CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 363805 2257322 13.88 2621127 2 346586 2100107 14.17 2446693 3 346947 2133564 13.99 2480511 4 349195 2163369 13.90 2512564 5 354398 2138040 14.22 2492438 6 357865 2213377 13.92 2571242 7 364674 2208802 14.17 2573476 8 366020 2193806 14.30 2559826 9 367139 2200582 14.30 2567721 10 368590 2194819 14.38 2563409 11 370122 2206768 14.36 2576890 12 367604 2194969 14.35 2562573 13 367040 2168580 14.48 2535620 14 371358 2221214 14.32 2592572 15 372074 2232757 14.28 2604831 16 374009 2226035 14.38 2600044 17 372318 2248702 14.21 2621020 18 368150 2232078 14.16 2600228 19 373386 2222211 14.39 2595597 20 370041 2225902 14.25 2595943 21 372109 2216746 14.37 2588855 22 368613 2208921 14.30 2577534 23 370904 2230716 14.26 2601620 24 368513 2204602 14.32 2573115 25 367513 2242725 14.08 2610238 26 368166 2256013 14.03 2624179 27 371202 2242422 14.20 2613624 28 365607 2232622 14.07 2598229 29 366170 2222520 14.14 2588690 30 364840 2214899 14.14 2579739 31 363608 2195132 14.21 2558740 32 370157 2233862 14.21 2604019 33 367338 2238009 14.10 2605347 34 365739 2220576 14.14 2586315 35 364377 2234271 14.02 2598648 36 359731 2212441 13.99 2572172 37 360687 2211667 14.02 2572354 38 358735 2207201 13.98 2565936 39 363828 2227554 14.04 2591382 40 360576 2197737 14.09 2558313 41 365126 2227538 14.08 2592664 42 355619 2198402 13.92 2554021 43 360124 2202688 14.05 2562812 44 358261 2193842 14.04 2552103 45 352295 2195739 13.83 2548034 46 350415 2172519 13.89 2522934 47 350259 2200543 13.73 2550802 48 349233 2164613 13.89 2513846 49 352141 2169032 13.97 2521173 50 346986 2144126 13.93 2491112 51 347348 2156037 13.88 2503385 52 341416 2151439 13.70 2492855 53 339754 2155503 13.62 2495257 54 341568 2144367 13.74 2485935 55 336337 2138663 13.59 2475000 56 341309 2146028 13.72 2487337 57 338683 2136052 13.69 2474735 58 336148 2114930 13.71 2451078 59 334114 2097278 13.74 2431392 60 330934 2088439 13.68 2419373 61 332753 2100227 13.68 2432980 62 334194 2110459 13.67 2444653 63 331486 2111383 13.57 2442869 64 327017 2066546 13.66 2393563 65 325849 2080716 13.54 2406565 66 324502 2062855 13.59 2387357 67 320747 2044498 13.56 2365245 68 319384 2048823 13.49 2368207 69 320392 2033632 13.61 2354024 70 313024 2000599 13.53 2313623 71 315964 2000644 13.64 2316608 72 307912 1974174 13.49 2282086 73 310719 1972435 13.61 2283154 74 308495 1982416 13.47 2290911 75 303112 1968931 13.34 2272043 76 300790 1947478 13.38 2248268 77 296030 1949271 13.18 2245301 78 296646 1927392 13.34 2224038 79 296511 1917135 13.39 2213646 80 295994 1905319 13.45 2201313 81 290157 1885592 13.34 2175749 82 284404 1866211 13.22 2150615 83 283408 1857647 13.24 2141055 84 280834 1859846 13.12 2140680 85 280117 1844770 13.18 2124887 86 279015 1844521 13.14 2123536 87 276173 1831165 13.11 2107338 88 273408 1808550 13.13 2081958 89 270064 1801018 13.04 2071082 90 267509 1780127 13.06 2047636 91 266711 1774555 13.07 2041266 92 263913 1756568 13.06 2020481 93 261795 1743460 13.06 2005255 94 256348 1719448 12.97 1975796 95 254854 1717668 12.92 1972522 96 