CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 1258168 18149052 6.48 19407220 2 15392087 323830 97.94 15715917 3 1232 56769 2.12 58001 4 16821 715905 2.30 732726 5 27035 1140468 2.32 1167503 6 39954 1168007 3.31 1207961 7 52415 1349056 3.74 1401471 8 53290 1424740 3.61 1478030 9 61448 1509108 3.91 1570556 10 63803 1578354 3.89 1642157 11 61006 1512701 3.88 1573707 12 50628 1354011 3.60 1404639 13 45940 1295045 3.43 1340985 14 53434 1559485 3.31 1612919 15 56874 1663358 3.31 1720232 16 81138 1726157 4.49 1807295 17 55905 1571810 3.43 1627715 18 52345 1471234 3.44 1523579 19 49517 1388277 3.44 1437794 20 55753 1505289 3.57 1561042 21 60434 1426560 4.06 1486994 22 60781 1320645 4.40 1381426 23 70706 1470072 4.59 1540778 24 71109 1451459 4.67 1522568 25 72861 1461792 4.75 1534653 26 84210 1496591 5.33 1580801 27 84820 1422326 5.63 1507146 28 81502 1343556 5.72 1425058 29 84268 1325623 5.98 1409891 30 94143 1394466 6.32 1488609 31 101899 1411041 6.74 1512940 32 117565 1383921 7.83 1501486 33 109652 1433482 7.11 1543134 34 119868 1485174 7.47 1605042 35 122201 1395064 8.05 1517265 36 120210 1340105 8.23 1460315 37 120926 1369829 8.11 1490755 38 114613 1270762 8.27 1385375 39 116888 1355062 7.94 1471950 40 137880 1379821 9.08 1517701 41 134567 1302409 9.36 1436976 42 134023 1259632 9.62 1393655 43 148062 1247314 10.61 1395376 44 127853 1279213 9.09 1407066 45 126260 1311095 8.78 1437355 46 129954 1402359 8.48 1532313 47 124440 1496548 7.68 1620988 48 119795 1360913 8.09 1480708 49 139688 1307457 9.65 1447145 50 145085 1303745 10.01 1448830 51 139694 1231921 10.18 1371615 52 148170 1322932 10.07 1471102 53 134602 1279921 9.52 1414523 54 140999 1230771 10.28 1371770 55 147085 1198579 10.93 1345664 56 150594 1203151 11.12 1353745 57 132055 1205110 9.88 1337165 58 156233 1243507 11.16 1399740 59 148058 1288039 10.31 1436097 60 157857 1257763 11.15 1415620 61 143471 1218499 10.53 1361970 62 147272 1279624 10.32 1426896 63 148858 1263264 10.54 1412122 64 154239 1241237 11.05 1395476 65 140595 1209284 10.42 1349879 66 148202 1183651 11.13 1331853 67 143879 1231051 10.46 1374930 68 141641 1179488 10.72 1321129 69 154924 1127172 12.08 1282096 70 143860 1157361 11.06 1301221 71 148360 1154745 11.39 1303105 72 186059 1187074 13.55 1373133 73 158912 1217835 11.54 1376747 74 147073 1148467 11.35 1295540 75 175187 1119042 13.54 1294229 76 199309 1201630 14.23 1400939 77 166708 1193914 12.25 1360622 78 188213 1097108 14.64 1285321 79 197713 1125941 14.94 1323654 80 156209 1121234 12.23 1277443 81 167840 1021839 14.11 1189679 82 143598 1014629 12.40 1158227 83 135377 1002322 11.90 1137699 84 137999 995407 12.18 1133406 85 140721 1045372 11.86 1186093 86 139956 1074944 11.52 1214900 87 142658 1029352 12.17 1172010 88 161010 992793 13.95 1153803 89 171178 963780 15.08 1134958 90 138855 971791 12.50 1110646 91 182455 1019209 15.18 1201664 92 155805 1012589 13.33 1168394 93 145406 940638 13.39 1086044 94 152963 976797 13.54 1129760 95 206997 972482 17.55 1179479 96 161879 955422 14.49 1117301 97 144840 908841 13.75 1053681 98 151959 920348 14.17 1072307 99 146540 916270 13.79 1062810 100 182750 898463 16.90 1081213 101 132805 937016 