CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 676 1115 37.74 1791 2 623 1245 33.35 1868 3 643 1003 39.06 1646 4 680 910 42.77 1590 5 645 796 44.76 1441 6 657 672 49.44 1329 7 730 642 53.21 1372 8 354 777 31.30 1131 9 302 714 29.72 1016 10 288 667 30.16 955 11 304 665 31.37 969 12 347 658 34.53 1005 13 313 657 32.27 970 14 291 761 27.66 1052 15 289 703 29.13 992 16 284 686 29.28 970 17 243 680 26.33 923 18 273 708 27.83 981 19 270 711 27.52 981 20 278 710 28.14 988 21 248 746 24.95 994 22 240 714 25.16 954 23 264 677 28.06 941 24 233 698 25.03 931 25 258 745 25.72 1003 26 236 718 24.74 954 27 229 710 24.39 939 28 249 802 23.69 1051 29 232 796 22.57 1028 30 207 773 21.12 980 31 236 754 23.84 990 32 261 716 26.71 977 33 254 745 25.43 999 34 248 768 24.41 1016 35 238 758 23.90 996 36 245 705 25.79 950 37 236 709 24.97 945 38 206 747 21.62 953 39 223 778 22.28 1001 40 262 733 26.33 995 41 211 700 23.16 911 42 255 741 25.60 996 43 218 667 24.63 885 44 232 645 26.45 877 45 246 658 27.21 904 46 219 813 21.22 1032 47 241 766 23.93 1007 48 243 727 25.05 970 49 214 660 24.49 874 50 247 670 26.94 917 51 243 674 26.50 917 52 210 673 23.78 883 53 228 670 25.39 898 54 238 656 26.62 894 55 227 667 25.39 894 56 221 589 27.28 810 57 202 648 23.76 850 58 212 634 25.06 846 59 228 615 27.05 843 60 219 608 26.48 827 61 229 573 28.55 802 62 239 617 27.92 856 63 233 612 27.57 845 64 224 548 29.02 772 65 205 575 26.28 780 66 195 650 23.08 845 67 194 570 25.39 764 68 230 591 28.01 821 69 174 533 24.61 707 70 191 543 26.02 734 71 193 537 26.44 730 72 185 514 26.47 699 73 190 541 25.99 731 74 199 529 27.34 728 75 176 560 23.91 736 76 187 520 26.45 707 77 167 522 24.24 689 78 195 537 26.64 732 79 166 470 26.10 636 80 177 466 27.53 643 81 176 485 26.63 661 82 150 496 23.22 646 83 177 536 24.82 713 84 188 490 27.73 678 85 159 479 24.92 638 86 179 476 27.33 655 87 158 442 26.33 600 88 180 481 27.23 661 89 160 465 25.60 625 90 167 495 25.23 662 91 148 463 24.22 611 92 146 389 27.29 535 93 138 442 23.79 580 94 175 436 28.64 611 95 143 463 23.60 606 96 140 454 23.57 594 97 155 479 24.45 634 98 139 399 25.84 538 99 119 360 24.84 479 100 132 371 26.24 503 101 127 373 25.40 500 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 944 1419 39.95 2363 2 544 1322 29.15 1866 3 263 1266 17.20 1529 4 122 1460 7.71 1582 5 91 1217 6.96 1308 6 90 1083 7.67 1173 7 52 1413 3.55 1465 8 25 1628 1.51 1653 9 19 1508 1.24 1527 10 32 1418 2.21 1450 11 19 1393 1.35 1412 12 13 1435 0.90 1448 13 13 1340 0.96 1353 14 21 