Bowtie 2 seems to be working fine (tested command '/gscratch/srlab/programs/bowtie2-2.3.4.1-linux-x86_64/bowtie2 --version' [2.3.4])
Output format is BAM (default)
Alignments will be written out in BAM format. Samtools found here: '/gscratch/srlab/programs/samtools-1.4/bin/samtools'
Reference genome folder provided is /gscratch/srlab/sr320/data/olurida-bs/genome/	(absolute path is '/gscratch/srlab/sr320/data/olurida-bs/genome/)'
FastQ format assumed (by default)
Each Bowtie 2 instance is going to be run with 4 threads. Please monitor performance closely and tune down if necessary!

Input files to be analysed (in current folder '/gscratch/scrubbed/sr320/061421-olyC'):
/gscratch/srlab/sr320/data/olurida-bs/combined.fq.gz
Library is assumed to be strand-specific (directional), alignments to strands complementary to the original top or bottom strands will be ignored (i.e. not performed!)
Setting parallelization to single-threaded (default)

Summary of all aligner options:	-q --score-min L,0,-0.6 -p 4 --reorder --ignore-quals
Current working directory is: /gscratch/scrubbed/sr320/061421-olyC

Now reading in and storing sequence information of the genome specified in: /gscratch/srlab/sr320/data/olurida-bs/genome/

chr Contig0 (116746 bp)
chr Contig1 (87411 bp)
chr Contig2 (139250 bp)
chr Contig3 (141657 bp)
chr Contig4 (95692 bp)
chr Contig5 (130522 bp)
chr Contig6 (94893 bp)
chr Contig7 (109667 bp)
chr Contig8 (95943 bp)
chr Contig9 (112192 bp)
chr Contig10 (79314 bp)
chr Contig11 (77275 bp)
chr Contig12 (60110 bp)
chr Contig13 (84935 bp)
chr Contig14 (73689 bp)
chr Contig15 (68276 bp)
chr Contig16 (87282 bp)
chr Contig17 (57245 bp)
chr Contig18 (73146 bp)
chr Contig19 (66065 bp)
chr Contig20 (55902 bp)
chr Contig21 (74205 bp)
chr Contig22 (70568 bp)
chr Contig23 (79045 bp)
chr Contig24 (73005 bp)
chr Contig25 (92824 bp)
chr Contig26 (46806 bp)
chr Contig27 (60470 bp)
chr Contig28 (86925 bp)
chr Contig29 (57985 bp)
chr Contig30 (47288 bp)
chr Contig31 (57190 bp)
chr Contig32 (78649 bp)
chr Contig33 (98477 bp)
chr Contig34 (74085 bp)
chr Contig35 (95837 bp)
chr Contig36 (73490 bp)
chr Contig37 (73315 bp)
chr Contig38 (82031 bp)
chr Contig39 (91737 bp)
chr Contig40 (69561 bp)
chr Contig41 (52231 bp)
chr Contig42 (68646 bp)
chr Contig43 (69894 bp)
chr Contig44 (87369 bp)
chr Contig45 (75902 bp)
chr Contig46 (55121 bp)
chr Contig47 (92798 bp)
chr Contig48 (56214 bp)
chr Contig49 (61085 bp)
chr Contig50 (42363 bp)
chr Contig51 (44001 bp)
chr Contig52 (73312 bp)
chr Contig53 (60653 bp)
chr Contig54 (68151 bp)
chr Contig55 (57681 bp)
chr Contig56 (74235 bp)
chr Contig57 (64063 bp)
chr Contig58 (47703 bp)
chr Contig59 (49941 bp)
chr Contig60 (49480 bp)
chr Contig61 (46141 bp)
chr Contig62 (45684 bp)
chr Contig63 (50139 bp)
chr Contig64 (49755 bp)
chr Contig65 (107659 bp)
chr Contig66 (44616 bp)
chr Contig67 (53652 bp)
chr Contig68 (87821 bp)
chr Contig69 (69775 bp)
chr Contig70 (33460 bp)
chr Contig71 (46327 bp)
chr Contig72 (41574 bp)
chr Contig73 (52939 bp)
chr Contig74 (61035 bp)
chr Contig75 (82558 bp)
chr Contig76 (86256 bp)
chr Contig77 (40458 bp)
chr Contig78 (60354 bp)
chr Contig79 (99968 bp)
chr Contig80 (61953 bp)
chr Contig81 (48662 bp)
chr Contig82 (52741 bp)
chr Contig83 (52181 bp)
chr Contig84 (102803 bp)
chr Contig85 (70619 bp)
chr Contig86 (48425 bp)
chr Contig87 (52107 bp)
chr Contig88 (55766 bp)
chr Contig89 (100284 bp)
chr Contig90 (68774 bp)
chr Contig91 (30116 bp)
chr Contig92 (60803 bp)
chr Contig93 (79560 bp)
chr Contig94 (42098 bp)
chr Contig95 (57802 bp)
chr Contig96 (43439 bp)
chr Contig97 (42713 bp)
chr Contig98 (64168 bp)
chr Contig99 (58236 bp)
chr Contig100 (58076 bp)
chr Contig101 (45454 bp)
chr Contig102 (45482 bp)
chr Contig103 (53058 bp)
chr Contig104 (47240 bp)
chr Contig105 (38113 bp)
chr Contig106 (50206 bp)
chr Contig107 (46557 bp)
chr Contig108 (66817 bp)
chr Contig109 (46615 bp)
chr Contig110 (54313 bp)
chr Contig111 (70817 bp)
chr Contig112 (49115 bp)
chr Contig113 (47327 bp)
chr Contig114 (53231 bp)
chr Contig115 (51554 bp)
chr Contig116 (59247 bp)
chr Contig117 (77707 bp)
chr Contig118 (39931 bp)
chr Contig119 (68437 bp)
chr Contig120 (57616 bp)
chr Contig121 (65309 bp)
chr Contig122 (43919 bp)
chr Contig123 (31497 bp)
chr Contig124 (63919 bp)
chr Contig125 (34430 bp)
chr Contig126 (58390 bp)
chr Contig127 (41438 bp)
chr Contig128 (36682 bp)
chr Contig129 (53604 bp)
chr Contig130 (67011 bp)
chr Contig131 (39497 bp)
chr Contig132 (65469 bp)
chr Contig133 (36121 bp)
chr Contig134 (41480 bp)
chr Contig135 (33282 bp)
chr Contig136 (53823 bp)
chr Contig137 (49306 bp)
chr Contig138 (37971 bp)
chr Contig139 (60052 bp)
chr Contig140 (39816 bp)
chr Contig141 (39534 bp)
chr Contig142 (48795 bp)
chr Contig143 (62992 bp)
chr Contig144 (54514 bp)
chr Contig145 (70201 bp)
chr Contig146 (35345 bp)
chr Contig147 (51422 bp)
chr Contig148 (40950 bp)
chr Contig149 (55450 bp)
chr Contig150 (44916 bp)
chr Contig151 (74111 bp)
chr Contig152 (44271 bp)
chr Contig153 (50581 bp)
chr Contig154 (68660 bp)
chr Contig155 (35223 bp)
chr Contig156 (55738 bp)
chr Contig157 (46421 bp)
chr Contig158 (38223 bp)
chr Contig159 (41203 bp)
chr Contig160 (59333 bp)
chr Contig161 (52256 bp)
chr Contig162 (55310 bp)
chr Contig163 (31529 bp)
chr Contig164 (51790 bp)
chr Contig165 (34187 bp)
chr Contig166 (28634 bp)
chr Contig167 (58210 bp)
chr Contig168 (34776 bp)
chr Contig169 (32165 bp)
chr Contig170 (73330 bp)
chr Contig171 (38148 bp)
chr Contig172 (45087 bp)
chr Contig173 (31011 bp)
chr Contig174 (56520 bp)
chr Contig175 (33601 bp)
chr Contig176 (78051 bp)
chr Contig177 (54180 bp)
chr Contig178 (45652 bp)
chr Contig179 (43107 bp)
chr Contig180 (61472 bp)
chr Contig181 (37606 bp)
chr Contig182 (41860 bp)
chr Contig183 (33215 bp)
chr Contig184 (41457 bp)
chr Contig185 (46841 bp)
chr Contig186 (41414 bp)
chr Contig187 (32101 bp)
chr Contig188 (47965 bp)
chr Contig189 (45980 bp)
chr Contig190 (39200 bp)
chr Contig191 (47066 bp)
chr Contig192 (50741 bp)
chr Contig193 (30989 bp)
chr Contig194 (60020 bp)
chr Contig195 (30544 bp)
chr Contig196 (27124 bp)
chr Contig197 (61245 bp)
chr Contig198 (64731 bp)
chr Contig199 (42749 bp)
chr Contig200 (63167 bp)
chr Contig201 (36946 bp)
chr Contig202 (35193 bp)
chr Contig203 (53010 bp)
chr Contig204 (25996 bp)
chr Contig205 (29520 bp)
chr Contig206 (39207 bp)
chr Contig207 (30093 bp)
chr Contig208 (40801 bp)
chr Contig209 (34862 bp)
chr Contig210 (35943 bp)
chr Contig211 (43194 bp)
chr Contig212 (37057 bp)
chr Contig213 (39570 bp)
chr Contig214 (23549 bp)
chr Contig215 (21433 bp)
chr Contig216 (43207 bp)
chr Contig217 (36445 bp)
chr Contig218 (41513 bp)
chr Contig219 (21282 bp)
chr Contig220 (31514 bp)
chr Contig221 (30987 bp)
chr Contig222 (54872 bp)
chr Contig223 (45377 bp)
chr Contig224 (40757 bp)
chr Contig225 (38537 bp)
chr Contig226 (28514 bp)
chr Contig227 (26179 bp)
chr Contig228 (55343 bp)
chr Contig229 (51800 bp)
chr Contig230 (52444 bp)
chr Contig231 (37143 bp)
chr Contig232 (71746 bp)
chr Contig233 (47856 bp)
chr Contig234 (53770 bp)
chr Contig235 (28985 bp)
chr Contig236 (48888 bp)
chr Contig237 (21811 bp)
chr Contig238 (35944 bp)
chr Contig239 (89823 bp)
chr Contig240 (30125 bp)
chr Contig241 (51739 bp)
chr Contig242 (59829 bp)
chr Contig243 (24965 bp)
chr Contig244 (46817 bp)
chr Contig245 (32554 bp)
chr Contig246 (64097 bp)
chr Contig247 (56760 bp)
chr Contig248 (27069 bp)
chr Contig249 (33616 bp)
chr Contig250 (46431 bp)
chr Contig251 (24162 bp)
chr Contig252 (52927 bp)
chr Contig253 (58887 bp)
chr Contig254 (38106 bp)
chr Contig255 (29485 bp)
chr Contig256 (28869 bp)
chr Contig257 (46735 bp)
chr Contig258 (33624 bp)
chr Contig259 (44872 bp)
chr Contig260 (27170 bp)
chr Contig261 (54043 bp)
chr Contig262 (30875 bp)
chr Contig263 (61927 bp)
chr Contig264 (29135 bp)
chr Contig265 (77188 bp)
chr Contig266 (34155 bp)
chr Contig267 (51430 bp)
chr Contig268 (49483 bp)
chr Contig269 (24754 bp)
chr Contig270 (25707 bp)
chr Contig271 (43827 bp)
chr Contig272 (35022 bp)
chr Contig273 (44012 bp)
chr Contig274 (51033 bp)
chr Contig275 (32250 bp)
chr Contig276 (59204 bp)
chr Contig277 (46971 bp)
chr Contig278 (38046 bp)
chr Contig279 (30591 bp)
chr Contig280 (42547 bp)
chr Contig281 (45056 bp)
chr Contig282 (44741 bp)
chr Contig283 (59940 bp)
chr Contig284 (21548 bp)
chr Contig285 (59331 bp)
chr Contig286 (35533 bp)
chr Contig287 (42292 bp)
chr Contig288 (30490 bp)
chr Contig289 (39408 bp)
chr Contig290 (36297 bp)
chr Contig291 (28697 bp)
chr Contig292 (43814 bp)
chr Contig293 (35577 bp)
chr Contig294 (32534 bp)
chr Contig295 (56138 bp)
chr Contig296 (46052 bp)
chr Contig297 (42314 bp)
chr Contig298 (53746 bp)
chr Contig299 (32271 bp)
chr Contig300 (17708 bp)
chr Contig301 (89252 bp)
chr Contig302 (37085 bp)
chr Contig303 (31705 bp)
chr Contig304 (46812 bp)
chr Contig305 (50740 bp)
chr Contig306 (33789 bp)
chr Contig307 (20891 bp)
chr Contig308 (47629 bp)
chr Contig309 (36758 bp)
chr Contig310 (28444 bp)
chr Contig311 (23361 bp)
chr Contig312 (41562 bp)
chr Contig313 (30064 bp)
chr Contig314 (40313 bp)
chr Contig315 (22495 bp)
chr Contig316 (31269 bp)
chr Contig317 (34625 bp)
chr Contig318 (38785 bp)
chr Contig319 (27572 bp)
chr Contig320 (38259 bp)
chr Contig321 (63015 bp)
chr Contig322 (45296 bp)
chr Contig323 (29770 bp)
chr Contig324 (22709 bp)
chr Contig325 (36648 bp)
chr Contig326 (62159 bp)
chr Contig327 (33798 bp)
chr Contig328 (27571 bp)
chr Contig329 (36792 bp)
chr Contig330 (62871 bp)
chr Contig331 (45386 bp)
chr Contig332 (23255 bp)
chr Contig333 (22556 bp)
chr Contig334 (22259 bp)
chr Contig335 (44410 bp)
chr Contig336 (30198 bp)
chr Contig337 (42521 bp)
chr Contig338 (50023 bp)
chr Contig339 (29754 bp)
chr Contig340 (49922 bp)
chr Contig341 (29330 bp)
chr Contig342 (25273 bp)
chr Contig343 (45428 bp)
chr Contig344 (44508 bp)
chr Contig345 (32008 bp)
chr Contig346 (37462 bp)
chr Contig347 (24401 bp)
chr Contig348 (72407 bp)
chr Contig349 (41745 bp)
chr Contig350 (26552 bp)
chr Contig351 (34067 bp)
chr Contig352 (52118 bp)
chr Contig353 (35751 bp)
chr Contig354 (24489 bp)
chr Contig355 (61386 bp)
chr Contig356 (26960 bp)
chr Contig357 (32810 bp)
chr Contig358 (41377 bp)
chr Contig359 (25084 bp)
chr Contig360 (9387 bp)
chr Contig361 (51771 bp)
chr Contig362 (60307 bp)
chr Contig363 (56085 bp)
chr Contig364 (41151 bp)
chr Contig365 (35349 bp)
chr Contig366 (43986 bp)
chr Contig367 (26141 bp)
chr Contig368 (54234 bp)
chr Contig369 (34970 bp)
chr Contig370 (53195 bp)
chr Contig371 (26150 bp)
chr Contig372 (41303 bp)
chr Contig373 (58175 bp)
chr Contig374 (30955 bp)
chr Contig375 (14032 bp)
chr Contig376 (63665 bp)
chr Contig377 (21452 bp)
chr Contig378 (36687 bp)
chr Contig379 (42388 bp)
chr Contig380 (38068 bp)
chr Contig381 (32987 bp)
chr Contig382 (38999 bp)
chr Contig383 (59007 bp)
chr Contig384 (66934 bp)
chr Contig385 (11533 bp)
chr Contig386 (36464 bp)
chr Contig387 (12949 bp)
chr Contig388 (34074 bp)
chr Contig389 (54042 bp)
chr Contig390 (34871 bp)
chr Contig391 (41923 bp)
chr Contig392 (38630 bp)
chr Contig393 (21135 bp)
chr Contig394 (21064 bp)
chr Contig395 (36963 bp)
chr Contig396 (34681 bp)
chr Contig397 (37156 bp)
chr Contig398 (37435 bp)
chr Contig399 (40008 bp)
chr Contig400 (51670 bp)
chr Contig401 (18791 bp)
chr Contig402 (31175 bp)
chr Contig403 (42706 bp)
chr Contig404 (58174 bp)
chr Contig405 (37243 bp)
chr Contig406 (57371 bp)
chr Contig407 (28350 bp)
chr Contig408 (28522 bp)
chr Contig409 (39434 bp)
chr Contig410 (25199 bp)
chr Contig411 (30101 bp)
chr Contig412 (34351 bp)
chr Contig413 (31690 bp)
chr Contig414 (14508 bp)
chr Contig415 (16408 bp)
chr Contig416 (33564 bp)
chr Contig417 (41590 bp)
chr Contig418 (25223 bp)
chr Contig419 (44349 bp)
chr Contig420 (36110 bp)
chr Contig421 (40609 bp)
chr Contig422 (39860 bp)
chr Contig423 (37598 bp)
chr Contig424 (35475 bp)
chr Contig425 (45860 bp)
chr Contig426 (42880 bp)
chr Contig427 (19737 bp)
chr Contig428 (34601 bp)
chr Contig429 (48776 bp)
chr Contig430 (40988 bp)
chr Contig431 (32742 bp)
chr Contig432 (37037 bp)
chr Contig433 (42430 bp)
chr Contig434 (19867 bp)
chr Contig435 (42242 bp)
chr Contig436 (27042 bp)
chr Contig437 (29471 bp)
chr Contig438 (40706 bp)
chr Contig439 (33455 bp)
chr Contig440 (34281 bp)
chr Contig441 (37417 bp)
chr Contig442 (28443 bp)
chr Contig443 (23091 bp)
chr Contig444 (36180 bp)
chr Contig445 (26756 bp)
chr Contig446 (26418 bp)
chr Contig447 (38788 bp)
chr Contig448 (41780 bp)
chr Contig449 (23669 bp)
chr Contig450 (61322 bp)
chr Contig451 (28146 bp)
chr Contig452 (46419 bp)
chr Contig453 (40295 bp)
chr Contig454 (32518 bp)
chr Contig455 (22786 bp)
chr Contig456 (26203 bp)
chr Contig457 (50158 bp)
chr Contig458 (36484 bp)
chr Contig459 (32367 bp)
chr Contig460 (25787 bp)
chr Contig461 (25788 bp)
chr Contig462 (29896 bp)
chr Contig463 (37310 bp)
chr Contig464 (27077 bp)
chr Contig465 (45861 bp)
chr Contig466 (47271 bp)
chr Contig467 (35916 bp)
chr Contig468 (111883 bp)
chr Contig469 (12846 bp)
chr Contig470 (33700 bp)
chr Contig471 (69510 bp)
chr Contig472 (32313 bp)
chr Contig473 (18773 bp)
chr Contig474 (44002 bp)
chr Contig475 (74180 bp)
chr Contig476 (35897 bp)
chr Contig477 (43722 bp)
chr Contig478 (29806 bp)
chr Contig479 (42804 bp)
chr Contig480 (45935 bp)
chr Contig481 (26542 bp)
chr Contig482 (32924 bp)
chr Contig483 (36271 bp)
chr Contig484 (41277 bp)
chr Contig485 (30550 bp)
chr Contig486 (27939 bp)
chr Contig487 (26066 bp)
chr Contig488 (18772 bp)
chr Contig489 (52081 bp)
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chr Contig683349 (4443 bp)
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chr Contig683941 (3371 bp)
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chr Contig685077 (5199 bp)
chr Contig685079 (4519 bp)
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chr Contig691433 (2814 bp)
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chr Contig693949 (4825 bp)
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chr Contig694245 (2472 bp)
chr Contig694255 (2741 bp)
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chr Contig694680 (12910 bp)
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chr Contig694840 (1059 bp)
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chr Contig696768 (2014 bp)
chr Contig696807 (7680 bp)
chr Contig696856 (1455 bp)