252821 1699881 12.95 1952702 97 251825 1686205 12.99 1938030 98 247197 1682000 12.81 1929197 99 246047 1654758 12.94 1900805 100 243264 1635027 12.95 1878291 101 241525 1633466 12.88 1874991 102 235998 1599121 12.86 1835119 103 232181 1581329 12.80 1813510 104 230909 1576887 12.77 1807796 105 228417 1561554 12.76 1789971 106 224866 1540744 12.74 1765610 107 222795 1535268 12.67 1758063 108 219582 1510439 12.69 1730021 109 218717 1502520 12.71 1721237 110 215868 1482550 12.71 1698418 111 212833 1474080 12.62 1686913 112 210622 1450407 12.68 1661029 113 207644 1435297 12.64 1642941 114 204226 1411420 12.64 1615646 115 201585 1401370 12.58 1602955 116 199690 1389777 12.56 1589467 117 196436 1374573 12.50 1571009 118 194480 1355243 12.55 1549723 119 194619 1352919 12.58 1547538 120 189568 1325308 12.51 1514876 121 188452 1312792 12.55 1501244 122 184411 1291290 12.50 1475701 123 182956 1276768 12.53 1459724 124 180070 1257448 12.53 1437518 125 175118 1245622 12.33 1420740 126 172534 1225054 12.35 1397588 127 170147 1211153 12.32 1381300 128 167747 1207960 12.19 1375707 129 166983 1185119 12.35 1352102 130 164356 1166858 12.35 1331214 131 162587 1157273 12.32 1319860 132 160209 1138470 12.34 1298679 133 157288 1124409 12.27 1281697 134 153977 1107484 12.21 1261461 135 139793 1085352 11.41 1225145 136 65434 980496 6.26 1045930 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 18272 4237085 0.43 4255357 2 16244 3628033 0.45 3644277 3 14182 3499171 0.40 3513353 4 14180 3511853 0.40 3526033 5 13639 3491873 0.39 3505512 6 14340 3423300 0.42 3437640 7 13821 3463436 0.40 3477257 8 14687 3545860 0.41 3560547 9 14139 3473810 0.41 3487949 10 14526 3563302 0.41 3577828 11 13866 3601252 0.38 3615118 12 14030 3586738 0.39 3600768 13 13577 3546227 0.38 3559804 14 14041 3560489 0.39 3574530 15 13760 3544674 0.39 3558434 16 13906 3561571 0.39 3575477 17 13670 3607417 0.38 3621087 18 13640 3546530 0.38 3560170 19 13506 3611705 0.37 3625211 20 13999 3582238 0.39 3596237 21 13672 3572091 0.38 3585763 22 13767 3591309 0.38 3605076 23 13890 3571479 0.39 3585369 24 13943 3584630 0.39 3598573 25 13704 3570761 0.38 3584465 26 13890 3633689 0.38 3647579 27 13631 3558900 0.38 3572531 28 13723 3570933 0.38 3584656 29 13586 3577768 0.38 3591354 30 13817 3544857 0.39 3558674 31 13580 3565346 0.38 3578926 32 13828 3581910 0.38 3595738 33 13720 3573109 0.38 3586829 34 13872 3580347 0.39 3594219 35 13543 3559327 0.38 3572870 36 13527 3578036 0.38 3591563 37 13376 3504584 0.38 3517960 38 13250 3572231 0.37 3585481 39 13636 3516943 0.39 3530579 40 13687 3558214 0.38 3571901 41 13427 3564548 0.38 3577975 42 13782 3574206 0.38 3587988 43 13341 3517224 0.38 3530565 44 13704 3539061 0.39 3552765 45 13574 3493755 0.39 3507329 46 13307 3485547 0.38 3498854 47 13491 3510877 0.38 3524368 48 13734 3500285 0.39 3514019 49 13233 3456501 0.38 3469734 50 13690 3517260 0.39 3530950 51 13313 3445382 0.38 3458695 52 13674 3481084 0.39 3494758 53 13128 3441226 0.38 3454354 54 13703 3436886 0.40 3450589 55 13190 3389533 0.39 3402723 56 13442 3437256 0.39 3450698 57 13289 3375683 0.39 