CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 144 1239 10.41 1383 2 139 1180 10.54 1319 3 151 1146 11.64 1297 4 120 1138 9.54 1258 5 136 1211 10.10 1347 6 143 1202 10.63 1345 7 141 1137 11.03 1278 8 125 1199 9.44 1324 9 139 1114 11.09 1253 10 133 1173 10.18 1306 11 145 1154 11.16 1299 12 139 1204 10.35 1343 13 142 1175 10.78 1317 14 157 1174 11.80 1331 15 152 1097 12.17 1249 16 130 1157 10.10 1287 17 149 1223 10.86 1372 18 121 1159 9.45 1280 19 126 1152 9.86 1278 20 133 1170 10.21 1303 21 137 1184 10.37 1321 22 152 1159 11.59 1311 23 140 1210 10.37 1350 24 144 1180 10.88 1324 25 146 1174 11.06 1320 26 147 1194 10.96 1341 27 116 1192 8.87 1308 28 138 1169 10.56 1307 29 133 1170 10.21 1303 30 139 1138 10.88 1277 31 143 1208 10.58 1351 32 135 1202 10.10 1337 33 154 1131 11.98 1285 34 130 1159 10.09 1289 35 126 1151 9.87 1277 36 141 1169 10.76 1310 37 135 1166 10.38 1301 38 131 1151 10.22 1282 39 147 1155 11.29 1302 40 139 1116 11.08 1255 41 125 1131 9.95 1256 42 123 1132 9.80 1255 43 147 1143 11.40 1290 44 133 1188 10.07 1321 45 133 1082 10.95 1215 46 140 1070 11.57 1210 47 138 1209 10.24 1347 48 119 1122 9.59 1241 49 129 1127 10.27 1256 50 127 1069 10.62 1196 51 135 1146 10.54 1281 52 128 1121 10.25 1249 53 119 1086 9.88 1205 54 131 1097 10.67 1228 55 133 1163 10.26 1296 56 141 1111 11.26 1252 57 125 1181 9.57 1306 58 106 1072 9.00 1178 59 139 1031 11.88 1170 60 126 1014 11.05 1140 61 129 1073 10.73 1202 62 94 1029 8.37 1123 63 124 1080 10.30 1204 64 122 1095 10.02 1217 65 107 1093 8.92 1200 66 119 1027 10.38 1146 67 128 1043 10.93 1171 68 117 1086 9.73 1203 69 118 1108 9.62 1226 70 104 1075 8.82 1179 71 129 1073 10.73 1202 72 113 963 10.50 1076 73 118 989 10.66 1107 74 112 1055 9.60 1167 75 114 1004 10.20 1118 76 95 1024 8.49 1119 77 123 981 11.14 1104 78 109 979 10.02 1088 79 121 997 10.82 1118 80 118 1001 10.55 1119 81 117 989 10.58 1106 82 106 987 9.70 1093 83 113 927 10.87 1040 84 109 1010 9.74 1119 85 109 959 10.21 1068 86 93 989 8.60 1082 87 113 937 10.76 1050 88 103 925 10.02 1028 89 95 896 9.59 991 90 99 930 9.62 1029 91 92 920 9.09 1012 92 87 962 8.29 1049 93 101 884 10.25 985 94 95 919 9.37 1014 95 113 926 10.88 1039 96 91 942 8.81 1033 97 92 941 8.91 1033 98 82 881 8.52 963 99 96 875 9.89 971 100 79 863 8.39 942 101 96 828 10.39 924 102 93 914 9.24 1007 103 100 802 11.09 902 104 80 819 8.90 899 105 88 852 9.36 940 106 87 844 9.34 931 107 82 842 8.87 924 108 72 866 7.68 938 109 84 808 9.42 892 110 88 772 10.23 860 111 98 768 11.32 866 112 75 779 8.78 854 113 60 752 7.39 812 114 88 785 10.08 873 115 63 679 8.49 742 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 12 1783 0.67 1795 2 8 1744 0.46 1752 3 8 1723 0.46 1731 4 7 1734 0.40 1741 5 10 1745 0.57 1755 6 4 1762 0.23 1766 7 10 1792 0.55 1802 8 7 1689 0.41 1696 9 9 1788 0.50 1797 10 6 1692 0.35 1698 11 6 1726 0.35 1732 12 13 1807 