Path to genome folder specified as: /gscratch/srlab/sr320/data/froger/Pan_Genome/ Using 28 threads for the top and bottom strand indexing processes each, so using 56 cores in total Aligner to be used: >> Bowtie 2 << (default) Writing bisulfite genomes out into a single MFA (multi FastA) file Bismark Genome Preparation - Step I: Preparing folders Path to Bowtie 2 specified as: /gscratch/srlab/programs/bowtie2-2.3.4.1-linux-x86_64/ Bisulfite Genome Indexer version v0.21.0 (last modified: 05 Feb 2019) Created Bisulfite Genome folder /gscratch/srlab/sr320/data/froger/Pan_Genome/Bisulfite_Genome/ Created Bisulfite Genome folder /gscratch/srlab/sr320/data/froger/Pan_Genome/Bisulfite_Genome/CT_conversion/ Created Bisulfite Genome folder /gscratch/srlab/sr320/data/froger/Pan_Genome/Bisulfite_Genome/GA_conversion/ Step I - Prepare genome folders - completed Bismark Genome Preparation - Step II: Bisulfite converting reference genome conversions performed: chromosome C->T G->A scaffold1_cov55 87 81 scaffold2_cov51 174 192 scaffold3_cov83 94 103 scaffold4_cov57 25 25 scaffold5_cov26 9 9 scaffold6_cov64 1585 1450 scaffold7_cov100 94110 92077 scaffold8_cov45 87 97 scaffold9_cov118 505 474 scaffold10_cov103 2881 2724 scaffold11_cov60 56 55 scaffold12_cov67 6709 6775 scaffold13_cov99 71 66 scaffold14_cov75 1667 1615 scaffold15_cov110 1235 1191 scaffold16_cov58 73 74 scaffold17_cov151 235 240 scaffold18_cov131 295 248 scaffold19_cov103 44632 44303 scaffold20_cov103 16392 15983 scaffold21_cov102 15390 15694 scaffold22_cov58 1483 1254 scaffold23_cov79 396 205 scaffold24_cov69 56 30 scaffold25_cov26 95 168 scaffold26_cov72 115 101 scaffold27_cov99 20036 19431 scaffold28_cov97 24722 22429 scaffold29_cov54 3345 3485 scaffold30_cov55 1477 1387 scaffold31_cov74 56 35 scaffold32_cov56 2135 2136 scaffold33_cov71 85 85 scaffold34_cov62 2825 2877 scaffold35_cov60 283 224 scaffold36_cov63 29 22 scaffold37_cov67 256 244 scaffold38_cov69 129 166 scaffold39_cov76 264 256 scaffold40_cov91 258 214 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SymbC1.scaffold42069 238 197 SymbC1.scaffold42153 208 256 SymbC1.scaffold42218 294 67 SymbC1.scaffold42226 460 440 SymbC1.scaffold42258 79 101 SymbC1.scaffold42375 237 186 SymbC1.scaffold42390 250 316 SymbC1.scaffold42470 228 65 SymbC1.scaffold42486 202 233 SymbC1.scaffold42650 289 177 SymbC1.scaffold42656 162 260 SymbC1.scaffold42964 337 194 SymbC1.scaffold43056 146 271 SymbC1.scaffold43255 337 308 SymbC1.scaffold43671 208 245 SymbC1.scaffold43736 233 299 SymbC1.scaffold43766 283 255 SymbC1.scaffold43866 225 193 SymbC1.scaffold44145 422 517 SymbC1.scaffold57302 175 234 SymbC1.scaffold194011 108 107 SymbC1.scaffold237640 105 86 SymbC1.scaffold350234 69 61 SymbC1.scaffold1282 23780 24588 SymbC1.scaffold5749 12538 12863 SymbC1.scaffold15162 1616 1721 SymbC1.scaffold22076 649 618 SymbC1.scaffold23416 474 423 SymbC1.scaffold26085 472 411 Total number of conversions performed: C->T: 263869344 G->A: 263500356 Step II - Genome bisulfite conversions - completed Bismark Genome Preparation - Step III: Launching the Bowtie 2 indexer Please be aware that this process can - depending on genome size - take several hours! Preparing indexing of CT converted genome in /gscratch/srlab/sr320/data/froger/Pan_Genome/Bisulfite_Genome/CT_conversion/ Parent process: Starting to index C->T converted genome with the following command: /gscratch/srlab/programs/bowtie2-2.3.4.1-linux-x86_64/bowtie2-build -f genome_mfa.CT_conversion.fa BS_CT --threads 28 Settings: Output files: "BS_CT.*.bt2" Line rate: 6 (line is 64 bytes) Lines per side: 1 (side is 64 bytes) Offset rate: 4 (one in 16) FTable chars: 10 Strings: unpacked Max bucket size: default Max bucket size, sqrt multiplier: default Max bucket size, len divisor: 112 Difference-cover sample period: 1024 Endianness: little Actual local endianness: little Sanity checking: disabled Assertions: disabled Random seed: 0 Sizeofs: void*:8, int:4, long:8, size_t:8 Input files DNA, FASTA: genome_mfa.CT_conversion.fa Building a SMALL index Reading reference sizes Preparing indexing of GA converted genome in /gscratch/srlab/sr320/data/froger/Pan_Genome/Bisulfite_Genome/GA_conversion/ Child process: Starting to index G->A converted genome with the following command: /gscratch/srlab/programs/bowtie2-2.3.4.1-linux-x86_64/bowtie2-build -f genome_mfa.GA_conversion.fa BS_GA --threads 28 Settings: Output files: "BS_GA.*.bt2" Line rate: 6 (line is 64 bytes) Lines per side: 1 (side is 64 bytes) Offset rate: 4 (one in 16) FTable chars: 10 Strings: unpacked Max bucket size: default Max bucket size, sqrt multiplier: default Max bucket size, len divisor: 112 Difference-cover sample period: 1024 Endianness: little Actual local endianness: little Sanity checking: disabled Assertions: disabled Random seed: 0 Sizeofs: void*:8, int:4, long:8, size_t:8 Input files DNA, FASTA: genome_mfa.GA_conversion.fa Building a SMALL index Reading reference sizes Time reading reference sizes: 00:00:11 Calculating joined length Writing header Reserving space for joined string Joining reference sequences Time reading reference sizes: 00:00:10 Calculating joined length Writing header Reserving space for joined string Joining reference sequences Time to join reference sequences: 00:00:07 bmax according to bmaxDivN setting: 10969981 Using parameters --bmax 8227486 --dcv 1024 Doing ahead-of-time memory usage test Time to join reference sequences: 00:00:07 bmax according to bmaxDivN setting: 10969981 Using parameters --bmax 8227486 --dcv 1024 Doing ahead-of-time memory usage test Passed! Constructing with these parameters: --bmax 8227486 --dcv 1024 Constructing suffix-array element generator Building DifferenceCoverSample Building sPrime Passed! Constructing with these parameters: --bmax 8227486 --dcv 1024 Constructing suffix-array element generator Building DifferenceCoverSample Building sPrime Building sPrimeOrder V-Sorting samples Building sPrimeOrder V-Sorting samples V-Sorting samples time: 00:00:08 Allocating rank array Ranking v-sort output V-Sorting samples time: 00:00:11 Allocating rank array Ranking v-sort output Ranking v-sort output time: 00:00:06 Invoking Larsson-Sadakane on ranks Ranking v-sort output time: 00:00:06 Invoking Larsson-Sadakane on ranks Invoking Larsson-Sadakane on ranks time: 00:00:11 Sanity-checking and returning Building samples Reserving space for 300 sample suffixes Generating random suffixes QSorting 300 sample offsets, eliminating duplicates QSorting sample offsets, eliminating duplicates time: 00:00:00 Multikey QSorting 300 samples (Using difference cover) Multikey QSorting samples time: 00:00:00 Calculating bucket sizes Invoking Larsson-Sadakane on ranks time: 00:00:11 Sanity-checking and returning Building samples Reserving space for 300 sample suffixes Generating random suffixes QSorting 300 sample offsets, eliminating duplicates QSorting sample offsets, eliminating duplicates time: 00:00:00 Multikey QSorting 300 samples (Using