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2023-04-25
Minimum Required components
Project Goals
- ☐ annotate geoduck transcriptome
- ☐ annotate geoduck tissue transcriptome (gonad, ctenidia, heart, juvenile, larvae)
- ☐ add comparative species analysis with Mercenaria and Manila transcriptomes against geoduck transcriptome
What is a Geoduck?
| target_id | gene | ctenidia | gonad | heart | juvenile | larvae |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PGEN_.00g000010 | PGEN_.00g000010 | 0.000000 | 0.000000 | 0.000000 | 4.851851 | 3.423667 |
| PGEN_.00g000020 | PGEN_.00g000020 | 0.000000 | 0.000000 | 0.000000 | 0.840164 | 0.370266 |
| PGEN_.00g000030 | PGEN_.00g000030 | 0.225494 | 0.000000 | 0.000000 | 0.069598 | 0.052545 |
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| PGEN_.00g000050 | PGEN_.00g000050 | 0.508251 | 4.745168 | 0.228272 | 0.182728 | 1.117655 |
download other clam species
| gene | Scaffold | Manila_gene | V3 | V4 | V5 | V6 | V7 | V8 | V9 | V10 | e-value | V12 | accessions | gene_id | gene_name | gene_description | alt_gene_description | all_GO_ids | BP_GO_ids | CC_GO_ids | MF_GO_ids | GOslim | Term |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| PGEN_.00g000300 | Scaffold_01:503707-557915 | AM873085.1 | 80.745 | 161 | 25 | 6 | 1902 | 2058 | 608 | 450 | 0 | 121 | Q5REG4 | 100171717 | DTX3 | Probable E3 ubiquitin-protein ligase DTX3 | RING-type E3 ubiquitin transferase DTX3 | GO:0005737;GO:0046872;GO:0016740;GO:0007219;GO:0016567 | GO:0007219;GO:0016567 | GO:0005737 | GO:0046872;GO:0016740 | GO:0023052 | signaling |
| PGEN_.00g000970 | Scaffold_01:1970367-1991359 | JO122367.1 | 85.217 | 115 | 16 | 1 | 17344 | 17458 | 221 | 108 | 0 | 117 | P55096 | 19299 | Abcd3 | ATP-binding cassette sub-family D member 3 | 70 kDa peroxisomal membrane protein | GO:0016021;GO:0043231;GO:0005743;GO:0005739;GO:0005782;GO:0005778;GO:0005777;GO:0140359;GO:0047617;GO:0005524;GO:0016887;GO:0042626;GO:0005324;GO:0042803;GO:0043621;GO:0015721;GO:0006699;GO:0006635;GO:0006633;GO:0006869;GO:0015910;GO:0007031;GO:1903512;GO:0014070;GO:0009410;GO:0042760;GO:0000038 | GO:0015721;GO:0006699;GO:0006635;GO:0006633;GO:0006869;GO:0015910;GO:0007031;GO:1903512;GO:0014070;GO:0009410;GO:0042760;GO:0000038 | GO:0016021;GO:0043231;GO:0005743;GO:0005739;GO:0005782;GO:0005778;GO:0005777 | GO:0140359;GO:0047617;GO:0005524;GO:0016887;GO:0042626;GO:0005324;GO:0042803;GO:0043621 | GO:0006629;GO:0006629;GO:0006629;GO:0055085;GO:0006629;GO:0006629;GO:0006629 | lipid metabolic process;lipid metabolic process;lipid metabolic process;transmembrane transport;lipid metabolic process;lipid metabolic process;lipid metabolic process |