3388972 58 13415 3382968 0.39 3396383 59 13247 3405360 0.39 3418607 60 13374 3399619 0.39 3412993 61 12901 3340527 0.38 3353428 62 13434 3385107 0.40 3398541 63 12977 3327148 0.39 3340125 64 13174 3339656 0.39 3352830 65 12976 3335160 0.39 3348136 66 13098 3314513 0.39 3327611 67 13196 3271189 0.40 3284385 68 13101 3330701 0.39 3343802 69 12913 3250116 0.40 3263029 70 12845 3261483 0.39 3274328 71 12981 3240390 0.40 3253371 72 12924 3210698 0.40 3223622 73 12717 3182162 0.40 3194879 74 12837 3182617 0.40 3195454 75 12485 3125878 0.40 3138363 76 12431 3142173 0.39 3154604 77 12527 3124821 0.40 3137348 78 12576 3113637 0.40 3126213 79 12360 3068052 0.40 3080412 80 12750 3092287 0.41 3105037 81 12278 3022271 0.40 3034549 82 12117 3027490 0.40 3039607 83 12087 3003113 0.40 3015200 84 11835 2982860 0.40 2994695 85 11868 2953818 0.40 2965686 86 12034 2959750 0.40 2971784 87 11758 2910065 0.40 2921823 88 11833 2905803 0.41 2917636 89 11939 2911695 0.41 2923634 90 11675 2867400 0.41 2879075 91 11567 2835913 0.41 2847480 92 11475 2826765 0.40 2838240 93 11393 2783036 0.41 2794429 94 11125 2765845 0.40 2776970 95 11118 2743770 0.40 2754888 96 11027 2722823 0.40 2733850 97 11000 2699492 0.41 2710492 98 11136 2702874 0.41 2714010 99 11046 2670895 0.41 2681941 100 11117 2639756 0.42 2650873 101 10778 2619458 0.41 2630236 102 10796 2583517 0.42 2594313 103 10728 2549883 0.42 2560611 104 10584 2559563 0.41 2570147 105 10604 2503584 0.42 2514188 106 10512 2487691 0.42 2498203 107 10376 2464598 0.42 2474974 108 10277 2449574 0.42 2459851 109 10369 2421173 0.43 2431542 110 10314 2432385 0.42 2442699 111 10285 2366676 0.43 2376961 112 10090 2358316 0.43 2368406 113 10174 2306290 0.44 2316464 114 9993 2290106 0.43 2300099 115 9763 2241346 0.43 2251109 116 9856 2249492 0.44 2259348 117 9866 2215133 0.44 2224999 118 9614 2195376 0.44 2204990 119 9740 2174739 0.45 2184479 120 9578 2159345 0.44 2168923 121 9537 2100151 0.45 2109688 122 9799 2102051 0.46 2111850 123 9576 2048882 0.47 2058458 124 9586 2044713 0.47 2054299 125 9427 2009283 0.47 2018710 126 9280 1974381 0.47 1983661 127 9317 1940687 0.48 1950004 128 9755 1937428 0.50 1947183 129 9711 1903684 0.51 1913395 130 10018 1882854 0.53 1892872 131 10203 1874733 0.54 1884936 132 10593 1840270 0.57 1850863 133 10479 1801908 0.58 1812387 134 10208 1785983 0.57 1796191 135 8319 1714688 0.48 1723007 136 2782 1536400 0.18 1539182 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 75505 11526896 0.65 11602401 2 83058 12287308 0.67 12370366 3 69775 12378259 0.56 12448034 4 81859 12385480 0.66 12467339 5 72402 12306430 0.58 12378832 6 88290 12268548 0.71 12356838 7 76078 12177934 0.62 12254012 8 83854 12298286 0.68 12382140 9 68164 12223055 0.55 12291219 10 79436 12227361 0.65 12306797 11 67751 12195142 0.55 12262893 12 82737 12147048 0.68 12229785 13 74972 12173356 0.61 12248328 14 84895 12243801 0.69 12328696 15 70133 12205071 0.57 12275204 16 77718 12128767 0.64 12206485 17 67817 12252496 0.55 12320313 18 79341 12222692 0.64 12302033 19 74781 12239837 0.61 12314618 20 82441 12198899 0.67 12281340 21 72436 