CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 155 1077 12.58 1232 2 146 1058 12.13 1204 3 122 1084 10.12 1206 4 138 1113 11.03 1251 5 148 1020 12.67 1168 6 138 1109 11.07 1247 7 140 1110 11.20 1250 8 156 1092 12.50 1248 9 167 1095 13.23 1262 10 153 1166 11.60 1319 11 122 1109 9.91 1231 12 147 1093 11.85 1240 13 142 1104 11.40 1246 14 157 1063 12.87 1220 15 142 1115 11.30 1257 16 167 1128 12.90 1295 17 128 1094 10.47 1222 18 147 1105 11.74 1252 19 163 1158 12.34 1321 20 157 1214 11.45 1371 21 152 1127 11.88 1279 22 146 1129 11.45 1275 23 150 1105 11.95 1255 24 149 1024 12.70 1173 25 157 1067 12.83 1224 26 153 1102 12.19 1255 27 117 1135 9.35 1252 28 148 1094 11.92 1242 29 139 1129 10.96 1268 30 144 1101 11.57 1245 31 137 1101 11.07 1238 32 140 1071 11.56 1211 33 135 1079 11.12 1214 34 162 1048 13.39 1210 35 135 1126 10.71 1261 36 142 1036 12.05 1178 37 125 1061 10.54 1186 38 149 1016 12.79 1165 39 134 1070 11.13 1204 40 161 1024 13.59 1185 41 127 1048 10.81 1175 42 131 1032 11.26 1163 43 116 1060 9.86 1176 44 114 1012 10.12 1126 45 120 1028 10.45 1148 46 135 1049 11.40 1184 47 134 1017 11.64 1151 48 134 1044 11.38 1178 49 122 998 10.89 1120 50 110 1047 9.51 1157 51 111 1016 9.85 1127 52 113 1013 10.04 1126 53 134 1001 11.81 1135 54 134 967 12.17 1101 55 109 1022 9.64 1131 56 135 1019 11.70 1154 57 113 931 10.82 1044 58 158 1006 13.57 1164 59 109 957 10.23 1066 60 102 974 9.48 1076 61 121 955 11.25 1076 62 114 955 10.66 1069 63 113 949 10.64 1062 64 126 965 11.55 1091 65 118 1004 10.52 1122 66 129 946 12.00 1075 67 94 865 9.80 959 68 86 909 8.64 995 69 114 912 11.11 1026 70 123 880 12.26 1003 71 86 871 8.99 957 72 99 883 10.08 982 73 116 851 12.00 967 74 92 799 10.33 891 75 93 851 9.85 944 76 100 832 10.73 932 77 99 818 10.80 917 78 109 818 11.76 927 79 105 803 11.56 908 80 97 818 10.60 915 81 76 784 8.84 860 82 91 805 10.16 896 83 96 801 10.70 897 84 93 801 10.40 894 85 98 762 11.40 860 86 97 759 11.33 856 87 82 775 9.57 857 88 80 706 10.18 786 89 97 678 12.52 775 90 83 742 10.06 825 91 89 689 11.44 778 92 68 637 9.65 705 93 76 656 10.38 732 94 76 675 10.12 751 95 81 648 11.11 729 96 87 662 11.62 749 97 56 634 8.12 690 98 67 649 9.36 716 99 76 635 10.69 711 100 69 622 9.99 691 101 71 580 10.91 651 102 87 579 13.06 666 103 72 599 10.73 671 104 58 537 9.75 595 105 95 578 14.12 673 106 81 581 12.24 662 107 62 549 10.15 611 108 57 517 9.93 574 109 79 514 13.32 593 110 54 544 9.03 598 111 68 520 11.56 588 112 51 497 9.31 548 113 38 466 7.54 504 114 37 291 11.28 328 115 18 140 11.39 158 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 11 1648 0.66 1659 2 13 1643 0.79 1656 3 14 1678 0.83 1692 4 7 1722 0.40 1729 5 7 1691 0.41 1698 6 7 1650 0.42 1657 7 9 1672 0.54 1681 8 7 1641 0.42 1648 9 12 1676 