12.41 1069821 102 116549 901894 11.44 1018443 103 132581 870164 13.22 1002745 104 129030 856349 13.09 985379 105 120157 834077 12.59 954234 106 131172 815992 13.85 947164 107 120651 817083 12.87 937734 108 148816 788595 15.88 937411 109 168404 815362 17.12 983766 110 122207 812350 13.08 934557 111 119535 750924 13.73 870459 112 132674 814881 14.00 947555 113 114699 810641 12.40 925340 114 111873 752290 12.95 864163 115 107675 787940 12.02 895615 116 105649 774666 12.00 880315 117 116139 782440 12.92 898579 118 110961 771357 12.58 882318 119 108574 733329 12.90 841903 120 110961 721814 13.32 832775 121 159010 733924 17.81 892934 122 111899 835094 11.82 946993 123 96790 796835 10.83 893625 124 108091 744312 12.68 852403 125 110597 716546 13.37 827143 126 99969 744746 11.83 844715 127 104274 844117 10.99 948391 128 108296 808385 11.81 916681 129 102509 716844 12.51 819353 130 107144 719912 12.95 827056 131 105803 677855 13.50 783658 132 99082 666159 12.95 765241 133 92705 674338 12.09 767043 134 94851 723755 11.59 818606 135 104959 745595 12.34 850554 136 99509 694921 12.53 794430 137 106206 652479 14.00 758685 138 158593 654248 19.51 812841 139 107520 705202 13.23 812722 140 100062 643887 13.45 743949 141 97276 667575 12.72 764851 142 105119 678265 13.42 783384 143 93884 647877 12.66 741761 144 91905 610981 13.08 702886 145 96719 606753 13.75 703472 146 165599 605425 21.48 771024 147 102397 649486 13.62 751883 148 96991 581897 14.29 678888 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 23637 235297 9.13 258934 2 199509 6647 96.78 206156 3 138621 15681923 0.88 15820544 4 2399 583919 0.41 586318 5 2897 623301 0.46 626198 6 5070 997054 0.51 1002124 7 6436 1254069 0.51 1260505 8 7225 1087680 0.66 1094905 9 6818 1331235 0.51 1338053 10 6844 1235836 0.55 1242680 11 6202 1294209 0.48 1300411 12 6749 1307280 0.51 1314029 13 6602 1381175 0.48 1387777 14 6146 1271593 0.48 1277739 15 6825 1419919 0.48 1426744 16 6514 1339136 0.48 1345650 17 7434 1419248 0.52 1426682 18 6726 1425171 0.47 1431897 19 6577 1381964 0.47 1388541 20 6831 1304071 0.52 1310902 21 7022 1394887 0.50 1401909 22 6964 1280293 0.54 1287257 23 7579 1434685 0.53 1442264 24 6446 1236569 0.52 1243015 25 7099 1255666 0.56 1262765 26 6807 1215813 0.56 1222620 27 7340 1330166 0.55 1337506 28 6758 1296665 0.52 1303423 29 7496 1345139 0.55 1352635 30 7988 1443875 0.55 1451863 31 8855 1372020 0.64 1380875 32 7891 1352009 0.58 1359900 33 7080 1293736 0.54 1300816 34 7843 1353364 0.58 1361207 35 7586 1323568 0.57 1331154 36 7709 1332275 0.58 1339984 37 7563 1323653 0.57 1331216 38 6916 1211021 0.57 1217937 39 7467 1310841 0.57 1318308 40 7469 1219683 0.61 1227152 41 8181 1300964 0.62 1309145 42 7685 1297984 0.59 1305669 43 8162 1295752 0.63 1303914 44 7589 1204288 0.63 1211877 45 7906 1344877 0.58 1352783 46 7031 1220463 0.57 1227494 47 7917 1317654 0.60 1325571 48 7092 1231476 0.57 1238568 49 8726 1378701 0.63 1387427 50 7927 1275424 0.62 1283351 51 8000 1234102 0.64 1242102 52 7523 1186139 0.63 1193662 53 7375 1198207 0.61 1205582 54 7638 1174827 0.65 1182465 55 7759 1269617 0.61 1277376 56 7749 1186436 0.65 1194185 57 7964 1292114 0.61 1300078 58 8898 1350635 