flowchart TB
    subgraph " "
    v2["Channel.fromList"]
    v16["fasta"]
    v42[" "]
    v72[" "]
    v96["gff"]
    v107["Channel.of"]
    v110["Channel.fromPath"]
    v113["ch_workflow_summary"]
    v117["ch_methods_description"]
    v137["replace_names"]
    v138["sample_names"]
    end
    subgraph NFCORE_METHYLSEQ
    subgraph PREPARE_GENOME
    v17([BISMARK_GENOMEPREPARATION])
    end
    subgraph METHYLSEQ
    v22([CAT_FASTQ])
    v26([FASTQC])
    v32([TRIMGALORE])
    subgraph BISMARK
    v39([BISMARK_ALIGN])
    v43([SAMTOOLS_SORT_ALIGNED])
    v48([BISMARK_DEDUPLICATE])
    v51([BISMARK_METHYLATIONEXTRACTOR])
    v58([BISMARK_REPORT])
    v70([BISMARK_SUMMARY])
    v73([SAMTOOLS_SORT_DEDUPLICATED])
    v78([SAMTOOLS_INDEX_DEDUPLICATED])
    v60(( ))
    v66(( ))
    v68(( ))
    end
    v97([QUALIMAP_BAMQC])
    v100([PRESEQ_LCEXTRAP])
    v139([MULTIQC])
    v3(( ))
    v18(( ))
    v134(( ))
    v135(( ))
    v136(( ))
    v143(( ))
    end
    end
    subgraph " "
    v27[" "]
    v33[" "]
    v34[" "]
    v35[" "]
    v40[" "]
    v44[" "]
    v45[" "]
    v46[" "]
    v52[" "]
    v53[" "]
    v54[" "]
    v74[" "]
    v75[" "]
    v76[" "]
    v79[" "]
    v80[" "]
    v81[" "]
    v101[" "]
    v140[" "]
    v141[" "]
    v142[" "]
    v144["multiqc_report"]
    end
    v2 --> v3
    v16 --> v17
    v16 --> v39
    v17 --> v39
    v17 --> v51
    v17 --> v18
    v3 --> v22
    v22 --> v3
    v22 --> v18
    v3 --> v26
    v26 --> v27
    v26 --> v18
    v3 --> v32
    v32 --> v39
    v32 --> v35
    v32 --> v34
    v32 --> v33
    v32 --> v18
    v39 --> v43
    v39 --> v40
    v39 --> v48
    v39 --> v18
    v39 --> v60
    v42 --> v43
    v43 --> v100
    v43 --> v46
    v43 --> v45
    v43 --> v44
    v43 --> v18
    v48 --> v51
    v48 --> v73
    v48 --> v18
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    v51 --> v53
    v51 --> v52
    v51 --> v18
    v51 --> v66
    v51 --> v68
    v18 --> v58
    v58 --> v18
    v18 --> v70
    v60 --> v70
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    v68 --> v70
    v70 --> v18
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    v73 --> v78
    v73 --> v76
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    v73 --> v97
    v73 --> v18
    v78 --> v81
    v78 --> v80
    v78 --> v79
    v78 --> v18
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    v97 --> v18
    v100 --> v101
    v100 --> v18
    v107 --> v18
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    v113 --> v18
    v117 --> v18
    v137 --> v139
    v138 --> v139
    v18 --> v139
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    v139 --> v142
    v139 --> v141
    v139 --> v140
    v139 --> v143
    v143 --> v144