CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 814 1736 31.92 2550 2 694 1851 27.27 2545 3 661 1539 30.05 2200 4 679 989 40.71 1668 5 636 914 41.03 1550 6 630 842 42.80 1472 7 724 785 47.98 1509 8 307 931 24.80 1238 9 297 776 27.68 1073 10 301 737 29.00 1038 11 314 698 31.03 1012 12 344 778 30.66 1122 13 291 796 26.77 1087 14 239 840 22.15 1079 15 274 767 26.32 1041 16 236 761 23.67 997 17 237 737 24.33 974 18 258 795 24.50 1053 19 234 829 22.01 1063 20 253 796 24.12 1049 21 238 754 23.99 992 22 245 767 24.21 1012 23 251 742 25.28 993 24 235 831 22.05 1066 25 188 793 19.16 981 26 241 772 23.79 1013 27 210 774 21.34 984 28 241 768 23.89 1009 29 224 864 20.59 1088 30 226 852 20.96 1078 31 237 693 25.48 930 32 210 778 21.26 988 33 236 736 24.28 972 34 216 751 22.34 967 35 223 798 21.84 1021 36 210 767 21.49 977 37 227 781 22.52 1008 38 217 727 22.99 944 39 218 782 21.80 1000 40 211 848 19.92 1059 41 248 715 25.75 963 42 222 738 23.12 960 43 200 763 20.77 963 44 211 735 22.30 946 45 243 747 24.55 990 46 199 767 20.60 966 47 257 751 25.50 1008 48 206 770 21.11 976 49 222 749 22.86 971 50 206 849 19.53 1055 51 214 703 23.34 917 52 211 760 21.73 971 53 214 715 23.04 929 54 220 748 22.73 968 55 210 726 22.44 936 56 205 678 23.22 883 57 212 663 24.23 875 58 193 668 22.42 861 59 184 671 21.52 855 60 196 647 23.25 843 61 199 686 22.49 885 62 211 719 22.69 930 63 200 694 22.37 894 64 167 663 20.12 830 65 190 617 23.54 807 66 193 687 21.93 880 67 227 659 25.62 886 68 179 651 21.57 830 69 204 599 25.40 803 70 191 616 23.67 807 71 199 621 24.27 820 72 176 572 23.53 748 73 183 642 22.18 825 74 176 556 24.04 732 75 159 579 21.54 738 76 149 562 20.96 711 77 171 596 22.29 767 78 176 565 23.75 741 79 166 576 22.37 742 80 156 533 22.64 689 81 172 574 23.06 746 82 179 562 24.16 741 83 154 621 19.87 775 84 155 538 22.37 693 85 152 520 22.62 672 86 149 520 22.27 669 87 153 542 22.01 695 88 146 542 21.22 688 89 153 543 21.98 696 90 157 516 23.33 673 91 148 505 22.66 653 92 127 495 20.42 622 93 140 494 22.08 634 94 150 476 23.96 626 95 149 516 22.41 665 96 168 520 24.42 688 97 149 560 21.02 709 98 147 528 21.78 675 99 87 374 18.87 461 100 122 441 21.67 563 101 105 462 18.52 567 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 1418 1570 47.46 2988 2 803 1328 37.68 2131 3 302 1258 19.36 1560 4 134 1374 8.89 1508 5 78 1327 5.55 1405 6 67 1274 5.00 1341 7 40 1624 2.40 1664 8 28 1719 1.60 1747 9 13 1553 0.83 1566 10 16 1537 1.03 1553 11 23 1482 1.53 1505 12 10 1465 0.68 1475 13 13 1436 0.90 1449 14 12 