CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 135 1180 10.27 1315 2 143 1204 10.62 1347 3 142 1131 11.15 1273 4 112 1212 8.46 1324 5 132 1115 10.59 1247 6 133 1217 9.85 1350 7 134 1155 10.40 1289 8 146 1136 11.39 1282 9 145 1133 11.35 1278 10 136 1156 10.53 1292 11 144 1172 10.94 1316 12 129 1170 9.93 1299 13 155 1139 11.98 1294 14 143 1110 11.41 1253 15 146 1182 10.99 1328 16 128 1150 10.02 1278 17 128 1059 10.78 1187 18 113 1078 9.49 1191 19 126 1201 9.50 1327 20 135 1142 10.57 1277 21 129 1179 9.86 1308 22 128 1149 10.02 1277 23 159 1115 12.48 1274 24 150 1082 12.18 1232 25 126 1092 10.34 1218 26 130 1115 10.44 1245 27 143 1070 11.79 1213 28 133 1129 10.54 1262 29 146 1101 11.71 1247 30 122 1113 9.88 1235 31 148 1171 11.22 1319 32 143 1117 11.35 1260 33 124 1102 10.11 1226 34 124 1098 10.15 1222 35 123 1085 10.18 1208 36 121 1116 9.78 1237 37 119 1081 9.92 1200 38 131 1069 10.92 1200 39 143 1103 11.48 1246 40 113 1105 9.28 1218 41 143 1092 11.58 1235 42 131 1098 10.66 1229 43 105 1104 8.68 1209 44 117 1106 9.57 1223 45 147 1134 11.48 1281 46 133 1115 10.66 1248 47 130 1052 11.00 1182 48 130 1143 10.21 1273 49 119 1077 9.95 1196 50 134 1039 11.42 1173 51 110 1073 9.30 1183 52 110 1080 9.24 1190 53 123 1103 10.03 1226 54 127 1103 10.33 1230 55 120 1068 10.10 1188 56 117 1066 9.89 1183 57 120 1012 10.60 1132 58 105 1047 9.11 1152 59 135 1059 11.31 1194 60 125 1084 10.34 1209 61 100 1059 8.63 1159 62 122 1025 10.64 1147 63 110 1030 9.65 1140 64 109 1058 9.34 1167 65 123 1038 10.59 1161 66 112 1021 9.89 1133 67 100 1035 8.81 1135 68 126 1024 10.96 1150 69 120 1011 10.61 1131 70 98 1027 8.71 1125 71 107 1026 9.44 1133 72 118 1016 10.41 1134 73 108 1045 9.37 1153 74 112 1019 9.90 1131 75 117 974 10.72 1091 76 114 978 10.44 1092 77 103 954 9.74 1057 78 110 943 10.45 1053 79 115 996 10.35 1111 80 109 952 10.27 1061 81 101 996 9.21 1097 82 86 980 8.07 1066 83 89 1001 8.17 1090 84 106 988 9.69 1094 85 111 951 10.45 1062 86 83 888 8.55 971 87 81 935 7.97 1016 88 100 885 10.15 985 89 90 986 8.36 1076 90 99 903 9.88 1002 91 93 959 8.84 1052 92 93 936 9.04 1029 93 83 886 8.57 969 94 106 910 10.43 1016 95 84 882 8.70 966 96 95 892 9.63 987 97 86 855 9.14 941 98 87 869 9.10 956 99 87 852 9.27 939 100 101 846 10.67 947 101 83 921 8.27 1004 102 94 852 9.94 946 103 83 839 9.00 922 104 92 869 9.57 961 105 84 837 9.12 921 106 89 815 9.85 904 107 89 818 9.81 907 108 78 819 8.70 897 109 87 823 9.56 910 110 70 735 8.70 805 111 85 761 10.05 846 112 82 769 9.64 851 113 86 739 10.42 825 114 64 727 8.09 791 115 64 686 8.53 750 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 9 1716 0.52 1725 2 9 1751 0.51 1760 3 11 1728 0.63 1739 4 12 1693 0.70 1705 5 10 1681 0.59 1691 6 10 1693 0.59 1703 7 16 1663 0.95 1679 8 9 1670 0.54 1679 9 7 1690 0.41 1697 10 6 1706 0.35 1712 11 9 1742 0.51 1751 12 6 1646 0.36 1652 13 12 