CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 102 39 72.34 141 2 147 54 73.13 201 3 136 66 67.33 202 4 100 57 63.69 157 5 99 45 68.75 144 6 66 47 58.41 113 7 72 40 64.29 112 8 84 28 75.00 112 9 76 35 68.47 111 10 99 32 75.57 131 11 115 34 77.18 149 12 116 30 79.45 146 13 132 27 83.02 159 14 107 45 70.39 152 15 122 35 77.71 157 16 120 27 81.63 147 17 105 40 72.41 145 18 115 34 77.18 149 19 118 43 73.29 161 20 129 41 75.88 170 21 135 41 76.70 176 22 121 35 77.56 156 23 108 32 77.14 140 24 124 36 77.50 160 25 129 41 75.88 170 26 131 53 71.20 184 27 117 30 79.59 147 28 132 36 78.57 168 29 139 40 77.65 179 30 118 45 72.39 163 31 132 37 78.11 169 32 133 37 78.24 170 33 121 44 73.33 165 34 127 30 80.89 157 35 117 49 70.48 166 36 133 35 79.17 168 37 124 34 78.48 158 38 122 41 74.85 163 39 115 29 79.86 144 40 140 32 81.40 172 41 118 34 77.63 152 42 115 45 71.88 160 43 138 23 85.71 161 44 142 33 81.14 175 45 110 47 70.06 157 46 140 29 82.84 169 47 119 38 75.80 157 48 130 32 80.25 162 49 154 32 82.80 186 50 154 32 82.80 186 51 121 21 85.21 142 52 123 37 76.88 160 53 128 31 80.50 159 54 114 31 78.62 145 55 107 27 79.85 134 56 135 32 80.84 167 57 136 34 80.00 170 58 125 30 80.65 155 59 130 33 79.75 163 60 126 28 81.82 154 61 105 25 80.77 130 62 113 25 81.88 138 63 125 29 81.17 154 64 117 24 82.98 141 65 113 32 77.93 145 66 115 42 73.25 157 67 113 30 79.02 143 68 113 34 76.87 147 69 102 35 74.45 137 70 95 34 73.64 129 71 103 30 77.44 133 72 113 42 72.90 155 73 105 21 83.33 126 74 123 29 80.92 152 75 97 38 71.85 135 76 102 25 80.31 127 77 99 31 76.15 130 78 84 36 70.00 120 79 103 23 81.75 126 80 72 36 66.67 108 81 100 27 78.74 127 82 85 19 81.73 104 83 84 28 75.00 112 84 88 25 77.88 113 85 77 29 72.64 106 86 88 23 79.28 111 87 82 25 76.64 107 88 67 27 71.28 94 89 88 23 79.28 111 90 68 25 73.12 93 91 83 22 79.05 105 92 70 32 68.63 102 93 62 29 68.13 91 94 77 17 81.91 94 95 96 32 75.00 128 96 65 32 67.01 97 97 66 22 75.00 88 98 58 21 73.42 79 99 56 28 66.67 84 100 17 9 65.38 26 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 69 370 15.72 439 2 37 133 21.76 170 3 33 185 15.14 218 4 17 264 6.05 281 5 22 298 6.88 320 6 9 312 2.80 321 7 5 223 2.19 228 8 7 206 3.29 213 9 5 185 2.63 190 10 9 198 4.35 207 11 12 220 5.17 232 12 9 233 3.72 242 13 8 201 3.83 209 14 10 223 4.29 233 15 8 208 3.70 216 16 10 227 4.22 237 17 8 252 3.08 260 18 12 205 5.53 217 19 4 245 1.61 249 20 8 206 3.74 214 21 7 217 3.12 224 22 2 230 0.86 232 23 8 249 3.11 257 24 8 233 3.32 241 25 6 253 2.32 259 26 4 236 1.67 240 27 9 245 3.54 254 28 6 234 2.50 240 29 6 238 2.46 244 30 5 230 2.13 235 31 4 243 1.62 247 32 5 247 1.98 252 33 2 232 0.85 234 34 4 250 1.57 254 35 8 237 3.27 245 36 9 247 3.52 256 37 5 272 1.81 277 38 7 237 2.87 244 39 10 258 3.73 268 40 7 225 3.02 232 41 8 256 3.03 264 42 4 253 1.56 257 43 7 231 2.94 238 44 3 231 1.28 234 45 3 254 1.17 257 46 10 235 4.08 245 47 6 245 2.39 251 48 5 235 2.08 240 49 7 264 2.58 271 50 6 231 2.53 237 51 6 247 2.37 253 52 4 240 1.64 244 53 5 233 2.10 238 54 5 232 2.11 237 55 2 229 0.87 231 56 4 233 1.69 237 57 5 219 2.23 