1439 0.83 1451 15 12 1439 0.83 1451 16 12 1399 0.85 1411 17 11 1423 0.77 1434 18 9 1367 0.65 1376 19 12 1391 0.86 1403 20 15 1416 1.05 1431 21 8 1423 0.56 1431 22 15 1479 1.00 1494 23 11 1495 0.73 1506 24 11 1488 0.73 1499 25 12 1312 0.91 1324 26 11 1454 0.75 1465 27 9 1489 0.60 1498 28 7 1461 0.48 1468 29 9 1756 0.51 1765 30 8 1555 0.51 1563 31 10 1650 0.60 1660 32 12 1550 0.77 1562 33 18 1526 1.17 1544 34 11 1505 0.73 1516 35 20 1434 1.38 1454 36 11 1475 0.74 1486 37 10 1497 0.66 1507 38 18 1460 1.22 1478 39 9 1411 0.63 1420 40 12 1465 0.81 1477 41 11 1477 0.74 1488 42 10 1485 0.67 1495 43 10 1473 0.67 1483 44 14 1496 0.93 1510 45 18 1395 1.27 1413 46 13 1459 0.88 1472 47 13 1421 0.91 1434 48 8 1584 0.50 1592 49 15 1560 0.95 1575 50 13 1494 0.86 1507 51 18 1470 1.21 1488 52 15 1423 1.04 1438 53 19 1494 1.26 1513 54 13 1554 0.83 1567 55 16 1406 1.13 1422 56 14 1399 0.99 1413 57 18 1373 1.29 1391 58 13 1538 0.84 1551 59 19 1539 1.22 1558 60 10 1521 0.65 1531 61 14 1422 0.97 1436 62 12 1393 0.85 1405 63 18 1348 1.32 1366 64 24 1342 1.76 1366 65 16 1414 1.12 1430 66 12 1348 0.88 1360 67 12 1230 0.97 1242 68 18 1425 1.25 1443 69 22 1273 1.70 1295 70 9 1307 0.68 1316 71 17 1242 1.35 1259 72 15 1251 1.18 1266 73 11 1209 0.90 1220 74 15 1207 1.23 1222 75 13 1215 1.06 1228 76 14 1196 1.16 1210 77 9 1236 0.72 1245 78 9 1116 0.80 1125 79 14 1126 1.23 1140 80 13 1137 1.13 1150 81 10 1125 0.88 1135 82 17 1135 1.48 1152 83 14 1130 1.22 1144 84 15 1134 1.31 1149 85 19 1158 1.61 1177 86 17 1231 1.36 1248 87 16 1215 1.30 1231 88 14 1103 1.25 1117 89 9 1081 0.83 1090 90 14 1095 1.26 1109 91 12 936 1.27 948 92 14 1087 1.27 1101 93 8 1000 0.79 1008 94 8 1038 0.76 1046 95 16 989 1.59 1005 96 11 985 1.10 996 97 14 894 1.54 908 98 5 845 0.59 850 99 5 523 0.95 528 100 5 585 0.85 590 101 15 926 1.59 941 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 1200 1688 41.55 2888 2 620 1707 26.64 2327 3 359 2378 13.12 2737 4 322 2610 10.98 2932 5 318 3067 9.39 3385 6 248 3454 6.70 3702 7 252 4343 5.48 4595 8 219 4811 4.35 5030 9 190 4314 4.22 4504 10 204 4178 4.66 4382 11 235 4096 5.43 4331 12 183 4239 4.14 4422 13 206 4277 4.60 4483 14 222 4328 4.88 4550 15 163 4405 3.57 4568 16 200 4561 4.20 4761 17 231 4734 4.65 4965 18 169 4883 3.35 5052 19 194 4883 3.82 5077 20 210 4972 4.05 5182 21 183 4861 3.63 5044 22 203 5003 3.90 5206 23 209 4926 4.07 5135 24 178 5142 3.35 5320 25 199 5184 3.70 5383 26 216 5423 3.83 5639 27 166 5440 2.96 5606 28 198 5244 3.64 5442 29 196 5104 3.70 5300 30 181 5034 3.47 5215 31 177 