CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 21 126 14.29 147 2 29 133 17.90 162 3 12 137 8.05 149 4 8 131 5.76 139 5 12 142 7.79 154 6 13 141 8.44 154 7 15 135 10.00 150 8 10 129 7.19 139 9 9 136 6.21 145 10 14 123 10.22 137 11 11 151 6.79 162 12 10 123 7.52 133 13 10 153 6.13 163 14 9 145 5.84 154 15 13 113 10.32 126 16 8 131 5.76 139 17 8 141 5.37 149 18 16 145 9.94 161 19 12 123 8.89 135 20 11 123 8.21 134 21 8 128 5.88 136 22 16 125 11.35 141 23 8 136 5.56 144 24 9 131 6.43 140 25 12 117 9.30 129 26 8 138 5.48 146 27 14 137 9.27 151 28 8 129 5.84 137 29 10 124 7.46 134 30 12 126 8.70 138 31 6 143 4.03 149 32 13 129 9.15 142 33 13 154 7.78 167 34 9 135 6.25 144 35 5 138 3.50 143 36 15 139 9.74 154 37 7 123 5.38 130 38 10 142 6.58 152 39 15 108 12.20 123 40 5 131 3.68 136 41 13 139 8.55 152 42 15 157 8.72 172 43 13 135 8.78 148 44 13 118 9.92 131 45 18 117 13.33 135 46 9 130 6.47 139 47 11 114 8.80 125 48 10 104 8.77 114 49 11 123 8.21 134 50 11 127 7.97 138 51 4 132 2.94 136 52 11 121 8.33 132 53 5 112 4.27 117 54 9 132 6.38 141 55 6 100 5.66 106 56 11 105 9.48 116 57 7 106 6.19 113 58 6 123 4.65 129 59 6 103 5.50 109 60 10 104 8.77 114 61 7 102 6.42 109 62 8 99 7.48 107 63 4 103 3.74 107 64 4 100 3.85 104 65 3 109 2.68 112 66 9 103 8.04 112 67 5 93 5.10 98 68 11 115 8.73 126 69 5 85 5.56 90 70 10 90 10.00 100 71 12 116 9.38 128 72 8 80 9.09 88 73 4 85 4.49 89 74 4 99 3.88 103 75 5 89 5.32 94 76 7 92 7.07 99 77 7 86 7.53 93 78 4 94 4.08 98 79 5 75 6.25 80 80 5 89 5.32 94 81 7 72 8.86 79 82 11 86 11.34 97 83 8 86 8.51 94 84 4 80 4.76 84 85 5 76 6.17 81 86 5 86 5.49 91 87 7 86 7.53 93 88 4 86 4.44 90 89 5 78 6.02 83 90 4 94 4.08 98 91 7 62 10.14 69 92 5 78 6.02 83 93 3 48 5.88 51 94 6 70 7.89 76 95 1 75 1.32 76 96 1 71 1.39 72 97 3 62 4.62 65 98 5 72 6.49 77 99 3 56 5.08 59 100 3 63 4.55 66 101 2 66 2.94 68 102 12 71 14.46 83 103 3 74 3.90 77 104 2 74 2.63 76 105 6 58 9.38 64 106 5 62 7.46 67 107 4 64 5.88 68 108 5 62 7.46 67 109 7 56 11.11 63 110 4 50 7.41 54 111 2 46 4.17 48 112 5 43 10.42 48 113 4 56 6.67 60 114 3 56 5.08 59 115 7 49 12.50 56 116 3 51 5.56 54 117 7 49 12.50 56 118 5 48 9.43 53 119 5 47 9.62 52 120 6 45 11.76 51 121 2 56 3.45 58 122 1 51 1.92 52 123 6 48 11.11 54 124 3 42 6.67 45 125 6 43 12.24 49 126 6 40 13.04 46 127 1 42 2.33 43 128 7 34 17.07 41 129 1 41 2.38 42 130 2 31 6.06 33 131 2 33 