CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 916 1586 36.61 2502 2 816 1705 32.37 2521 3 748 1479 33.59 2227 4 764 1004 43.21 1768 5 704 973 41.98 1677 6 671 819 45.03 1490 7 782 736 51.52 1518 8 364 882 29.21 1246 9 304 824 26.95 1128 10 311 694 30.95 1005 11 327 762 30.03 1089 12 326 805 28.82 1131 13 324 808 28.62 1132 14 267 793 25.19 1060 15 282 817 25.66 1099 16 239 764 23.83 1003 17 251 770 24.58 1021 18 257 816 23.95 1073 19 224 784 22.22 1008 20 239 778 23.50 1017 21 264 790 25.05 1054 22 260 798 24.57 1058 23 252 751 25.12 1003 24 257 780 24.78 1037 25 236 790 23.00 1026 26 229 719 24.16 948 27 208 756 21.58 964 28 252 793 24.11 1045 29 263 866 23.29 1129 30 258 837 23.56 1095 31 240 831 22.41 1071 32 214 804 21.02 1018 33 206 731 21.99 937 34 273 783 25.85 1056 35 234 740 24.02 974 36 234 703 24.97 937 37 203 722 21.95 925 38 215 768 21.87 983 39 229 823 21.77 1052 40 222 814 21.43 1036 41 230 738 23.76 968 42 247 737 25.10 984 43 212 712 22.94 924 44 236 763 23.62 999 45 226 767 22.76 993 46 224 800 21.88 1024 47 246 766 24.31 1012 48 228 764 22.98 992 49 247 684 26.53 931 50 214 715 23.04 929 51 237 770 23.54 1007 52 225 773 22.55 998 53 212 732 22.46 944 54 242 731 24.87 973 55 229 719 24.16 948 56 230 674 25.44 904 57 249 672 27.04 921 58 229 701 24.62 930 59 228 660 25.68 888 60 212 655 24.45 867 61 225 730 23.56 955 62 183 716 20.36 899 63 212 675 23.90 887 64 210 689 23.36 899 65 202 727 21.74 929 66 228 664 25.56 892 67 238 705 25.24 943 68 209 685 23.38 894 69 233 632 26.94 865 70 178 663 21.17 841 71 188 643 22.62 831 72 200 605 24.84 805 73 195 618 23.99 813 74 195 606 24.34 801 75 167 634 20.85 801 76 179 628 22.18 807 77 209 610 25.52 819 78 181 603 23.09 784 79 205 615 25.00 820 80 197 623 24.02 820 81 204 624 24.64 828 82 180 586 23.50 766 83 195 626 23.75 821 84 174 609 22.22 783 85 194 601 24.40 795 86 193 570 25.29 763 87 192 559 25.57 751 88 180 583 23.59 763 89 175 556 23.94 731 90 194 548 26.15 742 91 169 541 23.80 710 92 169 539 23.87 708 93 148 530 21.83 678 94 176 557 24.01 733 95 185 560 24.83 745 96 157 582 21.24 739 97 163 636 20.40 799 98 161 498 24.43 659 99 111 386 22.33 497 100 184 505 26.71 689 101 118 470 20.07 588 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 1416 1447 49.46 2863 2 805 1242 39.33 2047 3 326 1207 21.27 1533 4 138 1384 9.07 1522 5 84 1305 6.05 1389 6 73 1294 5.34 1367 7 44 1611 2.66 1655 8 25 1718 1.43 1743 9 20 1605 1.23 1625 10 17 1545 1.09 1562 11 19 1461 1.28 1480 12 24 1509 1.57 1533 13 13 1380 0.93 1393 14 11 1412 