pos ref alt in_target n_oysters_with_alt alt_freq_Pum alt_freq_Qui alt_freq_Rio pop_differentiated cpg_destroying Pum1 Qui1 Qui2 Qui3 Qui4 Rio1 Rio2 Rio3 Rio4 62500004 T C True 1 0.0 0.0 0.125 False False 0.00/5 0.00/9 0.00/9 0.00/9 0.00/7 0.00/10 0.00/4 0.17/6 0.50/4 62500005 T A True 1 0.0 0.029 0.042 False False 0.00/5 0.12/8 0.00/9 0.00/9 0.00/8 0.00/10 0.25/4 0.00/6 0.00/4 62500006 T C True 4 0.0 0.059 0.375 False False 0.00/5 0.25/8 0.00/9 0.00/9 0.00/8 0.30/10 0.00/4 0.67/6 0.50/4 62500016 A T True 5 0.0 0.129 0.565 False False 0.00/5 0.00/7 0.14/7 0.00/9 0.38/8 0.30/10 1.00/4 0.40/5 1.00/4 62500017 T C True 1 0.0 0.065 0.0 False False 0.00/5 0.29/7 0.00/7 0.00/9 0.00/8 0.00/10 0.00/4 0.00/5 0.00/4 62500030 A T True 2 0.0 0.129 0.5 False False 0.00/5 0.00/6 0.14/7 0.00/10 0.38/8 0.22/9 1.00/3 0.40/5 1.00/3 62500050 A T True 1 0.0 0.111 0.0 False False 0.00/5 0.29/7 0.00/8 0.09/11 0.10/10 0.00/10 0.00/3 0.00/3 0.00/2 62500054 C T True 1 0.25 0.0 False True 0.50/4 0.00/3 0.00/1 0.00/3 0.00/1 62500055 T G True 1 0.0 0.111 0.375 False False 0.00/5 0.00/7 0.12/8 0.00/11 0.30/10 0.20/10 1.00/3 0.00/2 1.00/1 62500061 T C True 1 0.0 0.057 0.0 False False 0.00/5 0.29/7 0.00/7 0.00/11 0.00/10 0.00/9 0.00/3 0.00/2 0.00/1 62500078 T C True 1 0.0 0.057 0.0 False False 0.00/4 0.29/7 0.00/6 0.00/12 0.00/10 0.00/8 0.00/2 0.00/2 62500099 C A True 0 0.0 0.4 False False 0.00/1 0.00/4 0.00/3 0.33/3 0.50/2 62500101 A T True 1 0.0 0.034 0.308 False False 0.00/4 0.00/7 0.00/5 0.00/10 0.14/7 0.17/6 0.50/4 0.33/3 62500102 T C True 1 0.25 0.0 0.0 False False 0.25/4 0.00/6 0.00/5 0.00/10 0.00/7 0.00/6 0.00/4 0.00/3 62500103 A T True 1 0.25 0.0 0.0 False False 0.25/4 0.00/7 0.00/5 0.00/9 0.00/7 0.00/6 0.00/4 0.00/3 62500105 C T True 0 0.0 0.5 False True 0.00/1 0.00/4 0.00/3 0.33/3 1.00/1 0.50/2 62500106 T C True 2 0.25 0.0 0.067 False False 0.25/4 0.00/7 0.00/5 0.00/9 0.00/7 0.00/8 0.25/4 0.00/3 62500107 G A True 1 0.095 0.222 False True 0.00/3 0.00/3 0.00/5 0.00/6 0.29/7 0.00/5 0.67/3 0.00/1 62500110 C T True 0 0.0 0.5 False True 0.00/1 0.00/4 0.00/3 0.33/3 1.00/1 0.50/2 62500111 A G True 1 0.069 0.143 False False 0.00/3 0.00/7 0.00/5 0.00/10 0.29/7 0.00/8 0.67/3 