Use of uninitialized value $path_to_bowtie in concatenation (.) or string at /gscratch/srlab/programs/Bismark-0.21.0/bismark line 6893. Bowtie 2 seems to be working fine (tested command 'bowtie2 --version' [2.1.0]) Output format is BAM (default) Alignments will be written out in BAM format. Samtools found here: '/gscratch/srlab/programs/samtools-1.4/bin/samtools' Reference genome folder provided is /gscratch/srlab/sr320/data/froger/Mcap_Genome/ (absolute path is '/gscratch/srlab/sr320/data/froger/Mcap_Genome/)' FastQ format assumed (by default) Processing sequences up to read no. 10000000 from the input file Each Bowtie 2 instance is going to be run with 4 threads. Please monitor performance closely and tune down if necessary! Input files to be analysed (in current folder '/gscratch/scrubbed/sr320/031320-TG-bs'): /gscratch/scrubbed/sr320/031320-TG-bs/Meth10_R1_001_val_1.fq.gz /gscratch/scrubbed/sr320/031320-TG-bs/Meth10_R2_001_val_2.fq.gz Library was specified to be not strand-specific (non-directional), therefore alignments to all four possible bisulfite strands (OT, CTOT, OB and CTOB) will be reported Created output directory Mcap_tg/! Output will be written into the directory: /gscratch/scrubbed/sr320/031320-TG-bs/Mcap_tg/ Setting parallelization to single-threaded (default) Summary of all aligner options: -q --score-min L,0,-0.6 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --maxins 500 Current working directory is: /gscratch/scrubbed/sr320/031320-TG-bs Now reading in and storing sequence information of the genome specified in: /gscratch/srlab/sr320/data/froger/Mcap_Genome/ chr 1 (3259165 bp) chr 2 (3468816 bp) chr 3 (700192 bp) chr 4 (2934407 bp) chr 5 (2430108 bp) chr 6 (2758956 bp) chr 7 (2199593 bp) chr 8 (63180 bp) chr 9 (2265284 bp) chr 10 (2133031 bp) chr 11 (321139 bp) chr 12 (2060969 bp) chr 13 (2130412 bp) chr 14 (1997637 bp) chr 15 (2070015 bp) chr 16 (1944206 bp) chr 17 (2086788 bp) chr 18 (1961032 bp) chr 19 (2784121 bp) chr 20 (1774193 bp) chr 21 (1917492 bp) chr 22 (767896 bp) chr 23 (1953587 bp) chr 24 (1911142 bp) chr 25 (1913817 bp) chr 26 (1804681 bp) chr 27 (1851931 bp) chr 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file Meth10_R1_001_val_1.fq.gz to Meth10_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq Created C -> T as well as G -> A converted versions of the FastQ file Meth10_R1_001_val_1.fq.gz (10000001 sequences in total) Processing reads up to sequence no. 10000000 from /gscratch/scrubbed/sr320/031320-TG-bs/Meth10_R2_001_val_2.fq.gz Writing a C -> T converted version of the input file Meth10_R2_001_val_2.fq.gz to Meth10_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq Writing a G -> A converted version of the input file Meth10_R2_001_val_2.fq.gz to Meth10_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq Created C -> T as well as G -> A converted versions of the FastQ file Meth10_R2_001_val_2.fq.gz (10000001 sequences in total) Input files are Meth10_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq and Meth10_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq and Meth10_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq and Meth10_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq (FastQ) Now running 4 individual instances of Bowtie 2 against the bisulfite genome of /gscratch/srlab/sr320/data/froger/Mcap_Genome/ with the specified options: -q --score-min L,0,-0.6 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --maxins 500 Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for CTread1GAread2CTgenome (reading in sequences from Meth10_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq and Meth10_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-0.6 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --maxins 500 --norc)) Found first alignment: A00387:192:GW191111360th:4:1101:23204:1000_1:N:0:AACCTGAA+NTGGTGAG/1 99 19_CT_converted 2474604 1 92M = 2474604 -92 ATGTGGAGTTTGTTTTTATTTTGTGGGGTGTTTTTGTTTGTATTTTTTTTAAAAATAAAGATATTGATAAATTGAAATTATTTTTGTTAATA FFFFFFFFFFFFFFFFF:FF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF AS:i:-6 XS:i:-6 XN:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:1 MD:Z:26A65 YS:i:-6 YT:Z:CP A00387:192:GW191111360th:4:1101:23204:1000_2:N:0:AACCTGAA+NTGGTGAG/2 147 19_CT_converted 2474604 1 92M = 2474604 -92 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