CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 622 1160 34.90 1782 2 540 1205 30.95 1745 3 510 1092 31.84 1602 4 578 838 40.82 1416 5 535 774 40.87 1309 6 520 645 44.64 1165 7 599 655 47.77 1254 8 304 784 27.94 1088 9 267 712 27.27 979 10 258 668 27.86 926 11 233 663 26.00 896 12 217 652 24.97 869 13 269 659 28.99 928 14 260 652 28.51 912 15 255 663 27.78 918 16 242 691 25.94 933 17 244 714 25.47 958 18 222 715 23.69 937 19 234 670 25.88 904 20 218 726 23.09 944 21 250 688 26.65 938 22 227 661 25.56 888 23 246 623 28.31 869 24 209 679 23.54 888 25 209 696 23.09 905 26 248 659 27.34 907 27 242 688 26.02 930 28 245 738 24.92 983 29 199 705 22.01 904 30 218 833 20.74 1051 31 250 709 26.07 959 32 231 702 24.76 933 33 191 684 21.83 875 34 214 651 24.74 865 35 230 735 23.83 965 36 212 662 24.26 874 37 241 693 25.80 934 38 218 691 23.98 909 39 214 666 24.32 880 40 214 678 23.99 892 41 228 609 27.24 837 42 219 682 24.31 901 43 210 644 24.59 854 44 214 622 25.60 836 45 193 640 23.17 833 46 191 705 21.32 896 47 193 650 22.89 843 48 208 623 25.03 831 49 215 647 24.94 862 50 231 610 27.47 841 51 194 638 23.32 832 52 206 619 24.97 825 53 185 571 24.47 756 54 192 621 23.62 813 55 176 594 22.86 770 56 188 555 25.30 743 57 187 561 25.00 748 58 186 607 23.46 793 59 180 589 23.41 769 60 185 589 23.90 774 61 178 563 24.02 741 62 185 571 24.47 756 63 175 536 24.61 711 64 184 509 26.55 693 65 168 546 23.53 714 66 166 505 24.74 671 67 172 531 24.47 703 68 165 502 24.74 667 69 171 480 26.27 651 70 179 495 26.56 674 71 157 476 24.80 633 72 152 487 23.79 639 73 155 485 24.22 640 74 171 446 27.71 617 75 158 448 26.07 606 76 140 473 22.84 613 77 149 418 26.28 567 78 150 455 24.79 605 79 149 440 25.30 589 80 160 440 26.67 600 81 122 440 21.71 562 82 136 404 25.19 540 83 136 440 23.61 576 84 117 395 22.85 512 85 135 418 24.41 553 86 126 437 22.38 563 87 144 413 25.85 557 88 123 411 23.03 534 89 115 382 23.14 497 90 114 330 25.68 444 91 115 337 25.44 452 92 102 386 20.90 488 93 126 311 28.83 437 94 117 377 23.68 494 95 113 340 24.94 453 96 110 386 22.18 496 97 116 455 20.32 571 98 110 324 25.35 434 99 95 256 27.07 351 100 116 298 28.02 414 101 105 315 25.00 420 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 894 1360 39.66 2254 2 562 1276 30.58 1838 3 239 1281 15.72 1520 4 144 1322 9.82 1466 5 72 1240 5.49 1312 6 74 1059 6.53 1133 7 55 1383 3.82 1438 8 18 1443 1.23 1461 9 21 1444 1.43 1465 10 19 1402 1.34 1421 11 17 1247 1.34 1264 12 29 1281 2.21 1310 13 24 1250 