1318 1.57 1339 15 11 1369 0.80 1380 16 14 1342 1.03 1356 17 15 1354 1.10 1369 18 17 1212 1.38 1229 19 16 1397 1.13 1413 20 19 1504 1.25 1523 21 14 1412 0.98 1426 22 13 1451 0.89 1464 23 12 1364 0.87 1376 24 11 1459 0.75 1470 25 17 1350 1.24 1367 26 14 1422 0.97 1436 27 15 1425 1.04 1440 28 15 1561 0.95 1576 29 16 1552 1.02 1568 30 11 1505 0.73 1516 31 15 1541 0.96 1556 32 21 1442 1.44 1463 33 17 1453 1.16 1470 34 19 1429 1.31 1448 35 18 1414 1.26 1432 36 14 1494 0.93 1508 37 18 1419 1.25 1437 38 19 1494 1.26 1513 39 14 1421 0.98 1435 40 14 1397 0.99 1411 41 15 1585 0.94 1600 42 13 1498 0.86 1511 43 10 1333 0.74 1343 44 23 1457 1.55 1480 45 11 1441 0.76 1452 46 17 1391 1.21 1408 47 19 1372 1.37 1391 48 23 1457 1.55 1480 49 10 1315 0.75 1325 50 11 1343 0.81 1354 51 27 1367 1.94 1394 52 16 1329 1.19 1345 53 19 1424 1.32 1443 54 21 1430 1.45 1451 55 16 1362 1.16 1378 56 13 1421 0.91 1434 57 18 1342 1.32 1360 58 16 1406 1.13 1422 59 11 1393 0.78 1404 60 19 1262 1.48 1281 61 14 1324 1.05 1338 62 13 1334 0.97 1347 63 18 1378 1.29 1396 64 11 1263 0.86 1274 65 13 1300 0.99 1313 66 15 1195 1.24 1210 67 16 1159 1.36 1175 68 17 1229 1.36 1246 69 18 1136 1.56 1154 70 9 1134 0.79 1143 71 19 1153 1.62 1172 72 17 1158 1.45 1175 73 18 1197 1.48 1215 74 22 1220 1.77 1242 75 13 1172 1.10 1185 76 11 1091 1.00 1102 77 18 1111 1.59 1129 78 23 1093 2.06 1116 79 16 1038 1.52 1054 80 17 1064 1.57 1081 81 15 1051 1.41 1066 82 14 1075 1.29 1089 83 17 1068 1.57 1085 84 11 1065 1.02 1076 85 16 1006 1.57 1022 86 22 1127 1.91 1149 87 19 1058 1.76 1077 88 12 1012 1.17 1024 89 27 1007 2.61 1034 90 15 980 1.51 995 91 18 974 1.81 992 92 4 969 0.41 973 93 6 944 0.63 950 94 15 927 1.59 942 95 18 833 2.12 851 96 12 836 1.42 848 97 21 827 2.48 848 98 15 729 2.02 744 99 8 420 1.87 428 100 15 426 3.40 441 101 27 841 3.11 868 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 1142 1943 37.02 3085 2 767 2002 27.70 2769 3 490 2276 17.72 2766 4 481 2415 16.61 2896 5 519 2760 15.83 3279 6 364 3002 10.81 3366 7 365 3986 8.39 4351 8 344 4486 7.12 4830 9 275 3980 6.46 4255 10 324 3995 7.50 4319 11 368 3916 8.59 4284 12 293 3927 6.94 4220 13 324 4023 7.45 4347 14 332 4029 7.61 4361 15 304 4261 6.66 4565 16 294 4187 6.56 4481 17 350 4375 7.41 4725 18 272 4349 5.89 4621 19 293 4611 5.97 4904 20 342 4652 6.85 4994 21 294 4703 5.88 4997 22 305 4600 6.22 4905 23 345 4766 6.75 5111 24 289 4500 6.03 4789 25 302 4702 6.04 5004 26 370 4710 7.28 5080 27 257 4731 5.15 4988 28 288 4703 5.77 4991 29 340 4711 6.73 5051 30 268 4561 