CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 641 919 41.09 1560 2 504 1005 33.40 1509 3 587 937 38.52 1524 4 584 854 40.61 1438 5 586 775 43.06 1361 6 570 683 45.49 1253 7 667 629 51.47 1296 8 309 798 27.91 1107 9 291 743 28.14 1034 10 299 648 31.57 947 11 304 707 30.07 1011 12 325 693 31.93 1018 13 302 687 30.54 989 14 295 769 27.73 1064 15 298 670 30.79 968 16 275 753 26.75 1028 17 252 725 25.79 977 18 278 720 27.86 998 19 271 750 26.54 1021 20 242 732 24.85 974 21 261 722 26.55 983 22 256 652 28.19 908 23 254 712 26.29 966 24 260 678 27.72 938 25 250 692 26.54 942 26 257 696 26.97 953 27 219 760 22.37 979 28 250 746 25.10 996 29 223 704 24.06 927 30 262 766 25.49 1028 31 268 691 27.95 959 32 273 699 28.09 972 33 258 697 27.02 955 34 247 740 25.03 987 35 248 757 24.68 1005 36 237 674 26.02 911 37 220 698 23.97 918 38 239 720 24.92 959 39 247 748 24.82 995 40 242 685 26.11 927 41 242 734 24.80 976 42 246 687 26.37 933 43 228 713 24.23 941 44 266 718 27.03 984 45 245 743 24.80 988 46 261 738 26.13 999 47 233 685 25.38 918 48 235 659 26.29 894 49 248 674 26.90 922 50 237 717 24.84 954 51 208 709 22.68 917 52 252 656 27.75 908 53 260 658 28.32 918 54 223 676 24.81 899 55 205 753 21.40 958 56 240 621 27.87 861 57 233 700 24.97 933 58 238 672 26.15 910 59 228 685 24.97 913 60 240 685 25.95 925 61 242 697 25.77 939 62 233 674 25.69 907 63 232 622 27.17 854 64 240 661 26.64 901 65 238 640 27.11 878 66 239 665 26.44 904 67 248 672 26.96 920 68 230 627 26.84 857 69 194 639 23.29 833 70 239 625 27.66 864 71 184 595 23.62 779 72 217 620 25.93 837 73 198 625 24.06 823 74 213 619 25.60 832 75 204 578 26.09 782 76 203 634 24.25 837 77 201 555 26.59 756 78 210 668 23.92 878 79 186 570 24.60 756 80 201 598 25.16 799 81 205 610 25.15 815 82 173 582 22.91 755 83 236 583 28.82 819 84 196 552 26.20 748 85 183 568 24.37 751 86 199 571 25.84 770 87 188 590 24.16 778 88 177 592 23.02 769 89 188 547 25.58 735 90 191 540 26.13 731 91 168 508 24.85 676 92 186 478 28.01 664 93 198 519 27.62 717 94 181 581 23.75 762 95 178 570 23.80 748 96 199 489 28.92 688 97 176 494 26.27 670 98 145 488 22.91 633 99 135 372 26.63 507 100 160 471 25.36 631 101 166 508 24.63 674 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 757 1683 31.02 2440 2 425 1508 21.99 1933 3 234 1410 14.23 1644 4 161 1468 9.88 1629 5 110 1355 7.51 1465 6 90 1216 6.89 1306 7 72 1593 4.32 1665 8 42 1642 2.49 1684 9 42 1557 2.63 1599 10 43 1523 2.75 1566 11 43 1501 2.78 1544 12 55 1486 3.57 1541 13 33 1480 2.18 1513 14 26 1444 1.77 1470 15 39 1460 2.60 1499 