CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 973 1633 37.34 2606 2 907 1730 34.40 2637 3 725 1534 32.09 2259 4 735 1057 41.02 1792 5 675 888 43.19 1563 6 649 783 45.32 1432 7 704 688 50.57 1392 8 324 843 27.76 1167 9 320 818 28.12 1138 10 300 693 30.21 993 11 308 733 29.59 1041 12 319 832 27.72 1151 13 335 794 29.67 1129 14 277 780 26.21 1057 15 279 819 25.41 1098 16 265 772 25.55 1037 17 231 807 22.25 1038 18 239 829 22.38 1068 19 197 828 19.22 1025 20 257 806 24.18 1063 21 227 800 22.10 1027 22 239 789 23.25 1028 23 243 752 24.42 995 24 253 752 25.17 1005 25 245 806 23.31 1051 26 253 750 25.22 1003 27 228 775 22.73 1003 28 247 794 23.73 1041 29 276 888 23.71 1164 30 205 846 19.51 1051 31 246 782 23.93 1028 32 226 818 21.65 1044 33 216 751 22.34 967 34 211 748 22.00 959 35 233 784 22.91 1017 36 239 750 24.17 989 37 205 753 21.40 958 38 205 762 21.20 967 39 233 827 21.98 1060 40 226 731 23.62 957 41 232 722 24.32 954 42 235 753 23.79 988 43 229 771 22.90 1000 44 214 739 22.46 953 45 210 795 20.90 1005 46 234 765 23.42 999 47 222 724 23.47 946 48 206 782 20.85 988 49 219 728 23.13 947 50 194 705 21.58 899 51 223 748 22.97 971 52 219 755 22.48 974 53 215 685 23.89 900 54 222 735 23.20 957 55 213 763 21.82 976 56 213 748 22.16 961 57 195 691 22.01 886 58 225 728 23.61 953 59 199 669 22.93 868 60 203 689 22.76 892 61 198 702 22.00 900 62 208 718 22.46 926 63 220 713 23.58 933 64 208 745 21.83 953 65 206 652 24.01 858 66 213 628 25.33 841 67 208 698 22.96 906 68 202 639 24.02 841 69 193 620 23.74 813 70 168 637 20.87 805 71 200 641 23.78 841 72 196 639 23.47 835 73 179 649 21.62 828 74 202 648 23.76 850 75 188 591 24.13 779 76 170 623 21.44 793 77 218 624 25.89 842 78 207 590 25.97 797 79 176 596 22.80 772 80 168 596 21.99 764 81 172 600 22.28 772 82 169 555 23.34 724 83 185 587 23.96 772 84 169 628 21.20 797 85 167 582 22.30 749 86 162 611 20.96 773 87 188 577 24.58 765 88 165 622 20.97 787 89 170 573 22.88 743 90 179 539 24.93 718 91 156 538 22.48 694 92 149 522 22.21 671 93 173 546 24.06 719 94 163 536 23.32 699 95 157 537 22.62 694 96 192 596 24.37 788 97 148 694 17.58 842 98 141 499 22.03 640 99 149 411 26.61 560 100 144 512 21.95 656 101 103 477 17.76 580 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 1368 1481 48.02 2849 2 859 1286 40.05 2145 3 324 1245 20.65 1569 4 138 1371 9.15 1509 5 85 1309 6.10 1394 6 52 1227 4.07 1279 7 60 1587 3.64 1647 8 15 1698 0.88 1713 9 23 1582 1.43 1605 10 17 1484 1.13 1501 11 10 1510 0.66 1520 12 14 1490 0.93 1504 13 14 1400 0.99 1414 14 15 