5.71 35 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 34 158 17.71 192 2 8 157 4.85 165 3 10 187 5.08 197 4 10 168 5.62 178 5 11 170 6.08 181 6 16 162 8.99 178 7 3 192 1.54 195 8 6 159 3.64 165 9 4 165 2.37 169 10 5 186 2.62 191 11 5 174 2.79 179 12 2 198 1.00 200 13 4 163 2.40 167 14 3 164 1.80 167 15 4 166 2.35 170 16 1 167 0.60 168 17 8 181 4.23 189 18 6 171 3.39 177 19 8 187 4.10 195 20 6 179 3.24 185 21 4 183 2.14 187 22 2 225 0.88 227 23 4 196 2.00 200 24 1 188 0.53 189 25 6 192 3.03 198 26 5 182 2.67 187 27 3 174 1.69 177 28 1 171 0.58 172 29 4 162 2.41 166 30 6 191 3.05 197 31 5 172 2.82 177 32 5 160 3.03 165 33 4 155 2.52 159 34 4 177 2.21 181 35 3 193 1.53 196 36 2 196 1.01 198 37 5 169 2.87 174 38 3 179 1.65 182 39 3 182 1.62 185 40 5 158 3.07 163 41 2 178 1.11 180 42 2 172 1.15 174 43 2 178 1.11 180 44 4 171 2.29 175 45 4 190 2.06 194 46 5 163 2.98 168 47 2 164 1.20 166 48 4 164 2.38 168 49 0 157 0.00 157 50 5 175 2.78 180 51 4 187 2.09 191 52 0 154 0.00 154 53 7 162 4.14 169 54 4 174 2.25 178 55 1 146 0.68 147 56 1 135 0.74 136 57 3 148 1.99 151 58 3 154 1.91 157 59 1 161 0.62 162 60 6 148 3.90 154 61 4 147 2.65 151 62 5 136 3.55 141 63 0 137 0.00 137 64 6 134 4.29 140 65 2 130 1.52 132 66 2 131 1.50 133 67 2 162 1.22 164 68 5 125 3.85 130 69 1 146 0.68 147 70 2 123 1.60 125 71 2 127 1.55 129 72 3 125 2.34 128 73 4 119 3.25 123 74 1 146 0.68 147 75 6 111 5.13 117 76 6 124 4.62 130 77 3 122 2.40 125 78 2 128 1.54 130 79 1 120 0.83 121 80 3 105 2.78 108 81 4 114 3.39 118 82 2 106 1.85 108 83 1 106 0.93 107 84 1 114 0.87 115 85 0 110 0.00 110 86 3 115 2.54 118 87 0 105 0.00 105 88 2 96 2.04 98 89 3 102 2.86 105 90 1 97 1.02 98 91 3 119 2.46 122 92 2 109 1.80 111 93 2 101 1.94 103 94 1 107 0.93 108 95 0 105 0.00 105 96 0 86 0.00 86 97 2 111 1.77 113 98 3 103 2.83 106 99 2 94 2.08 96 100 4 72 5.26 76 101 1 87 1.14 88 102 1 93 1.06 94 103 1 90 1.10 91 104 1 86 1.15 87 105 3 72 4.00 75 106 0 63 0.00 63 107 0 92 0.00 92 108 1 69 1.43 70 109 0 85 0.00 85 110 2 74 2.63 76 111 2 80 2.44 82 112 1 67 1.47 68 113 3 84 3.45 87 114 0 76 0.00 76 115 0 70 0.00 70 116 0 70 0.00 70 117 0 82 0.00 82 118 2 72 2.70 74 119 1 67 1.47 68 120 2 57 3.39 59 121 2 64 3.03 66 122 2 53 3.64 55 123 0 56 0.00 56 124 3 60 4.76 63 125 1 59 1.67 60 126 1 51 1.92 52 127 0 57 0.00 57 128 1 55 1.79 56 129 0 59 0.00 59 130 1 40 2.44 41 131 0 