CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 21 113 15.67 134 2 29 129 18.35 158 3 10 141 6.62 151 4 11 116 8.66 127 5 13 116 10.08 129 6 10 122 7.58 132 7 15 127 10.56 142 8 10 117 7.87 127 9 11 115 8.73 126 10 14 116 10.77 130 11 12 145 7.64 157 12 10 123 7.52 133 13 9 139 6.08 148 14 9 146 5.81 155 15 14 107 11.57 121 16 8 120 6.25 128 17 10 127 7.30 137 18 14 132 9.59 146 19 12 113 9.60 125 20 11 121 8.33 132 21 8 115 6.50 123 22 16 124 11.43 140 23 8 127 5.93 135 24 9 117 7.14 126 25 11 110 9.09 121 26 8 119 6.30 127 27 13 126 9.35 139 28 7 128 5.19 135 29 11 117 8.59 128 30 11 113 8.87 124 31 9 139 6.08 148 32 13 111 10.48 124 33 11 136 7.48 147 34 9 120 6.98 129 35 5 127 3.79 132 36 17 126 11.89 143 37 8 122 6.15 130 38 10 133 6.99 143 39 14 103 11.97 117 40 6 134 4.29 140 41 12 139 7.95 151 42 16 147 9.82 163 43 15 122 10.95 137 44 13 112 10.40 125 45 18 115 13.53 133 46 8 120 6.25 128 47 12 112 9.68 124 48 12 92 11.54 104 49 12 117 9.30 129 50 11 125 8.09 136 51 5 122 3.94 127 52 12 117 9.30 129 53 6 104 5.45 110 54 9 116 7.20 125 55 5 102 4.67 107 56 12 94 11.32 106 57 6 105 5.41 111 58 7 119 5.56 126 59 6 104 5.45 110 60 11 100 9.91 111 61 8 95 7.77 103 62 8 89 8.25 97 63 5 98 4.85 103 64 4 89 4.30 93 65 3 103 2.83 106 66 12 103 10.43 115 67 7 88 7.37 95 68 10 107 8.55 117 69 6 76 7.32 82 70 12 88 12.00 100 71 13 109 10.66 122 72 8 62 11.43 70 73 5 80 5.88 85 74 5 97 4.90 102 75 6 85 6.59 91 76 9 88 9.28 97 77 8 89 8.25 97 78 5 79 5.95 84 79 4 72 5.26 76 80 5 89 5.32 94 81 8 71 10.13 79 82 10 79 11.24 89 83 7 89 7.29 96 84 5 65 7.14 70 85 6 79 7.06 85 86 5 78 6.02 83 87 8 77 9.41 85 88 4 78 4.88 82 89 5 74 6.33 79 90 6 84 6.67 90 91 6 60 9.09 66 92 5 73 6.41 78 93 3 46 6.12 49 94 5 66 7.04 71 95 3 73 3.95 76 96 0 59 0.00 59 97 4 58 6.45 62 98 4 68 5.56 72 99 5 60 7.69 65 100 3 67 4.29 70 101 2 62 3.12 64 102 12 63 16.00 75 103 3 70 4.11 73 104 2 69 2.82 71 105 7 47 12.96 54 106 3 60 4.76 63 107 3 62 4.62 65 108 5 58 7.94 63 109 6 54 10.00 60 110 5 41 10.87 46 111 2 37 5.13 39 112 5 31 13.89 36 113 3 57 5.00 60 114 5 54 8.47 59 115 6 54 10.00 60 116 4 44 8.33 48 117 7 46 13.21 53 118 7 52 11.86 59 119 4 49 7.55 53 120 8 45 15.09 53 121 3 48 5.88 51 122 2 53 3.64 55 123 4 41 8.89 45 124 4 38 9.52 42 125 5 46 9.80 51 126 6 31 16.22 37 127 1 43 2.27 44 128 9 35 20.45 44 129 2 38 5.00 40 130 1 30 3.23 31 131 3 28 