1378 1.08 1393 15 13 1435 0.90 1448 16 7 1392 0.50 1399 17 15 1350 1.10 1365 18 11 1445 0.76 1456 19 10 1428 0.70 1438 20 9 1449 0.62 1458 21 9 1456 0.61 1465 22 15 1491 1.00 1506 23 17 1449 1.16 1466 24 9 1509 0.59 1518 25 9 1459 0.61 1468 26 13 1398 0.92 1411 27 9 1446 0.62 1455 28 10 1588 0.63 1598 29 16 1742 0.91 1758 30 8 1640 0.49 1648 31 11 1594 0.69 1605 32 8 1566 0.51 1574 33 11 1508 0.72 1519 34 15 1606 0.93 1621 35 9 1495 0.60 1504 36 9 1477 0.61 1486 37 9 1411 0.63 1420 38 5 1459 0.34 1464 39 12 1434 0.83 1446 40 12 1487 0.80 1499 41 6 1490 0.40 1496 42 14 1463 0.95 1477 43 10 1465 0.68 1475 44 10 1457 0.68 1467 45 12 1520 0.78 1532 46 14 1448 0.96 1462 47 11 1415 0.77 1426 48 6 1601 0.37 1607 49 11 1487 0.73 1498 50 13 1527 0.84 1540 51 6 1425 0.42 1431 52 13 1425 0.90 1438 53 10 1612 0.62 1622 54 11 1599 0.68 1610 55 11 1493 0.73 1504 56 12 1460 0.82 1472 57 11 1467 0.74 1478 58 12 1582 0.75 1594 59 8 1486 0.54 1494 60 21 1517 1.37 1538 61 21 1448 1.43 1469 62 7 1380 0.50 1387 63 13 1482 0.87 1495 64 18 1420 1.25 1438 65 12 1412 0.84 1424 66 10 1392 0.71 1402 67 17 1318 1.27 1335 68 14 1429 0.97 1443 69 12 1352 0.88 1364 70 12 1389 0.86 1401 71 19 1309 1.43 1328 72 16 1250 1.26 1266 73 17 1345 1.25 1362 74 10 1315 0.75 1325 75 16 1294 1.22 1310 76 15 1286 1.15 1301 77 4 1261 0.32 1265 78 25 1277 1.92 1302 79 21 1181 1.75 1202 80 8 1323 0.60 1331 81 11 1205 0.90 1216 82 18 1212 1.46 1230 83 17 1262 1.33 1279 84 22 1188 1.82 1210 85 10 1193 0.83 1203 86 10 1246 0.80 1256 87 9 1240 0.72 1249 88 13 1145 1.12 1158 89 17 1170 1.43 1187 90 12 1204 0.99 1216 91 9 1115 0.80 1124 92 19 1177 1.59 1196 93 14 1088 1.27 1102 94 9 1061 0.84 1070 95 12 1108 1.07 1120 96 18 1094 1.62 1112 97 19 976 1.91 995 98 9 962 0.93 971 99 8 573 1.38 581 100 1 626 0.16 627 101 11 1026 1.06 1037 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 1155 1649 41.19 2804 2 652 1657 28.24 2309 3 354 2378 12.96 2732 4 320 2453 11.54 2773 5 337 3058 9.93 3395 6 250 3326 6.99 3576 7 237 4300 5.22 4537 8 216 4803 4.30 5019 9 188 4364 4.13 4552 10 189 4188 4.32 4377 11 229 4015 5.40 4244 12 185 4115 4.30 4300 13 202 4276 4.51 4478 14 232 4265 5.16 4497 15 169 4552 3.58 4721 16 189 4420 4.10 4609 17 251 4699 5.07 4950 18 171 4709 3.50 4880 19 189 4907 3.71 5096 20 231 4982 4.43 5213 21 213 5104 4.01 5317 22 195 5056 3.71 5251 23 249 5030 4.72 5279 24 174 5061 3.32 5235 25 202 5028 3.86 5230 26 209 5380 3.74 5589 27 183 5255 3.37 5438 28 182 5279 3.33 5461 29 215 5168 3.99 5383 30 169 5019 3.26 5188 31 186 5070 3.54 