1677 0.71 1689 14 9 1774 0.50 1783 15 9 1766 0.51 1775 16 5 1670 0.30 1675 17 5 1725 0.29 1730 18 10 1653 0.60 1663 19 9 1769 0.51 1778 20 12 1712 0.70 1724 21 8 1718 0.46 1726 22 5 1775 0.28 1780 23 13 1670 0.77 1683 24 13 1672 0.77 1685 25 4 1737 0.23 1741 26 6 1651 0.36 1657 27 13 1679 0.77 1692 28 5 1692 0.29 1697 29 5 1760 0.28 1765 30 6 1738 0.34 1744 31 11 1691 0.65 1702 32 11 1730 0.63 1741 33 4 1632 0.24 1636 34 10 1669 0.60 1679 35 5 1695 0.29 1700 36 7 1698 0.41 1705 37 6 1604 0.37 1610 38 7 1654 0.42 1661 39 10 1707 0.58 1717 40 8 1643 0.48 1651 41 5 1691 0.29 1696 42 6 1606 0.37 1612 43 6 1642 0.36 1648 44 11 1641 0.67 1652 45 8 1663 0.48 1671 46 7 1615 0.43 1622 47 7 1659 0.42 1666 48 8 1615 0.49 1623 49 9 1641 0.55 1650 50 8 1577 0.50 1585 51 7 1632 0.43 1639 52 9 1688 0.53 1697 53 10 1566 0.63 1576 54 11 1608 0.68 1619 55 8 1605 0.50 1613 56 4 1639 0.24 1643 57 8 1492 0.53 1500 58 8 1588 0.50 1596 59 7 1581 0.44 1588 60 12 1586 0.75 1598 61 8 1567 0.51 1575 62 10 1526 0.65 1536 63 10 1590 0.62 1600 64 9 1558 0.57 1567 65 11 1539 0.71 1550 66 6 1529 0.39 1535 67 5 1537 0.32 1542 68 6 1431 0.42 1437 69 11 1597 0.68 1608 70 4 1497 0.27 1501 71 6 1503 0.40 1509 72 4 1487 0.27 1491 73 11 1542 0.71 1553 74 4 1548 0.26 1552 75 5 1469 0.34 1474 76 9 1423 0.63 1432 77 7 1408 0.49 1415 78 8 1444 0.55 1452 79 8 1455 0.55 1463 80 9 1493 0.60 1502 81 4 1444 0.28 1448 82 7 1456 0.48 1463 83 6 1407 0.42 1413 84 6 1439 0.42 1445 85 7 1409 0.49 1416 86 6 1415 0.42 1421 87 5 1341 0.37 1346 88 10 1400 0.71 1410 89 6 1418 0.42 1424 90 6 1348 0.44 1354 91 3 1373 0.22 1376 92 5 1377 0.36 1382 93 2 1320 0.15 1322 94 4 1333 0.30 1337 95 3 1339 0.22 1342 96 10 1371 0.72 1381 97 8 1375 0.58 1383 98 7 1260 0.55 1267 99 7 1301 0.54 1308 100 2 1287 0.16 1289 101 8 1271 0.63 1279 102 5 1283 0.39 1288 103 6 1265 0.47 1271 104 4 1250 0.32 1254 105 4 1237 0.32 1241 106 6 1187 0.50 1193 107 6 1204 0.50 1210 108 2 1205 0.17 1207 109 5 1159 0.43 1164 110 9 1244 0.72 1253 111 8 1150 0.69 1158 112 4 1216 0.33 1220 113 6 1120 0.53 1126 114 7 1104 0.63 1111 115 2 926 0.22 928 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 33 6576 0.50 6609 2 39 6776 0.57 6815 3 36 6631 0.54 6667 4 47 6697 0.70 6744 5 42 6640 0.63 6682 6 36 6694 0.53 6730 7 42 6698 0.62 6740 8 48 6618 0.72 6666 9 37 6593 0.56 6630 10 40 6777 0.59 6817 11 34 6695 0.51 6729 12 42 6767 0.62 6809 13 35 6746 0.52 6781 14 37 6649 0.55 6686 15 40 6603 0.60 6643 16 45 6656 0.67 6701 17 33 6802 0.48 6835 18 43 6861 0.62 6904 19 46 6731 0.68 6777 20 32 6731 0.47 6763 21 37 6620 0.56 6657 22 34 6554 0.52 6588 23 35 6578 0.53 6613 24 43 6621 0.65 6664 25 32 6782 0.47 6814 26 39 6672 0.58 6711 27 45 6643 0.67 6688 28 46 6614 0.69 6660 29 51 6580 0.77 6631 30 39 6556 0.59 6595 31 33 6599 0.50 6632 32 40 6581 0.60 6621 33 51 6562 0.77 6613 34 35 6617 0.53 6652 35 41 