12095309 0.60 12167745 22 80532 12054695 0.66 12135227 23 65409 12094107 0.54 12159516 24 75629 12105449 0.62 12181078 25 68838 12125351 0.56 12194189 26 80826 12179604 0.66 12260430 27 73265 12239829 0.60 12313094 28 80481 12144266 0.66 12224747 29 65346 12165186 0.53 12230532 30 74185 12096618 0.61 12170803 31 64383 12051283 0.53 12115666 32 75787 12069754 0.62 12145541 33 70278 11989429 0.58 12059707 34 79346 12070548 0.65 12149894 35 67499 12097053 0.55 12164552 36 71199 12107225 0.58 12178424 37 63943 12033988 0.53 12097931 38 72185 12075479 0.59 12147664 39 67452 12037858 0.56 12105310 40 76567 11995663 0.63 12072230 41 67889 12006644 0.56 12074533 42 71070 11924846 0.59 11995916 43 62820 11918394 0.52 11981214 44 66187 11965577 0.55 12031764 45 62893 11981512 0.52 12044405 46 74405 11921086 0.62 11995491 47 67263 11939929 0.56 12007192 48 71461 11833051 0.60 11904512 49 63117 11897609 0.53 11960726 50 64347 11889404 0.54 11953751 51 59384 11881488 0.50 11940872 52 69987 11814061 0.59 11884048 53 64340 11812313 0.54 11876653 54 70693 11791206 0.60 11861899 55 62270 11723548 0.53 11785818 56 62168 11789856 0.52 11852024 57 57919 11801597 0.49 11859516 58 65039 11695404 0.55 11760443 59 60896 11753891 0.52 11814787 60 68358 11654293 0.58 11722651 61 61601 11575598 0.53 11637199 62 61847 11613784 0.53 11675631 63 57741 11510102 0.50 11567843 64 59996 11476900 0.52 11536896 65 56816 11487651 0.49 11544467 66 63386 11481627 0.55 11545013 67 60926 11453989 0.53 11514915 68 61599 11458175 0.53 11519774 69 55127 11358204 0.48 11413331 70 58471 11274292 0.52 11332763 71 54096 11302437 0.48 11356533 72 59026 11196010 0.52 11255036 73 57183 11154071 0.51 11211254 74 60724 11144680 0.54 11205404 75 53581 11023632 0.48 11077213 76 56535 11023311 0.51 11079846 77 50501 10993331 0.46 11043832 78 56196 10895067 0.51 10951263 79 53421 10887870 0.49 10941291 80 56285 10819698 0.52 10875983 81 53264 10707602 0.49 10760866 82 55091 10640334 0.52 10695425 83 49012 10567108 0.46 10616120 84 50750 10482611 0.48 10533361 85 50002 10429310 0.48 10479312 86 52763 10418362 0.50 10471125 87 51079 10343160 0.49 10394239 88 53577 10268917 0.52 10322494 89 48071 10237443 0.47 10285514 90 49585 10147972 0.49 10197557 91 46697 10106277 0.46 10152974 92 48665 10023114 0.48 10071779 93 48660 9896577 0.49 9945237 94 51195 9800405 0.52 9851600 95 45863 9734282 0.47 9780145 96 47171 9673673 0.49 9720844 97 43263 9665298 0.45 9708561 98 45618 9633810 0.47 9679428 99 44611 9549552 0.46 9594163 100 48485 9480465 0.51 9528950 101 45202 9377458 0.48 9422660 102 45661 9248872 0.49 9294533 103 41874 9135036 0.46 9176910 104 42095 9059625 0.46 9101720 105 40956 8962074 0.45 9003030 106 43978 8923685 0.49 8967663 107 42890 8893452 0.48 8936342 108 42973 8803236 0.49 8846209 109 40875 8748642 0.47 8789517 110 40097 8660453 0.46 8700550 111 38443 8545851 0.45 8584294 112 41096 8442352 0.48 8483448 113 40009 8356404 0.48 8396413 114 41505 8257946 0.50 8299451 115 38635 8142384 0.47 8181019 116 38213 8102567 0.47 8140780 117 36267 8046239 0.45 8082506 118 38408 7961944 0.48 