5256 32 215 5171 3.99 5386 33 171 5012 3.30 5183 34 188 4786 3.78 4974 35 211 4974 4.07 5185 36 148 5267 2.73 5415 37 158 5092 3.01 5250 38 192 5075 3.65 5267 39 132 5075 2.54 5207 40 168 5181 3.14 5349 41 199 5033 3.80 5232 42 131 5213 2.45 5344 43 163 5029 3.14 5192 44 209 5023 3.99 5232 45 146 5196 2.73 5342 46 149 5131 2.82 5280 47 180 5051 3.44 5231 48 137 5072 2.63 5209 49 161 5063 3.08 5224 50 191 4866 3.78 5057 51 157 4739 3.21 4896 52 156 4823 3.13 4979 53 174 4723 3.55 4897 54 150 4627 3.14 4777 55 170 4868 3.37 5038 56 157 4874 3.12 5031 57 137 5130 2.60 5267 58 153 4892 3.03 5045 59 174 4991 3.37 5165 60 148 4852 2.96 5000 61 165 4722 3.38 4887 62 151 4716 3.10 4867 63 135 4576 2.87 4711 64 141 4768 2.87 4909 65 155 4702 3.19 4857 66 159 4685 3.28 4844 67 147 4724 3.02 4871 68 165 4681 3.40 4846 69 138 4683 2.86 4821 70 131 4489 2.84 4620 71 165 4521 3.52 4686 72 121 4439 2.65 4560 73 144 4417 3.16 4561 74 152 4325 3.40 4477 75 145 4355 3.22 4500 76 138 4298 3.11 4436 77 161 4282 3.62 4443 78 122 4211 2.82 4333 79 144 4248 3.28 4392 80 121 4374 2.69 4495 81 122 4222 2.81 4344 82 139 4137 3.25 4276 83 144 4103 3.39 4247 84 129 4341 2.89 4470 85 136 3989 3.30 4125 86 136 4178 3.15 4314 87 125 4018 3.02 4143 88 121 4012 2.93 4133 89 128 3987 3.11 4115 90 127 3908 3.15 4035 91 135 3831 3.40 3966 92 119 3797 3.04 3916 93 128 3762 3.29 3890 94 134 3793 3.41 3927 95 127 3854 3.19 3981 96 131 3602 3.51 3733 97 132 3551 3.58 3683 98 64 3239 1.94 3303 99 62 2344 2.58 2406 100 102 2010 4.83 2112 101 86 3403 2.46 3489 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 463 684 40.37 1147 2 405 565 41.75 970 3 474 694 40.58 1168 4 433 789 35.43 1222 5 180 904 16.61 1084 6 93 474 16.40 567 7 105 553 15.96 658 8 108 543 16.59 651 9 80 417 16.10 497 10 119 491 19.51 610 11 111 471 19.07 582 12 109 473 18.73 582 13 117 474 19.80 591 14 121 475 20.30 596 15 102 368 21.70 470 16 133 412 24.40 545 17 113 490 18.74 603 18 134 438 23.43 572 19 127 399 24.14 526 20 116 397 22.61 513 21 115 391 22.73 506 22 108 425 20.26 533 23 98 373 20.81 471 24 96 377 20.30 473 25 131 403 24.53 534 26 109 407 21.12 516 27 144 380 27.48 524 28 128 376 25.40 504 29 108 393 21.56 501 30 88 370 19.21 458 31 99 359 21.62 458 32 101 332 23.33 433 33 97 373 20.64 470 34 99 412 19.37 511 35 121 375 24.40 496 36 114 341 25.05 455 37 102 362 21.98 464 38 80 358 18.26 438 39 91 305 22.98 396 40 86 356 19.46 442 41 94 377 19.96 471 42 92 382 19.41 474 43 112 327 25.51 439 44 93 322 22.41 415 45 100 424 19.08 524 46 93 277 