CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 14 178 7.29 192 2 4 194 2.02 198 3 0 216 0.00 216 4 2 139 1.42 141 5 0 127 0.00 127 6 2 91 2.15 93 7 0 100 0.00 100 8 1 108 0.92 109 9 0 117 0.00 117 10 0 122 0.00 122 11 0 117 0.00 117 12 1 117 0.85 118 13 0 129 0.00 129 14 0 119 0.00 119 15 0 102 0.00 102 16 0 111 0.00 111 17 0 123 0.00 123 18 0 134 0.00 134 19 0 121 0.00 121 20 1 102 0.97 103 21 0 144 0.00 144 22 0 120 0.00 120 23 1 114 0.87 115 24 1 149 0.67 150 25 0 107 0.00 107 26 0 105 0.00 105 27 0 121 0.00 121 28 0 124 0.00 124 29 0 124 0.00 124 30 0 109 0.00 109 31 0 124 0.00 124 32 0 114 0.00 114 33 2 125 1.57 127 34 0 122 0.00 122 35 1 112 0.88 113 36 0 99 0.00 99 37 0 108 0.00 108 38 2 117 1.68 119 39 1 124 0.80 125 40 1 115 0.86 116 41 1 104 0.95 105 42 0 110 0.00 110 43 0 121 0.00 121 44 0 109 0.00 109 45 1 107 0.93 108 46 0 105 0.00 105 47 2 111 1.77 113 48 1 104 0.95 105 49 2 115 1.71 117 50 2 130 1.52 132 51 2 104 1.89 106 52 1 91 1.09 92 53 0 111 0.00 111 54 0 113 0.00 113 55 2 116 1.69 118 56 1 112 0.88 113 57 0 101 0.00 101 58 0 117 0.00 117 59 0 127 0.00 127 60 0 120 0.00 120 61 1 93 1.06 94 62 1 106 0.93 107 63 1 100 0.99 101 64 1 98 1.01 99 65 1 114 0.87 115 66 0 93 0.00 93 67 1 123 0.81 124 68 1 99 1.00 100 69 0 101 0.00 101 70 0 102 0.00 102 71 1 110 0.90 111 72 0 106 0.00 106 73 0 102 0.00 102 74 0 107 0.00 107 75 0 110 0.00 110 76 1 104 0.95 105 77 0 83 0.00 83 78 1 102 0.97 103 79 1 88 1.12 89 80 1 80 1.23 81 81 1 96 1.03 97 82 0 86 0.00 86 83 2 94 2.08 96 84 1 110 0.90 111 85 0 85 0.00 85 86 0 85 0.00 85 87 0 94 0.00 94 88 2 79 2.47 81 89 1 82 1.20 83 90 0 91 0.00 91 91 0 100 0.00 100 92 4 74 5.13 78 93 1 80 1.23 81 94 0 78 0.00 78 95 0 84 0.00 84 96 1 76 1.30 77 97 0 76 0.00 76 98 0 86 0.00 86 99 4 78 4.88 82 100 0 94 0.00 94 101 1 88 1.12 89 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 107 77 58.15 184 2 63 52 54.78 115 3 26 72 26.53 98 4 10 80 11.11 90 5 6 74 7.50 80 6 7 68 9.33 75 7 4 131 2.96 135 8 6 140 4.11 146 9 5 105 4.55 110 10 1 119 0.83 120 11 0 97 0.00 97 12 1 117 0.85 118 13 2 102 1.92 104 14 1 131 0.76 132 15 1 92 1.08 93 16 0 120 0.00 120 17 0 128 0.00 128 18 2 130 1.52 132 19 4 98 3.92 102 20 1 125 0.79 126 21 5 109 4.39 114 22 1 106 0.93 107 23 2 129 1.53 131 24 0 120 0.00 120 25 2 134 1.47 136 26 1 133 0.75 134 27 0 127 0.00 127 28 2 129 1.53 131 29 0 129 0.00 129 30 2 136 1.45 138 31 1 126 0.79 127 32 4 123 3.15 127 33 1 120 0.83 121 34 1 116 0.85 117 35 1 125 0.79 126 36 3 125 2.34 128 37 1 115 0.86 116 38 1 117 0.85 118 39 2 110 1.79 112 40 1 115 0.86 116 41 3 119 2.46 122 42 2 