0.71 1688 10 7 1718 0.41 1725 11 6 1712 0.35 1718 12 10 1696 0.59 1706 13 3 1607 0.19 1610 14 11 1717 0.64 1728 15 7 1585 0.44 1592 16 4 1637 0.24 1641 17 15 1672 0.89 1687 18 6 1653 0.36 1659 19 12 1673 0.71 1685 20 7 1661 0.42 1668 21 10 1614 0.62 1624 22 12 1709 0.70 1721 23 5 1654 0.30 1659 24 6 1671 0.36 1677 25 9 1629 0.55 1638 26 8 1677 0.47 1685 27 12 1608 0.74 1620 28 8 1715 0.46 1723 29 12 1645 0.72 1657 30 13 1621 0.80 1634 31 13 1614 0.80 1627 32 5 1636 0.30 1641 33 10 1574 0.63 1584 34 6 1598 0.37 1604 35 7 1586 0.44 1593 36 7 1601 0.44 1608 37 10 1675 0.59 1685 38 6 1632 0.37 1638 39 7 1631 0.43 1638 40 11 1562 0.70 1573 41 7 1558 0.45 1565 42 5 1654 0.30 1659 43 13 1596 0.81 1609 44 6 1569 0.38 1575 45 6 1490 0.40 1496 46 8 1571 0.51 1579 47 9 1472 0.61 1481 48 8 1534 0.52 1542 49 13 1481 0.87 1494 50 6 1550 0.39 1556 51 12 1520 0.78 1532 52 11 1526 0.72 1537 53 12 1488 0.80 1500 54 9 1465 0.61 1474 55 11 1427 0.76 1438 56 7 1504 0.46 1511 57 8 1442 0.55 1450 58 6 1462 0.41 1468 59 5 1412 0.35 1417 60 6 1408 0.42 1414 61 8 1473 0.54 1481 62 6 1415 0.42 1421 63 6 1439 0.42 1445 64 6 1442 0.41 1448 65 7 1347 0.52 1354 66 5 1420 0.35 1425 67 5 1300 0.38 1305 68 6 1249 0.48 1255 69 3 1341 0.22 1344 70 11 1309 0.83 1320 71 7 1297 0.54 1304 72 7 1263 0.55 1270 73 5 1282 0.39 1287 74 3 1294 0.23 1297 75 6 1276 0.47 1282 76 9 1273 0.70 1282 77 3 1221 0.25 1224 78 7 1203 0.58 1210 79 4 1229 0.32 1233 80 3 1254 0.24 1257 81 7 1136 0.61 1143 82 8 1187 0.67 1195 83 5 1161 0.43 1166 84 8 1184 0.67 1192 85 4 1192 0.33 1196 86 8 1084 0.73 1092 87 3 1070 0.28 1073 88 5 1104 0.45 1109 89 2 1119 0.18 1121 90 8 1087 0.73 1095 91 7 1063 0.65 1070 92 5 1049 0.47 1054 93 6 988 0.60 994 94 4 981 0.41 985 95 3 1004 0.30 1007 96 5 984 0.51 989 97 5 957 0.52 962 98 4 939 0.42 943 99 6 934 0.64 940 100 1 913 0.11 914 101 3 865 0.35 868 102 6 908 0.66 914 103 3 854 0.35 857 104 3 833 0.36 836 105 8 819 0.97 827 106 5 820 0.61 825 107 3 770 0.39 773 108 5 838 0.59 843 109 2 771 0.26 773 110 5 820 0.61 825 111 0 744 0.00 744 112 2 728 0.27 730 113 3 615 0.49 618 114 0 418 0.00 418 115 0 217 0.00 217 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 45 6240 0.72 6285 2 41 6238 0.65 6279 3 39 6162 0.63 6201 4 43 6170 0.69 6213 5 40 6184 0.64 6224 6 45 6233 0.72 6278 7 36 6164 0.58 6200 8 44 6107 0.72 6151 9 39 6114 0.63 6153 10 48 6078 0.78 6126 11 46 6061 0.75 6107 12 36 6062 0.59 6098 13 30 6100 0.49 6130 14 49 6159 0.79 6208 15 44 6101 0.72 6145 16 37 6178 0.60 6215 17 38 6034 0.63 6072 18 57 6164 0.92 6221 19 42 6201 0.67 6243 20 42 6150 0.68 6192 21 42 6034 0.69 6076 22 46 6212 0.74 6258 23 38 6107 0.62 6145 24 45 6000 0.74 6045 25 30 6201 0.48 6231 26 26 6200 0.42 6226 27 28 6091 0.46 6119 28 33 6113 0.54 6146 