0.71 1820 13 9 1735 0.52 1744 14 7 1776 0.39 1783 15 9 1698 0.53 1707 16 9 1728 0.52 1737 17 6 1737 0.34 1743 18 7 1735 0.40 1742 19 12 1695 0.70 1707 20 5 1685 0.30 1690 21 7 1739 0.40 1746 22 11 1792 0.61 1803 23 14 1734 0.80 1748 24 8 1663 0.48 1671 25 6 1714 0.35 1720 26 10 1700 0.58 1710 27 3 1695 0.18 1698 28 6 1754 0.34 1760 29 10 1724 0.58 1734 30 8 1776 0.45 1784 31 14 1746 0.80 1760 32 8 1619 0.49 1627 33 10 1711 0.58 1721 34 7 1675 0.42 1682 35 9 1704 0.53 1713 36 12 1776 0.67 1788 37 10 1711 0.58 1721 38 9 1741 0.51 1750 39 9 1693 0.53 1702 40 15 1654 0.90 1669 41 10 1723 0.58 1733 42 8 1667 0.48 1675 43 10 1718 0.58 1728 44 15 1642 0.91 1657 45 11 1630 0.67 1641 46 7 1688 0.41 1695 47 6 1618 0.37 1624 48 8 1683 0.47 1691 49 7 1644 0.42 1651 50 4 1604 0.25 1608 51 12 1562 0.76 1574 52 7 1702 0.41 1709 53 11 1659 0.66 1670 54 10 1676 0.59 1686 55 4 1573 0.25 1577 56 8 1629 0.49 1637 57 6 1686 0.35 1692 58 15 1645 0.90 1660 59 5 1551 0.32 1556 60 9 1618 0.55 1627 61 6 1522 0.39 1528 62 7 1552 0.45 1559 63 8 1606 0.50 1614 64 10 1545 0.64 1555 65 5 1633 0.31 1638 66 11 1618 0.68 1629 67 8 1496 0.53 1504 68 5 1548 0.32 1553 69 5 1527 0.33 1532 70 4 1548 0.26 1552 71 6 1556 0.38 1562 72 3 1508 0.20 1511 73 5 1539 0.32 1544 74 9 1492 0.60 1501 75 7 1501 0.46 1508 76 12 1435 0.83 1447 77 9 1448 0.62 1457 78 8 1512 0.53 1520 79 13 1461 0.88 1474 80 7 1442 0.48 1449 81 4 1452 0.27 1456 82 5 1407 0.35 1412 83 12 1446 0.82 1458 84 5 1409 0.35 1414 85 3 1405 0.21 1408 86 7 1400 0.50 1407 87 10 1397 0.71 1407 88 9 1408 0.64 1417 89 5 1325 0.38 1330 90 9 1454 0.62 1463 91 5 1417 0.35 1422 92 12 1325 0.90 1337 93 5 1407 0.35 1412 94 5 1352 0.37 1357 95 5 1332 0.37 1337 96 11 1354 0.81 1365 97 5 1284 0.39 1289 98 4 1395 0.29 1399 99 7 1368 0.51 1375 100 8 1312 0.61 1320 101 4 1260 0.32 1264 102 2 1272 0.16 1274 103 9 1328 0.67 1337 104 3 1263 0.24 1266 105 10 1272 0.78 1282 106 5 1208 0.41 1213 107 6 1183 0.50 1189 108 4 1223 0.33 1227 109 11 1187 0.92 1198 110 1 1189 0.08 1190 111 6 1118 0.53 1124 112 5 1173 0.42 1178 113 5 1186 0.42 1191 114 7 1125 0.62 1132 115 6 989 0.60 995 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 39 6739 0.58 6778 2 49 6505 0.75 6554 3 36 6647 0.54 6683 4 41 6676 0.61 6717 5 36 6722 0.53 6758 6 40 6647 0.60 6687 7 31 6701 0.46 6732 8 25 6742 0.37 6767 9 42 6541 0.64 6583 10 48 6726 0.71 6774 11 29 6570 0.44 6599 12 34 6640 0.51 6674 13 44 6754 0.65 6798 14 45 6558 0.68 6603 15 33 6603 0.50 6636 16 40 6736 0.59 6776 17 32 6577 0.48 6609 18 36 6731 0.53 6767 19 28 6728 0.41 6756 20 43 6631 0.64 6674 21 27 6563 0.41 6590 22 35 6668 0.52 6703 23 40 6737 0.59 6777 24 37 6738 0.55 6775 25 36 6765 0.53 6801 26 40 6606 0.60 6646 27 33 6658 0.49 6691 28 42 6643 0.63 6685 29 36 6667 0.54 6703 30 38 6666 0.57 6704 31 38 6569 0.58 6607 32 36 6562 0.55 6598 33 34 6365 0.53 6399 34 45 6671 