difference cover) Multikey QSorting samples time: 00:00:00 Calculating bucket sizes Splitting and merging Splitting and merging time: 00:00:00 Split 39, merged 140; iterating... Splitting and merging Splitting and merging time: 00:00:00 Split 39, merged 137; iterating... Splitting and merging Splitting and merging time: 00:00:00 Split 24, merged 14; iterating... Splitting and merging Splitting and merging time: 00:00:00 Split 21, merged 18; iterating... Splitting and merging Splitting and merging time: 00:00:00 Split 9, merged 11; iterating... Splitting and merging Splitting and merging time: 00:00:00 Split 9, merged 15; iterating... Splitting and merging Splitting and merging time: 00:00:00 Split 5, merged 3; iterating... Splitting and merging Splitting and merging time: 00:00:00 Split 5, merged 3; iterating... Splitting and merging Splitting and merging time: 00:00:00 Split 3, merged 3; iterating... Avg bucket size: 5.85066e+06 (target: 8227485) Converting suffix-array elements to index image Allocating ftab, absorbFtab Entering Ebwt loop Getting block 2 of 210 Getting block 9 of 210 Getting block 1 of 210 Getting block 4 of 210 Getting block 3 of 210 Getting block 5 of 210 Getting block 6 of 210 Getting block 8 of 210 Getting block 7 of 210 Reserving size (8227486) for bucket 2 Getting block 10 of 210 Getting block 11 of 210 Getting block 12 of 210 Getting block 13 of 210 Getting block 14 of 210 Reserving size (8227486) for bucket 9 Getting block 15 of 210 Getting block 16 of 210 Reserving size (8227486) for bucket 1 Getting block 17 of 210 Reserving size (8227486) for bucket 4 Getting block 18 of 210 Reserving size (8227486) for bucket 3 Getting block 19 of 210 Getting block 20 of 210 Reserving size (8227486) for bucket 5 Getting block 21 of 210 Reserving size (8227486) for bucket 6 Getting block 22 of 210 Reserving size (8227486) for bucket 8 Reserving size (8227486) for bucket 7 Getting block 23 of 210 Getting block 24 of 210 Calculating Z arrays for bucket 2 Reserving size (8227486) for bucket 10 Reserving size (8227486) for bucket 11 Reserving size (8227486) for bucket 12 Getting block 25 of 210 Reserving size (8227486) for bucket 13 Reserving size (8227486) for bucket 14 Reserving size (8227486) for bucket 15 Reserving size (8227486) for bucket 16 Calculating Z arrays for bucket 9 Reserving size (8227486) for bucket 17 Calculating Z arrays for bucket 1 Reserving size (8227486) for bucket 18 Calculating Z arrays for bucket 4 Reserving size (8227486) for bucket 19 Reserving size (8227486) for bucket 20 Reserving size (8227486) for bucket 21 Calculating Z arrays for bucket 3 Reserving size (8227486) for bucket 22 Getting block 26 of 210 Reserving size (8227486) for bucket 23 Calculating Z arrays for bucket 5 Calculating Z arrays for bucket 6 Reserving size (8227486) for bucket 24 Entering block accumulator loop for bucket 2: Calculating Z arrays for bucket 8 Calculating Z arrays for bucket 7 Calculating Z arrays for bucket 12 Reserving size (8227486) for bucket 25 Calculating Z arrays for bucket 10 Entering block accumulator loop for bucket 1: Entering block accumulator loop for bucket 4: Calculating Z arrays for bucket 11 Reserving size (8227486) for bucket 26 Entering block accumulator loop for bucket 9: Entering block accumulator loop for bucket 3: Calculating Z arrays for bucket 21 Calculating Z arrays for bucket 14 Calculating Z arrays for bucket 13 Calculating Z arrays for bucket 18 Calculating Z arrays for bucket 17 Calculating Z arrays for bucket 16 Calculating Z arrays for bucket 23 Entering block accumulator loop for bucket 5: Entering block accumulator loop for bucket 6: Calculating Z arrays for bucket 24 Calculating Z arrays for bucket 19 Entering block accumulator loop for bucket 12: Entering block accumulator loop for bucket 11: Entering block accumulator loop for bucket 7: Entering block accumulator loop for bucket 8: Entering block accumulator loop for bucket 10: Calculating Z arrays for bucket 20 Calculating Z arrays for bucket 26 Calculating Z arrays for bucket 15 Calculating Z arrays for bucket 22 Calculating Z arrays for bucket 25 Getting block 27 of 210 Entering block accumulator loop for bucket 21: Entering block accumulator loop for bucket 14: Entering block accumulator loop for bucket 13: Entering block accumulator loop for bucket 18: Entering block accumulator loop for bucket 17: Entering block accumulator loop for bucket 16: Entering block accumulator loop for bucket 23: Entering block accumulator loop for bucket 24: Entering block accumulator loop for bucket 19: Entering block accumulator loop for bucket 20: Entering block accumulator loop for bucket 26: Entering block accumulator loop for bucket 15: Entering block accumulator loop for bucket 22: Entering block accumulator loop for bucket 25: Reserving size (8227486) for bucket 27 Calculating Z arrays for bucket 27 Entering block accumulator loop for bucket 27: bucket 17: 10% bucket 3: 10% bucket 1: 10% bucket 23: 10% bucket 4: 10% bucket 7: 10% bucket 10: 10% bucket 14: 10% bucket 13: 10% bucket 6: 10% bucket 11: 10% bucket 20: 10% bucket 18: 10% bucket 22: 10% bucket 9: 10% bucket 5: 10% bucket 26: 10% bucket 2: 10% bucket 12: 10% bucket 15: 10% bucket 19: 10% bucket 8: 10% bucket 27: 10% bucket 25: 10% bucket 16: 10% bucket 21: 10% bucket 24: 10% bucket 17: 20% bucket 3: 20% bucket 1: 20% bucket 13: 20% bucket 4: 20% bucket 14: 20% bucket 10: 20% bucket 7: 20% bucket 18: 20% bucket 23: 20% bucket 11: 20% bucket 22: 20% Splitting and merging Splitting and merging time: 00:00:00 Split 3, merged 4; iterating... Avg bucket size: 6.11263e+06 (target: 8227485) Converting suffix-array elements to index image Allocating ftab, absorbFtab bucket 5: 20% Entering Ebwt loop Getting block 1 of 201 Reserving size (8227486) for bucket 1 Getting block 2 of 201 Getting block 3 of 201 Getting block 4 of 201 Getting block 5 of 201 Getting block 6 of 201 Getting block 7 of 201 Getting block 8 of 201 Getting block 9 of 201 Getting block 10 of 201 Getting block 11 of 201 Calculating Z arrays for bucket 1 Reserving size (8227486) for bucket 2 Reserving size (8227486) for bucket 3 Reserving size (8227486) for bucket 4 Reserving size (8227486) for bucket 5 Getting block 12 of 201 Getting block 13 of 201 Getting block 14 of 201 Getting block 15 of 201 Getting block 16 of 201 Reserving size (8227486) for bucket 6 Reserving size (8227486) for bucket 7 Reserving size (8227486) for bucket 8 Getting block 17 of 201 Getting block 18 of 201 Reserving size (8227486) for bucket 9 Reserving size (8227486) for bucket 10 Getting block 19 of 201 Getting block 20 of 201 Getting block 21 of 201 Reserving size (8227486) for bucket 11 Getting block 22 of 201 Entering block accumulator loop for bucket 1: Getting block 23 of 201 Calculating Z arrays for bucket 2 Reserving size (8227486) for bucket 12 Reserving size (8227486) for bucket 13 Reserving size (8227486) for bucket 14 Reserving size (8227486) for bucket 