pos ref alt in_target n_oysters_with_alt alt_freq_Pum alt_freq_Qui alt_freq_Rio pop_differentiated cpg_destroying Pum1 Qui1 Qui2 Qui3 Qui4 Rio1 Rio2 Rio3 Rio4 53904050 T A True 1 0.0 0.0 0.053 False False 0.00/10 0.00/3 0.00/10 0.00/19 0.00/10 0.00/18 0.00/4 0.29/7 0.00/9 53904053 A G True 1 0.0 0.0 0.054 False False 0.00/10 0.00/3 0.00/7 0.00/19 0.00/10 0.00/16 0.00/4 0.25/8 0.00/9 53904117 G C True 1 0.0 0.0 0.045 False False 0.00/10 0.00/2 0.00/3 0.00/9 0.00/8 0.00/8 0.00/4 0.25/4 0.00/6 53904194 T C True 1 0.0 0.029 0.0 False False 0.00/13 0.25/4 0.00/9 0.00/10 0.00/11 0.00/13 0.00/5 0.00/8 0.00/10 53904212 G C True 1 0.25 0.0 0.0 False False 0.25/4 0.00/2 0.00/3 0.00/6 0.00/4 0.00/4 0.00/3 0.00/3 0.00/4 53904213 G T True 1 0.25 0.0 0.0 False False 0.25/4 0.00/2 0.00/2 0.00/6 0.00/4 0.00/4 0.00/3 0.00/3 0.00/4 53904219 G C True 1 0.0 0.071 False False 0.00/3 0.00/2 0.00/2 0.00/5 0.00/4 0.00/4 0.00/3 0.00/3 0.25/4 53904221 G C True 1 0.0 0.067 False False 0.00/3 0.00/2 0.00/2 0.00/4 0.00/4 0.25/4 0.00/3 0.00/3 0.00/5 53904298 A T True 1 0.0 0.0 0.105 False False 0.00/5 0.00/7 0.00/7 0.00/9 0.00/5 0.00/5 0.00/5 0.00/1 0.25/8 53904311 C A True 1 0.0 0.062 0.0 False False 0.00/4 0.25/4 0.00/3 0.00/6 0.00/3 0.00/2 0.00/5 0.00/4 53904321 G A True 1 0.125 0.333 False True 0.00/2 0.00/3 0.50/2 0.00/2 0.00/1 0.00/1 1.00/1 0.25/4 53904330 T C True 1 0.0 0.12 0.0 False False 0.00/9 0.38/8 0.00/5 0.00/8 0.00/4 0.00/3 0.00/4 0.00/1 0.00/8 53904342 G T True 1 0.125 0.286 False False 0.00/3 0.00/2 0.50/2 0.00/3 0.00/1 0.00/2 1.00/1 0.25/4 53904350 G T True 1 0.0 0.143 0.25 False False 0.00/4 0.00/2 0.50/2 0.00/3 0.00/3 1.00/1 0.25/4 53904354 C T True 1 0.0 0.091 0.0 False True 0.00/4 0.25/4 0.00/3 0.00/2 0.00/2 0.00/3 0.00/4 53904381 T C True 1 0.0 0.0 0.062 False False 0.00/8 0.00/4 0.00/3 0.00/5 0.00/1 0.00/3 0.25/4 0.00/2 0.00/7 53904383 A G True 1 0.0 0.143 0.0 False False 0.00/8 0.00/4 0.25/4 0.20/5 0.00/1 0.00/3 0.00/4 0.00/2 0.00/7 53904395 T A True 2 0.0 0.231 0.143 False False 0.00/7 0.50/4 0.25/4 0.00/5 0.00/3 0.00/3 0.50/2 0.17/6 53904397 G T True 1 0.0 0.143 0.0 False False 0.00/4 0.00/1 0.25/4 0.00/2 0.00/3 0.00/1 0.00/2 0.00/5 53904402 T C True 2 0.0 0.143 0.0 False False 0.00/7 0.25/4 0.25/4 0.00/5 0.00/1 0.00/3 0.00/2 0.00/2 0.00/6 53904403 T C True 1 0.0 0.071 0.0 False False 0.00/7 0.00/4 0.25/4 0.00/5 0.00/1 0.00/3 0.00/2 0.00/2 0.00/6 53904404 T C True 1 0.0 0.071 0.0 False False 0.00/7 0.00/4 0.25/4 0.00/5 0.00/1 0.00/3 0.00/1 0.00/2 0.00/6 53904411 G T True 1 0.0 0.0 0.111 False False 0.00/4 0.00/1 0.00/4 0.00/2 0.00/2 0.00/1 0.00/2 0.25/4 53904427 A T True 1 0.0 0.0 0.083 False False 0.00/6 