128 1.54 130 43 2 112 1.75 114 44 0 100 0.00 100 45 3 112 2.61 115 46 1 123 0.81 124 47 0 125 0.00 125 48 0 134 0.00 134 49 1 94 1.05 95 50 1 109 0.91 110 51 1 84 1.18 85 52 3 103 2.83 106 53 4 118 3.28 122 54 2 118 1.67 120 55 1 103 0.96 104 56 2 115 1.71 117 57 2 102 1.92 104 58 1 105 0.94 106 59 0 116 0.00 116 60 0 108 0.00 108 61 1 107 0.93 108 62 2 104 1.89 106 63 0 105 0.00 105 64 1 116 0.85 117 65 1 112 0.88 113 66 0 114 0.00 114 67 0 107 0.00 107 68 1 89 1.11 90 69 4 100 3.85 104 70 0 108 0.00 108 71 2 119 1.65 121 72 2 108 1.82 110 73 2 94 2.08 96 74 2 91 2.15 93 75 2 110 1.79 112 76 1 82 1.20 83 77 2 100 1.96 102 78 0 93 0.00 93 79 0 113 0.00 113 80 2 117 1.68 119 81 0 95 0.00 95 82 3 91 3.19 94 83 2 92 2.13 94 84 0 91 0.00 91 85 0 88 0.00 88 86 0 96 0.00 96 87 1 77 1.28 78 88 4 91 4.21 95 89 3 88 3.30 91 90 1 83 1.19 84 91 2 91 2.15 93 92 3 81 3.57 84 93 1 84 1.18 85 94 2 92 2.13 94 95 2 80 2.44 82 96 1 73 1.35 74 97 1 93 1.06 94 98 0 84 0.00 84 99 3 48 5.88 51 100 2 62 3.12 64 101 1 77 1.28 78 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 32 46 41.03 78 2 15 32 31.91 47 3 5 91 5.21 96 4 5 73 6.41 78 5 3 121 2.42 124 6 2 132 1.49 134 7 2 154 1.28 156 8 0 158 0.00 158 9 1 144 0.69 145 10 3 116 2.52 119 11 1 122 0.81 123 12 0 125 0.00 125 13 1 131 0.76 132 14 0 148 0.00 148 15 1 154 0.65 155 16 1 180 0.55 181 17 2 172 1.15 174 18 1 182 0.55 183 19 0 169 0.00 169 20 1 162 0.61 163 21 2 158 1.25 160 22 1 188 0.53 189 23 1 190 0.52 191 24 2 180 1.10 182 25 1 169 0.59 170 26 0 210 0.00 210 27 1 190 0.52 191 28 0 182 0.00 182 29 0 197 0.00 197 30 0 185 0.00 185 31 0 184 0.00 184 32 0 175 0.00 175 33 1 172 0.58 173 34 1 155 0.64 156 35 3 183 1.61 186 36 0 181 0.00 181 37 0 152 0.00 152 38 3 179 1.65 182 39 0 162 0.00 162 40 2 180 1.10 182 41 1 201 0.50 202 42 0 169 0.00 169 43 0 185 0.00 185 44 1 183 0.54 184 45 3 174 1.69 177 46 0 156 0.00 156 47 0 176 0.00 176 48 1 144 0.69 145 49 2 176 1.12 178 50 1 164 0.61 165 51 0 196 0.00 196 52 0 180 0.00 180 53 2 172 1.15 174 54 0 183 0.00 183 55 2 168 1.18 170 56 0 165 0.00 165 57 0 182 0.00 182 58 1 145 0.68 146 59 0 135 0.00 135 60 2 161 1.23 163 61 3 162 1.82 165 62 1 152 0.65 153 63 1 191 0.52 192 64 0 158 0.00 158 65 0 147 0.00 147 66 1 163 0.61 164 67 0 151 0.00 151 68 0 144 0.00 144 69 1 156 0.64 157 70 0 165 0.00 165 71 1 159 0.62 160 72 0 156 0.00 156 73 0 141 0.00 141 74 1 139 0.71 140 75 0 135 0.00 135 76 0 138 0.00 138 77 1 152 0.65 153 78 2 140 1.41 142 79 2 150 1.32 152 80 0 152 0.00 152 81 0 131 0.00 131 82 1 125 0.79 126 83 1 139 0.71 140 84 1 129 0.77 130 85 1 120 0.83 121 86 