5.55 4829 31 290 4476 6.08 4766 32 328 4450 6.86 4778 33 269 4462 5.69 4731 34 289 4266 6.34 4555 35 310 4441 6.52 4751 36 237 4579 4.92 4816 37 238 4565 4.96 4803 38 294 4462 6.18 4756 39 221 4423 4.76 4644 40 220 4465 4.70 4685 41 265 4398 5.68 4663 42 213 4531 4.49 4744 43 212 4405 4.59 4617 44 261 4499 5.48 4760 45 225 4440 4.82 4665 46 257 4341 5.59 4598 47 277 4420 5.90 4697 48 197 4369 4.31 4566 49 222 4230 4.99 4452 50 277 4247 6.12 4524 51 220 4080 5.12 4300 52 228 4111 5.25 4339 53 237 4094 5.47 4331 54 202 3937 4.88 4139 55 206 4036 4.86 4242 56 258 3878 6.24 4136 57 195 4148 4.49 4343 58 215 4116 4.96 4331 59 254 3980 6.00 4234 60 183 4028 4.35 4211 61 200 3926 4.85 4126 62 239 3789 5.93 4028 63 173 3757 4.40 3930 64 206 3693 5.28 3899 65 231 3559 6.09 3790 66 209 3627 5.45 3836 67 196 3686 5.05 3882 68 222 3557 5.87 3779 69 181 3754 4.60 3935 70 177 3591 4.70 3768 71 210 3634 5.46 3844 72 171 3591 4.55 3762 73 192 3664 4.98 3856 74 217 3538 5.78 3755 75 164 3514 4.46 3678 76 166 3334 4.74 3500 77 200 3313 5.69 3513 78 174 3329 4.97 3503 79 154 3312 4.44 3466 80 216 3336 6.08 3552 81 142 3219 4.22 3361 82 166 3193 4.94 3359 83 183 3120 5.54 3303 84 145 3121 4.44 3266 85 176 3040 5.47 3216 86 186 3194 5.50 3380 87 149 3028 4.69 3177 88 165 2892 5.40 3057 89 205 2867 6.67 3072 90 142 2837 4.77 2979 91 160 2898 5.23 3058 92 158 2885 5.19 3043 93 125 2815 4.25 2940 94 155 2732 5.37 2887 95 178 2768 6.04 2946 96 133 2702 4.69 2835 97 148 2598 5.39 2746 98 119 2372 4.78 2491 99 73 1625 4.30 1698 100 101 1439 6.56 1540 101 104 2394 4.16 2498 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 453 515 46.80 968 2 425 463 47.86 888 3 418 479 46.60 897 4 399 556 41.78 955 5 155 735 17.42 890 6 138 374 26.95 512 7 98 411 19.25 509 8 81 371 17.92 452 9 78 318 19.70 396 10 78 358 17.89 436 11 100 370 21.28 470 12 101 384 20.82 485 13 85 318 21.09 403 14 105 360 22.58 465 15 103 296 25.81 399 16 95 292 24.55 387 17 111 284 28.10 395 18 89 314 22.08 403 19 111 315 26.06 426 20 77 311 19.85 388 21 95 259 26.84 354 22 98 273 26.42 371 23 109 286 27.59 395 24 96 292 24.74 388 25 117 309 27.46 426 26 90 242 27.11 332 27 90 268 25.14 358 28 93 218 29.90 311 29 103 236 30.38 339 30 98 252 28.00 350 31 97 220 30.60 317 32 89 249 26.33 338 33 93 240 27.93 333 34 85 273 23.74 358 35 106 239 30.72 345 36 83 245 25.30 328 37 87 263 24.86 350 38 93 203 31.42 296 39 91 247 26.92 338 40 84 225 27.18 309 41 63 224 21.95 287 42 82 251 24.62 333 43 79 218 26.60 297 44 84 254 24.85 338 45 94 