15 Reserving size (8227486) for bucket 16 Getting block 24 of 201 Calculating Z arrays for bucket 5 Calculating Z arrays for bucket 4 Calculating Z arrays for bucket 3 Calculating Z arrays for bucket 8 Calculating Z arrays for bucket 6 Calculating Z arrays for bucket 7 Reserving size (8227486) for bucket 17 Reserving size (8227486) for bucket 18 Reserving size (8227486) for bucket 19 Reserving size (8227486) for bucket 20 Calculating Z arrays for bucket 9 Reserving size (8227486) for bucket 21 Calculating Z arrays for bucket 10 Reserving size (8227486) for bucket 22 Reserving size (8227486) for bucket 23 Getting block 25 of 201 Entering block accumulator loop for bucket 2: Calculating Z arrays for bucket 11 Calculating Z arrays for bucket 12 Calculating Z arrays for bucket 13 Reserving size (8227486) for bucket 24 Entering block accumulator loop for bucket 5: Entering block accumulator loop for bucket 4: Entering block accumulator loop for bucket 3: Entering block accumulator loop for bucket 8: Calculating Z arrays for bucket 16 Calculating Z arrays for bucket 15 Calculating Z arrays for bucket 14 Entering block accumulator loop for bucket 6: Entering block accumulator loop for bucket 7: Calculating Z arrays for bucket 17 Entering block accumulator loop for bucket 10: Reserving size (8227486) for bucket 25 Entering block accumulator loop for bucket 9: Entering block accumulator loop for bucket 11: Calculating Z arrays for bucket 21 Calculating Z arrays for bucket 20 Calculating Z arrays for bucket 22 Getting block 26 of 201 Calculating Z arrays for bucket 18 Entering block accumulator loop for bucket 12: Calculating Z arrays for bucket 19 Getting block 27 of 201 Entering block accumulator loop for bucket 13: Entering block accumulator loop for bucket 16: Entering block accumulator loop for bucket 17: Calculating Z arrays for bucket 24 Entering block accumulator loop for bucket 15: Entering block accumulator loop for bucket 14: Entering block accumulator loop for bucket 21: Entering block accumulator loop for bucket 20: Reserving size (8227486) for bucket 26 Entering block accumulator loop for bucket 22: Calculating Z arrays for bucket 25 Entering block accumulator loop for bucket 18: Reserving size (8227486) for bucket 27 Entering block accumulator loop for bucket 19: Calculating Z arrays for bucket 23 Entering block accumulator loop for bucket 24: Entering block accumulator loop for bucket 25: bucket 19: 20% Calculating Z arrays for bucket 26 Calculating Z arrays for bucket 27 Entering block accumulator loop for bucket 23: Entering block accumulator loop for bucket 26: Entering block accumulator loop for bucket 27: bucket 6: 20% bucket 20: 20% bucket 25: 20% bucket 1: 30% bucket 12: 20% bucket 24: 20% bucket 2: 20% bucket 9: 20% bucket 8: 20% bucket 15: 20% bucket 26: 20% bucket 16: 20% bucket 21: 20% bucket 3: 30% bucket 27: 20% bucket 13: 30% bucket 17: 30% bucket 4: 30% bucket 10: 30% bucket 14: 30% bucket 8: 10% bucket 5: 30% bucket 1: 10% bucket 6: 30% bucket 7: 30% bucket 2: 10% bucket 18: 30% bucket 3: 10% bucket 5: 10% bucket 11: 30% bucket 23: 30% bucket 4: 10% bucket 9: 10% bucket 6: 10% bucket 26: 10% bucket 7: 10% bucket 10: 10% bucket 17: 10% bucket 12: 10% bucket 19: 10% bucket 22: 30% bucket 14: 10% bucket 16: 10% bucket 15: 10% bucket 22: 10% bucket 20: 10% bucket 11: 10% bucket 18: 10% bucket 13: 10% bucket 21: 10% bucket 24: 10% bucket 1: 40% bucket 23: 10% bucket 19: 30% bucket 25: 10% bucket 27: 10% bucket 25: 30% bucket 12: 30% bucket 20: 30% bucket 2: 30% bucket 24: 30% bucket 9: 30% bucket 8: 30% bucket 8: 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sz: 307159486 bwtSz: 307159486 lineRate: 6 offRate: 4 offMask: 0xfffffff0 ftabChars: 10 eftabLen: 20 eftabSz: 80 ftabLen: 1048577 ftabSz: 4194308 offsLen: 76789872 offsSz: 307159488 lineSz: 64 sideSz: 64 sideBwtSz: 48 sideBwtLen: 192 numSides: 6399156 numLines: 6399156 ebwtTotLen: 409545984 ebwtTotSz: 409545984 color: 0 reverse: 0 Total time for call to driver() for forward index: 00:06:24 Reading reference sizes bucket 181: 10% bucket 182: 10% Sorting block time: 00:00:02 Returning block of 6423233 for bucket 161 bucket 183: 10% bucket 174: 50% bucket 179: 20% bucket 184: 10% Getting block 187 of 210 Reserving size (8227486) for bucket 187 Calculating Z arrays for bucket 187 Entering block accumulator loop for bucket 187: bucket 170: 60% bucket 176: 30% Sorting block time: 00:00:03 Returning block of 7279445 for bucket 158 bucket 162: 100% Sorting block of length 2436032 for bucket 162 (Using difference cover) bucket 171: 60% bucket 167: 70% bucket 165: 80% Getting block 188 of 210 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Sorting block time: 00:00:02 Returning block of 7480639 for bucket 208 Sorting block time: 00:00:02 Returning block of 8117927 for bucket 207 Splitting and merging Splitting and merging time: 00:00:00 Split 8, merged 9; iterating... Splitting and merging Splitting and merging time: 00:00:00 Split 2, merged 5; iterating... 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accumulator loop for bucket 10: Entering block accumulator loop for bucket 11: Entering block accumulator loop for bucket 12: Calculating Z arrays for bucket 20 Entering block accumulator loop for bucket 13: Entering block accumulator loop for bucket 15: Entering block accumulator loop for bucket 16: Calculating Z arrays for bucket 21 Calculating Z arrays for bucket 22 Calculating Z arrays for bucket 23 Calculating Z arrays for bucket 25 Entering block accumulator loop for bucket 24: Calculating Z arrays for bucket 26 Entering block accumulator loop for bucket 17: Entering block accumulator loop for bucket 18: Calculating Z arrays for bucket 27 Entering block accumulator loop for bucket 19: Entering block accumulator loop for bucket 20: Entering block accumulator loop for bucket 21: Entering block accumulator loop for bucket 22: Entering block accumulator loop for bucket 25: Entering block accumulator loop for bucket 23: Entering block accumulator loop for bucket 26: Entering block accumulator loop for bucket 27: bucket 1: 10% bucket 2: 10% bucket 3: 10% bucket 5: 10% bucket 4: 10% bucket 9: 10% bucket 6: 10% bucket 8: 10% bucket 12: 10% bucket 14: 10% bucket 11: 10% bucket 7: 10% bucket 13: 10% bucket 24: 10% bucket 10: 10% bucket 16: 10% bucket 15: 10% bucket 19: 10% bucket 17: 10% bucket 18: 10% bucket 21: 10% bucket 22: 10% bucket 26: 10% bucket 20: 10% bucket 23: 10% bucket 27: 10% bucket 25: 10% bucket 1: 20% bucket 2: 20% bucket 3: 20% bucket 5: 20% bucket 4: 20% bucket 6: 20% bucket 9: 20% bucket 8: 20% bucket 12: 20% bucket 14: 20% bucket 11: 20% bucket 7: 20% bucket 10: 20% bucket 13: 20% bucket 16: 20% bucket 19: 20% bucket 15: 20% bucket 17: 20% bucket 18: 20% bucket 21: 20% bucket 24: 20% bucket 22: 20% bucket 26: 20% bucket 20: 20% bucket 23: 20% bucket 27: 20% bucket 25: 20% bucket 1: 30% bucket 2: 30% bucket 3: 30% bucket 5: 30% bucket 4: 30% bucket 6: 