6593 0.62 6634 36 34 6737 0.50 6771 37 32 6773 0.47 6805 38 37 6627 0.56 6664 39 44 6484 0.67 6528 40 34 6486 0.52 6520 41 27 6497 0.41 6524 42 44 6540 0.67 6584 43 29 6510 0.44 6539 44 36 6357 0.56 6393 45 36 6521 0.55 6557 46 29 6645 0.43 6674 47 42 6505 0.64 6547 48 25 6415 0.39 6440 49 27 6456 0.42 6483 50 33 6501 0.51 6534 51 39 6413 0.60 6452 52 28 6546 0.43 6574 53 32 6584 0.48 6616 54 25 6333 0.39 6358 55 19 6419 0.30 6438 56 47 6388 0.73 6435 57 34 6441 0.53 6475 58 33 6382 0.51 6415 59 38 6248 0.60 6286 60 25 6296 0.40 6321 61 26 6348 0.41 6374 62 30 6223 0.48 6253 63 36 6213 0.58 6249 64 29 6267 0.46 6296 65 28 6259 0.45 6287 66 34 6231 0.54 6265 67 26 6090 0.43 6116 68 33 6074 0.54 6107 69 26 6024 0.43 6050 70 32 6066 0.52 6098 71 38 6042 0.62 6080 72 28 6026 0.46 6054 73 38 6015 0.63 6053 74 24 6049 0.40 6073 75 24 6102 0.39 6126 76 30 6014 0.50 6044 77 32 5967 0.53 5999 78 25 5923 0.42 5948 79 31 5832 0.53 5863 80 26 5945 0.44 5971 81 17 5981 0.28 5998 82 24 5923 0.40 5947 83 30 5722 0.52 5752 84 18 5693 0.32 5711 85 26 5781 0.45 5807 86 25 5666 0.44 5691 87 26 5796 0.45 5822 88 26 5699 0.45 5725 89 26 5618 0.46 5644 90 38 5592 0.67 5630 91 29 5533 0.52 5562 92 21 5469 0.38 5490 93 25 5563 0.45 5588 94 21 5525 0.38 5546 95 25 5376 0.46 5401 96 25 5260 0.47 5285 97 23 5213 0.44 5236 98 28 5264 0.53 5292 99 27 5199 0.52 5226 100 23 5205 0.44 5228 101 25 5157 0.48 5182 102 31 5168 0.60 5199 103 24 5282 0.45 5306 104 36 5107 0.70 5143 105 24 5152 0.46 5176 106 15 5049 0.30 5064 107 24 4923 0.49 4947 108 18 4878 0.37 4896 109 20 4904 0.41 4924 110 23 4864 0.47 4887 111 18 4784 0.37 4802 112 26 4914 0.53 4940 113 32 4833 0.66 4865 114 20 4544 0.44 4564 115 22 3901 0.56 3923 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 79 687 10.31 766 2 71 681 9.44 752 3 81 670 10.79 751 4 79 704 10.09 783 5 59 694 7.84 753 6 68 654 9.42 722 7 71 676 9.50 747 8 70 649 9.74 719 9 56 652 7.91 708 10 71 644 9.93 715 11 65 639 9.23 704 12 71 625 10.20 696 13 74 631 10.50 705 14 62 578 9.69 640 15 62 635 8.90 697 16 75 615 10.87 690 17 63 540 10.45 603 18 60 533 10.12 593 19 49 587 7.70 636 20 51 589 7.97 640 21 50 555 8.26 605 22 57 583 8.91 640 23 57 558 9.27 615 24 63 532 10.59 595 25 65 584 10.02 649 26 56 542 9.36 598 27 49 509 8.78 558 28 48 516 8.51 564 29 58 461 11.18 519 30 60 480 11.11 540 31 60 503 10.66 563 32 50 484 9.36 534 33 55 470 10.48 525 34 50 465 9.71 515 35 50 451 9.98 501 36 44 407 9.76 451 37 47 414 10.20 461 38 53 476 10.02 529 39 55 447 10.96 502 40 43 432 9.05 475 41 49 453 9.76 502 42 45 448 9.13 493 43 35 434 7.46 469 44 39 376 9.40 415 45 34 399 7.85 433 46 39 363 9.70 402 47 38 399 8.70 437 48 43 404 9.62 447 49 52 404 11.40 456 50 43 399 9.73 442 51 36 370 8.87 406 52 48 374 11.37 422 53 30 340 8.11 370 54 36 349 9.35 385 55 32 354 8.29 386 56 32 352 8.33 384 57 39 355 9.90 