9.68 31 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 42 163 20.49 205 2 3 157 1.88 160 3 9 181 4.74 190 4 7 153 4.38 160 5 9 172 4.97 181 6 18 161 10.06 179 7 4 181 2.16 185 8 5 158 3.07 163 9 6 164 3.53 170 10 7 187 3.61 194 11 5 171 2.84 176 12 2 195 1.02 197 13 3 164 1.80 167 14 2 163 1.21 165 15 8 151 5.03 159 16 3 152 1.94 155 17 9 172 4.97 181 18 5 170 2.86 175 19 7 181 3.72 188 20 5 176 2.76 181 21 5 183 2.66 188 22 2 207 0.96 209 23 5 184 2.65 189 24 1 173 0.57 174 25 6 184 3.16 190 26 4 184 2.13 188 27 3 163 1.81 166 28 2 164 1.20 166 29 3 169 1.74 172 30 5 195 2.50 200 31 4 168 2.33 172 32 5 156 3.11 161 33 4 155 2.52 159 34 4 171 2.29 175 35 4 184 2.13 188 36 4 186 2.11 190 37 5 174 2.79 179 38 5 174 2.79 179 39 2 187 1.06 189 40 4 156 2.50 160 41 4 175 2.23 179 42 3 172 1.71 175 43 2 175 1.13 177 44 3 176 1.68 179 45 5 189 2.58 194 46 6 166 3.49 172 47 2 149 1.32 151 48 4 164 2.38 168 49 2 148 1.33 150 50 5 162 2.99 167 51 5 176 2.76 181 52 0 136 0.00 136 53 6 166 3.49 172 54 6 170 3.41 176 55 2 139 1.42 141 56 2 137 1.44 139 57 4 144 2.70 148 58 4 162 2.41 166 59 1 155 0.64 156 60 4 143 2.72 147 61 3 148 1.99 151 62 4 139 2.80 143 63 2 135 1.46 137 64 6 130 4.41 136 65 1 125 0.79 126 66 3 115 2.54 118 67 1 160 0.62 161 68 5 128 3.76 133 69 2 146 1.35 148 70 2 124 1.59 126 71 3 126 2.33 129 72 3 128 2.29 131 73 4 126 3.08 130 74 1 150 0.66 151 75 6 113 5.04 119 76 5 118 4.07 123 77 2 119 1.65 121 78 4 131 2.96 135 79 1 116 0.85 117 80 3 102 2.86 105 81 5 118 4.07 123 82 1 109 0.91 110 83 1 102 0.97 103 84 2 115 1.71 117 85 0 115 0.00 115 86 2 116 1.69 118 87 0 104 0.00 104 88 1 91 1.09 92 89 4 97 3.96 101 90 2 93 2.11 95 91 2 120 1.64 122 92 2 107 1.83 109 93 2 98 2.00 100 94 1 105 0.94 106 95 0 107 0.00 107 96 2 92 2.13 94 97 2 104 1.89 106 98 4 102 3.77 106 99 2 99 1.98 101 100 4 72 5.26 76 101 2 92 2.13 94 102 0 96 0.00 96 103 0 87 0.00 87 104 1 79 1.25 80 105 1 85 1.16 86 106 0 61 0.00 61 107 2 92 2.13 94 108 1 68 1.45 69 109 0 83 0.00 83 110 2 69 2.82 71 111 3 82 3.53 85 112 1 69 1.43 70 113 0 78 0.00 78 114 0 89 0.00 89 115 1 69 1.43 70 116 1 66 1.49 67 117 0 79 0.00 79 118 3 61 4.69 64 119 2 65 2.99 67 120 1 56 1.75 57 121 2 66 2.94 68 122 1 59 1.67 60 123 1 59 1.67 60 124 4 56 6.67 60 125 1 64 1.54 65 126 1 49 2.00 50 127 1 48 2.04 49 128 0 53 0.00 53 129 2 58 3.33 60 130 1 40 2.44 41 131 1 30 3.23 