CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 114 1110 9.31 1224 2 130 1107 10.51 1237 3 131 1098 10.66 1229 4 132 1122 10.53 1254 5 131 1128 10.41 1259 6 123 1119 9.90 1242 7 129 1239 9.43 1368 8 130 1165 10.04 1295 9 151 1034 12.74 1185 10 152 1135 11.81 1287 11 118 1088 9.78 1206 12 148 1134 11.54 1282 13 130 1163 10.05 1293 14 135 1132 10.66 1267 15 145 1159 11.12 1304 16 139 1138 10.88 1277 17 148 1130 11.58 1278 18 153 1110 12.11 1263 19 131 1109 10.56 1240 20 148 1146 11.44 1294 21 140 1159 10.78 1299 22 138 1128 10.90 1266 23 129 1153 10.06 1282 24 129 1140 10.17 1269 25 134 1150 10.44 1284 26 114 1078 9.56 1192 27 136 1180 10.33 1316 28 115 1182 8.87 1297 29 120 1148 9.46 1268 30 117 1173 9.07 1290 31 114 1172 8.86 1286 32 142 1076 11.66 1218 33 158 1098 12.58 1256 34 148 1166 11.26 1314 35 145 1136 11.32 1281 36 117 1107 9.56 1224 37 131 1132 10.37 1263 38 128 1091 10.50 1219 39 144 1079 11.77 1223 40 130 1111 10.48 1241 41 121 1158 9.46 1279 42 129 1152 10.07 1281 43 114 1094 9.44 1208 44 122 1150 9.59 1272 45 128 1142 10.08 1270 46 128 1111 10.33 1239 47 134 1089 10.96 1223 48 117 1064 9.91 1181 49 144 1119 11.40 1263 50 118 1148 9.32 1266 51 124 1028 10.76 1152 52 103 1109 8.50 1212 53 121 1105 9.87 1226 54 118 1051 10.09 1169 55 118 1040 10.19 1158 56 115 1121 9.30 1236 57 121 1063 10.22 1184 58 112 1038 9.74 1150 59 130 1022 11.28 1152 60 119 1058 10.11 1177 61 125 1077 10.40 1202 62 125 1060 10.55 1185 63 112 1027 9.83 1139 64 109 1029 9.58 1138 65 109 1027 9.60 1136 66 136 1053 11.44 1189 67 113 1067 9.58 1180 68 123 1000 10.95 1123 69 122 1077 10.18 1199 70 104 988 9.52 1092 71 104 1027 9.20 1131 72 127 1050 10.79 1177 73 125 1054 10.60 1179 74 108 942 10.29 1050 75 121 1024 10.57 1145 76 117 1005 10.43 1122 77 123 982 11.13 1105 78 100 957 9.46 1057 79 109 965 10.15 1074 80 104 991 9.50 1095 81 100 953 9.50 1053 82 105 947 9.98 1052 83 96 961 9.08 1057 84 132 977 11.90 1109 85 102 921 9.97 1023 86 93 927 9.12 1020 87 114 930 10.92 1044 88 96 891 9.73 987 89 106 866 10.91 972 90 92 911 9.17 1003 91 109 916 10.63 1025 92 105 859 10.89 964 93 96 874 9.90 970 94 96 887 9.77 983 95 96 859 10.05 955 96 93 912 9.25 1005 97 106 865 10.92 971 98 94 851 9.95 945 99 86 890 8.81 976 100 78 864 8.28 942 101 97 814 10.65 911 102 84 817 9.32 901 103 105 871 10.76 976 104 85 863 8.97 948 105 85 803 9.57 888 106 95 826 10.31 921 107 84 821 9.28 905 108 100 804 11.06 904 109 86 780 9.93 866 110 101 810 11.09 911 111 87 771 10.14 858 112 90 771 10.45 861 113 90 768 10.49 858 114 80 740 9.76 820 115 54 642 7.76 696 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 8 1771 0.45 1779 2 11 1651 0.66 1662 3 4 1703 0.23 1707 4 5 1803 0.28 1808 5 7 1624 0.43 1631 6 8 1689 0.47 1697 7 15 1620 0.92 1635 8 6 1648 0.36 1654 9 9 1668 0.54 1677 10 4 1769 0.23 1773 11 10 1705 0.58 1715 12 12 1657 0.72 