1 0.0 0.091 False False 0.00/3 0.00/1 0.00/2 0.00/2 0.00/4 0.00/4 0.25/4 0.00/1 0.00/2 38843402 A G True 1 0.0 0.0 0.036 False False 0.00/10 0.00/6 0.00/10 0.00/5 0.00/7 0.00/10 0.00/8 0.00/6 0.25/4 38843416 A G True 1 0.0 0.061 0.0 False False 0.00/13 0.29/7 0.00/12 0.00/6 0.00/8 0.00/12 0.00/8 0.00/6 0.00/4 38843464 C G True 1 0.0 0.0 0.111 False False 0.00/4 0.00/2 0.00/4 0.00/1 0.00/6 0.25/4 0.00/4 0.00/1 38843470 T A True 9 1.0 0.971 0.562 False False 1.00/10 0.80/5 1.00/15 1.00/6 1.00/8 0.45/11 0.50/8 0.86/7 0.50/6 38843479 A T True 9 1.0 0.971 0.556 False False 1.00/10 0.80/5 1.00/17 1.00/6 1.00/6 0.38/13 0.50/8 1.00/8 0.43/7 38843520 G C True 1 0.0 0.0 0.034 False False 0.00/10 0.00/4 0.00/12 0.00/7 0.00/2 0.00/11 0.25/4 0.00/8 0.00/6 38843543 T C True 5 0.4 0.613 0.139 False False 0.40/10 0.50/6 0.64/14 0.43/7 1.00/4 0.08/12 0.17/6 0.20/10 0.12/8 38843566 G A True 6 0.6 0.808 0.481 False True 0.60/5 0.50/4 1.00/12 0.57/7 1.00/3 0.22/9 0.50/4 1.00/8 0.17/6 38843581 G T True 1 0.0 0.0 0.036 False False 0.00/5 0.00/4 0.00/13 0.00/7 0.00/4 0.00/9 0.25/4 0.00/7 0.00/8 38843582 T C True 1 0.0 0.0 0.03 False False 0.00/9 0.00/6 0.00/16 0.00/6 0.00/5 0.00/11 0.25/4 0.00/9 0.00/9 38843583 T C True 1 0.0 0.0 0.031 False False 0.00/9 0.00/7 0.00/15 0.00/7 0.00/5 0.00/11 0.25/4 0.00/8 0.00/9 38843613 A G True 1 0.0 0.0 0.029 False False 0.00/9 0.00/9 0.00/13 0.00/8 0.00/5 0.00/10 0.25/4 0.00/10 0.00/10 38843614 T G True 1 0.0 0.0 0.029 False False 0.00/9 0.00/9 0.00/13 0.00/8 0.00/6 0.00/10 0.25/4 0.00/10 0.00/10 38843615 A G True 1 0.0 0.029 0.029 False False 0.00/9 0.00/9 0.08/13 0.00/7 0.00/6 0.00/10 0.25/4 0.00/10 0.00/10 38843616 A G True 1 0.0 0.0 0.03 False False 0.00/9 0.00/9 0.00/13 0.00/8 0.00/6 0.00/10 0.25/4 0.00/10 0.00/9 38843617 A G True 1 0.111 0.0 0.03 False False 0.11/9 0.00/9 0.00/13 0.00/8 0.00/6 0.00/10 0.25/4 0.00/10 0.00/9 38843618 T A True 1 0.0 0.0 0.03 False False 0.00/10 0.00/9 0.00/13 0.00/8 0.00/6 0.00/10 0.25/4 0.00/10 0.00/9 38843697 T A True 1 0.556 0.0 0.0 False False 0.56/9 0.00/7 0.00/5 0.00/3 0.00/4 0.00/7 0.00/5 0.00/5 0.00/7 38843711 T C True 2 0.286 0.133 0.13 False False 0.29/7 0.17/6 0.00/2 0.00/3 0.25/4 0.00/6 0.20/5 0.20/5 0.14/7 38843741 A G True 1 0.5 0.214 False False 0.00/3 0.20/5 1.00/1 1.00/1 0.67/3 0.00/4 0.25/4 1.00/1 0.20/5 38843742 T C True 1 0.2 0.071 False False 1.00/2 0.20/5 0.00/1 0.00/1 0.33/3 0.00/4 0.25/4 0.00/1 0.00/5 38843743 A T True 1 0.0 0.071 False False 0.00/2 0.00/5 0.00/1 0.00/1 0.00/3 0.25/4 0.00/4 0.00/1 0.00/5 38843744 A C True 1 0.0 0.071 False False 0.00/2 0.00/4 0.00/1 0.00/1 0.00/3 0.25/4 0.00/4 0.00/1 0.00/5 38843746 T C True 1 0.0 0.071 False False 0.00/1 0.00/4 0.00/1 0.00/3 0.25/4 0.00/4 0.00/1 0.00/5 38843748 A T True 1 0.429 0.167 False False 0.00/1 0.33/3 0.00/1 0.67/3 0.00/3 0.25/4 1.00/1 0.00/4 38843750 A C True 0 0.286 0.0 False False 1.00/1 0.00/3 0.00/1 0.67/3 0.00/3 0.00/4 0.00/4 38843752 A C True 1 0.091 False False 0.00/2 1.00/1 0.00/3 0.25/4 0.00/4