Single-core mode: setting pid to 1

Single-end alignments will be performed
=======================================

Input file is in FastQ format
Writing a C -> T converted version of the input file combined.fq.gz to combined.fq.gz_C_to_T.fastq

Created C -> T converted version of the FastQ file combined.fq.gz (92334932 sequences in total)

Input file is combined.fq.gz_C_to_T.fastq (FastQ)

Now running 2 instances of Bowtie 2 against the bisulfite genome of /gscratch/srlab/sr320/data/olurida-bs/genome/ with the specified options: -q --score-min L,0,-0.6 -p 4 --reorder --ignore-quals

Now starting the Bowtie 2 aligner for CTreadCTgenome (reading in sequences from combined.fq.gz_C_to_T.fastq with options -q --score-min L,0,-0.6 -p 4 --reorder --ignore-quals --norc)
Using Bowtie 2 index: /gscratch/srlab/sr320/data/olurida-bs/genome/Bisulfite_Genome/CT_conversion/BS_CT

Found first alignment:	HWI-D00743:54:C8MOMACXX:1:1101:1346:2178_1:N:0:ATCACG	0	Contig73175_CT_converted	4546	1	31M	*	0	0	GATGTTGATTGAATGTGGTTTTGTGGTTGTG	HDHIIIJIJJJGEHDFJIGEHGEGGIFHIBG	AS:i:0	XS:i:0	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	NM:i:0	MD:Z:31	YT:Z:UU
Now starting the Bowtie 2 aligner for CTreadGAgenome (reading in sequences from combined.fq.gz_C_to_T.fastq with options -q --score-min L,0,-0.6 -p 4 --reorder --ignore-quals --nofw)
Using Bowtie 2 index: /gscratch/srlab/sr320/data/olurida-bs/genome/Bisulfite_Genome/GA_conversion/BS_GA

Found first alignment:	HWI-D00743:54:C8MOMACXX:1:1101:1346:2178_1:N:0:ATCACG	16	Contig81388_GA_converted	2016	1	31M	*	0	0	CACAACCACAAAACCACATTCAATCAACATC	GBIHFIGGEGHEGIJFDHEGJJJIJIIIHDH	AS:i:0	XS:i:0	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	NM:i:0	MD:Z:31	YT:Z:UU

