/var/spool/slurm/d/job1155989/slurm_script: line 22: fg: no job control
Bowtie seems to be working fine (tested command '/gscratch/srlab/programs/bowtie2-2.3.4.1-linux-x86_64/bowtie2 --version' [2.3.4])
Output format is BAM (default)
Alignments will be written out in BAM format. Samtools path provided as: '/gscratch/srlab/programs/samtools-1.9/samtools'
Reference genome folder provided is /gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/	(absolute path is '/gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/)'
FastQ format assumed (by default)
Processing sequences up to read no. 100000 from the input file
Each Bowtie 2 instance is going to be run with 4 threads. Please monitor performance closely and tune down if needed!

Input files to be analysed (in current folder '/gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test'):
/gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz
/gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz
Library was specified to be not strand-specific (non-directional), therefore alignments to all four possible bisulfite strands (OT, CTOT, OB and CTOB) will be reported
Created output directory /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/AS-0.2/!

Output will be written into the directory: /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/AS-0.2/
Setting parallelization to single-threaded (default)

Current working directory is: /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test

Now reading in and storing sequence information of the genome specified in: /gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/

chr NC_027300.1 (159038749 bp)
chr NC_027301.1 (72943711 bp)
chr NC_027302.1 (92503428 bp)
chr NC_027303.1 (82398023 bp)
chr NC_027304.1 (80503876 bp)
chr NC_027305.1 (87043187 bp)
chr NC_027306.1 (58785265 bp)
chr NC_027307.1 (26434011 bp)
chr NC_027308.1 (141712163 bp)
chr NC_027309.1 (116138521 bp)
chr NC_027310.1 (93888508 bp)
chr NC_027311.1 (91880962 bp)
chr NC_027312.1 (107758822 bp)
chr NC_027313.1 (93901823 bp)
chr NC_027314.1 (103963436 bp)
chr NC_027315.1 (87796322 bp)
chr NC_027316.1 (57682537 bp)
chr NC_027317.1 (70695409 bp)
chr NC_027318.1 (82978132 bp)
chr NC_027319.1 (86795997 bp)
chr NC_027320.1 (58021487 bp)
chr NC_027321.1 (63420196 bp)
chr NC_027322.1 (49854004 bp)
chr NC_027323.1 (48650976 bp)
chr NC_027324.1 (51481326 bp)
chr NC_027325.1 (47900953 bp)
chr NC_027326.1 (43943985 bp)
chr NC_027327.1 (39600944 bp)
chr NC_027328.1 (42488238 bp)
chr NW_012341867.1 (84119 bp)
chr NW_012341873.1 (59724 bp)
chr NW_012397676.1 (2137 bp)
chr NW_012520740.1 (1225 bp)
chr NW_012533698.1 (1213 bp)
chr NW_012527290.1 (1219 bp)
chr NW_012539745.1 (1207 bp)
chr NW_012553565.1 (1141 bp)
chr NW_012447123.1 (1419 bp)
chr NW_012433467.1 (1507 bp)
chr NW_012355069.1 (9880 bp)
chr NW_012368724.1 (4610 bp)
chr NW_012410781.1 (1777 bp)
chr NW_012461484.1 (1351 bp)
chr NW_012376763.1 (3776 bp)
chr NW_012426299.1 (1570 bp)
chr NW_012407458.1 (1845 bp)
chr NW_012396957.1 (2167 bp)
chr NW_012373463.1 (4061 bp)
chr NW_012372152.1 (4188 bp)
chr NW_012529413.1 (1217 bp)
chr NW_012469258.1 (1322 bp)
chr NW_012364231.1 (5590 bp)
chr NW_012416477.1 (1684 bp)
chr NW_012355556.1 (9562 bp)
chr NW_012504207.1 (1242 bp)
chr NW_012470149.1 (1319 bp)
chr NW_012370782.1 (4342 bp)
chr NW_012560826.1 (1064 bp)
chr NW_012384819.1 (3173 bp)
chr NW_012498598.1 (1250 bp)
chr NW_012531527.1 (1215 bp)
chr NW_012418030.1 (1663 bp)
chr NW_012429582.1 (1539 bp)
chr NW_012549680.1 (1184 bp)
chr NW_012445221.1 (1430 bp)
chr NW_012570784.1 (1010 bp)
chr NW_012352289.1 (11960 bp)
chr NW_012373575.1 (4052 bp)
chr NW_012433088.1 (1510 bp)
chr NW_012354549.1 (10252 bp)
chr NW_012482321.1 (1284 bp)
chr NW_012438876.1 (1469 bp)
chr NW_012439628.1 (1464 bp)
chr NW_012519567.1 (1226 bp)
chr NW_012395687.1 (2222 bp)
chr NW_012348838.1 (17480 bp)
chr NW_012564558.1 (1038 bp)
chr NW_012496755.1 (1253 bp)
chr NW_012476999.1 (1298 bp)
chr NW_012468184.1 (1326 bp)
chr NW_012540724.1 (1206 bp)
chr NW_012528379.1 (1218 bp)
chr NW_012421097.1 (1625 bp)
chr NW_012446751.1 (1421 bp)
chr NW_012482322.1 (1284 bp)
chr NW_012528380.1 (1218 bp)
chr NW_012396592.1 (2181 bp)
chr NW_012438877.1 (1469 bp)
chr NW_012522946.1 (1223 bp)
chr NW_012519568.1 (1226 bp)
chr NW_012380504.1 (3449 bp)
chr NW_012390387.1 (2560 bp)
chr NW_012407014.1 (1855 bp)
chr NW_012482323.1 (1284 bp)
chr NW_012363396.1 (5825 bp)
chr NW_012533699.1 (1213 bp)
chr NW_012507489.1 (1238 bp)
chr NW_012481921.1 (1285 bp)
chr NW_012518473.1 (1227 bp)
chr NW_012407983.1 (1834 bp)
chr NW_012394924.1 (2262 bp)
chr NW_012381718.1 (3352 bp)
chr NW_012361046.1 (6638 bp)
chr NW_012442162.1 (1448 bp)
chr NW_012429583.1 (1539 bp)
chr NW_012423211.1 (1601 bp)
chr NW_012378833.1 (3595 bp)
chr NW_012457206.1 (1369 bp)
chr NW_012492463.1 (1261 bp)
chr NW_012546132.1 (1198 bp)
chr NW_012363797.1 (5710 bp)
chr NW_012531528.1 (1215 bp)
chr NW_012402924.1 (1959 bp)
chr NW_012535801.1 (1211 bp)
chr NW_012493984.1 (1258 bp)
chr NW_012400629.1 (2031 bp)
chr NW_012511101.1 (1234 bp)
chr NW_012539746.1 (1207 bp)
chr NW_012535802.1 (1211 bp)
chr NW_012548973.1 (1188 bp)
chr NW_012419630.1 (1643 bp)
chr NW_012508364.1 (1237 bp)
chr NW_012450472.1 (1401 bp)
chr NW_012446752.1 (1421 bp)
chr NW_012444725.1 (1433 bp)
chr NW_012571081.1 (1009 bp)
chr NW_012363300.1 (5854 bp)
chr NW_012567232.1 (1024 bp)
chr NW_012409031.1 (1812 bp)
chr NW_012387086.1 (2907 bp)
chr NW_012573665.1 (1001 bp)
chr NW_012565825.1 (1031 bp)
chr NW_012429811.1 (1537 bp)
chr NW_012349627.1 (15483 bp)
chr NW_012420859.1 (1628 bp)
chr NW_012452095.1 (1393 bp)
chr NW_012389619.1 (2630 bp)
chr NW_012386820.1 (2946 bp)
chr NW_012531529.1 (1215 bp)
chr NW_012347580.1 (25679 bp)
chr NW_012555226.1 (1120 bp)
chr NW_012364800.1 (5443 bp)
chr NW_012353190.1 (11243 bp)
chr NW_012505793.1 (1240 bp)
chr NW_012413356.1 (1731 bp)
chr NW_012345239.1 (37994 bp)
chr NW_012490052.1 (1266 bp)
chr NW_012549844.1 (1183 bp)
chr NW_012424506.1 (1588 bp)
chr NW_012441841.1 (1450 bp)
chr NW_012491998.1 (1262 bp)
chr NW_012513107.1 (1232 bp)
chr NW_012451243.1 (1397 bp)
chr NW_012569129.1 (1016 bp)
chr NW_012521802.1 (1224 bp)
chr NW_012544600.1 (1201 bp)
chr NW_012386013.1 (3055 bp)
chr NW_012409523.1 (1802 bp)
chr NW_012398119.1 (2120 bp)
chr NW_012465939.1 (1334 bp)
chr NW_012385979.1 (3059 bp)
chr NW_012475328.1 (1303 bp)
chr NW_012561850.1 (1056 bp)
chr NW_012422041.1 (1614 bp)
chr NW_012454789.1 (1380 bp)
chr NW_012353499.1 (10981 bp)
chr NW_012487351.1 (1272 bp)
chr NW_012510186.1 (1235 bp)
chr NW_012544601.1 (1201 bp)
chr NW_012432836.1 (1512 bp)
chr NW_012501956.1 (1245 bp)
chr NW_012567426.1 (1023 bp)
chr NW_012382015.1 (3329 bp)
chr NW_012419712.1 (1642 bp)
chr NW_012497984.1 (1251 bp)
chr NW_012345002.1 (38580 bp)
chr NW_012420276.1 (1635 bp)
chr NW_012438878.1 (1469 bp)
chr NW_012353439.1 (11031 bp)
chr NW_012456538.1 (1372 bp)
chr NW_012463053.1 (1345 bp)
chr NW_012371260.1 (4288 bp)
chr NW_012433607.1 (1506 bp)
chr NW_012388595.1 (2732 bp)
chr NW_012550238.1 (1180 bp)
chr NW_012462794.1 (1346 bp)
chr NW_012347837.1 (22988 bp)
chr NW_012541630.1 (1205 bp)
chr NW_012456321.1 (1373 bp)
chr NW_012504208.1 (1242 bp)
chr NW_012518474.1 (1227 bp)
chr NW_012448184.1 (1413 bp)
chr NW_012527291.1 (1219 bp)
chr NW_012421337.1 (1622 bp)
chr NW_012419568.1 (1644 bp)
chr NW_012467627.1 (1328 bp)
chr NW_012422303.1 (1611 bp)
chr NW_012548091.1 (1192 bp)
chr NW_012362286.1 (6188 bp)
chr NW_012533700.1 (1213 bp)
chr NW_012477000.1 (1298 bp)
chr NW_012354729.1 (10127 bp)
chr NW_012353083.1 (11320 bp)
chr NW_012391306.1 (2486 bp)
chr NW_012546552.1 (1197 bp)
chr NW_012388639.1 (2728 bp)
chr NW_012449692.1 (1405 bp)
chr NW_012535803.1 (1211 bp)
chr NW_012520741.1 (1225 bp)
chr NW_012517376.1 (1228 bp)
chr NW_012351084.1 (13261 bp)
chr NW_012346956.1 (37001 bp)
chr NW_012554833.1 (1125 bp)
chr NW_012529414.1 (1217 bp)
chr NW_012396358.1 (2191 bp)
chr NW_012472625.1 (1311 bp)
chr NW_012425468.1 (1578 bp)
chr NW_012499224.1 (1249 bp)
chr NW_012542491.1 (1204 bp)
chr NW_012460997.1 (1353 bp)
chr NW_012521803.1 (1224 bp)
chr NW_012501957.1 (1245 bp)
chr NW_012446951.1 (1420 bp)
chr NW_012388528.1 (2739 bp)
chr NW_012398908.1 (2091 bp)
chr NW_012405451.1 (1892 bp)
chr NW_012566822.1 (1026 bp)
chr NW_012416393.1 (1685 bp)
chr NW_012408154.1 (1830 bp)
chr NW_012562700.1 (1050 bp)
chr NW_012345662.1 (37506 bp)
chr NW_012432352.1 (1516 bp)
chr NW_012395553.1 (2229 bp)
chr NW_012557761.1 (1092 bp)
chr NW_012408641.1 (1820 bp)
chr NW_012437086.1 (1481 bp)
chr NW_012530485.1 (1216 bp)
chr NW_012444064.1 (1437 bp)
chr NW_012434172.1 (1502 bp)
chr NW_012369546.1 (4494 bp)
chr NW_012346704.1 (37008 bp)
chr NW_012495075.1 (1256 bp)
chr NW_012467926.1 (1327 bp)
chr NW_012400506.1 (2035 bp)
chr NW_012360473.1 (6877 bp)
chr NW_012565826.1 (1031 bp)
chr NW_012543258.1 (1203 bp)
chr NW_012450296.1 (1402 bp)
chr NW_012531530.1 (1215 bp)
chr NW_012518475.1 (1227 bp)
chr NW_012426190.1 (1571 bp)
chr NW_012341991.1 (11024 bp)
chr NW_012473619.1 (1308 bp)
chr NW_012461992.1 (1349 bp)
chr NW_012402006.1 (1987 bp)
chr NW_012491999.1 (1262 bp)
chr NW_012470150.1 (1319 bp)
chr NW_012501265.1 (1246 bp)
chr NW_012356584.1 (8898 bp)
chr NW_012496756.1 (1253 bp)
chr NW_012549681.1 (1184 bp)
chr NW_012374279.1 (3988 bp)
chr NW_012464297.1 (1340 bp)
chr NW_012478487.1 (1294 bp)
chr NW_012522947.1 (1223 bp)
chr NW_012457445.1 (1368 bp)
chr NW_012344859.1 (39060 bp)
chr NW_012357142.1 (8560 bp)
chr NW_012501958.1 (1245 bp)
chr NW_012506648.1 (1239 bp)
chr NW_012414232.1 (1717 bp)
chr NW_012358275.1 (7907 bp)
chr NW_012364885.1 (5420 bp)
chr NW_012411667.1 (1761 bp)
chr NW_012477751.1 (1296 bp)
chr NW_012455227.1 (1378 bp)
chr NW_012493491.1 (1259 bp)
chr NW_012536824.1 (1210 bp)
chr NW_012358785.1 (7644 bp)
chr NW_012477001.1 (1298 bp)
chr NW_012425096.1 (1582 bp)
chr NW_012346447.1 (37041 bp)
chr NW_012349331.1 (16160 bp)
chr NW_012562812.1 (1049 bp)
chr NW_012553183.1 (1146 bp)
chr NW_012349648.1 (15450 bp)
chr NW_012348791.1 (17612 bp)
chr NW_012444561.1 (1434 bp)
chr NW_012353362.1 (11093 bp)
chr NW_012381646.1 (3358 bp)
chr NW_012473296.1 (1287 bp)
chr NW_012505794.1 (1240 bp)
chr NW_012504209.1 (1242 bp)
chr NW_012570472.1 (1011 bp)
chr NW_012531531.1 (1215 bp)
chr NW_012463528.1 (1343 bp)
chr NW_012404895.1 (1906 bp)
chr NW_012404931.1 (1905 bp)
chr NW_012504966.1 (1241 bp)
chr NW_012571408.1 (1008 bp)
chr NW_012499862.1 (1248 bp)
chr NW_012539747.1 (1207 bp)
chr NW_012531532.1 (1215 bp)
chr NW_012559670.1 (1074 bp)
chr NW_012520742.1 (1225 bp)
chr NW_012563100.1 (1047 bp)
chr NW_012395298.1 (2242 bp)
chr NW_012466206.1 (1333 bp)
chr NW_012442503.1 (1446 bp)
chr NW_012429049.1 (1544 bp)
chr NW_012385696.1 (3101 bp)
chr NW_012385722.1 (3097 bp)
chr NW_012455456.1 (1377 bp)
chr NW_012543259.1 (1203 bp)
chr NW_012471357.1 (1315 bp)
chr NW_012444902.1 (1432 bp)
chr NW_012549987.1 (1182 bp)
chr NW_012342741.1 (31419 bp)
chr NW_012547586.1 (1194 bp)
chr NW_012514188.1 (1231 bp)
chr NW_012511102.1 (1234 bp)
chr NW_012436303.1 (1486 bp)
chr NW_012466488.1 (1332 bp)
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Paired-end alignments will be performed
=======================================

