CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 103 45 69.59 148 2 132 42 75.86 174 3 123 54 69.49 177 4 84 56 60.00 140 5 93 51 64.58 144 6 61 36 62.89 97 7 74 27 73.27 101 8 65 29 69.15 94 9 83 32 72.17 115 10 90 35 72.00 125 11 102 42 70.83 144 12 94 35 72.87 129 13 105 39 72.92 144 14 101 27 78.91 128 15 101 33 75.37 134 16 92 40 69.70 132 17 109 33 76.76 142 18 90 45 66.67 135 19 113 33 77.40 146 20 88 33 72.73 121 21 111 36 75.51 147 22 113 33 77.40 146 23 123 37 76.88 160 24 99 39 71.74 138 25 118 45 72.39 163 26 97 45 68.31 142 27 94 35 72.87 129 28 86 29 74.78 115 29 132 30 81.48 162 30 111 36 75.51 147 31 130 30 81.25 160 32 124 36 77.50 160 33 120 33 78.43 153 34 110 36 75.34 146 35 115 22 83.94 137 36 116 45 72.05 161 37 109 26 80.74 135 38 129 27 82.69 156 39 119 29 80.41 148 40 130 38 77.38 168 41 131 39 77.06 170 42 114 31 78.62 145 43 125 37 77.16 162 44 110 31 78.01 141 45 125 37 77.16 162 46 114 32 78.08 146 47 114 37 75.50 151 48 121 36 77.07 157 49 124 35 77.99 159 50 129 29 81.65 158 51 129 42 75.44 171 52 130 36 78.31 166 53 124 32 79.49 156 54 121 24 83.45 145 55 112 19 85.50 131 56 121 37 76.58 158 57 129 36 78.18 165 58 114 31 78.62 145 59 131 34 79.39 165 60 97 42 69.78 139 61 121 37 76.58 158 62 113 35 76.35 148 63 113 39 74.34 152 64 113 28 80.14 141 65 108 29 78.83 137 66 114 34 77.03 148 67 111 33 77.08 144 68 105 28 78.95 133 69 105 32 76.64 137 70 93 30 75.61 123 71 99 35 73.88 134 72 78 29 72.90 107 73 93 39 70.45 132 74 83 31 72.81 114 75 84 32 72.41 116 76 103 31 76.87 134 77 88 27 76.52 115 78 96 32 75.00 128 79 81 34 70.43 115 80 93 22 80.87 115 81 93 15 86.11 108 82 90 32 73.77 122 83 72 24 75.00 96 84 80 28 74.07 108 85 77 28 73.33 105 86 68 17 80.00 85 87 74 23 76.29 97 88 72 26 73.47 98 89 83 33 71.55 116 90 79 15 84.04 94 91 68 31 68.69 99 92 62 22 73.81 84 93 62 24 72.09 86 94 53 18 74.65 71 95 76 27 73.79 103 96 60 21 74.07 81 97 62 22 73.81 84 98 53 31 63.10 84 99 42 18 70.00 60 100 9 18 33.33 27 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 76 337 18.40 413 2 39 109 26.35 148 3 43 177 19.55 220 4 19 207 8.41 226 5 17 274 5.84 291 6 10 301 3.22 311 7 9 169 5.06 178 8 8 189 4.06 197 9 6 157 3.68 163 10 8 201 3.83 209 11 20 202 9.01 222 12 5 187 2.60 192 13 9 207 4.17 216 14 5 197 2.48 202 15 8 214 3.60 222 16 11 211 4.95 222 17 7 227 2.99 234 18 6 203 2.87 209 19 9 207 4.17 216 20 6 224 2.61 230 21 3 232 1.28 235 22 10 217 4.41 227 23 7 190 3.55 197 24 7 219 3.10 226 25 6 237 2.47 243 26 7 212 3.20 219 27 4 224 1.75 228 28 6 225 2.60 231 29 2 218 0.91 220 30 10 221 4.33 231 31 6 216 2.70 222 32 3 237 1.25 240 33 8 239 3.24 247 34 10 206 4.63 216 35 4 242 1.63 246 36 7 255 2.67 262 37 8 229 3.38 237 38 8 217 3.56 225 39 12 255 4.49 267 40 