0.00/5 0.00/4 0.00/5 0.25/4 0.00/1 0.00/1 0.00/6 53904437 A G True 2 0.0 0.071 0.077 False False 0.00/6 0.25/4 0.00/5 0.00/5 0.25/4 0.00/1 0.00/1 0.00/7 53904442 G T True 1 0.0 0.111 0.083 False False 0.00/4 1.00/1 0.00/5 0.00/3 0.25/4 0.00/1 0.00/1 0.00/6 53904448 A G True 1 0.0 0.0 0.071 False False 0.00/5 0.00/3 0.00/5 0.00/5 0.25/4 0.00/1 0.00/2 0.00/7 53904506 G T True 1 0.0 0.071 False False 0.00/3 0.00/2 0.00/6 0.00/1 0.00/2 0.25/4 0.00/1 0.00/3 0.00/6 53904513 G A True 1 0.0 0.091 0.077 False True 0.00/4 0.50/2 0.00/6 0.00/1 0.00/2 0.25/4 0.00/1 0.00/3 0.00/5 53904519 T G True 1 0.0 0.059 0.111 False False 0.00/4 0.33/3 0.00/6 0.00/4 0.00/4 0.40/5 0.00/1 0.00/3 0.00/9 53904540 C A True 0 0.0 0.25 False False 0.00/1 0.00/2 0.00/4 0.00/3 1.00/1 0.00/1 0.00/2 53904560 G C True 1 0.0 0.111 False False 0.00/3 0.00/2 0.00/5 0.00/4 0.00/3 0.00/5 0.00/2 0.00/4 0.29/7 53904568 C A True 0 0.0 0.25 False False 0.00/3 0.00/2 0.00/2 1.00/1 0.00/1 0.00/2 53904579 G A True 1 0.071 0.0 False True 0.00/3 0.00/1 0.00/5 0.00/4 0.25/4 0.00/3 0.00/2 0.00/6 0.00/5 53904595 A C True 1 0.04 0.0 False False 0.00/3 0.25/4 0.00/6 0.00/8 0.00/7 0.00/4 0.00/2 0.00/7 0.00/6 53904610 A C True 1 0.25 0.0 0.0 False False 0.25/4 0.00/4 0.00/6 0.00/8 0.00/7 0.00/4 0.00/2 0.00/7 0.00/6 53904613 A T True 1 0.0 0.04 0.0 False False 0.00/4 0.25/4 0.00/6 0.00/8 0.00/7 0.00/5 0.00/2 0.00/7 0.00/6 53904617 T A True 1 0.25 0.038 0.05 False False 0.25/4 0.00/4 0.00/6 0.12/8 0.00/8 0.00/5 0.00/2 0.00/7 0.17/6 53904618 A T True 1 0.0 0.038 0.05 False False 0.00/4 0.25/4 0.00/6 0.00/8 0.00/8 0.00/5 0.50/2 0.00/7 0.00/6 53904628 T A True 1 0.0 0.04 0.0 False False 0.00/4 0.25/4 0.00/6 0.00/7 0.00/8 0.00/6 0.00/2 0.00/7 0.00/7 53904633 A C True 1 0.0 0.04 0.0 False False 0.00/4 0.25/4 0.00/6 0.00/7 0.00/8 0.00/6 0.00/2 0.00/7 0.00/7 53904643 G A True 1 0.062 0.176 False True 0.00/3 0.00/1 0.00/6 0.00/4 0.20/5 0.40/5 0.00/1 0.00/5 0.17/6 53904654 G T True 1 0.0 0.071 0.0 False False 0.00/4 0.00/5 0.25/4 0.00/5 0.00/5 0.00/1 0.00/6 0.00/5 53904671 A C True 1 0.0 0.043 0.0 False False 0.00/5 0.25/4 0.00/5 0.00/6 0.00/8 0.00/6 0.00/1 0.00/7 0.00/6 53904707 A T True 1 0.0 0.091 0.05 False False 0.00/5 0.25/4 0.00/4 0.00/6 0.12/8 0.00/8 0.00/2 0.20/5 0.00/5 53904714 G T True 1 0.154 0.167 False False 0.00/3 0.33/3 0.00/3 0.00/4 0.33/3 0.25/8 0.00/2 0.20/5 0.00/3 53904724 T G True 1 0.0 0.0 0.059 False False 0.00/7 0.00/4 0.00/5 0.00/4 0.00/6 0.00/7 0.00/2 0.25/4 0.00/4 53904726 T A True 1 0.0 0.15 0.105 False False 0.00/7 0.40/5 0.17/6 0.00/4 0.00/5 0.12/8 0.00/2 0.00/4 0.20/5 53904731 G C True 1 0.0 0.062 0.0 False False 0.00/5 0.00/4 0.00/5 0.25/4 