16 25 1408 1.74 1433 17 28 1407 1.95 1435 18 27 1403 1.89 1430 19 19 1417 1.32 1436 20 31 1609 1.89 1640 21 26 1480 1.73 1506 22 32 1600 1.96 1632 23 24 1492 1.58 1516 24 34 1545 2.15 1579 25 21 1407 1.47 1428 26 31 1428 2.12 1459 27 21 1525 1.36 1546 28 33 1438 2.24 1471 29 22 1511 1.44 1533 30 20 1554 1.27 1574 31 29 1511 1.88 1540 32 33 1598 2.02 1631 33 36 1512 2.33 1548 34 30 1521 1.93 1551 35 35 1462 2.34 1497 36 29 1542 1.85 1571 37 34 1439 2.31 1473 38 33 1509 2.14 1542 39 29 1483 1.92 1512 40 23 1550 1.46 1573 41 30 1569 1.88 1599 42 18 1497 1.19 1515 43 31 1480 2.05 1511 44 26 1484 1.72 1510 45 30 1491 1.97 1521 46 23 1481 1.53 1504 47 27 1461 1.81 1488 48 41 1455 2.74 1496 49 32 1495 2.10 1527 50 30 1404 2.09 1434 51 32 1476 2.12 1508 52 24 1576 1.50 1600 53 30 1468 2.00 1498 54 34 1564 2.13 1598 55 40 1382 2.81 1422 56 33 1551 2.08 1584 57 31 1422 2.13 1453 58 27 1429 1.85 1456 59 30 1437 2.04 1467 60 32 1483 2.11 1515 61 32 1418 2.21 1450 62 31 1435 2.11 1466 63 28 1437 1.91 1465 64 28 1446 1.90 1474 65 36 1437 2.44 1473 66 32 1460 2.14 1492 67 28 1324 2.07 1352 68 50 1397 3.46 1447 69 27 1424 1.86 1451 70 24 1311 1.80 1335 71 27 1364 1.94 1391 72 22 1337 1.62 1359 73 30 1367 2.15 1397 74 28 1336 2.05 1364 75 25 1333 1.84 1358 76 31 1304 2.32 1335 77 33 1251 2.57 1284 78 28 1281 2.14 1309 79 26 1314 1.94 1340 80 20 1264 1.56 1284 81 25 1279 1.92 1304 82 27 1191 2.22 1218 83 28 1274 2.15 1302 84 26 1258 2.02 1284 85 25 1227 2.00 1252 86 20 1223 1.61 1243 87 33 1295 2.48 1328 88 26 1122 2.26 1148 89 30 1117 2.62 1147 90 29 1154 2.45 1183 91 30 1115 2.62 1145 92 21 1134 1.82 1155 93 22 1095 1.97 1117 94 24 1095 2.14 1119 95 32 1078 2.88 1110 96 37 1043 3.43 1080 97 25 1023 2.39 1048 98 22 834 2.57 856 99 10 595 1.65 605 100 17 605 2.73 622 101 38 966 3.78 1004 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 1257 2416 34.22 3673 2 826 2345 26.05 3171 3 519 2555 16.88 3074 4 494 2880 14.64 3374 5 526 3289 13.79 3815 6 438 3514 11.08 3952 7 388 4318 8.24 4706 8 331 4537 6.80 4868 9 235 4240 5.25 4475 10 285 4107 6.49 4392 11 308 4126 6.95 4434 12 247 4141 5.63 4388 13 262 4171 5.91 4433 14 332 4177 7.36 4509 15 241 4226 5.40 4467 16 282 4375 6.06 4657 17 336 4542 6.89 4878 18 233 4474 4.95 4707 19 259 4622 5.31 4881 20 315 4859 6.09 5174 21 261 4797 5.16 5058 22 232 4777 4.63 5009 23 321 4893 6.16 5214 24 232 4826 4.59 5058 25 267 4797 5.27 5064 26 301 4991 5.69 5292 27 244 5118 4.55 5362 28 273 4940 5.24 5213 29 323 4891 6.19 5214 30 268 4903 5.18 5171 31 263 4782 5.21 5045 32 307 4747 