The provided filenames for paired-end alignments are /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz and /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz
Input files are in FastQ format
Processing reads up to sequence no. 100000 from /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz
Writing a C -> T converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq
Writing a G -> A converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq

Created C -> T as well as G -> A converted versions of the FastQ file 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz (100001 sequences in total)

Processing reads up to sequence no. 100000 from /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz
Writing a C -> T converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq
Writing a G -> A converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq

Created C -> T as well as G -> A converted versions of the FastQ file 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz (100001 sequences in total)

Input files are 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq (FastQ)
Now running 4 individual instances of Bowtie 2 against the bisulfite genome of /gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/ with the specified options: -q --score-min L,0,-0.2 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --maxins 500

Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for CTread1GAread2CTgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-0.2 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --maxins 500 --norc))
Found first alignment:
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1	77	*	0	0	*	*	0	0	TAATTTATTTATAAAAAAAATAAAAAAAAAATAAAAAAAAATTAATATTATATATTTTTTTTTTTATTTTAT	FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF	YT:Z:UP
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2	141	*	0	0	*	*	0	0	AAAAAAAAATATATAATATTAATTTTTTTTTATTTTTTTTTTATTTTTTTTATAAATAAATTATATTTATAA	FFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFF	YT:Z:UP
Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for GAread1CTread2GAgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-0.2 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --maxins 500 --norc))
Found first alignment:
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1	99	NC_027306.1_GA_converted	27312194	42	72M	=	27312185	-81	TAATCCATTTACAAAAAAAACAAAAAAAAAACAAAAAAAAACTAATATCATACACTTCCTTTCTCACTCTAT	FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF	AS:i:0	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	NM:i:0	MD:Z:72	YS:i:0	YT:Z:CP
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2	147	NC_027306.1_GA_converted	27312185	42	72M	=	27312194	81	TTACAAACATAATCCATTTACAAAAAAAACAAAAAAAAAACAAAAAAAAACTAATATCATACACTTCCTTTC	FFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF	AS:i:0	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	NM:i:0	MD:Z:72	YS:i:0	YT:Z:CP
Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for GAread1CTread2CTgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-0.2 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --maxins 500 --nofw))
Found first alignment:
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1	77	*	0	0	*	*	0	0	TAATCCATTTACAAAAAAAACAAAAAAAAAACAAAAAAAAACTAATATCATACACTTCCTTTCTCACTCTAT	FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF	YT:Z:UP
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2	141	*	0	0	*	*	0	0	GAAAGGAAGTGTATGATATTAGTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTGTTTTTTTTGTAAATGGATTATGTTTGTAA	FFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFF	YT:Z:UP
Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for CTread1GAread2GAgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-0.2 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --maxins 500 --nofw))
Found first alignment:
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1	77	*	0	0	*	*	0	0	TAATTTATTTATAAAAAAAATAAAAAAAAAATAAAAAAAAATTAATATTATATATTTTTTTTTTTATTTTAT	FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF	YT:Z:UP
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2	141	*	0	0	*	*	0	0	AAAAAAAAATATATAATATTAATTTTTTTTTATTTTTTTTTTATTTTTTTTATAAATAAATTATATTTATAA	FFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFF	YT:Z:UP

>>> Writing bisulfite mapping results to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1_bismark_bt2_pe.bam <<<

Unmapped sequences will be written to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_unmapped_reads_1.fq.gz and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_unmapped_reads_2.fq.gz

Reading in the sequence files /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz and /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:18927:8187_1:N:0:AGTCAA	NW_012561537.1	2
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:30626:11350_1:N:0:AGTCAA	NW_012469074.1	2
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:5602:12101_1:N:0:AGTCAA	NW_012564453.1	990
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:9164:16329_1:N:0:AGTCAA	NW_012525198.1	1
100000 reads; of these:
  100000 (100.00%) were paired; of these:
    84372 (84.37%) aligned concordantly 0 times
    7331 (7.33%) aligned concordantly exactly 1 time
    8297 (8.30%) aligned concordantly >1 times
15.63% overall alignment rate
100000 reads; of these:
  100000 (100.00%) were paired; of these:
    83931 (83.93%) aligned concordantly 0 times
    7698 (7.70%) aligned concordantly exactly 1 time
    8371 (8.37%) aligned concordantly >1 times
16.07% overall alignment rate
100000 reads; of these:
  100000 (100.00%) were paired; of these:
    83867 (83.87%) aligned concordantly 0 times
    7730 (7.73%) aligned concordantly exactly 1 time
    8403 (8.40%) aligned concordantly >1 times
16.13% overall alignment rate
100000 reads; of these:
  100000 (100.00%) were paired; of these:
    84345 (84.34%) aligned concordantly 0 times
    7405 (7.41%) aligned concordantly exactly 1 time
    8250 (8.25%) aligned concordantly >1 times
15.65% overall alignment rate
Processed 100000 sequences in total


Successfully deleted the temporary files 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq, 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq, 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq

Final Alignment report
======================
Sequence pairs analysed in total:	100000
Number of paired-end alignments with a unique best hit:	32931
Mapping efficiency:	32.9%

Sequence pairs with no alignments under any condition:	53737
Sequence pairs did not map uniquely:	13332
Sequence pairs which were discarded because genomic sequence could not be extracted:	4

Number of sequence pairs with unique best (first) alignment came from the bowtie output:
CT/GA/CT:	8340	((converted) top strand)
GA/CT/CT:	8100	(complementary to (converted) top strand)
GA/CT/GA:	8081	(complementary to (converted) bottom strand)
CT/GA/GA:	8406	((converted) bottom strand)

Final Cytosine Methylation Report
=================================
Total number of C's analysed:	1402676

Total methylated C's in CpG context:	110277
Total methylated C's in CHG context:	2610
Total methylated C's in CHH context:	10616
Total methylated C's in Unknown context:	271

Total unmethylated C's in CpG context:	31936
Total unmethylated C's in CHG context:	351934
Total unmethylated C's in CHH context:	895303
Total unmethylated C's in Unknown context:	755

C methylated in CpG context:	77.5%
C methylated in CHG context:	0.7%
C methylated in CHH context:	1.2%
C methylated in unknown context (CN or CHN):	26.4%


Bismark completed in 0d 0h 1m 26s

====================
Bismark run complete
====================

/var/spool/slurm/d/job1155989/slurm_script: line 40: fg: no job control
Bowtie seems to be working fine (tested command '/gscratch/srlab/programs/bowtie2-2.3.4.1-linux-x86_64/bowtie2 --version' [2.3.4])
Output format is BAM (default)
Alignments will be written out in BAM format. Samtools path provided as: '/gscratch/srlab/programs/samtools-1.9/samtools'
Reference genome folder provided is /gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/	(absolute path is '/gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/)'
FastQ format assumed (by default)
Processing sequences up to read no. 100000 from the input file
Each Bowtie 2 instance is going to be run with 4 threads. Please monitor performance closely and tune down if needed!

Input files to be analysed (in current folder '/gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test'):
/gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz
/gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz
Library was specified to be not strand-specific (non-directional), therefore alignments to all four possible bisulfite strands (OT, CTOT, OB and CTOB) will be reported
Created output directory /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/AS-0.6/!

