flowchart TB
    subgraph " "
    v2["Channel.fromList"]
    v16["fasta"]
    v36[" "]
    v70[" "]
    v94["gff"]
    v105["Channel.of"]
    v108["Channel.fromPath"]
    v111["ch_workflow_summary"]
    v115["ch_methods_description"]
    v133["replace_names"]
    v134["sample_names"]
    end
    subgraph NFCORE_METHYLSEQ
    subgraph PREPARE_GENOME
    v17([BISMARK_GENOMEPREPARATION])
    end
    subgraph METHYLSEQ
    v22([CAT_FASTQ])
    v26([FASTQC])
    subgraph BISMARK
    v33([BISMARK_ALIGN])
    v37([SAMTOOLS_SORT_ALIGNED])
    v42([BISMARK_DEDUPLICATE])
    v45([BISMARK_METHYLATIONEXTRACTOR])
    v49([BISMARK_COVERAGE2CYTOSINE])
    v56([BISMARK_REPORT])
    v68([BISMARK_SUMMARY])
    v71([SAMTOOLS_SORT_DEDUPLICATED])
    v76([SAMTOOLS_INDEX_DEDUPLICATED])
    v58(( ))
    v64(( ))
    v66(( ))
    end
    v95([QUALIMAP_BAMQC])
    v98([PRESEQ_LCEXTRAP])
    v135([MULTIQC])
    v3(( ))
    v18(( ))
    v130(( ))
    v131(( ))
    v132(( ))
    v139(( ))
    end
    end
    subgraph " "
    v27[" "]
    v34[" "]
    v38[" "]
    v39[" "]
    v40[" "]
    v46[" "]
    v47[" "]
    v50[" "]
    v51[" "]
    v52[" "]
    v72[" "]
    v73[" "]
    v74[" "]
    v77[" "]
    v78[" "]
    v79[" "]
    v99[" "]
    v136[" "]
    v137[" "]
    v138[" "]
    v140["multiqc_report"]
    end
    v2 --> v3
    v16 --> v17
    v16 --> v33
    v16 --> v49
    v17 --> v33
    v17 --> v45
    v17 --> v49
    v17 --> v18
    v3 --> v22
    v22 --> v3
    v22 --> v18
    v3 --> v26
    v26 --> v27
    v26 --> v18
    v3 --> v33
    v33 --> v37
    v33 --> v34
    v33 --> v42
    v33 --> v18
    v33 --> v58
    v36 --> v37
    v37 --> v98
    v37 --> v40
    v37 --> v39
    v37 --> v38
    v37 --> v18
    v42 --> v45
    v42 --> v71
    v42 --> v18
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    v49 --> v50
    v49 --> v18
    v18 --> v56
    v56 --> v18
    v18 --> v68
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    v68 --> v18
    v70 --> v71
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    v71 --> v95
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    v95 --> v18
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    v139 --> v140