1669 13 8 1690 0.47 1698 14 6 1770 0.34 1776 15 12 1708 0.70 1720 16 4 1651 0.24 1655 17 9 1674 0.53 1683 18 11 1690 0.65 1701 19 7 1677 0.42 1684 20 11 1638 0.67 1649 21 9 1619 0.55 1628 22 4 1712 0.23 1716 23 3 1748 0.17 1751 24 8 1771 0.45 1779 25 16 1664 0.95 1680 26 6 1714 0.35 1720 27 8 1706 0.47 1714 28 4 1760 0.23 1764 29 9 1723 0.52 1732 30 7 1709 0.41 1716 31 6 1651 0.36 1657 32 8 1709 0.47 1717 33 9 1733 0.52 1742 34 11 1605 0.68 1616 35 7 1721 0.41 1728 36 14 1677 0.83 1691 37 9 1679 0.53 1688 38 5 1675 0.30 1680 39 5 1636 0.30 1641 40 8 1624 0.49 1632 41 11 1665 0.66 1676 42 10 1626 0.61 1636 43 11 1672 0.65 1683 44 4 1620 0.25 1624 45 12 1685 0.71 1697 46 11 1662 0.66 1673 47 9 1582 0.57 1591 48 11 1568 0.70 1579 49 11 1536 0.71 1547 50 5 1675 0.30 1680 51 4 1551 0.26 1555 52 8 1547 0.51 1555 53 11 1549 0.71 1560 54 7 1633 0.43 1640 55 1 1600 0.06 1601 56 8 1569 0.51 1577 57 8 1543 0.52 1551 58 9 1601 0.56 1610 59 5 1567 0.32 1572 60 14 1588 0.87 1602 61 7 1548 0.45 1555 62 10 1519 0.65 1529 63 3 1613 0.19 1616 64 6 1589 0.38 1595 65 4 1515 0.26 1519 66 14 1530 0.91 1544 67 7 1463 0.48 1470 68 10 1567 0.63 1577 69 5 1462 0.34 1467 70 8 1540 0.52 1548 71 1 1510 0.07 1511 72 17 1465 1.15 1482 73 6 1467 0.41 1473 74 12 1489 0.80 1501 75 4 1450 0.28 1454 76 10 1422 0.70 1432 77 6 1449 0.41 1455 78 3 1542 0.19 1545 79 6 1505 0.40 1511 80 6 1404 0.43 1410 81 7 1468 0.47 1475 82 11 1440 0.76 1451 83 5 1476 0.34 1481 84 5 1408 0.35 1413 85 6 1367 0.44 1373 86 6 1373 0.44 1379 87 5 1423 0.35 1428 88 4 1341 0.30 1345 89 7 1367 0.51 1374 90 6 1338 0.45 1344 91 2 1366 0.15 1368 92 10 1376 0.72 1386 93 5 1320 0.38 1325 94 8 1316 0.60 1324 95 13 1423 0.91 1436 96 6 1276 0.47 1282 97 3 1422 0.21 1425 98 5 1355 0.37 1360 99 5 1309 0.38 1314 100 8 1322 0.60 1330 101 7 1333 0.52 1340 102 3 1259 0.24 1262 103 7 1253 0.56 1260 104 8 1298 0.61 1306 105 5 1240 0.40 1245 106 4 1245 0.32 1249 107 5 1248 0.40 1253 108 10 1236 0.80 1246 109 7 1187 0.59 1194 110 5 1162 0.43 1167 111 3 1203 0.25 1206 112 3 1117 0.27 1120 113 12 1129 1.05 1141 114 4 1087 0.37 1091 115 5 994 0.50 999 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 36 6687 0.54 6723 2 48 6851 0.70 6899 3 39 6608 0.59 6647 4 41 6535 0.62 6576 5 28 6718 0.42 6746 6 45 6706 0.67 6751 7 36 6567 0.55 6603 8 41 6689 0.61 6730 9 36 6545 0.55 6581 10 48 6547 0.73 6595 11 38 6704 0.56 6742 12 31 6667 0.46 6698 13 34 6647 0.51 6681 14 43 6667 0.64 6710 15 43 6679 0.64 6722 16 33 6565 0.50 6598 17 29 6565 0.44 6594 18 34 6682 0.51 6716 19 34 6650 0.51 6684 20 35 6548 0.53 6583 21 41 6735 0.61 6776 22 38 6594 0.57 6632 23 31 6598 0.47 6629 24 41 6551 0.62 6592 25 29 6711 0.43 6740 26 36 6574 0.54 6610 27 42 6531 0.64 6573 28 45 6581 0.68 6626 29 39 6599 0.59 6638 30 40 6654 0.60 6694 31 31 6659 0.46 6690 32 30 6672 0.45 6702 33 37 6679 0.55 6716 34 41 6666 