Output will be written into the directory: /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/AS-0.6/
Setting parallelization to single-threaded (default)

Current working directory is: /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test

Now reading in and storing sequence information of the genome specified in: /gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/

chr NC_027300.1 (159038749 bp)
chr NC_027301.1 (72943711 bp)
chr NC_027302.1 (92503428 bp)
chr NC_027303.1 (82398023 bp)
chr NC_027304.1 (80503876 bp)
chr NC_027305.1 (87043187 bp)
chr NC_027306.1 (58785265 bp)
chr NC_027307.1 (26434011 bp)
chr NC_027308.1 (141712163 bp)
chr NC_027309.1 (116138521 bp)
chr NC_027310.1 (93888508 bp)
chr NC_027311.1 (91880962 bp)
chr NC_027312.1 (107758822 bp)
chr NC_027313.1 (93901823 bp)
chr NC_027314.1 (103963436 bp)
chr NC_027315.1 (87796322 bp)
chr NC_027316.1 (57682537 bp)
chr NC_027317.1 (70695409 bp)
chr NC_027318.1 (82978132 bp)
chr NC_027319.1 (86795997 bp)
chr NC_027320.1 (58021487 bp)
chr NC_027321.1 (63420196 bp)
chr NC_027322.1 (49854004 bp)
chr NC_027323.1 (48650976 bp)
chr NC_027324.1 (51481326 bp)
chr NC_027325.1 (47900953 bp)
chr NC_027326.1 (43943985 bp)
chr NC_027327.1 (39600944 bp)
chr NC_027328.1 (42488238 bp)
chr NW_012341867.1 (84119 bp)
chr NW_012341873.1 (59724 bp)
chr NW_012397676.1 (2137 bp)
chr NW_012520740.1 (1225 bp)
chr NW_012533698.1 (1213 bp)
chr NW_012527290.1 (1219 bp)
chr NW_012539745.1 (1207 bp)
chr NW_012553565.1 (1141 bp)
chr NW_012447123.1 (1419 bp)
chr NW_012433467.1 (1507 bp)
chr NW_012355069.1 (9880 bp)
chr NW_012368724.1 (4610 bp)
chr NW_012410781.1 (1777 bp)
chr NW_012461484.1 (1351 bp)
chr NW_012376763.1 (3776 bp)
chr NW_012426299.1 (1570 bp)
chr NW_012407458.1 (1845 bp)
chr NW_012396957.1 (2167 bp)
chr NW_012373463.1 (4061 bp)
chr NW_012372152.1 (4188 bp)
chr NW_012529413.1 (1217 bp)
chr NW_012469258.1 (1322 bp)
chr NW_012364231.1 (5590 bp)
chr NW_012416477.1 (1684 bp)
chr NW_012355556.1 (9562 bp)
chr NW_012504207.1 (1242 bp)
chr NW_012470149.1 (1319 bp)
chr NW_012370782.1 (4342 bp)
chr NW_012560826.1 (1064 bp)
chr NW_012384819.1 (3173 bp)
chr NW_012498598.1 (1250 bp)
chr NW_012531527.1 (1215 bp)
chr NW_012418030.1 (1663 bp)
chr NW_012429582.1 (1539 bp)
chr NW_012549680.1 (1184 bp)
chr NW_012445221.1 (1430 bp)
chr NW_012570784.1 (1010 bp)
chr NW_012352289.1 (11960 bp)
chr NW_012373575.1 (4052 bp)
chr NW_012433088.1 (1510 bp)
chr NW_012354549.1 (10252 bp)
chr NW_012482321.1 (1284 bp)
chr NW_012438876.1 (1469 bp)
chr NW_012439628.1 (1464 bp)
chr NW_012519567.1 (1226 bp)
chr NW_012395687.1 (2222 bp)
chr NW_012348838.1 (17480 bp)
chr NW_012564558.1 (1038 bp)
chr NW_012496755.1 (1253 bp)
chr NW_012476999.1 (1298 bp)
chr NW_012468184.1 (1326 bp)
chr NW_012540724.1 (1206 bp)
chr NW_012528379.1 (1218 bp)
chr NW_012421097.1 (1625 bp)
chr NW_012446751.1 (1421 bp)
chr NW_012482322.1 (1284 bp)
chr NW_012528380.1 (1218 bp)
chr NW_012396592.1 (2181 bp)
chr NW_012438877.1 (1469 bp)
chr NW_012522946.1 (1223 bp)
chr NW_012519568.1 (1226 bp)
chr NW_012380504.1 (3449 bp)
chr NW_012390387.1 (2560 bp)
chr NW_012407014.1 (1855 bp)
chr NW_012482323.1 (1284 bp)
chr NW_012363396.1 (5825 bp)
chr NW_012533699.1 (1213 bp)
chr NW_012507489.1 (1238 bp)
chr NW_012481921.1 (1285 bp)
chr NW_012518473.1 (1227 bp)
chr NW_012407983.1 (1834 bp)
chr NW_012394924.1 (2262 bp)
chr NW_012381718.1 (3352 bp)
chr NW_012361046.1 (6638 bp)
chr NW_012442162.1 (1448 bp)
chr NW_012429583.1 (1539 bp)
chr NW_012423211.1 (1601 bp)
chr NW_012378833.1 (3595 bp)
chr NW_012457206.1 (1369 bp)
chr NW_012492463.1 (1261 bp)
chr NW_012546132.1 (1198 bp)
chr NW_012363797.1 (5710 bp)
chr NW_012531528.1 (1215 bp)
chr NW_012402924.1 (1959 bp)
chr NW_012535801.1 (1211 bp)
chr NW_012493984.1 (1258 bp)
chr NW_012400629.1 (2031 bp)
chr NW_012511101.1 (1234 bp)
chr NW_012539746.1 (1207 bp)
chr NW_012535802.1 (1211 bp)
chr NW_012548973.1 (1188 bp)
chr NW_012419630.1 (1643 bp)
chr NW_012508364.1 (1237 bp)
chr NW_012450472.1 (1401 bp)
chr NW_012446752.1 (1421 bp)
chr NW_012444725.1 (1433 bp)
chr NW_012571081.1 (1009 bp)
chr NW_012363300.1 (5854 bp)
chr NW_012567232.1 (1024 bp)
chr NW_012409031.1 (1812 bp)
chr NW_012387086.1 (2907 bp)
chr NW_012573665.1 (1001 bp)
chr NW_012565825.1 (1031 bp)
chr NW_012429811.1 (1537 bp)
chr NW_012349627.1 (15483 bp)
chr NW_012420859.1 (1628 bp)
chr NW_012452095.1 (1393 bp)
chr NW_012389619.1 (2630 bp)
chr NW_012386820.1 (2946 bp)
chr NW_012531529.1 (1215 bp)
chr NW_012347580.1 (25679 bp)
chr NW_012555226.1 (1120 bp)
chr NW_012364800.1 (5443 bp)
chr NW_012353190.1 (11243 bp)
chr NW_012505793.1 (1240 bp)
chr NW_012413356.1 (1731 bp)
chr NW_012345239.1 (37994 bp)
chr NW_012490052.1 (1266 bp)
chr NW_012549844.1 (1183 bp)
chr NW_012424506.1 (1588 bp)
chr NW_012441841.1 (1450 bp)
chr NW_012491998.1 (1262 bp)
chr NW_012513107.1 (1232 bp)
chr NW_012451243.1 (1397 bp)
chr NW_012569129.1 (1016 bp)
chr NW_012521802.1 (1224 bp)
chr NW_012544600.1 (1201 bp)
chr NW_012386013.1 (3055 bp)
chr NW_012409523.1 (1802 bp)
chr NW_012398119.1 (2120 bp)
chr NW_012465939.1 (1334 bp)
chr NW_012385979.1 (3059 bp)
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chr NW_012367859.1 (4757 bp)
chr NW_012530484.1 (1217 bp)
chr NW_012531525.1 (1216 bp)
chr NW_012501955.1 (1246 bp)
chr NW_012365401.1 (5281 bp)
chr NW_012560487.1 (1068 bp)
chr NW_012351223.1 (13081 bp)
chr NW_012424814.1 (1586 bp)
chr NW_012533697.1 (1214 bp)
chr NW_012362101.1 (6252 bp)
chr NW_012568142.1 (1021 bp)
chr NW_012343636.1 (48526 bp)
chr NW_012492462.1 (1262 bp)
chr NW_012403231.1 (1952 bp)
chr NW_012553564.1 (1142 bp)
chr NW_012385003.1 (3172 bp)
chr NW_012386386.1 (3005 bp)
chr NW_012434299.1 (1502 bp)
chr NW_012429810.1 (1538 bp)
chr NW_012454591.1 (1382 bp)
chr NW_012413666.1 (1727 bp)
chr NW_012408101.1 (1832 bp)
chr NW_012407401.1 (1847 bp)
chr NW_012483123.1 (1283 bp)
chr NW_012360746.1 (6775 bp)
chr NW_012416543.1 (1684 bp)
chr NW_012386513.1 (2986 bp)
chr NW_012409723.1 (1799 bp)
chr NW_012405152.1 (1901 bp)
chr NW_012537793.1 (1210 bp)
chr NW_012410337.1 (1786 bp)
chr NW_012568866.1 (1018 bp)
chr NW_012395402.1 (2238 bp)
chr NW_012504206.1 (1243 bp)
chr NW_012428398.1 (1551 bp)
chr NW_012408742.1 (1819 bp)
chr NW_012499861.1 (1249 bp)
chr NW_012434807.1 (1498 bp)
chr NW_012553708.1 (1140 bp)
chr NW_012354487.1 (10293 bp)
chr NW_012487350.1 (1273 bp)
chr NW_012471356.1 (1316 bp)
chr NW_012544599.1 (1202 bp)
chr NW_012457872.1 (1367 bp)
chr NW_012538774.1 (1209 bp)
chr NW_012444241.1 (1437 bp)
chr NW_012514187.1 (1232 bp)
chr NW_012393976.1 (2313 bp)
chr NW_012488652.1 (1270 bp)
chr NW_012396956.1 (2168 bp)
chr NW_012558343.1 (1087 bp)
chr NW_012482320.1 (1285 bp)
chr NW_012420500.1 (1633 bp)
chr NW_012455008.1 (1380 bp)
chr NW_012480790.1 (1289 bp)
chr NW_012443532.1 (1441 bp)
chr NW_012358221.1 (7932 bp)
chr NW_012394730.1 (2274 bp)
chr NW_012531526.1 (1216 bp)
chr NW_012461483.1 (1352 bp)
chr NW_012497983.1 (1252 bp)
chr NW_012376216.1 (3826 bp)
chr NW_012426697.1 (1567 bp)
chr NW_012354482.1 (10296 bp)
chr NW_012485544.1 (1277 bp)
chr NW_012422661.1 (1608 bp)
chr NW_012558151.1 (1089 bp)
chr NW_012393489.1 (2340 bp)
chr NW_012566435.1 (1029 bp)
chr NW_012495074.1 (1257 bp)
chr NW_012461244.1 (1353 bp)
chr NW_012570471.1 (1012 bp)
chr NW_012489561.1 (1268 bp)
chr NW_012433885.1 (1505 bp)
chr NW_012359286.1 (7412 bp)
chr NW_012469004.1 (1324 bp)
chr NW_012505792.1 (1241 bp)
chr NW_012548090.1 (1193 bp)
chr NW_012411492.1 (1765 bp)
chr NW_012450663.1 (1401 bp)
chr NW_012547585.1 (1195 bp)
chr NW_012473618.1 (1309 bp)
chr NW_012516303.1 (1230 bp)
chr NW_012384329.1 (3180 bp)
chr NW_012412409.1 (1748 bp)
chr NW_012395721.1 (2221 bp)
chr NW_012427622.1 (1558 bp)
chr NW_012348545.1 (18665 bp)
chr NW_012412206.1 (1752 bp)
chr NW_012528378.1 (1219 bp)
chr NW_012349740.1 (15252 bp)
chr NW_012392322.1 (2413 bp)
chr NW_012566436.1 (1029 bp)
chr NW_012341884.1 (44131 bp)
chr NW_012403267.1 (1951 bp)
chr NW_012526228.1 (1221 bp)
chr NW_012538775.1 (1209 bp)
chr NW_012510185.1 (1236 bp)
chr NW_012355637.1 (9521 bp)
chr NW_012367147.1 (4896 bp)
chr NW_012414766.1 (1710 bp)
chr NW_012543257.1 (1204 bp)
chr NW_012554585.1 (1129 bp)
chr NW_012550955.1 (1174 bp)
chr NW_012473295.1 (1310 bp)
chr NW_012506647.1 (1240 bp)
chr NW_012416322.1 (1687 bp)
chr NW_012361141.1 (6602 bp)
chr NW_012498597.1 (1251 bp)
chr NW_012561447.1 (1060 bp)
chr NC_001960.1 (16665 bp)