0.77 1423 15 15 1401 1.06 1416 16 12 1425 0.84 1437 17 14 1390 1.00 1404 18 11 1374 0.79 1385 19 10 1428 0.70 1438 20 16 1405 1.13 1421 21 10 1491 0.67 1501 22 15 1470 1.01 1485 23 7 1484 0.47 1491 24 15 1475 1.01 1490 25 13 1401 0.92 1414 26 16 1465 1.08 1481 27 9 1433 0.62 1442 28 14 1570 0.88 1584 29 12 1582 0.75 1594 30 21 1652 1.26 1673 31 11 1552 0.70 1563 32 11 1508 0.72 1519 33 15 1495 0.99 1510 34 19 1477 1.27 1496 35 11 1470 0.74 1481 36 8 1413 0.56 1421 37 10 1507 0.66 1517 38 11 1542 0.71 1553 39 10 1448 0.69 1458 40 13 1403 0.92 1416 41 17 1557 1.08 1574 42 14 1461 0.95 1475 43 11 1484 0.74 1495 44 14 1422 0.97 1436 45 17 1436 1.17 1453 46 21 1482 1.40 1503 47 14 1430 0.97 1444 48 14 1483 0.94 1497 49 16 1468 1.08 1484 50 15 1500 0.99 1515 51 12 1421 0.84 1433 52 21 1401 1.48 1422 53 13 1538 0.84 1551 54 15 1566 0.95 1581 55 22 1483 1.46 1505 56 10 1443 0.69 1453 57 7 1422 0.49 1429 58 14 1597 0.87 1611 59 13 1448 0.89 1461 60 16 1497 1.06 1513 61 22 1485 1.46 1507 62 14 1438 0.96 1452 63 13 1376 0.94 1389 64 17 1433 1.17 1450 65 15 1389 1.07 1404 66 12 1339 0.89 1351 67 16 1297 1.22 1313 68 20 1414 1.39 1434 69 9 1345 0.66 1354 70 16 1383 1.14 1399 71 13 1340 0.96 1353 72 15 1294 1.15 1309 73 17 1334 1.26 1351 74 15 1336 1.11 1351 75 20 1336 1.47 1356 76 18 1254 1.42 1272 77 13 1306 0.99 1319 78 17 1271 1.32 1288 79 7 1265 0.55 1272 80 21 1277 1.62 1298 81 19 1221 1.53 1240 82 19 1370 1.37 1389 83 17 1279 1.31 1296 84 10 1237 0.80 1247 85 19 1203 1.55 1222 86 25 1273 1.93 1298 87 16 1251 1.26 1267 88 18 1222 1.45 1240 89 19 1202 1.56 1221 90 15 1094 1.35 1109 91 16 1153 1.37 1169 92 10 1117 0.89 1127 93 11 1133 0.96 1144 94 13 1099 1.17 1112 95 18 1129 1.57 1147 96 13 1088 1.18 1101 97 20 1011 1.94 1031 98 14 836 1.65 850 99 10 591 1.66 601 100 9 595 1.49 604 101 24 981 2.39 1005 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 1185 1607 42.44 2792 2 678 1585 29.96 2263 3 391 2284 14.62 2675 4 330 2451 11.87 2781 5 358 2964 10.78 3322 6 264 3268 7.47 3532 7 260 4180 5.86 4440 8 245 4820 4.84 5065 9 181 4304 4.04 4485 10 199 4237 4.49 4436 11 254 4059 5.89 4313 12 189 4228 4.28 4417 13 209 4238 4.70 4447 14 257 4248 5.70 4505 15 169 4512 3.61 4681 16 199 4598 4.15 4797 17 235 4566 4.89 4801 18 184 4751 3.73 4935 19 215 4917 4.19 5132 20 257 5038 4.85 5295 21 189 5043 3.61 5232 22 191 5030 3.66 5221 23 243 5097 4.55 5340 24 184 5185 3.43 5369 25 200 5197 3.71 5397 26 211 5366 3.78 5577 27 162 5318 2.96 5480 28 186 5262 3.41 5448 29 225 5133 4.20 5358 30 160 5032 3.08 5192 31 183 4984 