30% bucket 8: 30% bucket 12: 30% bucket 9: 30% bucket 14: 30% bucket 11: 30% bucket 7: 30% bucket 10: 30% bucket 16: 30% bucket 13: 30% bucket 19: 30% bucket 15: 30% bucket 17: 30% bucket 18: 30% bucket 21: 30% bucket 22: 30% bucket 24: 30% bucket 26: 30% bucket 20: 30% bucket 23: 30% bucket 27: 30% bucket 25: 30% bucket 1: 40% bucket 2: 40% bucket 3: 40% bucket 5: 40% bucket 4: 40% bucket 6: 40% bucket 8: 40% bucket 12: 40% bucket 9: 40% bucket 14: 40% bucket 11: 40% bucket 7: 40% bucket 10: 40% bucket 16: 40% bucket 13: 40% bucket 19: 40% bucket 17: 40% bucket 15: 40% bucket 18: 40% bucket 21: 40% bucket 1: 50% bucket 2: 50% bucket 22: 40% bucket 26: 40% bucket 24: 40% bucket 20: 40% bucket 23: 40% bucket 3: 50% bucket 25: 40% bucket 27: 40% bucket 5: 50% bucket 4: 50% bucket 6: 50% bucket 8: 50% bucket 12: 50% bucket 9: 50% bucket 14: 50% bucket 11: 50% bucket 7: 50% bucket 10: 50% bucket 16: 50% bucket 13: 50% bucket 1: 60% bucket 19: 50% bucket 2: 60% bucket 15: 50% bucket 17: 50% bucket 18: 50% bucket 21: 50% bucket 22: 50% bucket 3: 60% bucket 5: 60% bucket 26: 50% 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difference cover) Sorting block time: 00:00:02 Returning block of 5147294 for bucket 2 bucket 27: 90% bucket 13: 100% Sorting block of length 7836567 for bucket 13 (Using difference cover) Getting block 29 of 208 Reserving size (8227486) for bucket 29 Calculating Z arrays for bucket 29 Entering block accumulator loop for bucket 29: bucket 19: 100% Sorting block of length 3041460 for bucket 19 (Using difference cover) Sorting block time: 00:00:01 Returning block of 3750612 for bucket 5 bucket 17: 100% Sorting block of length 5771072 for bucket 17 (Using difference cover) Sorting block time: 00:00:01 Returning block of 4723158 for bucket 3 Getting block 30 of 208 Reserving size (8227486) for bucket 30 Calculating Z arrays for bucket 30 Entering block accumulator loop for bucket 30: bucket 18: 100% Sorting block of length 6245499 for bucket 18 (Using difference cover) bucket 15: 100% Sorting block of length 7571622 for bucket 15 (Using difference cover) bucket 21: 100% Sorting block of 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loop for bucket 41: Sorting block time: 00:00:02 Returning block of 5771073 for bucket 17 bucket 32: 10% Sorting block time: 00:00:02 Returning block of 7603323 for bucket 10 bucket 28: 20% Getting block 42 of 208 Reserving size (8227486) for bucket 42 Calculating Z arrays for bucket 42 Entering block accumulator loop for bucket 42: Sorting block time: 00:00:03 Returning block of 7847057 for bucket 7 Sorting block time: 00:00:02 Returning block of 4764064 for bucket 23 bucket 33: 10% Getting block 43 of 208 Reserving size (8227486) for bucket 43 Calculating Z arrays for bucket 43 Entering block accumulator loop for bucket 43: Sorting block time: 00:00:03 Returning block of 6245500 for bucket 18 bucket 29: 20% bucket 34: 10% Getting block 44 of 208 Reserving size (8227486) for bucket 44 Calculating Z arrays for bucket 44 Entering block accumulator loop for bucket 44: Getting block 45 of 208 Reserving size (8227486) for bucket 45 Calculating Z arrays for bucket 45 Entering block accumulator loop for bucket 45: Getting block 46 of 208 Reserving size (8227486) for bucket 46 Calculating Z arrays for bucket 46 Entering block accumulator loop for bucket 46: bucket 30: 20% bucket 35: 10% bucket 36: 10% bucket 37: 10% Sorting block time: 00:00:03 Returning block of 7836568 for bucket 13 bucket 31: 20% Sorting block time: 00:00:03 Returning block of 8134185 for bucket 21 bucket 38: 10% bucket 39: 10% Getting block 47 of 208 Reserving size (8227486) for bucket 47 Calculating Z arrays for bucket 47 Entering block accumulator loop for bucket 47: bucket 40: 10% Sorting block time: 00:00:02 Returning block of 6944224 for bucket 22 Getting block 48 of 208 Reserving size (8227486) for bucket 48 Calculating Z arrays for bucket 48 Entering block accumulator loop for bucket 48: bucket 41: 10% Sorting block time: 00:00:02 Returning block of 7140555 for bucket 20 Sorting block time: 00:00:04 Returning block of 7571623 for bucket 15 Getting block 49 of 208 Reserving size (8227486) 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size (8227486) for bucket 58 Calculating Z arrays for bucket 58 Entering block accumulator loop for bucket 58: bucket 40: 100% Sorting block of length 3350911 for bucket 40 (Using difference cover) Sorting block time: 00:00:02 Returning block of 6203379 for bucket 30 bucket 51: 80% bucket 52: 80% Getting block 59 of 208 Reserving size (8227486) for bucket 59 Calculating Z arrays for bucket 59 Entering block accumulator loop for bucket 59: bucket 45: 90% bucket 41: 100% Sorting block of length 5340581 for bucket 41 (Using difference cover) bucket 53: 80% bucket 49: 90% Sorting block time: 00:00:02 Returning block of 5680952 for bucket 34 Sorting block time: 00:00:02 Returning block of 6647313 for bucket 33 bucket 48: 90% bucket 46: 90% Getting block 60 of 208 Reserving size (8227486) for bucket 60 Calculating Z arrays for bucket 60 Entering block accumulator loop for bucket 60: bucket 43: 100% Sorting block of length 4156933 for bucket 43 (Using difference cover) Sorting block time: 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block accumulator loop for bucket 64: Sorting block time: 00:00:02 Returning block of 6056112 for bucket 38 bucket 58: 10% bucket 51: 90% bucket 52: 90% bucket 59: 10% bucket 45: 100% Sorting block of length 6836376 for bucket 45 (Using difference cover) Getting block 65 of 208 Reserving size (8227486) for bucket 65 Calculating Z arrays for bucket 65 Entering block accumulator loop for bucket 65: Sorting block time: 00:00:03 Returning block of 6649402 for bucket 32 bucket 49: 100% Sorting block of length 4183393 for bucket 49 (Using difference cover) Sorting block time: 00:00:02 Returning block of 6712584 for bucket 39 bucket 53: 90% Getting block 66 of 208 Reserving size (8227486) for bucket 66 Calculating Z arrays for bucket 66 Entering block accumulator loop for bucket 66: bucket 48: 100% Sorting block of length 7746398 for bucket 48 (Using difference cover) Getting block 67 of 208 Reserving size (8227486) for bucket 67 Calculating Z arrays for bucket 67 Entering block accumulator 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bucket 175 Calculating Z arrays for bucket 175 Entering block accumulator loop for bucket 175: bucket 160: 80% Getting block 176 of 208 Reserving size (8227486) for bucket 176 Calculating Z arrays for bucket 176 Entering block accumulator loop for bucket 176: Sorting block time: 00:00:02 Returning block of 6954837 for bucket 144 bucket 152: 100% Sorting block of length 6054171 for bucket 152 (Using difference cover) bucket 159: 90% bucket 170: 10% bucket 154: 100% Sorting block of length 6570095 for bucket 154 (Using difference cover) bucket 166: 20% bucket 156: 100% Sorting block of length 4564020 for bucket 156 (Using difference