224 58 5 262 1.87 267 59 6 217 2.69 223 60 7 247 2.76 254 61 5 232 2.11 237 62 4 208 1.89 212 63 8 210 3.67 218 64 6 239 2.45 245 65 1 216 0.46 217 66 5 225 2.17 230 67 8 217 3.56 225 68 8 223 3.46 231 69 4 203 1.93 207 70 3 235 1.26 238 71 6 196 2.97 202 72 3 200 1.48 203 73 8 202 3.81 210 74 8 218 3.54 226 75 4 183 2.14 187 76 4 206 1.90 210 77 6 195 2.99 201 78 8 196 3.92 204 79 7 201 3.37 208 80 5 189 2.58 194 81 5 171 2.84 176 82 3 196 1.51 199 83 5 169 2.87 174 84 8 154 4.94 162 85 2 178 1.11 180 86 4 150 2.60 154 87 5 150 3.23 155 88 7 171 3.93 178 89 5 151 3.21 156 90 5 171 2.84 176 91 7 170 3.95 177 92 2 154 1.28 156 93 6 150 3.85 156 94 4 156 2.50 160 95 4 149 2.61 153 96 4 145 2.68 149 97 6 148 3.90 154 98 2 131 1.50 133 99 4 145 2.68 149 100 1 108 0.92 109 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 126 285 30.66 411 2 152 340 30.89 492 3 102 332 23.50 434 4 64 398 13.85 462 5 43 514 7.72 557 6 36 610 5.57 646 7 29 734 3.80 763 8 43 670 6.03 713 9 26 658 3.80 684 10 30 633 4.52 663 11 24 673 3.44 697 12 30 633 4.52 663 13 22 668 3.19 690 14 29 689 4.04 718 15 26 649 3.85 675 16 31 601 4.91 632 17 22 608 3.49 630 18 26 593 4.20 619 19 27 638 4.06 665 20 35 655 5.07 690 21 24 655 3.53 679 22 29 686 4.06 715 23 23 681 3.27 704 24 21 650 3.13 671 25 19 683 2.71 702 26 22 654 3.25 676 27 20 647 3.00 667 28 22 637 3.34 659 29 18 657 2.67 675 30 26 659 3.80 685 31 17 671 2.47 688 32 12 648 1.82 660 33 20 645 3.01 665 34 23 678 3.28 701 35 17 677 2.45 694 36 19 693 2.67 712 37 32 633 4.81 665 38 25 660 3.65 685 39 20 677 2.87 697 40 24 639 3.62 663 41 19 684 2.70 703 42 24 697 3.33 721 43 20 670 2.90 690 44 13 669 1.91 682 45 16 631 2.47 647 46 18 655 2.67 673 47 16 711 2.20 727 48 15 683 2.15 698 49 19 636 2.90 655 50 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position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 45 26 63.38 71 2 67 38 63.81 105 3 69 39 63.89 108 4 48 36 57.14 84 5 47 21 69.12 68 6 31 26 54.39 57 7 46 21 68.66 67 8 37 14 72.55 51 9 29 21 58.00 50 10 40 10 80.00 50 11 38 17 69.09 55 12 51 22 69.86 73 13 53 20 72.60 73 14 49 14 77.78 63 15 50 26 65.79 76 16 43 8 84.31 51 17 46 22 67.65 68 18 45 12 78.95 57 19 42 17 71.19 59 20 48 16 75.00 64 21 42 17 71.19 59 22 42 17 71.19 59 23 40 12 76.92 52 24 33 15 68.75 48 25 37 8 82.22 45 26 34 18 65.38 52 27 43 11 79.63 54 28 33 15 68.75 48 29 36 9 80.00 45 30 40 12 76.92 52 31 48 15 76.19 63 32 28 14 66.67 42 33 39 14 73.58 53 34 24 12 66.67 36 35 41 12 77.36 53 36 29 13 69.05 42 37 28 7 80.00 35 38 34 9 79.07 43 39 29 7 80.56 36 40 24 6 80.00 30 41 27 13 67.50 40 42 22 7 75.86 29 43 29 10 74.36 39 44 19 8 70.37 27 45 26 8 76.47 34 46 29 10 74.36 39 47 27 7 79.41 34 48 21 8 72.41 29 49 30 1 96.77 31 50 23 8 74.19 31 51 26 8 76.47 34 52 26 6 81.25 32 53 29 3 90.62 32 54 21 2 91.30 23 55 26 10 72.22 36 56 19 4 82.61 23 57 22 6 78.57 28 58 20 6 76.92 26 59 17 6 73.91 23 60 16 7 69.57 23 61 18 7 72.00 25 62 18 6 75.00 24 63 19 0 100.00 19 64 11 5 68.75 16 65 17 7 70.83 24 66 9 5 64.29 14 67 14 6 70.00 20 68 11 3 78.57 14 69 17 6 73.91 23 70 