>>> Writing bisulfite mapping results to combined_bismark_bt2.bam <<<


Reading in the sequence file /gscratch/srlab/sr320/data/olurida-bs/combined.fq.gz
Chromosomal sequence could not be extracted for	HWI-D00743:54:C8MOMACXX:1:1101:1610:2256_1:N:0:ATCACG	Contig30627	1470
Chromosomal sequence could not be extracted for	HWI-D00743:54:C8MOMACXX:1:1101:4020:4053_1:N:0:ATCACG	Contig39473	23292
Chromosomal sequence could not be extracted for	HWI-D00743:54:C8MOMACXX:1:1101:20216:16130_1:N:0:ATCACG	Contig197424	2272
Chromosomal sequence could not be extracted for	HWI-D00743:54:C8MOMACXX:1:1101:17640:16956_1:N:0:ATCACG	Contig156638	13242
Chromosomal sequence could not be extracted for	HWI-D00743:54:C8MOMACXX:1:1101:16685:17065_1:N:0:ATCACG	Contig37235	1
Chromosomal sequence could not be extracted for	HWI-D00743:54:C8MOMACXX:1:1101:17651:20343_1:N:0:ATCACG	Contig1548	2
Chromosomal sequence could not be extracted for	HWI-D00743:54:C8MOMACXX:1:1101:8327:21209_1:N:0:ATCACG	Contig116780	4709
Chromosomal sequence could not be extracted for	HWI-D00743:54:C8MOMACXX:1:1101:9561:24472_1:N:0:ATCACG	Contig152604	1014
Chromosomal sequence could not be extracted for	HWI-D00743:54:C8MOMACXX:1:1101:9248:25311_1:N:0:ATCACG	Contig22197	6040
Chromosomal sequence could not be extracted for	HWI-D00743:54:C8MOMACXX:1:1101:3894:26900_1:N:0:ATCACG	Contig127212	12736
Chromosomal sequence could not be extracted for	HWI-D00743:54:C8MOMACXX:1:1101:17426:26761_1:N:0:ATCACG	Contig143583	4038
Chromosomal sequence could not be extracted for	HWI-D00743:54:C8MOMACXX:1:1101:12831:28678_1:N:0:ATCACG	Contig16971	7947
Chromosomal sequence could not be extracted for	HWI-D00743:54:C8MOMACXX:1:1101:13390:29359_1:N:0:ATCACG	Contig137776	1639
Chromosomal sequence could not be extracted for	HWI-D00743:54:C8MOMACXX:1:1101:4572:30945_1:N:0:ATCACG	Contig21450	2
Chromosomal sequence could not be extracted for	HWI-D00743:54:C8MOMACXX:1:1101:19140:31855_1:N:0:ATCACG	Contig38329	1
Chromosomal sequence could not be extracted for	HWI-D00743:54:C8MOMACXX:1:1101:3662:33398_1:N:0:ATCACG	Contig67821	3139
Chromosomal sequence could not be extracted for	HWI-D00743:54:C8MOMACXX:1:1101:1276:34417_1:N:0:ATCACG	Contig109027	3959
Chromosomal sequence could not be extracted for	HWI-D00743:54:C8MOMACXX:1:1101:2038:35497_1:N:0:ATCACG	Contig74995	1904
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Chromosomal sequence could not be extracted for	HWI-D00743:54:C8MOMACXX:1:2316:20432:99411_1:N:0:ACTTGA	Contig204001	1122
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  92334932 (100.00%) were unpaired; of these:
    27415841 (29.69%) aligned 0 times
    18075591 (19.58%) aligned exactly 1 time
    46843500 (50.73%) aligned >1 times
70.31% overall alignment rate
92334932 reads; of these:
  92334932 (100.00%) were unpaired; of these:
    27434339 (29.71%) aligned 0 times
    18023532 (19.52%) aligned exactly 1 time
    46877061 (50.77%) aligned >1 times
70.29% overall alignment rate
Processed 92334932 sequences in total


Successfully deleted the temporary file combined.fq.gz_C_to_T.fastq

Final Alignment report
======================
Sequences analysed in total:	92334932
Number of alignments with a unique best hit from the different alignments:	40417426
Mapping efficiency:	43.8%

Sequences with no alignments under any condition:	11929375
Sequences did not map uniquely:	39988131
Sequences which were discarded because genomic sequence could not be extracted:	37499

Number of sequences with unique best (first) alignment came from the bowtie output:
CT/CT:	20219240	((converted) top strand)
CT/GA:	20160687	((converted) bottom strand)
GA/CT:	0	(complementary to (converted) top strand)
GA/GA:	0	(complementary to (converted) bottom strand)

Number of alignments to (merely theoretical) complementary strands being rejected in total:	0

Final Cytosine Methylation Report
=================================
Total number of C's analysed:	217529869

Total methylated C's in CpG context:	8289193
Total methylated C's in CHG context:	521677
Total methylated C's in CHH context:	2297463
Total methylated C's in Unknown context:	31624

Total unmethylated C's in CpG context:	24139397
Total unmethylated C's in CHG context:	42918302
Total unmethylated C's in CHH context:	139363837
Total unmethylated C's in Unknown context:	541613

C methylated in CpG context:	25.6%
C methylated in CHG context:	1.2%
C methylated in CHH context:	1.6%
C methylated in Unknown context (CN or CHN):	5.5%


Bismark completed in 0d 2h 12m 33s

====================
Bismark run complete
====================

Processing single-end Bismark output file(s) (SAM format):
combined_bismark_bt2.bam


If there are several alignments to a single position in the genome the first alignment will be chosen. Since the input files are not in any way sorted this is a near-enough random selection of reads.

Checking file >>combined_bismark_bt2.bam<< for signs of file truncation...


Output file is: combined_bismark_bt2.deduplicated.bam

skipping header line:	@HD	VN:1.0	SO:unsorted
skipping header line:	@SQ	SN:Contig0	LN:116746
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 *** Bismark methylation extractor version v0.22.3 ***

Core usage currently set to more than 20 threads. Let's see how this goes... (set value: 28)

Summarising Bismark methylation extractor parameters:
===============================================================
Bismark single-end SAM format specified (default)
Number of cores to be used: 28
Strand-specific outputs will be skipped. Separate output files for cytosines in CpG, CHG and CHH context will be generated
Merge CHG and CHH context to non-CpG context specified
Output will be written to the current directory ('/gscratch/scrubbed/sr320/061421-olyC')


Summarising bedGraph parameters:
===============================================================
Generating additional output in bedGraph and coverage format
bedGraph format:	<Chromosome> <Start Position> <End Position> <Methylation Percentage>
coverage format:	<Chromosome> <Start Position> <End Position> <Methylation Percentage> <count methylated> <count non-methylated>

Using a cutoff of 1 read(s) to report cytosine positions
Reporting and sorting cytosine methylation information in CpG context only (default)
The bedGraph UNIX sort command will use the following memory setting:	'75%'. Temporary directory used for sorting is the output directory

Checking file >>combined_bismark_bt2.deduplicated.bam<< for signs of file truncation...

Writing result file containing methylation information for C in CpG context to CpG_context_combined_bismark_bt2.deduplicated.txt
Writing result file containing methylation information for C in any other context to Non_CpG_context_combined_bismark_bt2.deduplicated.txt

Now reading in Bismark result file combined_bismark_bt2.deduplicated.bam


Now reading in Bismark result file combined_bismark_bt2.deduplicated.bam


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Now waiting for all child processes to complete
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Finished processing child process. Exiting..

Merging individual splitting reports into overall report: 'combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt'
Merging from these individual files:
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.1
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.2
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.3
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.4
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.5
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.6
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.7
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.8
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.9
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.10
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.11
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.12
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.13
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.14
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.15
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.16
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.17
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.18
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.19
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.20
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.21
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.22
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.23
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.24
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.25
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.26
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.27
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.28


Processed 28573677 lines in total
Total number of methylation call strings processed: 28573677

Final Cytosine Methylation Report
=================================
Total number of C's analysed:	154138678

Total methylated C's in CpG context:	5284600
Total methylated C's in CHG context:	343750
Total methylated C's in CHH context:	1627489

Total C to T conversions in CpG context:	16537973
Total C to T conversions in CHG context:	29141338
Total C to T conversions in CHH context:	101203528

C methylated in CpG context:	24.2%
C methylated in non-CpG context:	1.5%



Merging individual M-bias reports into overall M-bias statistics from these 28 individual files:
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.1.mbias
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.2.mbias
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.3.mbias
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.4.mbias
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.5.mbias
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.6.mbias
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.7.mbias
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.8.mbias
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.9.mbias
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.10.mbias
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.11.mbias
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.12.mbias
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.13.mbias
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.14.mbias
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.15.mbias
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.16.mbias
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.17.mbias
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.18.mbias
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.19.mbias
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.20.mbias
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.21.mbias
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.22.mbias
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.23.mbias
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.24.mbias
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.25.mbias
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.26.mbias
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.27.mbias
combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt.28.mbias

Determining maximum read length for M-Bias plot
Maximum read length of Read 1: 31

Perl module GD::Graph::lines is not installed, skipping drawing M-bias plots (only writing out M-bias plot table)
Determining maximum read length for M-Bias plot
Maximum read length of Read 1: 31

Perl module GD::Graph::lines is not installed, skipping drawing M-bias plots (only writing out M-bias plot table)
Deleting unused files ...

CpG_context_combined_bismark_bt2.deduplicated.txt contains data ->	kept
Non_CpG_context_combined_bismark_bt2.deduplicated.txt contains data ->	kept


Using these input files: CpG_context_combined_bismark_bt2.deduplicated.txt Non_CpG_context_combined_bismark_bt2.deduplicated.txt

Summary of parameters for bismark2bedGraph conversion:
======================================================
bedGraph output:		combined_bismark_bt2.deduplicated.bedGraph.gz
output directory:		><
remove whitespaces:		no
CX context:			no (CpG context only, default)
No-header selected:		no
Sorting method:			Unix sort-based (smaller memory footprint, but slower)
Sort buffer size:		75%
Coverage threshold:		1
=============================================================================
Methylation information will now be written into a bedGraph and coverage file
=============================================================================

Using the following files as Input:
/gscratch/scrubbed/sr320/061421-olyC/CpG_context_combined_bismark_bt2.deduplicated.txt

Writing bedGraph to file: combined_bismark_bt2.deduplicated.bedGraph.gz
Also writing out a coverage file including counts methylated and unmethylated residues to file: combined_bismark_bt2.deduplicated.bismark.cov.gz

The genome of interest was specified to contain gazillions of chromosomes or scaffolds. Sorting everything in memory instead of writing out individual chromosome files ...
Sorting input file CpG_context_combined_bismark_bt2.deduplicated.txt by positions (using -S of 75%)
Finished BedGraph conversion ...

