flowchart TB
    subgraph " "
    v2["Channel.fromList"]
    v16["ch_fasta"]
    v89[" "]
    v132["Channel.of"]
    v135["Channel.fromPath"]
    v138["ch_workflow_summary"]
    v142["ch_methods_description"]
    v156["replace_names"]
    v157["sample_names"]
    end
    subgraph NFCORE_METHYLSEQ
    subgraph FASTA_INDEX_BISMARK_BWAMETH
    v17([BISMARK_GENOMEPREPARATION])
    end
    subgraph METHYLSEQ
    v38([CAT_FASTQ])
    v42([FASTQC])
    v48([TRIMGALORE])
    subgraph FASTQ_ALIGN_DEDUP_BISMARK
    v81([BISMARK_ALIGN])
    v86([BISMARK_DEDUPLICATE])
    v90([SAMTOOLS_SORT])
    v95([SAMTOOLS_INDEX])
    v100([BISMARK_METHYLATIONEXTRACTOR])
    v107([BISMARK_REPORT])
    v115([BISMARK_SUMMARY])
    v83(( ))
    v109(( ))
    v113(( ))
    v114(( ))
    end
    v158([MULTIQC])
    v3(( ))
    v18(( ))
    v153(( ))
    v154(( ))
    v155(( ))
    v162(( ))
    end
    end
    subgraph " "
    v43["ch_fastqc_html"]
    v49[" "]
    v50[" "]
    v51[" "]
    v82[" "]
    v84["ch_alignment_reports"]
    v91[" "]
    v92[" "]
    v93[" "]
    v96[" "]
    v97[" "]
    v98["bai"]
    v101["methylation_coverage"]
    v102["methylation_calls"]
    v103["methylation_bedgraph"]
    v159[" "]
    v160[" "]
    v161[" "]
    v164["versions"]
    v166[" "]
    end
    v2 --> v3
    v16 --> v17
    v16 --> v81
    v17 --> v81
    v17 --> v100
    v17 --> v18
    v3 --> v38
    v38 --> v3
    v38 --> v18
    v3 --> v42
    v42 --> v43
    v42 --> v18
    v3 --> v48
    v48 --> v81
    v48 --> v51
    v48 --> v50
    v48 --> v49
    v48 --> v18
    v81 --> v86
    v81 --> v82
    v81 --> v18
    v81 --> v83
    v81 --> v109
    v83 --> v84
    v86 --> v90
    v86 --> v100
    v86 --> v18
    v89 --> v90
    v90 --> v95
    v90 --> v93
    v90 --> v92
    v90 --> v91
    v90 --> v18
    v95 --> v98
    v95 --> v97
    v95 --> v96
    v95 --> v18
    v100 --> v103
    v100 --> v102
    v100 --> v101
    v100 --> v18
    v100 --> v113
    v100 --> v114
    v18 --> v107
    v107 --> v18
    v18 --> v115
    v109 --> v115
    v113 --> v115
    v114 --> v115
    v115 --> v18
    v132 --> v18
    v135 --> v153
    v138 --> v18
    v142 --> v18
    v156 --> v158
    v157 --> v158
    v18 --> v158
    v153 --> v158
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    v155 --> v158
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    v158 --> v160
    v158 --> v159
    v158 --> v162
    v18 --> v164
    v162 --> v166