0.67 6716 35 33 6619 0.50 6652 36 36 6455 0.55 6491 37 35 6640 0.52 6675 38 35 6502 0.54 6537 39 45 6543 0.68 6588 40 37 6623 0.56 6660 41 31 6506 0.47 6537 42 28 6439 0.43 6467 43 30 6580 0.45 6610 44 39 6628 0.58 6667 45 35 6479 0.54 6514 46 30 6440 0.46 6470 47 23 6417 0.36 6440 48 31 6421 0.48 6452 49 33 6485 0.51 6518 50 33 6431 0.51 6464 51 37 6397 0.58 6434 52 34 6435 0.53 6469 53 36 6362 0.56 6398 54 35 6349 0.55 6384 55 32 6227 0.51 6259 56 29 6296 0.46 6325 57 28 6389 0.44 6417 58 25 6266 0.40 6291 59 24 6319 0.38 6343 60 42 6214 0.67 6256 61 22 6317 0.35 6339 62 31 6220 0.50 6251 63 35 6336 0.55 6371 64 33 6236 0.53 6269 65 25 6269 0.40 6294 66 25 6149 0.40 6174 67 24 6193 0.39 6217 68 37 6129 0.60 6166 69 24 6167 0.39 6191 70 24 6250 0.38 6274 71 32 5972 0.53 6004 72 24 6126 0.39 6150 73 31 6014 0.51 6045 74 31 6019 0.51 6050 75 24 5820 0.41 5844 76 31 6059 0.51 6090 77 25 5921 0.42 5946 78 32 5832 0.55 5864 79 26 5789 0.45 5815 80 21 5787 0.36 5808 81 24 5848 0.41 5872 82 28 5855 0.48 5883 83 24 5791 0.41 5815 84 33 5764 0.57 5797 85 31 5808 0.53 5839 86 21 5634 0.37 5655 87 31 5651 0.55 5682 88 33 5669 0.58 5702 89 28 5508 0.51 5536 90 27 5451 0.49 5478 91 20 5405 0.37 5425 92 28 5489 0.51 5517 93 28 5389 0.52 5417 94 29 5370 0.54 5399 95 24 5300 0.45 5324 96 25 5223 0.48 5248 97 21 5296 0.39 5317 98 22 5239 0.42 5261 99 31 5177 0.60 5208 100 18 5202 0.34 5220 101 29 5152 0.56 5181 102 27 5076 0.53 5103 103 24 5075 0.47 5099 104 21 4968 0.42 4989 105 25 5044 0.49 5069 106 24 4990 0.48 5014 107 27 4928 0.54 4955 108 32 5047 0.63 5079 109 23 4850 0.47 4873 110 24 4746 0.50 4770 111 31 4690 0.66 4721 112 19 4613 0.41 4632 113 23 4599 0.50 4622 114 22 4486 0.49 4508 115 23 3868 0.59 3891 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 76 673 10.15 749 2 69 697 9.01 766 3 68 692 8.95 760 4 65 710 8.39 775 5 71 663 9.67 734 6 59 637 8.48 696 7 69 681 9.20 750 8 78 683 10.25 761 9 67 660 9.22 727 10 56 635 8.10 691 11 71 613 10.38 684 12 52 581 8.21 633 13 79 617 11.35 696 14 69 636 9.79 705 15 52 574 8.31 626 16 79 593 11.76 672 17 55 569 8.81 624 18 53 575 8.44 628 19 73 598 10.88 671 20 60 586 9.29 646 21 64 547 10.47 611 22 71 524 11.93 595 23 56 550 9.24 606 24 63 531 10.61 594 25 59 529 10.03 588 26 55 506 9.80 561 27 46 526 8.04 572 28 61 527 10.37 588 29 61 493 11.01 554 30 53 473 10.08 526 31 45 501 8.24 546 32 57 493 10.36 550 33 50 470 9.62 520 34 50 424 10.55 474 35 53 480 9.94 533 36 51 463 9.92 514 37 53 474 10.06 527 38 52 470 9.96 522 39 51 449 10.20 500 40 44 463 8.68 507 41 51 409 11.09 460 42 49 405 10.79 454 43 38 370 9.31 408 44 44 413 9.63 457 45 53 399 11.73 452 46 44 405 9.80 449 47 42 380 9.95 422 48 36 390 8.45 426 49 46 392 10.50 438 50 41 399 9.32 440 51 26 373 6.52 399 52 28 351 7.39 379 53 34 379 8.23 413 54 44 370 10.63 414 55 36 386 8.53 422 56 38 370 9.31 408 