CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 23 133 14.74 156 2 22 133 14.19 155 3 11 119 8.46 130 4 14 119 10.53 133 5 10 116 7.94 126 6 11 129 7.86 140 7 17 103 14.17 120 8 9 150 5.66 159 9 10 110 8.33 120 10 15 138 9.80 153 11 12 125 8.76 137 12 12 116 9.38 128 13 14 122 10.29 136 14 5 150 3.23 155 15 12 130 8.45 142 16 14 119 10.53 133 17 9 135 6.25 144 18 8 131 5.76 139 19 8 128 5.88 136 20 3 121 2.42 124 21 17 124 12.06 141 22 12 129 8.51 141 23 8 143 5.30 151 24 11 129 7.86 140 25 10 144 6.49 154 26 14 136 9.33 150 27 15 131 10.27 146 28 12 131 8.39 143 29 15 112 11.81 127 30 15 131 10.27 146 31 11 140 7.28 151 32 13 133 8.90 146 33 13 117 10.00 130 34 20 132 13.16 152 35 5 124 3.88 129 36 9 109 7.63 118 37 3 114 2.56 117 38 11 137 7.43 148 39 12 115 9.45 127 40 9 112 7.44 121 41 11 115 8.73 126 42 10 121 7.63 131 43 9 121 6.92 130 44 4 117 3.31 121 45 9 99 8.33 108 46 11 101 9.82 112 47 9 121 6.92 130 48 4 109 3.54 113 49 4 113 3.42 117 50 8 106 7.02 114 51 11 117 8.59 128 52 7 94 6.93 101 53 7 90 7.22 97 54 12 118 9.23 130 55 6 114 5.00 120 56 10 102 8.93 112 57 6 82 6.82 88 58 3 98 2.97 101 59 9 87 9.38 96 60 9 105 7.89 114 61 10 81 10.99 91 62 7 84 7.69 91 63 8 94 7.84 102 64 6 98 5.77 104 65 10 85 10.53 95 66 3 101 2.88 104 67 7 87 7.45 94 68 6 88 6.38 94 69 9 84 9.68 93 70 6 62 8.82 68 71 8 79 9.20 87 72 4 74 5.13 78 73 5 77 6.10 82 74 5 69 6.76 74 75 8 73 9.88 81 76 9 75 10.71 84 77 8 64 11.11 72 78 4 63 5.97 67 79 6 61 8.96 67 80 4 65 5.80 69 81 7 48 12.73 55 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 59 155 27.57 214 2 13 189 6.44 202 3 7 189 3.57 196 4 9 163 5.23 172 5 13 170 7.10 183 6 12 147 7.55 159 7 4 173 2.26 177 8 8 157 4.85 165 9 9 168 5.08 177 10 9 181 4.74 190 11 1 156 0.64 157 12 7 186 3.63 193 13 6 186 3.12 192 14 4 169 2.31 173 15 3 169 1.74 172 16 4 200 1.96 204 17 1 157 0.63 158 18 6 155 3.73 161 19 7 184 3.66 191 20 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108 76 4 101 3.81 105 77 4 84 4.55 88 78 5 98 4.85 103 79 5 86 5.49 91 80 4 80 4.76 84 81 3 71 4.05 74 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 210 563 27.17 773 2 160 602 21.00 762 3 187 580 24.38 767 4 213 558 27.63 771 5 203 593 25.50 796 6 174 572 23.32 746 7 227 553 29.10 780 8 173 573 23.19 746 9 191 608 23.90 799 10 201 548 26.84 749 11 238 575 29.27 813 12 228 610 27.21 838 13 217 595 26.72 812 14 204 554 26.91 758 15 207 597 25.75 804 16 203 621 24.64 824 17 217 597 26.66 814 18 219 650 25.20 869 19 238 642 27.05 880 20 196 676 22.48 872 21 217 662 24.69 879 22 201 615 24.63 816 23 216 600 26.47 816 24 227 612 27.06 839 25 197 606 24.53 803 26 198 602 24.75 800 27 198 604 24.69 802 28 216 631 25.50 847 29 215 628 25.50 843 30 198 581 25.42 779 31 196 598 24.69 794 32 187 599 23.79 786 33 205 593 25.69 798 34 198 585 25.29 783 35 185 614 23.15 799 36 171 598 22.24 769 37 181 580 23.78 761 38 181 577 23.88 758 39 200 574 25.84 774 40 157 525 23.02 682 41 179 550 24.55 729 42 154 575 21.12 729 43 158 587 21.21 745 44 173 520 24.96 693 45 140 527 20.99 667 46 160 535 23.02 695 47 144 510 22.02 654 48 152 515 22.79 667 49 150 518 22.46 668 50 133 504 20.88 637 51 131 518 20.18 649 52 135 520 20.61 655 53 140 507 21.64 647 54 142 497 22.22 639 55 125 487 20.42 612 56 127 486 20.72 613 57 123 457 21.21 580 58 127 434 22.64 561 59 138 471 22.66 609 60 124 471 20.84 595 61 124 456 21.38 580 62 111 435 20.33 546 63 105 450 18.92 555 64 106 426 19.92 532 65 99 408 19.53 507 66 109 436 20.00 545 67 100 457 17.95 557 68 91 418 17.88 509 69 107 432 19.85 539 70 92 386 19.25 478 71 76 398 16.03 474 72 74 404 15.48 478 73 86 400 17.70 486 74 80 376 17.54 456 75 76 392 16.24 468 76 76 361 17.39 437 77 80 355 18.39 435 78 77 363 17.50 440 79 78 358 17.89 436 80 58 313 15.63 371 81 57 258 18.10 315 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 6 63 8.70 69 2 8 44 15.38 52 3 27 49 35.53 76 4 3 61 4.69 64 5 4 75 5.06 79 6 5 46 9.80 51 7 6 60 9.09 66 8 5 59 7.81 64 9 5 58 7.94 63 10 3 61 4.69 64 11 5 52 8.77 57 12 6 72 7.69 78 13 2 53 3.64 55 14 5 51 8.93 56 15 3 50 5.66 53 16 3 69 4.17 72 17 8 40 16.67 48 18 6 45 11.76 51 19 3 53 5.36 56 20 5 40 11.11 45 21 4 42 8.70 46 22 3 32 8.57 35 23 1 49 2.00 50 24 2 46 4.17 48 25 4 31 11.43 35 26 2 36 5.26 38 27 3 36 7.69 39 28 4 48 7.69 52 29 0 31 0.00 31 30 3 30 9.09 33 31 1 28 3.45 29 32 1 32 3.03 33 33 5 37 11.90 42 34 5 30 14.29 35 35 3 34 8.11 37 36 5 32 13.51 37 37 2 30 6.25 32 38 1 30 3.23 31 39 3 32 8.57 35 40 0 30 0.00 30 41 4 25 13.79 29 42 4 26 13.33 30 43 2 29 6.45 31 44 0 24 0.00 24 45 3 28 9.68 31 46 1 25 3.85 26 47 2 29 6.45 31 48 1 28 3.45 29 49 1 24 4.00 25 50 0 27 0.00 27 51 3 26 10.34 29 52 2 17 10.53 19 53 3 19 13.64 22 54 1 25 3.85 26 55 6 23 20.69 29 56 0 24 0.00 24 57 0 20 0.00 20 58 2 22 8.33 24 59 2 16 11.11 18 60 3 18 14.29 21 61 1 14 6.67 15 62 0 18 0.00 18 63 1 15 6.25 16 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