3.54 5167 32 220 5009 4.21 5229 33 181 4910 3.56 5091 34 193 4886 3.80 5079 35 236 4838 4.65 5074 36 148 5210 2.76 5358 37 172 5150 3.23 5322 38 181 4990 3.50 5171 39 142 5092 2.71 5234 40 157 4996 3.05 5153 41 223 5004 4.27 5227 42 153 5095 2.92 5248 43 151 4918 2.98 5069 44 192 5021 3.68 5213 45 164 5119 3.10 5283 46 145 5086 2.77 5231 47 183 5041 3.50 5224 48 153 5182 2.87 5335 49 166 4882 3.29 5048 50 208 4827 4.13 5035 51 149 4731 3.05 4880 52 152 4834 3.05 4986 53 185 4719 3.77 4904 54 171 4633 3.56 4804 55 146 4648 3.05 4794 56 194 4791 3.89 4985 57 141 5074 2.70 5215 58 152 4871 3.03 5023 59 176 5061 3.36 5237 60 155 4650 3.23 4805 61 162 4715 3.32 4877 62 203 4644 4.19 4847 63 137 4712 2.83 4849 64 160 4620 3.35 4780 65 174 4688 3.58 4862 66 142 4734 2.91 4876 67 148 4754 3.02 4902 68 183 4628 3.80 4811 69 148 4558 3.14 4706 70 128 4377 2.84 4505 71 176 4359 3.88 4535 72 124 4376 2.76 4500 73 140 4491 3.02 4631 74 172 4352 3.80 4524 75 131 4254 2.99 4385 76 137 4323 3.07 4460 77 172 4169 3.96 4341 78 124 4202 2.87 4326 79 135 4315 3.03 4450 80 169 4152 3.91 4321 81 128 4144 3.00 4272 82 123 4132 2.89 4255 83 161 4044 3.83 4205 84 101 4119 2.39 4220 85 117 3996 2.84 4113 86 184 4058 4.34 4242 87 120 3981 2.93 4101 88 137 4026 3.29 4163 89 177 3915 4.33 4092 90 102 3803 2.61 3905 91 126 3865 3.16 3991 92 172 3781 4.35 3953 93 106 3661 2.81 3767 94 117 3765 3.01 3882 95 157 3646 4.13 3803 96 114 3709 2.98 3823 97 118 3525 3.24 3643 98 90 3274 2.68 3364 99 74 2262 3.17 2336 100 82 2014 3.91 2096 101 66 3312 1.95 3378 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 539 677 44.33 1216 2 488 606 44.61 1094 3 503 684 42.38 1187 4 473 720 39.65 1193 5 203 962 17.42 1165 6 113 484 18.93 597 7 114 535 17.57 649 8 99 502 16.47 601 9 98 459 17.59 557 10 115 493 18.91 608 11 119 509 18.95 628 12 127 515 19.78 642 13 133 448 22.89 581 14 117 437 21.12 554 15 117 407 22.33 524 16 113 393 22.33 506 17 122 476 20.40 598 18 134 432 23.67 566 19 103 393 20.77 496 20 130 434 23.05 564 21 98 403 19.56 501 22 140 379 26.97 519 23 105 387 21.34 492 24 110 399 21.61 509 25 151 453 25.00 604 26 119 376 24.04 495 27 160 391 29.04 551 28 120 397 23.21 517 29 113 384 22.74 497 30 122 374 24.60 496 31 94 343 21.51 437 32 102 344 22.87 446 33 103 374 21.59 477 34 118 338 25.88 456 35 131 403 24.53 534 36 111 398 21.81 509 37 122 362 25.21 484 38 109 330 24.83 439 39 99 341 22.50 440 40 111 371 23.03 482 41 101 363 21.77 464 42 106 353 23.09 459 43 104 313 24.94 417 44 98 330 22.90 428 45 104 367 22.08 471 46 102 