4923 3.47 5100 32 204 4869 4.02 5073 33 181 4945 3.53 5126 34 187 4961 3.63 5148 35 197 4915 3.85 5112 36 159 5042 3.06 5201 37 162 5177 3.03 5339 38 188 4967 3.65 5155 39 142 5038 2.74 5180 40 153 5054 2.94 5207 41 170 4959 3.31 5129 42 132 5115 2.52 5247 43 162 5004 3.14 5166 44 179 5081 3.40 5260 45 136 5085 2.60 5221 46 145 5123 2.75 5268 47 166 4980 3.23 5146 48 114 4970 2.24 5084 49 131 4879 2.61 5010 50 153 4790 3.10 4943 51 112 4611 2.37 4723 52 153 4672 3.17 4825 53 161 4528 3.43 4689 54 117 4575 2.49 4692 55 141 4446 3.07 4587 56 149 4599 3.14 4748 57 131 4864 2.62 4995 58 136 4799 2.76 4935 59 159 4661 3.30 4820 60 118 4474 2.57 4592 61 136 4601 2.87 4737 62 143 4512 3.07 4655 63 120 4356 2.68 4476 64 134 4556 2.86 4690 65 166 4411 3.63 4577 66 118 4370 2.63 4488 67 141 4469 3.06 4610 68 170 4380 3.74 4550 69 125 4303 2.82 4428 70 121 4181 2.81 4302 71 157 4244 3.57 4401 72 114 4076 2.72 4190 73 126 4070 3.00 4196 74 147 4170 3.41 4317 75 124 3984 3.02 4108 76 112 3928 2.77 4040 77 151 3999 3.64 4150 78 105 3850 2.65 3955 79 121 3922 2.99 4043 80 135 3934 3.32 4069 81 103 3900 2.57 4003 82 122 3760 3.14 3882 83 136 3820 3.44 3956 84 101 3982 2.47 4083 85 122 3780 3.13 3902 86 128 3831 3.23 3959 87 99 3610 2.67 3709 88 114 3604 3.07 3718 89 125 3456 3.49 3581 90 111 3390 3.17 3501 91 105 3442 2.96 3547 92 108 3485 3.01 3593 93 107 3339 3.11 3446 94 119 3446 3.34 3565 95 129 3313 3.75 3442 96 98 3107 3.06 3205 97 106 3137 3.27 3243 98 69 2884 2.34 2953 99 55 2020 2.65 2075 100 86 1796 4.57 1882 101 50 2979 1.65 3029 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 411 602 40.57 1013 2 392 519 43.03 911 3 443 616 41.83 1059 4 403 725 35.73 1128 5 168 815 17.09 983 6 96 464 17.14 560 7 79 473 14.31 552 8 122 473 20.50 595 9 90 387 18.87 477 10 73 437 14.31 510 11 115 415 21.70 530 12 94 488 16.15 582 13 97 385 20.12 482 14 109 426 20.37 535 15 100 327 23.42 427 16 79 352 18.33 431 17 133 405 24.72 538 18 124 373 24.95 497 19 100 381 20.79 481 20 113 373 23.25 486 21 104 333 23.80 437 22 104 366 22.13 470 23 113 327 25.68 440 24 101 315 24.28 416 25 115 354 24.52 469 26 95 326 22.57 421 27 128 354 26.56 482 28 90 323 21.79 413 29 98 319 23.50 417 30 98 326 23.11 424 31 102 308 24.88 410 32 86 320 21.18 406 33 106 298 26.24 404 34 108 363 22.93 471 35 103 312 24.82 415 36 112 329 25.40 441 37 94 295 24.16 389 38 82 314 20.71 396 39 94 294 24.23 388 40 90 288 23.81 378 41 86 324 20.98 410 42 93 328 22.09 421 43 87 281 23.64 368 44 85 293 22.49 378 45 85 361 19.06 446 46 82 