pos ref alt in_target n_oysters_with_alt alt_freq_Pum alt_freq_Qui alt_freq_Rio pop_differentiated cpg_destroying Pum1 Qui1 Qui2 Qui3 Qui4 Rio1 Rio2 Rio3 Rio4 3956002 G T True 4 0.2 0.435 0.176 False False 0.20/5 0.45/11 0.75/4 0.25/8 0.00/5 0.50/2 0.00/3 0.29/7 3956022 C A True 1 0.0 0.077 False False 0.00/2 0.00/3 0.00/7 0.00/9 0.00/10 0.00/3 0.25/4 0.00/1 0.00/5 3956024 C G True 1 0.0 0.077 False False 0.00/2 0.00/3 0.00/7 0.00/8 0.00/10 0.00/3 0.25/4 0.00/1 0.00/5 3956025 C A True 1 0.0 0.071 False False 0.00/2 0.00/3 0.00/7 0.00/8 0.00/10 0.00/4 0.25/4 0.00/1 0.00/5 3956026 C G True 1 0.0 0.077 False False 0.00/2 0.00/3 0.00/7 0.00/8 0.00/10 0.00/4 0.25/4 0.00/1 0.00/4 3956064 T G True 6 0.333 0.36 0.269 False False 0.33/9 0.00/1 0.39/18 0.33/15 0.38/16 0.00/7 0.00/4 0.40/5 0.50/10 3956068 G T True 2 0.167 0.174 0.308 False False 0.17/6 0.00/1 0.20/10 0.00/5 0.29/7 0.00/1 0.00/2 0.67/3 0.29/7 3956082 A C True 1 0.0 0.0 0.043 False False 0.00/7 0.00/1 0.00/15 0.00/15 0.00/15 0.00/5 0.00/5 0.25/4 0.00/9 3956099 T C True 1 0.0 0.022 0.04 False False 0.00/7 0.00/1 0.00/14 0.06/16 0.00/14 0.00/6 0.00/6 0.25/4 0.00/9 3956106 T C True 1 0.0 0.209 0.0 False False 0.00/7 0.00/1 0.25/12 0.20/15 0.20/15 0.00/6 0.00/5 0.00/4 0.00/9 3956134 A T True 1 0.0 0.0 0.042 False False 0.00/7 0.00/2 0.00/11 0.00/14 0.00/14 0.00/5 0.00/6 0.25/4 0.00/9 3956139 A G True 2 0.375 0.073 0.16 False False 0.38/8 0.00/2 0.00/11 0.08/13 0.13/15 0.00/5 0.33/6 0.20/5 0.11/9 3956160 T A True 2 0.429 0.049 0.125 False False 0.43/7 0.00/3 0.00/12 0.07/15 0.09/11 0.00/4 0.29/7 0.00/5 0.12/8 3956183 A T True 1 0.286 0.029 0.04 False False 0.29/7 0.00/3 0.00/10 0.00/12 0.10/10 0.00/4 0.17/6 0.00/6 0.00/9 3956186 T C True 1 0.286 0.0 0.0 False False 0.29/7 0.00/3 0.00/11 0.00/11 0.00/9 0.00/4 0.00/6 0.00/6 0.00/9 3956188 G T True 1 0.25 0.0 0.0 False False 0.25/4 0.00/2 0.00/3 0.00/2 0.00/5 0.00/1 0.00/4 0.00/3 0.00/3 3956196 T G True 1 0.2 0.059 0.182 False False 0.20/5 0.00/4 0.00/12 0.11/9 0.11/9 0.25/4 0.17/6 0.20/5 0.14/7 3956198 A G True 1 0.0 0.0 0.087 False False 0.00/5 0.00/4 0.00/12 0.00/9 0.00/10 0.00/4 0.00/6 0.00/5 0.25/8 3956209 T A True 1 0.0 0.097 0.095 