0 132 0.00 132 87 0 133 0.00 133 88 1 146 0.68 147 89 0 141 0.00 141 90 0 155 0.00 155 91 0 129 0.00 129 92 0 120 0.00 120 93 0 130 0.00 130 94 0 131 0.00 131 95 1 110 0.90 111 96 0 124 0.00 124 97 0 124 0.00 124 98 0 116 0.00 116 99 1 88 1.12 89 100 1 87 1.14 88 101 0 119 0.00 119 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 14 68 17.07 82 2 15 84 15.15 99 3 14 97 12.61 111 4 8 88 8.33 96 5 1 123 0.81 124 6 0 74 0.00 74 7 0 59 0.00 59 8 1 77 1.28 78 9 0 72 0.00 72 10 0 64 0.00 64 11 2 71 2.74 73 12 0 63 0.00 63 13 0 83 0.00 83 14 0 63 0.00 63 15 0 54 0.00 54 16 0 51 0.00 51 17 0 70 0.00 70 18 0 77 0.00 77 19 0 66 0.00 66 20 1 63 1.56 64 21 0 71 0.00 71 22 0 47 0.00 47 23 0 50 0.00 50 24 0 65 0.00 65 25 0 95 0.00 95 26 0 66 0.00 66 27 0 43 0.00 43 28 0 63 0.00 63 29 0 63 0.00 63 30 0 63 0.00 63 31 0 66 0.00 66 32 0 49 0.00 49 33 0 48 0.00 48 34 0 57 0.00 57 35 0 46 0.00 46 36 0 47 0.00 47 37 0 62 0.00 62 38 1 54 1.82 55 39 1 49 2.00 50 40 0 48 0.00 48 41 0 37 0.00 37 42 0 47 0.00 47 43 0 33 0.00 33 44 1 37 2.63 38 45 2 56 3.45 58 46 0 33 0.00 33 47 0 36 0.00 36 48 0 56 0.00 56 49 0 37 0.00 37 50 0 41 0.00 41 51 0 45 0.00 45 52 0 48 0.00 48 53 0 30 0.00 30 54 0 34 0.00 34 55 0 43 0.00 43 56 0 30 0.00 30 57 0 37 0.00 37 58 0 35 0.00 35 59 0 38 0.00 38 60 0 30 0.00 30 61 0 24 0.00 24 62 0 31 0.00 31 63 0 37 0.00 37 64 0 38 0.00 38 65 0 32 0.00 32 66 0 36 0.00 36 67 0 34 0.00 34 68 0 35 0.00 35 69 0 24 0.00 24 70 0 32 0.00 32 71 0 19 0.00 19 72 0 23 0.00 23 73 0 29 0.00 29 74 0 34 0.00 34 75 0 19 0.00 19 76 0 25 0.00 25 77 0 30 0.00 30 78 0 16 0.00 16 79 0 29 0.00 29 80 0 29 0.00 29 81 0 19 0.00 19 82 1 22 4.35 23 83 0 29 0.00 29 84 0 26 0.00 26 85 1 15 6.25 16 86 0 29 0.00 29 87 0 19 0.00 19 88 1 19 5.00 20 89 0 24 0.00 24 90 0 13 0.00 13 91 1 28 3.45 29 92 0 22 0.00 22 93 0 15 0.00 15 94 0 17 0.00 17 95 0 22 0.00 22 96 0 19 0.00 19 97 0 29 0.00 29 98 0 9 0.00 9 CHG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 8 38 17.39 46 2 11 44 20.00 55 3 12 70 14.63 82 4 13 66 16.46 79 5 2 111 1.77 113 6 1 127 0.78 128 7 0 58 0.00 58 8 1 85 1.16 86 9 0 90 0.00 90 10 1 64 1.54 65 11 1 64 1.54 65 12 1 73 1.35 74 13 0 64 0.00 64 14 1 78 1.27 79 15 1 84 1.18 85 16 0 53 0.00 53 17 0 77 0.00 77 18 1 69 1.43 70 19 0 55 0.00 55 20 1 65 1.52 66 21 0 44 0.00 44 22 0 65 0.00 65 23 1 51 1.92 52 24 0 40 0.00 40 25 0 46 0.00 46 26 1 75 1.32 76 27 1 58 1.69 59 28 0 65 0.00 65 29 0 62 0.00 62 30 0 60 0.00 60 31 0 39 0.00 39 32 1 52 1.89 53 33 0 62 0.00 62 34 0 58 0.00 58 35 1 38 2.56 39 36 0 48 0.00 48 37 0 40 0.00 40 38 0 56 0.00 56 39 1 62 1.59 63 40 0 49 