234 25.95 316 47 88 284 23.66 372 48 78 287 21.37 365 49 80 300 21.05 380 50 81 266 23.34 347 51 66 239 21.64 305 52 79 273 22.44 352 53 84 293 22.28 377 54 79 235 25.16 314 55 74 301 19.73 375 56 64 267 19.34 331 57 82 247 24.92 329 58 75 237 24.04 312 59 67 258 20.62 325 60 77 223 25.67 300 61 62 230 21.23 292 62 60 202 22.90 262 63 61 221 21.63 282 64 68 184 26.98 252 65 63 172 26.81 235 66 80 228 25.97 308 67 60 211 22.14 271 68 71 239 22.90 310 69 62 181 25.51 243 70 61 172 26.18 233 71 63 189 25.00 252 72 52 160 24.53 212 73 67 194 25.67 261 74 62 213 22.55 275 75 57 198 22.35 255 76 54 179 23.18 233 77 41 155 20.92 196 78 57 174 24.68 231 79 63 171 26.92 234 80 49 161 23.33 210 81 50 178 21.93 228 82 46 164 21.90 210 83 40 145 21.62 185 84 58 158 26.85 216 85 48 142 25.26 190 86 43 159 21.29 202 87 43 144 22.99 187 88 49 138 26.20 187 89 48 168 22.22 216 90 38 134 22.09 172 91 51 144 26.15 195 92 48 152 24.00 200 93 45 144 23.81 189 94 51 129 28.33 180 95 37 134 21.64 171 96 46 150 23.47 196 97 52 151 25.62 203 98 40 145 21.62 185 99 52 1 98.11 53 CHG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 127 805 13.63 932 2 155 842 15.55 997 3 136 825 14.15 961 4 158 838 15.86 996 5 7 1495 0.47 1502 6 11 1955 0.56 1966 7 5 1092 0.46 1097 8 4 1130 0.35 1134 9 5 967 0.51 972 10 2 925 0.22 927 11 5 1083 0.46 1088 12 8 888 0.89 896 13 2 1012 0.20 1014 14 7 889 0.78 896 15 7 854 0.81 861 16 6 827 0.72 833 17 7 883 0.79 890 18 2 729 0.27 731 19 5 759 0.65 764 20 5 783 0.63 788 21 1 692 0.14 693 22 6 809 0.74 815 23 4 734 0.54 738 24 3 666 0.45 669 25 4 709 0.56 713 26 8 768 1.03 776 27 6 641 0.93 647 28 2 679 0.29 681 29 4 678 0.59 682 30 4 671 0.59 675 31 4 613 0.65 617 32 4 675 0.59 679 33 7 833 0.83 840 34 5 642 0.77 647 35 7 667 1.04 674 36 0 653 0.00 653 37 1 670 0.15 671 38 7 621 1.11 628 39 8 616 1.28 624 40 4 625 0.64 629 41 1 568 0.18 569 42 3 542 0.55 545 43 4 581 0.68 585 44 6 584 1.02 590 45 1 469 0.21 470 46 3 525 0.57 528 47 3 522 0.57 525 48 3 470 0.63 473 49 5 490 1.01 495 50 4 560 0.71 564 51 1 543 0.18 544 52 5 515 0.96 520 53 0 531 0.00 531 54 3 502 0.59 505 55 2 476 0.42 478 56 3 480 0.62 483 57 1 467 0.21 468 58 3 451 0.66 454 59 1 476 0.21 477 60 2 478 0.42 480 61 5 458 1.08 463 62 4 447 0.89 451 63 10 443 2.21 453 64 2 401 0.50 403 65 4 429 0.92 433 66 2 404 0.49 406 67 2 449 0.44 451 68 3 406 0.73 409 69 3 439 0.68 442 70 2 376 0.53 378 71 1 423 0.24 424 72 3 414 0.72 417 73 2 412 0.48 414 74 1 377 0.26 378 75 4 419 0.95 423 76 2 359 0.55 361 77 0 359 0.00 359 