False False 0.00/5 0.00/4 0.10/10 0.00/9 0.25/8 0.00/4 0.17/6 0.00/5 0.17/6 3956229 T C True 5 0.0 0.5 0.25 False False 0.00/4 0.00/5 0.75/12 0.33/6 0.56/9 0.33/3 0.25/4 0.00/4 0.33/9 3956232 T A True 1 0.25 0.0 0.0 False False 0.25/4 0.00/5 0.00/11 0.00/7 0.00/9 0.00/3 0.00/4 0.00/4 0.00/9 3956235 T C True 1 0.25 0.0 0.0 False False 0.25/4 0.00/5 0.00/11 0.00/7 0.00/9 0.00/3 0.00/4 0.00/4 0.00/9 3956236 T C True 1 0.25 0.0 0.0 False False 0.25/4 0.00/5 0.00/10 0.00/7 0.00/9 0.00/3 0.00/4 0.00/4 0.00/9 3956238 T A True 1 0.0 0.0 0.05 False False 0.00/4 0.00/5 0.00/10 0.00/6 0.00/9 0.00/3 0.25/4 0.00/4 0.00/9 3956240 A G True 1 0.25 0.0 0.0 False False 0.25/4 0.00/5 0.00/12 0.00/6 0.00/9 0.00/4 0.00/4 0.00/4 0.00/9 3956257 T C True 1 0.0 0.045 False False 0.00/1 0.00/5 0.00/11 0.00/6 0.00/7 0.00/5 0.25/4 0.00/4 0.00/9 3956258 T C True 1 0.0 0.045 False False 0.00/1 0.00/5 0.00/12 0.00/6 0.00/7 0.00/5 0.25/4 0.00/4 0.00/9 3956266 A G True 1 0.038 0.05 False False 0.00/2 0.00/5 0.00/11 0.20/5 0.00/5 0.00/5 0.00/2 0.25/4 0.00/9 3956267 T G True 1 0.0 0.05 False False 0.00/2 0.00/5 0.00/11 0.00/5 0.00/5 0.00/5 0.00/2 0.25/4 0.00/9 3956274 T G True 1 0.0 0.05 False False 0.00/2 0.00/4 0.00/12 0.00/6 0.00/5 0.00/5 0.00/2 0.25/4 0.00/9 3956282 C G True 1 0.048 0.0 False False 0.00/1 0.00/2 0.00/9 0.00/6 0.25/4 0.00/4 0.00/1 0.00/1 0.00/6 3956283 C A True 1 0.048 0.0 False False 0.00/1 0.00/2 0.00/9 0.00/6 0.25/4 0.00/4 0.00/1 0.00/1 0.00/6 3956335 A G True 1 0.0 0.056 False False 0.00/2 0.00/7 0.00/8 0.00/11 0.00/12 0.00/5 0.25/4 0.00/3 0.00/6 3956337 A G True 1 0.0 0.053 False False 0.00/2 0.00/7 0.00/7 0.00/11 0.00/12 0.00/5 0.25/4 0.00/3 0.00/7 3956340 C G True 1 0.0 0.182 False False 0.00/2 0.00/4 0.00/6 0.00/10 0.00/8 0.00/3 0.33/3 0.00/1 0.25/4 3956343 A G True 1 0.0 0.053 False False 0.00/2 0.00/6 0.00/6 0.00/11 0.00/10 0.00/5 0.25/4 0.00/3 0.00/7 3956440 A G True 1 0.0 0.053 False False 0.00/3 0.00/6 0.00/12 0.00/8 0.00/11 0.25/4 0.00/5 0.00/2 0.00/8 3956492 A G True 1 0.132 0.095 False False 0.00/3 0.00/7 0.21/14 0.00/6 0.18/11 0.25/4 0.00/8 0.00/2 0.14/7 3956518 T G True 1 0.03 0.0 False False 0.00/3 0.00/5 0.00/12 0.25/4 0.00/12 0.00/5 