CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 124 1049 10.57 1173 2 129 1072 10.74 1201 3 137 1027 11.77 1164 4 140 1081 11.47 1221 5 114 1032 9.95 1146 6 142 1070 11.72 1212 7 154 996 13.39 1150 8 120 1061 10.16 1181 9 121 1088 10.01 1209 10 126 1089 10.37 1215 11 124 1038 10.67 1162 12 132 1028 11.38 1160 13 120 1097 9.86 1217 14 137 1071 11.34 1208 15 142 1047 11.94 1189 16 137 1088 11.18 1225 17 123 1093 10.12 1216 18 145 1083 11.81 1228 19 129 1065 10.80 1194 20 126 1040 10.81 1166 21 107 1108 8.81 1215 22 118 1047 10.13 1165 23 111 1037 9.67 1148 24 126 1127 10.06 1253 25 144 1052 12.04 1196 26 130 1056 10.96 1186 27 152 1083 12.31 1235 28 147 1142 11.40 1289 29 106 1113 8.70 1219 30 128 1087 10.53 1215 31 117 1047 10.05 1164 32 102 1050 8.85 1152 33 137 1001 12.04 1138 34 123 1059 10.41 1182 35 134 1084 11.00 1218 36 130 1048 11.04 1178 37 139 1022 11.97 1161 38 128 1092 10.49 1220 39 128 1033 11.02 1161 40 124 1016 10.88 1140 41 129 1050 10.94 1179 42 109 1020 9.65 1129 43 114 1018 10.07 1132 44 125 1069 10.47 1194 45 107 1019 9.50 1126 46 130 1007 11.43 1137 47 118 1038 10.21 1156 48 106 996 9.62 1102 49 132 1065 11.03 1197 50 125 1013 10.98 1138 51 130 953 12.00 1083 52 116 988 10.51 1104 53 125 1040 10.73 1165 54 112 967 10.38 1079 55 139 1038 11.81 1177 56 118 1042 10.17 1160 57 108 982 9.91 1090 58 122 1023 10.66 1145 59 144 1034 12.22 1178 60 126 940 11.82 1066 61 139 1033 11.86 1172 62 124 952 11.52 1076 63 100 979 9.27 1079 64 120 961 11.10 1081 65 123 984 11.11 1107 66 121 978 11.01 1099 67 106 1002 9.57 1108 68 102 960 9.60 1062 69 80 966 7.65 1046 70 123 938 11.59 1061 71 102 937 9.82 1039 72 104 932 10.04 1036 73 117 908 11.41 1025 74 115 913 11.19 1028 75 103 944 9.84 1047 76 90 938 8.75 1028 77 91 920 9.00 1011 78 99 859 10.33 958 79 97 932 9.43 1029 80 105 953 9.92 1058 81 119 906 11.61 1025 82 106 946 10.08 1052 83 105 957 9.89 1062 84 96 932 9.34 1028 85 86 894 8.78 980 86 95 949 9.10 1044 87 86 914 8.60 1000 88 109 842 11.46 951 89 90 863 9.44 953 90 84 825 9.24 909 91 104 932 10.04 1036 92 86 840 9.29 926 93 103 882 10.46 985 94 100 833 10.72 933 95 88 839 9.49 927 96 95 827 10.30 922 97 105 798 11.63 903 98 80 852 8.58 932 99 101 822 10.94 923 100 87 814 9.66 901 101 80 812 8.97 892 102 84 832 9.17 916 103 75 868 7.95 943 104 72 821 8.06 893 105 77 797 8.81 874 106 87 751 10.38 838 107 83 738 10.11 821 108 86 763 10.13 849 109 79 784 9.15 863 110 86 781 9.92 867 111 81 743 9.83 824 112 86 706 10.86 792 113 81 771 9.51 852 114 76 726 9.48 802 115 54 637 7.81 691 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 10 1529 0.65 1539 2 4 1620 0.25 1624 3 8 1547 0.51 1555 4 8 1560 0.51 1568 5 5 1615 0.31 1620 6 8 1588 0.50 1596 7 6 1544 0.39 1550 8 4 1579 0.25 1583 9 8 1593 0.50 1601 10 6 1584 0.38 1590 11 6 1553 0.38 1559 12 7 1556 0.45 1563 13 8 1599 0.50 1607 