25.14 370 47 95 317 23.06 412 48 85 317 21.14 402 49 88 311 22.06 399 50 98 320 23.44 418 51 90 262 25.57 352 52 88 302 22.56 390 53 96 293 24.68 389 54 87 315 21.64 402 55 71 326 17.88 397 56 88 298 22.80 386 57 76 253 23.10 329 58 77 283 21.39 360 59 80 303 20.89 383 60 77 237 24.52 314 61 78 281 21.73 359 62 77 242 24.14 319 63 79 243 24.53 322 64 69 241 22.26 310 65 76 225 25.25 301 66 92 240 27.71 332 67 66 260 20.25 326 68 83 293 22.07 376 69 65 219 22.89 284 70 68 198 25.56 266 71 73 196 27.14 269 72 64 235 21.40 299 73 78 231 25.24 309 74 69 201 25.56 270 75 55 227 19.50 282 76 56 181 23.63 237 77 60 180 25.00 240 78 76 218 25.85 294 79 62 214 22.46 276 80 65 199 24.62 264 81 56 208 21.21 264 82 56 199 21.96 255 83 48 194 19.83 242 84 62 199 23.75 261 85 61 183 25.00 244 86 55 188 22.63 243 87 61 162 27.35 223 88 65 152 29.95 217 89 70 184 27.56 254 90 51 176 22.47 227 91 63 161 28.12 224 92 59 180 24.69 239 93 54 196 21.60 250 94 64 153 29.49 217 95 49 159 23.56 208 96 47 167 21.96 214 97 49 168 22.58 217 98 52 159 24.64 211 99 48 0 100.00 48 CHG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 185 859 17.72 1044 2 194 920 17.41 1114 3 148 913 13.95 1061 4 185 915 16.82 1100 5 9 1763 0.51 1772 6 7 2192 0.32 2199 7 7 1122 0.62 1129 8 12 1228 0.97 1240 9 5 1038 0.48 1043 10 3 1011 0.30 1014 11 10 1291 0.77 1301 12 6 999 0.60 1005 13 12 1109 1.07 1121 14 3 1067 0.28 1070 15 5 962 0.52 967 16 2 933 0.21 935 17 5 1010 0.49 1015 18 5 844 0.59 849 19 7 873 0.80 880 20 4 839 0.47 843 21 4 811 0.49 815 22 8 901 0.88 909 23 2 811 0.25 813 24 2 783 0.25 785 25 9 797 1.12 806 26 8 922 0.86 930 27 8 794 1.00 802 28 5 763 0.65 768 29 5 833 0.60 838 30 2 762 0.26 764 31 6 722 0.82 728 32 2 760 0.26 762 33 10 884 1.12 894 34 5 739 0.67 744 35 3 651 0.46 654 36 3 825 0.36 828 37 7 722 0.96 729 38 3 666 0.45 669 39 3 774 0.39 777 40 4 660 0.60 664 41 6 653 0.91 659 42 7 610 1.13 617 43 6 651 0.91 657 44 4 664 0.60 668 45 4 596 0.67 600 46 5 605 0.82 610 47 3 621 0.48 624 48 3 563 0.53 566 49 3 560 0.53 563 50 2 618 0.32 620 51 4 590 0.67 594 52 2 597 0.33 599 53 6 575 1.03 581 54 4 572 0.69 576 55 1 530 0.19 531 56 3 537 0.56 540 57 2 547 0.36 549 58 4 524 0.76 528 59 2 561 0.36 563 60 4 529 0.75 533 61 3 532 0.56 535 62 2 553 0.36 555 63 6 558 1.06 564 64 2 449 0.44 451 65 1 509 0.20 510 66 3 447 0.67 450 67 7 528 1.31 535 68 4 481 0.82 485 69 3 481 0.62 484 70 2 486 0.41 488 71 3 483 0.62 486 72 5 474 1.04 479 73 2 459 0.43 461 74 9 475 1.86 484 75 3 434 0.69 437 76 2 396 0.50 398 77 2 458 0.43 