cover) bucket 161: 70% Getting block 177 of 208 Reserving size (8227486) for bucket 177 Calculating Z arrays for bucket 177 Entering block accumulator loop for bucket 177: bucket 167: 20% bucket 158: 90% bucket 157: 90% bucket 171: 10% bucket 162: 70% Sorting block time: 00:00:02 Returning block of 7297156 for bucket 151 bucket 163: 40% Getting block 178 of 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QSorting 300 samples (Using difference cover) Multikey QSorting samples time: 00:00:00 Calculating bucket sizes bucket 178: 30% bucket 174: 40% bucket 165: 60% bucket 168: 50% bucket 173: 40% bucket 172: 40% bucket 187: 10% bucket 166: 60% bucket 179: 30% bucket 175: 40% bucket 184: 20% bucket 185: 20% bucket 170: 50% bucket 167: 60% bucket 177: 40% bucket 180: 30% bucket 176: 40% bucket 181: 30% bucket 183: 30% Sorting block time: 00:00:02 Returning block of 3658650 for bucket 162 bucket 163: 80% bucket 169: 50% Sorting block time: 00:00:04 Returning block of 6645391 for bucket 161 Getting block 188 of 208 Reserving size (8227486) for bucket 188 Calculating Z arrays for bucket 188 Entering block accumulator loop for bucket 188: bucket 182: 30% bucket 186: 20% Getting block 189 of 208 Reserving size (8227486) for bucket 189 Calculating Z arrays for bucket 189 Entering block accumulator loop for bucket 189: bucket 171: 50% bucket 164: 70% bucket 174: 50% bucket 178: 40% bucket 165: 70% 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bucket 167 (Using difference cover) bucket 166: 100% Sorting block of length 7751248 for bucket 166 (Using difference cover) bucket 183: 70% bucket 184: 60% bucket 175: 80% bucket 180: 70% bucket 186: 60% bucket 170: 90% bucket 177: 80% Sorting block time: 00:00:01 Returning block of 1345061 for bucket 167 Getting block 191 of 208 Reserving size (8227486) for bucket 191 Calculating Z arrays for bucket 191 Entering block accumulator loop for bucket 191: bucket 182: 70% bucket 188: 40% Sorting block time: 00:00:03 Returning block of 5836464 for bucket 164 Getting block 192 of 208 Reserving size (8227486) for bucket 192 Calculating Z arrays for bucket 192 Entering block accumulator loop for bucket 192: bucket 178: 80% bucket 189: 40% bucket 190: 10% bucket 173: 90% bucket 174: 90% bucket 171: 90% bucket 169: 90% bucket 168: 100% Sorting block of length 7588470 for bucket 168 (Using difference cover) bucket 185: 70% bucket 170: 100% Sorting block of length 5378738 for bucket 170 (Using difference cover) bucket 172: 90% bucket 183: 80% bucket 186: 70% bucket 187: 60% Sorting block time: 00:00:03 Returning block of 7751249 for bucket 166 bucket 191: 10% bucket 176: 90% bucket 181: 80% Sorting block time: 00:00:04 Returning block of 7875983 for bucket 165 bucket 179: 80% bucket 177: 90% Getting block 193 of 208 Reserving size (8227486) for bucket 193 Calculating Z arrays for bucket 193 Entering block accumulator loop for bucket 193: bucket 188: 50% bucket 175: 90% Getting block 194 of 208 Reserving size (8227486) for bucket 194 Calculating Z arrays for bucket 194 Entering block accumulator loop for bucket 194: bucket 180: 80% bucket 184: 70% bucket 182: 80% Splitting and merging Splitting and merging time: 00:00:00 Split 25, merged 23; iterating... bucket 192: 10% bucket 189: 50% bucket 190: 20% bucket 178: 90% bucket 173: 100% Sorting block of length 5178978 for bucket 173 (Using difference cover) bucket 174: 100% Sorting block of length 5219930 for bucket 174 (Using 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Avg bucket size: 6.0524e+06 (target: 8227485) Converting suffix-array elements to index image Allocating ftab, absorbFtab Entering Ebwt loop Getting block 1 of 203 Reserving size (8227486) for bucket 1 Getting block 2 of 203 Getting block 3 of 203 Getting block 5 of 203 Getting block 4 of 203 Getting block 6 of 203 Getting block 7 of 203 Getting block 8 of 203 Reserving size (8227486) for bucket 2 Reserving size (8227486) for bucket 3 Getting block 9 of 203 Getting block 10 of 203 Getting block 11 of 203 Getting block 12 of 203 Getting block 13 of 203 Getting block 14 of 203 Getting block 15 of 203 Getting block 16 of 203 Getting block 17 of 203 Getting block 18 of 203 Getting block 19 of 203 Getting block 20 of 203 Getting block 21 of 203 Getting block 22 of 203 Getting block 23 of 203 Getting block 24 of 203 Getting block 25 of 203 Getting block 26 of 203 Calculating Z arrays for bucket 1 Getting block 27 of 203 Reserving size (8227486) for bucket 5 Reserving size (8227486) for 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2818283 for bucket 6 Getting block 29 of 203 Reserving size (8227486) for bucket 29 Calculating Z arrays for bucket 29 Entering block accumulator loop for bucket 29: bucket 23: 100% Sorting block of length 4979242 for bucket 23 (Using difference cover) bucket 26: 100% Sorting block of length 6879926 for bucket 26 (Using difference cover) bucket 22: 100% Sorting block of length 6775425 for bucket 22 (Using difference cover) Sorting block time: 00:00:02 Returning block of 6994950 for bucket 8 bucket 20: 100% Sorting block of length 6580328 for bucket 20 (Using difference cover) Sorting block time: 00:00:01 Returning block of 3315557 for bucket 9 bucket 19: 100% Sorting block of length 8018118 for bucket 19 (Using difference cover) Sorting block time: 00:00:01 Returning block of 3496488 for bucket 4 Getting block 30 of 203 Reserving size (8227486) for bucket 30 Calculating Z arrays for bucket 30 Entering block accumulator loop for bucket 30: Getting block 31 of 203 Reserving size 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fchr[G]: 350759832 fchr[T]: 614260188 fchr[$]: 1228637943 Getting block 39 of 203 Reserving size (8227486) for bucket 39 Calculating Z arrays for bucket 39 Entering block accumulator loop for bucket 39: Sorting block time: 00:00:03 Returning block of 5624817 for bucket 16 Exiting Ebwt::buildToDisk() Getting block 40 of 203 Reserving size (8227486) for bucket 40 Calculating Z arrays for bucket 40 Entering block accumulator loop for bucket 40: Sorting block time: 00:00:03 Returning block of 6476036 for bucket 13 Sorting block time: 00:00:03 Returning block of 6372687 for bucket 10 Getting block 41 of 203 Reserving size (8227486) for bucket 41 Calculating Z arrays for bucket 41 Entering block accumulator loop for bucket 41: Sorting block time: 00:00:02 Returning block of 4979243 for bucket 23 Getting block 42 of 203 Reserving size (8227486) for bucket 42 Calculating Z arrays for bucket 42 Entering block accumulator loop for bucket 42: Sorting block time: 00:00:02 Returning block of 6521388 for bucket 14 Getting block 43 of 203 Reserving size (8227486) for bucket 43 Calculating Z arrays for bucket 43 Entering block accumulator loop for bucket 43: Getting block 44 of 203 Reserving size (8227486) for bucket 44 Calculating Z arrays for bucket 44 Entering block accumulator loop for bucket 44: Sorting block time: 00:00:03 Returning block of 7093523 for bucket 3 bucket 