6.07 5054 33 259 4930 4.99 5189 34 266 4894 5.16 5160 35 284 4770 5.62 5054 36 247 4987 4.72 5234 37 243 4966 4.67 5209 38 337 4984 6.33 5321 39 236 4940 4.56 5176 40 224 4865 4.40 5089 41 281 4751 5.58 5032 42 238 4970 4.57 5208 43 240 4886 4.68 5126 44 290 4929 5.56 5219 45 268 4827 5.26 5095 46 222 4757 4.46 4979 47 287 4860 5.58 5147 48 229 4804 4.55 5033 49 250 4847 4.90 5097 50 297 4744 5.89 5041 51 206 4610 4.28 4816 52 246 4745 4.93 4991 53 284 4643 5.76 4927 54 226 4627 4.66 4853 55 247 4611 5.08 4858 56 260 4591 5.36 4851 57 231 4591 4.79 4822 58 248 4682 5.03 4930 59 262 4568 5.42 4830 60 229 4789 4.56 5018 61 243 4599 5.02 4842 62 270 4472 5.69 4742 63 217 4438 4.66 4655 64 215 4484 4.58 4699 65 278 4354 6.00 4632 66 227 4330 4.98 4557 67 202 4298 4.49 4500 68 271 4410 5.79 4681 69 230 4386 4.98 4616 70 228 4366 4.96 4594 71 262 4354 5.68 4616 72 237 4281 5.25 4518 73 236 4272 5.24 4508 74 240 4152 5.46 4392 75 214 4228 4.82 4442 76 230 4191 5.20 4421 77 247 4162 5.60 4409 78 193 4057 4.54 4250 79 211 4134 4.86 4345 80 246 4090 5.67 4336 81 212 4009 5.02 4221 82 208 3927 5.03 4135 83 264 3930 6.29 4194 84 190 3870 4.68 4060 85 217 3813 5.38 4030 86 251 3860 6.11 4111 87 179 3706 4.61 3885 88 196 3798 4.91 3994 89 252 3723 6.34 3975 90 183 3640 4.79 3823 91 191 3607 5.03 3798 92 251 3587 6.54 3838 93 190 3598 5.02 3788 94 207 3533 5.53 3740 95 212 3341 5.97 3553 96 174 3439 4.82 3613 97 181 3329 5.16 3510 98 147 3082 4.55 3229 99 96 2182 4.21 2278 100 141 1873 7.00 2014 101 134 3021 4.25 3155 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 499 607 45.12 1106 2 468 542 46.34 1010 3 517 625 45.27 1142 4 461 679 40.44 1140 5 204 951 17.66 1155 6 137 470 22.57 607 7 102 532 16.09 634 8 133 477 21.80 610 9 99 440 18.37 539 10 99 402 19.76 501 11 132 474 21.78 606 12 141 493 22.24 634 13 112 444 20.14 556 14 109 451 19.46 560 15 119 387 23.52 506 16 111 354 23.87 465 17 122 373 24.65 495 18 131 356 26.90 487 19 117 365 24.27 482 20 120 406 22.81 526 21 135 358 27.38 493 22 131 355 26.95 486 23 115 327 26.02 442 24 125 356 25.99 481 25 125 384 24.56 509 26 85 357 19.23 442 27 134 328 29.00 462 28 99 315 23.91 414 29 92 314 22.66 406 30 113 345 24.67 458 31 96 302 24.12 398 32 114 302 27.40 416 33 110 288 27.64 398 34 113 322 25.98 435 35 134 347 27.86 481 36 110 265 29.33 375 37 107 325 24.77 432 38 93 347 21.14 440 39 118 296 28.50 414 40 110 270 28.95 380 41 104 300 25.74 404 42 109 307 26.20 416 43 102 280 26.70 382 44 96 289 24.94 385 45 114 311 26.82 425 46 106 248 29.94 354 47 105 280 