| PGEN_.00g001730 | Scaffold_01:3585240-3594053 | AM877583.1 | 80.531 | 226 | 36 | 6 | 1 | 222 | 82 | 303 | 0 | 167 | Q8NC51;Q5VU19;Q5VU20;Q5VU22;Q8WUH0;Q96SE2;Q9BTY3;Q9BUM4;Q9Y367Q9Y4S3 | 26135 | SERBP1 | Plasminogen activator inhibitor 1 RNA-binding protein | SERPINE1 mRNA-binding protein 1 | GO:0005737;GO:0005829;GO:0070062;GO:0016020;GO:0005634;GO:0048471;GO:0045296;GO:0003730;GO:0043022;GO:0003723;GO:0032183;GO:0030578;GO:0043488 | GO:0030578;GO:0043488 | GO:0005737;GO:0005829;GO:0070062;GO:0016020;GO:0005634;GO:0048471 | GO:0045296;GO:0003730;GO:0043022;GO:0003723;GO:0032183 | GO:0016071 | mRNA metabolic process |
| PGEN_.00g002420 | Scaffold_01:5732605-5754981 | JO108664.1 | 88.722 | 133 | 15 | 0 | 9741 | 9873 | 8 | 140 | 0 | 163 | P56520 | 395506 | HDAC3 | Histone deacetylase 3 | Protein deacylase HDAC3 | GO:0005737;GO:0000118;GO:0005634;GO:0017053;GO:0003682;GO:0140297;GO:0004407;GO:0032041;GO:0003714;GO:0006325;GO:0032922;GO:0070932;GO:0070933;GO:0000122;GO:0045944;GO:0042752 | GO:0006325;GO:0032922;GO:0070932;GO:0070933;GO:0000122;GO:0045944;GO:0042752 | GO:0005737;GO:0000118;GO:0005634;GO:0017053 | GO:0003682;GO:0140297;GO:0004407;GO:0032041;GO:0003714 | GO:0006351;GO:0006355;GO:0006351;GO:0006355 | DNA-templated transcription;regulation of DNA-templated transcription;DNA-templated transcription;regulation of DNA-templated transcription |
| PGEN_.00g002430 | Scaffold_01:5761729-5830003 | JO102954.1 | 93.396 | 106 | 7 | 0 | 5709 | 5814 | 148 | 253 | 0 | 158 | Q6AY22 | 362056 | Spata1 | Spermatogenesis-associated protein 1 | Protein deacylase HDAC3 | NA | NA | ||||
| PGEN_.00g002480 | Scaffold_01:5933156-5984637 | JO119744.1 | 84.000 | 125 | 20 | 0 | 22342 | 22466 | 656 | 780 | 0 | 121 | Q8BFY9;Q8C0S3;Q8K2E7 | 238799 | Tnpo1 | Transportin-1 | Karyopherin beta-2 | GO:0005737;GO:0005634;GO:0061608;GO:0008139;GO:0031267;GO:0006606 | GO:0006606 | GO:0005737;GO:0005634 | GO:0061608;GO:0008139;GO:0031267 | GO:0006886;GO:0006913 | intracellular protein transport;nucleocytoplasmic transport |
## target_id gene ctenidia gonad heart juvenile larvae ## 1 PGEN_.00g000010 PGEN_.00g000010 0.000000 0.000000 0.000000 4.851851 3.423667 ## 2 PGEN_.00g000020 PGEN_.00g000020 0.000000 0.000000 0.000000 0.840164 0.370266 ## 3 PGEN_.00g000030 PGEN_.00g000030 0.225494 0.000000 0.000000 0.069598 0.052545 ## 4 PGEN_.00g000040 PGEN_.00g000040 0.565506 0.000000 0.254843 0.376364 1.131114 ## 5 PGEN_.00g000050 PGEN_.00g000050 0.508251 4.745168 0.228272 0.182728 1.117655 ## 6 PGEN_.00g000060 PGEN_.00g000060 6.490179 0.000000 0.000000 6.742646 5.936612
## target_id gene tissue tpm ## 1 PGEN_.00g000010 PGEN_.00g000010 ctenidia 0.000000 ## 2 PGEN_.00g000020 PGEN_.00g000020 ctenidia 0.000000 ## 3 PGEN_.00g000030 PGEN_.00g000030 ctenidia 0.225494 ## 4 PGEN_.00g000040 PGEN_.00g000040 ctenidia 0.565506 ## 5 PGEN_.00g000050 PGEN_.00g000050 ctenidia 0.508251 ## 6 PGEN_.00g000060 PGEN_.00g000060 ctenidia 6.490179
combine datasets into one gene annotation file
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pgenerosa_long<-tidy_data_long %>% #best long pgenerosa data set