29: 10% Getting block 45 of 203 Reserving size (8227486) for bucket 45 Calculating Z arrays for bucket 45 Entering block accumulator loop for bucket 45: Getting block 46 of 203 Reserving size (8227486) for bucket 46 Calculating Z arrays for bucket 46 Entering block accumulator loop for bucket 46: Returning from initFromVector Wrote 427710369 bytes to primary EBWT file: BS_CT.rev.1.bt2 Wrote 307159492 bytes to secondary EBWT file: BS_CT.rev.2.bt2 Re-opening _in1 and _in2 as input streams Returning from Ebwt constructor Headers: len: 1228637943 bwtLen: 1228637944 sz: 307159486 bwtSz: 307159486 lineRate: 6 offRate: 4 offMask: 0xfffffff0 ftabChars: 10 eftabLen: 20 eftabSz: 80 ftabLen: 1048577 ftabSz: 4194308 offsLen: 76789872 offsSz: 307159488 lineSz: 64 sideSz: 64 sideBwtSz: 48 sideBwtLen: 192 numSides: 6399156 numLines: 6399156 ebwtTotLen: 409545984 ebwtTotSz: 409545984 color: 0 reverse: 1 Total time for backward call to driver() for mirror index: 00:04:26 Sorting block time: 00:00:02 Returning block of 4804140 for bucket 27 Getting block 47 of 203 Reserving size (8227486) for bucket 47 Calculating Z arrays for bucket 47 Entering block accumulator loop for bucket 47: Sorting block time: 00:00:03 Returning block of 6580329 for bucket 20 Sorting block time: 00:00:03 Returning block of 8081987 for bucket 25 Sorting block time: 00:00:03 Returning block of 6879927 for bucket 26 Sorting block time: 00:00:03 Returning block of 6775426 for bucket 22 Getting block 48 of 203 Reserving size (8227486) for bucket 48 Calculating Z arrays for bucket 48 Entering block accumulator loop for bucket 48: bucket 31: 10% bucket 32: 10% bucket 30: 10% bucket 28: 20% Getting block 49 of 203 Reserving size (8227486) for bucket 49 Calculating Z arrays for bucket 49 Entering block accumulator loop for bucket 49: Getting block 50 of 203 Reserving size (8227486) for bucket 50 Calculating Z arrays for bucket 50 Entering block accumulator loop for bucket 50: Getting block 51 of 203 Reserving size (8227486) for bucket 51 Calculating Z arrays for bucket 51 Entering block accumulator loop for bucket 51: Sorting block time: 00:00:03 Returning block of 8018119 for bucket 19 bucket 34: 10% Getting block 52 of 203 Reserving size (8227486) for bucket 52 Calculating Z arrays for bucket 52 Entering block accumulator loop for bucket 52: Sorting block time: 00:00:03 Returning block of 8023071 for bucket 18 Getting block 53 of 203 Reserving size (8227486) for bucket 53 Calculating Z arrays for bucket 53 Entering block accumulator loop for bucket 53: Sorting block time: 00:00:03 Returning block of 8170672 for bucket 21 Getting block 54 of 203 Reserving size (8227486) for bucket 54 Calculating Z arrays for bucket 54 Entering block accumulator loop for bucket 54: bucket 33: 10% bucket 35: 10% bucket 38: 10% bucket 37: 10% bucket 36: 10% bucket 39: 10% bucket 44: 10% bucket 42: 10% bucket 43: 10% bucket 29: 20% bucket 46: 10% bucket 40: 10% bucket 30: 20% bucket 41: 10% bucket 28: 30% bucket 50: 10% bucket 51: 10% bucket 33: 20% bucket 45: 10% bucket 31: 20% bucket 47: 10% bucket 35: 20% bucket 32: 20% bucket 48: 10% bucket 38: 20% bucket 42: 20% bucket 37: 20% bucket 39: 20% bucket 44: 20% bucket 43: 20% bucket 29: 30% bucket 49: 10% bucket 46: 20% bucket 34: 20% bucket 30: 30% bucket 28: 40% bucket 52: 10% bucket 50: 20% bucket 51: 20% bucket 33: 30% bucket 54: 10% bucket 53: 10% bucket 35: 30% bucket 42: 30% bucket 38: 30% bucket 37: 30% bucket 39: 30% bucket 44: 30% bucket 29: 40% bucket 43: 30% bucket 36: 20% bucket 46: 30% bucket 30: 40% bucket 41: 20% bucket 28: 50% bucket 40: 20% bucket 50: 30% bucket 33: 40% bucket 51: 30% bucket 35: 40% bucket 31: 30% bucket 45: 20% bucket 32: 30% bucket 42: 40% bucket 47: 20% bucket 38: 40% bucket 29: 50% bucket 39: 40% bucket 37: 40% bucket 44: 40% bucket 43: 40% bucket 48: 20% bucket 30: 50% bucket 46: 40% bucket 28: 60% bucket 34: 30% bucket 49: 20% bucket 50: 40% bucket 52: 20% bucket 33: 50% bucket 51: 40% bucket 35: 50% bucket 54: 20% bucket 53: 20% bucket 42: 50% bucket 38: 50% bucket 29: 60% bucket 39: 50% bucket 37: 50% bucket 36: 30% bucket 44: 50% bucket 43: 50% bucket 30: 60% bucket 41: 30% bucket 28: 70% bucket 46: 50% bucket 40: 30% bucket 33: 60% bucket 50: 50% bucket 31: 40% bucket 35: 60% bucket 51: 50% bucket 45: 30% bucket 32: 40% bucket 42: 60% bucket 29: 70% bucket 38: 60% bucket 39: 60% bucket 47: 30% bucket 30: 70% bucket 43: 60% bucket 44: 60% bucket 37: 60% bucket 48: 30% bucket 34: 40% bucket 28: 80% bucket 46: 60% bucket 49: 30% bucket 52: 30% bucket 33: 70% bucket 50: 60% bucket 35: 70% bucket 54: 30% bucket 51: 60% bucket 42: 70% bucket 29: 80% bucket 53: 30% bucket 38: 70% bucket 39: 70% bucket 30: 80% bucket 36: 40% bucket 41: 40% bucket 43: 70% bucket 44: 70% bucket 37: 70% bucket 28: 90% bucket 40: 40% bucket 46: 70% bucket 31: 50% bucket 33: 80% bucket 50: 70% bucket 32: 50% bucket 35: 80% bucket 45: 40% bucket 42: 80% bucket 51: 70% bucket 34: 50% bucket 47: 40% bucket 29: 90% bucket 48: 40% bucket 30: 90% bucket 38: 80% bucket 39: 80% bucket 44: 80% bucket 37: 80% bucket 43: 80% bucket 28: 100% Sorting block of length 5660897 for bucket 28 (Using difference cover) bucket 49: 40% bucket 46: 80% bucket 52: 40% bucket 33: 90% bucket 35: 90% bucket 50: 80% Sorting block time: 00:00:02 Returning block of 5660898 for bucket 28 Getting block 55 of 203 Reserving size (8227486) for bucket 55 Calculating Z arrays for bucket 55 Entering block accumulator loop for bucket 55: bucket 54: 40% bucket 42: 90% bucket 51: 80% bucket 29: 100% Sorting block of length 7980703 for bucket 29 (Using difference cover) bucket 41: 50% bucket 30: 100% Sorting block of length 3490086 for bucket 30 (Using difference cover) bucket 36: 50% bucket 38: 90% bucket 53: 40% bucket 39: 90% bucket 44: 90% bucket 31: 60% bucket 37: 90% bucket 43: 90% bucket 40: 50% Sorting block time: 00:00:01 Returning block of 3490087 for bucket 30 bucket 46: 90% Getting block 56 of 203 Reserving size (8227486) for bucket 56 Calculating Z arrays for bucket 56 Entering block accumulator loop for bucket 56: bucket 32: 60% bucket 33: 100% Sorting block of length 6736175 for bucket 33 (Using difference cover) bucket 35: 100% Sorting block of length 6623870 for bucket 35 (Using difference cover) bucket 45: 50% bucket 50: 90% Sorting block time: 00:00:02 Returning block of 7980704 for bucket 29 bucket 55: 10% Getting block 57 of 203 Reserving size (8227486) for bucket 57 Calculating Z arrays for bucket 57 Entering block accumulator loop for bucket 57: bucket 42: 100% Sorting block of length 2111225 for bucket 42 (Using difference cover) bucket 34: 60% Sorting block time: 00:00:01 Returning block of 2111226 for bucket 42 bucket 51: 90% Getting block 58 of 203 Reserving size (8227486) for bucket 58 Calculating Z arrays for bucket 58 Entering block accumulator loop for bucket 58: bucket 38: 100% Sorting block of length 2866822 for bucket 38 (Using difference cover) bucket 39: 