3 216 1.37 219 41 2 208 0.95 210 42 11 237 4.44 248 43 0 253 0.00 253 44 10 218 4.39 228 45 7 211 3.21 218 46 8 222 3.48 230 47 7 232 2.93 239 48 6 225 2.60 231 49 8 224 3.45 232 50 5 226 2.16 231 51 8 256 3.03 264 52 4 229 1.72 233 53 7 229 2.97 236 54 10 218 4.39 228 55 6 232 2.52 238 56 6 207 2.82 213 57 6 242 2.42 248 58 7 224 3.03 231 59 3 211 1.40 214 60 6 226 2.59 232 61 10 216 4.42 226 62 6 219 2.67 225 63 6 191 3.05 197 64 7 197 3.43 204 65 4 215 1.83 219 66 7 186 3.63 193 67 5 228 2.15 233 68 3 214 1.38 217 69 4 211 1.86 215 70 3 233 1.27 236 71 8 193 3.98 201 72 5 195 2.50 200 73 0 220 0.00 220 74 8 196 3.92 204 75 4 188 2.08 192 76 4 198 1.98 202 77 2 161 1.23 163 78 11 169 6.11 180 79 2 193 1.03 195 80 7 164 4.09 171 81 4 166 2.35 170 82 7 185 3.65 192 83 6 175 3.31 181 84 4 159 2.45 163 85 1 163 0.61 164 86 3 161 1.83 164 87 5 142 3.40 147 88 5 154 3.14 159 89 5 146 3.31 151 90 5 154 3.14 159 91 6 144 4.00 150 92 3 143 2.05 146 93 9 157 5.42 166 94 5 145 3.33 150 95 3 152 1.94 155 96 8 119 6.30 127 97 7 141 4.73 148 98 5 119 4.03 124 99 6 132 4.35 138 100 1 86 1.15 87 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 146 271 35.01 417 2 149 357 29.45 506 3 123 347 26.17 470 4 91 370 19.74 461 5 48 494 8.86 542 6 41 546 6.98 587 7 39 622 5.90 661 8 47 656 6.69 703 9 41 601 6.39 642 10 35 594 5.56 629 11 24 578 3.99 602 12 35 589 5.61 624 13 27 636 4.07 663 14 24 600 3.85 624 15 26 618 4.04 644 16 29 574 4.81 603 17 30 613 4.67 643 18 23 562 3.93 585 19 27 580 4.45 607 20 29 605 4.57 634 21 37 587 5.93 624 22 29 548 5.03 577 23 24 609 3.79 633 24 24 602 3.83 626 25 26 627 3.98 653 26 14 643 2.13 657 27 19 614 3.00 633 28 26 614 4.06 640 29 24 674 3.44 698 30 24 643 3.60 667 31 33 588 5.31 621 32 22 647 3.29 669 33 20 644 3.01 664 34 22 631 3.37 653 35 31 625 4.73 656 36 15 618 2.37 633 37 28 603 4.44 631 38 25 649 3.71 674 39 29 648 4.28 677 40 21 659 3.09 680 41 23 684 3.25 707 42 14 640 2.14 654 43 23 622 3.57 645 44 23 648 3.43 671 45 16 673 2.32 689 46 22 673 3.17 695 47 12 646 1.82 658 48 11 609 1.77 620 49 15 599 2.44 614 50 29 633 4.38 662 51 21 589 3.44 610 52 21 628 3.24 649 53 24 592 3.90 616 54 25 628 3.83 653 55 16 612 2.55 628 56 18 609 2.87 627 57 18 614 2.85 632 58 14 622 2.20 636 59 10 664 1.48 674 60 19 619 2.98 638 61 21 601 3.38 622 62 13 582 2.18 595 63 13 586 2.17 599 64 12 608 1.94 620 65 23 557 3.97 580 66 21 562 3.60 583 67 11 560 1.93 571 68 14 576 2.37 590 69 19 562 3.27 581 70 15 534 2.73 549 71 17 515 3.20 532 72 17 537 3.07 554 73 16 544 2.86 560 74 16 547 2.84 563 75 17 499 3.29 516 76 14 528 2.58 542 77 13 460 2.75 473 78 16 523 2.97 539 79 21 507 3.98 528 80 8 498 1.58 506 81 10 511 1.92 521 82 12 475 2.46 487 83 8 476 1.65 484 84 11 449 2.39 460 