27.27 385 48 96 263 26.74 359 49 89 248 26.41 337 50 89 243 26.81 332 51 101 260 27.98 361 52 78 253 23.56 331 53 74 260 22.16 334 54 99 263 27.35 362 55 77 263 22.65 340 56 77 234 24.76 311 57 75 232 24.43 307 58 85 197 30.14 282 59 73 237 23.55 310 60 90 258 25.86 348 61 60 206 22.56 266 62 72 196 26.87 268 63 82 213 27.80 295 64 75 205 26.79 280 65 70 196 26.32 266 66 61 218 21.86 279 67 65 199 24.62 264 68 69 223 23.63 292 69 72 189 27.59 261 70 64 158 28.83 222 71 69 170 28.87 239 72 55 156 26.07 211 73 61 186 24.70 247 74 60 182 24.79 242 75 58 162 26.36 220 76 67 167 28.63 234 77 59 182 24.48 241 78 68 200 25.37 268 79 58 146 28.43 204 80 50 152 24.75 202 81 49 152 24.38 201 82 58 170 25.44 228 83 48 130 26.97 178 84 55 170 24.44 225 85 53 135 28.19 188 86 47 152 23.62 199 87 49 147 25.00 196 88 47 135 25.82 182 89 60 162 27.03 222 90 63 158 28.51 221 91 58 143 28.86 201 92 55 154 26.32 209 93 47 134 25.97 181 94 57 114 33.33 171 95 58 119 32.77 177 96 52 131 28.42 183 97 52 145 26.40 197 98 43 150 22.28 193 99 34 0 100.00 34 CHG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 157 833 15.86 990 2 185 821 18.39 1006 3 174 820 17.51 994 4 190 947 16.71 1137 5 34 1597 2.08 1631 6 34 2124 1.58 2158 7 19 1116 1.67 1135 8 21 1134 1.82 1155 9 22 1028 2.10 1050 10 16 996 1.58 1012 11 19 1179 1.59 1198 12 19 1025 1.82 1044 13 13 1040 1.23 1053 14 16 840 1.87 856 15 13 870 1.47 883 16 21 861 2.38 882 17 17 933 1.79 950 18 9 779 1.14 788 19 19 760 2.44 779 20 11 741 1.46 752 21 10 739 1.34 749 22 9 808 1.10 817 23 16 811 1.93 827 24 8 703 1.13 711 25 15 689 2.13 704 26 13 763 1.68 776 27 14 686 2.00 700 28 12 699 1.69 711 29 19 690 2.68 709 30 12 644 1.83 656 31 10 677 1.46 687 32 21 687 2.97 708 33 11 775 1.40 786 34 13 658 1.94 671 35 14 639 2.14 653 36 9 672 1.32 681 37 12 682 1.73 694 38 13 649 1.96 662 39 14 651 2.11 665 40 2 616 0.32 618 41 9 582 1.52 591 42 13 536 2.37 549 43 9 581 1.53 590 44 9 603 1.47 612 45 11 540 2.00 551 46 11 514 2.10 525 47 7 547 1.26 554 48 8 543 1.45 551 49 9 538 1.65 547 50 9 515 1.72 524 51 3 501 0.60 504 52 9 533 1.66 542 53 5 508 0.97 513 54 10 468 2.09 478 55 4 505 0.79 509 56 9 516 1.71 525 57 7 440 1.57 447 58 10 441 2.22 451 59 5 502 0.99 507 60 8 476 1.65 484 61 5 449 1.10 454 62 11 480 2.24 491 63 8 452 1.74 460 64 2 419 0.48 421 65 6 396 1.49 402 66 9 423 2.08 432 67 9 424 2.08 433 68 18 435 3.97 453 69 7 392 1.75 399 70 8 391 2.01 399 71 10 392 2.49 402 72 6 410 1.44 416 73 9 381 2.31 390 74 6 402 1.47 408 75 3 374 0.80 377 76 4 373 1.06 377 77 7 373 1.84 380 