460 78 2 423 0.47 425 79 4 421 0.94 425 80 1 414 0.24 415 81 1 364 0.27 365 82 3 403 0.74 406 83 5 413 1.20 418 84 0 411 0.00 411 85 1 401 0.25 402 86 1 395 0.25 396 87 1 390 0.26 391 88 2 390 0.51 392 89 5 378 1.31 383 90 4 387 1.02 391 91 1 381 0.26 382 92 0 389 0.00 389 93 5 381 1.30 386 94 2 343 0.58 345 95 2 355 0.56 357 96 4 342 1.16 346 97 2 325 0.61 327 98 2 324 0.61 326 99 3 1 75.00 4 CHH context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 274 1267 17.78 1541 2 237 1073 18.09 1310 3 301 1014 22.89 1315 4 237 1025 18.78 1262 5 67 2022 3.21 2089 6 110 2817 3.76 2927 7 48 3712 1.28 3760 8 64 3676 1.71 3740 9 101 3528 2.78 3629 10 47 3641 1.27 3688 11 85 3584 2.32 3669 12 110 3257 3.27 3367 13 52 3250 1.57 3302 14 67 3405 1.93 3472 15 89 3444 2.52 3533 16 64 3169 1.98 3233 17 57 3165 1.77 3222 18 96 3181 2.93 3277 19 46 3027 1.50 3073 20 69 3260 2.07 3329 21 97 2886 3.25 2983 22 51 2985 1.68 3036 23 61 2905 2.06 2966 24 89 2845 3.03 2934 25 55 2810 1.92 2865 26 63 2697 2.28 2760 27 90 2923 2.99 3013 28 45 2846 1.56 2891 29 64 2750 2.27 2814 30 79 2681 2.86 2760 31 45 2624 1.69 2669 32 56 2620 2.09 2676 33 74 2544 2.83 2618 34 53 2485 2.09 2538 35 64 2546 2.45 2610 36 64 2587 2.41 2651 37 38 2505 1.49 2543 38 56 2587 2.12 2643 39 78 2493 3.03 2571 40 40 2499 1.58 2539 41 46 2410 1.87 2456 42 69 2429 2.76 2498 43 37 2294 1.59 2331 44 49 2280 2.10 2329 45 73 2309 3.06 2382 46 31 2341 1.31 2372 47 46 2330 1.94 2376 48 58 2311 2.45 2369 49 32 2314 1.36 2346 50 42 2226 1.85 2268 51 62 2154 2.80 2216 52 33 2045 1.59 2078 53 33 2110 1.54 2143 54 61 1961 3.02 2022 55 38 2057 1.81 2095 56 37 1905 1.91 1942 57 55 2018 2.65 2073 58 42 1986 2.07 2028 59 36 1974 1.79 2010 60 55 2043 2.62 2098 61 28 1989 1.39 2017 62 31 1904 1.60 1935 63 49 1840 2.59 1889 64 33 1773 1.83 1806 65 39 1842 2.07 1881 66 55 1782 2.99 1837 67 32 1705 1.84 1737 68 31 1854 1.64 1885 69 50 1767 2.75 1817 70 31 1791 1.70 1822 71 34 1707 1.95 1741 72 38 1719 2.16 1757 73 25 1592 1.55 1617 74 35 1659 2.07 1694 75 32 1687 1.86 1719 76 31 1664 1.83 1695 77 27 1590 1.67 1617 78 40 1614 2.42 1654 79 19 1599 1.17 1618 80 27 1593 1.67 1620 81 35 1552 2.21 1587 82 34 1518 2.19 1552 83 22 1510 1.44 1532 84 37 1469 2.46 1506 85 23 1462 1.55 1485 86 28 1438 1.91 1466 87 38 1366 2.71 1404 88 27 1417 1.87 1444 89 36 1376 2.55 1412 90 38 1393 2.66 1431 91 26 1358 1.88 1384 92 23 1372 1.65 1395 93 40 1321 2.94 1361 94 19 1332 1.41 1351 95 20 1306 1.51 1326 96 41 1344 2.96 1385 97 22 1315 1.65 1337 98 26 1251 2.04 1277 99 24 7 77.42 31