85 16 471 3.29 487 86 14 443 3.06 457 87 8 450 1.75 458 88 7 447 1.54 454 89 14 418 3.24 432 90 9 427 2.06 436 91 14 417 3.25 431 92 15 410 3.53 425 93 19 403 4.50 422 94 10 385 2.53 395 95 16 344 4.44 360 96 18 366 4.69 384 97 12 382 3.05 394 98 10 377 2.58 387 99 13 355 3.53 368 100 10 281 3.44 291 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 46 25 64.79 71 2 49 38 56.32 87 3 62 34 64.58 96 4 46 27 63.01 73 5 48 29 62.34 77 6 33 18 64.71 51 7 27 20 57.45 47 8 32 17 65.31 49 9 28 12 70.00 40 10 29 24 54.72 53 11 47 16 74.60 63 12 45 14 76.27 59 13 42 13 76.36 55 14 33 18 64.71 51 15 33 8 80.49 41 16 38 16 70.37 54 17 49 17 74.24 66 18 26 8 76.47 34 19 39 13 75.00 52 20 26 18 59.09 44 21 27 14 65.85 41 22 27 15 64.29 42 23 25 15 62.50 40 24 37 15 71.15 52 25 33 5 86.84 38 26 34 8 80.95 42 27 29 6 82.86 35 28 29 12 70.73 41 29 22 13 62.86 35 30 32 7 82.05 39 31 24 8 75.00 32 32 27 5 84.38 32 33 19 6 76.00 25 34 30 9 76.92 39 35 25 11 69.44 36 36 25 11 69.44 36 37 27 11 71.05 38 38 20 6 76.92 26 39 26 7 78.79 33 40 27 9 75.00 36 41 23 12 65.71 35 42 24 4 85.71 28 43 22 9 70.97 31 44 20 7 74.07 27 45 32 8 80.00 40 46 23 6 79.31 29 47 20 4 83.33 24 48 19 10 65.52 29 49 15 7 68.18 22 50 28 5 84.85 33 51 15 4 78.95 19 52 15 4 78.95 19 53 12 6 66.67 18 54 15 3 83.33 18 55 22 5 81.48 27 56 16 10 61.54 26 57 26 6 81.25 32 58 9 4 69.23 13 59 12 5 70.59 17 60 20 0 100.00 20 61 14 7 66.67 21 62 13 2 86.67 15 63 12 6 66.67 18 64 11 6 64.71 17 65 11 1 91.67 12 66 9 4 69.23 13 67 13 3 81.25 16 68 15 1 93.75 16 69 12 3 80.00 15 70 11 5 68.75 16 71 14 2 87.50 16 72 9 3 75.00 12 73 8 3 72.73 11 74 6 3 66.67 9 75 15 7 68.18 22 76 11 2 84.62 13 77 11 2 84.62 13 78 7 2 77.78 9 79 6 3 66.67 9 80 7 1 87.50 8 81 8 5 61.54 13 82 8 1 88.89 9 83 9 4 69.23 13 84 9 2 81.82 11 85 7 2 77.78 9 86 11 1 91.67 12 87 3 2 60.00 5 88 6 3 66.67 9 89 9 2 81.82 11 90 10 4 71.43 14 91 3 2 60.00 5 92 3 1 75.00 4 93 5 2 71.43 7 94 1 1 50.00 2 95 5 0 100.00 5 96 8 1 88.89 9 97 4 2 66.67 6 98 6 2 75.00 8 99 3 1 75.00 4 100 0 1 0.00 1 CHG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 35 207 14.46 242 2 23 63 26.74 86 3 11 88 11.11 99 4 9 91 9.00 100 5 6 152 3.80 158 6 5 139 3.47 144 7 3 98 2.97 101 8 3 95 3.06 98 9 8 71 10.13 79 10 10 79 11.24 89 11 9 91 9.00 100 12 1 88 1.12 89 13 3 78 3.70 81 14 4 83 4.60 87 15 3 80 3.61 83 16 2 72 2.70 74 17 2 80 2.44 82 18 8 81 8.99 89 19 4 63 5.97 67 20 1 72 1.37 73 21 2 67 2.90 69 22 1 55 1.79 56 23 2 55 3.51 57 24 2 71 2.74 73 25 3 66 4.35 69 26 3 62 4.62 65 27 3 55 5.17 58 28 2 45 4.26 47 29 6 51 10.53 57 30 1 66 1.49 67 31 3 56 5.08 59 32 0 51 0.00 51 33 2 54 3.57 56 34 3 46 6.12 49 35 2 61 3.17 63 36 0 48 0.00 48 37 1 59 1.67 60 38 0 54 0.00 54 39 1 41 2.38 42 40 0 62 0.00 62 41 0 42 