pos ref alt in_target n_oysters_with_alt alt_freq_Pum alt_freq_Qui alt_freq_Rio pop_differentiated cpg_destroying Pum1 Qui1 Qui2 Qui3 Qui4 Rio1 Rio2 Rio3 Rio4 1172002 C A True 1 0.0 0.125 False False 0.00/2 0.00/3 0.00/1 0.00/3 0.00/1 0.25/8 0.14/7 0.00/3 0.00/6 1172005 G T True 1 0.235 0.147 0.125 False False 0.24/17 0.20/10 0.00/8 0.12/8 0.25/8 0.12/42 0.08/13 0.22/9 0.12/16 1172021 T A True 2 0.25 0.019 0.13 False False 0.25/24 0.00/16 0.00/13 0.07/15 0.00/8 0.10/49 0.08/24 0.31/13 0.14/22 1172022 T A True 1 0.24 0.019 0.138 False False 0.24/25 0.00/16 0.00/15 0.07/14 0.00/8 0.12/50 0.08/24 0.31/13 0.14/22 1172025 C A True 2 0.3 0.389 False False 0.33/3 0.00/2 0.67/3 0.20/5 0.00/3 0.57/7 0.00/2 0.50/6 1172033 T A True 8 0.458 0.273 0.421 False False 0.46/24 0.25/16 0.19/16 0.33/15 0.38/8 0.32/50 0.52/25 0.50/12 0.50/20 1172041 C A True 1 0.25 0.0 0.056 False False 0.25/4 0.00/2 0.00/3 0.00/5 0.00/1 0.00/3 0.00/7 0.00/2 0.17/6 1172048 C T True 1 0.25 0.0 0.056 False True 0.25/4 0.00/2 0.00/3 0.00/6 0.00/1 0.00/3 0.00/7 0.00/2 0.17/6 1172059 G T True 9 0.741 0.5 0.857 False False 0.74/27 0.75/12 0.33/15 0.53/15 0.38/8 0.98/52 0.67/21 0.87/15 0.71/17 1172060 T A True 1 0.161 0.159 0.171 False False 0.16/31 0.21/14 0.16/19 0.19/21 0.00/9 0.07/56 0.24/33 0.12/17 0.35/23 1172061 G A True 1 0.0 0.12 0.055 False True 0.00/27 0.25/12 0.07/15 0.13/15 0.00/8 0.02/55 0.12/24 0.00/15 0.12/16 1172069 G A True 2 0.207 0.037 0.237 False True 0.21/29 0.00/14 0.00/15 0.12/17 0.00/8 0.25/55 0.19/26 0.38/16 0.14/21 1172080 C T True 4 0.4 0.2 0.65 False True 0.40/5 0.00/2 0.33/3 0.25/8 0.00/2 0.67/3 0.78/9 0.00/2 0.67/6 1172109 C A True 3 0.5 0.045 0.348 False False 0.50/8 0.00/4 0.00/5 0.10/10 0.00/3 0.80/5 0.22/9 0.00/2 0.29/7 1172140 C A True 1 0.0 0.036 0.0 False False 0.00/10 0.00/6 0.00/5 0.00/13 0.25/4 0.00/9 0.00/14 0.00/5 0.00/6 1172145 G T True 1 0.176 0.032 0.16 False False 0.18/34 0.00/11 0.00/19 0.11/18 0.00/14 0.10/68 0.13/39 0.33/21 0.23/22 1172161 G A True 1 0.118 0.0 0.139 False True 0.12/34 0.00/12 0.00/18 0.00/17 0.00/14 0.11/64 0.05/37 0.37/19 0.17/24 1172167 C A True 7 0.3 0.345 0.344 False False 0.30/10 0.17/6 0.67/3 0.29/14 0.50/6 0.27/11 0.33/12 0.40/5 0.50/4 1172169 C A True 7 0.182 0.29 0.281 False False 0.18/11 0.29/7 0.50/4 0.21/14 0.33/6 0.27/11 0.25/12 0.40/5 0.25/4 1172177 A T True 1 0.1 0.127 0.023 False False 0.10/30 0.27/15 0.13/15 0.05/21 0.08/12 0.00/60 0.03/34 0.00/17 0.10/21 