left_join(goslims, by=c("gene"))
pgenerosa_goslims_long<-tidy_data_long %>%
left_join(pgenerosa_simple_goslims, by=c("gene"))
head(pgenerosa_simple_goslims)
## target_id gene ctenidia gonad heart juvenile larvae ## 1 PGEN_.00g000010 PGEN_.00g000010 0.000000 0.000000 0.000000 4.851851 3.423667 ## 2 PGEN_.00g000020 PGEN_.00g000020 0.000000 0.000000 0.000000 0.840164 0.370266 ## 3 PGEN_.00g000030 PGEN_.00g000030 0.225494 0.000000 0.000000 0.069598 0.052545 ## 4 PGEN_.00g000040 PGEN_.00g000040 0.565506 0.000000 0.254843 0.376364 1.131114 ## 5 PGEN_.00g000050 PGEN_.00g000050 0.508251 4.745168 0.228272 0.182728 1.117655 ## 6 PGEN_.00g000060 PGEN_.00g000060 6.490179 0.000000 0.000000 6.742646 5.936612 ## accessions gene_id gene_name ## 1 Q86IC9;Q552T5 8620183 omt5 ## 2 P04177 25085 Th ## 3 <NA> NA <NA> ## 4 <NA> NA <NA> ## 5 Q8L840;O04092;Q9FT71 837636 RECQL4A ## 6 Q61043;A0A1Y7VJL5;B2RQ73;B7ZMZ9;E9Q488;E9Q4S3;Q674R4;Q6ZPM7 18080 Nin ## gene_description alt_gene_description ## 1 Probable caffeoyl-CoA O-methyltransferase 1 O-methyltransferase 5 ## 2 Tyrosine 3-monooxygenase Tyrosine 3-hydroxylase ## 3 <NA> <NA> ## 4 <NA> <NA> ## 5 ATP-dependent DNA helicase Q-like 4A SGS1-like protein ## 6 Ninein SGS1-like protein ## all_GO_ids ## 1 GO:0042409;GO:0046872;GO:0008757;GO:0032259 ## 2 GO:0030424;GO:0005737;GO:0009898;GO:0031410;GO:0030659;GO:0005829;GO:0030425;GO:0033162;GO:0005739;GO:0043005;GO:0043025;GO:0005634;GO:0043204;GO:0048471;GO:0005790;GO:0008021;GO:0043195;GO:0016597;GO:0035240;GO:0019899;GO:0008199;GO:0008198;GO:0042802;GO:0004497;GO:0019825;GO:0019904;GO:0034617;GO:0004511;GO:0015842;GO:0009887;GO:0042423;GO:0071312;GO:0071333;GO:0071363;GO:0071287;GO:0071316;GO:0071466;GO:0021987;GO:0042745;GO:0050890;GO:0042416;GO:0006585;GO:0042755;GO:0048596;GO:0042418;GO:0042462;GO:0006631;GO:0016137;GO:0007507;GO:1990384;GO:0033076;GO:0007612;GO:0007626;GO:0007617;GO:0007613;GO:0010259;GO:0042136;GO:0042421;GO:0018963;GO:0052314;GO:0008016;GO:0014823;GO:0001975;GO:0051412;GO:0051602;GO:0032355;GO:0045471;GO:0045472;GO:0070848;GO:0009635;GO:0001666;GO:0035902;GO:0017085;GO:0035900;GO:0009416;GO:0032496;GO:0010038;GO:0035094;GO:0031667;GO:0014070;GO:0043434;GO:0046684;GO:0009651;GO:0048545;GO:0009414;GO:0009410;GO:0010043;GO:0007605;GO:0035176;GO:0006665;GO:0001963;GO:0042214;GO:0007601 ## 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3 <NA> ## 4 <NA> ## 5 GO:0071215;GO:0070417;GO:0006974;GO:0051276;GO:0032508;GO:0006310;GO:0006281;GO:0006268;GO:0000724 ## 6 GO:0010457;GO:0051642;GO:0090222;GO:0048668;GO:0021540;GO:0021957;GO:0034454;GO:0050772;GO:0031116;GO:0008104 ## CC_GO_ids ## 1 ## 2 GO:0030424;GO:0005737;GO:0009898;GO:0031410;GO:0030659;GO:0005829;GO:0030425;GO:0033162;GO:0005739;GO:0043005;GO:0043025;GO:0005634;GO:0043204;GO:0048471;GO:0005790;GO:0008021;GO:0043195 ## 3 <NA> ## 4 <NA> ## 5 GO:0005694;GO:0005737;GO:0005634;GO:0009506 ## 6 GO:0045177;GO:0030424;GO:0044295;GO:0120103;GO:0005814;GO:0005813;GO:0097539;GO:0005881;GO:0030425;GO:0072686;GO:0097431;GO:0005730;GO:0005654;GO:0000242;GO:0005886;GO:0000922 ## MF_GO_ids ## 1 GO:0042409;GO:0046872;GO:0008757 ## 2 GO:0016597;GO:0035240;GO:0019899;GO:0008199;GO:0008198;GO:0042802;GO:0004497;GO:0019825;GO:0019904;GO:0034617;GO:0004511 ## 3 <NA> ## 4 <NA> ## 5 GO:0043138;GO:0005524;GO:0016887;GO:0009378;GO:0046872;GO:0003676 ## 6 GO:0005509;GO:0005525;GO:0019900;GO:0051011 ## GOslim ## 1 <NA> ## 2 GO:0016192;GO:0048856;GO:0048856;GO:0050877;GO:0006520;GO:0048856;GO:0030154;GO:0048856;GO:0006629;GO:1901135;GO:0048856;GO:0048856;GO:0050877;GO:0022414;GO:0050877;GO:0048856;GO:0003013;GO:0050877;GO:0006629;GO:0023052;GO:0006629;GO:0050877 ## 3 <NA> ## 4 <NA> ## 5 GO:0006260;GO:0006281;GO:0006310 ## 6 GO:0007010;GO:0007010;GO:0065003;GO:0030154;GO:0048856;GO:0030154;GO:0048856;GO:0030154;GO:0048856;GO:0007010;GO:0030154;GO:0048856;GO:0007010;GO:0065003 ## Term ## 1 <NA> ## 2 vesicle-mediated transport;anatomical structure development;anatomical structure development;nervous system process;cellular amino acid metabolic process;anatomical structure development;cell differentiation;anatomical structure development;lipid metabolic process;carbohydrate derivative metabolic process;anatomical structure development;anatomical structure development;nervous system process;reproductive process;nervous system process;anatomical structure development;circulatory system process;nervous system process;lipid metabolic process;signaling;lipid metabolic process;nervous system process ## 3 <NA> ## 4 <NA> ## 5 DNA replication;DNA repair;DNA recombination ## 6 cytoskeleton organization;cytoskeleton organization;protein-containing complex assembly;cell differentiation;anatomical structure development;cell differentiation;anatomical structure development;cell differentiation;anatomical structure development;cytoskeleton organization;cell differentiation;anatomical structure development;cytoskeleton organization;protein-containing complex assembly
Break cells by semi-colon and return only distinct values
#break cells and reform with unique values only distinct_goslims <- pgenerosa_simple_goslims %>% mutate(Term_unique = lapply(strsplit(as.character(Term), ";"), function(Term_unique) paste0(unique(Term_unique), collapse = ";"))) %>% distinct(Term_unique, .keep_all = TRUE) %>% mutate(GOslim_unique = lapply(strsplit(as.character(GOslim),";"),function(GOslim_unique) paste0(unique(GOslim_unique), collapse = ";"))) %>% distinct(GOslim_unique, .keep_all = TRUE) head(distinct_goslims)