29 39 6060 0.64 6099 30 43 6164 0.69 6207 31 36 6137 0.58 6173 32 44 6013 0.73 6057 33 31 6068 0.51 6099 34 37 5992 0.61 6029 35 30 5991 0.50 6021 36 29 5877 0.49 5906 37 40 5951 0.67 5991 38 27 5994 0.45 6021 39 39 5912 0.66 5951 40 38 5932 0.64 5970 41 28 5854 0.48 5882 42 27 6007 0.45 6034 43 30 5916 0.50 5946 44 39 5932 0.65 5971 45 41 5836 0.70 5877 46 29 5692 0.51 5721 47 35 5803 0.60 5838 48 32 5803 0.55 5835 49 30 5828 0.51 5858 50 32 5794 0.55 5826 51 27 5629 0.48 5656 52 40 5675 0.70 5715 53 29 5702 0.51 5731 54 25 5658 0.44 5683 55 33 5618 0.58 5651 56 33 5510 0.60 5543 57 23 5587 0.41 5610 58 32 5465 0.58 5497 59 29 5574 0.52 5603 60 32 5442 0.58 5474 61 29 5487 0.53 5516 62 34 5434 0.62 5468 63 30 5400 0.55 5430 64 36 5358 0.67 5394 65 39 5202 0.74 5241 66 33 5265 0.62 5298 67 27 5136 0.52 5163 68 27 5056 0.53 5083 69 31 5168 0.60 5199 70 33 5117 0.64 5150 71 29 5015 0.57 5044 72 29 4972 0.58 5001 73 23 4974 0.46 4997 74 25 5058 0.49 5083 75 28 4881 0.57 4909 76 24 4861 0.49 4885 77 18 4908 0.37 4926 78 31 4724 0.65 4755 79 30 4744 0.63 4774 80 26 4575 0.57 4601 81 25 4561 0.55 4586 82 25 4649 0.53 4674 83 15 4592 0.33 4607 84 28 4309 0.65 4337 85 18 4377 0.41 4395 86 18 4226 0.42 4244 87 24 4291 0.56 4315 88 28 4260 0.65 4288 89 21 4272 0.49 4293 90 17 4175 0.41 4192 91 21 4252 0.49 4273 92 18 4099 0.44 4117 93 23 3966 0.58 3989 94 18 4008 0.45 4026 95 15 3882 0.38 3897 96 28 3849 0.72 3877 97 21 3727 0.56 3748 98 19 3704 0.51 3723 99 12 3705 0.32 3717 100 17 3684 0.46 3701 101 9 3592 0.25 3601 102 18 3518 0.51 3536 103 12 3455 0.35 3467 104 11 3449 0.32 3460 105 16 3347 0.48 3363 106 11 3215 0.34 3226 107 15 3181 0.47 3196 108 21 3186 0.65 3207 109 22 3054 0.72 3076 110 12 3139 0.38 3151 111 11 3148 0.35 3159 112 13 2999 0.43 3012 113 13 2675 0.48 2688 114 9 1673 0.54 1682 115 2 887 0.22 889 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 32 377 7.82 409 2 48 372 11.43 420 3 38 360 9.55 398 4 40 351 10.23 391 5 43 330 11.53 373 6 41 315 11.52 356 7 40 324 10.99 364 8 34 328 9.39 362 9 36 288 11.11 324 10 34 304 10.06 338 11 38 340 10.05 378 12 38 312 10.86 350 13 42 293 12.54 335 14 33 271 10.86 304 15 33 283 10.44 316 16 36 308 10.47 344 17 29 297 8.90 326 18 35 272 11.40 307 19 38 227 14.34 265 20 26 241 9.74 267 21 26 287 8.31 313 22 27 260 9.41 287 23 30 259 10.38 289 24 19 252 7.01 271 25 34 234 12.69 268 26 23 252 8.36 275 27 22 199 9.95 221 28 28 211 11.72 239 29 27 217 11.07 244 30 26 208 11.11 234 31 23 199 10.36 222 32 22 193 10.23 215 33 19 207 8.41 226 34 16 205 7.24 221 35 19 170 10.05 189 36 23 170 11.92 193 37 13 158 7.60 171 38 15 188 7.39 203 39 20 137 12.74 157 40 17 163 9.44 180 41 23 142 13.94 165 42 15 155 8.82 170 43 18 162 10.00 180 44 23 131 14.94 154 45 14 