0.00 42 42 2 58 3.33 60 43 2 41 4.65 43 44 0 45 0.00 45 45 1 29 3.33 30 46 1 50 1.96 51 47 0 39 0.00 39 48 0 32 0.00 32 49 0 38 0.00 38 50 0 33 0.00 33 51 2 46 4.17 48 52 1 42 2.33 43 53 1 38 2.56 39 54 1 40 2.44 41 55 0 40 0.00 40 56 1 42 2.33 43 57 0 35 0.00 35 58 0 23 0.00 23 59 0 27 0.00 27 60 0 25 0.00 25 61 1 33 2.94 34 62 0 32 0.00 32 63 2 28 6.67 30 64 0 25 0.00 25 65 1 23 4.17 24 66 0 29 0.00 29 67 1 29 3.33 30 68 0 24 0.00 24 69 1 31 3.12 32 70 0 29 0.00 29 71 1 26 3.70 27 72 0 18 0.00 18 73 0 23 0.00 23 74 1 17 5.56 18 75 0 24 0.00 24 76 0 21 0.00 21 77 0 20 0.00 20 78 1 18 5.26 19 79 0 15 0.00 15 80 1 17 5.56 18 81 0 21 0.00 21 82 0 18 0.00 18 83 0 18 0.00 18 84 0 14 0.00 14 85 1 16 5.88 17 86 0 10 0.00 10 87 0 16 0.00 16 88 0 11 0.00 11 89 1 14 6.67 15 90 0 17 0.00 17 91 0 9 0.00 9 92 0 13 0.00 13 93 0 17 0.00 17 94 0 11 0.00 11 95 0 5 0.00 5 96 0 11 0.00 11 97 0 14 0.00 14 98 1 14 6.67 15 99 0 10 0.00 10 100 0 5 0.00 5 CHH context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 66 141 31.88 207 2 71 185 27.73 256 3 43 158 21.39 201 4 31 198 13.54 229 5 25 263 8.68 288 6 23 266 7.96 289 7 23 333 6.46 356 8 30 321 8.55 351 9 20 307 6.12 327 10 11 281 3.77 292 11 15 245 5.77 260 12 10 262 3.68 272 13 13 255 4.85 268 14 12 228 5.00 240 15 13 252 4.91 265 16 17 216 7.30 233 17 15 217 6.47 232 18 7 222 3.06 229 19 11 210 4.98 221 20 11 207 5.05 218 21 11 239 4.40 250 22 9 212 4.07 221 23 11 222 4.72 233 24 6 204 2.86 210 25 12 187 6.03 199 26 7 190 3.55 197 27 5 191 2.55 196 28 6 192 3.03 198 29 8 171 4.47 179 30 5 163 2.98 168 31 8 144 5.26 152 32 6 181 3.21 187 33 8 183 4.19 191 34 7 163 4.12 170 35 4 167 2.34 171 36 8 143 5.30 151 37 8 152 5.00 160 38 3 161 1.83 164 39 6 147 3.92 153 40 5 137 3.52 142 41 8 143 5.30 151 42 1 136 0.73 137 43 2 128 1.54 130 44 8 137 5.52 145 45 3 126 2.33 129 46 3 108 2.70 111 47 3 130 2.26 133 48 1 125 0.79 126 49 3 114 2.56 117 50 3 118 2.48 121 51 2 123 1.60 125 52 1 103 0.96 104 53 2 115 1.71 117 54 2 105 1.87 107 55 0 105 0.00 105 56 4 100 3.85 104 57 4 88 4.35 92 58 2 99 1.98 101 59 6 98 5.77 104 60 4 91 4.21 95 61 0 93 0.00 93 62 2 121 1.63 123 63 0 94 0.00 94 64 2 75 2.60 77 65 4 67 5.63 71 66 1 79 1.25 80 67 1 83 1.19 84 68 1 80 1.23 81 69 1 75 1.32 76 70 0 66 0.00 66 71 4 69 5.48 73 72 1 78 1.27 79 73 3 62 4.62 65 74 0 52 0.00 52 75 1 54 1.82 55 76 0 52 0.00 52 77 3 58 4.92 61 78 1 62 1.59 63 79 0 51 0.00 51 80 0 60 0.00 60 81 3 44 6.38 47 82 4 51 7.27 55 83 0 48 0.00 48 84 0 54 0.00 54 85 1 49 2.00 50 86 0 46 0.00 46 87 0 49 0.00 49 88 0 40 0.00 40 89 1 38 2.56 39 90 0 50 0.00 50 91 1 35 2.78 36 92 0 49 0.00 49 93 0 34 0.00 34 94 0 32 0.00 32 95 2 28 6.67 30 96 3 27 10.00 30 97 0 38 0.00 38 98 0 28 0.00 28 99 0 33 0.00 33 100 0 26 0.00 26