14 6 1582 0.38 1588 15 8 1652 0.48 1660 16 6 1611 0.37 1617 17 7 1593 0.44 1600 18 4 1521 0.26 1525 19 13 1644 0.78 1657 20 7 1589 0.44 1596 21 8 1569 0.51 1577 22 8 1653 0.48 1661 23 9 1627 0.55 1636 24 10 1584 0.63 1594 25 6 1597 0.37 1603 26 5 1593 0.31 1598 27 12 1576 0.76 1588 28 12 1590 0.75 1602 29 9 1655 0.54 1664 30 8 1552 0.51 1560 31 5 1616 0.31 1621 32 8 1569 0.51 1577 33 7 1504 0.46 1511 34 6 1538 0.39 1544 35 10 1613 0.62 1623 36 4 1567 0.25 1571 37 6 1608 0.37 1614 38 12 1579 0.75 1591 39 8 1537 0.52 1545 40 3 1569 0.19 1572 41 4 1593 0.25 1597 42 10 1586 0.63 1596 43 4 1576 0.25 1580 44 10 1462 0.68 1472 45 8 1551 0.51 1559 46 11 1525 0.72 1536 47 12 1527 0.78 1539 48 5 1551 0.32 1556 49 6 1509 0.40 1515 50 6 1550 0.39 1556 51 6 1491 0.40 1497 52 6 1541 0.39 1547 53 8 1481 0.54 1489 54 2 1577 0.13 1579 55 8 1510 0.53 1518 56 7 1534 0.45 1541 57 7 1528 0.46 1535 58 4 1471 0.27 1475 59 5 1539 0.32 1544 60 4 1480 0.27 1484 61 4 1432 0.28 1436 62 1 1475 0.07 1476 63 10 1438 0.69 1448 64 9 1412 0.63 1421 65 9 1470 0.61 1479 66 11 1434 0.76 1445 67 15 1470 1.01 1485 68 5 1490 0.33 1495 69 8 1518 0.52 1526 70 9 1406 0.64 1415 71 5 1482 0.34 1487 72 7 1439 0.48 1446 73 10 1402 0.71 1412 74 8 1439 0.55 1447 75 5 1418 0.35 1423 76 3 1437 0.21 1440 77 5 1338 0.37 1343 78 5 1379 0.36 1384 79 4 1391 0.29 1395 80 7 1363 0.51 1370 81 10 1394 0.71 1404 82 6 1401 0.43 1407 83 8 1301 0.61 1309 84 7 1369 0.51 1376 85 4 1390 0.29 1394 86 5 1306 0.38 1311 87 5 1283 0.39 1288 88 9 1363 0.66 1372 89 4 1293 0.31 1297 90 9 1323 0.68 1332 91 1 1236 0.08 1237 92 6 1366 0.44 1372 93 5 1242 0.40 1247 94 7 1270 0.55 1277 95 8 1238 0.64 1246 96 10 1241 0.80 1251 97 6 1219 0.49 1225 98 7 1261 0.55 1268 99 7 1242 0.56 1249 100 5 1259 0.40 1264 101 6 1209 0.49 1215 102 8 1214 0.65 1222 103 5 1159 0.43 1164 104 8 1173 0.68 1181 105 4 1205 0.33 1209 106 8 1176 0.68 1184 107 7 1166 0.60 1173 108 6 1184 0.50 1190 109 8 1129 0.70 1137 110 3 1053 0.28 1056 111 4 1103 0.36 1107 112 4 1149 0.35 1153 113 5 1080 0.46 1085 114 5 1090 0.46 1095 115 4 877 0.45 881 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 46 6355 0.72 6401 2 37 6265 0.59 6302 3 35 6182 0.56 6217 4 26 6299 0.41 6325 5 33 6094 0.54 6127 6 31 6229 0.50 6260 7 34 6286 0.54 6320 8 36 6183 0.58 6219 9 32 6021 0.53 6053 10 29 6152 0.47 6181 11 40 6151 0.65 6191 12 35 6132 0.57 6167 13 39 6225 0.62 6264 14 40 6396 0.62 6436 15 36 6105 0.59 6141 16 43 6294 0.68 6337 17 39 6281 0.62 6320 18 28 6297 0.44 6325 19 35 6249 0.56 6284 20 32 6149 0.52 6181 21 49 6162 0.79 6211 22 38 6237 0.61 6275 23 43 6094 0.70 6137 24 36 6256 0.57 6292 25 28 6092 0.46 6120 26 33 6191 0.53 6224 27 37 6167 0.60 6204 28 35 6182 0.56 6217 29 32 6128 0.52 6160 30 28 6104 0.46 6132 31 33 6343 0.52 6376 32 37 6149 0.60 6186 33 39 6142 0.63 6181 34 39 6186 0.63 6225 35 31 6128 0.50 6159 