flowchart TB
    subgraph " "
    v2["channel.fromSamplesheet"]
    v32["adapter_fasta"]
    v33["save_trimmed_fail"]
    v34["save_merged"]
    v54["Channel.from"]
    v73["yml"]
    v74["hmm"]
    v95["program_file"]
    v99["mode"]
    v100["lineage"]
    v101["busco_lineages_path"]
    v102["config_file"]
    v123["reference"]
    v132["lib_type"]
    v142["Channel.of"]
    v145["Channel.fromPath"]
    v148["ch_workflow_summary"]
    v152["ch_methods_description"]
    end
    subgraph NFCORE_DENOVOTRANSCRIPT
    subgraph DENOVOTRANSCRIPT
    subgraph FASTQ_TRIM_FASTP_FASTQC
    v14([FASTQC_RAW])
    v35([FASTP])
    v44([FASTQC_TRIM])
    v3(( ))
    v42(( ))
    end
    v57([SORTMERNA])
    v62([FASTQC_FINAL])
    v69([CAT_FASTQ])
    v75([SPADES])
    v88([CAT_CAT])
    v90([EVIGENE_TR2AACDS])
    v96([TX2GENE])
    v103([BUSCO_BUSCO])
    v115([RNAQUAST])
    v124([TRANSRATE])
    v130([SALMON_INDEX])
    v133([SALMON_QUANT])
    v159([MULTIQC])
    v16(( ))
    v55(( ))
    v67(( ))
    v72(( ))
    v85(( ))
    v93(( ))
    v94(( ))
    v156(( ))
    v157(( ))
    v158(( ))
    v163(( ))
    end
    end
    subgraph " "
    v15["fastqc_raw_html"]
    v36["trim_reads_merged"]
    v37["trim_reads_fail"]
    v38["trim_log"]
    v39["trim_html"]
    v45["fastqc_trim_html"]
    v63[" "]
    v76[" "]
    v77[" "]
    v78[" "]
    v79[" "]
    v80[" "]
    v81[" "]
    v82[" "]
    v83[" "]
    v91[" "]
    v97[" "]
    v104[" "]
    v105[" "]
    v106[" "]
    v107[" "]
    v108[" "]
    v109[" "]
    v110[" "]
    v111[" "]
    v116[" "]
    v117[" "]
    v118[" "]
    v119[" "]
    v120[" "]
    v121[" "]
    v125[" "]
    v126[" "]
    v127[" "]
    v134[" "]
    v135[" "]
    v160[" "]
    v161[" "]
    v162[" "]
    v164["multiqc_report"]
    end
    v2 --> v3
    v3 --> v14
    v14 --> v15
    v14 --> v16
    v32 --> v35
    v33 --> v35
    v34 --> v35
    v3 --> v35
    v35 --> v39
    v35 --> v38
    v35 --> v37
    v35 --> v36
    v35 --> v16
    v35 --> v42
    v42 --> v44
    v44 --> v45
    v44 --> v16
    v54 --> v55
    v42 --> v57
    v55 --> v57
    v57 --> v62
    v57 --> v133
    v57 --> v16
    v57 --> v67
    v62 --> v63
    v62 --> v16
    v67 --> v69
    v69 --> v124
    v69 --> v16
    v69 --> v72
    v73 --> v75
    v74 --> v75
    v72 --> v75
    v75 --> v83
    v75 --> v82
    v75 --> v81
    v75 --> v80
    v75 --> v79
    v75 --> v78
    v75 --> v77
    v75 --> v76
    v75 --> v16
    v75 --> v85
    v85 --> v88
    v88 --> v90
    v88 --> v16
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    v90 --> v16
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    v94 --> v96
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    v96 --> v16
    v99 --> v103
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    v163 --> v164