0.65 1359533 59 9181 1273837 0.72 1283018 60 8563 1222021 0.70 1230584 61 8581 1212860 0.70 1221441 62 8050 1126089 0.71 1134139 63 8275 1200635 0.68 1208910 64 7699 1127876 0.68 1135575 65 8394 1166008 0.71 1174402 66 7979 1141812 0.69 1149791 67 7903 1126312 0.70 1134215 68 7815 1146519 0.68 1154334 69 7676 1059181 0.72 1066857 70 7071 1110885 0.63 1117956 71 7695 1055730 0.72 1063425 72 8374 1071459 0.78 1079833 73 7283 1004928 0.72 1012211 74 7547 1037928 0.72 1045475 75 8179 1059307 0.77 1067486 76 9322 1135043 0.81 1144365 77 8501 1058816 0.80 1067317 78 9533 1137343 0.83 1146876 79 9253 1080611 0.85 1089864 80 8216 1066546 0.76 1074762 81 8344 1044069 0.79 1052413 82 7627 1035161 0.73 1042788 83 7574 973601 0.77 981175 84 7491 956186 0.78 963677 85 7477 951476 0.78 958953 86 6472 903563 0.71 910035 87 7646 994252 0.76 1001898 88 8137 1017302 0.79 1025439 89 8809 969713 0.90 978522 90 8033 1020796 0.78 1028829 91 7523 908990 0.82 916513 92 7723 928354 0.83 936077 93 7739 978870 0.78 986609 94 7821 938855 0.83 946676 95 8579 939297 0.91 947876 96 7265 934856 0.77 942121 97 8053 983319 0.81 991372 98 7256 876047 0.82 883303 99 8244 976360 0.84 984604 100 7620 829894 0.91 837514 101 6442 805058 0.79 811500 102 6193 818373 0.75 824566 103 6886 869612 0.79 876498 104 6896 783714 0.87 790610 105 6287 869389 0.72 875676 106 6388 773155 0.82 779543 107 6340 817185 0.77 823525 108 7435 832957 0.88 840392 109 6841 773589 0.88 780430 110 5938 807017 0.73 812955 111 6547 808753 0.80 815300 112 6793 785402 0.86 792195 113 5739 737680 0.77 743419 114 6020 784398 0.76 790418 115 5818 728789 0.79 734607 116 6306 775690 0.81 781996 117 6428 762622 0.84 769050 118 6124 767017 0.79 773141 119 7125 707373 1.00 714498 120 6709 739391 0.90 746100 121 6190 710711 0.86 716901 122 5940 655396 0.90 661336 123 5492 699109 0.78 704601 124 5132 687560 0.74 692692 125 6082 714546 0.84 720628 126 6019 774686 0.77 780705 127 6091 706104 0.86 712195 128 5481 685778 0.79 691259 129 5606 695038 0.80 700644 130 5511 661298 0.83 666809 131 5650 623961 0.90 629611 132 5215 624729 0.83 629944 133 5192 631214 0.82 636406 134 5124 641931 0.79 647055 135 5053 621135 0.81 626188 136 5475 614132 0.88 619607 137 5554 655025 0.84 660579 138 5947 602181 0.98 608128 139 5152 581293 0.88 586445 140 4730 610894 0.77 615624 141 5346 594403 0.89 599749 142 5514 585998 0.93 591512 143 4775 571318 0.83 576093 144 4910 596918 0.82 601828 145 6276 621075 1.00 627351 146 5912 556678 1.05 562590 147 5239 570706 0.91 575945 148 5121 570866 0.89 575987 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 7838 57545 11.99 65383 2 72564 6317 91.99 78881 3 26075 246142 9.58 272217 4 40408 5651175 0.71 5691583 5 40316 4917943 0.81 4958259 6 34734 4560998 0.76 4595732 7 34869 4516405 0.77 4551274 8 34656 4495256 0.77 4529912 9 35080 4583938 0.76 4619018 10 36331 4642269 0.78 4678600 11 36841 4532151 0.81 4568992 12 36881 5104868 0.72 5141749 13 39274 4918693 0.79 4957967 14 34866 4741506 0.73 4776372 15 36142 4738374 0.76 4774516 16 36144 4865326 0.74 4901470 17 35202 4733285 0.74 4768487 18 35766 4826993 0.74 4862759 19 36375 4839253 0.75 4875628 20 36073 4715185 