0.00/3 62500112 A T True 1 0.069 0.357 False False 0.00/3 0.00/7 0.00/5 0.00/10 0.29/7 0.12/8 1.00/3 0.33/3 62500115 A G True 1 0.0 0.062 False False 0.00/3 0.00/7 0.00/5 0.00/10 0.00/7 0.00/9 0.25/4 0.00/3 62500116 G T True 1 0.091 0.222 False False 0.00/2 0.00/3 0.00/5 0.00/7 0.29/7 0.00/6 1.00/2 0.00/1 62500118 A T True 2 0.069 0.353 False False 0.00/3 0.00/7 0.00/5 0.00/10 0.29/7 0.11/9 0.80/5 0.33/3 62500137 G A True 1 0.136 0.3 False True 0.00/3 0.33/3 0.00/4 0.00/9 0.33/6 0.00/6 1.00/3 0.00/1 62500151 G A True 2 0.0 0.0 0.25 False True 0.00/4 0.00/4 0.00/4 0.00/9 0.00/5 0.29/7 0.25/4 0.00/1 62500160 G T True 1 0.0 0.091 0.0 False False 0.00/5 0.00/4 0.25/4 0.00/9 0.20/5 0.00/7 0.00/4 0.00/4 62500186 G C True 1 0.0 0.053 0.0 False False 0.00/5 0.00/3 0.00/2 0.00/10 0.25/4 0.00/7 0.00/7 0.00/4 62500195 G A True 2 0.0 0.0 0.222 False True 0.00/5 0.00/3 0.00/2 0.00/12 0.00/3 0.29/7 0.29/7 0.00/4 62500198 G A True 1 0.0 0.286 0.278 False True 0.00/5 0.33/3 0.33/3 0.08/12 1.00/3 0.00/7 0.71/7 0.00/4 62500222 G A True 4 0.0 0.261 0.294 False True 0.00/5 0.25/4 0.40/5 0.00/10 0.75/4 0.00/6 0.71/7 0.00/4 62500241 G T True 2 0.0 0.0 0.211 False False 0.00/4 0.00/4 0.00/4 0.00/10 0.00/2 0.29/7 0.25/8 0.00/4 62500261 T A True 2 0.0 0.185 0.308 False False 0.00/6 0.17/6 0.29/7 0.09/11 0.33/3 0.09/11 0.78/9 0.00/6 62500267 A T True 2 0.0 0.0 0.444 False False 0.00/6 0.00/7 0.00/7 0.00/12 0.00/3 0.58/12 0.00/9 0.83/6 62500318 C T True 0 0.0 1.0 False True 0.00/2 0.00/2 0.00/2 0.00/3 0.00/1 1.00/1 1.00/1 1.00/3 62500336 A T True 1 0.25 0.037 0.0 False False 0.25/4 0.00/7 0.00/7 0.00/10 0.33/3 0.00/10 0.00/5 0.00/6 62500351 C A True 1 0.091 0.0 False False 0.00/1 0.00/4 0.00/2 0.25/4 0.00/1 0.00/2 0.00/4 62500353 C G True 1 0.1 0.0 False False 0.00/1 0.00/3 0.00/2 0.25/4 0.00/1 0.00/2 0.00/4 62500373 G C True 1 0.143 0.0 False False 0.00/2 0.33/6 0.00/5 0.00/3 0.00/8 0.00/3 0.00/3 62500374 T G True 1 0.105 0.15 False False 0.00/2 0.00/1 0.29/7 0.00/8 0.00/3 0.00/10 1.00/3 0.00/7 62500391 A T True 1 0.105 0.067 False False 0.00/2 0.00/1 0.40/5 0.00/10 0.00/3 0.00/7 1.00/1 0.00/7 62500408 A T True 1 0.0 0.25 False False 0.00/2 0.00/2 0.00/4 0.00/10 0.00/3 