Single-core mode: setting pid to 1

Paired-end alignments will be performed
=======================================

The provided filenames for paired-end alignments are /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz and /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz
Input files are in FastQ format
Processing reads up to sequence no. 100000 from /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz
Writing a C -> T converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq
Writing a G -> A converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq

Created C -> T as well as G -> A converted versions of the FastQ file 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz (100001 sequences in total)

Processing reads up to sequence no. 100000 from /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz
Writing a C -> T converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq
Writing a G -> A converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq

Created C -> T as well as G -> A converted versions of the FastQ file 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz (100001 sequences in total)

Input files are 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq (FastQ)
Now running 4 individual instances of Bowtie 2 against the bisulfite genome of /gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/ with the specified options: -q --score-min L,0,-0.6 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --maxins 500

Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for CTread1GAread2CTgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-0.6 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --maxins 500 --norc))
Found first alignment:
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1	77	*	0	0	*	*	0	0	TAATTTATTTATAAAAAAAATAAAAAAAAAATAAAAAAAAATTAATATTATATATTTTTTTTTTTATTTTAT	FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF	YT:Z:UP
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2	141	*	0	0	*	*	0	0	AAAAAAAAATATATAATATTAATTTTTTTTTATTTTTTTTTTATTTTTTTTATAAATAAATTATATTTATAA	FFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFF	YT:Z:UP
Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for GAread1CTread2GAgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-0.6 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --maxins 500 --norc))
Found first alignment:
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1	99	NC_027306.1_GA_converted	27312194	42	72M	=	27312185	-81	TAATCCATTTACAAAAAAAACAAAAAAAAAACAAAAAAAAACTAATATCATACACTTCCTTTCTCACTCTAT	FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF	AS:i:0	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	NM:i:0	MD:Z:72	YS:i:0	YT:Z:CP
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2	147	NC_027306.1_GA_converted	27312185	42	72M	=	27312194	81	TTACAAACATAATCCATTTACAAAAAAAACAAAAAAAAAACAAAAAAAAACTAATATCATACACTTCCTTTC	FFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF	AS:i:0	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	NM:i:0	MD:Z:72	YS:i:0	YT:Z:CP
Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for GAread1CTread2CTgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-0.6 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --maxins 500 --nofw))
Found first alignment:
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1	77	*	0	0	*	*	0	0	TAATCCATTTACAAAAAAAACAAAAAAAAAACAAAAAAAAACTAATATCATACACTTCCTTTCTCACTCTAT	FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF	YT:Z:UP
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2	141	*	0	0	*	*	0	0	GAAAGGAAGTGTATGATATTAGTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTGTTTTTTTTGTAAATGGATTATGTTTGTAA	FFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFF	YT:Z:UP
Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for CTread1GAread2GAgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-0.6 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --maxins 500 --nofw))
Found first alignment:
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1	77	*	0	0	*	*	0	0	TAATTTATTTATAAAAAAAATAAAAAAAAAATAAAAAAAAATTAATATTATATATTTTTTTTTTTATTTTAT	FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF	YT:Z:UP
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2	141	*	0	0	*	*	0	0	AAAAAAAAATATATAATATTAATTTTTTTTTATTTTTTTTTTATTTTTTTTATAAATAAATTATATTTATAA	FFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFF	YT:Z:UP

>>> Writing bisulfite mapping results to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1_bismark_bt2_pe.bam <<<

Unmapped sequences will be written to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_unmapped_reads_1.fq.gz and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_unmapped_reads_2.fq.gz

Reading in the sequence files /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz and /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:7862:1892_1:N:0:AGTCAA	NW_012372622.1	1
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:3170:10739_1:N:0:AGTCAA	NW_012413969.1	1585
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:30626:11350_1:N:0:AGTCAA	NW_012469074.1	2
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:5602:12101_1:N:0:AGTCAA	NW_012564453.1	990
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:9164:16329_1:N:0:AGTCAA	NW_012525198.1	1
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:32669:24158_1:N:0:AGTCAA	NW_012377215.1	2
100000 reads; of these:
  100000 (100.00%) were paired; of these:
    74372 (74.37%) aligned concordantly 0 times
    7675 (7.67%) aligned concordantly exactly 1 time
    17953 (17.95%) aligned concordantly >1 times
25.63% overall alignment rate
100000 reads; of these:
  100000 (100.00%) were paired; of these:
    72926 (72.93%) aligned concordantly 0 times
    8201 (8.20%) aligned concordantly exactly 1 time
    18873 (18.87%) aligned concordantly >1 times
27.07% overall alignment rate
100000 reads; of these:
  100000 (100.00%) were paired; of these:
    72898 (72.90%) aligned concordantly 0 times
    8308 (8.31%) aligned concordantly exactly 1 time
    18794 (18.79%) aligned concordantly >1 times
27.10% overall alignment rate
100000 reads; of these:
  100000 (100.00%) were paired; of these:
    74286 (74.29%) aligned concordantly 0 times
    7674 (7.67%) aligned concordantly exactly 1 time
    18040 (18.04%) aligned concordantly >1 times
25.71% overall alignment rate
Processed 100000 sequences in total


Successfully deleted the temporary files 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq, 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq, 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq

Final Alignment report
======================
Sequence pairs analysed in total:	100000
Number of paired-end alignments with a unique best hit:	48756
Mapping efficiency:	48.8%

Sequence pairs with no alignments under any condition:	33728
Sequence pairs did not map uniquely:	17516
Sequence pairs which were discarded because genomic sequence could not be extracted:	6

Number of sequence pairs with unique best (first) alignment came from the bowtie output:
CT/GA/CT:	12620	((converted) top strand)
GA/CT/CT:	11808	(complementary to (converted) top strand)
GA/CT/GA:	11781	(complementary to (converted) bottom strand)
CT/GA/GA:	12541	((converted) bottom strand)

Final Cytosine Methylation Report
=================================
Total number of C's analysed:	2058132

Total methylated C's in CpG context:	156512
Total methylated C's in CHG context:	6021
Total methylated C's in CHH context:	30382
Total methylated C's in Unknown context:	2428

Total unmethylated C's in CpG context:	49115
Total unmethylated C's in CHG context:	512396
Total unmethylated C's in CHH context:	1303706
Total unmethylated C's in Unknown context:	6413

C methylated in CpG context:	76.1%
C methylated in CHG context:	1.2%
C methylated in CHH context:	2.3%
C methylated in unknown context (CN or CHN):	27.5%


Bismark completed in 0d 0h 1m 27s

====================
Bismark run complete
====================

/var/spool/slurm/d/job1155989/slurm_script: line 57: fg: no job control
Bowtie seems to be working fine (tested command '/gscratch/srlab/programs/bowtie2-2.3.4.1-linux-x86_64/bowtie2 --version' [2.3.4])
Output format is BAM (default)
Alignments will be written out in BAM format. Samtools path provided as: '/gscratch/srlab/programs/samtools-1.9/samtools'
Reference genome folder provided is /gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/	(absolute path is '/gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/)'
FastQ format assumed (by default)
Processing sequences up to read no. 100000 from the input file
Each Bowtie 2 instance is going to be run with 4 threads. Please monitor performance closely and tune down if needed!

Input files to be analysed (in current folder '/gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test'):
/gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz
/gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz
Library was specified to be not strand-specific (non-directional), therefore alignments to all four possible bisulfite strands (OT, CTOT, OB and CTOB) will be reported
Created output directory /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/AS-1/!

Output will be written into the directory: /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/AS-1/
Setting parallelization to single-threaded (default)

Current working directory is: /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test

Now reading in and storing sequence information of the genome specified in: /gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/

chr NC_027300.1 (159038749 bp)
chr NC_027301.1 (72943711 bp)
chr NC_027302.1 (92503428 bp)
chr NC_027303.1 (82398023 bp)
chr NC_027304.1 (80503876 bp)
chr NC_027305.1 (87043187 bp)
chr NC_027306.1 (58785265 bp)
chr NC_027307.1 (26434011 bp)
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chr NW_012461483.1 (1352 bp)
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chr NW_012359286.1 (7412 bp)
chr NW_012469004.1 (1324 bp)
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chr NW_012450663.1 (1401 bp)
chr NW_012547585.1 (1195 bp)
chr NW_012473618.1 (1309 bp)
chr NW_012516303.1 (1230 bp)
chr NW_012384329.1 (3180 bp)
chr NW_012412409.1 (1748 bp)
chr NW_012395721.1 (2221 bp)
chr NW_012427622.1 (1558 bp)
chr NW_012348545.1 (18665 bp)
chr NW_012412206.1 (1752 bp)
chr NW_012528378.1 (1219 bp)
chr NW_012349740.1 (15252 bp)
chr NW_012392322.1 (2413 bp)
chr NW_012566436.1 (1029 bp)
chr NW_012341884.1 (44131 bp)
chr NW_012403267.1 (1951 bp)
chr NW_012526228.1 (1221 bp)
chr NW_012538775.1 (1209 bp)
chr NW_012510185.1 (1236 bp)
chr NW_012355637.1 (9521 bp)
chr NW_012367147.1 (4896 bp)
chr NW_012414766.1 (1710 bp)
chr NW_012543257.1 (1204 bp)
chr NW_012554585.1 (1129 bp)
chr NW_012550955.1 (1174 bp)
chr NW_012473295.1 (1310 bp)
chr NW_012506647.1 (1240 bp)
chr NW_012416322.1 (1687 bp)
chr NW_012361141.1 (6602 bp)
chr NW_012498597.1 (1251 bp)
chr NW_012561447.1 (1060 bp)
chr NC_001960.1 (16665 bp)

Single-core mode: setting pid to 1

Paired-end alignments will be performed
=======================================

The provided filenames for paired-end alignments are /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz and /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz
Input files are in FastQ format
Processing reads up to sequence no. 100000 from /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz
Writing a C -> T converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq
Writing a G -> A converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq

Created C -> T as well as G -> A converted versions of the FastQ file 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz (100001 sequences in total)

Processing reads up to sequence no. 100000 from /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz
Writing a C -> T converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq
Writing a G -> A converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq

Created C -> T as well as G -> A converted versions of the FastQ file 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz (100001 sequences in total)

Input files are 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq (FastQ)
Now running 4 individual instances of Bowtie 2 against the bisulfite genome of /gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/ with the specified options: -q --score-min L,0,-1 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --maxins 500

Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for CTread1GAread2CTgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-1 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --maxins 500 --norc))
Found first alignment:
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1	77	*	0	0	*	*	0	0	TAATTTATTTATAAAAAAAATAAAAAAAAAATAAAAAAAAATTAATATTATATATTTTTTTTTTTATTTTAT	FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF	YT:Z:UP
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2	141	*	0	0	*	*	0	0	AAAAAAAAATATATAATATTAATTTTTTTTTATTTTTTTTTTATTTTTTTTATAAATAAATTATATTTATAA	FFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFF	YT:Z:UP
Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for GAread1CTread2GAgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-1 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --maxins 500 --norc))
Found first alignment:
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1	99	NC_027306.1_GA_converted	27312194	42	72M	=	27312185	-81	TAATCCATTTACAAAAAAAACAAAAAAAAAACAAAAAAAAACTAATATCATACACTTCCTTTCTCACTCTAT	FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF	AS:i:0	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	NM:i:0	MD:Z:72	YS:i:0	YT:Z:CP
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2	147	NC_027306.1_GA_converted	27312185	42	72M	=	27312194	81	TTACAAACATAATCCATTTACAAAAAAAACAAAAAAAAAACAAAAAAAAACTAATATCATACACTTCCTTTC	FFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF	AS:i:0	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	NM:i:0	MD:Z:72	YS:i:0	YT:Z:CP
Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for GAread1CTread2CTgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-1 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --maxins 500 --nofw))
Found first alignment:
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1	77	*	0	0	*	*	0	0	TAATCCATTTACAAAAAAAACAAAAAAAAAACAAAAAAAAACTAATATCATACACTTCCTTTCTCACTCTAT	FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF	YT:Z:UP
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2	141	*	0	0	*	*	0	0	GAAAGGAAGTGTATGATATTAGTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTGTTTTTTTTGTAAATGGATTATGTTTGTAA	FFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFF	YT:Z:UP
Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for CTread1GAread2GAgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-1 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --maxins 500 --nofw))
Found first alignment:
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1	77	*	0	0	*	*	0	0	TAATTTATTTATAAAAAAAATAAAAAAAAAATAAAAAAAAATTAATATTATATATTTTTTTTTTTATTTTAT	FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF	YT:Z:UP
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2	141	*	0	0	*	*	0	0	AAAAAAAAATATATAATATTAATTTTTTTTTATTTTTTTTTTATTTTTTTTATAAATAAATTATATTTATAA	FFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFF	YT:Z:UP