0.76 4751258 21 34622 4746871 0.72 4781493 22 36017 4752539 0.75 4788556 23 32652 4615545 0.70 4648197 24 30449 4476209 0.68 4506658 25 33395 4871955 0.68 4905350 26 32349 4930794 0.65 4963143 27 29797 4691174 0.63 4720971 28 27491 4496954 0.61 4524445 29 28465 4645349 0.61 4673814 30 27641 4728099 0.58 4755740 31 25197 4496070 0.56 4521267 32 25231 4602599 0.55 4627830 33 24437 4619406 0.53 4643843 34 26055 4805447 0.54 4831502 35 23488 4610353 0.51 4633841 36 22206 4388702 0.50 4410908 37 22256 4503359 0.49 4525615 38 22062 4377537 0.50 4399599 39 22113 4494337 0.49 4516450 40 23124 4663916 0.49 4687040 41 21363 4405139 0.48 4426502 42 23238 4550136 0.51 4573374 43 22670 4580559 0.49 4603229 44 21669 4320029 0.50 4341698 45 21722 4375464 0.49 4397186 46 21640 4339131 0.50 4360771 47 21146 4196296 0.50 4217442 48 21324 4156953 0.51 4178277 49 20608 4083109 0.50 4103717 50 21612 4250445 0.51 4272057 51 22690 4505037 0.50 4527727 52 22206 4425611 0.50 4447817 53 22897 4471889 0.51 4494786 54 21554 4243167 0.51 4264721 55 22141 4232988 0.52 4255129 56 21637 4136250 0.52 4157887 57 21345 4161332 0.51 4182677 58 21686 4158421 0.52 4180107 59 20268 3982183 0.51 4002451 60 20640 3934936 0.52 3955576 61 19976 3821312 0.52 3841288 62 21100 4075400 0.52 4096500 63 21307 4096581 0.52 4117888 64 20609 3932480 0.52 3953089 65 19903 3776317 0.52 3796220 66 19711 3698553 0.53 3718264 67 20095 3846317 0.52 3866412 68 19791 3768972 0.52 3788763 69 20263 3853986 0.52 3874249 70 19924 3797859 0.52 3817783 71 20169 3710235 0.54 3730404 72 20084 3681157 0.54 3701241 73 19720 3671980 0.53 3691700 74 20476 3714062 0.55 3734538 75 19047 3540827 0.54 3559874 76 19176 3606749 0.53 3625925 77 19972 3655358 0.54 3675330 78 20375 3641685 0.56 3662060 79 18933 3494463 0.54 3513396 80 18722 3390320 0.55 3409042 81 17611 3262027 0.54 3279638 82 18276 3309669 0.55 3327945 83 18447 3343918 0.55 3362365 84 18680 3414562 0.54 3433242 85 18456 3357587 0.55 3376043 86 18396 3291359 0.56 3309755 87 18719 3369950 0.55 3388669 88 18165 3235123 0.56 3253288 89 17650 3174921 0.55 3192571 90 16942 3006903 0.56 3023845 91 16831 3049542 0.55 3066373 92 16516 3014447 0.54 3030963 93 16927 3062389 0.55 3079316 94 16708 2990951 0.56 3007659 95 17453 3059824 0.57 3077277 96 17150 3029188 0.56 3046338 97 17150 3017158 0.57 3034308 98 15776 2880690 0.54 2896466 99 16527 2943416 0.56 2959943 100 15634 2768317 0.56 2783951 101 15822 2800061 0.56 2815883 102 15993 2807065 0.57 2823058 103 15684 2777491 0.56 2793175 104 15902 2825438 0.56 2841340 105 16355 2845465 0.57 2861820 106 15487 2729930 0.56 2745417 107 15523 2709831 0.57 2725354 108 15555 2701797 0.57 2717352 109 14847 2588798 0.57 2603645 110 14797 2550749 0.58 2565546 111 14398 2545727 0.56 2560125 112 14283 2552423 0.56 2566706 113 14182 2540677 0.56 2554859 114 14288 2559117 0.56 2573405 115 14398 2592806 0.55 2607204 116 14056 2479612 0.56 2493668 117 14100 2420589 0.58 2434689 118 14680 2620918 0.56 2635598 119 14197 2479937 0.57 2494134 120 13739 2370081 0.58 2383820 121 13541 2296715 0.59 2310256 122 13003 2295251 0.56 2308254 123 13115 2298022 0.57 2311137 124 13582 2290251 0.59 2303833 125 13114 