0.33/6 0.50/2 0.12/8 62500413 G A True 0 0.0 0.286 False True 0.00/2 0.00/1 0.00/3 0.00/6 0.00/3 0.33/3 0.50/2 0.00/2 62500430 A T True 1 0.0 0.353 False False 0.00/3 0.00/4 0.00/3 0.00/9 0.00/2 0.29/7 0.50/2 0.17/6 1.00/2 62500433 A T True 1 0.0 0.4 False False 0.00/3 0.00/4 0.00/3 0.00/9 0.00/2 0.29/7 1.00/1 0.20/5 1.00/2 62500450 T G True 1 0.0 0.059 False False 0.00/3 0.00/5 0.00/2 0.00/9 0.00/3 0.00/7 0.00/2 0.00/4 0.25/4 62500492 C A True 1 0.0 0.182 False False 0.00/2 0.00/4 0.00/2 0.00/3 0.25/4 1.00/1 0.00/2 0.00/4 62500526 G A True 3 0.222 0.789 True True 0.00/1 0.33/3 0.00/1 0.00/2 0.33/3 0.60/5 1.00/6 0.60/5 1.00/3 62500556 C T True 2 0.941 False True 0.00/2 0.00/2 0.00/1 1.00/6 1.00/1 1.00/3 0.86/7 62500559 A G True 4 0.2 0.25 0.515 False False 0.20/5 0.20/5 0.33/3 0.00/2 0.50/2 0.50/10 0.83/6 0.57/7 0.30/10 62500564 T C True 1 0.0 0.071 0.029 False False 0.00/5 0.00/5 0.00/3 0.25/4 0.00/2 0.00/10 0.00/6 0.00/7 0.09/11 62500601 T A True 7 0.25 0.25 0.865 True False 0.25/4 0.25/4 0.33/3 0.00/5 0.50/4 0.70/10 1.00/8 0.71/7 1.00/12 62500613 T C True 2 0.0 0.167 False False 0.00/3 0.00/4 0.00/4 0.00/6 0.00/3 0.40/10 0.00/7 0.25/8 0.00/11 62500632 C T True 1 0.0 0.867 False True 0.00/1 0.00/1 0.00/2 0.00/1 0.67/3 1.00/1 0.67/3 1.00/8 62500634 A G True 1 0.0 0.056 0.0 False False 0.00/4 0.25/4 0.00/4 0.00/6 0.00/4 0.00/7 0.00/7 0.00/8 0.00/10 62500635 A G True 1 0.0 0.056 0.0 False False 0.00/4 0.25/4 0.00/4 0.00/6 0.00/4 0.00/6 0.00/7 0.00/8 0.00/10 62500637 T A True 1 0.0 0.056 0.0 False False 0.00/4 0.25/4 0.00/4 0.00/6 0.00/4 0.00/6 0.00/7 0.00/8 0.00/8 62500639 T A True 1 0.0 0.056 0.0 False False 0.00/4 0.25/4 0.00/4 0.00/6 0.00/4 0.00/6 0.00/7 0.00/8 0.00/9 62500642 T C True 1 0.0 0.053 0.0 False False 0.00/4 0.00/4 0.00/5 0.00/6 0.25/4 0.00/7 0.00/7 0.00/8 0.00/9 62500644 G C True 1 0.077 0.0 False False 0.00/3 0.00/2 0.00/5 0.25/4 0.00/2 0.00/4 0.00/6 0.00/5 0.00/1 62500673 G T True 4 0.545 1.0 False False 0.00/2 1.00/1 0.75/4 0.00/3 0.67/3 1.00/5 1.00/6 1.00/5 1.00/2 62500687 G T True 4 0.5 1.0 True False 0.00/2 1.00/1 0.75/4 0.00/4 0.67/3 1.00/5 1.00/8 1.00/5 1.00/2 62500706 G A True 4 0.438 0.762 False True 0.00/2 0.50/2 