pos ref alt in_target n_oysters_with_alt alt_freq_Pum alt_freq_Qui alt_freq_Rio pop_differentiated cpg_destroying Pum1 Qui1 Qui2 Qui3 Qui4 Rio1 Rio2 Rio3 Rio4 1810040 G A True 1 0.091 False True 1.00/1 0.25/4 0.00/5 0.00/2 1.00/1 1810047 G T True 1 0.091 False False 0.00/1 0.25/4 0.00/5 0.00/2 0.00/1 1810048 G C True 1 0.091 False False 0.00/1 0.25/4 0.00/5 0.00/2 0.00/1 1810058 T A True 0 0.023 0.25 False False 0.00/2 0.00/13 0.08/13 0.00/8 0.00/9 0.00/1 0.00/1 0.50/2 1810073 T C True 0 0.024 0.25 False False 0.50/2 0.00/12 0.00/12 0.00/10 0.14/7 0.00/1 1.00/1 0.00/2 1810087 C A True 0 0.0 0.25 False False 0.00/2 0.00/7 0.00/7 0.00/8 0.00/7 0.00/2 0.00/1 1.00/1 1810106 T C True 1 0.25 0.022 0.0 False False 0.25/4 0.00/13 0.08/13 0.00/10 0.00/9 0.00/3 0.00/2 0.00/2 1810118 T C True 0 0.043 0.286 False False 0.33/3 0.08/13 0.08/13 0.00/12 0.00/8 0.33/3 0.00/1 0.50/2 0.00/1 1810127 A G True 2 0.25 0.048 0.333 False False 0.25/4 0.08/13 0.00/10 0.00/11 0.12/8 0.00/2 0.50/4 0.00/1 0.50/2 1810145 G T True 1 0.167 1.0 False False 0.67/3 0.17/6 0.17/6 0.25/4 0.00/2 1.00/1 1.00/3 1.00/1 1810154 T A True 0 0.167 0.035 0.286 False False 0.17/6 0.06/18 0.00/15 0.07/15 0.00/9 0.00/3 0.17/6 0.00/2 1.00/3 1810161 A T True 1 0.0 0.0 0.067 False False 0.00/6 0.00/19 0.00/15 0.00/15 0.00/8 0.25/4 0.00/6 0.00/2 0.00/3 1810163 A G True 1 0.167 0.036 0.059 False False 0.17/6 0.00/19 0.00/14 0.00/15 0.25/8 0.00/5 0.00/7 0.00/2 0.33/3 1810234 A T True 1 0.0 0.0 0.077 False False 0.00/5 0.00/19 0.00/17 0.00/13 0.00/11 0.25/4 0.00/6 0.00/1 0.00/2 1810240 A G True 3 0.4 0.068 0.25 False False 0.40/5 0.06/18 0.06/17 0.15/13 0.00/11 0.25/4 0.43/7 0.00/1 0.00/4 1810244 T A True 1 0.0 0.017 0.125 False False 0.00/5 0.05/20 0.00/17 0.00/12 0.00/11 0.00/4 0.00/7 0.00/1 0.50/4 1810245 T C True 4 0.4 0.15 0.6 False False 0.40/5 0.15/20 0.06/17 0.17/12 0.27/11 0.50/4 0.43/7 1.00/1 1.00/3 1810246 G A True 2 0.174 0.571 False True 0.67/3 0.14/7 0.12/8 0.40/5 0.00/3 0.50/2 0.75/4 0.00/1 1810250 C T True 1 0.083 0.333 False True 0.50/2 0.00/13 0.00/9 0.14/7 0.29/7 0.50/2 0.67/3 0.00/1 0.00/3 1810262 T C True 3 0.5 0.055 0.214 False False 0.50/4 0.00/18 0.00/17 0.10/10 0.20/10 0.25/4 0.33/6 0.00/1 0.00/3 1810263 A C True 1 0.25 0.0 0.0 False False 0.25/4 0.00/18 0.00/17 0.00/10 0.00/10 0.00/4 0.00/6 0.00/1 0.00/3 1810299 T C True 1 0.0 0.143 False False 0.00/1 0.00/13 0.00/13 0.00/4 0.00/8 0.00/1 0.25/4 0.00/2 1810300 T C True 1 0.0 0.143 False False 0.00/1 0.00/13 0.00/13 0.00/4 0.00/8 0.00/1 0.25/4 0.00/2 1810304 A T True 0 0.029 0.4 False False 0.00/2 0.00/13 0.00/11 0.00/3 0.12/8 0.33/3 0.50/2 1810306 A T True 0 0.0 0.25 False False 0.00/2 0.00/13 0.00/11 0.00/3 0.00/7 0.00/2 0.50/2 1810314 T C True 0 0.029 0.25 False False 0.00/2 0.08/13 0.00/11 0.00/3 