1.88 1274 14 18 1294 1.37 1312 15 16 1248 1.27 1264 16 22 1268 1.71 1290 17 18 1313 1.35 1331 18 12 1214 0.98 1226 19 14 1266 1.09 1280 20 12 1371 0.87 1383 21 11 1326 0.82 1337 22 7 1276 0.55 1283 23 13 1338 0.96 1351 24 11 1419 0.77 1430 25 17 1299 1.29 1316 26 8 1298 0.61 1306 27 23 1340 1.69 1363 28 24 1379 1.71 1403 29 23 1532 1.48 1555 30 15 1444 1.03 1459 31 25 1347 1.82 1372 32 13 1396 0.92 1409 33 23 1339 1.69 1362 34 21 1314 1.57 1335 35 18 1301 1.36 1319 36 13 1334 0.97 1347 37 15 1291 1.15 1306 38 13 1331 0.97 1344 39 14 1291 1.07 1305 40 19 1252 1.49 1271 41 21 1276 1.62 1297 42 13 1295 0.99 1308 43 13 1261 1.02 1274 44 17 1260 1.33 1277 45 14 1341 1.03 1355 46 15 1220 1.21 1235 47 13 1200 1.07 1213 48 16 1357 1.17 1373 49 20 1308 1.51 1328 50 17 1215 1.38 1232 51 23 1267 1.78 1290 52 16 1176 1.34 1192 53 17 1303 1.29 1320 54 21 1319 1.57 1340 55 24 1239 1.90 1263 56 11 1211 0.90 1222 57 20 1213 1.62 1233 58 17 1231 1.36 1248 59 14 1190 1.16 1204 60 21 1102 1.87 1123 61 17 1202 1.39 1219 62 15 1139 1.30 1154 63 15 1097 1.35 1112 64 13 1106 1.16 1119 65 15 1115 1.33 1130 66 27 1115 2.36 1142 67 10 1055 0.94 1065 68 12 1121 1.06 1133 69 17 1041 1.61 1058 70 16 1011 1.56 1027 71 18 1010 1.75 1028 72 9 949 0.94 958 73 15 988 1.50 1003 74 12 997 1.19 1009 75 16 1046 1.51 1062 76 13 931 1.38 944 77 21 898 2.29 919 78 15 935 1.58 950 79 17 910 1.83 927 80 7 963 0.72 970 81 18 933 1.89 951 82 14 849 1.62 863 83 16 816 1.92 832 84 8 943 0.84 951 85 13 887 1.44 900 86 23 798 2.80 821 87 9 860 1.04 869 88 11 805 1.35 816 89 19 869 2.14 888 90 16 776 2.02 792 91 8 830 0.95 838 92 16 754 2.08 770 93 16 774 2.03 790 94 12 766 1.54 778 95 11 725 1.49 736 96 13 700 1.82 713 97 13 609 2.09 622 98 13 625 2.04 638 99 9 379 2.32 388 100 7 420 1.64 427 101 16 638 2.45 654 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 1129 2056 35.45 3185 2 736 2109 25.87 2845 3 511 2344 17.90 2855 4 518 2514 17.08 3032 5 496 2890 14.65 3386 6 429 3155 11.97 3584 7 361 3836 8.60 4197 8 316 4347 6.78 4663 9 300 3972 7.02 4272 10 279 3734 6.95 4013 11 356 3809 8.55 4165 12 261 3716 6.56 3977 13 316 3862 7.56 4178 14 329 4019 7.57 4348 15 283 3978 6.64 4261 16 321 3981 7.46 4302 17 322 4345 6.90 4667 18 286 4415 6.08 4701 19 306 4339 6.59 4645 20 326 4320 7.02 4646 21 275 4274 6.05 4549 22 301 4466 6.31 4767 23 352 4440 7.35 4792 24 276 4499 5.78 4775 25 318 4560 6.52 4878 26 299 4639 6.06 4938 27 281 4585 5.77 4866 28 249 4512 5.23 4761 29 303 4538 6.26 4841 30 253 4343 