2190529 0.60 2203643 126 13088 2202290 0.59 2215378 127 12495 2178685 0.57 2191180 128 13238 2303637 0.57 2316875 129 13193 2229922 0.59 2243115 130 12699 2145236 0.59 2157935 131 12219 2136280 0.57 2148499 132 12755 2206660 0.57 2219415 133 12755 2154788 0.59 2167543 134 13029 2152028 0.60 2165057 135 12199 2092640 0.58 2104839 136 11865 2081045 0.57 2092910 137 11494 1982107 0.58 1993601 138 11774 2011417 0.58 2023191 139 11611 2011145 0.57 2022756 140 11527 1947985 0.59 1959512 141 11840 1978342 0.59 1990182 142 11427 1912943 0.59 1924370 143 11592 1905846 0.60 1917438 144 11631 1928909 0.60 1940540 145 11272 1898387 0.59 1909659 146 10834 1841573 0.58 1852407 147 11314 1898549 0.59 1909863 148 11054 1814819 0.61 1825873 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 10182 451222 2.21 461404 2 14724 450283 3.17 465007 3 18910 473526 3.84 492436 4 20857 514362 3.90 535219 5 25250 575233 4.20 600483 6 27654 564067 4.67 591721 7 19580 512244 3.68 531824 8 17919 463375 3.72 481294 9 16293 434301 3.62 450594 10 19067 540058 3.41 559125 11 19761 577426 3.31 597187 12 29486 622519 4.52 652005 13 26851 578652 4.43 605503 14 19101 483039 3.80 502140 15 16347 442686 3.56 459033 16 15953 434609 3.54 450562 17 17093 430074 3.82 447167 18 16279 412236 3.80 428515 19 17624 452375 3.75 469999 20 19970 486089 3.95 506059 21 15511 443744 3.38 459255 22 15537 439836 3.41 455373 23 15463 417052 3.58 432515 24 13234 391178 3.27 404412 25 13550 392863 3.33 406413 26 15603 389166 3.85 404769 27 16558 394420 4.03 410978 28 14100 379824 3.58 393924 29 14039 376063 3.60 390102 30 14717 385169 3.68 399886 31 15095 357111 4.06 372206 32 14740 364723 3.88 379463 33 14222 367427 3.73 381649 34 13227 345159 3.69 358386 35 15586 372564 4.02 388150 36 16741 368745 4.34 385486 37 13466 361826 3.59 375292 38 12847 343835 3.60 356682 39 10717 316289 3.28 327006 40 11546 310702 3.58 322248 41 11433 296362 3.71 307795 42 10519 316095 3.22 326614 43 11331 317822 3.44 329153 44 11160 301531 3.57 312691 45 12320 316350 3.75 328670 46 12937 321402 3.87 334339 47 11064 301993 3.53 313057 48 11584 335523 3.34 347107 49 11469 311533 3.55 323002 50 10928 274833 3.82 285761 51 10946 262203 4.01 273149 52 10561 261016 3.89 271577 53 9418 259169 3.51 268587 54 9931 269877 3.55 279808 55 10747 296007 3.50 306754 56 9974 272334 3.53 282308 57 10178 277361 3.54 287539 58 11726 286607 3.93 298333 59 12129 285976 4.07 298105 60 9637 272812 3.41 282449 61 9363 272054 3.33 281417 62 8855 252468 3.39 261323 63 8331 268180 3.01 276511 64 8153 268120 2.95 276273 65 8670 239662 3.49 248332 66 8277 234119 3.41 242396 67 8089 233524 3.35 241613 68 8064 233527 3.34 241591 69 7927 236655 3.24 244582 70 7760 222476 3.37 230236 71 7264 219039 3.21 226303 72 12288 287792 4.09 300080 73 13277 280776 4.52 294053 74 8549 224750 3.66 233299 75 8295 223273 3.58 231568 76 8605 228210 3.63 236815 77 6952 194576 3.45 201528 78 6300 192384 3.17 198684 79 6552 186340 3.40 192892 80 6599 183748 3.47 190347 81 6555 188660 3.36 195215 82 7409 188261 3.79 195670 83 7510 176386 4.08 183896 84 6843 176440 3.73 183283 85 6158 176162 3.38 182320 86 6403 173309 3.56 179712 87 6713 185731 