57 33 370 8.19 403 58 41 336 10.88 377 59 31 315 8.96 346 60 37 326 10.19 363 61 33 331 9.07 364 62 38 307 11.01 345 63 39 320 10.86 359 64 35 287 10.87 322 65 47 308 13.24 355 66 39 326 10.68 365 67 38 305 11.08 343 68 31 283 9.87 314 69 28 269 9.43 297 70 31 295 9.51 326 71 27 272 9.03 299 72 26 275 8.64 301 73 32 280 10.26 312 74 29 254 10.25 283 75 32 258 11.03 290 76 25 239 9.47 264 77 35 249 12.32 284 78 20 246 7.52 266 79 33 231 12.50 264 80 30 242 11.03 272 81 31 238 11.52 269 82 20 241 7.66 261 83 21 226 8.50 247 84 28 236 10.61 264 85 23 218 9.54 241 86 22 215 9.28 237 87 21 215 8.90 236 88 26 216 10.74 242 89 17 214 7.36 231 90 29 212 12.03 241 91 24 203 10.57 227 92 21 207 9.21 228 93 19 188 9.18 207 94 19 220 7.95 239 95 13 207 5.91 220 96 15 199 7.01 214 97 20 160 11.11 180 98 15 203 6.88 218 99 24 205 10.48 229 100 15 188 7.39 203 101 20 189 9.57 209 102 17 167 9.24 184 103 14 150 8.54 164 104 16 158 9.20 174 105 10 172 5.49 182 106 23 168 12.04 191 107 17 168 9.19 185 108 14 195 6.70 209 109 19 164 10.38 183 110 17 165 9.34 182 111 20 118 14.49 138 112 9 144 5.88 153 113 18 142 11.25 160 114 13 158 7.60 171 115 9 126 6.67 135 CHG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 9 1019 0.88 1028 2 5 1012 0.49 1017 3 3 1022 0.29 1025 4 5 979 0.51 984 5 8 939 0.84 947 6 4 963 0.41 967 7 2 904 0.22 906 8 5 952 0.52 957 9 3 997 0.30 1000 10 2 933 0.21 935 11 4 906 0.44 910 12 2 922 0.22 924 13 2 925 0.22 927 14 5 883 0.56 888 15 5 911 0.55 916 16 6 857 0.70 863 17 8 813 0.97 821 18 5 836 0.59 841 19 5 849 0.59 854 20 6 868 0.69 874 21 2 780 0.26 782 22 4 813 0.49 817 23 0 785 0.00 785 24 5 778 0.64 783 25 4 771 0.52 775 26 2 765 0.26 767 27 5 752 0.66 757 28 4 755 0.53 759 29 4 722 0.55 726 30 3 707 0.42 710 31 1 709 0.14 710 32 10 728 1.36 738 33 3 731 0.41 734 34 5 677 0.73 682 35 6 636 0.93 642 36 4 667 0.60 671 37 2 645 0.31 647 38 1 613 0.16 614 39 3 636 0.47 639 40 3 670 0.45 673 41 1 625 0.16 626 42 4 598 0.66 602 43 2 601 0.33 603 44 6 643 0.92 649 45 6 565 1.05 571 46 4 564 0.70 568 47 3 543 0.55 546 48 2 588 0.34 590 49 2 552 0.36 554 50 3 565 0.53 568 51 2 535 0.37 537 52 8 520 1.52 528 53 3 514 0.58 517 54 0 547 0.00 547 55 0 499 0.00 499 56 0 483 0.00 483 57 1 499 0.20 500 58 4 535 0.74 539 59 3 480 0.62 483 60 1 494 0.20 495 61 0 473 0.00 473 62 1 459 0.22 460 63 2 492 0.40 494 64 4 465 0.85 469 65 1 469 0.21 470 66 1 434 0.23 435 67 2 433 0.46 435 68 1 469 0.21 470 69 3 433 0.69 436 70 2 424 0.47 426 71 0 396 0.00 396 72 1 395 0.25 396 73 2 388 0.51 390 74 1 393 0.25 394 75 1 393 0.25 394 76 0 370 0.00 370 77 0 381 0.00 381 78 0 347 0.00 347 79 0 373 0.00 373 80 3 335 0.89 338 81 2 367 0.54 369 82 3 349 0.85 352 83 3 318 0.93 321 84 1 328 0.30 329 85 0 325 0.00 325 86 1 333 0.30 334 87 0 322 0.00 322 88 1 328 0.30 329 89 2 327 0.61 329 90 1 315 0.32 316 91 1 316 0.32 317 92 0 