1172185 G A True 3 0.25 0.077 0.23 False True 0.25/32 0.15/13 0.00/16 0.17/12 0.00/11 0.15/60 0.23/35 0.37/19 0.33/21 1172186 C A True 1 0.0 0.034 0.167 False False 0.00/10 0.14/7 0.00/5 0.00/12 0.00/5 0.31/13 0.08/13 0.00/5 0.20/5 1172207 C A True 2 0.2 0.242 0.135 False False 0.20/10 0.12/8 0.20/5 0.36/14 0.17/6 0.00/13 0.21/14 0.00/5 0.40/5 1172211 C T True 1 0.4 0.029 0.135 False True 0.40/10 0.00/8 0.00/6 0.07/14 0.00/6 0.07/15 0.17/12 0.20/5 0.20/5 1172220 G A True 8 0.333 0.238 0.293 False True 0.33/24 0.09/11 0.27/11 0.33/9 0.27/11 0.28/50 0.28/32 0.33/18 0.31/16 1172221 A T True 2 0.2 0.026 0.208 False False 0.20/35 0.00/19 0.00/17 0.09/23 0.00/17 0.17/65 0.19/42 0.26/23 0.32/19 1172227 G A True 3 0.217 0.05 0.223 False True 0.22/23 0.00/11 0.00/11 0.25/8 0.00/10 0.16/49 0.21/29 0.33/18 0.31/16 1172239 G A True 8 0.667 0.278 0.784 True True 0.67/21 0.00/9 0.30/10 0.44/9 0.38/8 0.96/46 0.50/24 0.65/17 0.87/15 1172240 G A True 5 0.333 0.056 0.3 False True 0.33/21 0.00/9 0.00/10 0.22/9 0.00/8 0.30/44 0.25/24 0.29/17 0.40/15 1172256 T A True 6 0.351 0.222 0.321 False False 0.35/37 0.07/15 0.33/12 0.20/20 0.31/16 0.31/58 0.32/34 0.22/23 0.50/16 1172294 C A True 4 0.0 0.24 0.207 False False 0.00/11 0.20/5 0.40/5 0.11/9 0.33/6 0.25/12 0.10/10 0.50/4 0.00/3 1172297 C T True 1 0.182 0.125 0.103 False True 0.18/11 0.00/4 0.40/5 0.11/9 0.00/6 0.00/12 0.20/10 0.00/4 0.33/3 1172302 C A True 1 0.0 0.0 0.069 False False 0.00/11 0.00/4 0.00/5 0.00/9 0.00/6 0.08/12 0.00/10 0.25/4 0.00/3 1172303 C T True 1 0.0 0.0 0.069 False True 0.00/11 0.00/4 0.00/5 0.00/9 0.00/6 0.08/12 0.00/10 0.25/4 0.00/3 1172307 G A True 1 0.214 0.087 0.203 False True 0.21/14 0.00/9 0.20/5 0.17/6 0.00/3 0.17/23 0.21/14 0.27/11 0.18/11 1172325 C A True 1 0.125 0.0 0.087 False False 0.12/8 0.00/6 0.00/3 0.00/7 0.00/4 0.00/9 0.11/9 0.25/4 0.00/1 1172332 G A True 2 0.273 0.0 0.283 False True 0.27/11 0.00/9 0.00/3 0.00/4 0.00/2 0.21/19 0.12/8 0.20/10 0.67/9 1172340 T A True 1 0.059 0.125 0.054 False False 0.06/17 0.00/15 0.33/3 0.33/9 0.00/5 0.04/23 0.07/15 0.00/8 0.10/10 1172375 C T True 2 0.0 0.136 0.176 False True 0.00/7 0.14/7 0.17/6 0.00/5 0.25/4 0.33/3 0.11/9 0.25/4 0.00/1 1172378 A T True 2 0.167 0.189 0.151 False False 0.17/18 0.08/13 0.38/8 0.25/8 0.12/8 0.12/17 0.19/16 0.17/12 0.12/8 1172380 A T True 1 0.059 0.108 0.077 False False 0.06/17 0.08/13 0.25/8 0.00/8 0.12/8 0.12/17 0.06/16 0.09/11 0.00/8 1172388 C T True 1 0.0 0.143 