100% Sorting block of length 7112267 for bucket 39 (Using difference cover) bucket 44: 100% Sorting block of length 4450147 for bucket 44 (Using difference cover) bucket 37: 100% Sorting block of length 6829382 for bucket 37 (Using difference cover) bucket 43: 100% Sorting block of length 6815572 for bucket 43 (Using difference cover) bucket 47: 50% bucket 48: 50% Sorting block time: 00:00:02 Returning block of 6623871 for bucket 35 Sorting block time: 00:00:03 Returning block of 6736176 for bucket 33 bucket 49: 50% Getting block 59 of 203 Reserving size (8227486) for bucket 59 Calculating Z arrays for bucket 59 Entering 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90% Sorting block time: 00:00:02 Returning block of 7924031 for bucket 192 bucket 201: 80% bucket 185: 80% bucket 186: 90% Sorting block time: 00:00:03 Returning block of 7949203 for bucket 193 bucket 189: 100% Sorting block of length 7738877 for bucket 189 (Using difference cover) bucket 188: 80% Sorting block time: 00:00:02 Returning block of 6599643 for bucket 194 Sorting block time: 00:00:02 Returning block of 6393795 for bucket 195 bucket 183: 90% bucket 196: 100% Sorting block of length 4900216 for bucket 196 (Using difference cover) bucket 184: 90% bucket 190: 80% bucket 202: 80% bucket 203: 90% bucket 181: 100% Sorting block of length 6236344 for bucket 181 (Using difference cover) bucket 191: 80% bucket 187: 80% bucket 180: 100% Sorting block of length 5207077 for bucket 180 (Using difference cover) bucket 200: 90% bucket 199: 80% bucket 198: 100% Sorting block of length 7917166 for bucket 198 (Using difference cover) Sorting block time: 00:00:03 Returning block of 7738878 for bucket 189 Sorting block time: 00:00:02 Returning block of 4900217 for bucket 196 bucket 201: 90% bucket 197: 100% Sorting block of length 7922143 for bucket 197 (Using difference cover) Sorting block time: 00:00:01 Returning block of 6236345 for bucket 181 Sorting block time: 00:00:02 Returning block of 5207078 for bucket 180 bucket 188: 90% bucket 202: 90% Sorting block time: 00:00:03 Returning block of 7917167 for bucket 198 bucket 182: 100% Sorting block of length 3237336 for bucket 182 (Using difference cover) bucket 184: 100% Sorting block of length 3989214 for bucket 184 (Using difference cover) bucket 203: 100% Sorting block of length 7116022 for bucket 203 (Using difference cover) bucket 185: 90% bucket 200: 100% Sorting block of length 7992449 for bucket 200 (Using difference cover) Sorting block time: 00:00:03 Returning block of 7922144 for bucket 197 Sorting block time: 00:00:01 Returning block of 3237337 for bucket 182 bucket 199: 90% bucket 186: 100% Sorting block of 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block of length 5697032 for bucket 185 (Using difference cover) Sorting block time: 00:00:03 Returning block of 6554673 for bucket 188 Sorting block time: 00:00:01 Returning block of 2988480 for bucket 199 Sorting block time: 00:00:02 Returning block of 7369399 for bucket 202 bucket 190: 100% Sorting block of length 5991835 for bucket 190 (Using difference cover) Sorting block time: 00:00:02 Returning block of 5697033 for bucket 185 bucket 191: 100% Sorting block of length 3980812 for bucket 191 (Using difference cover) bucket 187: 100% Sorting block of length 6985375 for bucket 187 (Using difference cover) Sorting block time: 00:00:02 Returning block of 3980813 for bucket 191 Sorting block time: 00:00:02 Returning block of 5991836 for bucket 190 Sorting block time: 00:00:02 Returning block of 6985376 for bucket 187 Exited Ebwt loop fchr[A]: 0 fchr[C]: 614260188 fchr[G]: 878129532 fchr[T]: 878129532 fchr[$]: 1228637943 Exiting Ebwt::buildToDisk() Returning from initFromVector Wrote 427710369 bytes to primary EBWT file: BS_GA.rev.1.bt2 Wrote 307159492 bytes to secondary EBWT file: BS_GA.rev.2.bt2 Re-opening _in1 and _in2 as input streams Returning from Ebwt constructor Headers: len: 1228637943 bwtLen: 1228637944 sz: 307159486 bwtSz: 307159486 lineRate: 6 offRate: 4 offMask: 0xfffffff0 ftabChars: 10 eftabLen: 20 eftabSz: 80 ftabLen: 1048577 ftabSz: 4194308 offsLen: 76789872 offsSz: 307159488 lineSz: 64 sideSz: 64 sideBwtSz: 48 sideBwtLen: 192 numSides: 6399156 numLines: 6399156 ebwtTotLen: 409545984 ebwtTotSz: 409545984 color: 0 reverse: 1 Total time for backward call to driver() for mirror index: 00:08:29 find: ‘/gscratch/scrubbed/sr320/031520-TG-bs/Pact_trim/*_R1_001_val_1.fq.gz’: No such file or directory basename: missing operand Try 'basename --help' for more information. /var/spool/slurm/d/job2497016/slurm_script: line 75: --------------------------------------------------------: command not found cp: cannot stat ‘Pact_tg/Meth1*bam’: No such file or directory cp: cannot stat ‘Pact_tg/Meth2*bam’: No such file or directory cp: cannot stat ‘Pact_tg/Meth3*bam’: No such file or directory cp: cannot stat ‘Pact_tg/Meth7*bam’: No such file or directory cp: cannot stat ‘Pact_tg/Meth8*bam’: No such file or directory cp: cannot stat ‘Pact_tg/Meth9*bam’: No such file or directory cp: cannot stat ‘Pact_tg/Meth4*bam’: No such file or directory cp: cannot stat ‘Pact_tg/Meth5*bam’: No such file or directory cp: cannot stat ‘Pact_tg/Meth6*bam’: No such file or directory find: ‘*.bam’: No such file or directory basename: missing operand Try 'basename --help' for more information. *** Bismark methylation extractor version v0.21.0 *** Trying to determine the type of mapping from the SAM header line of file *deduplicated.bam [FATAL ERROR]: File >>*deduplicated.bam<< did not exist. Please re-specify file names and try again... Found no potential alignment reports in the current directory. Please specify a single Bismark alignment report file using the option '--alignment_report FILE' SYNOPSIS: This script uses a Bismark alignment report to generate a graphical HTML report page. Optionally, further reports of the Bismark suite such as deduplication, methylation extractor splitting or M-bias reports can be specified as well. If several Bismark reports are found in the same folder, a separate report will be generated for each of these, whereby the output filename will be derived from the Bismark alignment report file. bismark2report attempts to find optional reports automatically based on the file basename. USAGE: bismark2report [options] -o/--output Name of the output file (optional). If not specified explicitly, the output filename will be derived from the Bismark alignment report file. Specifying an output filename only works if the HTML report is to be generated for a single Bismark alignment report (and potentially additional reports). --dir Output directory. Output is written to the current directory if not specified explicitly. --alignment_report FILE If not specified explicitly, bismark2report attempts to find Bismark report file(s) in the current directory and produces a separate HTML report for each mapping report file. Based on the basename of the Bismark mapping report, bismark2report