394 58 45 319 12.36 364 59 32 348 8.42 380 60 38 318 10.67 356 61 30 365 7.59 395 62 37 320 10.36 357 63 26 326 7.39 352 64 36 301 10.68 337 65 26 301 7.95 327 66 27 312 7.96 339 67 29 293 9.01 322 68 32 287 10.03 319 69 29 311 8.53 340 70 22 283 7.21 305 71 34 301 10.15 335 72 36 288 11.11 324 73 33 307 9.71 340 74 27 261 9.38 288 75 32 269 10.63 301 76 32 240 11.76 272 77 18 269 6.27 287 78 28 259 9.76 287 79 33 284 10.41 317 80 25 249 9.12 274 81 22 222 9.02 244 82 24 261 8.42 285 83 25 255 8.93 280 84 20 217 8.44 237 85 20 246 7.52 266 86 20 252 7.35 272 87 20 215 8.51 235 88 33 243 11.96 276 89 16 203 7.31 219 90 28 181 13.40 209 91 20 186 9.71 206 92 25 211 10.59 236 93 17 196 7.98 213 94 26 205 11.26 231 95 25 210 10.64 235 96 21 214 8.94 235 97 18 169 9.63 187 98 17 197 7.94 214 99 19 183 9.41 202 100 15 198 7.04 213 101 13 197 6.19 210 102 17 199 7.87 216 103 16 183 8.04 199 104 20 198 9.17 218 105 14 158 8.14 172 106 22 176 11.11 198 107 13 161 7.47 174 108 11 187 5.56 198 109 9 162 5.26 171 110 19 138 12.10 157 111 19 151 11.18 170 112 21 152 12.14 173 113 8 168 4.55 176 114 22 125 14.97 147 115 7 120 5.51 127 CHG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 7 1045 0.67 1052 2 3 1018 0.29 1021 3 6 989 0.60 995 4 6 996 0.60 1002 5 3 945 0.32 948 6 3 914 0.33 917 7 6 1005 0.59 1011 8 2 987 0.20 989 9 7 922 0.75 929 10 9 943 0.95 952 11 7 978 0.71 985 12 3 893 0.33 896 13 1 935 0.11 936 14 3 903 0.33 906 15 6 864 0.69 870 16 1 862 0.12 863 17 4 842 0.47 846 18 3 881 0.34 884 19 4 909 0.44 913 20 6 774 0.77 780 21 2 846 0.24 848 22 5 841 0.59 846 23 4 805 0.49 809 24 2 804 0.25 806 25 9 799 1.11 808 26 3 771 0.39 774 27 6 749 0.79 755 28 5 764 0.65 769 29 1 740 0.13 741 30 5 694 0.72 699 31 3 778 0.38 781 32 0 754 0.00 754 33 2 699 0.29 701 34 5 727 0.68 732 35 3 664 0.45 667 36 4 711 0.56 715 37 3 736 0.41 739 38 4 670 0.59 674 39 3 679 0.44 682 40 2 672 0.30 674 41 5 635 0.78 640 42 3 667 0.45 670 43 2 652 0.31 654 44 2 586 0.34 588 45 5 580 0.85 585 46 4 590 0.67 594 47 1 634 0.16 635 48 1 643 0.16 644 49 2 584 0.34 586 50 3 574 0.52 577 51 5 562 0.88 567 52 2 603 0.33 605 53 5 543 0.91 548 54 2 568 0.35 570 55 1 561 0.18 562 56 4 519 0.76 523 57 5 510 0.97 515 58 5 470 1.05 475 59 1 511 0.20 512 60 2 512 0.39 514 61 1 469 0.21 470 62 3 504 0.59 507 63 0 486 0.00 486 64 2 496 0.40 498 65 5 466 1.06 471 66 2 488 0.41 490 67 2 422 0.47 424 68 3 468 0.64 471 69 3 423 0.70 426 70 3 390 0.76 393 71 4 405 0.98 409 72 3 409 0.73 412 73 4 383 1.03 387 74 4 413 0.96 417 75 2 409 0.49 411 76 3 410 0.73 413 77 2 373 0.53 375 78 0 386 0.00 386 79 0 405 0.00 405 80 0 394 0.00 394 81 2 394 0.51 396 82 2 338 0.59 340 83 0 326 0.00 326 84 3 350 0.85 353 85 4 350 1.13 354 86 2 349 0.57 351 87 2 358 0.56 360 88 1 302 0.33 303 89 1 312 0.32 313 90 0 331 0.00 331 91 1 346 0.29 347 92 1 303 0.33 304 