0.00/9 0.00/1 0.00/8 3956547 T A True 1 0.0 0.036 0.0 False False 0.00/4 0.00/4 0.00/11 0.25/4 0.00/9 0.00/9 0.00/8 0.00/1 0.00/7 3956579 T A True 1 0.13 0.08 False False 0.00/2 0.20/5 0.00/8 0.40/5 0.00/5 0.08/12 0.14/7 0.00/1 0.00/5 3956611 A G True 2 0.24 0.12 False False 0.33/3 0.00/4 0.38/8 0.30/10 0.00/3 0.15/13 0.12/8 0.00/1 0.00/3 3956643 C T True 1 0.211 0.0 False True 0.00/1 0.33/3 0.50/4 0.12/8 0.00/4 0.00/4 0.00/5 0.00/3 3956644 G T True 1 0.625 0.143 False False 0.67/3 0.33/3 1.00/4 0.00/1 0.10/10 0.33/3 0.00/1 3956737 T G True 1 0.136 0.0 False False 0.67/3 0.00/1 0.00/4 0.27/11 0.00/6 0.00/9 0.00/12 0.00/2 0.00/3 3956749 A G True 1 0.25 0.0 0.038 False False 0.25/4 0.00/1 0.00/5 0.00/10 0.00/6 0.10/10 0.00/11 0.00/2 0.00/3 3956750 A G True 1 0.25 0.0 0.0 False False 0.25/4 0.00/1 0.00/5 0.00/10 0.00/6 0.00/10 0.00/11 0.00/2 0.00/3 3956752 C G True 1 0.0 0.071 False False 0.50/2 0.00/2 0.00/4 0.00/3 0.25/4 0.00/6 0.00/1 0.00/3 3956787 C T True 0 0.333 0.25 False True 0.00/2 0.67/3 0.00/3 0.00/3 0.67/3 0.00/1 0.00/1 3956867 A G True 1 0.0 0.091 False False 0.00/3 0.00/1 0.00/1 0.00/8 0.00/6 0.25/4 0.00/4 0.00/2 0.00/1 3956873 T G True 2 0.6 0.1 True False 0.00/1 0.00/1 1.00/1 0.75/8 0.40/5 0.33/3 0.00/5 0.00/1 0.00/1 3956892 G T True 1 0.1 0.0 False False 0.00/1 0.25/4 0.00/5 0.00/4 0.00/1 3956894 G A True 1 0.308 0.143 False True 0.00/1 1.00/1 0.50/6 0.00/5 1.00/1 0.00/5 0.00/1 3956904 G A True 1 0.231 0.0 False True 0.00/2 0.50/6 0.00/5 0.00/1 0.00/5 0.00/1 3956928 A G True 1 0.158 0.0 False False 0.00/2 0.00/1 0.00/3 0.38/8 0.00/7 0.00/3 0.00/5 0.00/1 0.00/3 3956942 A G True 1 0.154 0.0 False False 0.00/2 0.00/1 0.00/1 0.00/4 0.29/7 0.00/1 0.00/4 0.00/1 0.00/2 3956952 G A True 1 0.091 0.0 False True 0.00/1 0.00/1 0.25/4 0.00/5 0.00/2 0.00/4 0.00/1 3956955 T A True 1 0.0 0.083 False False 0.00/2 0.00/1 0.00/3 0.00/8 0.00/7 0.00/3 0.00/4 0.00/1 0.25/4 3956956 C G True 1 0.0 0.2 False False 0.00/2 0.00/1 0.00/2 0.00/2 0.00/1 0.25/4 3956957 A T True 1 0.158 0.0 False False 0.00/2 0.00/1 0.00/3 0.00/8 0.43/7 0.00/3 0.00/4 0.00/1 0.00/4 3956968 G T True 1 0.231 0.0 False False 0.00/1 0.00/2 0.50/6 0.00/4 0.00/3 0.00/4 0.00/1