CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 626 959 39.50 1585 2 557 971 36.45 1528 3 610 942 39.30 1552 4 612 788 43.71 1400 5 567 706 44.54 1273 6 596 594 50.08 1190 7 678 586 53.64 1264 8 361 721 33.36 1082 9 314 677 31.69 991 10 332 601 35.58 933 11 288 634 31.24 922 12 302 639 32.09 941 13 273 617 30.67 890 14 338 640 34.56 978 15 302 644 31.92 946 16 282 682 29.25 964 17 246 696 26.11 942 18 262 704 27.12 966 19 234 666 26.00 900 20 265 678 28.10 943 21 244 688 26.18 932 22 235 645 26.70 880 23 221 709 23.76 930 24 249 696 26.35 945 25 264 664 28.45 928 26 263 664 28.37 927 27 237 702 25.24 939 28 239 752 24.12 991 29 232 665 25.86 897 30 235 724 24.50 959 31 242 653 27.04 895 32 237 670 26.13 907 33 257 719 26.33 976 34 230 654 26.02 884 35 223 685 24.56 908 36 275 705 28.06 980 37 272 658 29.25 930 38 229 612 27.23 841 39 229 717 24.21 946 40 234 663 26.09 897 41 246 612 28.67 858 42 248 619 28.60 867 43 219 644 25.38 863 44 239 625 27.66 864 45 231 602 27.73 833 46 234 675 25.74 909 47 257 620 29.30 877 48 212 627 25.27 839 49 205 653 23.89 858 50 218 673 24.47 891 51 230 612 27.32 842 52 218 640 25.41 858 53 257 598 30.06 855 54 241 571 29.68 812 55 212 623 25.39 835 56 205 549 27.19 754 57 220 579 27.53 799 58 183 584 23.86 767 59 204 591 25.66 795 60 191 573 25.00 764 61 218 561 27.98 779 62 198 591 25.10 789 63 191 526 26.64 717 64 182 520 25.93 702 65 210 597 26.02 807 66 190 550 25.68 740 67 177 496 26.30 673 68 209 519 28.71 728 69 229 511 30.95 740 70 180 482 27.19 662 71 179 495 26.56 674 72 190 517 26.87 707 73 176 478 26.91 654 74 177 408 30.26 585 75 175 512 25.47 687 76 170 490 25.76 660 77 178 455 28.12 633 78 171 469 26.72 640 79 169 452 27.21 621 80 144 433 24.96 577 81 175 451 27.96 626 82 153 426 26.42 579 83 179 449 28.50 628 84 143 454 23.95 597 85 154 440 25.93 594 86 158 449 26.03 607 87 172 415 29.30 587 88 157 414 27.50 571 89 184 391 32.00 575 90 137 417 24.73 554 91 151 363 29.38 514 92 138 387 26.29 525 93 119 382 23.75 501 94 149 364 29.04 513 95 126 427 22.78 553 96 148 398 27.11 546 97 120 414 22.47 534 98 110 351 23.86 461 99 76 278 21.47 354 100 138 337 29.05 475 101 125 317 28.28 442 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 699 1516 31.56 2215 2 420 1392 23.18 1812 3 218 1296 14.40 1514 4 155 1314 10.55 1469 5 76 1226 5.84 1302 6 66 1111 5.61 1177 7 44 1383 3.08 1427 8 25 1535 1.60 1560 9 27 1449 1.83 1476 10 16 1363 1.16 1379 11 24 1372 1.72 1396 12 25 1329 1.85 1354 13 24 1286 1.83 1310 14 15 