33 0.00 33 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 211 581 26.64 792 2 166 613 21.31 779 3 186 579 24.31 765 4 169 568 22.93 737 5 185 551 25.14 736 6 157 617 20.28 774 7 182 544 25.07 726 8 165 580 22.15 745 9 173 538 24.33 711 10 167 585 22.21 752 11 185 572 24.44 757 12 180 571 23.97 751 13 197 582 25.29 779 14 170 641 20.96 811 15 176 622 22.06 798 16 157 643 19.62 800 17 198 611 24.47 809 18 165 648 20.30 813 19 198 612 24.44 810 20 160 642 19.95 802 21 183 664 21.61 847 22 161 599 21.18 760 23 200 653 23.45 853 24 155 630 19.75 785 25 191 653 22.63 844 26 154 640 19.40 794 27 178 586 23.30 764 28 168 624 21.21 792 29 179 659 21.36 838 30 154 654 19.06 808 31 181 606 23.00 787 32 160 588 21.39 748 33 181 613 22.80 794 34 168 626 21.16 794 35 175 605 22.44 780 36 163 614 20.98 777 37 174 624 21.80 798 38 159 615 20.54 774 39 185 592 23.81 777 40 141 648 17.87 789 41 157 587 21.10 744 42 140 606 18.77 746 43 173 609 22.12 782 44 146 605 19.44 751 45 148 572 20.56 720 46 141 581 19.53 722 47 146 603 19.49 749 48 127 551 18.73 678 49 157 646 19.55 803 50 122 587 17.21 709 51 137 554 19.83 691 52 130 577 18.39 707 53 135 555 19.57 690 54 132 547 19.44 679 55 151 587 20.46 738 56 118 617 16.05 735 57 127 552 18.70 679 58 109 584 15.73 693 59 136 508 21.12 644 60 110 494 18.21 604 61 127 518 19.69 645 62 105 559 15.81 664 63 117 481 19.57 598 64 113 508 18.20 621 65 130 531 19.67 661 66 104 535 16.28 639 67 121 488 19.87 609 68 104 505 17.08 609 69 116 484 19.33 600 70 98 455 17.72 553 71 106 492 17.73 598 72 90 493 15.44 583 73 109 490 18.20 599 74 95 505 15.83 600 75 109 462 19.09 571 76 100 464 17.73 564 77 104 461 18.41 565 78 101 471 17.66 572 79 110 440 20.00 550 80 97 432 18.34 529 81 96 449 17.61 545 82 93 429 17.82 522 83 83 447 15.66 530 84 90 406 18.15 496 85 96 420 18.60 516 86 84 451 15.70 535 87 85 409 17.21 494 88 97 382 20.25 479 89 81 412 16.43 493 90 77 399 16.18 476 91 92 409 18.36 501 92 77 384 16.70 461 93 76 404 15.83 480 94 74 390 15.95 464 95 70 370 15.91 440 96 75 387 16.23 462 97 79 364 17.83 443 98 67 406 14.16 473 99 52 382 11.98 434 100 56 371 13.11 427 101 75 382 16.41 457 102 58 362 13.81 420 103 63 341 15.59 404 104 61 341 15.17 402 105 64 297 17.73 361 106 61 326 15.76 387 107 62 349 15.09 411 108 61 335 15.40 396 109 69 309 18.25 378 110 54 326 14.21 380 111 45 314 12.53 359 112 