8000352 119 37096 7901632 0.47 7938728 120 38901 7775507 0.50 7814408 121 37832 7697240 0.49 7735072 122 37243 7601022 0.49 7638265 123 35150 7485444 0.47 7520594 124 36155 7393745 0.49 7429900 125 35144 7288498 0.48 7323642 126 36917 7196310 0.51 7233227 127 36176 7126100 0.51 7162276 128 36000 7087004 0.51 7123004 129 36229 6999640 0.51 7035869 130 36439 6902350 0.53 6938789 131 36133 6830230 0.53 6866363 132 39404 6710868 0.58 6750272 133 40337 6607528 0.61 6647865 134 40216 6526714 0.61 6566930 135 30544 6378495 0.48 6409039 136 15129 5920649 0.25 5935778 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 126796 921339 12.10 1048135 2 116810 836496 12.25 953306 3 115252 833431 12.15 948683 4 113955 826981 12.11 940936 5 114339 813238 12.33 927577 6 112163 823409 11.99 935572 7 113840 811761 12.30 925601 8 111857 792203 12.37 904060 9 110473 781363 12.39 891836 10 107797 764129 12.36 871926 11 108026 758032 12.47 866058 12 105527 740931 12.47 846458 13 103106 721051 12.51 824157 14 101911 722423 12.36 824334 15 100919 720376 12.29 821295 16 98915 704695 12.31 803610 17 97685 700972 12.23 798657 18 95347 685453 12.21 780800 19 94328 671003 12.33 765331 20 92435 661522 12.26 753957 21 91098 646799 12.35 737897 22 89011 632725 12.33 721736 23 87983 626034 12.32 714017 24 85569 607931 12.34 693500 25 84122 608486 12.15 692608 26 82832 603952 12.06 686784 27 82230 592811 12.18 675041 28 79652 579335 12.09 658987 29 78471 566991 12.16 645462 30 77182 556604 12.18 633786 31 75252 542370 12.18 617622 32 75967 542209 12.29 618176 33 73540 530608 12.17 604148 34 71933 518718 12.18 590651 35 70944 515514 12.10 586458 36 68200 500126 12.00 568326 37 67523 493867 12.03 561390 38 65719 484209 11.95 549928 39 65642 481840 11.99 547482 40 65175 469627 12.19 534802 41 64328 467147 12.10 531475 42 61635 452303 11.99 513938 43 61552 447186 12.10 508738 44 59972 436154 12.09 496126 45 58272 429444 11.95 487716 46 56495 417620 11.92 474115 47 55855 417375 11.80 473230 48 54745 403138 11.96 457883 49 54251 399780 11.95 454031 50 52913 390129 11.94 443042 51 52647 386165 12.00 438812 52 50479 377543 11.79 428022 53 49719 370351 11.84 420070 54 48601 362695 11.82 411296 55 47524 356720 11.76 404244 56 47493 351458 11.90 398951 57 45759 346085 11.68 391844 58 44914 336516 11.78 381430 59 44044 329769 11.78 373813 60 43102 322813 11.78 365915 61 43330 320194 11.92 363524 62 42656 316874 11.86 359530 63 42047 311909 11.88 353956 64 40471 300950 11.85 341421 65 39609 298738 11.71 338347 66 39536 290526 11.98 330062 67 38135 283830 11.84 321965 68 36976 280679 11.64 317655 69 36921 275504 11.82 312425 70 36324 268570 11.91 304894 71 35496 266238 11.76 301734 72 34272 256942 11.77 291214 73 34170 254951 11.82 289121 74 33904 251637 11.87 285541 75 32156 245970 11.56 278126 76 31821 239177 11.74 270998 77 30875 236909 11.53 267784 78 30533 231050 11.67 261583 79 30047 227733 11.66 257780 80 29510 222312 11.72 251822 81 28549 217980 11.58 246529 82 27798 212152 11.58 239950 83 27109 208625 11.50 235734 84 26782 206636 11.47 233418 85 26443 202749 11.54 229192 