5.50 4596 31 290 4392 6.19 4682 32 339 4234 7.41 4573 33 249 4328 5.44 4577 34 247 4282 5.45 4529 35 267 4189 5.99 4456 36 228 4409 4.92 4637 37 222 4366 4.84 4588 38 217 4356 4.75 4573 39 179 4391 3.92 4570 40 189 4211 4.30 4400 41 191 4108 4.44 4299 42 174 4166 4.01 4340 43 176 4115 4.10 4291 44 180 4214 4.10 4394 45 155 4137 3.61 4292 46 163 4183 3.75 4346 47 218 4095 5.05 4313 48 161 4053 3.82 4214 49 157 3915 3.86 4072 50 188 3697 4.84 3885 51 162 3853 4.03 4015 52 160 3895 3.95 4055 53 186 3820 4.64 4006 54 143 3671 3.75 3814 55 155 3677 4.04 3832 56 178 3742 4.54 3920 57 123 3806 3.13 3929 58 137 3652 3.62 3789 59 179 3733 4.58 3912 60 148 3577 3.97 3725 61 141 3592 3.78 3733 62 150 3476 4.14 3626 63 139 3413 3.91 3552 64 137 3441 3.83 3578 65 147 3327 4.23 3474 66 123 3447 3.45 3570 67 123 3323 3.57 3446 68 171 3260 4.98 3431 69 112 3218 3.36 3330 70 124 3140 3.80 3264 71 137 3084 4.25 3221 72 121 3116 3.74 3237 73 116 3018 3.70 3134 74 152 3063 4.73 3215 75 109 2965 3.55 3074 76 120 2930 3.93 3050 77 137 2915 4.49 3052 78 108 2823 3.68 2931 79 125 2901 4.13 3026 80 138 2871 4.59 3009 81 98 2757 3.43 2855 82 111 2726 3.91 2837 83 131 2794 4.48 2925 84 99 2796 3.42 2895 85 113 2703 4.01 2816 86 115 2738 4.03 2853 87 106 2660 3.83 2766 88 100 2658 3.63 2758 89 128 2508 4.86 2636 90 104 2547 3.92 2651 91 105 2373 4.24 2478 92 111 2465 4.31 2576 93 101 2408 4.03 2509 94 105 2360 4.26 2465 95 112 2352 4.55 2464 96 99 2179 4.35 2278 97 88 2160 3.91 2248 98 80 2066 3.73 2146 99 43 1376 3.03 1419 100 70 1269 5.23 1339 101 74 2087 3.42 2161 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 362 408 47.01 770 2 347 377 47.93 724 3 366 418 46.68 784 4 287 480 37.42 767 5 143 628 18.55 771 6 86 318 21.29 404 7 78 364 17.65 442 8 62 345 15.23 407 9 66 264 20.00 330 10 61 290 17.38 351 11 78 315 19.85 393 12 72 299 19.41 371 13 88 271 24.51 359 14 85 316 21.20 401 15 75 227 24.83 302 16 65 265 19.70 330 17 84 264 24.14 348 18 79 230 25.57 309 19 85 239 26.23 324 20 70 250 21.88 320 21 83 240 25.70 323 22 83 265 23.85 348 23 61 216 22.02 277 24 78 225 25.74 303 25 68 239 22.15 307 26 77 216 26.28 293 27 68 217 23.86 285 28 69 214 24.38 283 29 75 196 27.68 271 30 70 199 26.02 269 31 64 205 23.79 269 32 71 196 26.59 267 33 68 205 24.91 273 34 63 226 21.80 289 35 76 178 29.92 254 36 61 206 22.85 267 37 63 185 25.40 248 38 62 212 22.63 274 39 65 175 27.08 240 40 61 197 23.64 258 41 63 219 22.34 282 42 57 198 22.35 255 43 69 182 27.49 251 44 50 197 20.24 247 