flowchart TB
subgraph " "
v0["Channel.from"]
v5["fields"]
v24["certificate"]
v28["certificate"]
v34["user"]
v42["pipeline"]
v43["strandedness"]
v44["mapping_fields"]
v63["Channel.of"]
end
subgraph NFCORE_FETCHNGS
subgraph SRA
v6([SRA_IDS_TO_RUNINFO])
v9([SRA_RUNINFO_TO_FTP])
v16([SRA_FASTQ_FTP])
subgraph FASTQ_DOWNLOAD_PREFETCH_FASTERQDUMP_SRATOOLS
v22([CUSTOM_SRATOOLSNCBISETTINGS])
v25([SRATOOLS_PREFETCH])
v29([SRATOOLS_FASTERQDUMP])
end
v35([ASPERA_CLI])
v45([SRA_TO_SAMPLESHEET])
v57([MULTIQC_MAPPINGS_CONFIG])
v1(( ))
v7(( ))
v12(( ))
v39(( ))
v46(( ))
v51(( ))
end
end
subgraph " "
v17[" "]
v36[" "]
v50["samplesheet"]
v58["sample_mappings"]
v66[" "]
v68["versions"]
end
v0 --> v1
v5 --> v6
v1 --> v6
v6 --> v9
v6 --> v7
v9 --> v7
v9 --> v12
v12 --> v16
v16 --> v17
v16 --> v7
v16 --> v39
v12 --> v22
v22 --> v25
v22 --> v29
v22 --> v7
v24 --> v25
v12 --> v25
v25 --> v29
v25 --> v7
v28 --> v29
v29 --> v7
v29 --> v39
v34 --> v35
v12 --> v35
v35 --> v36
v35 --> v7
v35 --> v39
v42 --> v45
v43 --> v45
v44 --> v45
v39 --> v45
v45 --> v46
v45 --> v51
v46 --> v50
v51 --> v57
v57 --> v58
v57 --> v7
v63 --> v7
v7 --> v66
v7 --> v68