31 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 213 548 27.99 761 2 160 583 21.53 743 3 171 545 23.88 716 4 169 546 23.64 715 5 181 551 24.73 732 6 156 590 20.91 746 7 191 503 27.52 694 8 169 559 23.21 728 9 172 519 24.89 691 10 159 570 21.81 729 11 179 545 24.72 724 12 186 554 25.14 740 13 195 550 26.17 745 14 177 579 23.41 756 15 173 583 22.88 756 16 149 626 19.23 775 17 193 585 24.81 778 18 169 614 21.58 783 19 205 582 26.05 787 20 162 600 21.26 762 21 172 614 21.88 786 22 162 587 21.63 749 23 182 611 22.95 793 24 163 628 20.61 791 25 175 624 21.90 799 26 152 625 19.56 777 27 178 555 24.28 733 28 167 598 21.83 765 29 177 615 22.35 792 30 174 628 21.70 802 31 172 574 23.06 746 32 174 545 24.20 719 33 161 583 21.64 744 34 174 584 22.96 758 35 178 575 23.64 753 36 168 583 22.37 751 37 165 605 21.43 770 38 150 576 20.66 726 39 167 577 22.45 744 40 135 625 17.76 760 41 158 533 22.87 691 42 135 591 18.60 726 43 169 569 22.90 738 44 141 575 19.69 716 45 143 542 20.88 685 46 140 539 20.62 679 47 146 581 20.08 727 48 135 542 19.94 677 49 148 608 19.58 756 50 131 567 18.77 698 51 133 505 20.85 638 52 129 544 19.17 673 53 137 541 20.21 678 54 145 532 21.42 677 55 138 560 19.77 698 56 118 597 16.50 715 57 128 518 19.81 646 58 117 531 18.06 648 59 132 485 21.39 617 60 113 465 19.55 578 61 128 499 20.41 627 62 112 514 17.89 626 63 118 472 20.00 590 64 94 476 16.49 570 65 139 517 21.19 656 66 114 510 18.27 624 67 126 481 20.76 607 68 109 503 17.81 612 69 112 475 19.08 587 70 100 419 19.27 519 71 114 489 18.91 603 72 92 467 16.46 559 73 116 477 19.56 593 74 89 463 16.12 552 75 116 459 20.17 575 76 95 461 17.09 556 77 114 448 20.28 562 78 100 435 18.69 535 79 115 430 21.10 545 80 87 427 16.93 514 81 99 428 18.79 527 82 90 416 17.79 506 83 97 432 18.34 529 84 92 395 18.89 487 85 101 400 20.16 501 86 87 424 17.03 511 87 89 400 18.20 489 88 87 388 18.32 475 89 94 390 19.42 484 90 77 381 16.81 458 91 91 395 18.72 486 92 75 370 16.85 445 93 78 410 15.98 488 94 70 372 15.84 442 95 79 365 17.79 444 96 77 389 16.52 466 97 80 344 18.87 424 98 65 378 14.67 443 99 61 379 13.86 440 100 56 366 13.27 422 101 82 372 18.06 454 102 61 344 15.06 405 103 75 304 19.79 379 104 48 327 12.80 375 105 72 305 19.10 377 106 54 327 14.17 381 107 73 336 17.85 409 108 63 326 16.20 389 109 68 303 18.33 371 110 45 295 13.24 340 111 51 293 14.83 344 112 48 311 13.37 