1297 1.14 1312 15 12 1329 0.89 1341 16 14 1313 1.06 1327 17 17 1256 1.34 1273 18 15 1230 1.20 1245 19 11 1295 0.84 1306 20 15 1409 1.05 1424 21 18 1413 1.26 1431 22 20 1349 1.46 1369 23 11 1412 0.77 1423 24 18 1418 1.25 1436 25 14 1319 1.05 1333 26 17 1361 1.23 1378 27 16 1449 1.09 1465 28 19 1439 1.30 1458 29 20 1507 1.31 1527 30 22 1426 1.52 1448 31 15 1453 1.02 1468 32 16 1448 1.09 1464 33 12 1379 0.86 1391 34 20 1372 1.44 1392 35 21 1411 1.47 1432 36 20 1418 1.39 1438 37 23 1338 1.69 1361 38 15 1323 1.12 1338 39 21 1426 1.45 1447 40 21 1325 1.56 1346 41 23 1368 1.65 1391 42 14 1353 1.02 1367 43 19 1331 1.41 1350 44 15 1320 1.12 1335 45 17 1277 1.31 1294 46 13 1306 0.99 1319 47 16 1291 1.22 1307 48 14 1343 1.03 1357 49 19 1313 1.43 1332 50 20 1219 1.61 1239 51 15 1335 1.11 1350 52 20 1284 1.53 1304 53 22 1287 1.68 1309 54 19 1390 1.35 1409 55 21 1213 1.70 1234 56 26 1225 2.08 1251 57 20 1209 1.63 1229 58 21 1342 1.54 1363 59 26 1190 2.14 1216 60 18 1218 1.46 1236 61 21 1243 1.66 1264 62 19 1158 1.61 1177 63 13 1188 1.08 1201 64 27 1187 2.22 1214 65 19 1114 1.68 1133 66 17 1058 1.58 1075 67 10 1077 0.92 1087 68 18 1089 1.63 1107 69 10 1046 0.95 1056 70 20 1064 1.85 1084 71 25 1067 2.29 1092 72 17 1050 1.59 1067 73 21 1006 2.04 1027 74 27 1112 2.37 1139 75 19 1082 1.73 1101 76 22 981 2.19 1003 77 8 943 0.84 951 78 26 1074 2.36 1100 79 9 940 0.95 949 80 9 898 0.99 907 81 15 994 1.49 1009 82 16 900 1.75 916 83 20 1018 1.93 1038 84 18 900 1.96 918 85 16 962 1.64 978 86 15 850 1.73 865 87 20 960 2.04 980 88 11 858 1.27 869 89 12 875 1.35 887 90 17 872 1.91 889 91 13 869 1.47 882 92 16 914 1.72 930 93 23 822 2.72 845 94 11 827 1.31 838 95 12 799 1.48 811 96 15 772 1.91 787 97 10 659 1.49 669 98 7 665 1.04 672 99 11 398 2.69 409 100 5 433 1.14 438 101 22 684 3.12 706 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 1185 2221 34.79 3406 2 769 2275 25.26 3044 3 539 2434 18.13 2973 4 514 2597 16.52 3111 5 500 2964 14.43 3464 6 413 3244 11.29 3657 7 383 3958 8.82 4341 8 348 4339 7.42 4687 9 295 4067 6.76 4362 10 313 3867 7.49 4180 11 361 3998 8.28 4359 12 305 3897 7.26 4202 13 297 4000 6.91 4297 14 354 4089 7.97 4443 15 326 4143 7.29 4469 16 287 4100 6.54 4387 17 348 4426 7.29 4774 18 322 4415 6.80 4737 19 312 4429 6.58 4741 20 340 4466 7.07 4806 21 331 4581 6.74 4912 22 305 4633 6.18 4938 23 344 4503 7.10 4847 24 304 4490 6.34 4794 25 315 4565 6.45 4880 26 371 4633 7.41 5004 27 278 4645 5.65 4923 28 319 4733 6.31 5052 29 357 4638 7.15 4995 30 277 4582 5.70 4859 31 