0.00/7 0.00/2 0.50/2 1810367 A T True 0 0.0 0.25 False False 0.00/3 0.00/11 0.00/8 0.00/6 0.00/8 0.50/2 0.00/2 1810373 T G True 0 0.0 0.25 False False 0.00/3 0.00/11 0.00/8 0.00/6 0.00/8 0.50/2 0.00/1 0.00/1 1810374 A G True 0 0.0 0.25 False False 0.00/3 0.00/11 0.00/8 0.00/6 0.00/8 0.50/2 0.00/1 0.00/1 1810376 A G True 0 0.0 0.25 False False 0.00/3 0.00/11 0.00/8 0.00/6 0.00/8 0.50/2 0.00/1 0.00/1 1810377 A G True 0 0.0 0.25 False False 0.00/3 0.00/11 0.00/8 0.00/6 0.00/8 0.50/2 0.00/1 0.00/1 1810379 T A True 0 0.0 0.25 False False 0.00/3 0.00/11 0.00/8 0.00/6 0.00/8 0.50/2 0.00/1 0.00/1 1810382 G T True 2 1.0 False False 1.00/6 1.00/4 1.00/2 1.00/2 1.00/1 1810450 T C True 1 0.034 0.111 False False 1.00/2 0.00/9 0.00/6 0.00/8 0.17/6 0.25/4 0.00/1 0.00/4 1810466 T C True 1 0.0 0.125 False False 0.00/1 0.00/6 0.00/4 0.00/8 0.00/5 0.00/3 0.00/1 0.25/4 1810479 A T True 1 0.0 0.111 False False 0.00/1 0.00/5 0.00/5 0.00/9 0.00/5 0.25/4 0.00/1 0.00/4 1810509 A G True 1 0.0 0.111 False False 0.00/6 0.00/6 0.00/11 0.00/6 0.25/4 0.00/1 0.00/4 1810510 T G True 1 0.0 0.111 False False 0.00/6 0.00/6 0.00/11 0.00/6 0.25/4 0.00/1 0.00/4 1810511 A G True 1 0.034 0.111 False False 0.00/6 0.00/6 0.09/11 0.00/6 0.25/4 0.00/1 0.00/4 1810512 C G True 1 0.0 0.125 False False 0.00/3 0.00/2 0.00/5 0.00/4 0.25/4 0.00/1 0.00/3 1810521 T C True 1 0.0 0.125 False False 0.00/8 0.00/7 0.00/11 0.00/6 0.25/4 0.00/1 0.00/3 1810558 A G True 0 0.0 0.25 False False 0.00/7 0.00/8 0.00/11 0.00/7 0.33/3 0.00/1 1810561 C A True 1 0.111 1.0 False False 0.00/4 0.00/4 0.40/5 0.00/5 1.00/3 1.00/1 1810562 A C True 0 0.0 0.25 False False 0.00/7 0.00/8 0.00/11 0.00/7 0.33/3 0.00/1 1810568 A C True 0 0.029 0.75 False False 0.00/2 0.00/7 0.00/8 0.08/12 0.00/7 1.00/3 0.00/1 1810572 C A True 0 0.0 0.25 False False 0.50/2 0.00/4 0.00/5 0.00/7 0.00/5 0.00/2 0.50/2 1810577 C A True 0 0.0 0.25 False False 0.00/1 0.00/5 0.00/5 0.00/7 0.00/6 0.00/2 0.50/2 1810581 T C True 0 0.143 0.4 False False 1.00/1 0.12/8 0.10/10 0.20/10 0.14/7 1.00/1 0.00/2 0.50/2 1810584 T A True 1 0.5 0.0 0.0 False False 0.50/4 0.00/8 0.00/10 0.00/11 0.00/7 0.00/2 0.00/1 0.00/2 1810585 T C True 1 0.194 0.8 False False 0.00/3 0.12/8 0.10/10 0.36/11 0.14/7 1.00/2 0.00/1 1.00/2 1810586 C T True 0 0.0 0.091 0.4 False True 0.00/4 0.00/5 0.20/5 0.00/7 0.20/5 0.50/2 0.00/1 0.50/2 1810591 A C True 1 0.179 0.833 False False 1.00/3 0.10/10 0.10/10 0.33/12 0.14/7 1.00/2 0.67/3 1.00/1 1810594 A G True 1 0.0 0.0 0.091 False False 0.00/4 0.00/10 0.00/11 0.00/13 0.00/8 0.00/2 0.00/5 0.25/4 1810609 C A True 1 0.0 0.025 0.133 False False 0.00/9 0.00/8 0.00/12 0.09/11 0.00/9 0.00/7 0.00/4 0.50/4 1810612 A T True 1 0.0 0.052 0.148 False False 0.00/10 0.09/11 0.05/19 0.06/16 0.00/12 0.12/8 0.25/4 0.11/9 0.17/6 1810623 