359 113 58 302 16.11 360 114 58 270 17.68 328 115 53 272 16.31 325 116 51 293 14.83 344 117 47 289 13.99 336 118 49 257 16.01 306 119 47 274 14.64 321 120 45 291 13.39 336 121 58 273 17.52 331 122 42 253 14.24 295 123 40 242 14.18 282 124 44 258 14.57 302 125 44 245 15.22 289 126 39 253 13.36 292 127 37 234 13.65 271 128 50 244 17.01 294 129 35 227 13.36 262 130 29 222 11.55 251 131 15 160 8.57 175 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 4 30 11.76 34 2 13 36 26.53 49 3 12 40 23.08 52 4 2 47 4.08 49 5 5 39 11.36 44 6 5 32 13.51 37 7 4 35 10.26 39 8 3 32 8.57 35 9 3 32 8.57 35 10 7 38 15.56 45 11 3 42 6.67 45 12 0 30 0.00 30 13 3 36 7.69 39 14 0 36 0.00 36 15 1 25 3.85 26 16 2 26 7.14 28 17 3 21 12.50 24 18 1 31 3.12 32 19 2 22 8.33 24 20 3 12 20.00 15 21 1 22 4.35 23 22 2 28 6.67 30 23 2 27 6.90 29 24 3 17 15.00 20 25 4 22 15.38 26 26 1 25 3.85 26 27 3 15 16.67 18 28 5 27 15.62 32 29 3 24 11.11 27 30 1 20 4.76 21 31 0 20 0.00 20 32 0 16 0.00 16 33 0 18 0.00 18 34 3 20 13.04 23 35 1 14 6.67 15 36 3 24 11.11 27 37 3 18 14.29 21 38 5 17 22.73 22 39 2 15 11.76 17 40 1 14 6.67 15 41 0 15 0.00 15 42 2 17 10.53 19 43 0 21 0.00 21 44 1 14 6.67 15 45 3 18 14.29 21 46 0 13 0.00 13 47 1 14 6.67 15 48 0 25 0.00 25 49 2 19 9.52 21 50 1 15 6.25 16 51 1 15 6.25 16 52 0 14 0.00 14 53 4 11 26.67 15 54 0 12 0.00 12 55 4 16 20.00 20 56 1 20 4.76 21 57 0 12 0.00 12 58 1 12 7.69 13 59 1 13 7.14 14 60 1 15 6.25 16 61 0 7 0.00 7 62 0 12 0.00 12 63 1 15 6.25 16 64 2 7 22.22 9 65 3 9 25.00 12 66 1 14 6.67 15 67 1 8 11.11 9 68 1 5 16.67 6 69 1 7 12.50 8 70 2 8 20.00 10 71 0 10 0.00 10 72 0 11 0.00 11 73 0 10 0.00 10 74 0 16 0.00 16 75 0 10 0.00 10 76 0 10 0.00 10 77 0 12 0.00 12 78 0 7 0.00 7 79 1 11 8.33 12 80 1 11 8.33 12 81 1 11 8.33 12 82 0 9 0.00 9 83 1 4 20.00 5 84 0 5 0.00 5 85 1 8 11.11 9 86 2 7 22.22 9 87 0 7 0.00 7 88 1 6 14.29 7 89 2 6 25.00 8 90 0 14 0.00 14 91 2 3 40.00 5 92 0 5 0.00 5 93 0 3 0.00 3 94 1 3 25.00 4 95 0 5 0.00 5 96 0 7 0.00 7 97 0 5 0.00 5 98 1 5 16.67 6 99 0 2 0.00 2 100 1 9 10.00 10 101 0 7 0.00 7 102 2 5 28.57 7 103 1 6 14.29 7 104 0 3 0.00 3 105 0 4 0.00 4 106 0 5 0.00 5 107 0 4 0.00 4 108 1 5 16.67 6 109 0 6 0.00 6 110 0 4 0.00 4 111 1 4 20.00 5 112 2 1 66.67 3 113 0 3 0.00 3 114 0 5 0.00 5 115 1 6 14.29 7 116 1 3 25.00 4 117 0 3 0.00 3 118 0 1 0.00 1 119 2 3 40.00 5 120 1 2 33.33 3 121 1 2 33.33 3 122 1 