272 4475 5.73 4747 32 312 4411 6.61 4723 33 278 4353 6.00 4631 34 265 4463 5.60 4728 35 277 4437 5.88 4714 36 230 4408 4.96 4638 37 255 4448 5.42 4703 38 255 4434 5.44 4689 39 216 4416 4.66 4632 40 194 4373 4.25 4567 41 261 4381 5.62 4642 42 206 4313 4.56 4519 43 203 4351 4.46 4554 44 240 4244 5.35 4484 45 217 4165 4.95 4382 46 197 4242 4.44 4439 47 228 4254 5.09 4482 48 200 4201 4.54 4401 49 191 4083 4.47 4274 50 214 4070 5.00 4284 51 196 3924 4.76 4120 52 184 3883 4.52 4067 53 204 3962 4.90 4166 54 178 3783 4.49 3961 55 190 3813 4.75 4003 56 193 3839 4.79 4032 57 173 3791 4.36 3964 58 179 3788 4.51 3967 59 199 3898 4.86 4097 60 187 3761 4.74 3948 61 160 3732 4.11 3892 62 186 3564 4.96 3750 63 167 3530 4.52 3697 64 147 3525 4.00 3672 65 185 3518 5.00 3703 66 165 3436 4.58 3601 67 157 3460 4.34 3617 68 193 3436 5.32 3629 69 161 3501 4.40 3662 70 139 3385 3.94 3524 71 183 3419 5.08 3602 72 143 3280 4.18 3423 73 136 3260 4.00 3396 74 188 3186 5.57 3374 75 150 3182 4.50 3332 76 137 3215 4.09 3352 77 174 3148 5.24 3322 78 128 3078 3.99 3206 79 131 3018 4.16 3149 80 169 3060 5.23 3229 81 128 3100 3.97 3228 82 125 2949 4.07 3074 83 173 2968 5.51 3141 84 114 3057 3.60 3171 85 125 2808 4.26 2933 86 156 2841 5.21 2997 87 127 2813 4.32 2940 88 124 2828 4.20 2952 89 152 2775 5.19 2927 90 120 2685 4.28 2805 91 118 2649 4.26 2767 92 150 2604 5.45 2754 93 114 2533 4.31 2647 94 104 2553 3.91 2657 95 137 2482 5.23 2619 96 99 2408 3.95 2507 97 101 2350 4.12 2451 98 82 2227 3.55 2309 99 46 1537 2.91 1583 100 80 1371 5.51 1451 101 85 2232 3.67 2317 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 426 485 46.76 911 2 394 453 46.52 847 3 376 467 44.60 843 4 365 509 41.76 874 5 168 664 20.19 832 6 95 328 22.46 423 7 73 396 15.57 469 8 82 348 19.07 430 9 81 305 20.98 386 10 82 306 21.13 388 11 93 331 21.93 424 12 83 371 18.28 454 13 83 291 22.19 374 14 100 289 25.71 389 15 102 262 28.02 364 16 95 264 26.46 359 17 100 280 26.32 380 18 86 301 22.22 387 19 102 263 27.95 365 20 87 312 21.80 399 21 84 234 26.42 318 22 93 219 29.81 312 23 88 280 23.91 368 24 76 249 23.38 325 25 115 272 29.72 387 26 80 245 24.62 325 27 103 222 31.69 325 28 73 254 22.32 327 29 88 264 25.00 352 30 87 216 28.71 303 31 65 206 23.99 271 32 70 219 24.22 289 33 84 210 28.57 294 34 62 231 21.16 293 35 88 267 24.79 355 36 76 212 26.39 288 37 82 227 26.54 309 38 84 200 29.58 284 39 86 222 27.92 308 40 75 201 27.17 276 41 80 238 25.16 318 42 71 235 23.20 306 43 64 205 23.79 269 44 60 225 21.05 285 45 95 231 29.14 