131 9.66 145 46 20 123 13.99 143 47 16 137 10.46 153 48 13 129 9.15 142 49 13 114 10.24 127 50 10 131 7.09 141 51 11 118 8.53 129 52 8 130 5.80 138 53 13 127 9.29 140 54 8 125 6.02 133 55 4 114 3.39 118 56 10 109 8.40 119 57 9 114 7.32 123 58 12 98 10.91 110 59 13 116 10.08 129 60 15 97 13.39 112 61 9 79 10.23 88 62 11 107 9.32 118 63 5 85 5.56 90 64 11 99 10.00 110 65 11 94 10.48 105 66 4 72 5.26 76 67 8 88 8.33 96 68 7 65 9.72 72 69 9 87 9.38 96 70 7 84 7.69 91 71 7 72 8.86 79 72 4 78 4.88 82 73 5 64 7.25 69 74 5 65 7.14 70 75 6 61 8.96 67 76 6 73 7.59 79 77 4 69 5.48 73 78 8 72 10.00 80 79 11 53 17.19 64 80 5 65 7.14 70 81 9 70 11.39 79 82 8 53 13.11 61 83 7 49 12.50 56 84 2 67 2.90 69 85 5 60 7.69 65 86 8 60 11.76 68 87 7 51 12.07 58 88 7 49 12.50 56 89 7 52 11.86 59 90 8 51 13.56 59 91 6 50 10.71 56 92 1 52 1.89 53 93 6 41 12.77 47 94 9 33 21.43 42 95 3 51 5.56 54 96 2 45 4.26 47 97 3 43 6.52 46 98 4 40 9.09 44 99 5 31 13.89 36 100 6 41 12.77 47 101 6 37 13.95 43 102 4 33 10.81 37 103 3 28 9.68 31 104 6 39 13.33 45 105 0 24 0.00 24 106 3 32 8.57 35 107 0 30 0.00 30 108 3 30 9.09 33 109 3 26 10.34 29 110 3 25 10.71 28 111 1 28 3.45 29 112 1 25 3.85 26 113 3 26 10.34 29 114 1 19 5.00 20 115 0 14 0.00 14 CHG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 5 595 0.83 600 2 5 543 0.91 548 3 3 543 0.55 546 4 2 524 0.38 526 5 2 567 0.35 569 6 3 460 0.65 463 7 0 486 0.00 486 8 3 456 0.65 459 9 0 479 0.00 479 10 0 456 0.00 456 11 3 462 0.65 465 12 3 435 0.68 438 13 1 440 0.23 441 14 3 421 0.71 424 15 1 396 0.25 397 16 2 436 0.46 438 17 0 410 0.00 410 18 3 404 0.74 407 19 2 403 0.49 405 20 2 382 0.52 384 21 4 380 1.04 384 22 0 376 0.00 376 23 4 357 1.11 361 24 0 303 0.00 303 25 0 374 0.00 374 26 1 337 0.30 338 27 1 301 0.33 302 28 1 308 0.32 309 29 2 296 0.67 298 30 0 301 0.00 301 31 2 289 0.69 291 32 3 294 1.01 297 33 3 303 0.98 306 34 0 290 0.00 290 35 5 254 1.93 259 36 1 223 0.45 224 37 1 247 0.40 248 38 1 249 0.40 250 39 0 253 0.00 253 40 1 255 0.39 256 41 2 254 0.78 256 42 2 192 1.03 194 43 0 215 0.00 215 44 0 236 0.00 236 45 1 206 0.48 207 46 0 161 0.00 161 47 2 201 0.99 203 48 1 184 0.54 185 49 1 191 0.52 192 50 0 174 0.00 174 51 0 174 0.00 174 52 2 165 1.20 167 53 0 170 0.00 170 54 0 156 0.00 156 55 1 148 0.67 149 56 2 150 1.32 152 57 0 158 0.00 158 58 0 141 0.00 141 59 0 161 0.00 161 60 0 141 0.00 141 61 0 134 0.00 134 62 2 136 1.45 138 63 1 150 0.66 151 64 0 150 0.00 150 65 0 112 0.00 112 66 2 146 1.35 148 67 1 118 0.84 119 68 0 114 0.00 114 69 0 130 0.00 130 70 1 118 0.84 119 71 0 106 0.00 106 72 0 98 0.00 98 73 1 113 0.88 114 74 0 130 0.00 130 75 1 96 1.03 97 76 1 102 0.97 103 77 0 92 0.00 92 78 0 96 0.00 96 79 3 109 2.68 112 80 1 109 0.91 110 81 0 83 0.00 83 82 1 78 1.27 79 83 2 78 2.50 80 84 