264 26.26 358 46 65 170 27.66 235 47 82 195 29.60 277 48 77 212 26.64 289 49 70 202 25.74 272 50 83 232 26.35 315 51 78 201 27.96 279 52 66 184 26.40 250 53 69 210 24.73 279 54 72 181 28.46 253 55 59 180 24.69 239 56 66 218 23.24 284 57 69 206 25.09 275 58 61 159 27.73 220 59 49 168 22.58 217 60 69 164 29.61 233 61 66 178 27.05 244 62 56 151 27.05 207 63 60 160 27.27 220 64 56 147 27.59 203 65 61 161 27.48 222 66 51 185 21.61 236 67 47 173 21.36 220 68 61 190 24.30 251 69 49 180 21.40 229 70 53 137 27.89 190 71 62 149 29.38 211 72 44 114 27.85 158 73 50 121 29.24 171 74 48 140 25.53 188 75 54 150 26.47 204 76 36 116 23.68 152 77 30 127 19.11 157 78 62 142 30.39 204 79 45 134 25.14 179 80 40 128 23.81 168 81 43 138 23.76 181 82 47 120 28.14 167 83 46 144 24.21 190 84 47 132 26.26 179 85 47 123 27.65 170 86 45 128 26.01 173 87 45 114 28.30 159 88 34 95 26.36 129 89 39 127 23.49 166 90 30 138 17.86 168 91 33 125 20.89 158 92 42 129 24.56 171 93 37 115 24.34 152 94 45 110 29.03 155 95 32 99 24.43 131 96 39 98 28.47 137 97 48 107 30.97 155 98 33 104 24.09 137 99 25 3 89.29 28 CHG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 137 648 17.45 785 2 132 651 16.86 783 3 112 591 15.93 703 4 130 774 14.38 904 5 12 1248 0.95 1260 6 10 1629 0.61 1639 7 3 864 0.35 867 8 7 979 0.71 986 9 7 789 0.88 796 10 5 726 0.68 731 11 5 939 0.53 944 12 2 802 0.25 804 13 5 830 0.60 835 14 8 693 1.14 701 15 6 766 0.78 772 16 6 731 0.81 737 17 9 731 1.22 740 18 3 603 0.50 606 19 3 616 0.48 619 20 5 643 0.77 648 21 9 550 1.61 559 22 3 631 0.47 634 23 4 587 0.68 591 24 4 541 0.73 545 25 4 571 0.70 575 26 3 605 0.49 608 27 5 555 0.89 560 28 1 543 0.18 544 29 6 619 0.96 625 30 7 539 1.28 546 31 4 537 0.74 541 32 6 527 1.13 533 33 3 631 0.47 634 34 5 496 1.00 501 35 2 555 0.36 557 36 4 602 0.66 606 37 7 525 1.32 532 38 3 549 0.54 552 39 3 533 0.56 536 40 6 484 1.22 490 41 8 468 1.68 476 42 9 457 1.93 466 43 6 473 1.25 479 44 3 426 0.70 429 45 1 435 0.23 436 46 4 429 0.92 433 47 4 406 0.98 410 48 1 426 0.23 427 49 3 440 0.68 443 50 4 412 0.96 416 51 3 423 0.70 426 52 3 406 0.73 409 53 0 398 0.00 398 54 0 395 0.00 395 55 5 391 1.26 396 56 5 377 1.31 382 57 1 398 0.25 399 58 1 387 0.26 388 59 4 345 1.15 349 60 1 359 0.28 360 61 2 339 0.59 341 62 3 369 0.81 372 63 8 393 2.00 401 64 2 316 0.63 318 65 3 335 0.89 338 66 0 297 0.00 297 67 2 331 0.60 333 68 4 365 1.08 369 69 5 339 1.45 344 70 2 355 0.56 357 71 4 335 1.18 339 72 2 300 0.66 302 73 4 294 1.34 298 74 0 279 0.00 279 75 3 327 0.91 330 76 3 280 1.06 