326 46 75 186 28.74 261 47 54 177 23.38 231 48 68 192 26.15 260 49 79 210 27.34 289 50 69 223 23.63 292 51 63 203 23.68 266 52 60 184 24.59 244 53 78 203 27.76 281 54 78 185 29.66 263 55 63 177 26.25 240 56 59 169 25.88 228 57 61 177 25.63 238 58 57 145 28.22 202 59 53 171 23.66 224 60 71 170 29.46 241 61 44 172 20.37 216 62 52 140 27.08 192 63 64 142 31.07 206 64 61 147 29.33 208 65 57 137 29.38 194 66 43 159 21.29 202 67 62 156 28.44 218 68 54 172 23.89 226 69 44 142 23.66 186 70 54 115 31.95 169 71 52 128 28.89 180 72 52 132 28.26 184 73 48 133 26.52 181 74 39 135 22.41 174 75 40 133 23.12 173 76 37 130 22.16 167 77 42 121 25.77 163 78 48 124 27.91 172 79 46 122 27.38 168 80 52 116 30.95 168 81 35 108 24.48 143 82 49 104 32.03 153 83 50 105 32.26 155 84 37 100 27.01 137 85 35 131 21.08 166 86 39 105 27.08 144 87 43 101 29.86 144 88 43 114 27.39 157 89 29 107 21.32 136 90 35 103 25.36 138 91 44 118 27.16 162 92 36 115 23.84 151 93 29 99 22.66 128 94 46 92 33.33 138 95 33 88 27.27 121 96 46 117 28.22 163 97 37 97 27.61 134 98 38 87 30.40 125 99 30 1 96.77 31 CHG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 115 631 15.42 746 2 135 581 18.85 716 3 110 605 15.38 715 4 127 688 15.58 815 5 10 1159 0.86 1169 6 10 1552 0.64 1562 7 5 850 0.58 855 8 6 883 0.67 889 9 5 751 0.66 756 10 10 738 1.34 748 11 5 888 0.56 893 12 4 706 0.56 710 13 3 783 0.38 786 14 6 664 0.90 670 15 14 639 2.14 653 16 4 607 0.65 611 17 6 674 0.88 680 18 3 559 0.53 562 19 7 528 1.31 535 20 3 539 0.55 542 21 6 547 1.08 553 22 4 578 0.69 582 23 4 592 0.67 596 24 4 491 0.81 495 25 3 503 0.59 506 26 3 604 0.49 607 27 4 511 0.78 515 28 7 504 1.37 511 29 4 560 0.71 564 30 4 480 0.83 484 31 5 493 1.00 498 32 1 480 0.21 481 33 6 556 1.07 562 34 3 454 0.66 457 35 6 525 1.13 531 36 5 521 0.95 526 37 2 503 0.40 505 38 7 491 1.41 498 39 7 510 1.35 517 40 9 470 1.88 479 41 2 390 0.51 392 42 4 427 0.93 431 43 4 428 0.93 432 44 3 418 0.71 421 45 5 398 1.24 403 46 3 363 0.82 366 47 5 347 1.42 352 48 2 378 0.53 380 49 3 404 0.74 407 50 7 373 1.84 380 51 2 359 0.55 361 52 4 381 1.04 385 53 3 375 0.79 378 54 5 361 1.37 366 55 2 393 0.51 395 56 2 336 0.59 338 57 6 356 1.66 362 58 3 368 0.81 371 59 3 328 0.91 331 60 3 344 0.86 347 61 2 325 0.61 327 62 6 314 1.88 320 63 2 348 0.57 350 64 5 304 1.62 309 65 0 317 0.00 317 66 4 300 1.32 304 67 3 342 0.87 345 68 0 312 0.00 312 69 1 292 0.34 293 70 1 316 0.32 317 71 3 283 1.05 286 72 4 291 1.36 295 73 2 295 0.67 297 74 1 286 0.35 287 75 3 270 1.10 273 76 2 270 