Found 1 alignment reports in current directory. Now trying to figure out whether there are corresponding optional reports

Writing Bismark HTML report to >> combined_bismark_bt2_SE_report.html <<

==============================================================================================================
Using the following alignment report:		> combined_bismark_bt2_SE_report.txt <
Processing alignment report combined_bismark_bt2_SE_report.txt ...
Complete

Using the following deduplication report:	> combined_bismark_bt2.deduplication_report.txt <
Processing deduplication report combined_bismark_bt2.deduplication_report.txt ...
Complete

Using the following splitting report:		> combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt <
Processing splitting report combined_bismark_bt2.deduplicated_splitting_report.txt ...
Complete

Using the following M-bias report:		> combined_bismark_bt2.deduplicated.M-bias.txt <
Processing M-bias report combined_bismark_bt2.deduplicated.M-bias.txt ...
Complete

No nucleotide coverage report file specified, skipping this step
==============================================================================================================


Found Bismark/Bowtie2 single-end files
No Bismark/Bowtie2 paired-end BAM files detected
No Bismark/HISAT2 single-end BAM files detected
No Bismark/HISAT2 paired-end BAM files detected

Generating Bismark summary report from 1 Bismark BAM file(s)...
>> Reading from Bismark report: combined_bismark_bt2_SE_report.txt

Wrote Bismark project summary to >> bismark_summary_report.html <<

[bam_sort_core] merging from 0 files and 28 in-memory blocks...
Summary of parameters for genome-wide cytosine report:
==============================================================================
Coverage infile:				combined_bismark_bt2.deduplicated.bismark.cov.gz
Output directory:				><
Parent directory:				>/gscratch/scrubbed/sr320/061421-olyC/<
Genome directory:				>/gscratch/srlab/sr320/data/olurida-bs/genome/<
Coverage threshold				0 (all positions will be reported, default)
CX context:					no (CpG context only, default)
Pooling CpG top/bottom strand evidence:		yes
Genome coordinates used:			0-based (user specified)
GZIP compression:				no
Split by chromosome:				no


Now reading in and storing sequence information of the genome specified in: /gscratch/srlab/sr320/data/olurida-bs/genome/

chr Contig0 (116746 bp)
chr Contig1 (87411 bp)
chr Contig2 (139250 bp)
chr Contig3 (141657 bp)
chr Contig4 (95692 bp)
chr Contig5 (130522 bp)
chr Contig6 (94893 bp)
chr Contig7 (109667 bp)
chr Contig8 (95943 bp)
chr Contig9 (112192 bp)
chr Contig10 (79314 bp)
chr Contig11 (77275 bp)
chr Contig12 (60110 bp)
chr Contig13 (84935 bp)
chr Contig14 (73689 bp)
chr Contig15 (68276 bp)
chr Contig16 (87282 bp)
chr Contig17 (57245 bp)
chr Contig18 (73146 bp)
chr Contig19 (66065 bp)
chr Contig20 (55902 bp)
chr Contig21 (74205 bp)
chr Contig22 (70568 bp)
chr Contig23 (79045 bp)
chr Contig24 (73005 bp)
chr Contig25 (92824 bp)
chr Contig26 (46806 bp)
chr Contig27 (60470 bp)
chr Contig28 (86925 bp)
chr Contig29 (57985 bp)
chr Contig30 (47288 bp)
chr Contig31 (57190 bp)
chr Contig32 (78649 bp)
chr Contig33 (98477 bp)
chr Contig34 (74085 bp)
chr Contig35 (95837 bp)
chr Contig36 (73490 bp)
chr Contig37 (73315 bp)
chr Contig38 (82031 bp)
chr Contig39 (91737 bp)
chr Contig40 (69561 bp)
chr Contig41 (52231 bp)
chr Contig42 (68646 bp)
chr Contig43 (69894 bp)
chr Contig44 (87369 bp)
chr Contig45 (75902 bp)
chr Contig46 (55121 bp)
chr Contig47 (92798 bp)
chr Contig48 (56214 bp)
chr Contig49 (61085 bp)
chr Contig50 (42363 bp)
chr Contig51 (44001 bp)
chr Contig52 (73312 bp)
chr Contig53 (60653 bp)
chr Contig54 (68151 bp)
chr Contig55 (57681 bp)
chr Contig56 (74235 bp)
chr Contig57 (64063 bp)
chr Contig58 (47703 bp)
chr Contig59 (49941 bp)
chr Contig60 (49480 bp)
chr Contig61 (46141 bp)
chr Contig62 (45684 bp)
chr Contig63 (50139 bp)
chr Contig64 (49755 bp)
chr Contig65 (107659 bp)
chr Contig66 (44616 bp)
chr Contig67 (53652 bp)
chr Contig68 (87821 bp)
chr Contig69 (69775 bp)
chr Contig70 (33460 bp)
chr Contig71 (46327 bp)
chr Contig72 (41574 bp)
chr Contig73 (52939 bp)
chr Contig74 (61035 bp)
chr Contig75 (82558 bp)
chr Contig76 (86256 bp)
chr Contig77 (40458 bp)
chr Contig78 (60354 bp)
chr Contig79 (99968 bp)
chr Contig80 (61953 bp)
chr Contig81 (48662 bp)
chr Contig82 (52741 bp)
chr Contig83 (52181 bp)
chr Contig84 (102803 bp)
chr Contig85 (70619 bp)
chr Contig86 (48425 bp)
chr Contig87 (52107 bp)
chr Contig88 (55766 bp)
chr Contig89 (100284 bp)
chr Contig90 (68774 bp)
chr Contig91 (30116 bp)
chr Contig92 (60803 bp)
chr Contig93 (79560 bp)
chr Contig94 (42098 bp)
chr Contig95 (57802 bp)
chr Contig96 (43439 bp)
chr Contig97 (42713 bp)
chr Contig98 (64168 bp)
chr Contig99 (58236 bp)
chr Contig100 (58076 bp)
chr Contig101 (45454 bp)
chr Contig102 (45482 bp)
chr Contig103 (53058 bp)
chr Contig104 (47240 bp)
chr Contig105 (38113 bp)
chr Contig106 (50206 bp)
chr Contig107 (46557 bp)
chr Contig108 (66817 bp)
chr Contig109 (46615 bp)
chr Contig110 (54313 bp)
chr Contig111 (70817 bp)
chr Contig112 (49115 bp)
chr Contig113 (47327 bp)
chr Contig114 (53231 bp)
chr Contig115 (51554 bp)
chr Contig116 (59247 bp)
chr Contig117 (77707 bp)
chr Contig118 (39931 bp)
chr Contig119 (68437 bp)
chr Contig120 (57616 bp)
chr Contig121 (65309 bp)
chr Contig122 (43919 bp)
chr Contig123 (31497 bp)
chr Contig124 (63919 bp)
chr Contig125 (34430 bp)
chr Contig126 (58390 bp)
chr Contig127 (41438 bp)
chr Contig128 (36682 bp)
chr Contig129 (53604 bp)
chr Contig130 (67011 bp)
chr Contig131 (39497 bp)
chr Contig132 (65469 bp)
chr Contig133 (36121 bp)
chr Contig134 (41480 bp)
chr Contig135 (33282 bp)
chr Contig136 (53823 bp)
chr Contig137 (49306 bp)
chr Contig138 (37971 bp)
chr Contig139 (60052 bp)
chr Contig140 (39816 bp)
chr Contig141 (39534 bp)
chr Contig142 (48795 bp)
chr Contig143 (62992 bp)
chr Contig144 (54514 bp)
chr Contig145 (70201 bp)
chr Contig146 (35345 bp)
chr Contig147 (51422 bp)
chr Contig148 (40950 bp)
chr Contig149 (55450 bp)
chr Contig150 (44916 bp)
chr Contig151 (74111 bp)
chr Contig152 (44271 bp)
chr Contig153 (50581 bp)
chr Contig154 (68660 bp)
chr Contig155 (35223 bp)
chr Contig156 (55738 bp)
chr Contig157 (46421 bp)
chr Contig158 (38223 bp)
chr Contig159 (41203 bp)
chr Contig160 (59333 bp)
chr Contig161 (52256 bp)
chr Contig162 (55310 bp)
chr Contig163 (31529 bp)
chr Contig164 (51790 bp)
chr Contig165 (34187 bp)
chr Contig166 (28634 bp)
chr Contig167 (58210 bp)
chr Contig168 (34776 bp)
chr Contig169 (32165 bp)
chr Contig170 (73330 bp)
chr Contig171 (38148 bp)
chr Contig172 (45087 bp)
chr Contig173 (31011 bp)
chr Contig174 (56520 bp)
chr Contig175 (33601 bp)
chr Contig176 (78051 bp)
chr Contig177 (54180 bp)
chr Contig178 (45652 bp)
chr Contig179 (43107 bp)
chr Contig180 (61472 bp)
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chr Contig688532 (3531 bp)
chr Contig688588 (6873 bp)
chr Contig688632 (2013 bp)
chr Contig688763 (4800 bp)
chr Contig688780 (4150 bp)
chr Contig688781 (3335 bp)
chr Contig688783 (2380 bp)
chr Contig688789 (5565 bp)
chr Contig688821 (1117 bp)
chr Contig688822 (6013 bp)
chr Contig688939 (2599 bp)
chr Contig689038 (1309 bp)
chr Contig689041 (18504 bp)
chr Contig689307 (1217 bp)
chr Contig689345 (5936 bp)
chr Contig689421 (2027 bp)
chr Contig689458 (1035 bp)
chr Contig689547 (5887 bp)
chr Contig689608 (1129 bp)
chr Contig689628 (5895 bp)
chr Contig689677 (1295 bp)
chr Contig689681 (1611 bp)
chr Contig689713 (1103 bp)
chr Contig689721 (1180 bp)
chr Contig689820 (3936 bp)
chr Contig689828 (1133 bp)
chr Contig689989 (1880 bp)
chr Contig690015 (5973 bp)
chr Contig690033 (2179 bp)
chr Contig690050 (1188 bp)
chr Contig690158 (3227 bp)
chr Contig690180 (8445 bp)
chr Contig690329 (1317 bp)
chr Contig690342 (1315 bp)
chr Contig690390 (1093 bp)
chr Contig690515 (3155 bp)
chr Contig690576 (1212 bp)
chr Contig690617 (9226 bp)
chr Contig690664 (3466 bp)
chr Contig690741 (2471 bp)
chr Contig690767 (5897 bp)
chr Contig690776 (7887 bp)
chr Contig690778 (14418 bp)
chr Contig690840 (3180 bp)
chr Contig690912 (11817 bp)
chr Contig690919 (7229 bp)
chr Contig690969 (2316 bp)
chr Contig691021 (5830 bp)
chr Contig691056 (9154 bp)
chr Contig691175 (1003 bp)
chr Contig691206 (2236 bp)
chr Contig691224 (1384 bp)
chr Contig691237 (1721 bp)
chr Contig691423 (1843 bp)
chr Contig691433 (2814 bp)
chr Contig691456 (2887 bp)
chr Contig691502 (2640 bp)
chr Contig691530 (3550 bp)
chr Contig691556 (2415 bp)
chr Contig691606 (5348 bp)
chr Contig691720 (5249 bp)
chr Contig691772 (3689 bp)
chr Contig691820 (5702 bp)
chr Contig691867 (2280 bp)
chr Contig691879 (1892 bp)
chr Contig691914 (1430 bp)
chr Contig692137 (3223 bp)
chr Contig692178 (3618 bp)
chr Contig692269 (1657 bp)
chr Contig692277 (6386 bp)
chr Contig692290 (1920 bp)
chr Contig692365 (1448 bp)
chr Contig692394 (4440 bp)
chr Contig692412 (5096 bp)
chr Contig692455 (1608 bp)
chr Contig692505 (9355 bp)
chr Contig692539 (3184 bp)
chr Contig692542 (2414 bp)
chr Contig692561 (1084 bp)
chr Contig692597 (1263 bp)
chr Contig692621 (5109 bp)
chr Contig693070 (9746 bp)
chr Contig693075 (1889 bp)
chr Contig693088 (1547 bp)
chr Contig693245 (14883 bp)
chr Contig693272 (2680 bp)
chr Contig693305 (2764 bp)
chr Contig693312 (1016 bp)
chr Contig693574 (5447 bp)
chr Contig693635 (4149 bp)
chr Contig693697 (3157 bp)
chr Contig693905 (1033 bp)
chr Contig693925 (1903 bp)
chr Contig693949 (4825 bp)
chr Contig693975 (4015 bp)
chr Contig694018 (1158 bp)
chr Contig694022 (1220 bp)
chr Contig694088 (1130 bp)
chr Contig694218 (1001 bp)
chr Contig694245 (2472 bp)
chr Contig694255 (2741 bp)
chr Contig694561 (15276 bp)
chr Contig694680 (12910 bp)
chr Contig694704 (1257 bp)
chr Contig694716 (14052 bp)
chr Contig694779 (2195 bp)
chr Contig694840 (1059 bp)
chr Contig694908 (1005 bp)
chr Contig694957 (2030 bp)
chr Contig694977 (3142 bp)
chr Contig695006 (14869 bp)
chr Contig695021 (5568 bp)
chr Contig695035 (14425 bp)
chr Contig695197 (1284 bp)
chr Contig695244 (2229 bp)
chr Contig695249 (12443 bp)
chr Contig695311 (1027 bp)
chr Contig695379 (1401 bp)
chr Contig695415 (1105 bp)
chr Contig695457 (8787 bp)
chr Contig695640 (1400 bp)
chr Contig695695 (2875 bp)
chr Contig695807 (2275 bp)
chr Contig695812 (5580 bp)
chr Contig695827 (2700 bp)
chr Contig695830 (1035 bp)
chr Contig695882 (2524 bp)
chr Contig695918 (3200 bp)
chr Contig695925 (5624 bp)
chr Contig695943 (3232 bp)
chr Contig696048 (5210 bp)
chr Contig696049 (3264 bp)
chr Contig696130 (6153 bp)
chr Contig696174 (2158 bp)
chr Contig696371 (1436 bp)
chr Contig696449 (5566 bp)
chr Contig696497 (1358 bp)
chr Contig696511 (1927 bp)
chr Contig696516 (1854 bp)
chr Contig696623 (1520 bp)
chr Contig696652 (7045 bp)
chr Contig696678 (5071 bp)
chr Contig696693 (2595 bp)
chr Contig696726 (1633 bp)
chr Contig696755 (2007 bp)
chr Contig696768 (2014 bp)
chr Contig696807 (7680 bp)
chr Contig696856 (1455 bp)