283 77 4 303 1.30 307 78 2 302 0.66 304 79 2 300 0.66 302 80 3 286 1.04 289 81 0 281 0.00 281 82 0 278 0.00 278 83 1 245 0.41 246 84 3 282 1.05 285 85 3 277 1.07 280 86 3 263 1.13 266 87 4 285 1.38 289 88 3 266 1.12 269 89 0 262 0.00 262 90 2 263 0.75 265 91 1 280 0.36 281 92 2 255 0.78 257 93 0 240 0.00 240 94 1 210 0.47 211 95 4 227 1.73 231 96 4 241 1.63 245 97 2 236 0.84 238 98 2 232 0.85 234 99 1 6 14.29 7 CHH context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 242 846 22.24 1088 2 203 671 23.23 874 3 262 687 27.61 949 4 206 704 22.64 910 5 78 1274 5.77 1352 6 110 1839 5.64 1949 7 71 2576 2.68 2647 8 80 2606 2.98 2686 9 132 2415 5.18 2547 10 73 2500 2.84 2573 11 86 2273 3.65 2359 12 130 2285 5.38 2415 13 71 2251 3.06 2322 14 64 2342 2.66 2406 15 121 2236 5.13 2357 16 77 2295 3.25 2372 17 79 2171 3.51 2250 18 112 2209 4.83 2321 19 59 2155 2.66 2214 20 77 2154 3.45 2231 21 113 2019 5.30 2132 22 66 1982 3.22 2048 23 71 1929 3.55 2000 24 106 1865 5.38 1971 25 65 1833 3.42 1898 26 65 1803 3.48 1868 27 98 1961 4.76 2059 28 62 1956 3.07 2018 29 71 1810 3.77 1881 30 87 1779 4.66 1866 31 61 1720 3.43 1781 32 60 1764 3.29 1824 33 89 1542 5.46 1631 34 54 1565 3.34 1619 35 65 1684 3.72 1749 36 87 1642 5.03 1729 37 49 1652 2.88 1701 38 48 1753 2.67 1801 39 78 1598 4.65 1676 40 51 1698 2.92 1749 41 59 1637 3.48 1696 42 63 1597 3.80 1660 43 52 1503 3.34 1555 44 52 1524 3.30 1576 45 57 1549 3.55 1606 46 61 1578 3.72 1639 47 47 1425 3.19 1472 48 77 1439 5.08 1516 49 41 1468 2.72 1509 50 44 1411 3.02 1455 51 57 1374 3.98 1431 52 41 1347 2.95 1388 53 50 1320 3.65 1370 54 54 1324 3.92 1378 55 41 1381 2.88 1422 56 43 1286 3.24 1329 57 60 1335 4.30 1395 58 48 1326 3.49 1374 59 54 1271 4.08 1325 60 53 1311 3.89 1364 61 45 1238 3.51 1283 62 46 1110 3.98 1156 63 40 1241 3.12 1281 64 35 1157 2.94 1192 65 41 1206 3.29 1247 66 54 1172 4.40 1226 67 31 1112 2.71 1143 68 34 1201 2.75 1235 69 41 1158 3.42 1199 70 37 1186 3.03 1223 71 39 1111 3.39 1150 72 42 1055 3.83 1097 73 26 1081 2.35 1107 74 34 1031 3.19 1065 75 50 987 4.82 1037 76 25 1062 2.30 1087 77 31 1041 2.89 1072 78 41 1009 3.90 1050 79 37 1066 3.35 1103 80 33 966 3.30 999 81 44 991 4.25 1035 82 35 956 3.53 991 83 42 1001 4.03 1043 84 50 1039 4.59 1089 85 30 971 3.00 1001 86 32 883 3.50 915 87 47 901 4.96 948 88 23 935 2.40 958 89 34 934 3.51 968 90 41 858 4.56 899 91 24 875 2.67 899 92 31 921 3.26 952 93 34 883 3.71 917 94 27 844 3.10 871 95 27 846 3.09 873 96 41 799 4.88 840 97 28 764 3.54 792 98 29 708 3.93 737 99 17 14 54.84 31