0.067 False True 0.00/7 0.12/8 0.17/6 0.00/4 0.33/3 0.00/2 0.00/8 0.25/4 0.00/1 1172399 C A True 1 0.0 0.0 0.077 False False 0.00/6 0.00/7 0.00/4 0.00/1 0.00/1 0.25/4 0.00/6 0.00/2 0.00/1 1172403 T G True 3 0.273 0.0 0.381 False False 0.27/11 0.00/11 0.00/5 0.00/5 0.00/4 0.58/12 0.17/12 0.18/11 0.71/7 1172407 G T True 1 0.0 0.083 0.0 False False 0.00/5 0.00/4 0.00/1 0.25/4 0.00/3 0.00/8 0.00/6 0.00/9 0.00/5 1172426 G C True 1 0.0 0.034 False False 0.00/3 0.00/3 0.00/1 0.00/3 0.00/3 0.00/10 0.00/7 0.00/8 0.25/4 1172427 A T True 1 0.0 0.0 0.026 False False 0.00/8 0.00/9 0.00/7 0.00/4 0.00/4 0.00/13 0.00/11 0.00/10 0.25/4 1172428 G C True 1 0.0 0.034 False False 0.00/3 0.00/3 0.00/1 0.00/3 0.00/3 0.00/10 0.00/7 0.00/8 0.25/4 1172436 T G True 1 0.1 0.0 0.343 False False 0.10/10 0.00/9 0.00/8 0.00/6 0.00/3 0.54/13 0.11/9 0.20/10 0.67/3 1172460 T A True 3 0.273 0.0 0.297 False False 0.27/11 0.00/7 0.00/8 0.00/8 0.00/4 0.45/11 0.18/11 0.11/9 0.50/6 1172472 G T True 1 0.0 0.083 0.0 False False 0.00/5 0.25/4 0.00/1 0.00/4 0.00/3 0.00/10 0.00/8 0.00/7 0.00/5 1172483 C T True 2 0.286 0.0 0.188 False True 0.29/7 0.00/4 0.00/8 0.00/4 0.00/1 0.33/6 0.20/5 0.00/4 0.00/1 1172575 C A True 1 0.091 0.0 0.222 False False 0.09/11 0.00/4 0.00/7 0.00/6 0.00/4 0.50/12 0.00/10 0.14/7 0.14/7 1172609 A T True 1 0.1 0.108 0.049 False False 0.10/30 0.00/7 0.14/14 0.25/8 0.00/8 0.02/46 0.05/21 0.14/14 0.05/22 1172646 G T True 1 0.0 0.059 0.0 False False 0.00/14 0.00/5 0.00/4 0.00/4 0.25/4 0.00/20 0.00/4 0.00/3 0.00/7 1172649 G C True 1 0.0 0.059 0.0 False False 0.00/14 0.00/5 0.00/4 0.00/4 0.25/4 0.00/20 0.00/4 0.00/3 0.00/8 1172752 T C True 6 0.648 0.189 0.605 False False 0.65/54 0.15/20 0.14/22 0.28/29 0.16/19 0.77/115 0.44/34 0.55/31 0.30/40 1172760 A T True 2 0.14 0.213 0.098 False False 0.14/57 0.33/21 0.14/22 0.14/28 0.28/18 0.08/116 0.12/34 0.15/33 0.10/41 1172820 G A True 1 0.125 0.0 0.2 False True 0.12/8 0.00/8 0.00/7 0.00/4 0.00/4 0.29/14 0.14/7 0.11/9 0.20/5 1172845 A G True 1 0.234 0.085 0.255 False False 0.23/64 0.10/29 0.05/40 0.11/37 0.09/23 0.37/129 0.17/59 0.16/50 0.14/44 1172881 T C True 1 0.111 0.159 0.093 False False 0.11/63 0.28/29 0.14/44 0.12/40 0.12/25 0.07/136 0.11/62 0.11/55 0.13/47 1172890 C A True 1 0.138 0.194 0.11 False False 0.14/58 0.31/26 0.17/40 0.13/39 0.21/24 0.08/129 0.13/60 0.10/50 0.18/44 1172949 G T True 1 0.25 0.0 0.154 False False 0.25/4 0.00/4 0.00/2 0.00/5 0.17/6 0.20/5 0.00/1 0.00/1