%%{ init: { 'theme': 'base', 'themeVariables': { 'primaryColor': '#B6ECE2', 'primaryTextColor': '#160F26', 'primaryBorderColor': '#065647', 'lineColor': '#545555', 'clusterBkg': '#BABCBD22', 'clusterBorder': '#DDDEDE', 'fontFamily': 'arial' } } }%% flowchart TB subgraph " " v0["Channel.of"] v1["Channel.of"] v5["Channel.from"] v6[" "] v7[" "] v24[" "] v25[" "] v35[" "] v36[" "] v48["ch_logfc"] v49["ch_padj"] v83["Channel.of"] v86["Channel.from"] v88["Channel.from"] v89["Channel.from"] v90["Channel.from"] v115["contrast_stats_assay"] end subgraph "NFCORE_DIFFERENTIALABUNDANCE [NFCORE_DIFFERENTIALABUNDANCE]" subgraph "NFCORE_DIFFERENTIALABUNDANCE:DIFFERENTIALABUNDANCE [DIFFERENTIALABUNDANCE]" v8(["GTF_TO_TABLE"]) v13(["VALIDATOR"]) v17(["CUSTOM_MATRIXFILTER"]) v26(["DESEQ2_NORM"]) v37(["DESEQ2_DIFFERENTIAL"]) v50(["FILTER_DIFFTABLE"]) v62(["PLOT_EXPLORATORY"]) v74(["PLOT_DIFFERENTIAL"]) v116(["SHINYNGS_APP"]) v121(["RMARKDOWNNOTEBOOK"]) v128(["MAKE_REPORT_BUNDLE"]) v10(( )) v11(( )) v12(( )) v21(( )) v87(( )) v105(( )) end end subgraph " " v9[" "] v18[" "] v19[" "] v20[" "] v27[" "] v28[" "] v29[" "] v30[" "] v31[" "] v32[" "] v33[" "] v34[" "] v38[" "] v39[" "] v40[" "] v41[" "] v42[" "] v43[" "] v44[" "] v51[" "] v52[" "] v63[" "] v64[" "] v65[" "] v66[" "] v67[" "] v68[" "] v69[" "] v70[" "] v71[" "] v72[" "] v73[" "] v75[" "] v76[" "] v117[" "] v119["ch_versions"] v122[" "] v123[" "] v124[" "] v125[" "] v129[" "] v130[" "] end v0 --> v12 v1 --> v12 v5 --> v13 v6 --> v8 v7 --> v8 v8 --> v9 v8 --> v10 v8 --> v11 v10 --> v13 v12 --> v13 v13 --> v17 v13 --> v11 v13 --> v21 v17 --> v20 v17 --> v19 v17 --> v18 v17 --> v21 v24 --> v26 v25 --> v26 v11 --> v26 v21 --> v26 v26 --> v34 v26 --> v33 v26 --> v32 v26 --> v31 v26 --> v30 v26 --> v29 v26 --> v28 v26 --> v27 v26 --> v11 v35 --> v37 v36 --> v37 v11 --> v37 v21 --> v37 v37 --> v50 v37 --> v44 v37 --> v43 v37 --> v42 v37 --> v41 v37 --> v40 v37 --> v39 v37 --> v38 v37 --> v74 v37 --> v11 v37 --> v105 v48 --> v50 v49 --> v50 v50 --> v52 v50 --> v51 v11 --> v62 v62 --> v73 v62 --> v72 v62 --> v71 v62 --> v70 v62 --> v69 v62 --> v68 v62 --> v67 v62 --> v66 v62 --> v65 v62 --> v64 v62 --> v63 v62 --> v11 v11 --> v74 v74 --> v76 v74 --> v75 v74 --> v11 v83 --> v11 v86 --> v87 v88 --> v11 v89 --> v11 v90 --> v11 v115 --> v116 v11 --> v116 v105 --> v116 v116 --> v117 v116 --> v11 v11 --> v119 v11 --> v121 v87 --> v121 v121 --> v125 v121 --> v124 v121 --> v123 v121 --> v122 v121 --> v11 v11 --> v128 v128 --> v130 v128 --> v129