0.61 6707 35 29 6517 0.44 6546 36 28 6578 0.42 6606 37 30 6698 0.45 6728 38 37 6646 0.55 6683 39 40 6543 0.61 6583 40 32 6537 0.49 6569 41 33 6547 0.50 6580 42 37 6568 0.56 6605 43 31 6412 0.48 6443 44 39 6562 0.59 6601 45 48 6461 0.74 6509 46 22 6520 0.34 6542 47 33 6463 0.51 6496 48 34 6333 0.53 6367 49 36 6486 0.55 6522 50 39 6425 0.60 6464 51 37 6397 0.58 6434 52 29 6488 0.44 6517 53 31 6487 0.48 6518 54 31 6413 0.48 6444 55 38 6280 0.60 6318 56 38 6350 0.59 6388 57 43 6212 0.69 6255 58 28 6368 0.44 6396 59 27 6295 0.43 6322 60 28 6232 0.45 6260 61 28 6324 0.44 6352 62 29 6220 0.46 6249 63 30 6342 0.47 6372 64 31 6171 0.50 6202 65 30 6225 0.48 6255 66 35 6356 0.55 6391 67 25 6119 0.41 6144 68 29 6190 0.47 6219 69 24 6151 0.39 6175 70 27 6136 0.44 6163 71 20 6089 0.33 6109 72 30 6179 0.48 6209 73 29 6196 0.47 6225 74 27 6007 0.45 6034 75 28 6006 0.46 6034 76 14 6075 0.23 6089 77 33 5980 0.55 6013 78 28 5918 0.47 5946 79 26 5885 0.44 5911 80 29 5907 0.49 5936 81 32 5840 0.54 5872 82 26 5974 0.43 6000 83 29 5826 0.50 5855 84 29 5853 0.49 5882 85 26 5755 0.45 5781 86 25 5704 0.44 5729 87 23 5685 0.40 5708 88 31 5590 0.55 5621 89 30 5557 0.54 5587 90 22 5748 0.38 5770 91 28 5742 0.49 5770 92 26 5571 0.46 5597 93 25 5541 0.45 5566 94 29 5555 0.52 5584 95 29 5542 0.52 5571 96 27 5355 0.50 5382 97 22 5294 0.41 5316 98 24 5252 0.45 5276 99 25 5321 0.47 5346 100 25 5231 0.48 5256 101 31 5157 0.60 5188 102 30 5337 0.56 5367 103 22 5174 0.42 5196 104 35 5230 0.66 5265 105 20 5306 0.38 5326 106 28 5087 0.55 5115 107 15 4976 0.30 4991 108 17 5011 0.34 5028 109 20 4931 0.40 4951 110 21 4959 0.42 4980 111 22 4991 0.44 5013 112 27 4856 0.55 4883 113 16 4768 0.33 4784 114 16 4570 0.35 4586 115 14 3988 0.35 4002 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 72 665 9.77 737 2 77 699 9.92 776 3 93 729 11.31 822 4 68 688 8.99 756 5 84 693 10.81 777 6 72 716 9.14 788 7 75 710 9.55 785 8 74 663 10.04 737 9 72 640 10.11 712 10 69 605 10.24 674 11 65 661 8.95 726 12 67 620 9.75 687 13 77 638 10.77 715 14 63 623 9.18 686 15 77 617 11.10 694 16 47 566 7.67 613 17 75 603 11.06 678 18 68 565 10.74 633 19 64 583 9.89 647 20 58 609 8.70 667 21 43 571 7.00 614 22 79 561 12.34 640 23 63 549 10.29 612 24 61 594 9.31 655 25 67 591 10.18 658 26 48 541 8.15 589 27 45 524 7.91 569 28 48 524 8.39 572 29 45 547 7.60 592 30 56 461 10.83 517 31 42 504 7.69 546 32 61 478 11.32 539 33 67 479 12.27 546 34 52 512 9.22 564 35 50 482 9.40 532 36 42 435 8.81 477 37 63 463 11.98 526 38 53 441 10.73 494 39 45 457 8.96 502 40 50 416 10.73 466 41 44 417 9.54 461 42 50 408 10.92 458 43 41 416 8.97 457 44 46 405 10.20 451 45 41 375 9.86 416 46 42 416 9.17 458 47 46 391 10.53 437 48 43 381 10.14 424 49 51 420 10.83 471 50 27 384 6.57 411 51 37 378 8.92 415 52 33 367 8.25 400 53 40 372 9.71 412 54 37 337 9.89 374 55 32 352 8.33 384 56 26 377 6.45 