## target_id gene ctenidia gonad heart juvenile larvae ## 1 PGEN_.00g000010 PGEN_.00g000010 0.000000 0.000000 0.000000 4.851851 3.423667 ## 2 PGEN_.00g000020 PGEN_.00g000020 0.000000 0.000000 0.000000 0.840164 0.370266 ## 3 PGEN_.00g000050 PGEN_.00g000050 0.508251 4.745168 0.228272 0.182728 1.117655 ## 4 PGEN_.00g000060 PGEN_.00g000060 6.490179 0.000000 0.000000 6.742646 5.936612 ## 5 PGEN_.00g000080 PGEN_.00g000080 0.000000 0.000000 0.119488 0.229570 0.000000 ## 6 PGEN_.00g000090 PGEN_.00g000090 0.187374 0.000000 0.000000 0.173312 0.000000 ## accessions gene_id gene_name ## 1 Q86IC9;Q552T5 8620183 omt5 ## 2 P04177 25085 Th ## 3 Q8L840;O04092;Q9FT71 837636 RECQL4A ## 4 Q61043;A0A1Y7VJL5;B2RQ73;B7ZMZ9;E9Q488;E9Q4S3;Q674R4;Q6ZPM7 18080 Nin ## 5 A1E2V0 489433 BIRC3 ## 6 P34456 186266 ## gene_description ## 1 Probable caffeoyl-CoA O-methyltransferase 1 ## 2 Tyrosine 3-monooxygenase ## 3 ATP-dependent DNA helicase Q-like 4A ## 4 Ninein ## 5 Baculoviral IAP repeat-containing protein 3 ## 6 Uncharacterized protein F54H12.2 ## alt_gene_description ## 1 O-methyltransferase 5 ## 2 Tyrosine 3-hydroxylase ## 3 SGS1-like protein ## 4 SGS1-like protein ## 5 RING-type E3 ubiquitin transferase BIRC3 ## 6 RING-type E3 ubiquitin transferase BIRC3 ## all_GO_ids ## 1 GO:0042409;GO:0046872;GO:0008757;GO:0032259 ## 2 GO:0030424;GO:0005737;GO:0009898;GO:0031410;GO:0030659;GO:0005829;GO:0030425;GO:0033162;GO:0005739;GO:0043005;GO:0043025;GO:0005634;GO:0043204;GO:0048471;GO:0005790;GO:0008021;GO:0043195;GO:0016597;GO:0035240;GO:0019899;GO:0008199;GO:0008198;GO:0042802;GO:0004497;GO:0019825;GO:0019904;GO:0034617;GO:0004511;GO:0015842;GO:0009887;GO:0042423;GO:0071312;GO:0071333;GO:0071363;GO:0071287;GO:0071316;GO:0071466;GO:0021987;GO:0042745;GO:0050890;GO:0042416;GO:0006585;GO:0042755;GO:0048596;GO:0042418;GO:0042462;GO:0006631;GO:0016137;GO:0007507;GO:1990384;GO:0033076;GO:0007612;GO:0007626;GO:0007617;GO:0007613;GO:0010259;GO:0042136;GO:0042421;GO:0018963;GO:0052314;GO:0008016;GO:0014823;GO:0001975;GO:0051412;GO:0051602;GO:0032355;GO:0045471;GO:0045472;GO:0070848;GO:0009635;GO:0001666;GO:0035902;GO:0017085;GO:0035900;GO:0009416;GO:0032496;GO:0010038;GO:0035094;GO:0031667;GO:0014070;GO:0043434;GO:0046684;GO:0009651;GO:0048545;GO:0009414;GO:0009410;GO:0010043;GO:0007605;GO:0035176;GO:0006665;GO:0001963;GO:0042214;GO:0007601 ## 3 GO:0005694;GO:0005737;GO:0005634;GO:0009506;GO:0043138;GO:0005524;GO:0016887;GO:0009378;GO:0046872;GO:0003676;GO:0071215;GO:0070417;GO:0006974;GO:0051276;GO:0032508;GO:0006310;GO:0006281;GO:0006268;GO:0000724 ## 4 GO:0045177;GO:0030424;GO:0044295;GO:0120103;GO:0005814;GO:0005813;GO:0097539;GO:0005881;GO:0030425;GO:0072686;GO:0097431;GO:0005730;GO:0005654;GO:0000242;GO:0005886;GO:0000922;GO:0005509;GO:0005525;GO:0019900;GO:0051011;GO:0010457;GO:0051642;GO:0090222;GO:0048668;GO:0021540;GO:0021957;GO:0034454;GO:0050772;GO:0031116;GO:0008104 ## 5 GO:0005737;GO:0005829;GO:0005654;GO:0005634;GO:0043027;GO:0046872;GO:0061630;GO:0043066;GO:0060546;GO:0031398;GO:0051726 ## 6 GO:0005829;GO:0004748;GO:0009263 ## BP_GO_ids ## 1 GO:0032259 ## 2 GO:0015842;GO:0009887;GO:0042423;GO:0071312;GO:0071333;GO:0071363;GO:0071287;GO:0071316;GO:0071466;GO:0021987;GO:0042745;GO:0050890;GO:0042416;GO:0006585;GO:0042755;GO:0048596;GO:0042418;GO:0042462;GO:0006631;GO:0016137;GO:0007507;GO:1990384;GO:0033076;GO:0007612;GO:0007626;GO:0007617;GO:0007613;GO:0010259;GO:0042136;GO:0042421;GO:0018963;GO:0052314;GO:0008016;GO:0014823;GO:0001975;GO:0051412;GO:0051602;GO:0032355;GO:0045471;GO:0045472;GO:0070848;GO:0009635;GO:0001666;GO:0035902;GO:0017085;GO:0035900;GO:0009416;GO:0032496;GO:0010038;GO:0035094;GO:0031667;GO:0014070;GO:0043434;GO:0046684;GO:0009651;GO:0048545;GO:0009414;GO:0009410;GO:0010043;GO:0007605;GO:0035176;GO:0006665;GO:0001963;GO:0042214;GO:0007601 ## 3 GO:0071215;GO:0070417;GO:0006974;GO:0051276;GO:0032508;GO:0006310;GO:0006281;GO:0006268;GO:0000724 ## 4 GO:0010457;GO:0051642;GO:0090222;GO:0048668;GO:0021540;GO:0021957;GO:0034454;GO:0050772;GO:0031116;GO:0008104 ## 5 GO:0043066;GO:0060546;GO:0031398;GO:0051726 ## 6 GO:0009263 ## CC_GO_ids ## 1 ## 2 GO:0030424;GO:0005737;GO:0009898;GO:0031410;GO:0030659;GO:0005829;GO:0030425;GO:0033162;GO:0005739;GO:0043005;GO:0043025;GO:0005634;GO:0043204;GO:0048471;GO:0005790;GO:0008021;GO:0043195 ## 3 GO:0005694;GO:0005737;GO:0005634;GO:0009506 ## 4 GO:0045177;GO:0030424;GO:0044295;GO:0120103;GO:0005814;GO:0005813;GO:0097539;GO:0005881;GO:0030425;GO:0072686;GO:0097431;GO:0005730;GO:0005654;GO:0000242;GO:0005886;GO:0000922 ## 5 GO:0005737;GO:0005829;GO:0005654;GO:0005634 ## 6 GO:0005829 ## MF_GO_ids ## 1 GO:0042409;GO:0046872;GO:0008757 ## 2 GO:0016597;GO:0035240;GO:0019899;GO:0008199;GO:0008198;GO:0042802;GO:0004497;GO:0019825;GO:0019904;GO:0034617;GO:0004511 ## 3 GO:0043138;GO:0005524;GO:0016887;GO:0009378;GO:0046872;GO:0003676 ## 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3 DNA replication;DNA repair;DNA recombination ## 4 cytoskeleton organization;cytoskeleton organization;protein-containing complex assembly;cell differentiation;anatomical structure development;cell differentiation;anatomical structure development;cell differentiation;anatomical structure development;cytoskeleton organization;cell differentiation;anatomical structure development;cytoskeleton organization;protein-containing complex assembly ## 5 programmed cell death;programmed cell death ## 6 nucleobase-containing small molecule metabolic process;carbohydrate derivative metabolic process ## Term_unique ## 1 NA ## 2 vesicle-mediated transport;anatomical structure development;nervous system process;cellular amino acid metabolic process;cell differentiation;lipid metabolic process;carbohydrate derivative metabolic process;reproductive process;circulatory system process;signaling ## 3 DNA replication;DNA repair;DNA recombination ## 4 cytoskeleton