File	Total Reads	Aligned Reads	Unaligned Reads	Ambiguously Aligned Reads	No Genomic Sequence	Duplicate Reads (removed)	Unique Reads (remaining)	Total Cs	Methylated CpGs	Unmethylated CpGs	Methylated chgs	Unmethylated chgs	Methylated CHHs	Unmethylated CHHs
74B.74B_1_val_1_bismark_bt2_pe.bam	51163983	36961215	8568678	5634044	46	3592037	33369178	1458689283	153160440	53482638	10582787	287805122	36939307	916718989
17B.17B_1_val_1_bismark_bt2_pe.bam	57799159	41562933	10042524	6193636	66	3672884	37890049	1701134151	178808438	61545421	12117752	335493090	42202871	1070966579
23B.23B_1_val_1_bismark_bt2_pe.bam	57146238	41323071	9526915	6296192	60	4292167	37030904	1672795608	172911035	63801389	11810831	330547313	40999554	1052725486
66B.66B_1_val_1_bismark_bt2_pe.bam	61396643	45532652	10015893	5848053	45	4125928	41406724	1808209117	189892127	65789963	13072768	358324514	45362946	1135766799
24B.24B_1_val_1_bismark_bt2_pe.bam	64342037	48038075	9854121	6449757	84	4993833	43044242	1927425784	201578426	74380635	13766119	383050511	47683674	1206966419
67B.67B_1_val_1_bismark_bt2_pe.bam	62906459	45772914	10346300	6787196	49	3798643	41974271	1818741884	186497950	69657954	13125312	359364553	45675490	1144420625
35B.35B_1_val_1_bismark_bt2_pe.bam	64101304	47025239	10018491	7057465	109	4165255	42859984	1953040878	198034504	78374753	13842288	385317054	48561965	1228910314
31B.31B_1_val_1_bismark_bt2_pe.bam	66713707	47904532	11291400	7517699	76	4839258	43065274	1933870122	205144611	71360969	13969900	383571484	48344066	1211479092
53B.53B_1_val_1_bismark_bt2_pe.bam	66249866	48023746	11118444	7107624	52	5133856	42889890	1878617789	195710251	71101715	13444575	371311119	46561538	1180488591
13B.13B_1_val_1_bismark_bt2_pe.bam	67520854	49794298	11334129	6392377	50	4609045	45185253	2026597367	213603717	76095761	14448926	402503471	49504206	1270441286
36B.36B_1_val_1_bismark_bt2_pe.bam	67346135	49483261	10464049	7398755	70	5276989	44206272	1976059049	206316983	77983148	14386688	391594692	49470492	1236307046
02B.02B_1_val_1_bismark_bt2_pe.bam	53892516	38927212	9088214	5877042	48	3336207	35591005	1569342446	161974626	59449272	11185164	309331701	38928431	988473252
01B.01B_1_val_1_bismark_bt2_pe.bam	54577331	39355282	9301600	5920412	37	3110766	36244516	1610988420	167025843	59764097	11497128	317318699	40035747	1015346906
46B.46B_1_val_1_bismark_bt2_pe.bam	91186991	65766383	14351539	11068987	82	6460370	59306013	2575636373	277868917	98173195	18383043	515216537	64690496	1601304185
49B.49B_1_val_1_bismark_bt2_pe.bam	93557811	67858080	15392339	10307335	57	6958295	60899785	2678257259	277551110	99776483	19414625	527087636	67659983	1686767422
64B.64B_1_val_1_bismark_bt2_pe.bam	63923732	46517886	10621776	6784019	51	4401316	42116570	1799904194	190574737	65020703	13262059	355009727	46188620	1129848348
21B.21B_1_val_1_bismark_bt2_pe.bam	62445517	44763976	10527586	7153891	64	4095445	40668531	1826589566	190078933	67153413	12968269	360588441	45007294	1150793216
68B.68B_1_val_1_bismark_bt2_pe.bam	49570334	36764072	7918074	4888154	34	3846640	32917432	1431850328	151206217	51971869	10356885	282992349	35956895	899366113
08B.08B_1_val_1_bismark_bt2_pe.bam	51326500	37665784	8920027	4740648	41	3558250	34107534	1516681872	163344254	53496226	11020242	300040945	38023943	950756262
03B.03B_1_val_1_bismark_bt2_pe.bam	52569195	38060479	8925834	5582824	58	3341057	34719422	1557873696	162204232	57528423	10999470	307917065	38165050	981059456
09B.09B_1_val_1_bismark_bt2_pe.bam	50701817	36707963	8601211	5392594	49	3951370	32756593	1465161204	152838024	53819616	10465053	288563428	36514423	922960660
06B.06B_1_val_1_bismark_bt2_pe.bam	51155743	36936173	8687699	5531821	50	3781518	33154655	1475043504	157169994	52204780	10578896	291359973	36696749	927033112
55B.55B_1_val_1_bismark_bt2_pe.bam	53066823	38395312	8709876	5961580	55	3928506	34466806	1508174934	156227050	56874782	10785588	296889299	37629093	949769122
22B.22B_1_val_1_bismark_bt2_pe.bam	50334890	36584242	8357739	5392875	34	3138135	33446107	1484952537	155649878	54188760	10621040	293774717	36850023	933868119
44B.44B_1_val_1_bismark_bt2_pe.bam	55703822	39988707	9078256	6636820	39	3991265	35997442	1572851149	162167577	59975905	11364606	309418124	39603827	990321110
71B.71B_1_val_1_bismark_bt2_pe.bam	56763813	42018738	9323158	5421878	39	4435029	37583709	1663030453	173514439	62522263	11905945	329594471	41240855	1044252480
72B.72B_1_val_1_bismark_bt2_pe.bam	58926749	43091333	9360696	6474672	48	4411532	38679801	1667652802	173248392	61972614	12057821	328542081	42067648	1049764246
33B.33B_1_val_1_bismark_bt2_pe.bam	61309586	44754400	9838344	6716778	64	4803138	39951262	1785737740	189552602	64872443	12697167	352641649	43900252	1122073627
63B.63B_1_val_1_bismark_bt2_pe.bam	59661069	42984815	9957412	6718789	53	3635195	39349620	1699764604	175816518	65398120	12377282	337262799	42704091	1066205794
51B.51B_1_val_1_bismark_bt2_pe.bam	71562396	51721992	11680237	8160092	75	4920403	46801589	2046593237	214942287	75180462	14727607	404857417	50991039	1285894425
60B.60B_1_val_1_bismark_bt2_pe.bam	57229811	41526559	9807477	5895728	47	3418965	38107594	1681731877	174823830	64589225	12053326	333001821	41752859	1055510816
45B.45B_1_val_1_bismark_bt2_pe.bam	62463208	44465090	11087340	6910720	58	3679637	40785453	1807981345	186371805	68049983	13111980	356568161	45696018	1138183398