CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 22 144 13.25 166 2 25 174 12.56 199 3 18 130 12.16 148 4 9 139 6.08 148 5 12 124 8.82 136 6 10 136 6.85 146 7 7 155 4.32 162 8 8 155 4.91 163 9 7 139 4.79 146 10 14 115 10.85 129 11 9 138 6.12 147 12 11 153 6.71 164 13 13 149 8.02 162 14 9 154 5.52 163 15 16 140 10.26 156 16 11 174 5.95 185 17 12 126 8.70 138 18 13 125 9.42 138 19 9 147 5.77 156 20 9 142 5.96 151 21 12 142 7.79 154 22 9 150 5.66 159 23 13 134 8.84 147 24 12 146 7.59 158 25 12 136 8.11 148 26 15 156 8.77 171 27 16 148 9.76 164 28 7 148 4.52 155 29 14 140 9.09 154 30 8 139 5.44 147 31 5 142 3.40 147 32 12 151 7.36 163 33 10 123 7.52 133 34 9 152 5.59 161 35 13 133 8.90 146 36 11 140 7.28 151 37 11 137 7.43 148 38 17 142 10.69 159 39 8 137 5.52 145 40 13 126 9.35 139 41 11 132 7.69 143 42 14 129 9.79 143 43 11 114 8.80 125 44 4 132 2.94 136 45 12 142 7.79 154 46 11 113 8.87 124 47 3 142 2.07 145 48 15 110 12.00 125 49 13 137 8.67 150 50 5 120 4.00 125 51 11 127 7.97 138 52 9 120 6.98 129 53 11 113 8.87 124 54 8 122 6.15 130 55 10 118 7.81 128 56 7 102 6.42 109 57 10 116 7.94 126 58 6 105 5.41 111 59 8 111 6.72 119 60 17 121 12.32 138 61 7 95 6.86 102 62 10 80 11.11 90 63 5 93 5.10 98 64 9 84 9.68 93 65 5 81 5.81 86 66 6 77 7.23 83 67 5 93 5.10 98 68 6 85 6.59 91 69 7 79 8.14 86 70 14 81 14.74 95 71 5 95 5.00 100 72 10 93 9.71 103 73 5 75 6.25 80 74 4 72 5.26 76 75 4 70 5.41 74 76 11 64 14.67 75 77 2 84 2.33 86 78 3 83 3.49 86 79 5 53 8.62 58 80 4 67 5.63 71 81 1 60 1.64 61 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 34 187 15.38 221 2 10 208 4.59 218 3 8 193 3.98 201 4 8 181 4.23 189 5 14 181 7.18 195 6 11 200 5.21 211 7 3 203 1.46 206 8 8 179 4.28 187 9 9 183 4.69 192 10 3 208 1.42 211 11 5 235 2.08 240 12 2 197 1.01 199 13 5 220 2.22 225 14 5 212 2.30 217 15 1 200 0.50 201 16 5 191 2.55 196 17 2 194 1.02 196 18 1 188 0.53 189 19 6 200 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106 0.93 107 76 1 118 0.84 119 77 1 112 0.88 113 78 3 115 2.54 118 79 2 102 1.92 104 80 4 86 4.44 90 81 1 47 2.08 48 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 242 707 25.50 949 2 196 731 21.14 927 3 227 735 23.60 962 4 240 711 25.24 951 5 206 771 21.08 977 6 205 749 21.49 954 7 248 726 25.46 974 8 182 777 18.98 959 9 236 773 23.39 1009 10 228 769 22.87 997 11 255 795 24.29 1050 12 226 752 23.11 978 13 243 755 24.35 998 14 243 783 23.68 1026 15 231 770 23.08 1001 16 245 779 23.93 1024 17 250 802 23.76 1052 18 266 811 24.70 1077 19 266 819 24.52 1085 20 276 835 24.84 1111 21 229 825 21.73 1054 22 249 842 22.82 1091 23 219 790 21.70 1009 24 269 838 24.30 1107 25 240 835 22.33 1075 26 251 787 24.18 1038 27 243 776 23.85 1019 28 244 828 22.76 1072 29 245 761 24.35 1006 30 245 789 23.69 1034 31 209 773 21.28 982 32 240 771 23.74 1011 33 218 763 22.22 981 34 233 782 22.96 1015 35 198 735 21.22 933 36 201 750 21.14 951 37 181 729 19.89 910 38 196 732 21.12 928 39 189 735 20.45 924 40 172 722 19.24 894 41 163 668 19.61 831 42 188 710 20.94 898 43 174 746 18.91 920 44 195 702 21.74 897 45 164 717 18.62 881 46 184 699 20.84 883 47 145 680 17.58 825 48 190 696 21.44 886 49 149 670 18.19 819 50 160 662 19.46 822 51 143 632 18.45 775 52 142 672 17.44 814 53 138 599 18.72 737 54 157 617 20.28 774 55 124 599 17.15 723 56 144 619 18.87 763 57 118 561 17.38 679 58 146 557 20.77 703 59 116 544 17.58 660 60 140 504 21.74 644 61 122 528 18.77 650 62 124 539 18.70 663 63 102 499 16.97 601 64 126 544 18.81 670 65 105 503 17.27 608 66 108 521 17.17 629 67 98 490 16.67 588 68 113 530 17.57 643 69 102 454 18.35 556 70 93 457 16.91 550 71 88 466 15.88 554 72 87 485 15.21 572 73 98 447 17.98 545 74 100 475 17.39 575 75 71 434 14.06 505 76 75 437 14.65 512 77 83 459 15.31 542 78 88 429 17.02 517 79 81 396 16.98 477 80 69 362 16.01 431 81 55 306 15.24 361 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 3 66 4.35 69 2 5 61 7.58 66 3 14 66 17.50 80 4 6 63 8.70 69 5 2 74 2.63 76 6 1 62 1.59 63 7 4 63 5.97 67 8 3 75 3.85 78 9 6 58 9.38 64 10 4 61 6.15 65 11 4 48 7.69 52 12 4 62 6.06 66 13 5 55 8.33 60 14 2 58 3.33 60 15 5 47 9.62 52 16 0 59 0.00 59 17 4 59 6.35 63 18 2 54 3.57 56 19 6 50 10.71 56 20 3 48 5.88 51 21 2 41 4.65 43 22 1 36 2.70 37 23 5 43 10.42 48 24 1 36 2.70 37 25 4 28 12.50 32 26 3 38 7.32 41 27 3 36 7.69 39 28 3 28 9.68 31 29 2 34 5.56 36 30 2 25 7.41 27 31 2 30 6.25 32 32 1 25 3.85 26 33 1 24 4.00 25 34 0 32 0.00 32 35 3 37 7.50 40 36 3 36 7.69 39 37 1 25 3.85 26 38 4 29 12.12 33 39 3 30 9.09 33 40 1 17 5.56 18 41 3 33 8.33 36 42 4 24 14.29 28 43 1 23 4.17 24 44 2 27 6.90 29 45 1 27 3.57 28 46 1 23 4.17 24 47 1 22 4.35 23 48 2 12 14.29 14 49 2 22 8.33 24 50 0 15 0.00 15 51 1 18 5.26 19 52 0 9 0.00 9 53 2 23 8.00 25 54 2 13 13.33 15 55 1 23 4.17 24 56 0 19 0.00 19 57 1 21 4.55 22 58 2 10 16.67 12 59 0 13 0.00 13 60 2 11 15.38 13 61 1 12 7.69 13 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