78 3 360 0.83 363 79 6 361 1.63 367 80 8 318 2.45 326 81 5 349 1.41 354 82 7 341 2.01 348 83 6 349 1.69 355 84 4 301 1.31 305 85 4 386 1.03 390 86 9 310 2.82 319 87 1 314 0.32 315 88 5 326 1.51 331 89 5 299 1.64 304 90 5 296 1.66 301 91 6 324 1.82 330 92 3 335 0.89 338 93 4 276 1.43 280 94 7 269 2.54 276 95 3 324 0.92 327 96 11 284 3.73 295 97 6 264 2.22 270 98 0 289 0.00 289 99 7 7 50.00 14 CHH context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 318 1110 22.27 1428 2 282 928 23.31 1210 3 339 959 26.12 1298 4 269 897 23.07 1166 5 97 1804 5.10 1901 6 152 2438 5.87 2590 7 110 3351 3.18 3461 8 107 3369 3.08 3476 9 170 3137 5.14 3307 10 82 3079 2.59 3161 11 115 3102 3.57 3217 12 155 2805 5.24 2960 13 96 3008 3.09 3104 14 115 2979 3.72 3094 15 161 2989 5.11 3150 16 89 2814 3.07 2903 17 111 2799 3.81 2910 18 170 3058 5.27 3228 19 99 2751 3.47 2850 20 123 2934 4.02 3057 21 152 2686 5.36 2838 22 82 2555 3.11 2637 23 102 2509 3.91 2611 24 140 2495 5.31 2635 25 74 2457 2.92 2531 26 84 2366 3.43 2450 27 129 2605 4.72 2734 28 80 2476 3.13 2556 29 117 2380 4.69 2497 30 127 2305 5.22 2432 31 81 2202 3.55 2283 32 88 2226 3.80 2314 33 104 2133 4.65 2237 34 74 2113 3.38 2187 35 85 2258 3.63 2343 36 95 2127 4.28 2222 37 72 2189 3.18 2261 38 89 2168 3.94 2257 39 108 2052 5.00 2160 40 61 2121 2.80 2182 41 82 2064 3.82 2146 42 102 2042 4.76 2144 43 55 1874 2.85 1929 44 82 1938 4.06 2020 45 100 1900 5.00 2000 46 57 2008 2.76 2065 47 65 1881 3.34 1946 48 83 1867 4.26 1950 49 57 1942 2.85 1999 50 90 1906 4.51 1996 51 89 1796 4.72 1885 52 56 1661 3.26 1717 53 71 1712 3.98 1783 54 74 1677 4.23 1751 55 63 1691 3.59 1754 56 69 1710 3.88 1779 57 88 1749 4.79 1837 58 53 1668 3.08 1721 59 61 1649 3.57 1710 60 77 1670 4.41 1747 61 51 1624 3.04 1675 62 66 1527 4.14 1593 63 82 1613 4.84 1695 64 55 1575 3.37 1630 65 62 1562 3.82 1624 66 71 1527 4.44 1598 67 42 1483 2.75 1525 68 63 1464 4.13 1527 69 71 1458 4.64 1529 70 44 1447 2.95 1491 71 59 1422 3.98 1481 72 66 1408 4.48 1474 73 50 1401 3.45 1451 74 55 1399 3.78 1454 75 67 1390 4.60 1457 76 35 1235 2.76 1270 77 40 1225 3.16 1265 78 61 1265 4.60 1326 79 45 1318 3.30 1363 80 46 1257 3.53 1303 81 55 1253 4.20 1308 82 36 1192 2.93 1228 83 59 1257 4.48 1316 84 60 1288 4.45 1348 85 35 1177 2.89 1212 86 49 1193 3.95 1242 87 53 1234 4.12 1287 88 40 1182 3.27 1222 89 51 1151 4.24 1202 90 57 1169 4.65 1226 91 37 1086 3.29 1123 92 46 1126 3.92 1172 93 55 1090 4.80 1145 94 48 1099 4.18 1147 95 35 1029 3.29 1064 96 52 1121 4.43 1173 97 33 1028 3.11 1061 98 31 950 3.16 981 99 32 14 69.57 46