C A True 1 0.0 0.0 0.167 False False 0.00/9 0.00/8 0.00/13 0.00/12 0.00/14 0.33/9 0.00/2 0.14/7 0.00/6 1810636 T C True 2 0.133 0.101 0.174 False False 0.13/15 0.00/12 0.15/20 0.00/21 0.25/16 0.12/16 0.14/7 0.25/12 0.18/11 1810637 T C True 1 0.133 0.028 0.174 False False 0.13/15 0.00/12 0.00/21 0.10/21 0.00/17 0.25/16 0.14/7 0.17/12 0.09/11 1810641 A C True 1 0.118 0.108 0.163 False False 0.12/17 0.00/11 0.17/24 0.00/21 0.22/18 0.11/19 0.14/7 0.25/12 0.18/11 1810686 G T True 2 0.091 0.062 False False 0.00/3 0.20/5 0.00/5 0.00/8 0.25/4 0.00/5 0.00/4 0.00/3 0.25/4 1810688 C T True 1 0.037 0.119 0.073 False True 0.04/27 0.26/19 0.04/27 0.16/31 0.04/24 0.03/30 0.17/18 0.00/14 0.10/20 1810691 A T True 1 0.121 0.153 0.175 False False 0.12/33 0.00/28 0.22/32 0.08/36 0.32/28 0.15/39 0.18/22 0.22/18 0.17/24 1810703 A T True 2 0.108 0.176 0.254 False False 0.11/37 0.21/33 0.11/36 0.25/44 0.10/29 0.20/44 0.43/23 0.23/22 0.20/25 1810714 T A True 2 0.132 0.155 0.163 False False 0.13/38 0.03/34 0.22/37 0.09/45 0.31/32 0.15/48 0.11/27 0.27/22 0.15/26 1810715 G C True 1 0.0 0.059 False False 0.00/3 0.00/7 0.00/5 0.00/5 0.00/6 0.00/5 0.00/4 0.00/4 0.25/4 1810734 G A True 2 0.087 0.294 False True 0.00/3 0.00/7 0.00/5 0.20/5 0.17/6 0.00/6 0.75/4 0.25/4 0.33/3 1810735 T C True 1 0.237 0.186 0.212 False False 0.24/38 0.23/39 0.21/43 0.18/51 0.12/34 0.21/53 0.23/30 0.08/25 0.31/29 1810741 A T True 3 0.2 0.145 0.257 False False 0.20/40 0.10/39 0.16/43 0.17/53 0.13/38 0.30/53 0.16/31 0.29/28 0.25/28 1810782 G A True 1 0.048 0.125 False True 0.00/2 0.00/6 0.00/6 0.33/3 0.00/6 0.00/6 0.25/4 0.00/4 0.50/2 1810784 T C True 1 0.149 0.162 0.122 False False 0.15/47 0.09/47 0.20/50 0.13/62 0.26/39 0.08/51 0.16/31 0.21/33 0.06/32 1810794 C T True 1 0.167 0.173 0.141 False True 0.17/48 0.12/41 0.21/47 0.14/63 0.24/34 0.07/46 0.14/29 0.30/30 0.10/30 1810807 G T True 1 0.05 0.118 False False 0.00/1 0.17/6 0.00/5 0.00/3 0.00/6 0.00/7 0.50/4 0.00/4 0.00/2 1810837 A G True 7 0.25 0.25 0.319 False False 0.25/52 0.23/44 0.22/46 0.26/54 0.31/36 0.27/48 0.35/37 0.34/29 0.33/30 1810861 T C True 1 0.096 0.115 0.221 False False 0.10/52 0.21/43 0.11/47 0.07/45 0.07/30 0.22/50 0.30/33 0.19/26 0.16/31 1810864 C T True 1 0.18 0.204 0.14 False True 0.18/50 0.14/37 0.20/41 0.24/42 0.27/22 0.13/46 0.10/29 0.21/24 0.13/30 1810872 G A True 2 0.15 0.4 False True 0.00/2 0.14/7 0.20/5 0.33/3 0.00/5 0.50/4 0.50/4 0.00/2 1810950 T C True 2 0.129 0.065 0.169 False False 0.13/31 0.10/31 0.00/27 0.12/26 0.04/23 0.09/33 0.11/18 0.27/11 0.29/21 1810976 C A True 1 0.08 0.137 0.164 False False 0.08/25 0.18/22 0.06/17 0.10/20 0.21/14 0.26/23 0.23/13 0.10/10 0.00/15 1810986 A T True 2 0.15 0.131 0.268 False False 0.15/20 0.17/29 0.20/20 0.07/29 0.10/21 0.32/25 0.45/11 0.12/8 0.08/12