36 37 6121 0.60 6158 37 29 6190 0.47 6219 38 27 6168 0.44 6195 39 37 6136 0.60 6173 40 35 6186 0.56 6221 41 38 6045 0.62 6083 42 29 6065 0.48 6094 43 33 6130 0.54 6163 44 28 6058 0.46 6086 45 21 6032 0.35 6053 46 28 6084 0.46 6112 47 25 6175 0.40 6200 48 32 6017 0.53 6049 49 20 6044 0.33 6064 50 31 6079 0.51 6110 51 26 6092 0.42 6118 52 37 6082 0.60 6119 53 24 5905 0.40 5929 54 25 5959 0.42 5984 55 23 6008 0.38 6031 56 36 5963 0.60 5999 57 24 5956 0.40 5980 58 38 5971 0.63 6009 59 25 6071 0.41 6096 60 29 5851 0.49 5880 61 33 5811 0.56 5844 62 29 5957 0.48 5986 63 38 6049 0.62 6087 64 33 5817 0.56 5850 65 18 5892 0.30 5910 66 35 5892 0.59 5927 67 22 5842 0.38 5864 68 22 5826 0.38 5848 69 23 5752 0.40 5775 70 31 5744 0.54 5775 71 25 5681 0.44 5706 72 30 5688 0.52 5718 73 24 5783 0.41 5807 74 20 5684 0.35 5704 75 35 5686 0.61 5721 76 25 5739 0.43 5764 77 36 5682 0.63 5718 78 30 5639 0.53 5669 79 29 5789 0.50 5818 80 21 5614 0.37 5635 81 27 5550 0.48 5577 82 25 5547 0.45 5572 83 22 5531 0.40 5553 84 17 5361 0.32 5378 85 30 5595 0.53 5625 86 32 5469 0.58 5501 87 25 5475 0.45 5500 88 36 5389 0.66 5425 89 20 5372 0.37 5392 90 20 5309 0.38 5329 91 16 5233 0.30 5249 92 38 5193 0.73 5231 93 32 5304 0.60 5336 94 22 5185 0.42 5207 95 23 5201 0.44 5224 96 19 5068 0.37 5087 97 24 5210 0.46 5234 98 25 5207 0.48 5232 99 21 5085 0.41 5106 100 21 4989 0.42 5010 101 23 4990 0.46 5013 102 26 4940 0.52 4966 103 24 4919 0.49 4943 104 20 4823 0.41 4843 105 20 4785 0.42 4805 106 28 4834 0.58 4862 107 20 4835 0.41 4855 108 34 4661 0.72 4695 109 21 4624 0.45 4645 110 19 4669 0.41 4688 111 17 4633 0.37 4650 112 18 4533 0.40 4551 113 28 4614 0.60 4642 114 25 4412 0.56 4437 115 14 3841 0.36 3855 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 76 638 10.64 714 2 77 639 10.75 716 3 67 665 9.15 732 4 79 640 10.99 719 5 79 644 10.93 723 6 59 608 8.85 667 7 48 638 7.00 686 8 75 610 10.95 685 9 66 646 9.27 712 10 60 593 9.19 653 11 73 533 12.05 606 12 69 601 10.30 670 13 56 576 8.86 632 14 58 601 8.80 659 15 63 581 9.78 644 16 62 595 9.44 657 17 54 588 8.41 642 18 59 584 9.18 643 19 69 547 11.20 616 20 54 539 9.11 593 21 72 536 11.84 608 22 51 557 8.39 608 23 50 503 9.04 553 24 44 518 7.83 562 25 59 510 10.37 569 26 56 491 10.24 547 27 57 513 10.00 570 28 58 485 10.68 543 29 57 504 10.16 561 30 62 494 11.15 556 31 47 503 8.55 550 32 42 484 7.98 526 33 51 455 10.08 506 34 36 483 6.94 519 35 49 442 9.98 491 36 35 448 7.25 483 37 54 435 11.04 489 38 41 430 8.70 471 39 60 425 12.37 485 40 48 435 9.94 483 41 49 421 10.43 470 42 38 421 8.28 459 43 48 419 10.28 467 44 44 423 9.42 467 45 42 387 9.79 429 46 44 393 10.07 437 47 39 428 8.35 467 48 45 368 10.90 413 49 32 383 7.71 415 50 39 358 9.82 397 51 47 376 11.11 423 52 46 368 11.11 414 53 29 362 7.42 391 54 33 352 8.57 385 55 38 328 10.38 366 56 43 316 11.98 359 57 44 321 12.05 365 