86 25659 200869 11.33 226528 87 25656 194643 11.65 220299 88 25118 191659 11.59 216777 89 23831 187149 11.30 210980 90 23707 182860 11.48 206567 91 23635 182166 11.48 205801 92 22992 178014 11.44 201006 93 22862 176234 11.48 199096 94 21917 170506 11.39 192423 95 21727 169652 11.35 191379 96 21414 164852 11.50 186266 97 20816 161249 11.43 182065 98 20069 159093 11.20 179162 99 19903 154093 11.44 173996 100 19469 151885 11.36 171354 101 19067 151122 11.20 170189 102 18586 146473 11.26 165059 103 17974 144078 11.09 162052 104 17880 140968 11.26 158848 105 17648 139320 11.24 156968 106 17027 136116 11.12 153143 107 16972 134209 11.23 151181 108 16342 130209 11.15 146551 109 16474 128738 11.34 145212 110 15715 125674 11.11 141389 111 15226 123396 10.98 138622 112 14993 120759 11.04 135752 113 14875 119016 11.11 133891 114 14321 115607 11.02 129928 115 14432 113702 11.26 128134 116 13944 111895 11.08 125839 117 13685 109704 11.09 123389 118 13339 106902 11.09 120241 119 13479 106083 11.27 119562 120 12733 102868 11.01 115601 121 12675 101476 11.10 114151 122 12330 99285 11.05 111615 123 12010 98265 10.89 110275 124 11762 94693 11.05 106455 125 11446 93252 10.93 104698 126 10991 91449 10.73 102440 127 10964 89578 10.90 100542 128 10703 88470 10.79 99173 129 10664 85964 11.04 96628 130 10176 84194 10.78 94370 131 10010 83300 10.73 93310 132 9792 80766 10.81 90558 133 9443 79809 10.58 89252 134 8993 77479 10.40 86472 135 8167 75295 9.79 83462 136 4131 64621 6.01 68752 CHG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 7927 1732833 0.46 1740760 2 6997 1450000 0.48 1456997 3 5601 1365129 0.41 1370730 4 5651 1343685 0.42 1349336 5 5381 1314352 0.41 1319733 6 5358 1268052 0.42 1273410 7 5037 1267926 0.40 1272963 8 5235 1273540 0.41 1278775 9 5084 1231533 0.41 1236617 10 5083 1243885 0.41 1248968 11 4855 1238576 0.39 1243431 12 4583 1214846 0.38 1219429 13 4617 1177549 0.39 1182166 14 4596 1160722 0.39 1165318 15 4477 1133680 0.39 1138157 16 4267 1121223 0.38 1125490 17 4208 1119941 0.37 1124149 18 4094 1083127 0.38 1087221 19 4041 1080978 0.37 1085019 20 4000 1060977 0.38 1064977 21 3836 1039253 0.37 1043089 22 3767 1030331 0.36 1034098 23 3583 1005519 0.36 1009102 24 3697 993738 0.37 997435 25 3580 971140 0.37 974720 26 3603 967158 0.37 970761 27 3579 931671 0.38 935250 28 3416 919642 0.37 923058 29 3321 910037 0.36 913358 30 3216 884973 0.36 888189 31 3075 879352 0.35 882427 32 3041 868014 0.35 871055 33 3088 850183 0.36 853271 34 2967 839839 0.35 842806 35 2974 816635 0.36 819609 36 2843 807588 0.35 810431 37 2882 777148 0.37 780030 38 2750 779895 0.35 782645 39 2647 755308 0.35 757955 40 2816 751537 0.37 754353 41 2543 742301 0.34 744844 42 2581 735616 0.35 738197 43 2378 709908 0.33 712286 44 2476 704308 0.35 706784 45 2442 683029 0.36 685471 46 2462 666563 0.37 669025 47 2316 658747 0.35 661063 48 2327 648140 0.36 650467 49 2251 630580 0.36 632831 50 2317 635610 0.36 637927 51 2124 611261 0.35 613385 52 2260 609552 0.37 611812 53 2072 589254 0.35 591326 54 2074 583299 0.35 585373 55 2049 564523 0.36 566572 56 1961 561330 0.35 563291 