300 25.37 402 47 83 263 23.99 346 48 95 310 23.46 405 49 88 353 19.95 441 50 92 319 22.38 411 51 87 304 22.25 391 52 77 301 20.37 378 53 104 313 24.94 417 54 91 255 26.30 346 55 104 331 23.91 435 56 80 296 21.28 376 57 94 279 25.20 373 58 73 274 21.04 347 59 75 275 21.43 350 60 94 273 25.61 367 61 93 254 26.80 347 62 78 230 25.32 308 63 68 272 20.00 340 64 64 238 21.19 302 65 72 211 25.44 283 66 78 254 23.49 332 67 74 258 22.29 332 68 83 278 22.99 361 69 101 225 30.98 326 70 75 211 26.22 286 71 85 229 27.07 314 72 70 216 24.48 286 73 74 185 28.57 259 74 79 197 28.62 276 75 75 228 24.75 303 76 81 199 28.93 280 77 73 211 25.70 284 78 68 224 23.29 292 79 76 204 27.14 280 80 55 232 19.16 287 81 71 207 25.54 278 82 60 207 22.47 267 83 63 188 25.10 251 84 67 210 24.19 277 85 66 183 26.51 249 86 62 173 26.38 235 87 68 170 28.57 238 88 56 178 23.93 234 89 61 199 23.46 260 90 52 195 21.05 247 91 61 204 23.02 265 92 64 156 29.09 220 93 54 163 24.88 217 94 55 170 24.44 225 95 67 155 30.18 222 96 56 177 24.03 233 97 55 178 23.61 233 98 47 129 26.70 176 99 65 0 100.00 65 CHG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 159 910 14.87 1069 2 173 915 15.90 1088 3 164 878 15.74 1042 4 152 947 13.83 1099 5 9 1648 0.54 1657 6 10 2135 0.47 2145 7 4 1219 0.33 1223 8 7 1250 0.56 1257 9 7 1000 0.70 1007 10 5 1046 0.48 1051 11 5 1266 0.39 1271 12 6 1027 0.58 1033 13 10 1095 0.90 1105 14 9 1018 0.88 1027 15 6 968 0.62 974 16 8 908 0.87 916 17 7 969 0.72 976 18 5 823 0.60 828 19 8 836 0.95 844 20 7 809 0.86 816 21 5 858 0.58 863 22 4 869 0.46 873 23 7 849 0.82 856 24 8 814 0.97 822 25 6 803 0.74 809 26 10 810 1.22 820 27 11 839 1.29 850 28 2 819 0.24 821 29 8 779 1.02 787 30 9 734 1.21 743 31 3 794 0.38 797 32 6 737 0.81 743 33 5 845 0.59 850 34 8 756 1.05 764 35 3 785 0.38 788 36 7 801 0.87 808 37 8 782 1.01 790 38 11 693 1.56 704 39 2 732 0.27 734 40 7 697 0.99 704 41 5 665 0.75 670 42 6 613 0.97 619 43 2 658 0.30 660 44 2 659 0.30 661 45 4 554 0.72 558 46 2 569 0.35 571 47 5 665 0.75 670 48 3 643 0.46 646 49 2 584 0.34 586 50 6 613 0.97 619 51 6 608 0.98 614 52 2 622 0.32 624 53 4 616 0.65 620 54 3 583 0.51 586 55 5 533 0.93 538 56 4 544 0.73 548 57 10 533 1.84 543 58 1 526 0.19 527 59 4 527 0.75 531 60 3 497 0.60 500 61 6 570 1.04 576 62 5 545 0.91 550 63 7 542 1.28 549 64 4 457 0.87 461 65 6 498 1.19 504 66 4 458 0.87 462 67 2 514 0.39 516 68 3 516 0.58 519 69 4 493 0.80 497 70 10 493 1.99 503 71 5 493 1.00 498 72 3 517 0.58 520 73 1 461 0.22 462 74 4 494 0.80 498 75 2 426 0.47 428 76 2 441 0.45 443 77 0 456 