2 33.33 3 123 0 5 0.00 5 124 0 3 0.00 3 125 0 3 0.00 3 126 1 0 100.00 1 127 0 3 0.00 3 128 0 1 0.00 1 129 1 2 33.33 3 130 0 2 0.00 2 131 0 0 0 CHG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 3 50 5.66 53 2 1 53 1.85 54 3 7 65 9.72 72 4 2 67 2.90 69 5 3 56 5.08 59 6 1 44 2.22 45 7 2 51 3.77 53 8 1 51 1.92 52 9 0 47 0.00 47 10 0 53 0.00 53 11 1 44 2.22 45 12 0 51 0.00 51 13 2 55 3.51 57 14 0 48 0.00 48 15 0 53 0.00 53 16 2 34 5.56 36 17 0 41 0.00 41 18 0 35 0.00 35 19 0 51 0.00 51 20 1 36 2.70 37 21 1 31 3.12 32 22 1 43 2.27 44 23 0 43 0.00 43 24 2 30 6.25 32 25 2 30 6.25 32 26 0 35 0.00 35 27 0 33 0.00 33 28 3 31 8.82 34 29 1 49 2.00 50 30 2 29 6.45 31 31 0 27 0.00 27 32 1 41 2.38 42 33 1 28 3.45 29 34 0 27 0.00 27 35 0 27 0.00 27 36 0 30 0.00 30 37 0 37 0.00 37 38 0 19 0.00 19 39 1 21 4.55 22 40 0 19 0.00 19 41 0 30 0.00 30 42 0 17 0.00 17 43 0 26 0.00 26 44 0 35 0.00 35 45 1 25 3.85 26 46 0 19 0.00 19 47 0 30 0.00 30 48 0 18 0.00 18 49 0 17 0.00 17 50 0 23 0.00 23 51 2 29 6.45 31 52 0 16 0.00 16 53 0 23 0.00 23 54 0 26 0.00 26 55 0 21 0.00 21 56 0 10 0.00 10 57 0 22 0.00 22 58 0 17 0.00 17 59 0 15 0.00 15 60 0 24 0.00 24 61 1 22 4.35 23 62 1 11 8.33 12 63 0 20 0.00 20 64 1 19 5.00 20 65 0 16 0.00 16 66 0 23 0.00 23 67 1 15 6.25 16 68 0 20 0.00 20 69 0 19 0.00 19 70 0 10 0.00 10 71 0 7 0.00 7 72 0 13 0.00 13 73 0 10 0.00 10 74 1 19 5.00 20 75 0 10 0.00 10 76 0 12 0.00 12 77 0 18 0.00 18 78 0 16 0.00 16 79 1 9 10.00 10 80 0 16 0.00 16 81 0 16 0.00 16 82 0 12 0.00 12 83 1 15 6.25 16 84 1 13 7.14 14 85 0 11 0.00 11 86 0 6 0.00 6 87 1 8 11.11 9 88 1 10 9.09 11 89 0 10 0.00 10 90 0 10 0.00 10 91 0 5 0.00 5 92 0 5 0.00 5 93 0 8 0.00 8 94 1 11 8.33 12 95 0 9 0.00 9 96 0 8 0.00 8 97 0 13 0.00 13 98 0 8 0.00 8 99 0 10 0.00 10 100 0 8 0.00 8 101 0 7 0.00 7 102 0 8 0.00 8 103 0 4 0.00 4 104 0 10 0.00 10 105 0 12 0.00 12 106 0 5 0.00 5 107 0 5 0.00 5 108 0 8 0.00 8 109 0 7 0.00 7 110 0 4 0.00 4 111 0 3 0.00 3 112 0 5 0.00 5 113 0 4 0.00 4 114 0 4 0.00 4 115 0 8 0.00 8 116 1 7 12.50 8 117 0 5 0.00 5 118 0 4 0.00 4 119 0 2 0.00 2 120 0 5 0.00 5 121 0 3 0.00 3 122 0 3 0.00 3 123 0 4 0.00 4 124 0 3 0.00 3 125 0 6 0.00 6 126 0 5 0.00 5 127 0 3 0.00 3 128 0 5 0.00 5 129 0 3 0.00 3 130 0 6 0.00 6 131 0 0 0 CHH context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 53 233 18.53 286 2 32 177 15.31 209 3 63 191 24.80 254 4 25 203 10.96 