Genome: /home/shared/8TB_HDD_02/shedurkin/deep-dive-expression/E-Peve/data/Porites_evermanni_v1.fa Alignments: /home/shared/8TB_HDD_02/shedurkin/deep-dive-expression/E-Peve/output/05-Peve-sRNA-ShortStack_4.1.0/ShortStack_out/merged_alignments.bam Location: Porites_evermani_scaffold_430:205865-205960 minus PDF file name: /home/shared/8TB_HDD_02/shedurkin/deep-dive-expression/E-Peve/output/05-Peve-sRNA-ShortStack_4.1.0/ShortStack_out/strucVis/Cluster_5563.ps.pdf Locus Name: Cluster_5563 UGAAGUGUUGUUUCUAGAGGCGGUGAAAGUCGUCUCAAUACACAGUUGAUGUAUAUUGUACGACUCUCAUCGUGUUUGUGACAAUCUCUUAUUUCA ((((((((((((..((((.(((((((.((((((..(((((.(((.....))).))))).)))))).))))))).)))).)))))).....)))))) (-33.20) ....................CGGUGAAAGUCGUCUCAAUACAu..................................................... len:23 al:5 ....................CGGUGAAAGUCGUCUCAAUAC....................................................... len:21 al:1 ....................CGGUGAAAGUCGUCUCAAUACAC..................................................... len:23 al:4 ....................CGGUGAAAGUCGUCUCAAUACACA.................................................... len:24 al:6 ....................CGGUGAAAGUCGUCUCAAUACA...................................................... len:22 al:5 .........................AAAGUCGUCUCAAUACACAGUUG................................................ len:23 al:1 ............................................GUUGAUGUAUAUUGUACGACUCUCAUCGUGc..................... len:31 al:1 ............................................GUUGAUGUAUAUUGUACGACUCUCAUCGUG...................... len:30 al:5 ............................................GUUGAUGUAUAUUGUACGACUCUCAUCGUGU..................... len:31 al:15 ............................................GUUGAUGUAUAUUGUACGACUCUCAUC......................... len:27 al:2 ............................................GUUGAUGUAUAUUGUACGACUCcCAUCGUG...................... len:30 al:1 ...................................................UAUAUUGUACGACUCUCAUu......................... len:20 al:27 ...................................................UAUAUUGUACGACUCUCAc.......................... len:19 al:27 ...................................................UAUAUUGUACGACUCUCAUCGUGUaU................... len:26 al:1 ...................................................UAUAUcGUACGACUCUCAUCGUGU..................... len:24 al:2 ...................................................UAUAUUGUACGACUCcCAUCGUGU..................... len:24 al:2 ...................................................UAUAcUGUACGACUCUCAU.......................... len:19 al:1 ...................................................UAUAUUGUgCGACUCUCAU.......................... len:19 al:1 ...................................................UAUAUUGUACGACUCUCAUCGUGUU.................... len:25 al:1 ...................................................UAUgUUGUACGACUCUCAUCGUG...................... len:23 al:1 ...................................................UAUAUUGUACGACUCUCAU.......................... len:19 al:286 ...................................................UAUAUUGUACGACUCUCAUCGc....................... len:22 al:11 ...................................................UAUAUUGUACGACUCUCAUCGUGg..................... len:24 al:2 ...................................................UAUAUUGUACGACUCUCAUCGUu...................... len:23 al:3 ...................................................UAUAUUGUACGACUCUCAcCGU....................... len:22 al:1 ...................................................UAUAUUGUACGACUCUCAUCGcGU..................... len:24 al:4 ...................................................UAUAUUGUAuGACUCUCAUC......................... len:20 al:1 ...................................................UAUAUUGUACGACUCUCAUCGUGUUU................... len:26 al:1 ...................................................UAUAUUGUACGAgUCUCAUC......................... len:20 al:1 ...................................................UAUAUUGUACGACUCUCAUa......................... len:20 al:6 ...................................................UAUAUUGUACGACUCUCAUCGUuU..................... len:24 al:1 ...................................................UAUAUcGUACGACUCUCAUCGUG...................... len:23 al:1 ...................................................UAUAUUGUACGACUCUCAUCGUGU..................... len:24 al:487 ...................................................UAUAUUGUACGACUCUCgU.......................... len:19 al:2 ...................................................UAUAUUGUACGACUCUCA........................... len:18 al:2 ...................................................UAUAUUaUACGACUCUCAUCGUG...................... len:23 al:1 ...................................................UAUAUUGUACGACUCUCAUCGUa...................... len:23 al:15 ...................................................UAUAUUGUACGACUCUCAUCGgG...................... len:23 al:1 ...................................................UAUAUUGUcCGACUCUCAUCGUGU..................... len:24 al:1 ...................................................UAUAUUGUACGACUCUu............................ len:17 al:1 ...................................................UAUAUUGUAuGACUCUCAUCGUGU..................... len:24 al:1 ...................................................UAUAUUGUACGgCUCUCAU.......................... len:19 al:2 ...................................................UAUAUUGcACGACUCUCAU.......................... len:19 al:1 ...................................................UAUAUUGUACGACcCUCAUC......................... len:20 al:3 ...................................................cAUAUUGUACGACUCUCAUC......................... len:20 al:2 ...................................................UAUgUUGUACGACUCUCAUCGUGU..................... len:24 al:1 ...................................................UAUAUUGUACGACUCUCAUCGUG...................... len:23 al:155 ...................................................UAUAUUGUACGACUCUCAUCGU....................... len:22 al:41 ...................................................UAUAUUGUACGgCUCUCAUC......................... len:20 al:2 ...................................................aAUAUUGUACGACUCUCAUC......................... len:20 al:2 ...................................................UAUAUUGUACGACUCUCAUCGUGa..................... len:24 al:2 ...................................................UAUAUUGUACGACUCUCAUuGU....................... len:22 al:4 ...................................................UAUAUUGUACGgCUCUCAUCGUG...................... len:23 al:1 ...................................................UAUAUUGUACGACUCUCAUC......................... len:20 al:600 ...................................................aAUAUUGUACGACUCUCAUCGUGU..................... len:24 al:4 ...................................................UAUAcUGUACGACUCUCAUCGUGU..................... len:24 al:1 ...................................................UAUAUcGUACGACUCUCAU.......................... len:19 al:2 ...................................................UAUAUUGUACGACUCUCAUCc........................ len:21 al:1 ...................................................UAUAUUGUACGACUCUCAUCGUGUa.................... len:25 al:7 ...................................................UAUAUUGUgCGACUCUCAUCGUGU..................... len:24 al:2 ...................................................UAUAUUGUACGACUCUCAUCGUaU..................... len:24 al:2 ...................................................UAUAUUGUACGACUCUuAUCGUGU..................... len:24 al:1 ...................................................UAUAUUGUACGACUCUCgUC......................... len:20 al:6 ...................................................UAUAUUGUACGACUCcCAUCGUG...................... len:23 al:3 ...................................................UAUAUUGUACGACcCUCAUCGUGU..................... len:24 al:1 ...................................................UAUAUUGUACaACUCUCAUC......................... len:20 al:3 ...................................................UAUAUUGUACGACUCUCAcC......................... len:20 al:2 ...................................................UAUAUUGUACGACUCUCAUCGUaUU.................... len:25 al:9 ...................................................UAUAUUGUACGACUCUCAcCGUGU..................... len:24 al:3 ...................................................UAUAUUGUACGACUCUCAUCG........................ len:21 al:16 ...................................................UAUAUUGUACGAuUCUCAUC......................... len:20 al:1 ...................................................UgUAUUGUACGACUCUCAUCGUGU..................... len:24 al:2 ...................................................UAUAUUGcACGACUCUCAUCGUGU..................... len:24 al:1 ...................................................UAUAUUGUACGAuUCUCAUCGUGU..................... len:24 al:1 ...................................................UgUAUUGUACGACUCUCAUC......................... len:20 al:2 ...................................................UAUAUUGUACGACUCUCAUCGUGc..................... len:24 al:72 ...................................................UAUAUUGUACGACUCUCAa.......................... len:19 al:1 ...................................................UAUAUUGUACGACUCUCAUCa........................ len:21 al:7 ...................................................UAUAUUGUACGACUCUCgUCGUG...................... len:23 al:2 ...................................................UAUgUUGUACGACUCUCAUC......................... len:20 al:3 ...................................................UAUAcUGUACGACUCUCAUCGUG...................... len:23 al:1 ...................................................UAUAUUuUACGACUCUCAUCGUGU..................... len:24 al:1 ...................................................UAUAUUGUACGACaCUCAUCGUG...................... len:23 al:1 ...................................................UAUAUUGUACGACaCUCAUC......................... len:20 al:1 ....................................................AUAUUGUACGACUCaCAUC......................... len:19 al:1 ....................................................AUAUUGUACGACcCUCAUC......................... len:19 al:1 ....................................................AUAUUGUACGgCUCUCAUC......................... len:19 al:1 ....................................................AUAUUGUACGACUCUCAUCGUaU..................... len:23 al:1 ....................................................AUAUUGUAuGACUCUCAU.......................... len:18 al:1 ....................................................AUAUUGUACGgCUCUCAUCGU....................... len:21 al:4 ....................................................AUAUUGUACGACUCUCAUCGUGUU.................... len:24 al:1 ....................................................AUAUUGUACGACUCcCAUC......................... len:19 al:2 ....................................................AUAcUGUACGACUCUCAUC......................... len:19 al:2 ....................................................AUAUUGUACGACUCUCAUCa........................ len:20 al:1 ....................................................AUAUUGUACGACUCUCgUCGUGU..................... len:23 al:1 ....................................................AUAUUGUACGACUCUCAUCGUGc..................... len:23 al:33 ....................................................AUAUUGUACGACUCUCAcC......................... len:19 al:1 ....................................................AUAUUGUACGACUCUCAU.......................... len:18 al:65 ....................................................AUAUUGUACGACUCUuAUC......................... len:19 al:1 ....................................................AUAUUGUACGACUCUCAUCGUG...................... len:22 al:24 ....................................................AUAUUGUACGACUCcCAUCGUGU..................... len:23 al:1 ....................................................AUAUcGUACGACUCUCAUCGUGU..................... len:23 al:4 ....................................................AUAUUGUAuGACUCUCAUCGUGU..................... len:23 al:1 ....................................................AUAUUGUACGACUCUCAUCGU....................... len:21 al:14 ....................................................AUAUUGUACGACUCUCAUCG........................ len:20 al:6 ....................................................AUgUUGUACGACUCUCAUC......................... len:19 al:1 ....................................................AcAUUGUACGACUCUCAUCGUGU..................... len:23 al:2 ....................................................AUAUUGUACGACUCUCAUCGUGa..................... len:23 al:2 ....................................................AUgUUGUACGACUCUCAUCGUGU..................... len:23 al:1 ....................................................AUAUUGUACGACUCUCAUu......................... len:19 al:9 ....................................................AUAUUGUACGACUCUCAUCGUGUaU................... len:25 al:3 ....................................................AUAUUGUACGACUCUCAUCGUGg..................... len:23 al:2 ....................................................AUAcUGUACGACUCUCAUCGUGU..................... len:23 al:1 ....................................................AUAUUGUACGACUCUCAUCGUu...................... len:22 al:1 ....................................................AUAUUGUACGACUCUCAUCu........................ len:20 al:1 ....................................................AUAUUGUACGACUCUCAUCGUGU..................... len:23 al:222 ....................................................AUAUUGgACGACUCUCAUCGUGU..................... len:23 al:2 ....................................................AUAUUGUACGACUCUCAUC......................... len:19 al:138 ....................................................AUAUUGUACGACUCUCAUCGUa...................... len:22 al:6 ....................................................AUAUUGUACGACUCUCAc.......................... len:18 al:5 .....................................................UAUUGUACGACUCUCAUC......................... len:18 al:24 .....................................................UAUUGUACGACUCUCAUu......................... len:18 al:1 .....................................................UAUUGUACGACUCUCAUCGUGUU.................... len:23 al:7 .....................................................UAUUGUACGACUCUCAU.......................... len:17 al:1 .....................................................UAUUGcACGACUCUCAUCG........................ len:19 al:1 .....................................................UAUUGUACGACUCUCAUCGUGUa.................... len:23 al:4 .....................................................aAUUGUACGACUCUCAUCGUGU..................... len:22 al:2 .....................................................UAUUGUACGACUCUCAUCGUGc..................... len:22 al:3 .....................................................UAUUGUACGACUCUCAgC......................... len:18 al:1 .....................................................UAUUGUACGACUCUCAUCGUa...................... len:21 al:2 .....................................................UAUUGUACGACUCUaAUCGUG...................... len:21 al:1 .....................................................UAUUGUACGACUCUCAUCG........................ len:19 al:1 .....................................................UAUUGUACGACUCUCAUCGUGUc.................... len:23 al:1 .....................................................UAUUGUACGACUCUCAUCGUGU..................... len:22 al:9 ......................................................AUUGUACGACUCUCAUCGUG...................... len:20 al:3 .......................................................UUGUACGACUCUCAUC......................... len:16 al:1 .......................................................UUGUACGACUCUCAUCGUGU..................... len:20 al:2