0.00/3 0.00/7 0.00/2 0.00/4 0.00/3 53904755 T C True 1 0.0 0.0 0.067 False False 0.00/8 0.00/6 0.00/6 0.00/4 0.00/8 0.00/6 0.00/1 0.00/4 0.25/4 53904756 T A True 1 0.0 0.0 0.067 False False 0.00/8 0.00/6 0.00/6 0.00/4 0.00/8 0.00/6 0.00/1 0.00/4 0.25/4 53904758 A C True 1 0.0 0.0 0.067 False False 0.00/8 0.00/6 0.00/6 0.00/4 0.00/8 0.00/6 0.00/1 0.25/4 0.00/4 53904761 T C True 1 0.0 0.0 0.071 False False 0.00/8 0.00/6 0.00/6 0.00/4 0.00/8 0.00/6 0.00/1 0.00/3 0.25/4 53904762 T A True 1 0.125 0.125 0.143 False False 0.12/8 0.17/6 0.17/6 0.00/4 0.12/8 0.00/6 0.00/1 0.33/3 0.25/4 53904777 A T True 1 0.0 0.038 0.0 False False 0.00/9 0.00/7 0.00/7 0.25/4 0.00/8 0.00/6 0.00/1 0.00/3 0.00/3 53904826 T G True 1 0.0 0.043 0.25 False False 0.00/9 0.12/8 0.00/7 0.00/3 0.00/5 0.29/7 0.67/3 0.00/3 0.00/3 53904827 T A True 1 0.1 0.087 0.375 False False 0.10/10 0.00/8 0.14/7 0.33/3 0.00/5 0.29/7 0.67/3 0.67/3 0.00/3 53904829 T A True 1 0.0 0.0 0.267 False False 0.00/10 0.00/7 0.00/7 0.00/3 0.00/5 0.29/7 0.50/2 0.33/3 0.00/3 53904835 G A True 1 0.0 0.0 0.308 False True 0.00/8 0.00/4 0.00/5 0.00/2 0.00/3 0.29/7 0.67/3 0.00/2 0.00/1 53904837 A G True 1 0.0 0.0 0.133 False False 0.00/10 0.00/7 0.00/6 0.00/3 0.00/6 0.00/5 0.33/3 0.25/4 0.00/3 53904839 A G True 2 0.0 0.0 0.4 False False 0.00/10 0.00/7 0.00/5 0.00/3 0.00/6 0.40/5 0.67/3 0.50/4 0.00/3 53904840 C A True 0 0.0 0.25 False False 0.00/2 0.00/3 0.00/1 0.00/1 0.00/3 0.50/2 0.00/2 53904841 T G True 1 0.0 0.0 0.067 False False 0.00/10 0.00/7 0.00/5 0.00/3 0.00/6 0.00/5 0.00/3 0.25/4 0.00/3 53904852 G A True 1 0.0 0.0 0.5 True True 0.00/8 0.00/4 0.00/4 0.00/1 0.00/3 0.40/5 0.67/3 53904868 G T True 1 0.0 0.083 0.0 False False 0.00/9 0.00/1 0.00/4 0.00/3 0.25/4 0.00/5 0.00/3 0.00/1 53904881 G T True 2 0.0 0.1 0.333 False False 0.00/10 0.00/1 0.25/4 0.00/3 0.00/2 0.60/5 0.00/2 0.00/1 0.00/1 53904889 A G True 2 0.0 0.091 0.143 False False 0.00/11 0.00/2 0.25/4 0.00/3 0.00/2 0.40/5 0.00/3 0.00/3 0.00/3 53904901 C T True 0 0.25 False True 0.00/1 0.00/2 0.00/1 0.00/1 1.00/1 0.00/1 53904908 A G True 1 0.0 0.091 0.0 False False 0.00/11 0.00/1 0.25/4 0.00/3 0.00/3 0.00/5 0.00/3 0.00/4 0.00/2 53904931 A T True 1 0.0 0.0 0.083 False False 0.00/10 0.00/1 0.00/5 0.00/4 0.00/3 0.00/4 0.00/2 0.25/4 0.00/2 53904939 A G True 1 0.0 0.071 0.0 False False 0.00/10 0.00/1 0.00/5 0.25/4 0.00/4 0.00/5 0.00/3 0.00/4 0.00/2 53904942 A G True 1 0.0 0.0 0.143 False False 0.00/8 0.00/1 0.00/5 0.00/3 0.00/4 0.00/5 0.33/3 0.25/4 0.00/2 53904983 T A True 1 0.0 0.0 0.056 False False 0.00/5 0.00/8 0.00/3 0.00/3 0.00/6 0.25/4 0.00/5 0.00/3 53904990 C A True 0 0.4 False False 0.00/1 0.00/1 0.00/1 0.33/3 1.00/1