45 72 219 24.74 291 46 51 162 23.94 213 47 56 164 25.45 220 48 58 177 24.68 235 49 57 173 24.78 230 50 55 178 23.61 233 51 43 169 20.28 212 52 46 155 22.89 201 53 64 183 25.91 247 54 55 171 24.34 226 55 50 125 28.57 175 56 58 158 26.85 216 57 47 166 22.07 213 58 46 138 25.00 184 59 57 160 26.27 217 60 46 138 25.00 184 61 36 143 20.11 179 62 44 115 27.67 159 63 51 115 30.72 166 64 44 123 26.35 167 65 51 132 27.87 183 66 45 131 25.57 176 67 50 146 25.51 196 68 58 145 28.57 203 69 41 101 28.87 142 70 41 108 27.52 149 71 33 103 24.26 136 72 35 118 22.88 153 73 39 106 26.90 145 74 38 103 26.95 141 75 31 114 21.38 145 76 31 96 24.41 127 77 37 116 24.18 153 78 24 96 20.00 120 79 34 98 25.76 132 80 47 115 29.01 162 81 34 110 23.61 144 82 35 105 25.00 140 83 44 96 31.43 140 84 38 90 29.69 128 85 28 106 20.90 134 86 36 85 29.75 121 87 35 82 29.91 117 88 38 90 29.69 128 89 25 95 20.83 120 90 26 110 19.12 136 91 19 93 16.96 112 92 27 79 25.47 106 93 33 77 30.00 110 94 37 85 30.33 122 95 26 82 24.07 108 96 25 80 23.81 105 97 30 94 24.19 124 98 25 80 23.81 105 99 26 0 100.00 26 CHG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 105 550 16.03 655 2 118 570 17.15 688 3 87 532 14.05 619 4 114 596 16.06 710 5 14 1020 1.35 1034 6 11 1394 0.78 1405 7 2 752 0.27 754 8 12 777 1.52 789 9 9 648 1.37 657 10 6 653 0.91 659 11 5 781 0.64 786 12 3 653 0.46 656 13 7 677 1.02 684 14 3 608 0.49 611 15 6 586 1.01 592 16 5 561 0.88 566 17 4 622 0.64 626 18 3 483 0.62 486 19 3 485 0.61 488 20 5 481 1.03 486 21 7 488 1.41 495 22 8 515 1.53 523 23 3 488 0.61 491 24 3 448 0.67 451 25 4 456 0.87 460 26 1 473 0.21 474 27 4 434 0.91 438 28 0 458 0.00 458 29 5 478 1.04 483 30 5 429 1.15 434 31 2 422 0.47 424 32 3 459 0.65 462 33 2 532 0.37 534 34 4 389 1.02 393 35 6 442 1.34 448 36 3 477 0.62 480 37 5 420 1.18 425 38 5 407 1.21 412 39 2 465 0.43 467 40 3 419 0.71 422 41 3 377 0.79 380 42 0 337 0.00 337 43 3 412 0.72 415 44 2 331 0.60 333 45 4 351 1.13 355 46 1 336 0.30 337 47 4 316 1.25 320 48 3 350 0.85 353 49 1 355 0.28 356 50 7 361 1.90 368 51 2 297 0.67 299 52 4 321 1.23 325 53 0 336 0.00 336 54 1 308 0.32 309 55 5 316 1.56 321 56 1 316 0.32 317 57 2 314 0.63 316 58 4 310 1.27 314 59 1 308 0.32 309 60 0 330 0.00 330 61 3 315 0.94 318 62 1 321 0.31 322 63 4 273 1.44 277 64 3 237 1.25 240 65 7 273 2.50 280 66 3 258 1.15 261 67 2 253 0.78 255 68 4 259 1.52 263 69 0 258 0.00 258 70 0 272 0.00 272 71 1 290 0.34 291 72 0 239 0.00 239 73 1 253 0.39 254 74 3 259 1.15 262 75 1 216 0.46 