3.49 192444 88 7688 179592 4.11 187280 89 5355 157283 3.29 162638 90 5794 168504 3.32 174298 91 6019 168011 3.46 174030 92 5531 155312 3.44 160843 93 5142 148174 3.35 153316 94 5055 149261 3.28 154316 95 5072 146864 3.34 151936 96 4729 139823 3.27 144552 97 4918 140237 3.39 145155 98 4670 138978 3.25 143648 99 4971 139356 3.44 144327 100 4760 135965 3.38 140725 101 4735 131655 3.47 136390 102 4641 131714 3.40 136355 103 4429 130759 3.28 135188 104 4384 128414 3.30 132798 105 4565 127337 3.46 131902 106 4377 127127 3.33 131504 107 4311 119376 3.49 123687 108 4470 121269 3.55 125739 109 4778 119323 3.85 124101 110 4321 117525 3.55 121846 111 4474 120945 3.57 125419 112 3998 117418 3.29 121416 113 4157 115102 3.49 119259 114 3756 110459 3.29 114215 115 3944 106885 3.56 110829 116 4208 110015 3.68 114223 117 4306 111481 3.72 115787 118 4020 104739 3.70 108759 119 4033 109589 3.55 113622 120 4106 107846 3.67 111952 121 4204 102003 3.96 106207 122 3846 100147 3.70 103993 123 3683 98525 3.60 102208 124 3355 97287 3.33 100642 125 3432 93817 3.53 97249 126 3769 95528 3.80 99297 127 3628 94787 3.69 98415 128 3666 92531 3.81 96197 129 3570 92174 3.73 95744 130 3317 93137 3.44 96454 131 3409 92274 3.56 95683 132 3232 85579 3.64 88811 133 2935 86011 3.30 88946 134 3067 82449 3.59 85516 135 2781 79077 3.40 81858 136 3111 80306 3.73 83417 137 2945 80173 3.54 83118 138 2933 81982 3.45 84915 139 2711 78584 3.33 81295 140 2572 78314 3.18 80886 141 2535 77011 3.19 79546 142 2627 74722 3.40 77349 143 2772 73105 3.65 75877 144 2559 72362 3.42 74921 CHG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 921 211217 0.43 212138 2 2601 407343 0.63 409944 3 2863 446660 0.64 449523 4 2928 406400 0.72 409328 5 3024 456792 0.66 459816 6 3027 443612 0.68 446639 7 2620 429469 0.61 432089 8 2870 456766 0.62 459636 9 2393 442558 0.54 444951 10 2342 404341 0.58 406683 11 3122 529193 0.59 532315 12 2867 502775 0.57 505642 13 2708 456855 0.59 459563 14 3237 518258 0.62 521495 15 3000 462396 0.64 465396 16 2413 395549 0.61 397962 17 2346 420232 0.56 422578 18 2117 362375 0.58 364492 19 2443 388631 0.62 391074 20 2116 378943 0.56 381059 21 2095 362346 0.57 364441 22 2225 362410 0.61 364635 23 2151 361300 0.59 363451 24 2009 355492 0.56 357501 25 1828 365218 0.50 367046 26 2478 422092 0.58 424570 27 2235 381456 0.58 383691 28 2294 411258 0.55 413552 29 2121 367046 0.57 369167 30 2241 392342 0.57 394583 31 1979 329191 0.60 331170 32 1977 337919 0.58 339896 33 1917 346420 0.55 348337 34 1965 325631 0.60 327596 35 2018 332323 0.60 334341 36 1881 331993 0.56 333874 37 1767 300628 0.58 302395 38 2063 340659 0.60 342722 39 1712 298231 0.57 299943 40 1767 292800 0.60 294567 41 1777 306764 0.58 308541 42 1697 285071 0.59 286768 43 1664 296378 0.56 298042 44 1662 291778 0.57 293440 45 1754 308873 0.56 310627 46 1689 301805 0.56 303494 47 1658 288495 0.57 290153 48 1892 296316 0.63 298208 49 1493 270996 0.55 272489 50 1525 269467 0.56 270992 51 1581 264324 0.59 265905 52 1540 260663 0.59 262203 53 1500 259009 0.58 260509 54 1566 292874 0.53 294440 55 1474 251958 0.58 253432 56 1380 254129 0.54 255509 57 1408 244217 0.57 245625 58 1360 231823 0.58 233183 59 1403 