78 3 348 0.85 351 79 5 347 1.42 352 80 4 386 1.03 390 81 4 338 1.17 342 82 6 338 1.74 344 83 2 378 0.53 380 84 1 320 0.31 321 85 3 382 0.78 385 86 1 321 0.31 322 87 4 346 1.14 350 88 2 303 0.66 305 89 3 316 0.94 319 90 0 329 0.00 329 91 4 318 1.24 322 92 3 311 0.96 314 93 2 311 0.64 313 94 1 281 0.35 282 95 3 307 0.97 310 96 4 277 1.42 281 97 3 304 0.98 307 98 1 304 0.33 305 99 3 0 100.00 3 CHH context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 256 1100 18.88 1356 2 196 930 17.41 1126 3 260 922 22.00 1182 4 220 916 19.37 1136 5 48 1690 2.76 1738 6 87 2533 3.32 2620 7 49 3250 1.49 3299 8 48 3196 1.48 3244 9 94 3105 2.94 3199 10 51 3187 1.58 3238 11 63 3094 2.00 3157 12 90 2762 3.16 2852 13 54 2870 1.85 2924 14 54 2873 1.84 2927 15 101 2918 3.35 3019 16 55 2811 1.92 2866 17 48 2695 1.75 2743 18 72 2886 2.43 2958 19 51 2720 1.84 2771 20 49 2900 1.66 2949 21 82 2562 3.10 2644 22 45 2624 1.69 2669 23 51 2502 2.00 2553 24 81 2399 3.27 2480 25 51 2514 1.99 2565 26 36 2394 1.48 2430 27 75 2532 2.88 2607 28 36 2452 1.45 2488 29 54 2367 2.23 2421 30 76 2226 3.30 2302 31 43 2245 1.88 2288 32 44 2255 1.91 2299 33 83 2160 3.70 2243 34 33 2149 1.51 2182 35 42 2230 1.85 2272 36 64 2166 2.87 2230 37 43 2152 1.96 2195 38 37 2331 1.56 2368 39 74 2076 3.44 2150 40 31 2102 1.45 2133 41 44 2059 2.09 2103 42 70 2056 3.29 2126 43 41 2045 1.97 2086 44 25 2018 1.22 2043 45 63 2073 2.95 2136 46 36 2036 1.74 2072 47 31 2040 1.50 2071 48 54 1925 2.73 1979 49 41 1921 2.09 1962 50 34 1872 1.78 1906 51 46 1812 2.48 1858 52 34 1713 1.95 1747 53 36 1748 2.02 1784 54 51 1633 3.03 1684 55 33 1787 1.81 1820 56 32 1681 1.87 1713 57 55 1697 3.14 1752 58 30 1733 1.70 1763 59 29 1721 1.66 1750 60 46 1683 2.66 1729 61 36 1699 2.07 1735 62 29 1611 1.77 1640 63 42 1617 2.53 1659 64 26 1591 1.61 1617 65 32 1589 1.97 1621 66 42 1575 2.60 1617 67 27 1502 1.77 1529 68 20 1555 1.27 1575 69 48 1477 3.15 1525 70 29 1475 1.93 1504 71 25 1514 1.62 1539 72 36 1404 2.50 1440 73 23 1380 1.64 1403 74 31 1408 2.15 1439 75 37 1458 2.47 1495 76 21 1456 1.42 1477 77 21 1401 1.48 1422 78 40 1328 2.92 1368 79 21 1383 1.50 1404 80 23 1370 1.65 1393 81 40 1341 2.90 1381 82 20 1347 1.46 1367 83 16 1284 1.23 1300 84 41 1336 2.98 1377 85 21 1303 1.59 1324 86 18 1248 1.42 1266 87 48 1234 3.74 1282 88 21 1266 1.63 1287 89 22 1213 1.78 1235 90 35 1225 2.78 1260 91 21 1187 1.74 1208 92 13 1175 1.09 1188 93 43 1133 3.66 1176 94 30 1150 2.54 1180 95 15 1143 1.30 1158 96 27 1114 2.37 1141 97 19 1163 1.61 1182 98 17 1053 1.59 1070 99 30 4 88.24 34