57 1958 543321 0.36 545279 58 1847 536013 0.34 537860 59 1828 530249 0.34 532077 60 1884 522469 0.36 524353 61 1804 503555 0.36 505359 62 1883 506656 0.37 508539 63 1779 490677 0.36 492456 64 1662 485662 0.34 487324 65 1619 477520 0.34 479139 66 1670 466473 0.36 468143 67 1572 452177 0.35 453749 68 1591 455781 0.35 457372 69 1598 437796 0.36 439394 70 1454 432937 0.33 434391 71 1516 426460 0.35 427976 72 1465 414997 0.35 416462 73 1395 407629 0.34 409024 74 1489 402265 0.37 403754 75 1396 388395 0.36 389791 76 1340 386846 0.35 388186 77 1266 377127 0.33 378393 78 1376 370312 0.37 371688 79 1293 360185 0.36 361478 80 1340 359415 0.37 360755 81 1234 347132 0.35 348366 82 1230 342533 0.36 343763 83 1196 337861 0.35 339057 84 1195 331079 0.36 332274 85 1157 323321 0.36 324478 86 1200 320900 0.37 322100 87 1069 309290 0.34 310359 88 1072 305326 0.35 306398 89 1131 301929 0.37 303060 90 977 294189 0.33 295166 91 1071 286645 0.37 287716 92 1008 284410 0.35 285418 93 1001 276569 0.36 277570 94 968 275160 0.35 276128 95 912 269580 0.34 270492 96 942 263709 0.36 264651 97 913 255737 0.36 256650 98 944 253920 0.37 254864 99 897 249149 0.36 250046 100 878 243135 0.36 244013 101 826 239261 0.34 240087 102 862 234739 0.37 235601 103 795 228805 0.35 229600 104 909 230123 0.39 231032 105 821 221081 0.37 221902 106 854 217199 0.39 218053 107 756 213138 0.35 213894 108 745 209822 0.35 210567 109 781 204549 0.38 205330 110 799 203822 0.39 204621 111 740 195530 0.38 196270 112 679 196223 0.34 196902 113 663 188440 0.35 189103 114 672 186344 0.36 187016 115 689 180700 0.38 181389 116 682 181182 0.38 181864 117 666 176824 0.38 177490 118 700 171456 0.41 172156 119 628 168782 0.37 169410 120 580 166656 0.35 167236 121 617 160760 0.38 161377 122 637 160789 0.39 161426 123 581 153911 0.38 154492 124 594 154033 0.38 154627 125 607 150521 0.40 151128 126 590 147337 0.40 147927 127 576 141735 0.40 142311 128 580 142351 0.41 142931 129 544 137623 0.39 138167 130 571 134674 0.42 135245 131 577 134958 0.43 135535 132 604 129964 0.46 130568 133 528 126337 0.42 126865 134 469 125392 0.37 125861 135 416 117226 0.35 117642 136 182 100877 0.18 101059 CHH context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 31439 5035570 0.62 5067009 2 31882 5273015 0.60 5304897 3 27745 5228556 0.53 5256301 4 29800 5140354 0.58 5170154 5 27462 5029106 0.54 5056568 6 30520 4932241 0.61 4962761 7 27655 4829167 0.57 4856822 8 28542 4813210 0.59 4841752 9 23472 4720165 0.49 4743637 10 25860 4673203 0.55 4699063 11 22633 4598480 0.49 4621113 12 25988 4518120 0.57 4544108 13 24164 4452964 0.54 4477128 14 25742 4400722 0.58 4426464 15 21736 4317261 0.50 4338997 16 22892 4216677 0.54 4239569 17 20184 4198882 0.48 4219066 18 22152 4117431 0.54 4139583 19 21817 4070447 0.53 4092264 20 22750 3996782 0.57 4019532 21 20590 3911681 0.52 3932271 22 21507 3848235 0.56 3869742 23 17701 3791648 0.46 3809349 24 19123 3738014 0.51 3757137 25 18439 3666024 0.50 3684463 26 20252 3621307 0.56 3641559 27 18715 3584698 0.52 3603413 28 19925 3501733 0.57 3521658 29 16035 3449423 0.46 3465458 30 17478 