217 76 2 241 0.82 243 77 1 232 0.43 233 78 4 239 1.65 243 79 2 235 0.84 237 80 1 200 0.50 201 81 1 220 0.45 221 82 5 215 2.27 220 83 2 217 0.91 219 84 1 214 0.47 215 85 3 225 1.32 228 86 2 227 0.87 229 87 3 208 1.42 211 88 3 184 1.60 187 89 0 195 0.00 195 90 1 225 0.44 226 91 0 222 0.00 222 92 1 185 0.54 186 93 1 169 0.59 170 94 1 187 0.53 188 95 1 202 0.49 203 96 1 166 0.60 167 97 0 174 0.00 174 98 1 166 0.60 167 99 3 1 75.00 4 CHH context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 203 770 20.86 973 2 168 628 21.11 796 3 190 573 24.90 763 4 144 589 19.65 733 5 56 1183 4.52 1239 6 82 1612 4.84 1694 7 45 2203 2.00 2248 8 69 2213 3.02 2282 9 84 2067 3.91 2151 10 38 2140 1.74 2178 11 52 1984 2.55 2036 12 83 1856 4.28 1939 13 44 1956 2.20 2000 14 56 1910 2.85 1966 15 72 2040 3.41 2112 16 44 1958 2.20 2002 17 52 1881 2.69 1933 18 69 1958 3.40 2027 19 39 1787 2.14 1826 20 44 1842 2.33 1886 21 63 1726 3.52 1789 22 40 1758 2.22 1798 23 37 1719 2.11 1756 24 53 1619 3.17 1672 25 48 1626 2.87 1674 26 40 1534 2.54 1574 27 58 1643 3.41 1701 28 42 1539 2.66 1581 29 43 1591 2.63 1634 30 48 1535 3.03 1583 31 47 1426 3.19 1473 32 44 1418 3.01 1462 33 49 1405 3.37 1454 34 40 1384 2.81 1424 35 49 1440 3.29 1489 36 45 1417 3.08 1462 37 31 1380 2.20 1411 38 37 1499 2.41 1536 39 48 1359 3.41 1407 40 38 1405 2.63 1443 41 41 1350 2.95 1391 42 46 1393 3.20 1439 43 35 1341 2.54 1376 44 34 1330 2.49 1364 45 49 1316 3.59 1365 46 35 1337 2.55 1372 47 44 1308 3.25 1352 48 47 1236 3.66 1283 49 19 1247 1.50 1266 50 32 1281 2.44 1313 51 34 1168 2.83 1202 52 32 1090 2.85 1122 53 30 1091 2.68 1121 54 45 1161 3.73 1206 55 34 1130 2.92 1164 56 26 1083 2.34 1109 57 44 1142 3.71 1186 58 28 1065 2.56 1093 59 28 1015 2.68 1043 60 33 1088 2.94 1121 61 21 1091 1.89 1112 62 30 1024 2.85 1054 63 39 975 3.85 1014 64 23 949 2.37 972 65 25 1005 2.43 1030 66 37 960 3.71 997 67 19 941 1.98 960 68 20 1006 1.95 1026 69 33 888 3.58 921 70 18 948 1.86 966 71 23 883 2.54 906 72 30 930 3.12 960 73 22 881 2.44 903 74 20 895 2.19 915 75 30 905 3.21 935 76 18 828 2.13 846 77 20 854 2.29 874 78 33 797 3.98 830 79 24 838 2.78 862 80 22 780 2.74 802 81 32 786 3.91 818 82 15 747 1.97 762 83 27 776 3.36 803 84 30 804 3.60 834 85 23 803 2.78 826 86 22 767 2.79 789 87 31 777 3.84 808 88 16 753 2.08 769 89 14 725 1.89 739 90 29 733 3.81 762 91 18 744 2.36 762 92 15 722 2.04 737 93 18 746 2.36 764 94 18 720 2.44 738 95 18 704 2.49 722 96 22 703 3.03 725 97 23 729 3.06 752 98 19 662 2.79 681 99 19 9 67.86 28