Stored sequence information of 159429 chromosomes/scaffolds in total

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Methylation information will now be written into a genome-wide cytosine report
==============================================================================

>>> Writing genome-wide cytosine report to: combined.CpG_report.txt <<<

Storing all covered cytosine positions for chromosome: Contig0
Writing cytosine report for chromosome Contig0 (stored 950 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig1 (stored 989 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig2 (stored 2407 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig3 (stored 1446 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig4 (stored 1290 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig5 (stored 1472 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6 (stored 1312 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig7 (stored 883 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8 (stored 729 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig9 (stored 1561 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig10 (stored 706 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig12 (stored 503 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig15 (stored 948 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig24 (stored 997 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig25 (stored 1113 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig26 (stored 346 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig27 (stored 879 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig29 (stored 650 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig30 (stored 466 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig32 (stored 1393 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig33 (stored 1527 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig34 (stored 796 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig36 (stored 499 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig37 (stored 554 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig44 (stored 1015 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig50 (stored 276 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig58 (stored 613 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig59 (stored 454 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig60 (stored 641 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig61 (stored 377 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig62 (stored 423 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig63 (stored 1044 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig64 (stored 619 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig65 (stored 1540 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig66 (stored 438 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig67 (stored 312 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig68 (stored 1751 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig69 (stored 591 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig70 (stored 253 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig71 (stored 800 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig72 (stored 565 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig73 (stored 534 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig74 (stored 587 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig75 (stored 1274 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig76 (stored 1584 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig77 (stored 480 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig78 (stored 523 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig79 (stored 736 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80 (stored 564 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig81 (stored 448 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig82 (stored 505 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig83 (stored 509 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig84 (stored 1905 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig85 (stored 742 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig86 (stored 787 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig87 (stored 504 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88 (stored 555 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig89 (stored 1347 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90 (stored 958 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig91 (stored 351 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig92 (stored 704 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig93 (stored 1120 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig94 (stored 168 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig95 (stored 889 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig96 (stored 297 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig97 (stored 473 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig98 (stored 987 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig99 (stored 406 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig100 (stored 368 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig101 (stored 665 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig102 (stored 292 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig103 (stored 714 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig104 (stored 854 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig105 (stored 520 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig106 (stored 420 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig107 (stored 623 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig108 (stored 1056 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig109 (stored 593 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig110 (stored 346 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig111 (stored 773 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig112 (stored 528 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig113 (stored 756 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig114 (stored 349 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig115 (stored 459 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig116 (stored 351 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig117 (stored 1041 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig118 (stored 512 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig119 (stored 1145 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig120 (stored 893 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig121 (stored 579 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig122 (stored 437 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig123 (stored 624 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig124 (stored 1057 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig125 (stored 418 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig126 (stored 1034 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig127 (stored 734 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig128 (stored 415 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig129 (stored 370 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig130 (stored 604 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig131 (stored 671 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig132 (stored 608 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig133 (stored 508 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig134 (stored 275 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig138 (stored 431 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig141 (stored 612 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig169 (stored 380 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig185 (stored 229 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig202 (stored 407 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig203 (stored 361 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig204 (stored 124 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig208 (stored 349 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig209 (stored 349 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig213 (stored 382 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig214 (stored 340 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig215 (stored 265 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig216 (stored 531 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig217 (stored 475 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig218 (stored 618 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig219 (stored 404 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig220 (stored 264 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig221 (stored 294 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig222 (stored 812 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig223 (stored 458 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig224 (stored 603 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig225 (stored 734 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig226 (stored 438 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig227 (stored 178 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig228 (stored 266 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig229 (stored 481 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig230 (stored 1209 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig231 (stored 595 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig232 (stored 744 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig233 (stored 679 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig234 (stored 907 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig3995 (stored 124 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig3998 (stored 79 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig4992 (stored 15 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig4993 (stored 131 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig4994 (stored 105 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig4995 (stored 68 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig4997 (stored 130 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig6125 (stored 37 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6126 (stored 58 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6127 (stored 93 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6128 (stored 124 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6129 (stored 6 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6130 (stored 59 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6131 (stored 28 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6132 (stored 9 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig6134 (stored 54 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig6136 (stored 26 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig6140 (stored 62 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig6257 (stored 47 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig6261 (stored 37 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig6263 (stored 12 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6264 (stored 76 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6265 (stored 45 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6266 (stored 49 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6267 (stored 120 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig6270 (stored 91 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6271 (stored 128 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6272 (stored 25 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig6274 (stored 91 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6275 (stored 52 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6276 (stored 65 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6277 (stored 196 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig6280 (stored 178 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6281 (stored 20 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig6283 (stored 178 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6284 (stored 32 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6285 (stored 118 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig6296 (stored 167 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig6332 (stored 53 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6333 (stored 270 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig6475 (stored 151 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6476 (stored 56 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6477 (stored 132 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6478 (stored 86 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6479 (stored 72 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6480 (stored 29 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6481 (stored 89 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6482 (stored 72 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig6484 (stored 10 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig6500 (stored 76 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig6691 (stored 188 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig6704 (stored 12 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6705 (stored 38 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6706 (stored 78 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig6713 (stored 49 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig6853 (stored 14 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig6866 (stored 28 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig6874 (stored 24 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6875 (stored 77 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig6877 (stored 46 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig6879 (stored 220 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6880 (stored 36 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6881 (stored 34 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6882 (stored 45 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6883 (stored 28 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6884 (stored 78 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6885 (stored 75 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6886 (stored 256 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6887 (stored 61 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig6889 (stored 21 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig6959 (stored 10 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig6961 (stored 183 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6962 (stored 10 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6963 (stored 10 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6964 (stored 94 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6965 (stored 181 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6966 (stored 44 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6967 (stored 58 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig6970 (stored 34 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6971 (stored 37 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6972 (stored 54 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6973 (stored 4 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig6975 (stored 79 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6976 (stored 17 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6977 (stored 12 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig6979 (stored 58 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig6984 (stored 96 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig6988 (stored 16 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6989 (stored 66 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6990 (stored 18 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6991 (stored 19 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6992 (stored 167 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6993 (stored 4 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6994 (stored 65 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6995 (stored 35 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6996 (stored 103 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6997 (stored 24 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig6998 (stored 59 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig7063 (stored 48 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig7064 (stored 105 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig7068 (stored 20 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig7069 (stored 31 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig7070 (stored 50 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig7072 (stored 24 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig7073 (stored 17 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig7074 (stored 21 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig7075 (stored 35 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig7204 (stored 75 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig7207 (stored 3 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig7233 (stored 44 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig7240 (stored 44 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig7241 (stored 113 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig7242 (stored 28 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig7243 (stored 25 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig7245 (stored 17 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig7252 (stored 1 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig7255 (stored 6 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig7607 (stored 8 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig7608 (stored 10 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig7898 (stored 43 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig7900 (stored 30 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig7945 (stored 21 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig7960 (stored 1 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig7994 (stored 13 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig7995 (stored 5 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig7996 (stored 86 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig7997 (stored 26 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig8031 (stored 8 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig8121 (stored 19 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8122 (stored 30 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8123 (stored 34 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8124 (stored 46 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig8126 (stored 6 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8127 (stored 33 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8128 (stored 24 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8129 (stored 32 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8130 (stored 24 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8131 (stored 17 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8132 (stored 20 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8133 (stored 53 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8134 (stored 8 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8135 (stored 14 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8136 (stored 26 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8137 (stored 92 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8138 (stored 112 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8139 (stored 55 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8140 (stored 447 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8141 (stored 69 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8142 (stored 52 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8143 (stored 34 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8144 (stored 78 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8145 (stored 10 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8146 (stored 11 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8147 (stored 8 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8148 (stored 144 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8149 (stored 11 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8150 (stored 128 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8151 (stored 44 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8152 (stored 92 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8153 (stored 56 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8154 (stored 98 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8155 (stored 17 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8156 (stored 69 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8157 (stored 126 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8158 (stored 9 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8159 (stored 25 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8160 (stored 27 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8161 (stored 105 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8162 (stored 58 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8163 (stored 27 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8164 (stored 58 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8165 (stored 166 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8166 (stored 58 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8167 (stored 17 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8168 (stored 51 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8169 (stored 24 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8170 (stored 56 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8171 (stored 21 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8172 (stored 55 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8174 (stored 42 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8175 (stored 52 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8176 (stored 29 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8177 (stored 12 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8178 (stored 104 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8179 (stored 43 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8180 (stored 31 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig8233 (stored 16 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8234 (stored 21 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8235 (stored 75 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig8237 (stored 112 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8238 (stored 44 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8239 (stored 82 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig8259 (stored 80 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig8673 (stored 50 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8674 (stored 78 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8675 (stored 8 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8676 (stored 95 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig8685 (stored 40 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig8687 (stored 5 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8688 (stored 18 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8689 (stored 21 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8690 (stored 44 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8691 (stored 66 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8692 (stored 21 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig8693 (stored 149 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig8695 (stored 9 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig8698 (stored 24 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig8721 (stored 31 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig9123 (stored 17 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig9518 (stored 18 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig9535 (stored 83 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig9537 (stored 6 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig9572 (stored 37 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig9575 (stored 51 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig9578 (stored 19 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig9579 (stored 23 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig9580 (stored 21 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig9581 (stored 3 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig9582 (stored 44 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig9583 (stored 31 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig9584 (stored 37 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig9585 (stored 65 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig9955 (stored 52 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig9956 (stored 64 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig9957 (stored 53 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig9958 (stored 28 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig9959 (stored 56 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig9960 (stored 25 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig9962 (stored 3 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig9966 (stored 7 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig9968 (stored 12 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig9969 (stored 9 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig9970 (stored 24 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig9973 (stored 33 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig9976 (stored 13 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig9977 (stored 11 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig9978 (stored 33 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig9979 (stored 13 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig9980 (stored 84 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig9981 (stored 4 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig9982 (stored 4 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig9983 (stored 41 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig9984 (stored 68 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig9985 (stored 33 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig9988 (stored 48 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig9989 (stored 18 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig9990 (stored 8 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig9991 (stored 31 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig9995 (stored 3 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig9997 (stored 40 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig9998 (stored 3 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig10192 (stored 21 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig10194 (stored 29 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig10195 (stored 47 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig10196 (stored 52 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig10197 (stored 14 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig10199 (stored 13 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig10200 (stored 63 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig10201 (stored 33 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig10202 (stored 5 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig10203 (stored 10 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig10206 (stored 34 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig10207 (stored 47 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig10208 (stored 50 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig10209 (stored 82 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig10211 (stored 8 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig10212 (stored 18 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig10213 (stored 16 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig10214 (stored 32 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig10215 (stored 95 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig10216 (stored 29 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig10217 (stored 25 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig10219 (stored 38 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig10221 (stored 33 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig10231 (stored 33 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig10233 (stored 17 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig10234 (stored 53 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig10243 (stored 21 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig49864 (stored 124 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig49867 (stored 157 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig49876 (stored 52 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig49878 (stored 166 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig49879 (stored 142 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig49880 (stored 135 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig49881 (stored 69 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig49883 (stored 103 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig49884 (stored 190 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig49886 (stored 165 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig49995 (stored 233 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig49996 (stored 40 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig49999 (stored 164 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig59196 (stored 9 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig63909 (stored 44 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig70442 (stored 23 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig71151 (stored 19 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig71153 (stored 111 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig71154 (stored 12 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig71155 (stored 52 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig71156 (stored 52 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig71157 (stored 8 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig71158 (stored 67 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig71159 (stored 8 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig71160 (stored 12 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig71161 (stored 21 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig71162 (stored 3 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig76182 (stored 57 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig76183 (stored 57 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig76184 (stored 5 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig76185 (stored 57 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig76186 (stored 137 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig76187 (stored 48 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig76188 (stored 24 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig76192 (stored 24 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig76193 (stored 19 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig76194 (stored 4 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig76195 (stored 15 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig76196 (stored 8 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig76197 (stored 46 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig76200 (stored 41 