403 57 32 347 8.44 379 58 32 340 8.60 372 59 34 324 9.50 358 60 30 300 9.09 330 61 35 351 9.07 386 62 26 325 7.41 351 63 23 302 7.08 325 64 34 306 10.00 340 65 29 291 9.06 320 66 39 300 11.50 339 67 39 272 12.54 311 68 25 288 7.99 313 69 28 276 9.21 304 70 26 302 7.93 328 71 30 267 10.10 297 72 27 260 9.41 287 73 29 265 9.86 294 74 19 285 6.25 304 75 20 265 7.02 285 76 30 274 9.87 304 77 26 281 8.47 307 78 23 232 9.02 255 79 20 228 8.06 248 80 20 250 7.41 270 81 25 231 9.77 256 82 25 226 9.96 251 83 24 224 9.68 248 84 17 238 6.67 255 85 22 217 9.21 239 86 16 217 6.87 233 87 22 206 9.65 228 88 23 218 9.54 241 89 22 192 10.28 214 90 19 208 8.37 227 91 13 197 6.19 210 92 14 199 6.57 213 93 31 198 13.54 229 94 15 182 7.61 197 95 23 215 9.66 238 96 24 215 10.04 239 97 22 177 11.06 199 98 19 177 9.69 196 99 26 154 14.44 180 100 15 194 7.18 209 101 15 166 8.29 181 102 17 165 9.34 182 103 18 204 8.11 222 104 17 157 9.77 174 105 13 166 7.26 179 106 15 173 7.98 188 107 17 179 8.67 196 108 17 179 8.67 196 109 12 150 7.41 162 110 13 156 7.69 169 111 8 130 5.80 138 112 14 153 8.38 167 113 11 155 6.63 166 114 16 149 9.70 165 115 12 121 9.02 133 CHG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 3 1050 0.28 1053 2 4 1066 0.37 1070 3 7 993 0.70 1000 4 6 1030 0.58 1036 5 1 1003 0.10 1004 6 3 1003 0.30 1006 7 6 1003 0.59 1009 8 5 962 0.52 967 9 3 908 0.33 911 10 3 966 0.31 969 11 5 924 0.54 929 12 4 962 0.41 966 13 2 965 0.21 967 14 4 904 0.44 908 15 2 848 0.24 850 16 5 854 0.58 859 17 3 884 0.34 887 18 4 883 0.45 887 19 5 800 0.62 805 20 3 790 0.38 793 21 5 840 0.59 845 22 3 820 0.36 823 23 6 870 0.68 876 24 4 798 0.50 802 25 2 759 0.26 761 26 5 789 0.63 794 27 6 750 0.79 756 28 2 701 0.28 703 29 4 708 0.56 712 30 3 698 0.43 701 31 1 752 0.13 753 32 1 733 0.14 734 33 7 712 0.97 719 34 2 703 0.28 705 35 0 712 0.00 712 36 2 715 0.28 717 37 3 642 0.47 645 38 6 684 0.87 690 39 1 672 0.15 673 40 4 666 0.60 670 41 3 599 0.50 602 42 4 626 0.63 630 43 1 662 0.15 663 44 0 593 0.00 593 45 3 632 0.47 635 46 3 605 0.49 608 47 2 613 0.33 615 48 5 587 0.84 592 49 1 555 0.18 556 50 3 569 0.52 572 51 3 539 0.55 542 52 3 572 0.52 575 53 3 540 0.55 543 54 2 558 0.36 560 55 1 560 0.18 561 56 0 485 0.00 485 57 2 521 0.38 523 58 1 529 0.19 530 59 2 514 0.39 516 60 0 447 0.00 447 61 4 474 0.84 478 62 3 485 0.61 488 63 1 483 0.21 484 64 3 474 0.63 477 65 2 455 0.44 457 66 4 450 0.88 454 67 2 427 0.47 429 68 3 410 0.73 413 69 3 446 0.67 449 70 1 386 0.26 387 71 0 417 0.00 417 72 5 404 1.22 409 73 0 399 0.00 399 74 1 376 0.27 377 75 0 418 0.00 418 76 0 370 0.00 370 77 3 363 0.82 366 78 0 357 0.00 357 79 0 358 0.00 358 80 0 310 0.00 310 81 3 347 0.86 350 82 0 357 0.00 357 83 1 358 0.28 359 84 2 319 0.62 321 85 3 327 0.91 330 86 1 346 0.29 347 87 0 319 0.00 319 88 2 320 0.62 322 89 1 326 0.31 327 90 0 306 0.00 306 91 0 305 0.00 305 92 5 318 