46 309 12.96 355 113 49 319 13.32 368 114 54 286 15.88 340 115 49 277 15.03 326 116 48 313 13.30 361 117 47 308 13.24 355 118 45 264 14.56 309 119 48 281 14.59 329 120 55 281 16.37 336 121 60 283 17.49 343 122 40 257 13.47 297 123 46 244 15.86 290 124 34 244 12.23 278 125 43 245 14.93 288 126 34 258 11.64 292 127 41 238 14.70 279 128 40 251 13.75 291 129 33 244 11.91 277 130 19 230 7.63 249 131 15 157 8.72 172 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 8 30 21.05 38 2 11 35 23.91 46 3 16 43 27.12 59 4 1 50 1.96 51 5 5 38 11.63 43 6 5 41 10.87 46 7 4 43 8.51 47 8 2 33 5.71 35 9 3 38 7.32 41 10 4 35 10.26 39 11 2 42 4.55 44 12 1 34 2.86 35 13 2 31 6.06 33 14 0 42 0.00 42 15 1 31 3.12 32 16 3 37 7.50 40 17 3 25 10.71 28 18 1 36 2.70 37 19 2 26 7.14 28 20 2 16 11.11 18 21 1 22 4.35 23 22 3 33 8.33 36 23 3 25 10.71 28 24 3 23 11.54 26 25 3 29 9.38 32 26 1 26 3.70 27 27 2 13 13.33 15 28 6 27 18.18 33 29 3 29 9.38 32 30 2 25 7.41 27 31 0 17 0.00 17 32 0 18 0.00 18 33 0 18 0.00 18 34 3 23 11.54 26 35 2 13 13.33 15 36 3 27 10.00 30 37 3 19 13.64 22 38 4 18 18.18 22 39 2 14 12.50 16 40 1 12 7.69 13 41 0 19 0.00 19 42 2 18 10.00 20 43 0 26 0.00 26 44 1 16 5.88 17 45 3 18 14.29 21 46 0 11 0.00 11 47 1 17 5.56 18 48 0 26 0.00 26 49 2 20 9.09 22 50 1 12 7.69 13 51 1 14 6.67 15 52 0 14 0.00 14 53 4 12 25.00 16 54 0 13 0.00 13 55 3 15 16.67 18 56 1 18 5.26 19 57 0 11 0.00 11 58 1 13 7.14 14 59 1 13 7.14 14 60 1 19 5.00 20 61 0 8 0.00 8 62 0 14 0.00 14 63 1 14 6.67 15 64 2 6 25.00 8 65 3 12 20.00 15 66 1 17 5.56 18 67 1 9 10.00 10 68 1 8 11.11 9 69 1 11 8.33 12 70 2 10 16.67 12 71 0 13 0.00 13 72 0 11 0.00 11 73 0 11 0.00 11 74 0 16 0.00 16 75 0 11 0.00 11 76 0 11 0.00 11 77 0 9 0.00 9 78 0 7 0.00 7 79 1 12 7.69 13 80 1 9 10.00 10 81 1 13 7.14 14 82 0 8 0.00 8 83 1 3 25.00 4 84 0 5 0.00 5 85 0 11 0.00 11 86 1 5 16.67 6 87 0 8 0.00 8 88 0 9 0.00 9 89 2 7 22.22 9 90 0 12 0.00 12 91 2 5 28.57 7 92 0 6 0.00 6 93 0 5 0.00 5 94 1 3 25.00 4 95 0 6 0.00 6 96 0 6 0.00 6 97 0 5 0.00 5 98 1 7 12.50 8 99 0 2 0.00 2 100 0 10 0.00 10 101 0 8 0.00 8 102 2 5 28.57 7 103 1 7 12.50 8 104 0 3 0.00 3 105 0 5 0.00 5 106 0 5 0.00 5 107 0 5 0.00 5 108 0 5 0.00 5 109 0 5 0.00 5 110 0 5 0.00 5 111 1 5 16.67 6 112 2 2 50.00 4 113 0 5 0.00 5 114 0 6 0.00 6 115 1 6 14.29 7 116 1 2 33.33 3 117 0 4 0.00 4 118 0 2 0.00 2 119 3 4 42.86 7 120 1 3 25.00 4 121 1 