>>> Writing bisulfite mapping results to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1_bismark_bt2_pe.bam <<<

Unmapped sequences will be written to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_unmapped_reads_1.fq.gz and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_unmapped_reads_2.fq.gz

Reading in the sequence files /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz and /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:7862:1892_1:N:0:AGTCAA	NW_012372622.1	1
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:11279:2613_1:N:0:AGTCAA	NW_012363676.1	1
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:23818:6825_1:N:0:AGTCAA	NW_012556703.1	1
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:30626:11350_1:N:0:AGTCAA	NW_012469074.1	2
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:5602:12101_1:N:0:AGTCAA	NW_012564453.1	990
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:10583:13620_1:N:0:AGTCAA	NW_012552221.1	1038
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:4264:13698_1:N:0:AGTCAA	NC_001960.1	1
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:9164:16329_1:N:0:AGTCAA	NW_012525198.1	1
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:32669:24158_1:N:0:AGTCAA	NW_012377215.1	2
100000 reads; of these:
  100000 (100.00%) were paired; of these:
    63218 (63.22%) aligned concordantly 0 times
    8926 (8.93%) aligned concordantly exactly 1 time
    27856 (27.86%) aligned concordantly >1 times
36.78% overall alignment rate
100000 reads; of these:
  100000 (100.00%) were paired; of these:
    64789 (64.79%) aligned concordantly 0 times
    8333 (8.33%) aligned concordantly exactly 1 time
    26878 (26.88%) aligned concordantly >1 times
35.21% overall alignment rate
100000 reads; of these:
  100000 (100.00%) were paired; of these:
    64599 (64.60%) aligned concordantly 0 times
    8429 (8.43%) aligned concordantly exactly 1 time
    26972 (26.97%) aligned concordantly >1 times
35.40% overall alignment rate
100000 reads; of these:
  100000 (100.00%) were paired; of these:
    63093 (63.09%) aligned concordantly 0 times
    8974 (8.97%) aligned concordantly exactly 1 time
    27933 (27.93%) aligned concordantly >1 times
36.91% overall alignment rate
Processed 100000 sequences in total


Successfully deleted the temporary files 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq, 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq, 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq

Final Alignment report
======================
Sequence pairs analysed in total:	100000
Number of paired-end alignments with a unique best hit:	59948
Mapping efficiency:	59.9%

Sequence pairs with no alignments under any condition:	20586
Sequence pairs did not map uniquely:	19466
Sequence pairs which were discarded because genomic sequence could not be extracted:	9

Number of sequence pairs with unique best (first) alignment came from the bowtie output:
CT/GA/CT:	15477	((converted) top strand)
GA/CT/CT:	14536	(complementary to (converted) top strand)
GA/CT/GA:	14461	(complementary to (converted) bottom strand)
CT/GA/GA:	15465	((converted) bottom strand)

Final Cytosine Methylation Report
=================================
Total number of C's analysed:	2543324

Total methylated C's in CpG context:	187970
Total methylated C's in CHG context:	9684
Total methylated C's in CHH context:	55518
Total methylated C's in Unknown context:	6382

Total unmethylated C's in CpG context:	66313
Total unmethylated C's in CHG context:	622934
Total unmethylated C's in CHH context:	1600905
Total unmethylated C's in Unknown context:	23558

C methylated in CpG context:	73.9%
C methylated in CHG context:	1.5%
C methylated in CHH context:	3.4%
C methylated in unknown context (CN or CHN):	21.3%


Bismark completed in 0d 0h 1m 38s

====================
Bismark run complete
====================

/var/spool/slurm/d/job1155989/slurm_script: line 74: fg: no job control
Bowtie seems to be working fine (tested command '/gscratch/srlab/programs/bowtie2-2.3.4.1-linux-x86_64/bowtie2 --version' [2.3.4])
Output format is BAM (default)
Alignments will be written out in BAM format. Samtools path provided as: '/gscratch/srlab/programs/samtools-1.9/samtools'
Reference genome folder provided is /gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/	(absolute path is '/gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/)'
FastQ format assumed (by default)
Processing sequences up to read no. 100000 from the input file
Each Bowtie 2 instance is going to be run with 4 threads. Please monitor performance closely and tune down if needed!

Input files to be analysed (in current folder '/gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test'):
/gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz
/gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz
Library was specified to be not strand-specific (non-directional), therefore alignments to all four possible bisulfite strands (OT, CTOT, OB and CTOB) will be reported
Created output directory /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/AS-1_I60/!

Output will be written into the directory: /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/AS-1_I60/
Setting parallelization to single-threaded (default)

Current working directory is: /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test

Now reading in and storing sequence information of the genome specified in: /gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/

chr NC_027300.1 (159038749 bp)
chr NC_027301.1 (72943711 bp)
chr NC_027302.1 (92503428 bp)
chr NC_027303.1 (82398023 bp)
chr NC_027304.1 (80503876 bp)
chr NC_027305.1 (87043187 bp)
chr NC_027306.1 (58785265 bp)
chr NC_027307.1 (26434011 bp)
chr NC_027308.1 (141712163 bp)
chr NC_027309.1 (116138521 bp)
chr NC_027310.1 (93888508 bp)
chr NC_027311.1 (91880962 bp)
chr NC_027312.1 (107758822 bp)
chr NC_027313.1 (93901823 bp)
chr NC_027314.1 (103963436 bp)
chr NC_027315.1 (87796322 bp)
chr NC_027316.1 (57682537 bp)
chr NC_027317.1 (70695409 bp)
chr NC_027318.1 (82978132 bp)
chr NC_027319.1 (86795997 bp)
chr NC_027320.1 (58021487 bp)
chr NC_027321.1 (63420196 bp)
chr NC_027322.1 (49854004 bp)
chr NC_027323.1 (48650976 bp)
chr NC_027324.1 (51481326 bp)
chr NC_027325.1 (47900953 bp)
chr NC_027326.1 (43943985 bp)
chr NC_027327.1 (39600944 bp)
chr NC_027328.1 (42488238 bp)
chr NW_012341867.1 (84119 bp)
chr NW_012341873.1 (59724 bp)
chr NW_012397676.1 (2137 bp)
chr NW_012520740.1 (1225 bp)
chr NW_012533698.1 (1213 bp)
chr NW_012527290.1 (1219 bp)
chr NW_012539745.1 (1207 bp)
chr NW_012553565.1 (1141 bp)
chr NW_012447123.1 (1419 bp)
chr NW_012433467.1 (1507 bp)
chr NW_012355069.1 (9880 bp)
chr NW_012368724.1 (4610 bp)
chr NW_012410781.1 (1777 bp)
chr NW_012461484.1 (1351 bp)
chr NW_012376763.1 (3776 bp)
chr NW_012426299.1 (1570 bp)
chr NW_012407458.1 (1845 bp)
chr NW_012396957.1 (2167 bp)
chr NW_012373463.1 (4061 bp)
chr NW_012372152.1 (4188 bp)
chr NW_012529413.1 (1217 bp)
chr NW_012469258.1 (1322 bp)
chr NW_012364231.1 (5590 bp)
chr NW_012416477.1 (1684 bp)
chr NW_012355556.1 (9562 bp)
chr NW_012504207.1 (1242 bp)
chr NW_012470149.1 (1319 bp)
chr NW_012370782.1 (4342 bp)
chr NW_012560826.1 (1064 bp)
chr NW_012384819.1 (3173 bp)
chr NW_012498598.1 (1250 bp)
chr NW_012531527.1 (1215 bp)
chr NW_012418030.1 (1663 bp)
chr NW_012429582.1 (1539 bp)
chr NW_012549680.1 (1184 bp)
chr NW_012445221.1 (1430 bp)
chr NW_012570784.1 (1010 bp)
chr NW_012352289.1 (11960 bp)
chr NW_012373575.1 (4052 bp)
chr NW_012433088.1 (1510 bp)
chr NW_012354549.1 (10252 bp)
chr NW_012482321.1 (1284 bp)
chr NW_012438876.1 (1469 bp)
chr NW_012439628.1 (1464 bp)
chr NW_012519567.1 (1226 bp)
chr NW_012395687.1 (2222 bp)
chr NW_012348838.1 (17480 bp)
chr NW_012564558.1 (1038 bp)
chr NW_012496755.1 (1253 bp)
chr NW_012476999.1 (1298 bp)
chr NW_012468184.1 (1326 bp)
chr NW_012540724.1 (1206 bp)
chr NW_012528379.1 (1218 bp)
chr NW_012421097.1 (1625 bp)
chr NW_012446751.1 (1421 bp)
chr NW_012482322.1 (1284 bp)
chr NW_012528380.1 (1218 bp)
chr NW_012396592.1 (2181 bp)
chr NW_012438877.1 (1469 bp)
chr NW_012522946.1 (1223 bp)
chr NW_012519568.1 (1226 bp)
chr NW_012380504.1 (3449 bp)
chr NW_012390387.1 (2560 bp)
chr NW_012407014.1 (1855 bp)
chr NW_012482323.1 (1284 bp)
chr NW_012363396.1 (5825 bp)
chr NW_012533699.1 (1213 bp)
chr NW_012507489.1 (1238 bp)
chr NW_012481921.1 (1285 bp)
chr NW_012518473.1 (1227 bp)
chr NW_012407983.1 (1834 bp)
chr NW_012394924.1 (2262 bp)
chr NW_012381718.1 (3352 bp)
chr NW_012361046.1 (6638 bp)
chr NW_012442162.1 (1448 bp)
chr NW_012429583.1 (1539 bp)
chr NW_012423211.1 (1601 bp)
chr NW_012378833.1 (3595 bp)
chr NW_012457206.1 (1369 bp)
chr NW_012492463.1 (1261 bp)
chr NW_012546132.1 (1198 bp)
chr NW_012363797.1 (5710 bp)
chr NW_012531528.1 (1215 bp)
chr NW_012402924.1 (1959 bp)
chr NW_012535801.1 (1211 bp)
chr NW_012493984.1 (1258 bp)
chr NW_012400629.1 (2031 bp)
chr NW_012511101.1 (1234 bp)
chr NW_012539746.1 (1207 bp)
chr NW_012535802.1 (1211 bp)
chr NW_012548973.1 (1188 bp)
chr NW_012419630.1 (1643 bp)
chr NW_012508364.1 (1237 bp)
chr NW_012450472.1 (1401 bp)
chr NW_012446752.1 (1421 bp)
chr NW_012444725.1 (1433 bp)
chr NW_012571081.1 (1009 bp)
chr NW_012363300.1 (5854 bp)
chr NW_012567232.1 (1024 bp)
chr NW_012409031.1 (1812 bp)
chr NW_012387086.1 (2907 bp)
chr NW_012573665.1 (1001 bp)
chr NW_012565825.1 (1031 bp)
chr NW_012429811.1 (1537 bp)
chr NW_012349627.1 (15483 bp)
chr NW_012420859.1 (1628 bp)
chr NW_012452095.1 (1393 bp)
chr NW_012389619.1 (2630 bp)
chr NW_012386820.1 (2946 bp)
chr NW_012531529.1 (1215 bp)
chr NW_012347580.1 (25679 bp)
chr NW_012555226.1 (1120 bp)
chr NW_012364800.1 (5443 bp)
chr NW_012353190.1 (11243 bp)
chr NW_012505793.1 (1240 bp)
chr NW_012413356.1 (1731 bp)
chr NW_012345239.1 (37994 bp)
chr NW_012490052.1 (1266 bp)
chr NW_012549844.1 (1183 bp)
chr NW_012424506.1 (1588 bp)
chr NW_012441841.1 (1450 bp)
chr NW_012491998.1 (1262 bp)
chr NW_012513107.1 (1232 bp)
chr NW_012451243.1 (1397 bp)
chr NW_012569129.1 (1016 bp)
chr NW_012521802.1 (1224 bp)
chr NW_012544600.1 (1201 bp)
chr NW_012386013.1 (3055 bp)
chr NW_012409523.1 (1802 bp)
chr NW_012398119.1 (2120 bp)
chr NW_012465939.1 (1334 bp)
chr NW_012385979.1 (3059 bp)
chr NW_012475328.1 (1303 bp)
chr NW_012561850.1 (1056 bp)
chr NW_012422041.1 (1614 bp)
chr NW_012454789.1 (1380 bp)
chr NW_012353499.1 (10981 bp)
chr NW_012487351.1 (1272 bp)
chr NW_012510186.1 (1235 bp)
chr NW_012544601.1 (1201 bp)
chr NW_012432836.1 (1512 bp)
chr NW_012501956.1 (1245 bp)
chr NW_012567426.1 (1023 bp)
chr NW_012382015.1 (3329 bp)
chr NW_012419712.1 (1642 bp)
chr NW_012497984.1 (1251 bp)
chr NW_012345002.1 (38580 bp)
chr NW_012420276.1 (1635 bp)
chr NW_012438878.1 (1469 bp)
chr NW_012353439.1 (11031 bp)
chr NW_012456538.1 (1372 bp)
chr NW_012463053.1 (1345 bp)
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chr NW_012360746.1 (6775 bp)
chr NW_012416543.1 (1684 bp)
chr NW_012386513.1 (2986 bp)
chr NW_012409723.1 (1799 bp)
chr NW_012405152.1 (1901 bp)
chr NW_012537793.1 (1210 bp)
chr NW_012410337.1 (1786 bp)
chr NW_012568866.1 (1018 bp)
chr NW_012395402.1 (2238 bp)
chr NW_012504206.1 (1243 bp)
chr NW_012428398.1 (1551 bp)
chr NW_012408742.1 (1819 bp)
chr NW_012499861.1 (1249 bp)
chr NW_012434807.1 (1498 bp)
chr NW_012553708.1 (1140 bp)
chr NW_012354487.1 (10293 bp)
chr NW_012487350.1 (1273 bp)
chr NW_012471356.1 (1316 bp)
chr NW_012544599.1 (1202 bp)
chr NW_012457872.1 (1367 bp)
chr NW_012538774.1 (1209 bp)
chr NW_012444241.1 (1437 bp)
chr NW_012514187.1 (1232 bp)
chr NW_012393976.1 (2313 bp)
chr NW_012488652.1 (1270 bp)
chr NW_012396956.1 (2168 bp)
chr NW_012558343.1 (1087 bp)
chr NW_012482320.1 (1285 bp)
chr NW_012420500.1 (1633 bp)
chr NW_012455008.1 (1380 bp)
chr NW_012480790.1 (1289 bp)
chr NW_012443532.1 (1441 bp)
chr NW_012358221.1 (7932 bp)
chr NW_012394730.1 (2274 bp)
chr NW_012531526.1 (1216 bp)
chr NW_012461483.1 (1352 bp)
chr NW_012497983.1 (1252 bp)
chr NW_012376216.1 (3826 bp)
chr NW_012426697.1 (1567 bp)
chr NW_012354482.1 (10296 bp)
chr NW_012485544.1 (1277 bp)
chr NW_012422661.1 (1608 bp)
chr NW_012558151.1 (1089 bp)
chr NW_012393489.1 (2340 bp)
chr NW_012566435.1 (1029 bp)
chr NW_012495074.1 (1257 bp)
chr NW_012461244.1 (1353 bp)
chr NW_012570471.1 (1012 bp)
chr NW_012489561.1 (1268 bp)
chr NW_012433885.1 (1505 bp)
chr NW_012359286.1 (7412 bp)
chr NW_012469004.1 (1324 bp)
chr NW_012505792.1 (1241 bp)
chr NW_012548090.1 (1193 bp)
chr NW_012411492.1 (1765 bp)
chr NW_012450663.1 (1401 bp)
chr NW_012547585.1 (1195 bp)
chr NW_012473618.1 (1309 bp)
chr NW_012516303.1 (1230 bp)
chr NW_012384329.1 (3180 bp)
chr NW_012412409.1 (1748 bp)
chr NW_012395721.1 (2221 bp)
chr NW_012427622.1 (1558 bp)
chr NW_012348545.1 (18665 bp)
chr NW_012412206.1 (1752 bp)
chr NW_012528378.1 (1219 bp)
chr NW_012349740.1 (15252 bp)
chr NW_012392322.1 (2413 bp)
chr NW_012566436.1 (1029 bp)
chr NW_012341884.1 (44131 bp)
chr NW_012403267.1 (1951 bp)
chr NW_012526228.1 (1221 bp)
chr NW_012538775.1 (1209 bp)
chr NW_012510185.1 (1236 bp)
chr NW_012355637.1 (9521 bp)
chr NW_012367147.1 (4896 bp)
chr NW_012414766.1 (1710 bp)
chr NW_012543257.1 (1204 bp)
chr NW_012554585.1 (1129 bp)
chr NW_012550955.1 (1174 bp)
chr NW_012473295.1 (1310 bp)
chr NW_012506647.1 (1240 bp)
chr NW_012416322.1 (1687 bp)
chr NW_012361141.1 (6602 bp)
chr NW_012498597.1 (1251 bp)
chr NW_012561447.1 (1060 bp)
chr NC_001960.1 (16665 bp)