251907 0.55 253310 60 1325 231152 0.57 232477 61 1328 234795 0.56 236123 62 1360 232030 0.58 233390 63 1238 219632 0.56 220870 64 1153 212081 0.54 213234 65 1235 221381 0.55 222616 66 1299 220870 0.58 222169 67 1156 213277 0.54 214433 68 1215 223718 0.54 224933 69 1140 203996 0.56 205136 70 1070 202250 0.53 203320 71 1169 199694 0.58 200863 72 1174 219587 0.53 220761 73 1145 212993 0.53 214138 74 1157 203953 0.56 205110 75 1297 220761 0.58 222058 76 1083 190075 0.57 191158 77 1161 195847 0.59 197008 78 1015 178564 0.57 179579 79 990 182386 0.54 183376 80 983 174152 0.56 175135 81 973 170361 0.57 171334 82 881 160726 0.55 161607 83 883 176265 0.50 177148 84 928 176234 0.52 177162 85 1099 165960 0.66 167059 86 1097 182716 0.60 183813 87 997 160563 0.62 161560 88 853 156610 0.54 157463 89 853 154705 0.55 155558 90 813 146472 0.55 147285 91 761 144288 0.52 145049 92 784 145946 0.53 146730 93 875 144187 0.60 145062 94 790 132799 0.59 133589 95 723 139955 0.51 140678 96 749 132781 0.56 133530 97 756 130210 0.58 130966 98 748 133018 0.56 133766 99 778 131984 0.59 132762 100 753 129247 0.58 130000 101 743 136502 0.54 137245 102 626 122557 0.51 123183 103 717 126206 0.56 126923 104 638 123695 0.51 124333 105 688 123882 0.55 124570 106 669 125032 0.53 125701 107 696 122639 0.56 123335 108 595 113962 0.52 114557 109 582 114286 0.51 114868 110 663 117228 0.56 117891 111 580 108207 0.53 108787 112 655 109627 0.59 110282 113 617 108662 0.56 109279 114 585 108419 0.54 109004 115 563 99963 0.56 100526 116 621 103295 0.60 103916 117 583 99265 0.58 99848 118 533 97196 0.55 97729 119 538 97176 0.55 97714 120 501 95231 0.52 95732 121 525 95240 0.55 95765 122 509 95486 0.53 95995 123 533 94087 0.56 94620 124 580 90080 0.64 90660 125 488 92390 0.53 92878 126 521 86573 0.60 87094 127 437 85632 0.51 86069 128 464 85584 0.54 86048 129 443 83437 0.53 83880 130 403 86093 0.47 86496 131 392 80120 0.49 80512 132 445 80803 0.55 81248 133 451 78959 0.57 79410 134 443 78041 0.56 78484 135 405 77431 0.52 77836 136 388 73546 0.52 73934 137 414 74009 0.56 74423 138 404 70719 0.57 71123 139 310 70587 0.44 70897 140 410 70704 0.58 71114 141 363 68206 0.53 68569 142 410 66987 0.61 67397 143 393 69119 0.57 69512 144 396 63428 0.62 63824 CHH context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 14028 1902434 0.73 1916462 2 10437 1707038 0.61 1717475 3 10199 1630576 0.62 1640775 4 10406 1691268 0.61 1701674 5 12376 1958706 0.63 1971082 6 10366 1633543 0.63 1643909 7 9628 1604651 0.60 1614279 8 10992 1765739 0.62 1776731 9 10967 1723965 0.63 1734932 10 9941 1738967 0.57 1748908 11 10057 1723199 0.58 1733256 12 9356 1586696 0.59 1596052 13 9894 1682464 0.58 1692358 14 10061 1659463 0.60 1669524 15 9848 1631652 0.60 1641500 16 9170 1533606 0.59 1542776 17 8260 1416835 0.58 1425095 18 9046 1507779 0.60 1516825 19 9218 1578284 0.58 1587502 20 9046 1454898 0.62 1463944 21 8852 1506270 0.58 1515122 22 9064 1518655 0.59 1527719 23 8521 1447336 0.59 1455857 24 7819 1364226 0.57 1372045 25 7961 1392308 0.57 1400269 26 7840 1408929 0.55 1416769 27 8492 1389273 0.61 1397765 28 8412 1340563 0.62 1348975 29 7873 1311707 0.60 1319580 30 7919 1337533 0.59 1345452 