1.55 323 93 0 284 0.00 284 94 2 256 0.78 258 95 1 271 0.37 272 96 3 279 1.06 282 97 1 297 0.34 298 98 1 273 0.36 274 99 0 273 0.00 273 100 1 277 0.36 278 101 2 259 0.77 261 102 1 299 0.33 300 103 1 245 0.41 246 104 1 247 0.40 248 105 3 226 1.31 229 106 1 232 0.43 233 107 0 223 0.00 223 108 0 229 0.00 229 109 1 229 0.43 230 110 2 213 0.93 215 111 0 230 0.00 230 112 2 212 0.93 214 113 2 234 0.85 236 114 0 192 0.00 192 115 1 197 0.51 198 CHH context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 19 4222 0.45 4241 2 23 4253 0.54 4276 3 21 4204 0.50 4225 4 12 4133 0.29 4145 5 19 4128 0.46 4147 6 22 4098 0.53 4120 7 19 4004 0.47 4023 8 16 3989 0.40 4005 9 23 3885 0.59 3908 10 25 3825 0.65 3850 11 18 3837 0.47 3855 12 15 3837 0.39 3852 13 18 3844 0.47 3862 14 22 3818 0.57 3840 15 24 3762 0.63 3786 16 16 3715 0.43 3731 17 15 3572 0.42 3587 18 12 3586 0.33 3598 19 20 3475 0.57 3495 20 18 3408 0.53 3426 21 8 3389 0.24 3397 22 12 3357 0.36 3369 23 16 3297 0.48 3313 24 17 3344 0.51 3361 25 17 3261 0.52 3278 26 15 3183 0.47 3198 27 10 3169 0.31 3179 28 6 3147 0.19 3153 29 12 3099 0.39 3111 30 18 3152 0.57 3170 31 11 3064 0.36 3075 32 19 3045 0.62 3064 33 13 3001 0.43 3014 34 15 2898 0.51 2913 35 14 2973 0.47 2987 36 8 2886 0.28 2894 37 11 2860 0.38 2871 38 8 2753 0.29 2761 39 10 2766 0.36 2776 40 12 2657 0.45 2669 41 9 2645 0.34 2654 42 13 2573 0.50 2586 43 11 2729 0.40 2740 44 6 2574 0.23 2580 45 12 2494 0.48 2506 46 10 2526 0.39 2536 47 4 2521 0.16 2525 48 6 2360 0.25 2366 49 13 2421 0.53 2434 50 14 2264 0.61 2278 51 12 2365 0.50 2377 52 11 2271 0.48 2282 53 8 2297 0.35 2305 54 10 2187 0.46 2197 55 8 2213 0.36 2221 56 12 2229 0.54 2241 57 7 2140 0.33 2147 58 9 2130 0.42 2139 59 6 2069 0.29 2075 60 6 1999 0.30 2005 61 11 2031 0.54 2042 62 5 1983 0.25 1988 63 10 1961 0.51 1971 64 6 1953 0.31 1959 65 7 1946 0.36 1953 66 8 1842 0.43 1850 67 5 1901 0.26 1906 68 8 1809 0.44 1817 69 8 1834 0.43 1842 70 3 1810 0.17 1813 71 13 1700 0.76 1713 72 11 1707 0.64 1718 73 3 1737 0.17 1740 74 6 1781 0.34 1787 75 5 1624 0.31 1629 76 6 1729 0.35 1735 77 9 1624 0.55 1633 78 11 1490 0.73 1501 79 6 1559 0.38 1565 80 7 1566 0.45 1573 81 7 1499 0.46 1506 82 8 1480 0.54 1488 83 6 1526 0.39 1532 84 8 1509 0.53 1517 85 10 1494 0.66 1504 86 10 1415 0.70 1425 87 8 1449 0.55 1457 88 3 1343 0.22 1346 89 5 1413 0.35 1418 90 5 1294 0.38 1299 91 5 1322 0.38 1327 92 8 1320 0.60 1328 93 7 1237 0.56 1244 94 7 1249 0.56 1256 95 8 1221 0.65 1229 96 2 1234 0.16 1236 97 6 1191 0.50 1197 98 4 1112 0.36 1116 99 2 1128 0.18 1130 100 1 1161 0.09 1162 101 4 1054 0.38 1058 102 1 1112 0.09 1113 103 9 1052 0.85 1061 104 5 1078 0.46 1083 105 10 1060 0.93 1070 106 3 1046 0.29 1049 107 4 1005 0.40 1009 108 2 1018 0.20 1020 109 8 1071 0.74 1079 110 3 1023 0.29 1026 111 4 958 0.42 962 112 5 972 0.51 977 113 3 924 0.32 927 114 1 861 0.12 862 115 4 765 0.52 769