267 0.00 267 93 0 309 0.00 309 94 3 299 0.99 302 95 3 284 1.05 287 96 0 300 0.00 300 97 1 290 0.34 291 98 0 267 0.00 267 99 2 272 0.73 274 100 2 271 0.73 273 101 2 279 0.71 281 102 2 231 0.86 233 103 1 259 0.38 260 104 2 224 0.88 226 105 1 251 0.40 252 106 2 238 0.83 240 107 0 227 0.00 227 108 0 250 0.00 250 109 1 250 0.40 251 110 2 229 0.87 231 111 1 234 0.43 235 112 0 217 0.00 217 113 1 223 0.45 224 114 0 233 0.00 233 115 0 179 0.00 179 CHH context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 27 4185 0.64 4212 2 25 4173 0.60 4198 3 19 4061 0.47 4080 4 20 4001 0.50 4021 5 22 3901 0.56 3923 6 23 3915 0.58 3938 7 18 3846 0.47 3864 8 17 3932 0.43 3949 9 16 3855 0.41 3871 10 17 3978 0.43 3995 11 18 3700 0.48 3718 12 19 3807 0.50 3826 13 19 3628 0.52 3647 14 18 3635 0.49 3653 15 13 3686 0.35 3699 16 18 3483 0.51 3501 17 18 3511 0.51 3529 18 19 3396 0.56 3415 19 14 3476 0.40 3490 20 17 3443 0.49 3460 21 18 3281 0.55 3299 22 14 3240 0.43 3254 23 8 3320 0.24 3328 24 10 3117 0.32 3127 25 9 3121 0.29 3130 26 10 3089 0.32 3099 27 12 3061 0.39 3073 28 16 3044 0.52 3060 29 18 2973 0.60 2991 30 12 2939 0.41 2951 31 9 3020 0.30 3029 32 9 2904 0.31 2913 33 20 2862 0.69 2882 34 11 2741 0.40 2752 35 7 2754 0.25 2761 36 16 2715 0.59 2731 37 11 2769 0.40 2780 38 16 2655 0.60 2671 39 13 2658 0.49 2671 40 16 2591 0.61 2607 41 5 2607 0.19 2612 42 13 2535 0.51 2548 43 23 2566 0.89 2589 44 8 2473 0.32 2481 45 16 2369 0.67 2385 46 3 2423 0.12 2426 47 5 2291 0.22 2296 48 7 2329 0.30 2336 49 3 2300 0.13 2303 50 3 2317 0.13 2320 51 7 2277 0.31 2284 52 10 2278 0.44 2288 53 7 2177 0.32 2184 54 10 2191 0.45 2201 55 7 2039 0.34 2046 56 8 2119 0.38 2127 57 12 1998 0.60 2010 58 12 2149 0.56 2161 59 13 2024 0.64 2037 60 10 1977 0.50 1987 61 4 1970 0.20 1974 62 7 1888 0.37 1895 63 6 1882 0.32 1888 64 11 1854 0.59 1865 65 8 1846 0.43 1854 66 13 1807 0.71 1820 67 9 1744 0.51 1753 68 12 1762 0.68 1774 69 9 1729 0.52 1738 70 10 1733 0.57 1743 71 12 1732 0.69 1744 72 8 1734 0.46 1742 73 7 1609 0.43 1616 74 7 1564 0.45 1571 75 6 1667 0.36 1673 76 6 1536 0.39 1542 77 9 1591 0.56 1600 78 9 1490 0.60 1499 79 4 1551 0.26 1555 80 5 1499 0.33 1504 81 10 1504 0.66 1514 82 6 1538 0.39 1544 83 3 1412 0.21 1415 84 4 1480 0.27 1484 85 11 1464 0.75 1475 86 7 1369 0.51 1376 87 10 1367 0.73 1377 88 3 1442 0.21 1445 89 11 1329 0.82 1340 90 8 1296 0.61 1304 91 4 1331 0.30 1335 92 5 1338 0.37 1343 93 6 1302 0.46 1308 94 12 1250 0.95 1262 95 9 1132 0.79 1141 96 9 1219 0.73 1228 97 6 1165 0.51 1171 98 4 1168 0.34 1172 99 4 1161 0.34 1165 100 2 1152 0.17 1154 101 3 1119 0.27 1122 102 8 1097 0.72 1105 103 3 1013 0.30 1016 104 2 1019 0.20 1021 105 2 1123 0.18 1125 106 7 1037 0.67 1044 107 1 1045 0.10 1046 108 3 977 0.31 980 109 2 1020 0.20 1022 110 4 952 0.42 956 111 5 1020 0.49 1025 112 2 1018 0.20 1020 113 7 942 0.74 949 114 2 901 0.22 903 115 2 804 0.25 806