228 5 55 198 21.74 253 6 19 190 9.09 209 7 58 190 23.39 248 8 18 195 8.45 213 9 50 190 20.83 240 10 22 179 10.95 201 11 47 164 22.27 211 12 21 185 10.19 206 13 42 182 18.75 224 14 17 177 8.76 194 15 39 187 17.26 226 16 23 182 11.22 205 17 43 180 19.28 223 18 19 157 10.80 176 19 47 134 25.97 181 20 22 145 13.17 167 21 37 139 21.02 176 22 18 145 11.04 163 23 45 146 23.56 191 24 13 144 8.28 157 25 38 154 19.79 192 26 16 141 10.19 157 27 30 138 17.86 168 28 20 149 11.83 169 29 37 126 22.70 163 30 11 126 8.03 137 31 41 136 23.16 177 32 14 157 8.19 171 33 35 120 22.58 155 34 13 127 9.29 140 35 32 123 20.65 155 36 12 151 7.36 163 37 39 137 22.16 176 38 15 126 10.64 141 39 32 113 22.07 145 40 19 131 12.67 150 41 29 127 18.59 156 42 11 120 8.40 131 43 32 121 20.92 153 44 20 114 14.93 134 45 24 115 17.27 139 46 14 120 10.45 134 47 29 120 19.46 149 48 17 113 13.08 130 49 31 100 23.66 131 50 11 94 10.48 105 51 23 102 18.40 125 52 14 108 11.48 122 53 23 98 19.01 121 54 10 103 8.85 113 55 23 103 18.25 126 56 12 89 11.88 101 57 21 106 16.54 127 58 17 96 15.04 113 59 20 80 20.00 100 60 11 89 11.00 100 61 20 101 16.53 121 62 15 85 15.00 100 63 18 84 17.65 102 64 10 78 11.36 88 65 22 95 18.80 117 66 9 87 9.38 96 67 19 92 17.12 111 68 11 81 11.96 92 69 16 86 15.69 102 70 10 80 11.11 90 71 18 69 20.69 87 72 12 74 13.95 86 73 20 80 20.00 100 74 7 79 8.14 86 75 17 86 16.50 103 76 11 69 13.75 80 77 20 76 20.83 96 78 4 68 5.56 72 79 16 68 19.05 84 80 9 65 12.16 74 81 13 70 15.66 83 82 9 64 12.33 73 83 13 72 15.29 85 84 12 70 14.63 82 85 14 64 17.95 78 86 10 54 15.62 64 87 13 64 16.88 77 88 9 62 12.68 71 89 13 47 21.67 60 90 10 60 14.29 70 91 10 50 16.67 60 92 9 51 15.00 60 93 10 46 17.86 56 94 9 50 15.25 59 95 7 51 12.07 58 96 11 41 21.15 52 97 7 43 14.00 50 98 9 44 16.98 53 99 6 47 11.32 53 100 9 45 16.67 54 101 4 53 7.02 57 102 7 35 16.67 42 103 8 52 13.33 60 104 8 33 19.51 41 105 9 51 15.00 60 106 7 37 15.91 44 107 8 40 16.67 48 108 7 30 18.92 37 109 6 44 12.00 50 110 7 37 15.91 44 111 7 43 14.00 50 112 6 28 17.65 34 113 9 39 18.75 48 114 5 38 11.63 43 115 6 40 13.04 46 116 6 35 14.63 41 117 10 40 20.00 50 118 7 38 15.56 45 119 6 44 12.00 50 120 5 28 15.15 33 121 9 35 20.45 44 122 5 33 13.16 38 123 4 31 11.43 35 124 4 34 10.53 38 125 2 23 8.00 25 126 6 26 18.75 32 127 0 38 0.00 38 128 6 28 17.65 34 129 2 27 6.90 29 130 4 27 12.90 31 131 2 4 33.33 6