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig76202 (stored 14 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig76204 (stored 26 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig76205 (stored 30 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig76212 (stored 3 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig76888 (stored 55 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig79872 (stored 51 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig79955 (stored 35 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig79960 (stored 54 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig79962 (stored 69 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig79963 (stored 74 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig80016 (stored 76 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig80018 (stored 36 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80019 (stored 43 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80020 (stored 27 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80021 (stored 12 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80022 (stored 3 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig80046 (stored 22 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig80070 (stored 35 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig80147 (stored 2 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig80162 (stored 48 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig80167 (stored 57 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80168 (stored 5 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80169 (stored 95 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80170 (stored 15 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80171 (stored 132 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig80682 (stored 107 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80683 (stored 37 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80684 (stored 74 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80685 (stored 14 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80686 (stored 5 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80687 (stored 5 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80688 (stored 25 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80689 (stored 5 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig80692 (stored 19 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80693 (stored 15 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80694 (stored 63 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80695 (stored 68 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80696 (stored 81 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80698 (stored 193 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80699 (stored 123 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80700 (stored 28 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80701 (stored 13 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig80703 (stored 28 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80704 (stored 7 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80705 (stored 168 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80706 (stored 33 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80707 (stored 34 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80708 (stored 13 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80709 (stored 83 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80710 (stored 98 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80711 (stored 25 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80712 (stored 7 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80713 (stored 103 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80714 (stored 1 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80715 (stored 9 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80716 (stored 27 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig80718 (stored 32 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig80720 (stored 44 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80721 (stored 326 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80722 (stored 35 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80723 (stored 6 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80724 (stored 30 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80725 (stored 50 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80726 (stored 40 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80727 (stored 43 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig80729 (stored 3 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80730 (stored 44 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80731 (stored 29 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80732 (stored 6 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80733 (stored 2 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80734 (stored 6 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80735 (stored 8 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80736 (stored 17 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80737 (stored 27 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80738 (stored 68 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80739 (stored 6 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80740 (stored 68 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80741 (stored 43 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80742 (stored 161 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80743 (stored 142 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80744 (stored 97 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80745 (stored 21 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80746 (stored 43 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig80752 (stored 12 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig80755 (stored 75 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig80774 (stored 26 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80775 (stored 11 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80776 (stored 43 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80777 (stored 28 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80778 (stored 104 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80779 (stored 2 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80780 (stored 28 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80781 (stored 56 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80782 (stored 83 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80783 (stored 106 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig80812 (stored 66 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig80845 (stored 16 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig80858 (stored 47 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig80863 (stored 16 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80864 (stored 2 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80865 (stored 7 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80866 (stored 11 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80867 (stored 25 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80868 (stored 49 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig80882 (stored 6 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80883 (stored 7 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig80885 (stored 75 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80886 (stored 6 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80887 (stored 174 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80888 (stored 595 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80889 (stored 102 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig80891 (stored 108 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80892 (stored 121 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80893 (stored 17 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80894 (stored 49 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80895 (stored 10 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig80899 (stored 39 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig80908 (stored 168 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80909 (stored 16 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80910 (stored 8 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80911 (stored 84 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80912 (stored 3 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80913 (stored 38 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80914 (stored 29 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80915 (stored 101 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80916 (stored 41 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80917 (stored 48 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80919 (stored 39 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80920 (stored 5 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig80930 (stored 65 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80931 (stored 15 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80932 (stored 22 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80933 (stored 51 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80934 (stored 41 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80936 (stored 39 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80937 (stored 44 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig80940 (stored 22 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig80942 (stored 8 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig80944 (stored 49 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80945 (stored 13 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80946 (stored 53 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80947 (stored 21 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80948 (stored 4 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig80956 (stored 42 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig80957 (stored 8 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig80961 (stored 170 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig81964 (stored 66 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig81966 (stored 5 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig81976 (stored 19 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig81977 (stored 43 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig82108 (stored 138 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig82110 (stored 60 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig82111 (stored 37 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig82112 (stored 5 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig82120 (stored 43 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig83630 (stored 43 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig84133 (stored 14 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig84134 (stored 12 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig85718 (stored 25 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig85858 (stored 130 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig85875 (stored 25 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig85876 (stored 110 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig85877 (stored 26 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig85878 (stored 28 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig85882 (stored 104 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig85883 (stored 45 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig85922 (stored 12 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig85924 (stored 19 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig86485 (stored 42 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig86490 (stored 4 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig86491 (stored 4 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig86492 (stored 10 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig86496 (stored 52 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig86497 (stored 50 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig86663 (stored 17 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig87984 (stored 31 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig88046 (stored 18 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88047 (stored 58 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88048 (stored 52 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig88050 (stored 35 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88051 (stored 2 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88052 (stored 22 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88053 (stored 48 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig88058 (stored 25 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig88061 (stored 14 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig88079 (stored 2 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88080 (stored 24 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88081 (stored 53 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88082 (stored 3 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88083 (stored 19 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88084 (stored 4 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88085 (stored 4 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88086 (stored 97 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88087 (stored 55 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88088 (stored 108 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88089 (stored 23 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88090 (stored 3 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88091 (stored 14 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88092 (stored 28 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88093 (stored 20 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88094 (stored 112 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88095 (stored 2 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88096 (stored 51 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88097 (stored 74 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88098 (stored 31 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig88122 (stored 13 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88123 (stored 40 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88124 (stored 40 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88125 (stored 20 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig88156 (stored 6 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88157 (stored 53 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88158 (stored 131 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88159 (stored 11 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88160 (stored 17 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88161 (stored 20 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88162 (stored 3 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88163 (stored 22 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88164 (stored 29 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88165 (stored 19 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88166 (stored 73 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig88207 (stored 19 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88208 (stored 34 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig88972 (stored 13 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88973 (stored 53 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig88975 (stored 14 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88976 (stored 13 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88977 (stored 53 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88978 (stored 19 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88979 (stored 21 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88980 (stored 57 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88981 (stored 1 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88982 (stored 19 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88983 (stored 56 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88984 (stored 45 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88985 (stored 9 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig88987 (stored 15 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig88989 (stored 38 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig88991 (stored 6 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig89083 (stored 85 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig89118 (stored 33 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig89120 (stored 15 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig89121 (stored 5 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig89122 (stored 3 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig89123 (stored 23 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig89125 (stored 25 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig89126 (stored 92 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig89131 (stored 15 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig89134 (stored 14 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig89135 (stored 40 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig89148 (stored 9 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig89149 (stored 28 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig89150 (stored 4 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig89151 (stored 13 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig89152 (stored 36 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig89153 (stored 4 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig89154 (stored 25 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig89155 (stored 7 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig89156 (stored 147 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig89157 (stored 7 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig89158 (stored 51 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig89161 (stored 24 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig89162 (stored 49 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig90021 (stored 5 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90022 (stored 27 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90023 (stored 34 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90024 (stored 23 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90025 (stored 3 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90026 (stored 19 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90027 (stored 21 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90028 (stored 30 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90029 (stored 22 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90030 (stored 23 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90031 (stored 51 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90032 (stored 107 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90033 (stored 30 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90034 (stored 10 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90035 (stored 40 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90036 (stored 47 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90037 (stored 10 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90038 (stored 16 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90039 (stored 19 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90040 (stored 37 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90041 (stored 18 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90042 (stored 11 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90043 (stored 2 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90044 (stored 11 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90045 (stored 204 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90046 (stored 21 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90048 (stored 1 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90049 (stored 8 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90050 (stored 22 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90051 (stored 4 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90052 (stored 28 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90053 (stored 8 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90054 (stored 15 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90055 (stored 15 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90056 (stored 19 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90057 (stored 11 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90058 (stored 88 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig90063 (stored 20 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90064 (stored 81 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90065 (stored 14 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90066 (stored 21 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90067 (stored 18 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90068 (stored 9 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90069 (stored 59 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90070 (stored 23 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90071 (stored 16 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90072 (stored 56 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90073 (stored 58 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90074 (stored 4 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig90076 (stored 21 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90077 (stored 18 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90078 (stored 10 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90079 (stored 75 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90080 (stored 14 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90081 (stored 12 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90083 (stored 30 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90085 (stored 16 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90086 (stored 15 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90087 (stored 28 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90088 (stored 6 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90089 (stored 28 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90090 (stored 51 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90091 (stored 31 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90092 (stored 62 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig90095 (stored 8 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig90117 (stored 42 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig90122 (stored 33 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90123 (stored 2 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90124 (stored 19 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90125 (stored 24 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90126 (stored 107 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig90131 (stored 2 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90132 (stored 20 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig90134 (stored 10 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig90142 (stored 20 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig90174 (stored 67 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90175 (stored 12 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90176 (stored 110 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90177 (stored 21 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90178 (stored 15 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig90395 (stored 40 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90396 (stored 11 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90397 (stored 70 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90398 (stored 5 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90399 (stored 19 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90400 (stored 20 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90401 (stored 7 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90402 (stored 36 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90403 (stored 8 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90404 (stored 20 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90405 (stored 45 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90406 (stored 13 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90407 (stored 23 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90408 (stored 10 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90409 (stored 121 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90410 (stored 49 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90411 (stored 5 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig90416 (stored 23 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90417 (stored 9 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90418 (stored 14 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig90439 (stored 34 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig90461 (stored 23 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig90463 (stored 44 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig90464 (stored 15 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig90466 (stored 31 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig91938 (stored 8 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig91941 (stored 31 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig91942 (stored 3 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig91943 (stored 1 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig91944 (stored 31 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig91945 (stored 37 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig91948 (stored 18 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig91949 (stored 6 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig91950 (stored 8 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig91951 (stored 39 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig92058 (stored 13 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig92059 (stored 3 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig92060 (stored 38 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig92061 (stored 67 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig92096 (stored 11 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig93704 (stored 6 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig93706 (stored 11 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig93718 (stored 34 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig93730 (stored 45 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig93928 (stored 16 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig94638 (stored 108 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig94642 (stored 5 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig94651 (stored 19 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig94652 (stored 10 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig94653 (stored 62 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig94660 (stored 13 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig94797 (stored 25 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig94798 (stored 7 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig94799 (stored 17 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig94800 (stored 12 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig94802 (stored 51 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig94803 (stored 26 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig94804 (stored 5 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig94806 (stored 13 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig94807 (stored 14 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig94808 (stored 38 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig94810 (stored 33 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig94813 (stored 36 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig94814 (stored 51 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig94816 (stored 47 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig94819 (stored 37 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig94843 (stored 8 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig94860 (stored 1 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig94863 (stored 58 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig94872 (stored 303 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig94885 (stored 61 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig94947 (stored 13 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig94948 (stored 36 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig94952 (stored 1 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig94953 (stored 7 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig94954 (stored 36 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig94956 (stored 11 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig94957 (stored 5 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig94970 (stored 17 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig95529 (stored 2 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig95530 (stored 12 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig95531 (stored 3 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig95532 (stored 22 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig95534 (stored 25 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig95538 (stored 25 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig95738 (stored 16 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig95894 (stored 66 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig95895 (stored 49 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig95896 (stored 1 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig95897 (stored 12 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig95898 (stored 13 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig95899 (stored 15 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig95900 (stored 50 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig95901 (stored 20 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig95903 (stored 33 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig95904 (stored 59 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig95905 (stored 16 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig95906 (stored 16 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig95907 (stored 8 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig95908 (stored 117 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig95909 (stored 26 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig95910 (stored 6 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig95911 (stored 35 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig95912 (stored 12 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig95913 (stored 10 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig95914 (stored 52 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig95915 (stored 1 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig95916 (stored 14 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig95917 (stored 98 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig95918 (stored 24 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig95919 (stored 5 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig95920 (stored 56 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig95921 (stored 115 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig95922 (stored 2 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig95923 (stored 45 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig95924 (stored 8 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig95934 (stored 12 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig95944 (stored 39 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig95953 (stored 12 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig95954 (stored 238 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig95955 (stored 184 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig95956 (stored 24 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig95958 (stored 9 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig95960 (stored 55 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig95962 (stored 16 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig95963 (stored 113 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig95983 (stored 3 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig95984 (stored 40 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig95987 (stored 5 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig95989 (stored 36 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig95990 (stored 5 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig96023 (stored 5 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig96036 (stored 24 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig96040 (stored 86 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig96041 (stored 8 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig96042 (stored 41 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig96043 (stored 7 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig96044 (stored 75 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig96050 (stored 39 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig96056 (stored 18 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig96057 (stored 28 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig96058 (stored 31 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig96059 (stored 19 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig96060 (stored 50 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig96061 (stored 110 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig96062 (stored 8 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig96063 (stored 27 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig96064 (stored 25 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig96065 (stored 46 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig96066 (stored 32 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig96067 (stored 27 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig96068 (stored 19 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig96070 (stored 57 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig96071 (stored 10 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig96072 (stored 21 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig96073 (stored 111 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig96074 (stored 26 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig96078 (stored 6 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig96113 (stored 4 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig96114 (stored 14 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig96115 (stored 25 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig96116 (stored 7 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig96117 (stored 10 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig96118 (stored 9 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig96119 (stored 9 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig96121 (stored 14 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig96147 (stored 17 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig96148 (stored 8 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig96151 (stored 75 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig96152 (stored 16 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig96266 (stored 16 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig96267 (stored 97 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig96268 (stored 8 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig96270 (stored 4 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig96277 (stored 48 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig96296 (stored 51 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig96305 (stored 20 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig96328 (stored 16 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig96330 (stored 35 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig96331 (stored 14 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig96332 (stored 52 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig96333 (stored 12 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig96335 (stored 3 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig96336 (stored 45 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig96337 (stored 4 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig96338 (stored 14 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig96341 (stored 28 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig96342 (stored 28 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig96344 (stored 12 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig96346 (stored 22 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig96350 (stored 84 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig96365 (stored 175 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig96367 (stored 8 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig97363 (stored 36 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig97364 (stored 65 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig97365 (stored 72 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig97366 (stored 14 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig97367 (stored 59 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig97368 (stored 18 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig97369 (stored 6 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig97370 (stored 31 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig97371 (stored 1 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig97372 (stored 10 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig97373 (stored 9 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig97374 (stored 1 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig97375 (stored 3 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig97376 (stored 22 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig97378 (stored 144 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig97379 (stored 10 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig97380 (stored 29 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig97381 (stored 7 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig97382 (stored 8 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig97383 (stored 67 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig97386 (stored 73 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig97387 (stored 3 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig97388 (stored 36 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig97389 (stored 13 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig97390 (stored 9 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig97391 (stored 23 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig97392 (stored 29 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig97393 (stored 28 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig97394 (stored 52 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig97395 (stored 37 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig97426 (stored 8 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig97432 (stored 47 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig97433 (stored 119 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig97435 (stored 1 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig97441 (stored 116 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig97806 (stored 59 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig97871 (stored 57 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig97874 (stored 11 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig97878 (stored 41 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig97893 (stored 33 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig98102 (stored 46 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig98103 (stored 3 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig98104 (stored 88 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig98106 (stored 20 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig98107 (stored 28 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig98108 (stored 15 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig98109 (stored 31 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig98110 (stored 34 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig98111 (stored 28 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig98112 (stored 13 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig98113 (stored 12 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig98114 (stored 13 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig98115 (stored 114 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig98116 (stored 58 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig98118 (stored 3 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig98121 (stored 3 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig98165 (stored 50 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig98166 (stored 28 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig98167 (stored 1 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig98274 (stored 4 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig98311 (stored 14 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig98466 (stored 33 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig98482 (stored 8 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig98484 (stored 7 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig98485 (stored 33 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig98524 (stored 2 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig98630 (stored 17 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig99195 (stored 103 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig99264 (stored 24 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig99267 (stored 15 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig99270 (stored 64 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig99271 (stored 14 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig99273 (stored 10 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig99274 (stored 54 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig99275 (stored 4 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig99635 (stored 105 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig99636 (stored 6 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig99647 (stored 14 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig99674 (stored 25 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig99676 (stored 36 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig99681 (stored 1 different covered positions)
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Writing cytosine report for chromosome Contig681170 (stored 35 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig681210 (stored 8 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig681216 (stored 34 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig681268 (stored 34 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig681301 (stored 25 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig681346 (stored 34 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig681373 (stored 9 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig681390 (stored 2 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig681402 (stored 10 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig681409 (stored 9 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig681490 (stored 15 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig681504 (stored 21 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig681609 (stored 38 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig681627 (stored 18 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig681640 (stored 23 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig681660 (stored 49 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig681707 (stored 2 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig682045 (stored 27 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig682081 (stored 18 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig682113 (stored 33 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig682166 (stored 11 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig682182 (stored 21 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig682336 (stored 13 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig682369 (stored 33 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig682384 (stored 6 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig682437 (stored 15 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig682467 (stored 21 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig682479 (stored 3 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig682519 (stored 15 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig682581 (stored 4 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig682736 (stored 13 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig682827 (stored 18 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig682971 (stored 14 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig683056 (stored 11 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig683137 (stored 2 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig683230 (stored 49 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig683287 (stored 4 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig683349 (stored 13 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig683571 (stored 18 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig683586 (stored 58 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig683655 (stored 11 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig683660 (stored 53 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig683687 (stored 15 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig683738 (stored 5 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig683764 (stored 28 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig683766 (stored 29 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig683790 (stored 6 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig683873 (stored 26 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig683875 (stored 39 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig683941 (stored 12 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig683951 (stored 21 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig683952 (stored 41 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig684106 (stored 5 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig684130 (stored 3 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig684157 (stored 12 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig684191 (stored 22 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig684202 (stored 12 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig684233 (stored 16 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig684328 (stored 26 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig684437 (stored 49 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig684597 (stored 26 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig684703 (stored 18 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig684715 (stored 9 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig684720 (stored 10 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig684772 (stored 87 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig684880 (stored 16 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig684981 (stored 13 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig685077 (stored 40 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig685079 (stored 36 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig685085 (stored 32 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig685097 (stored 9 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig685106 (stored 21 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig685129 (stored 41 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig685248 (stored 7 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig685357 (stored 7 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig685410 (stored 5 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig685433 (stored 18 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig685434 (stored 56 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig685440 (stored 23 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig685681 (stored 6 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig685684 (stored 2 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig685697 (stored 4 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig685702 (stored 7 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig685729 (stored 68 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig685904 (stored 107 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig685914 (stored 32 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig685946 (stored 20 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig685966 (stored 30 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig686003 (stored 9 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig686037 (stored 3 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig686162 (stored 7 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig686167 (stored 47 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig686178 (stored 19 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig686245 (stored 19 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig686364 (stored 8 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig686382 (stored 52 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig686546 (stored 5 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig686606 (stored 28 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig686670 (stored 7 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig686695 (stored 8 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig686782 (stored 24 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig686851 (stored 146 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig686886 (stored 21 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig686952 (stored 25 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig686969 (stored 57 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig686985 (stored 7 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig687067 (stored 55 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig687096 (stored 38 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig687110 (stored 113 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig687142 (stored 79 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig687161 (stored 16 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig687254 (stored 31 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig687258 (stored 25 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig687316 (stored 35 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig687396 (stored 13 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig687416 (stored 27 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig687485 (stored 5 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig687587 (stored 8 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig687760 (stored 43 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig687806 (stored 47 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig687821 (stored 6 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig687830 (stored 39 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig687883 (stored 18 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig687931 (stored 4 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig687949 (stored 30 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig688052 (stored 3 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig688067 (stored 19 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig688119 (stored 18 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig688125 (stored 7 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig688153 (stored 30 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig688171 (stored 25 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig688181 (stored 6 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig688357 (stored 6 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig688388 (stored 21 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig688411 (stored 10 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig688516 (stored 22 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig688532 (stored 52 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig688588 (stored 15 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig688632 (stored 6 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig688763 (stored 2 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig688780 (stored 11 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig688781 (stored 18 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig688783 (stored 68 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig688789 (stored 10 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig688821 (stored 2 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig688822 (stored 36 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig688939 (stored 21 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig689038 (stored 2 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig689041 (stored 34 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig689307 (stored 10 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig689345 (stored 17 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig689421 (stored 32 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig689458 (stored 4 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig689547 (stored 11 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig689608 (stored 8 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig689628 (stored 19 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig689677 (stored 22 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig689681 (stored 17 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig689713 (stored 20 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig689721 (stored 15 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig689820 (stored 12 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig689828 (stored 6 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig689989 (stored 3 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig690015 (stored 35 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig690033 (stored 18 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig690050 (stored 6 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig690158 (stored 30 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig690180 (stored 35 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig690329 (stored 3 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig690342 (stored 6 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig690390 (stored 16 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig690515 (stored 80 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig690576 (stored 4 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig690617 (stored 45 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig690664 (stored 26 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig690741 (stored 28 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig690767 (stored 99 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig690776 (stored 28 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig690778 (stored 40 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig690840 (stored 40 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig690912 (stored 63 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig690919 (stored 146 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig690969 (stored 16 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig691021 (stored 5 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig691056 (stored 25 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig691175 (stored 7 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig691206 (stored 1 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig691224 (stored 4 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig691237 (stored 6 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig691423 (stored 7 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig691433 (stored 8 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig691456 (stored 12 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig691502 (stored 4 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig691530 (stored 9 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig691556 (stored 21 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig691606 (stored 106 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig691720 (stored 18 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig691772 (stored 29 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig691820 (stored 12 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig691867 (stored 22 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig691879 (stored 3 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig691914 (stored 11 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig692137 (stored 49 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig692178 (stored 28 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig692269 (stored 9 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig692277 (stored 18 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig692290 (stored 32 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig692365 (stored 5 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig692394 (stored 24 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig692412 (stored 9 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig692455 (stored 9 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig692505 (stored 14 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig692539 (stored 11 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig692542 (stored 5 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig692561 (stored 8 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig692597 (stored 9 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig692621 (stored 10 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig693070 (stored 61 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig693075 (stored 21 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig693088 (stored 22 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig693245 (stored 38 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig693272 (stored 47 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig693305 (stored 21 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig693312 (stored 19 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig693574 (stored 9 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig693635 (stored 31 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig693697 (stored 14 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig693905 (stored 15 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig693925 (stored 5 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig693949 (stored 16 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig693975 (stored 13 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig694018 (stored 5 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig694022 (stored 29 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig694088 (stored 7 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig694218 (stored 3 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig694245 (stored 101 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig694255 (stored 22 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig694561 (stored 54 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig694680 (stored 20 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig694704 (stored 12 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig694716 (stored 31 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig694779 (stored 23 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig694840 (stored 8 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig694908 (stored 26 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig694957 (stored 21 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig694977 (stored 11 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig695006 (stored 20 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig695021 (stored 35 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig695035 (stored 45 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig695197 (stored 17 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig695244 (stored 5 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig695249 (stored 8 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig695311 (stored 7 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig695379 (stored 7 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig695415 (stored 16 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig695457 (stored 48 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig695640 (stored 10 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig695695 (stored 18 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig695807 (stored 13 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig695812 (stored 29 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig695827 (stored 21 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig695830 (stored 11 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig695882 (stored 26 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig695918 (stored 81 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig695925 (stored 19 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig695943 (stored 49 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig696048 (stored 11 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig696049 (stored 12 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig696130 (stored 26 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig696174 (stored 2 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig696371 (stored 66 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig696449 (stored 10 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig696497 (stored 19 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig696511 (stored 14 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig696516 (stored 44 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig696623 (stored 14 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig696652 (stored 73 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig696678 (stored 19 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig696693 (stored 15 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig696726 (stored 2 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig696755 (stored 9 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig696768 (stored 65 different covered positions)
Writing cytosine report for chromosome Contig696807 (stored 27 different covered positions)
Writing cytosine report for last chromosome Contig696856 (stored 7 different covered positions)
Finished writing out cytosine report for covered chromosomes (processed 157509 chromosomes/scaffolds in total)