12 4 75.00 16 71 18 2 90.00 20 72 10 5 66.67 15 73 16 3 84.21 19 74 10 2 83.33 12 75 10 3 76.92 13 76 17 7 70.83 24 77 14 0 100.00 14 78 8 4 66.67 12 79 11 2 84.62 13 80 6 3 66.67 9 81 6 4 60.00 10 82 13 1 92.86 14 83 9 2 81.82 11 84 7 3 70.00 10 85 15 1 93.75 16 86 11 3 78.57 14 87 13 0 100.00 13 88 5 0 100.00 5 89 12 2 85.71 14 90 6 3 66.67 9 91 7 1 87.50 8 92 13 2 86.67 15 93 10 0 100.00 10 94 4 2 66.67 6 95 10 1 90.91 11 96 10 3 76.92 13 97 9 1 90.00 10 98 3 1 75.00 4 99 8 0 100.00 8 100 3 0 100.00 3 CHG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 34 214 13.71 248 2 28 75 27.18 103 3 25 81 23.58 106 4 15 100 13.04 115 5 12 142 7.79 154 6 10 158 5.95 168 7 6 102 5.56 108 8 3 81 3.57 84 9 6 82 6.82 88 10 5 106 4.50 111 11 10 78 11.36 88 12 2 86 2.27 88 13 6 111 5.13 117 14 3 109 2.68 112 15 4 83 4.60 87 16 5 92 5.15 97 17 5 82 5.75 87 18 4 97 3.96 101 19 3 75 3.85 78 20 3 90 3.23 93 21 4 77 4.94 81 22 1 74 1.33 75 23 4 77 4.94 81 24 1 89 1.11 90 25 2 77 2.53 79 26 2 81 2.41 83 27 1 84 1.18 85 28 4 58 6.45 62 29 3 70 4.11 73 30 2 70 2.78 72 31 1 60 1.64 61 32 2 71 2.74 73 33 1 58 1.69 59 34 0 54 0.00 54 35 2 60 3.23 62 36 1 58 1.69 59 37 3 62 4.62 65 38 3 47 6.00 50 39 0 52 0.00 52 40 0 65 0.00 65 41 1 54 1.82 55 42 1 56 1.75 57 43 2 42 4.55 44 44 1 38 2.56 39 45 1 49 2.00 50 46 3 60 4.76 63 47 1 44 2.22 45 48 1 46 2.13 47 49 2 42 4.55 44 50 0 42 0.00 42 51 0 50 0.00 50 52 1 46 2.13 47 53 2 48 4.00 50 54 0 48 0.00 48 55 2 41 4.65 43 56 1 34 2.86 35 57 0 50 0.00 50 58 1 34 2.86 35 59 0 30 0.00 30 60 0 26 0.00 26 61 0 35 0.00 35 62 0 32 0.00 32 63 0 37 0.00 37 64 1 40 2.44 41 65 3 32 8.57 35 66 0 32 0.00 32 67 0 30 0.00 30 68 0 31 0.00 31 69 1 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250 22 6 232 2.52 238 23 9 224 3.86 233 24 8 224 3.45 232 25 6 230 2.54 236 26 6 201 2.90 207 27 7 222 3.06 229 28 3 195 1.52 198 29 6 208 2.80 214 30 5 217 2.25 222 31 3 206 1.44 209 32 2 179 1.10 181 33 5 174 2.79 179 34 6 186 3.12 192 35 5 184 2.65 189 36 3 177 1.67 180 37 5 168 2.89 173 38 2 175 1.13 177 39 4 185 2.12 189 40 6 162 3.57 168 41 4 177 2.21 181 42 2 142 1.39 144 43 0 139 0.00 139 44 6 173 3.35 179 45 2 159 1.24 161 46 9 142 5.96 151 47 3 130 2.26 133 48 6 130 4.41 136 49 5 141 3.42 146 50 3 157 1.88 160 51 4 120 3.23 124 52 6 126 4.55 132 53 0 130 0.00 130 54 2 120 1.64 122 55 2 124 1.59 126 56 5 111 4.31 116 57 2 117 1.68 119 58 6 104 5.45 110 59 0 120 0.00 120 60 4 116 3.33 120 61 1 98 1.01 99 62 5 103 4.63 108 63 3 94 3.09 97 64 0 91 0.00 91 65 2 104 1.89 106 66 2 113 1.74 115 67 1 97 1.02 98 68 2 78 2.50 80 69 0 93 0.00 93 70 2 83 2.35 85 71 4 88 4.35 92 72 1 85 1.16 86 73 3 91 3.19 94 74 4 67 5.63 71 75 1 88 1.12 89 76 0 81 0.00 81 77 2 80 2.44 82 78 0 85 0.00 85 79 1 72 1.37 73 80 3 73 3.95 76 81 1 69 1.43 70 82 4 75 5.06 79 83 2 71 2.74 73 84 1 58 1.69 59 85 1 77 1.28 78 86 0 64 0.00 64 87 1 54 1.82 55 88 2 59 3.28 61 89 0 59 0.00 59 90 1 53 1.85 54 91 2 54 3.57 56 92 1 51 1.92 52 93 0 56 0.00 56 94 1 44 2.22 45 95 1 64 1.54 65 96 1 53 1.85 54 97 1 47 2.08 48 98 0 41 0.00 41 99 0 37 0.00 37 100 0 33 0.00 33