organization;protein-containing complex assembly;cell differentiation;anatomical structure development ## 5 programmed cell death ## 6 nucleobase-containing small molecule metabolic process;carbohydrate derivative metabolic process ## GOslim_unique ## 1 NA ## 2 GO:0016192;GO:0048856;GO:0050877;GO:0006520;GO:0030154;GO:0006629;GO:1901135;GO:0022414;GO:0003013;GO:0023052 ## 3 GO:0006260;GO:0006281;GO:0006310 ## 4 GO:0007010;GO:0065003;GO:0030154;GO:0048856 ## 5 GO:0012501 ## 6 GO:0055086;GO:1901135
SPECIES
- Mercenaria and Manila Clams
| transcriptome | Term_unique | n |
|---|---|---|
| Pgenerosa | anatomical structure development | 1853 |
| Pgenerosa | signaling | 1603 |
| Pgenerosa | cell differentiation | 1281 |
| Pgenerosa | DNA-templated transcription | 741 |
| Pgenerosa | regulation of DNA-templated transcription | 678 |
| Pgenerosa | immune system process | 670 |
| Pgenerosa | programmed cell death | 600 |
normalize species by Pgenerosa transcriptome
#normalize by Pgen transcriptome sum_terms<- term_count_Pgen %>% #count terms in n summarise(total_n = sum(n)) #17,611 Pgen_normalized<- term_count_Pgen %>% mutate(Pgen_normalized = n/17611) normal_counts<- term_count_best %>% group_by(transcriptome) %>% summarise(total_n = sum(n)) #Pgen = 17,611 #Manila = 1235 #Manila_r = 1390 #Mercenaria = 2198 #Mercenaria_r = 7027 kable(normal_counts[1:7,], caption="Total Terms per Species")
| transcriptome | total_n |
|---|---|
| Manila | 1235 |
| Manila_r | 1390 |
| Mercenaria | 2198 |
| Mercenaria_r | 7027 |
| Pgenerosa | 17611 |
| NA | NA |
| NA | NA |
filtered_data1 <- term_count_best %>%
filter(transcriptome %in% c("Mercenaria_r", "Manila", "Mercenaria", "Manila_r")) %>%
mutate(n_divided = case_when(
transcriptome == "Manila" ~ n/1235,
transcriptome == "Manila_r" ~ n/1390,
transcriptome == "Mercenaria" ~ n/2198,
transcriptome == "Mercenaria_r" ~ n/7027))
grouped_data1<-left_join(filtered_data1, Pgen_normalized, by="Term_unique")
species_normal<-grouped_data1 %>%
mutate(normalized = n_divided/Pgen_normalized)%>%
rename(n_species = n.x) %>%
rename(n_Pgen = n.y) %>%
mutate(log_scale = log(normalized))
#for heatmap
## Mercenaria_evalue Manila_evalue Pgen_evalue ## 980 210 1029
## 111 101 011 001 ## 202 778 8 41
Tissues
| tissue | Term_unique | n |
|---|---|---|
| juvenile | anatomical structure development | 1817 |
| larvae | anatomical structure development | 1743 |
| heart | anatomical structure development | 1678 |
| ctenidia | anatomical structure development | 1661 |
| juvenile | signaling | 1572 |
Normalize Tissues by Pgenerosa Transcriptome
| tissue | total_n |
|---|---|
| ctenidia | 15911 |
| gonad | 14715 |
| heart | 16021 |
| juvenile | 17277 |
| larvae | 16632 |
| NA | NA |
Tissue Heatmap normalized by P. generosa transcriptome where white = 0.9
Species Heatmap normalized by P. generosa transcriptopme where white = 0.9