58 29 314 8.45 343 59 37 373 9.02 410 60 32 328 8.89 360 61 34 339 9.12 373 62 39 349 10.05 388 63 30 346 7.98 376 64 42 322 11.54 364 65 25 324 7.16 349 66 25 318 7.29 343 67 32 314 9.25 346 68 36 287 11.15 323 69 33 324 9.24 357 70 34 294 10.37 328 71 24 291 7.62 315 72 19 259 6.83 278 73 23 301 7.10 324 74 29 236 10.94 265 75 26 261 9.06 287 76 22 295 6.94 317 77 32 265 10.77 297 78 24 253 8.66 277 79 26 242 9.70 268 80 28 261 9.69 289 81 26 236 9.92 262 82 32 271 10.56 303 83 19 216 8.09 235 84 32 233 12.08 265 85 24 230 9.45 254 86 28 251 10.04 279 87 24 229 9.49 253 88 20 215 8.51 235 89 20 236 7.81 256 90 17 219 7.20 236 91 14 227 5.81 241 92 16 192 7.69 208 93 28 214 11.57 242 94 17 221 7.14 238 95 27 199 11.95 226 96 24 202 10.62 226 97 25 196 11.31 221 98 22 185 10.63 207 99 15 179 7.73 194 100 19 196 8.84 215 101 14 179 7.25 193 102 14 200 6.54 214 103 17 182 8.54 199 104 18 195 8.45 213 105 27 192 12.33 219 106 19 168 10.16 187 107 18 165 9.84 183 108 19 170 10.05 189 109 19 154 10.98 173 110 18 164 9.89 182 111 13 148 8.07 161 112 15 150 9.09 165 113 17 168 9.19 185 114 12 143 7.74 155 115 14 130 9.72 144 CHG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 7 1039 0.67 1046 2 5 1032 0.48 1037 3 2 971 0.21 973 4 6 1007 0.59 1013 5 2 953 0.21 955 6 5 927 0.54 932 7 8 867 0.91 875 8 3 973 0.31 976 9 1 883 0.11 884 10 4 897 0.44 901 11 4 952 0.42 956 12 2 878 0.23 880 13 2 889 0.22 891 14 5 854 0.58 859 15 3 818 0.37 821 16 4 896 0.44 900 17 3 819 0.36 822 18 6 779 0.76 785 19 10 807 1.22 817 20 5 837 0.59 842 21 3 800 0.37 803 22 3 807 0.37 810 23 1 756 0.13 757 24 6 782 0.76 788 25 3 787 0.38 790 26 3 773 0.39 776 27 5 744 0.67 749 28 2 721 0.28 723 29 3 672 0.44 675 30 2 728 0.27 730 31 2 724 0.28 726 32 4 668 0.60 672 33 4 698 0.57 702 34 3 665 0.45 668 35 2 684 0.29 686 36 2 666 0.30 668 37 3 634 0.47 637 38 2 625 0.32 627 39 6 684 0.87 690 40 2 613 0.33 615 41 3 614 0.49 617 42 2 641 0.31 643 43 3 619 0.48 622 44 5 568 0.87 573 45 3 636 0.47 639 46 4 626 0.63 630 47 2 562 0.35 564 48 5 628 0.79 633 49 4 530 0.75 534 50 1 572 0.17 573 51 3 578 0.52 581 52 1 550 0.18 551 53 2 563 0.35 565 54 2 491 0.41 493 55 1 516 0.19 517 56 2 497 0.40 499 57 3 485 0.61 488 58 1 479 0.21 480 59 1 518 0.19 519 60 2 489 0.41 491 61 2 490 0.41 492 62 0 487 0.00 487 63 1 479 0.21 480 64 2 447 0.45 449 65 2 461 0.43 463 66 4 457 0.87 461 67 2 434 0.46 436 68 3 435 0.68 438 69 3 451 0.66 454 70 2 448 0.44 450 71 3 388 0.77 391 72 3 452 0.66 455 73 3 411 0.72 414 74 1 408 0.24 409 75 2 410 0.49 412 76 2 388 0.51 390 77 1 416 0.24 417 78 3 372 0.80 375 79 1 393 0.25 394 80 4 390 1.02 394 81 0 408 0.00 408 82 1 349 0.29 350 83 3 350 0.85 353 84 3 349 0.85 352 85 4 353 1.12 357 86 4 340 1.16 344 87 3 346 0.86 349 88 1 349 0.29 350 89 2 321 0.62 323 90 0 326 0.00 326 91 4 366 1.08 370 92 3 297 1.00 300 93 