4 20.00 5 122 2 2 50.00 4 123 0 6 0.00 6 124 0 4 0.00 4 125 0 4 0.00 4 126 2 1 66.67 3 127 0 2 0.00 2 128 0 3 0.00 3 129 1 3 25.00 4 130 0 2 0.00 2 131 0 0 0 CHG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 2 52 3.70 54 2 1 54 1.82 55 3 5 66 7.04 71 4 0 79 0.00 79 5 1 53 1.85 54 6 3 50 5.66 53 7 1 52 1.89 53 8 1 52 1.89 53 9 0 52 0.00 52 10 0 49 0.00 49 11 1 42 2.33 43 12 0 58 0.00 58 13 2 45 4.26 47 14 0 43 0.00 43 15 0 50 0.00 50 16 1 39 2.50 40 17 1 44 2.22 45 18 0 35 0.00 35 19 0 49 0.00 49 20 2 34 5.56 36 21 1 32 3.03 33 22 1 44 2.22 45 23 1 42 2.33 43 24 1 29 3.33 30 25 3 27 10.00 30 26 1 34 2.86 35 27 0 37 0.00 37 28 2 32 5.88 34 29 0 48 0.00 48 30 2 35 5.41 37 31 0 25 0.00 25 32 0 39 0.00 39 33 0 31 0.00 31 34 0 27 0.00 27 35 1 27 3.57 28 36 0 34 0.00 34 37 0 39 0.00 39 38 0 21 0.00 21 39 0 22 0.00 22 40 0 17 0.00 17 41 0 26 0.00 26 42 0 20 0.00 20 43 0 26 0.00 26 44 0 33 0.00 33 45 1 24 4.00 25 46 0 20 0.00 20 47 0 27 0.00 27 48 0 19 0.00 19 49 0 19 0.00 19 50 0 23 0.00 23 51 3 27 10.00 30 52 0 17 0.00 17 53 0 19 0.00 19 54 1 28 3.45 29 55 0 19 0.00 19 56 0 12 0.00 12 57 0 22 0.00 22 58 0 16 0.00 16 59 0 16 0.00 16 60 0 24 0.00 24 61 1 22 4.35 23 62 1 7 12.50 8 63 0 18 0.00 18 64 0 17 0.00 17 65 0 16 0.00 16 66 0 21 0.00 21 67 1 14 6.67 15 68 0 20 0.00 20 69 1 18 5.26 19 70 0 12 0.00 12 71 0 6 0.00 6 72 0 14 0.00 14 73 0 9 0.00 9 74 1 17 5.56 18 75 0 10 0.00 10 76 0 12 0.00 12 77 0 15 0.00 15 78 0 15 0.00 15 79 0 12 0.00 12 80 0 20 0.00 20 81 0 16 0.00 16 82 0 11 0.00 11 83 1 12 7.69 13 84 1 12 7.69 13 85 0 9 0.00 9 86 0 6 0.00 6 87 1 6 14.29 7 88 1 14 6.67 15 89 0 9 0.00 9 90 0 13 0.00 13 91 0 6 0.00 6 92 0 4 0.00 4 93 0 6 0.00 6 94 1 12 7.69 13 95 0 7 0.00 7 96 0 7 0.00 7 97 0 11 0.00 11 98 0 8 0.00 8 99 0 9 0.00 9 100 0 8 0.00 8 101 0 6 0.00 6 102 0 8 0.00 8 103 0 5 0.00 5 104 0 8 0.00 8 105 0 8 0.00 8 106 0 7 0.00 7 107 0 6 0.00 6 108 0 9 0.00 9 109 0 4 0.00 4 110 0 4 0.00 4 111 0 2 0.00 2 112 0 7 0.00 7 113 0 4 0.00 4 114 0 7 0.00 7 115 0 8 0.00 8 116 1 6 14.29 7 117 0 3 0.00 3 118 0 4 0.00 4 119 0 2 0.00 2 120 0 6 0.00 6 121 0 3 0.00 3 122 0 2 0.00 2 123 0 4 0.00 4 124 0 3 0.00 3 125 0 5 0.00 5 126 0 6 0.00 6 127 0 2 0.00 2 128 0 3 0.00 3 129 0 2 0.00 2 130 0 7 0.00 7 131 0 0 0 CHH context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 44 240 15.49 284 2 33 187 15.00 220 3 55 189 22.54 244 4 22 