0.00 456 78 3 478 0.62 481 79 1 428 0.23 429 80 2 422 0.47 424 81 2 414 0.48 416 82 2 417 0.48 419 83 2 394 0.51 396 84 3 396 0.75 399 85 3 434 0.69 437 86 5 381 1.30 386 87 3 399 0.75 402 88 2 359 0.55 361 89 1 404 0.25 405 90 2 391 0.51 393 91 1 390 0.26 391 92 2 343 0.58 345 93 2 348 0.57 350 94 4 356 1.11 360 95 4 332 1.19 336 96 5 340 1.45 345 97 3 328 0.91 331 98 2 319 0.62 321 99 1 0 100.00 1 CHH context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 268 1198 18.28 1466 2 229 983 18.89 1212 3 306 1055 22.48 1361 4 198 1065 15.68 1263 5 68 1967 3.34 2035 6 124 2758 4.30 2882 7 54 3726 1.43 3780 8 68 3711 1.80 3779 9 121 3544 3.30 3665 10 60 3545 1.66 3605 11 73 3337 2.14 3410 12 114 3199 3.44 3313 13 45 3308 1.34 3353 14 73 3369 2.12 3442 15 111 3353 3.20 3464 16 57 3320 1.69 3377 17 64 3187 1.97 3251 18 99 3200 3.00 3299 19 45 3075 1.44 3120 20 73 3144 2.27 3217 21 98 3062 3.10 3160 22 55 2956 1.83 3011 23 65 2818 2.25 2883 24 106 2844 3.59 2950 25 59 2814 2.05 2873 26 66 2795 2.31 2861 27 95 2950 3.12 3045 28 57 2852 1.96 2909 29 66 2726 2.36 2792 30 92 2643 3.36 2735 31 52 2744 1.86 2796 32 54 2745 1.93 2799 33 96 2623 3.53 2719 34 38 2573 1.46 2611 35 51 2517 1.99 2568 36 91 2618 3.36 2709 37 41 2475 1.63 2516 38 73 2705 2.63 2778 39 78 2506 3.02 2584 40 39 2589 1.48 2628 41 54 2513 2.10 2567 42 83 2540 3.16 2623 43 40 2460 1.60 2500 44 52 2275 2.23 2327 45 90 2491 3.49 2581 46 41 2403 1.68 2444 47 51 2408 2.07 2459 48 75 2356 3.09 2431 49 38 2288 1.63 2326 50 44 2190 1.97 2234 51 67 2225 2.92 2292 52 31 2156 1.42 2187 53 49 2142 2.24 2191 54 74 2088 3.42 2162 55 45 2131 2.07 2176 56 45 2025 2.17 2070 57 70 2025 3.34 2095 58 34 2082 1.61 2116 59 47 2073 2.22 2120 60 73 2098 3.36 2171 61 33 1953 1.66 1986 62 37 1960 1.85 1997 63 62 1913 3.14 1975 64 28 1814 1.52 1842 65 27 1893 1.41 1920 66 66 1926 3.31 1992 67 36 1850 1.91 1886 68 45 1836 2.39 1881 69 49 1826 2.61 1875 70 17 1770 0.95 1787 71 35 1781 1.93 1816 72 47 1754 2.61 1801 73 32 1757 1.79 1789 74 34 1746 1.91 1780 75 62 1686 3.55 1748 76 30 1687 1.75 1717 77 38 1588 2.34 1626 78 56 1604 3.37 1660 79 37 1601 2.26 1638 80 35 1602 2.14 1637 81 53 1528 3.35 1581 82 38 1657 2.24 1695 83 31 1568 1.94 1599 84 43 1569 2.67 1612 85 25 1528 1.61 1553 86 37 1592 2.27 1629 87 47 1529 2.98 1576 88 29 1456 1.95 1485 89 38 1472 2.52 1510 90 50 1477 3.27 1527 91 25 1470 1.67 1495 92 30 1402 2.09 1432 93 37 1409 2.56 1446 94 30 1404 2.09 1434 95 26 1377 1.85 1403 96 37 1392 2.59 1429 97 35 1428 2.39 1463 98 37 1297 2.77 1334 99 32 6 84.21 38