flowchart TB
    subgraph " "
    v4[" "]
    v8["ch_gtf"]
    v56["Channel.fromList"]
    v108["adapter_fasta"]
    v109["discard_trimmed_pass"]
    v110["save_trimmed_fail"]
    v111["save_merged"]
    v156["alignment_mode"]
    v157["lib_type"]
    v202["star_ignore_sjdbgtf"]
    v203["seq_platform"]
    v204["seq_center"]
    v253["ch_samplesheet"]
    v256["index"]
    v257["alignment_mode"]
    v258["lib_type"]
    v267["quant_type"]
    v268["id"]
    v269["extra"]
    v274["quant_type"]
    v305["pca_header_multiqc"]
    v306["clustering_header_multiqc"]
    v380["header"]
    v387["sizes"]
    v388["extension"]
    v389["sort"]
    v391["sizes"]
    v392["extension"]
    v393["sort"]
    v544["Channel.of"]
    v549["Channel.fromPath"]
    v552[" "]
    v554[" "]
    v566["sample_names"]
    end
    subgraph NFCORE_RNASEQ
    subgraph PREPARE_GENOME
    v5([GUNZIP_FASTA])
    v9([GTF_FILTER])
    v11([GTF2BED])
    v13([MAKE_TRANSCRIPTS_FASTA])
    v17([CUSTOM_GETCHROMSIZES])
    v32([STAR_GENOMEGENERATE])
    v19(( ))
    v20(( ))
    v31(( ))
    v33(( ))
    v183(( ))
    v264(( ))
    v416(( ))
    v422(( ))
    end
    subgraph RNASEQ
    subgraph FASTQ_QC_TRIM_FILTER_SETSTRANDEDNESS
    v68([CAT_FASTQ])
    v72([FQ_LINT])
    subgraph FASTQ_FASTQC_UMITOOLS_FASTP
    v84([FASTQC_RAW])
    v112([FASTP])
    v126([FASTQC_TRIM])
    v124(( ))
    end
    v140([FQ_LINT_AFTER_TRIMMING])
    subgraph FASTQ_SUBSAMPLE_FQ_SALMON
    v151([SALMON_INDEX])
    v153([FQ_SUBSAMPLE])
    v158([SALMON_QUANT])
    end
    v57(( ))
    v75(( ))
    end
    subgraph ALIGN_STAR
    v205([STAR_ALIGN])
    subgraph BAM_SORT_STATS_SAMTOOLS
    v222([SAMTOOLS_SORT])
    v228([SAMTOOLS_INDEX])
    subgraph BAM_STATS_SAMTOOLS
    v236([SAMTOOLS_STATS])
    v238([SAMTOOLS_FLAGSTAT])
    v240([SAMTOOLS_IDXSTATS])
    end
    v232(( ))
    end
    end
    subgraph QUANTIFY_STAR_SALMON
    v259([SALMON_QUANT])
    v270([CUSTOM_TX2GENE])
    v275([TXIMETA_TXIMPORT])
    v281([SE_GENE])
    v287([SE_GENE_LENGTH_SCALED])
    v293([SE_GENE_SCALED])
    v299([SE_TRANSCRIPT])
    v254(( ))
    v265(( ))
    v272(( ))
    v279(( ))
    v285(( ))
    v291(( ))
    v297(( ))
    v304(( ))
    end
    v307([DESEQ2_QC_STAR_SALMON])
    subgraph BAM_MARKDUPLICATES_PICARD
    v335([PICARD_MARKDUPLICATES])
    v340([SAMTOOLS_INDEX])
    subgraph BAM_STATS_SAMTOOLS
    v348([SAMTOOLS_STATS])
    v350([SAMTOOLS_FLAGSTAT])
    v352([SAMTOOLS_IDXSTATS])
    end
    v339(( ))
    v386(( ))
    v434(( ))
    end
    v364([STRINGTIE_STRINGTIE])
    v376([SUBREAD_FEATURECOUNTS])
    v381([MULTIQC_CUSTOM_BIOTYPE])
    v390([BEDTOOLS_GENOMECOV_FW])
    v394([BEDTOOLS_GENOMECOV_REV])
    subgraph BEDGRAPH_BEDCLIP_BEDGRAPHTOBIGWIG_FORWARD
    v399([UCSC_BEDCLIP])
    v402([UCSC_BEDGRAPHTOBIGWIG])
    end
    subgraph BEDGRAPH_BEDCLIP_BEDGRAPHTOBIGWIG_REVERSE
    v408([UCSC_BEDCLIP])
    v411([UCSC_BEDGRAPHTOBIGWIG])
    v409(( ))
    end
    v417([QUALIMAP_RNASEQ])
    v423([DUPRADAR])
    subgraph BAM_RSEQC
    v439([RSEQC_BAMSTAT])
    v454([RSEQC_INNERDISTANCE])
    v461([RSEQC_INFEREXPERIMENT])
    v480([RSEQC_JUNCTIONANNOTATION])
    v491([RSEQC_JUNCTIONSATURATION])
    v498([RSEQC_READDISTRIBUTION])
    v511([RSEQC_READDUPLICATION])
    v455(( ))
    v481(( ))
    v492(( ))
    v512(( ))
    end
    v567([MULTIQC])
    v6(( ))
    v371(( ))
    v563(( ))
    v564(( ))
    v565(( ))
    v579(( ))
    end
    end
    subgraph " "
    v14[" "]
    v18[" "]
    v48[" "]
    v78["ch_reads"]
    v85["fastqc_raw_html"]
    v113["trim_reads_merged"]
    v114["trim_reads_fail"]
    v115["trim_log"]
    v116["trim_html"]
    v125["adapter_seq"]
    v127["fastqc_trim_html"]
    v141[" "]
    v143["lint_log"]
    v159["json_info"]
    v160["results"]
    v206[" "]
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    v210[" "]
    v211[" "]
    v212["tab"]
    v213["ch_unaligned_sequences"]
    v214[" "]
    v215[" "]
    v216["bam_sorted"]
    v217["log_progress"]
    v218["log_out"]
    v223[" "]
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    v260[" "]
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    v276["lengths_transcript"]
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    v288[" "]
    v289[" "]
    v290["merged_gene_rds_length_scaled"]
    v294[" "]
    v295[" "]
    v296["merged_gene_rds_scaled"]
    v300[" "]
    v301[" "]
    v302["merged_transcript_rds"]
    v308[" "]
    v309[" "]
    v310[" "]
    v311[" "]
    v312[" "]
    v313[" "]
    v325["ch_genome_bam_index"]
    v327[" "]
    v336[" "]
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    v366[" "]
    v367[" "]
    v368[" "]
    v377[" "]
    v395[" "]
    v403["bigwig"]
    v412["bigwig"]
    v415["versions"]
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    v428[" "]
    v429[" "]
    v456["innerdistance_all"]
    v482["junctionannotation_all"]
    v493["junctionsaturation_all"]
    v513["readduplication_all"]
    v568[" "]
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    v572["versions"]
    v574[" "]
    v576[" "]
    v578[" "]
    v580[" "]
    end
    v4 --> v5
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