0.74 272 77 2 287 0.69 289 78 3 265 1.12 268 79 1 278 0.36 279 80 1 261 0.38 262 81 2 245 0.81 247 82 2 241 0.82 243 83 1 250 0.40 251 84 1 249 0.40 250 85 3 263 1.13 266 86 2 260 0.76 262 87 2 232 0.85 234 88 2 210 0.94 212 89 1 226 0.44 227 90 1 237 0.42 238 91 3 246 1.20 249 92 1 234 0.43 235 93 3 219 1.35 222 94 3 201 1.47 204 95 1 194 0.51 195 96 2 202 0.98 204 97 1 211 0.47 212 98 2 186 1.06 188 99 2 1 66.67 3 CHH context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 227 751 23.21 978 2 200 617 24.48 817 3 251 644 28.04 895 4 192 659 22.56 851 5 71 1248 5.38 1319 6 103 1807 5.39 1910 7 60 2326 2.51 2386 8 70 2296 2.96 2366 9 96 2323 3.97 2419 10 63 2288 2.68 2351 11 68 2235 2.95 2303 12 102 2062 4.71 2164 13 66 2137 3.00 2203 14 60 2084 2.80 2144 15 85 2158 3.79 2243 16 55 2077 2.58 2132 17 53 2116 2.44 2169 18 90 2159 4.00 2249 19 56 2037 2.68 2093 20 58 2157 2.62 2215 21 86 1880 4.37 1966 22 49 1896 2.52 1945 23 46 1849 2.43 1895 24 77 1674 4.40 1751 25 56 1765 3.08 1821 26 56 1695 3.20 1751 27 85 1827 4.45 1912 28 47 1698 2.69 1745 29 66 1777 3.58 1843 30 67 1697 3.80 1764 31 42 1670 2.45 1712 32 42 1646 2.49 1688 33 70 1601 4.19 1671 34 52 1549 3.25 1601 35 63 1567 3.87 1630 36 59 1599 3.56 1658 37 48 1588 2.93 1636 38 64 1638 3.76 1702 39 54 1501 3.47 1555 40 41 1606 2.49 1647 41 54 1591 3.28 1645 42 53 1490 3.43 1543 43 36 1489 2.36 1525 44 49 1405 3.37 1454 45 51 1454 3.39 1505 46 43 1491 2.80 1534 47 45 1429 3.05 1474 48 41 1371 2.90 1412 49 49 1437 3.30 1486 50 44 1421 3.00 1465 51 43 1333 3.12 1376 52 36 1244 2.81 1280 53 43 1316 3.16 1359 54 38 1228 3.00 1266 55 35 1283 2.66 1318 56 46 1256 3.53 1302 57 45 1253 3.47 1298 58 28 1240 2.21 1268 59 34 1189 2.78 1223 60 48 1230 3.76 1278 61 30 1159 2.52 1189 62 35 1140 2.98 1175 63 39 1149 3.28 1188 64 35 1075 3.15 1110 65 42 1164 3.48 1206 66 35 1072 3.16 1107 67 29 1094 2.58 1123 68 32 1118 2.78 1150 69 41 1090 3.63 1131 70 22 1000 2.15 1022 71 28 1003 2.72 1031 72 30 1007 2.89 1037 73 26 996 2.54 1022 74 29 1052 2.68 1081 75 41 1004 3.92 1045 76 21 970 2.12 991 77 35 912 3.70 947 78 33 940 3.39 973 79 29 1012 2.79 1041 80 33 926 3.44 959 81 32 923 3.35 955 82 24 936 2.50 960 83 25 878 2.77 903 84 38 932 3.92 970 85 21 897 2.29 918 86 27 899 2.92 926 87 33 855 3.72 888 88 21 823 2.49 844 89 20 831 2.35 851 90 26 837 3.01 863 91 28 818 3.31 846 92 21 827 2.48 848 93 24 835 2.79 859 94 23 770 2.90 793 95 28 770 3.51 798 96 35 740 4.52 775 97 23 749 2.98 772 98 19 770 2.41 789 99 23 13 63.89 36