31 7555 1276827 0.59 1284382 32 7244 1237731 0.58 1244975 33 7482 1258789 0.59 1266271 34 7766 1269060 0.61 1276826 35 7265 1201772 0.60 1209037 36 7622 1242537 0.61 1250159 37 6446 1133043 0.57 1139489 38 7002 1171926 0.59 1178928 39 7099 1186343 0.59 1193442 40 6348 1073173 0.59 1079521 41 6564 1155682 0.56 1162246 42 6905 1176408 0.58 1183313 43 6080 1045087 0.58 1051167 44 6096 1026876 0.59 1032972 45 6054 1001084 0.60 1007138 46 6713 1120910 0.60 1127623 47 6791 1199799 0.56 1206590 48 6586 1155653 0.57 1162239 49 6633 1080391 0.61 1087024 50 6311 1118246 0.56 1124557 51 5709 984329 0.58 990038 52 5587 948735 0.59 954322 53 5901 1018868 0.58 1024769 54 6011 1058925 0.56 1064936 55 5616 993093 0.56 998709 56 5188 891650 0.58 896838 57 4925 864198 0.57 869123 58 5957 987766 0.60 993723 59 5471 955025 0.57 960496 60 5009 879917 0.57 884926 61 5184 904303 0.57 909487 62 5073 886816 0.57 891889 63 5057 907669 0.55 912726 64 4954 861690 0.57 866644 65 5227 890085 0.58 895312 66 5138 899505 0.57 904643 67 4773 836848 0.57 841621 68 4736 837845 0.56 842581 69 4878 859603 0.56 864481 70 5228 897723 0.58 902951 71 4215 749894 0.56 754109 72 4356 746543 0.58 750899 73 4302 735549 0.58 739851 74 4739 821427 0.57 826166 75 3958 727090 0.54 731048 76 3908 694517 0.56 698425 77 3711 654022 0.56 657733 78 3912 701102 0.55 705014 79 4231 732782 0.57 737013 80 4008 696435 0.57 700443 81 3863 693120 0.55 696983 82 3509 623236 0.56 626745 83 3675 659931 0.55 663606 84 3349 611726 0.54 615075 85 3631 642154 0.56 645785 86 3303 584899 0.56 588202 87 3334 582991 0.57 586325 88 3211 564271 0.57 567482 89 3707 614459 0.60 618166 90 3254 573779 0.56 577033 91 3347 607242 0.55 610589 92 3248 594564 0.54 597812 93 3115 534081 0.58 537196 94 3018 526728 0.57 529746 95 2852 514951 0.55 517803 96 2742 478033 0.57 480775 97 2884 486598 0.59 489482 98 2853 507298 0.56 510151 99 2899 488372 0.59 491271 100 2743 474981 0.57 477724 101 2615 463048 0.56 465663 102 2650 467050 0.56 469700 103 2647 458147 0.57 460794 104 2620 450915 0.58 453535 105 2305 423416 0.54 425721 106 2291 423944 0.54 426235 107 2357 417259 0.56 419616 108 2358 417934 0.56 420292 109 2213 409805 0.54 412018 110 2274 405110 0.56 407384 111 2300 405951 0.56 408251 112 2276 394487 0.57 396763 113 2092 387258 0.54 389350 114 2094 384971 0.54 387065 115 2147 383108 0.56 385255 116 2223 367887 0.60 370110 117 1998 362872 0.55 364870 118 1974 352516 0.56 354490 119 1837 340086 0.54 341923 120 1958 349491 0.56 351449 121 1864 339144 0.55 341008 122 1835 339752 0.54 341587 123 1898 332378 0.57 334276 124 1828 326652 0.56 328480 125 1730 325134 0.53 326864 126 1746 314037 0.55 315783 127 1743 309626 0.56 311369 128 1834 311203 0.59 313037 129 1767 301437 0.58 303204 130 1539 285014 0.54 286553 131 1608 293067 0.55 294675 132 1649 285692 0.57 287341 133 1654 279630 0.59 281284 134 1615 280023 0.57 281638 135 1524 269954 0.56 271478 136 1483 273626 0.54 275109 137 1602 274397 0.58 275999 138 1455 262144 0.55 263599 139 1464 249965 0.58 251429 140 1497 254440 0.58 255937 141 1384 250391 0.55 251775 142 1365 245327 0.55 246692 143 1410 242556 0.58 243966 144 1279 240466 0.53 241745