196 10.09 218 5 45 206 17.93 251 6 20 191 9.48 211 7 45 188 19.31 233 8 16 193 7.66 209 9 39 191 16.96 230 10 26 185 12.32 211 11 40 167 19.32 207 12 21 195 9.72 216 13 38 186 16.96 224 14 20 165 10.81 185 15 33 187 15.00 220 16 21 173 10.82 194 17 34 181 15.81 215 18 20 156 11.36 176 19 43 147 22.63 190 20 16 146 9.88 162 21 35 148 19.13 183 22 19 145 11.59 164 23 38 131 22.49 169 24 17 137 11.04 154 25 31 173 15.20 204 26 16 139 10.32 155 27 25 148 14.45 173 28 20 150 11.76 170 29 31 132 19.02 163 30 18 125 12.59 143 31 31 131 19.14 162 32 19 151 11.18 170 33 31 122 20.26 153 34 18 130 12.16 148 35 28 116 19.44 144 36 20 143 12.27 163 37 28 140 16.67 168 38 16 127 11.19 143 39 30 125 19.35 155 40 16 130 10.96 146 41 30 129 18.87 159 42 15 119 11.19 134 43 27 124 17.88 151 44 18 119 13.14 137 45 27 112 19.42 139 46 18 114 13.64 132 47 29 116 20.00 145 48 13 107 10.83 120 49 29 106 21.48 135 50 9 91 9.00 100 51 25 106 19.08 131 52 10 105 8.70 115 53 30 98 23.44 128 54 14 90 13.46 104 55 26 103 20.16 129 56 11 88 11.11 99 57 24 101 19.20 125 58 16 96 14.29 112 59 31 79 28.18 110 60 13 92 12.38 105 61 26 100 20.63 126 62 10 94 9.62 104 63 18 87 17.14 105 64 8 86 8.51 94 65 20 89 18.35 109 66 11 86 11.34 97 67 20 90 18.18 110 68 10 81 10.99 91 69 15 90 14.29 105 70 12 79 13.19 91 71 19 78 19.59 97 72 13 71 15.48 84 73 20 84 19.23 104 74 11 78 12.36 89 75 19 84 18.45 103 76 9 74 10.84 83 77 15 77 16.30 92 78 7 66 9.59 73 79 16 65 19.75 81 80 8 72 10.00 80 81 16 68 19.05 84 82 8 73 9.88 81 83 17 69 19.77 86 84 5 75 6.25 80 85 16 67 19.28 83 86 8 61 11.59 69 87 12 66 15.38 78 88 8 59 11.94 67 89 11 50 18.03 61 90 9 59 13.24 68 91 10 55 15.38 65 92 5 56 8.20 61 93 9 52 14.75 61 94 9 53 14.52 62 95 9 53 14.52 62 96 8 47 14.55 55 97 10 44 18.52 54 98 4 49 7.55 53 99 9 45 16.67 54 100 5 47 9.62 52 101 3 51 5.56 54 102 6 42 12.50 48 103 6 54 10.00 60 104 4 45 8.16 49 105 5 48 9.43 53 106 5 42 10.64 47 107 5 37 11.90 42 108 3 37 7.50 40 109 5 41 10.87 46 110 4 45 8.16 49 111 5 47 9.62 52 112 4 32 11.11 36 113 5 41 10.87 46 114 6 44 12.00 50 115 6 40 13.04 46 116 4 40 9.09 44 117 6 39 13.33 45 118 6 40 13.04 46 119 5 41 10.87 46 120 5 30 14.29 35 121 7 34 17.07 41 122 5 32 13.51 37 123 5 26 16.13 31 124 5 39 11.36 44 125 3 24 11.11 27 126 2 30 6.25 32 127 2 34 5.56 36 128 2 30 6.25 32 129 4 30 11.76 34 130 2 30 6.25 32 131 3 5 37.50 8