2 337 0.59 339 94 4 308 1.28 312 95 2 297 0.67 299 96 1 284 0.35 285 97 0 293 0.00 293 98 1 287 0.35 288 99 0 283 0.00 283 100 1 281 0.35 282 101 1 310 0.32 311 102 1 266 0.37 267 103 0 293 0.00 293 104 1 254 0.39 255 105 3 270 1.10 273 106 0 299 0.00 299 107 0 252 0.00 252 108 1 250 0.40 251 109 0 234 0.00 234 110 0 262 0.00 262 111 2 249 0.80 251 112 1 237 0.42 238 113 0 235 0.00 235 114 1 250 0.40 251 115 3 185 1.60 188 CHH context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 21 4144 0.50 4165 2 28 4068 0.68 4096 3 15 4082 0.37 4097 4 20 3876 0.51 3896 5 25 3851 0.64 3876 6 25 3887 0.64 3912 7 13 3918 0.33 3931 8 27 3765 0.71 3792 9 20 3867 0.51 3887 10 19 3741 0.51 3760 11 12 3675 0.33 3687 12 21 3622 0.58 3643 13 14 3703 0.38 3717 14 25 3602 0.69 3627 15 19 3516 0.54 3535 16 13 3517 0.37 3530 17 19 3553 0.53 3572 18 15 3344 0.45 3359 19 12 3415 0.35 3427 20 17 3351 0.50 3368 21 20 3286 0.60 3306 22 10 3358 0.30 3368 23 19 3283 0.58 3302 24 17 3224 0.52 3241 25 15 3166 0.47 3181 26 13 3061 0.42 3074 27 12 3041 0.39 3053 28 17 3081 0.55 3098 29 19 3070 0.62 3089 30 15 2981 0.50 2996 31 8 2904 0.27 2912 32 17 2917 0.58 2934 33 9 3003 0.30 3012 34 10 2946 0.34 2956 35 20 2827 0.70 2847 36 17 2900 0.58 2917 37 8 2861 0.28 2869 38 12 2785 0.43 2797 39 16 2759 0.58 2775 40 10 2671 0.37 2681 41 7 2678 0.26 2685 42 14 2646 0.53 2660 43 8 2584 0.31 2592 44 17 2612 0.65 2629 45 8 2551 0.31 2559 46 12 2563 0.47 2575 47 8 2546 0.31 2554 48 9 2403 0.37 2412 49 17 2502 0.67 2519 50 19 2377 0.79 2396 51 13 2375 0.54 2388 52 20 2422 0.82 2442 53 13 2281 0.57 2294 54 8 2257 0.35 2265 55 9 2211 0.41 2220 56 12 2274 0.52 2286 57 6 2181 0.27 2187 58 9 2173 0.41 2182 59 11 2111 0.52 2122 60 10 2137 0.47 2147 61 11 2107 0.52 2118 62 10 2041 0.49 2051 63 4 2066 0.19 2070 64 6 1997 0.30 2003 65 5 1980 0.25 1985 66 8 1930 0.41 1938 67 5 1871 0.27 1876 68 7 1934 0.36 1941 69 6 1952 0.31 1958 70 7 1875 0.37 1882 71 6 1876 0.32 1882 72 8 1803 0.44 1811 73 6 1891 0.32 1897 74 6 1791 0.33 1797 75 7 1749 0.40 1756 76 8 1709 0.47 1717 77 9 1736 0.52 1745 78 9 1666 0.54 1675 79 6 1680 0.36 1686 80 8 1636 0.49 1644 81 6 1517 0.39 1523 82 7 1586 0.44 1593 83 9 1579 0.57 1588 84 6 1632 0.37 1638 85 1 1631 0.06 1632 86 11 1579 0.69 1590 87 2 1520 0.13 1522 88 8 1444 0.55 1452 89 6 1451 0.41 1457 90 10 1414 0.70 1424 91 7 1411 0.49 1418 92 7 1403 0.50 1410 93 7 1378 0.51 1385 94 3 1344 0.22 1347 95 5 1309 0.38 1314 96 4 1314 0.30 1318 97 5 1301 0.38 1306 98 7 1305 0.53 1312 99 2 1293 0.15 1295 100 7 1279 0.54 1286 101 7 1259 0.55 1266 102 1 1211 0.08 1212 103 5 1176 0.42 1181 104 8 1175 0.68 1183 105 11 1140 0.96 1151 106 3 1149 0.26 1152 107 6 1120 0.53 1126 108 7 1160 0.60 1167 109 4 1119 0.36 1123 110 3 1077 0.28 1080 111 6 1049 0.57 1055 112 6 1145 0.52 1151 113 4 1068 0.37 1072 114 2 1003 0.20 1005 115 4 854 0.47 858