Single-core mode: setting pid to 1

Paired-end alignments will be performed
=======================================

The provided filenames for paired-end alignments are /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz and /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz
Input files are in FastQ format
Processing reads up to sequence no. 100000 from /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz
Writing a C -> T converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq
Writing a G -> A converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq

Created C -> T as well as G -> A converted versions of the FastQ file 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz (100001 sequences in total)

Processing reads up to sequence no. 100000 from /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz
Writing a C -> T converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq
Writing a G -> A converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq

Created C -> T as well as G -> A converted versions of the FastQ file 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz (100001 sequences in total)

Input files are 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq (FastQ)
Now running 4 individual instances of Bowtie 2 against the bisulfite genome of /gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/ with the specified options: -q --score-min L,0,-1 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --minins 60 --maxins 500

Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for CTread1GAread2CTgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-1 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --minins 60 --maxins 500 --norc))
Found first alignment:
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1	77	*	0	0	*	*	0	0	TAATTTATTTATAAAAAAAATAAAAAAAAAATAAAAAAAAATTAATATTATATATTTTTTTTTTTATTTTAT	FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF	YT:Z:UP
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2	141	*	0	0	*	*	0	0	AAAAAAAAATATATAATATTAATTTTTTTTTATTTTTTTTTTATTTTTTTTATAAATAAATTATATTTATAA	FFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFF	YT:Z:UP
Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for GAread1CTread2GAgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-1 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --minins 60 --maxins 500 --norc))
Found first alignment:
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1	99	NC_027306.1_GA_converted	27312194	42	72M	=	27312185	-81	TAATCCATTTACAAAAAAAACAAAAAAAAAACAAAAAAAAACTAATATCATACACTTCCTTTCTCACTCTAT	FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF	AS:i:0	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	NM:i:0	MD:Z:72	YS:i:0	YT:Z:CP
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2	147	NC_027306.1_GA_converted	27312185	42	72M	=	27312194	81	TTACAAACATAATCCATTTACAAAAAAAACAAAAAAAAAACAAAAAAAAACTAATATCATACACTTCCTTTC	FFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF	AS:i:0	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	NM:i:0	MD:Z:72	YS:i:0	YT:Z:CP
Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for GAread1CTread2CTgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-1 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --minins 60 --maxins 500 --nofw))
Found first alignment:
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1	77	*	0	0	*	*	0	0	TAATCCATTTACAAAAAAAACAAAAAAAAAACAAAAAAAAACTAATATCATACACTTCCTTTCTCACTCTAT	FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF	YT:Z:UP
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2	141	*	0	0	*	*	0	0	GAAAGGAAGTGTATGATATTAGTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTGTTTTTTTTGTAAATGGATTATGTTTGTAA	FFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFF	YT:Z:UP
Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for CTread1GAread2GAgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-1 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --minins 60 --maxins 500 --nofw))
Found first alignment:
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1	77	*	0	0	*	*	0	0	TAATTTATTTATAAAAAAAATAAAAAAAAAATAAAAAAAAATTAATATTATATATTTTTTTTTTTATTTTAT	FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF	YT:Z:UP
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2	141	*	0	0	*	*	0	0	AAAAAAAAATATATAATATTAATTTTTTTTTATTTTTTTTTTATTTTTTTTATAAATAAATTATATTTATAA	FFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFF	YT:Z:UP

>>> Writing bisulfite mapping results to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1_bismark_bt2_pe.bam <<<

Unmapped sequences will be written to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_unmapped_reads_1.fq.gz and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_unmapped_reads_2.fq.gz

Reading in the sequence files /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz and /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:14516:1172_1:N:0:AGTCAA	NW_012564058.1	1
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:7862:1892_1:N:0:AGTCAA	NW_012372622.1	1
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:11279:2613_1:N:0:AGTCAA	NW_012363676.1	1
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:23818:6825_1:N:0:AGTCAA	NW_012556703.1	1
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:30626:11350_1:N:0:AGTCAA	NW_012469074.1	2
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:10583:13620_1:N:0:AGTCAA	NW_012552221.1	1038
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:4264:13698_1:N:0:AGTCAA	NC_001960.1	1
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:9164:16329_1:N:0:AGTCAA	NW_012525198.1	1
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:32669:24158_1:N:0:AGTCAA	NW_012377215.1	2
100000 reads; of these:
  100000 (100.00%) were paired; of these:
    66288 (66.29%) aligned concordantly 0 times
    8243 (8.24%) aligned concordantly exactly 1 time
    25469 (25.47%) aligned concordantly >1 times
33.71% overall alignment rate
100000 reads; of these:
  100000 (100.00%) were paired; of these:
    66103 (66.10%) aligned concordantly 0 times
    8356 (8.36%) aligned concordantly exactly 1 time
    25541 (25.54%) aligned concordantly >1 times
33.90% overall alignment rate
100000 reads; of these:
  100000 (100.00%) were paired; of these:
    67769 (67.77%) aligned concordantly 0 times
    7701 (7.70%) aligned concordantly exactly 1 time
    24530 (24.53%) aligned concordantly >1 times
32.23% overall alignment rate
100000 reads; of these:
  100000 (100.00%) were paired; of these:
    67597 (67.60%) aligned concordantly 0 times
    7738 (7.74%) aligned concordantly exactly 1 time
    24665 (24.66%) aligned concordantly >1 times
32.40% overall alignment rate
Processed 100000 sequences in total


Successfully deleted the temporary files 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq, 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq, 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq

Final Alignment report
======================
Sequence pairs analysed in total:	100000
Number of paired-end alignments with a unique best hit:	57593
Mapping efficiency:	57.6%

Sequence pairs with no alignments under any condition:	24568
Sequence pairs did not map uniquely:	17839
Sequence pairs which were discarded because genomic sequence could not be extracted:	9

Number of sequence pairs with unique best (first) alignment came from the bowtie output:
CT/GA/CT:	14792	((converted) top strand)
GA/CT/CT:	13959	(complementary to (converted) top strand)
GA/CT/GA:	13935	(complementary to (converted) bottom strand)
CT/GA/GA:	14898	((converted) bottom strand)

Final Cytosine Methylation Report
=================================
Total number of C's analysed:	2504605

Total methylated C's in CpG context:	183845
Total methylated C's in CHG context:	9562
Total methylated C's in CHH context:	59471
Total methylated C's in Unknown context:	6500

Total unmethylated C's in CpG context:	64978
Total unmethylated C's in CHG context:	610218
Total unmethylated C's in CHH context:	1576531
Total unmethylated C's in Unknown context:	23616

C methylated in CpG context:	73.9%
C methylated in CHG context:	1.5%
C methylated in CHH context:	3.6%
C methylated in unknown context (CN or CHN):	21.6%


Bismark completed in 0d 0h 1m 36s

====================
Bismark run complete
====================

/var/spool/slurm/d/job1155989/slurm_script: line 92: fg: no job control
Bowtie seems to be working fine (tested command '/gscratch/srlab/programs/bowtie2-2.3.4.1-linux-x86_64/bowtie2 --version' [2.3.4])
Output format is BAM (default)
Alignments will be written out in BAM format. Samtools path provided as: '/gscratch/srlab/programs/samtools-1.9/samtools'
Reference genome folder provided is /gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/	(absolute path is '/gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/)'
FastQ format assumed (by default)
Processing sequences up to read no. 100000 from the input file
Each Bowtie 2 instance is going to be run with 4 threads. Please monitor performance closely and tune down if needed!