will also attempt to find the other Bismark reports (see below) for inclusion into the HTML report. Specifying a Bismark alignment report file is mandatory. --dedup_report FILE If not specified explicitly, bismark2report attempts to find a deduplication report file with the same basename as the Bismark mapping report (generated by deduplicate_bismark) in the current working directory. Including a deduplication report is optional, and using the FILE 'none' will skip this step entirely. --splitting_report FILE If not specified explicitly, bismark2report attempts to find a splitting report file with the same basename as the Bismark mapping report (generated by the Bismark methylation extractor) in the current working directory. Including a splitting report is optional, and using the FILE 'none' will skip this step entirely. --mbias_report FILE If not specified explicitly, bismark2report attempts to find a single M-bias report file with the same basename as the Bismark mapping report (generated by the Bismark methylation extractor) in the current working directory. Including an M-Bias report is optional, and using the FILE 'none' will skip this step entirely. --nucleotide_report FILE If not specified explicitly, bismark2report attempts to find a single nucleotide coverage report file with the same basename as the Bismark mapping report (generated by Bismark with the option '--nucleotide_coverage') in the current working directory. Including a nucleotide coverage statistics report is optional, and using the FILE 'none' will skip this report entirely. Script last modified: 07 August 2018 No Bismark/Bowtie2 single-end BAM files detected No Bismark/Bowtie2 paired-end BAM files detected No Bismark/HISAT2 single-end BAM files detected No Bismark/HISAT2 paired-end BAM files detected Error: No Bismark BAM files found to generate a Bismark project summary. Please respecify... USAGE: bismark2summary (*.bam), or bismark2summary --help for more information at /gscratch/srlab/programs/Bismark-0.21.0/bismark2summary line 201. find: ‘*deduplicated.bam’: No such file or directory basename: missing operand Try 'basename --help' for more information. find: ‘*.sorted.bam’: No such file or directory basename: missing operand Try 'basename --help' for more information. find: ‘*deduplicated.bismark.cov.gz’: No such file or directory basename: missing operand Try 'basename --help' for more information. cat: *merged_CpG_evidence.cov: No such file or directory cat: *merged_CpG_evidence.cov: No such file or directory cat: *merged_CpG_evidence.cov: No such file or directory cat: *merged_CpG_evidence.cov: No such file or directory /var/spool/slurm/d/job2497016/slurm_script: line 194: ------------------------: command not found *** Bismark methylation extractor version v0.21.0 *** Trying to determine the type of mapping from the SAM header line of file *.bam [FATAL ERROR]: File >>*.bam<< did not exist. Please re-specify file names and try again... Found no potential alignment reports in the current directory. Please specify a single Bismark alignment report file using the option '--alignment_report FILE' SYNOPSIS: This script uses a Bismark alignment report to generate a graphical HTML report page. Optionally, further reports of the Bismark suite such as deduplication, methylation extractor splitting or M-bias reports can be specified as well. If several Bismark reports are found in the same folder, a separate report will be generated for each of these, whereby the output filename will be derived from the Bismark alignment report file. bismark2report attempts to find optional reports automatically based on the file basename. USAGE: bismark2report [options] -o/--output Name of the output file (optional). If not specified explicitly, the output filename will be derived from the Bismark alignment report file. Specifying an output filename only works if the HTML report is to be generated for a single Bismark alignment report (and potentially additional reports). --dir Output directory. Output is written to the current directory if not specified explicitly. --alignment_report FILE If not specified explicitly, bismark2report attempts to find Bismark report file(s) in the current directory and produces a separate HTML report for each mapping report file. Based on the basename of the Bismark mapping report, bismark2report will also attempt to find the other Bismark reports (see below) for inclusion into the HTML report. Specifying a Bismark alignment report file is mandatory. --dedup_report FILE If not specified explicitly, bismark2report attempts to find a deduplication report file with the same basename as the Bismark mapping report (generated by deduplicate_bismark) in the current working directory. Including a deduplication report is optional, and using the FILE 'none' will skip this step entirely. --splitting_report FILE If not specified explicitly, bismark2report attempts to find a splitting report file with the same basename as the Bismark mapping report (generated by the Bismark methylation extractor) in the current working directory. Including a splitting report is optional, and using the FILE 'none' will skip this step entirely. --mbias_report FILE If not specified explicitly, bismark2report attempts to find a single M-bias report file with the same basename as the Bismark mapping report (generated by the Bismark methylation extractor) in the current working directory. Including an M-Bias report is optional, and using the FILE 'none' will skip this step entirely. --nucleotide_report FILE If not specified explicitly, bismark2report attempts to find a single nucleotide coverage report file with the same basename as the Bismark mapping report (generated by Bismark with the option '--nucleotide_coverage') in the current working directory. Including a nucleotide coverage statistics report is optional, and using the FILE 'none' will skip this report entirely. Script last modified: 07 August 2018 No Bismark/Bowtie2 single-end BAM files detected No Bismark/Bowtie2 paired-end BAM files detected No Bismark/HISAT2 single-end BAM files detected No Bismark/HISAT2 paired-end BAM files detected Error: No Bismark BAM files found to generate a Bismark project summary. Please respecify... USAGE: bismark2summary (*.bam), or bismark2summary --help for more information at /gscratch/srlab/programs/Bismark-0.21.0/bismark2summary line 201. find: ‘*.bam’: No such file or directory basename: missing operand Try 'basename --help' for more information. find: ‘*.sorted.bam’: No such file or directory basename: missing operand Try 'basename --help' for more information. find: ‘*bismark.cov.gz’: No such file or directory basename: missing operand Try 'basename --help' for more information. cat: *merged_CpG_evidence.cov: No such file or directory cat: *merged_CpG_evidence.cov: No such file or directory cat: *merged_CpG_evidence.cov: No such file or directory cat: *merged_CpG_evidence.cov: No such file or directory