3385352 0.51 3402830 31 15372 3317758 0.46 3333130 32 17420 3280489 0.53 3297909 33 16426 3206406 0.51 3222832 34 17984 3167901 0.56 3185885 35 15124 3120072 0.48 3135196 36 15329 3067429 0.50 3082758 37 14246 2992375 0.47 3006621 38 15234 2957047 0.51 2972281 39 14361 2896941 0.49 2911302 40 15967 2840611 0.56 2856578 41 14385 2801885 0.51 2816270 42 14507 2743798 0.53 2758305 43 12847 2705288 0.47 2718135 44 12823 2675640 0.48 2688463 45 12410 2626921 0.47 2639331 46 14660 2564585 0.57 2579245 47 13267 2521530 0.52 2534797 48 13596 2459301 0.55 2472897 49 11935 2431528 0.49 2443463 50 11696 2393647 0.49 2405343 51 10980 2362556 0.46 2373536 52 12501 2313673 0.54 2326174 53 11822 2282919 0.52 2294741 54 12559 2236284 0.56 2248843 55 11141 2193200 0.51 2204341 56 10623 2161638 0.49 2172261 57 10053 2131446 0.47 2141499 58 10951 2077779 0.52 2088730 59 10181 2052482 0.49 2062663 60 11429 2004029 0.57 2015458 61 10271 1963201 0.52 1973472 62 9783 1945519 0.50 1955302 63 9531 1904622 0.50 1914153 64 9609 1866360 0.51 1875969 65 8884 1839548 0.48 1848432 66 9697 1806074 0.53 1815771 67 9426 1773354 0.53 1782780 68 9053 1745154 0.52 1754207 69 8383 1704732 0.49 1713115 70 8464 1665299 0.51 1673763 71 7943 1651518 0.48 1659461 72 8632 1616534 0.53 1625166 73 8097 1594320 0.51 1602417 74 8733 1572247 0.55 1580980 75 7288 1531601 0.47 1538889 76 7980 1507429 0.53 1515409 77 6905 1476801 0.47 1483706 78 7525 1440289 0.52 1447814 79 7357 1424076 0.51 1431433 80 7334 1395970 0.52 1403304 81 6870 1366891 0.50 1373761 82 6974 1343285 0.52 1350259 83 6257 1319941 0.47 1326198 84 6348 1292788 0.49 1299136 85 6513 1272654 0.51 1279167 86 6410 1251850 0.51 1258260 87 6210 1223179 0.51 1229389 88 6500 1195499 0.54 1201999 89 5589 1176257 0.47 1181846 90 5922 1156834 0.51 1162756 91 5522 1136769 0.48 1142291 92 5579 1117796 0.50 1123375 93 5569 1092834 0.51 1098403 94 5978 1068288 0.56 1074266 95 4983 1054172 0.47 1059155 96 5170 1033384 0.50 1038554 97 4889 1018659 0.48 1023548 98 4872 1002006 0.48 1006878 99 4965 981848 0.50 986813 100 5172 966021 0.53 971193 101 4774 944596 0.50 949370 102 4800 925736 0.52 930536 103 4241 905952 0.47 910193 104 4343 889757 0.49 894100 105 4140 871083 0.47 875223 106 4497 861193 0.52 865690 107 4229 845936 0.50 850165 108 4228 830142 0.51 834370 109 4081 818009 0.50 822090 110 3767 798683 0.47 802450 111 3655 781325 0.47 784980 112 3903 764736 0.51 768639 113 3737 752401 0.49 756138 114 3841 739406 0.52 743247 115 3601 723635 0.50 727236 116 3456 713186 0.48 716642 117 3260 703153 0.46 706413 118 3544 687659 0.51 691203 119 3219 676125 0.47 679344 120 3412 658442 0.52 661854 121 3209 648038 0.49 651247 122 3242 635050 0.51 638292 123 3006 622429 0.48 625435 124 3214 611527 0.52 614741 125 2817 598707 0.47 601524 126 3050 587579 0.52 590629 127 2901 575052 0.50 577953 128 2755 567742 0.48 570497 129 2899 555135 0.52 558034 130 2795 540813 0.51 543608 131 2617 530589 0.49 533206 132 2660 516116 0.51 518776 133 2731 507253 0.54 509984 134 2550 498538 0.51 501088 135 2035 484027 0.42 486062 136 1124 435487 0.26 436611