0 80 0.00 80 85 3 85 3.41 88 86 1 83 1.19 84 87 1 74 1.33 75 88 0 65 0.00 65 89 0 87 0.00 87 90 0 78 0.00 78 91 0 81 0.00 81 92 0 71 0.00 71 93 0 60 0.00 60 94 1 58 1.69 59 95 1 58 1.69 59 96 0 61 0.00 61 97 0 54 0.00 54 98 0 67 0.00 67 99 0 61 0.00 61 100 1 64 1.54 65 101 0 51 0.00 51 102 0 49 0.00 49 103 0 70 0.00 70 104 0 41 0.00 41 105 0 55 0.00 55 106 0 56 0.00 56 107 0 50 0.00 50 108 0 38 0.00 38 109 0 51 0.00 51 110 0 39 0.00 39 111 0 43 0.00 43 112 0 41 0.00 41 113 0 36 0.00 36 114 0 21 0.00 21 115 0 7 0.00 7 CHH context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 13 2271 0.57 2284 2 18 2236 0.80 2254 3 11 2178 0.50 2189 4 9 2180 0.41 2189 5 14 2106 0.66 2120 6 9 1906 0.47 1915 7 16 1988 0.80 2004 8 12 1971 0.61 1983 9 15 1970 0.76 1985 10 11 1900 0.58 1911 11 5 1816 0.27 1821 12 13 1820 0.71 1833 13 9 1783 0.50 1792 14 9 1771 0.51 1780 15 14 1681 0.83 1695 16 8 1639 0.49 1647 17 7 1562 0.45 1569 18 7 1553 0.45 1560 19 10 1566 0.63 1576 20 10 1449 0.69 1459 21 4 1482 0.27 1486 22 5 1463 0.34 1468 23 11 1512 0.72 1523 24 13 1431 0.90 1444 25 11 1378 0.79 1389 26 7 1360 0.51 1367 27 6 1298 0.46 1304 28 6 1339 0.45 1345 29 8 1245 0.64 1253 30 7 1227 0.57 1234 31 9 1209 0.74 1218 32 6 1125 0.53 1131 33 6 1143 0.52 1149 34 4 1086 0.37 1090 35 6 1097 0.54 1103 36 7 1112 0.63 1119 37 5 1002 0.50 1007 38 9 966 0.92 975 39 4 1001 0.40 1005 40 5 993 0.50 998 41 4 959 0.42 963 42 8 943 0.84 951 43 2 903 0.22 905 44 6 903 0.66 909 45 6 840 0.71 846 46 4 877 0.45 881 47 4 882 0.45 886 48 6 863 0.69 869 49 4 802 0.50 806 50 5 846 0.59 851 51 1 738 0.14 739 52 2 706 0.28 708 53 2 731 0.27 733 54 1 720 0.14 721 55 4 713 0.56 717 56 6 730 0.82 736 57 3 665 0.45 668 58 3 617 0.48 620 59 0 616 0.00 616 60 6 616 0.96 622 61 4 618 0.64 622 62 3 598 0.50 601 63 2 589 0.34 591 64 5 555 0.89 560 65 2 519 0.38 521 66 2 521 0.38 523 67 6 480 1.23 486 68 3 531 0.56 534 69 2 512 0.39 514 70 3 482 0.62 485 71 0 503 0.00 503 72 3 439 0.68 442 73 4 462 0.86 466 74 3 478 0.62 481 75 1 404 0.25 405 76 3 426 0.70 429 77 0 419 0.00 419 78 1 409 0.24 410 79 2 390 0.51 392 80 3 401 0.74 404 81 1 370 0.27 371 82 1 376 0.27 377 83 5 354 1.39 359 84 4 337 1.17 341 85 1 333 0.30 334 86 0 340 0.00 340 87 0 316 0.00 316 88 3 309 0.96 312 89 1 309 0.32 310 90 0 331 0.00 331 91 3 283 1.05 286 92 5 279 1.76 284 93 2 285 0.70 287 94 0 300 0.00 300 95 0 248 0.00 248 96 1 241 0.41 242 97 1 271 0.37 272 98 2 257 0.77 259 99 0 259 0.00 259 100 0 239 0.00 239 101 1 247 0.40 248 102 3 232 1.28 235 103 2 214 0.93 216 104 3 225 1.32 228 105 0 225 0.00 225 106 0 226 0.00 226 107 1 213 0.47 214 108 0 207 0.00 207 109 1 202 0.49 203 110 1 205 0.49 206 111 0 174 0.00 174 112 2 181 1.09 183 113 0 152 0.00 152 114 0 111 0.00 111 115 0 48 0.00 48