93 3 295 1.01 298 94 2 303 0.66 305 95 0 313 0.00 313 96 2 316 0.63 318 97 0 286 0.00 286 98 0 324 0.00 324 99 1 254 0.39 255 100 1 272 0.37 273 101 2 271 0.73 273 102 0 289 0.00 289 103 1 266 0.37 267 104 0 258 0.00 258 105 3 276 1.08 279 106 0 249 0.00 249 107 0 300 0.00 300 108 2 260 0.76 262 109 1 241 0.41 242 110 2 228 0.87 230 111 0 238 0.00 238 112 1 225 0.44 226 113 2 221 0.90 223 114 1 229 0.43 230 115 1 173 0.57 174 CHH context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 30 4211 0.71 4241 2 31 4170 0.74 4201 3 20 4297 0.46 4317 4 23 4085 0.56 4108 5 27 4179 0.64 4206 6 22 4023 0.54 4045 7 21 4040 0.52 4061 8 22 3941 0.56 3963 9 21 3842 0.54 3863 10 24 3911 0.61 3935 11 24 3871 0.62 3895 12 19 3900 0.48 3919 13 23 3836 0.60 3859 14 15 3706 0.40 3721 15 19 3721 0.51 3740 16 20 3631 0.55 3651 17 18 3558 0.50 3576 18 24 3571 0.67 3595 19 16 3520 0.45 3536 20 19 3506 0.54 3525 21 18 3395 0.53 3413 22 18 3415 0.52 3433 23 20 3420 0.58 3440 24 14 3286 0.42 3300 25 9 3280 0.27 3289 26 12 3299 0.36 3311 27 13 3184 0.41 3197 28 12 3208 0.37 3220 29 16 3170 0.50 3186 30 11 3118 0.35 3129 31 12 3099 0.39 3111 32 11 2995 0.37 3006 33 17 2945 0.57 2962 34 16 2980 0.53 2996 35 13 2964 0.44 2977 36 17 2845 0.59 2862 37 12 2930 0.41 2942 38 18 2804 0.64 2822 39 18 2739 0.65 2757 40 18 2774 0.64 2792 41 20 2699 0.74 2719 42 14 2676 0.52 2690 43 11 2605 0.42 2616 44 17 2623 0.64 2640 45 8 2610 0.31 2618 46 16 2474 0.64 2490 47 17 2478 0.68 2495 48 26 2461 1.05 2487 49 16 2407 0.66 2423 50 11 2330 0.47 2341 51 11 2385 0.46 2396 52 15 2316 0.64 2331 53 15 2200 0.68 2215 54 11 2293 0.48 2304 55 5 2283 0.22 2288 56 8 2270 0.35 2278 57 12 2231 0.53 2243 58 12 2142 0.56 2154 59 9 2063 0.43 2072 60 9 2119 0.42 2128 61 6 2083 0.29 2089 62 16 2076 0.76 2092 63 11 2000 0.55 2011 64 8 2035 0.39 2043 65 7 1926 0.36 1933 66 9 1987 0.45 1996 67 12 1869 0.64 1881 68 9 1882 0.48 1891 69 7 1800 0.39 1807 70 8 1812 0.44 1820 71 4 1701 0.23 1705 72 8 1781 0.45 1789 73 5 1735 0.29 1740 74 14 1719 0.81 1733 75 4 1699 0.23 1703 76 5 1673 0.30 1678 77 7 1651 0.42 1658 78 5 1616 0.31 1621 79 4 1619 0.25 1623 80 7 1659 0.42 1666 81 6 1602 0.37 1608 82 6 1555 0.38 1561 83 8 1518 0.52 1526 84 3 1486 0.20 1489 85 11 1419 0.77 1430 86 7 1478 0.47 1485 87 12 1408 0.85 1420 88 6 1469 0.41 1475 89 4 1400 0.28 1404 90 10 1363 0.73 1373 91 11 1424 0.77 1435 92 5 1390 0.36 1395 93 3 1308 0.23 1311 94 7 1297 0.54 1304 95 7 1269 0.55 1276 96 5 1248 0.40 1253 97 4 1244 0.32 1248 98 7 1271 0.55 1278 99 7 1201 0.58 1208 100 5 1247 0.40 1252 101 4 1232 0.32 1236 102 5 1190 0.42 1195 103 6 1085 0.55 1091 104 6 1101 0.54 1107 105 2 1112 0.18 1114 106 5 1130 0.44 1135 107 0 1104 0.00 1104 108 4 1051 0.38 1055 109 5 1043 0.48 1048 110 2 999 0.20 1001 111 7 1036 0.67 1043 112 5 959 0.52 964 113 2 965 0.21 967 114 6 890 0.67 896 115 2 777 0.26 779