0.57/7 0.00/4 0.67/3 0.40/5 1.00/8 0.67/6 1.00/2 62500708 G A True 4 0.438 0.789 False True 0.00/2 0.50/2 0.57/7 0.00/4 0.67/3 0.50/4 1.00/7 0.67/6 1.00/2 62500726 A G True 1 0.286 0.0 0.0 False False 0.29/7 0.00/5 0.00/11 0.00/8 0.00/5 0.00/9 0.00/7 0.00/8 0.00/7 62500741 G A True 1 0.0 0.05 0.0 False True 0.00/4 0.25/4 0.00/7 0.00/5 0.00/4 0.00/2 0.00/5 0.00/6 0.00/3 62500757 T C True 6 0.143 0.258 0.75 False False 0.14/7 0.20/5 0.42/12 0.00/9 0.40/5 0.71/7 0.88/8 0.50/8 1.00/5 62500778 A G True 4 0.111 0.188 0.4 False False 0.11/9 0.00/4 0.23/13 0.00/9 0.50/6 0.14/7 0.67/6 0.33/6 0.50/6 62500792 C A True 1 0.0 0.0 0.077 False False 0.00/4 0.00/1 0.00/7 0.00/4 0.00/1 0.00/5 0.00/2 0.00/2 0.25/4 62500801 A G True 2 0.25 0.03 0.037 False False 0.25/8 0.25/4 0.00/14 0.00/8 0.00/7 0.00/7 0.00/6 0.00/6 0.12/8 62500808 A T True 7 0.375 0.314 0.448 False False 0.38/8 0.60/5 0.21/14 0.00/9 0.71/7 0.29/7 0.57/7 0.33/6 0.56/9 62500811 T G True 7 0.375 0.273 0.433 False False 0.38/8 0.40/5 0.21/14 0.00/9 0.80/5 0.25/8 0.57/7 0.33/6 0.56/9 62500863 T A True 7 0.429 0.444 0.893 False False 0.43/7 0.60/5 0.42/12 0.17/6 0.75/4 0.80/10 1.00/5 0.67/3 1.00/10 62500876 G T True 2 0.4 0.059 0.0 False False 0.40/5 0.00/3 0.00/6 0.25/4 0.00/4 0.00/5 0.00/2 0.00/2 0.00/5 62500896 G T True 1 0.0 0.059 0.0 False False 0.00/5 0.00/3 0.00/6 0.25/4 0.00/4 0.00/5 0.00/1 0.00/3 0.00/5 62500902 A C True 1 0.083 0.032 0.121 False False 0.08/12 0.00/7 0.08/13 0.00/5 0.00/6 0.17/12 0.25/4 0.00/3 0.07/14 62500903 A C True 5 0.273 0.233 0.4 False False 0.27/11 0.57/7 0.17/12 0.00/5 0.17/6 0.25/12 0.50/4 0.20/5 0.57/14 62500911 C T True 5 0.714 0.5 0.882 False True 0.71/7 1.00/4 0.40/5 0.00/2 0.33/3 0.80/5 1.00/2 1.00/1 0.89/9 62500951 G A True 7 0.8 0.625 0.783 False True 0.80/5 1.00/3 0.50/6 0.60/5 0.50/2 0.57/7 1.00/7 0.50/4 1.00/5 62500964 G T True 8 0.833 0.55 0.727 False False 0.83/6 1.00/4 0.43/7 0.43/7 0.50/2 0.50/8 1.00/6 0.50/4 1.00/4 62500988 T C True 2 0.235 0.228 0.0 False False 0.24/17 0.25/8 0.21/19 0.25/20 0.20/10 0.00/17 0.00/15 0.00/6 0.00/12 62500990 T C True 9 0.529 0.368 0.451 False False 0.53/17 0.62/8 0.39/18 0.25/20 0.36/11 0.29/17 0.53/15 0.33/6 0.62/13