0.00 49 41 1 46 2.13 47 42 1 39 2.50 40 43 0 49 0.00 49 44 1 49 2.00 50 45 0 38 0.00 38 46 0 47 0.00 47 47 0 48 0.00 48 48 0 59 0.00 59 49 1 39 2.50 40 50 1 36 2.70 37 51 0 57 0.00 57 52 1 46 2.13 47 53 1 55 1.79 56 54 0 32 0.00 32 55 0 36 0.00 36 56 0 41 0.00 41 57 0 38 0.00 38 58 0 41 0.00 41 59 0 41 0.00 41 60 0 30 0.00 30 61 1 49 2.00 50 62 0 33 0.00 33 63 0 33 0.00 33 64 0 40 0.00 40 65 1 28 3.45 29 66 0 32 0.00 32 67 0 22 0.00 22 68 2 43 4.44 45 69 1 27 3.57 28 70 1 34 2.86 35 71 1 39 2.50 40 72 0 22 0.00 22 73 0 27 0.00 27 74 0 26 0.00 26 75 0 34 0.00 34 76 0 18 0.00 18 77 0 25 0.00 25 78 0 27 0.00 27 79 0 12 0.00 12 80 0 25 0.00 25 81 0 15 0.00 15 82 0 13 0.00 13 83 1 27 3.57 28 84 0 25 0.00 25 85 0 27 0.00 27 86 0 19 0.00 19 87 0 24 0.00 24 88 0 20 0.00 20 89 0 28 0.00 28 90 0 11 0.00 11 91 0 12 0.00 12 92 1 17 5.56 18 93 0 22 0.00 22 94 0 19 0.00 19 95 1 14 6.67 15 96 0 17 0.00 17 97 0 20 0.00 20 98 0 22 0.00 22 CHH context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 4 48 7.69 52 2 7 27 20.59 34 3 4 38 9.52 42 4 7 27 20.59 34 5 0 47 0.00 47 6 1 74 1.33 75 7 1 114 0.87 115 8 0 126 0.00 126 9 0 117 0.00 117 10 0 126 0.00 126 11 0 121 0.00 121 12 0 124 0.00 124 13 1 129 0.77 130 14 1 127 0.78 128 15 0 128 0.00 128 16 1 122 0.81 123 17 0 108 0.00 108 18 0 118 0.00 118 19 0 96 0.00 96 20 0 82 0.00 82 21 0 83 0.00 83 22 1 105 0.94 106 23 1 89 1.11 90 24 1 85 1.16 86 25 0 95 0.00 95 26 0 82 0.00 82 27 0 95 0.00 95 28 0 95 0.00 95 29 0 102 0.00 102 30 1 97 1.02 98 31 0 89 0.00 89 32 0 78 0.00 78 33 0 100 0.00 100 34 0 99 0.00 99 35 0 74 0.00 74 36 1 87 1.14 88 37 0 69 0.00 69 38 0 83 0.00 83 39 0 84 0.00 84 40 0 69 0.00 69 41 1 84 1.18 85 42 1 66 1.49 67 43 0 89 0.00 89 44 0 82 0.00 82 45 1 71 1.39 72 46 0 58 0.00 58 47 0 75 0.00 75 48 0 62 0.00 62 49 0 65 0.00 65 50 0 71 0.00 71 51 0 62 0.00 62 52 1 63 1.56 64 53 1 80 1.23 81 54 0 58 0.00 58 55 0 60 0.00 60 56 0 58 0.00 58 57 0 57 0.00 57 58 0 52 0.00 52 59 0 45 0.00 45 60 0 68 0.00 68 61 0 59 0.00 59 62 0 43 0.00 43 63 0 59 0.00 59 64 0 63 0.00 63 65 0 49 0.00 49 66 0 51 0.00 51 67 0 51 0.00 51 68 0 64 0.00 64 69 0 44 0.00 44 70 0 53 0.00 53 71 0 50 0.00 50 72 0 48 0.00 48 73 0 53 0.00 53 74 1 52 1.89 53 75 0 55 0.00 55 76 1 42 2.33 43 77 0 46 0.00 46 78 0 39 0.00 39 79 0 54 0.00 54 80 0 45 0.00 45 81 0 41 0.00 41 82 2 37 5.13 39 83 1 42 2.33 43 84 1 40 2.44 41 85 0 46 0.00 46 86 0 53 0.00 53 87 0 33 0.00 33 88 0 46 0.00 46 89 0 37 0.00 37 90 0 42 0.00 42 91 0 35 0.00 35 92 1 41 2.38 42 93 0 38 0.00 38 94 0 38 0.00 38 95 0 27 0.00 27 96 0 41 0.00 41 97 0 16 0.00 16 98 0 44 0.00 44