Now processing chromosomes that were not covered by any methylation calls in the coverage file...
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig100160
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig10039
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig100423
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig100510
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig100584
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig100667
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig100725
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig100786
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig100791
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig101006
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig101022
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig101149
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig101432
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig101474
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig101574
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig101584
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig101681
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig101704
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig101725
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig101781
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig101857
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig101910
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig10193
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig102021
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig102056
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig102075
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig102144
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig102195
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig102288
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig102336
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig102370
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig102402
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig102575
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig102664
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig102737
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig102920
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig102935
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig103062
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig103152
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig103177
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig103178
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig103206
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig103306
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig103399
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig103444
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig103472
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig103552
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig103617
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig103621
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig103623
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig103706
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig103828
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig103906
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig103980
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig104007
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig104022
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig104158
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Writing cytosine report for not covered chromosome Contig98628
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig98685
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig98766
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig98791
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig98879
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig98972
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig9902
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig99023
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig99159
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig99174
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig99417
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig99428
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig99467
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig99489
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig99546
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig99550
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig99586
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig99590
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig99684
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig99709
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig99721
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig99759
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig99810
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig99837
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig99842
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig99846
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig99924
Writing cytosine report for not covered chromosome Contig99980
Finished writing out cytosine report (processed 159429 chromosomes/scaffolds in total). coverage2cytosine processing complete.

Now merging top and bottom strand CpGs into a single CG dinucleotide entity (reading from file >>combined.CpG_report.txt<<, in output directory '')
>>> Writing a new coverage file with top and bottom strand CpG methylation evidence merged to combined.CpG_report.merged_CpG_evidence.cov <<<

CpG merging complete. Good luck finding DMRs with bsseq!

[INFO   ]         multiqc : This is MultiQC v1.8
[INFO   ]         multiqc : Template    : default
[INFO   ]         multiqc : Searching   : /gscratch/scrubbed/sr320/061421-olyC
[INFO   ]         bismark : Found 1 bismark alignment reports
[INFO   ]         bismark : Found 1 bismark dedup reports
[INFO   ]         bismark : Found 1 bismark methextract reports
[INFO   ]         multiqc : Compressing plot data
[INFO   ]         multiqc : Report      : multiqc_report.html
[INFO   ]         multiqc : Data        : multiqc_data
[INFO   ]         multiqc : MultiQC complete