Input files to be analysed (in current folder '/gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test'):
/gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz
/gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz
Library was specified to be not strand-specific (non-directional), therefore alignments to all four possible bisulfite strands (OT, CTOT, OB and CTOB) will be reported
Created output directory /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/AS-1.2_I60/!

Output will be written into the directory: /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/AS-1.2_I60/
Setting parallelization to single-threaded (default)

Current working directory is: /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test

Now reading in and storing sequence information of the genome specified in: /gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/

chr NC_027300.1 (159038749 bp)
chr NC_027301.1 (72943711 bp)
chr NC_027302.1 (92503428 bp)
chr NC_027303.1 (82398023 bp)
chr NC_027304.1 (80503876 bp)
chr NC_027305.1 (87043187 bp)
chr NC_027306.1 (58785265 bp)
chr NC_027307.1 (26434011 bp)
chr NC_027308.1 (141712163 bp)
chr NC_027309.1 (116138521 bp)
chr NC_027310.1 (93888508 bp)
chr NC_027311.1 (91880962 bp)
chr NC_027312.1 (107758822 bp)
chr NC_027313.1 (93901823 bp)
chr NC_027314.1 (103963436 bp)
chr NC_027315.1 (87796322 bp)
chr NC_027316.1 (57682537 bp)
chr NC_027317.1 (70695409 bp)
chr NC_027318.1 (82978132 bp)
chr NC_027319.1 (86795997 bp)
chr NC_027320.1 (58021487 bp)
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chr NW_012528378.1 (1219 bp)
chr NW_012349740.1 (15252 bp)
chr NW_012392322.1 (2413 bp)
chr NW_012566436.1 (1029 bp)
chr NW_012341884.1 (44131 bp)
chr NW_012403267.1 (1951 bp)
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chr NW_012538775.1 (1209 bp)
chr NW_012510185.1 (1236 bp)
chr NW_012355637.1 (9521 bp)
chr NW_012367147.1 (4896 bp)
chr NW_012414766.1 (1710 bp)
chr NW_012543257.1 (1204 bp)
chr NW_012554585.1 (1129 bp)
chr NW_012550955.1 (1174 bp)
chr NW_012473295.1 (1310 bp)
chr NW_012506647.1 (1240 bp)
chr NW_012416322.1 (1687 bp)
chr NW_012361141.1 (6602 bp)
chr NW_012498597.1 (1251 bp)
chr NW_012561447.1 (1060 bp)
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Single-core mode: setting pid to 1

Paired-end alignments will be performed
=======================================

The provided filenames for paired-end alignments are /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz and /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz
Input files are in FastQ format
Processing reads up to sequence no. 100000 from /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz
Writing a C -> T converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq
Writing a G -> A converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq

Created C -> T as well as G -> A converted versions of the FastQ file 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz (100001 sequences in total)

Processing reads up to sequence no. 100000 from /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz
Writing a C -> T converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq
Writing a G -> A converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq

Created C -> T as well as G -> A converted versions of the FastQ file 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz (100001 sequences in total)

Input files are 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq (FastQ)
Now running 4 individual instances of Bowtie 2 against the bisulfite genome of /gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/ with the specified options: -q --score-min L,0,-1.2 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --minins 60 --maxins 500

Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for CTread1GAread2CTgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-1.2 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --minins 60 --maxins 500 --norc))
Found first alignment:
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1	77	*	0	0	*	*	0	0	TAATTTATTTATAAAAAAAATAAAAAAAAAATAAAAAAAAATTAATATTATATATTTTTTTTTTTATTTTAT	FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF	YT:Z:UP
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2	141	*	0	0	*	*	0	0	AAAAAAAAATATATAATATTAATTTTTTTTTATTTTTTTTTTATTTTTTTTATAAATAAATTATATTTATAA	FFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFF	YT:Z:UP
Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for GAread1CTread2GAgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-1.2 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --minins 60 --maxins 500 --norc))
Found first alignment:
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1	99	NC_027306.1_GA_converted	27312194	42	72M	=	27312185	-81	TAATCCATTTACAAAAAAAACAAAAAAAAAACAAAAAAAAACTAATATCATACACTTCCTTTCTCACTCTAT	FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF	AS:i:0	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	NM:i:0	MD:Z:72	YS:i:0	YT:Z:CP
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2	147	NC_027306.1_GA_converted	27312185	42	72M	=	27312194	81	TTACAAACATAATCCATTTACAAAAAAAACAAAAAAAAAACAAAAAAAAACTAATATCATACACTTCCTTTC	FFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF	AS:i:0	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	NM:i:0	MD:Z:72	YS:i:0	YT:Z:CP
Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for GAread1CTread2CTgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-1.2 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --minins 60 --maxins 500 --nofw))
Found first alignment:
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1	77	*	0	0	*	*	0	0	TAATCCATTTACAAAAAAAACAAAAAAAAAACAAAAAAAAACTAATATCATACACTTCCTTTCTCACTCTAT	FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF	YT:Z:UP
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2	141	*	0	0	*	*	0	0	GAAAGGAAGTGTATGATATTAGTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTGTTTTTTTTGTAAATGGATTATGTTTGTAA	FFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFF	YT:Z:UP
Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for CTread1GAread2GAgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-1.2 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --minins 60 --maxins 500 --nofw))
Found first alignment:
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1	77	*	0	0	*	*	0	0	TAATTTATTTATAAAAAAAATAAAAAAAAAATAAAAAAAAATTAATATTATATATTTTTTTTTTTATTTTAT	FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF	YT:Z:UP
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2	141	*	0	0	*	*	0	0	AAAAAAAAATATATAATATTAATTTTTTTTTATTTTTTTTTTATTTTTTTTATAAATAAATTATATTTATAA	FFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFF	YT:Z:UP

>>> Writing bisulfite mapping results to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1_bismark_bt2_pe.bam <<<

Unmapped sequences will be written to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_unmapped_reads_1.fq.gz and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_unmapped_reads_2.fq.gz

Reading in the sequence files /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz and /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:14516:1172_1:N:0:AGTCAA	NW_012564058.1	1
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:7862:1892_1:N:0:AGTCAA	NW_012372622.1	1
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:11279:2613_1:N:0:AGTCAA	NW_012363676.1	1
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:13657:5196_1:N:0:AGTCAA	NW_012453114.1	1
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:23818:6825_1:N:0:AGTCAA	NW_012556703.1	1
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:25626:10708_1:N:0:AGTCAA	NW_012343903.1	44092
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:30626:11350_1:N:0:AGTCAA	NW_012469074.1	2
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:10583:13620_1:N:0:AGTCAA	NW_012552221.1	1038
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:4264:13698_1:N:0:AGTCAA	NC_001960.1	1
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:8070:14904_1:N:0:AGTCAA	NW_012383296.1	3
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:16224:15530_1:N:0:AGTCAA	NW_012362018.1	6171
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:9164:16329_1:N:0:AGTCAA	NW_012525198.1	1
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:4408:16611_1:N:0:AGTCAA	NW_012386841.1	2
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:32416:20556_1:N:0:AGTCAA	NW_012564398.1	3
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:32669:24158_1:N:0:AGTCAA	NW_012377215.1	2
100000 reads; of these:
  100000 (100000100.00 reads; of these:%
) were paired; of these:  
100000     (61609 (61.61%) aligned concordantly 0 times
    8565 (8.56%) aligned concordantly exactly 1 time
    29826 (100.0029.83%%) were paired; of these:) aligned concordantly >1 times

    38.3960125% ( overall alignment rate60.12
%) aligned concordantly 0 times
    9041 (9.04%) aligned concordantly exactly 1 time
    30834 (30.83%) aligned concordantly >1 times
39.88% overall alignment rate
100000 reads; of these:
  100000 (100.00%) were paired; of these:
    60408 (60.41%) aligned concordantly 0 times
    8831 (8.83%) aligned concordantly exactly 1 time
    30761 (30.76%) aligned concordantly >1 times
39.59% overall alignment rate
100000 reads; of these:
  100000 (100.00%) were paired; of these:
    61778 (61.78%) aligned concordantly 0 times
    8439 (8.44%) aligned concordantly exactly 1 time
    29783 (29.78%) aligned concordantly >1 times
38.22% overall alignment rate
Processed 100000 sequences in total


Successfully deleted the temporary files 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq, 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq, 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq

Final Alignment report
======================
Sequence pairs analysed in total:	100000
Number of paired-end alignments with a unique best hit:	64204
Mapping efficiency:	64.2%

Sequence pairs with no alignments under any condition:	16872
Sequence pairs did not map uniquely:	18924
Sequence pairs which were discarded because genomic sequence could not be extracted:	15

Number of sequence pairs with unique best (first) alignment came from the bowtie output:
CT/GA/CT:	16487	((converted) top strand)
GA/CT/CT:	15584	(complementary to (converted) top strand)
GA/CT/GA:	15578	(complementary to (converted) bottom strand)
CT/GA/GA:	16540	((converted) bottom strand)

Final Cytosine Methylation Report
=================================
Total number of C's analysed:	2757611

Total methylated C's in CpG context:	198281
Total methylated C's in CHG context:	12030
Total methylated C's in CHH context:	79540
Total methylated C's in Unknown context:	9754

Total unmethylated C's in CpG context:	75060
Total unmethylated C's in CHG context:	663999
Total unmethylated C's in CHH context:	1728701
Total unmethylated C's in Unknown context:	37543

C methylated in CpG context:	72.5%
C methylated in CHG context:	1.8%
C methylated in CHH context:	4.4%
C methylated in unknown context (CN or CHN):	20.6%


Bismark completed in 0d 0h 1m 41s

====================
Bismark run complete
====================

/var/spool/slurm/d/job1155989/slurm_script: line 109: fg: no job control
Bowtie seems to be working fine (tested command '/gscratch/srlab/programs/bowtie2-2.3.4.1-linux-x86_64/bowtie2 --version' [2.3.4])
Output format is BAM (default)
Alignments will be written out in BAM format. Samtools path provided as: '/gscratch/srlab/programs/samtools-1.9/samtools'
Reference genome folder provided is /gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/	(absolute path is '/gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/)'
FastQ format assumed (by default)
Processing sequences up to read no. 100000 from the input file
Each Bowtie 2 instance is going to be run with 4 threads. Please monitor performance closely and tune down if needed!

Input files to be analysed (in current folder '/gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test'):
/gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz
/gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz
Library was specified to be not strand-specific (non-directional), therefore alignments to all four possible bisulfite strands (OT, CTOT, OB and CTOB) will be reported
Created output directory /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/AS-2/!

Output will be written into the directory: /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/AS-2/
Setting parallelization to single-threaded (default)

Current working directory is: /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test

Now reading in and storing sequence information of the genome specified in: /gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/

chr NC_027300.1 (159038749 bp)
chr NC_027301.1 (72943711 bp)
chr NC_027302.1 (92503428 bp)
chr NC_027303.1 (82398023 bp)
chr NC_027304.1 (80503876 bp)
chr NC_027305.1 (87043187 bp)
chr NC_027306.1 (58785265 bp)
chr NC_027307.1 (26434011 bp)
chr NC_027308.1 (141712163 bp)
chr NC_027309.1 (116138521 bp)
chr NC_027310.1 (93888508 bp)
chr NC_027311.1 (91880962 bp)
chr NC_027312.1 (107758822 bp)
chr NC_027313.1 (93901823 bp)
chr NC_027314.1 (103963436 bp)
chr NC_027315.1 (87796322 bp)
chr NC_027316.1 (57682537 bp)
chr NC_027317.1 (70695409 bp)
chr NC_027318.1 (82978132 bp)
chr NC_027319.1 (86795997 bp)
chr NC_027320.1 (58021487 bp)
chr NC_027321.1 (63420196 bp)
chr NC_027322.1 (49854004 bp)
chr NC_027323.1 (48650976 bp)
chr NC_027324.1 (51481326 bp)
chr NC_027325.1 (47900953 bp)
chr NC_027326.1 (43943985 bp)
chr NC_027327.1 (39600944 bp)
chr NC_027328.1 (42488238 bp)
chr NW_012341867.1 (84119 bp)
chr NW_012341873.1 (59724 bp)
chr NW_012397676.1 (2137 bp)
chr NW_012520740.1 (1225 bp)
chr NW_012533698.1 (1213 bp)
chr NW_012527290.1 (1219 bp)
chr NW_012539745.1 (1207 bp)
chr NW_012553565.1 (1141 bp)
chr NW_012447123.1 (1419 bp)
chr NW_012433467.1 (1507 bp)
chr NW_012355069.1 (9880 bp)
chr NW_012368724.1 (4610 bp)
chr NW_012410781.1 (1777 bp)
chr NW_012461484.1 (1351 bp)
chr NW_012376763.1 (3776 bp)
chr NW_012426299.1 (1570 bp)
chr NW_012407458.1 (1845 bp)
chr NW_012396957.1 (2167 bp)
chr NW_012373463.1 (4061 bp)
chr NW_012372152.1 (4188 bp)
chr NW_012529413.1 (1217 bp)
chr NW_012469258.1 (1322 bp)
chr NW_012364231.1 (5590 bp)
chr NW_012416477.1 (1684 bp)
chr NW_012355556.1 (9562 bp)
chr NW_012504207.1 (1242 bp)
chr NW_012470149.1 (1319 bp)
chr NW_012370782.1 (4342 bp)
chr NW_012560826.1 (1064 bp)
chr NW_012384819.1 (3173 bp)
chr NW_012498598.1 (1250 bp)
chr NW_012531527.1 (1215 bp)
chr NW_012418030.1 (1663 bp)
chr NW_012429582.1 (1539 bp)
chr NW_012549680.1 (1184 bp)
chr NW_012445221.1 (1430 bp)
chr NW_012570784.1 (1010 bp)
chr NW_012352289.1 (11960 bp)
chr NW_012373575.1 (4052 bp)
chr NW_012433088.1 (1510 bp)
chr NW_012354549.1 (10252 bp)
chr NW_012482321.1 (1284 bp)
chr NW_012438876.1 (1469 bp)
chr NW_012439628.1 (1464 bp)
chr NW_012519567.1 (1226 bp)
chr NW_012395687.1 (2222 bp)
chr NW_012348838.1 (17480 bp)
chr NW_012564558.1 (1038 bp)
chr NW_012496755.1 (1253 bp)
chr NW_012476999.1 (1298 bp)
chr NW_012468184.1 (1326 bp)
chr NW_012540724.1 (1206 bp)
chr NW_012528379.1 (1218 bp)
chr NW_012421097.1 (1625 bp)
chr NW_012446751.1 (1421 bp)
chr NW_012482322.1 (1284 bp)
chr NW_012528380.1 (1218 bp)
chr NW_012396592.1 (2181 bp)
chr NW_012438877.1 (1469 bp)
chr NW_012522946.1 (1223 bp)
chr NW_012519568.1 (1226 bp)
chr NW_012380504.1 (3449 bp)
chr NW_012390387.1 (2560 bp)
chr NW_012407014.1 (1855 bp)
chr NW_012482323.1 (1284 bp)
chr NW_012363396.1 (5825 bp)
chr NW_012533699.1 (1213 bp)
chr NW_012507489.1 (1238 bp)
chr NW_012481921.1 (1285 bp)
chr NW_012518473.1 (1227 bp)
chr NW_012407983.1 (1834 bp)
chr NW_012394924.1 (2262 bp)
chr NW_012381718.1 (3352 bp)
chr NW_012361046.1 (6638 bp)
chr NW_012442162.1 (1448 bp)
chr NW_012429583.1 (1539 bp)
chr NW_012423211.1 (1601 bp)
chr NW_012378833.1 (3595 bp)
chr NW_012457206.1 (1369 bp)
chr NW_012492463.1 (1261 bp)
chr NW_012546132.1 (1198 bp)
chr NW_012363797.1 (5710 bp)
chr NW_012531528.1 (1215 bp)
chr NW_012402924.1 (1959 bp)
chr NW_012535801.1 (1211 bp)
chr NW_012493984.1 (1258 bp)
chr NW_012400629.1 (2031 bp)
chr NW_012511101.1 (1234 bp)
chr NW_012539746.1 (1207 bp)
chr NW_012535802.1 (1211 bp)
chr NW_012548973.1 (1188 bp)
chr NW_012419630.1 (1643 bp)
chr NW_012508364.1 (1237 bp)
chr NW_012450472.1 (1401 bp)
chr NW_012446752.1 (1421 bp)
chr NW_012444725.1 (1433 bp)
chr NW_012571081.1 (1009 bp)
chr NW_012363300.1 (5854 bp)
chr NW_012567232.1 (1024 bp)
chr NW_012409031.1 (1812 bp)
chr NW_012387086.1 (2907 bp)
chr NW_012573665.1 (1001 bp)
chr NW_012565825.1 (1031 bp)
chr NW_012429811.1 (1537 bp)
chr NW_012349627.1 (15483 bp)
chr NW_012420859.1 (1628 bp)
chr NW_012452095.1 (1393 bp)
chr NW_012389619.1 (2630 bp)
chr NW_012386820.1 (2946 bp)
chr NW_012531529.1 (1215 bp)
chr NW_012347580.1 (25679 bp)
chr NW_012555226.1 (1120 bp)
chr NW_012364800.1 (5443 bp)
chr NW_012353190.1 (11243 bp)
chr NW_012505793.1 (1240 bp)
chr NW_012413356.1 (1731 bp)
chr NW_012345239.1 (37994 bp)
chr NW_012490052.1 (1266 bp)
chr NW_012549844.1 (1183 bp)
chr NW_012424506.1 (1588 bp)
chr NW_012441841.1 (1450 bp)
chr NW_012491998.1 (1262 bp)
chr NW_012513107.1 (1232 bp)
chr NW_012451243.1 (1397 bp)
chr NW_012569129.1 (1016 bp)
chr NW_012521802.1 (1224 bp)
chr NW_012544600.1 (1201 bp)
chr NW_012386013.1 (3055 bp)
chr NW_012409523.1 (1802 bp)
chr NW_012398119.1 (2120 bp)
chr NW_012465939.1 (1334 bp)
chr NW_012385979.1 (3059 bp)
chr NW_012475328.1 (1303 bp)
chr NW_012561850.1 (1056 bp)
chr NW_012422041.1 (1614 bp)
chr NW_012454789.1 (1380 bp)
chr NW_012353499.1 (10981 bp)
chr NW_012487351.1 (1272 bp)
chr NW_012510186.1 (1235 bp)
chr NW_012544601.1 (1201 bp)
chr NW_012432836.1 (1512 bp)
chr NW_012501956.1 (1245 bp)
chr NW_012567426.1 (1023 bp)
chr NW_012382015.1 (3329 bp)
chr NW_012419712.1 (1642 bp)
chr NW_012497984.1 (1251 bp)
chr NW_012345002.1 (38580 bp)
chr NW_012420276.1 (1635 bp)
chr NW_012438878.1 (1469 bp)
chr NW_012353439.1 (11031 bp)
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chr NW_012429810.1 (1538 bp)
chr NW_012454591.1 (1382 bp)
chr NW_012413666.1 (1727 bp)
chr NW_012408101.1 (1832 bp)
chr NW_012407401.1 (1847 bp)
chr NW_012483123.1 (1283 bp)
chr NW_012360746.1 (6775 bp)
chr NW_012416543.1 (1684 bp)
chr NW_012386513.1 (2986 bp)
chr NW_012409723.1 (1799 bp)
chr NW_012405152.1 (1901 bp)
chr NW_012537793.1 (1210 bp)
chr NW_012410337.1 (1786 bp)
chr NW_012568866.1 (1018 bp)
chr NW_012395402.1 (2238 bp)
chr NW_012504206.1 (1243 bp)
chr NW_012428398.1 (1551 bp)
chr NW_012408742.1 (1819 bp)
chr NW_012499861.1 (1249 bp)
chr NW_012434807.1 (1498 bp)
chr NW_012553708.1 (1140 bp)
chr NW_012354487.1 (10293 bp)
chr NW_012487350.1 (1273 bp)
chr NW_012471356.1 (1316 bp)
chr NW_012544599.1 (1202 bp)
chr NW_012457872.1 (1367 bp)
chr NW_012538774.1 (1209 bp)
chr NW_012444241.1 (1437 bp)
chr NW_012514187.1 (1232 bp)
chr NW_012393976.1 (2313 bp)
chr NW_012488652.1 (1270 bp)
chr NW_012396956.1 (2168 bp)
chr NW_012558343.1 (1087 bp)
chr NW_012482320.1 (1285 bp)
chr NW_012420500.1 (1633 bp)
chr NW_012455008.1 (1380 bp)
chr NW_012480790.1 (1289 bp)
chr NW_012443532.1 (1441 bp)
chr NW_012358221.1 (7932 bp)
chr NW_012394730.1 (2274 bp)
chr NW_012531526.1 (1216 bp)
chr NW_012461483.1 (1352 bp)
chr NW_012497983.1 (1252 bp)
chr NW_012376216.1 (3826 bp)
chr NW_012426697.1 (1567 bp)
chr NW_012354482.1 (10296 bp)
chr NW_012485544.1 (1277 bp)
chr NW_012422661.1 (1608 bp)
chr NW_012558151.1 (1089 bp)
chr NW_012393489.1 (2340 bp)
chr NW_012566435.1 (1029 bp)
chr NW_012495074.1 (1257 bp)
chr NW_012461244.1 (1353 bp)
chr NW_012570471.1 (1012 bp)
chr NW_012489561.1 (1268 bp)
chr NW_012433885.1 (1505 bp)
chr NW_012359286.1 (7412 bp)
chr NW_012469004.1 (1324 bp)
chr NW_012505792.1 (1241 bp)
chr NW_012548090.1 (1193 bp)
chr NW_012411492.1 (1765 bp)
chr NW_012450663.1 (1401 bp)
chr NW_012547585.1 (1195 bp)
chr NW_012473618.1 (1309 bp)
chr NW_012516303.1 (1230 bp)
chr NW_012384329.1 (3180 bp)
chr NW_012412409.1 (1748 bp)
chr NW_012395721.1 (2221 bp)
chr NW_012427622.1 (1558 bp)
chr NW_012348545.1 (18665 bp)
chr NW_012412206.1 (1752 bp)
chr NW_012528378.1 (1219 bp)
chr NW_012349740.1 (15252 bp)
chr NW_012392322.1 (2413 bp)
chr NW_012566436.1 (1029 bp)
chr NW_012341884.1 (44131 bp)
chr NW_012403267.1 (1951 bp)
chr NW_012526228.1 (1221 bp)
chr NW_012538775.1 (1209 bp)
chr NW_012510185.1 (1236 bp)
chr NW_012355637.1 (9521 bp)
chr NW_012367147.1 (4896 bp)
chr NW_012414766.1 (1710 bp)
chr NW_012543257.1 (1204 bp)
chr NW_012554585.1 (1129 bp)
chr NW_012550955.1 (1174 bp)
chr NW_012473295.1 (1310 bp)
chr NW_012506647.1 (1240 bp)
chr NW_012416322.1 (1687 bp)
chr NW_012361141.1 (6602 bp)
chr NW_012498597.1 (1251 bp)
chr NW_012561447.1 (1060 bp)
chr NC_001960.1 (16665 bp)

Single-core mode: setting pid to 1

Paired-end alignments will be performed
=======================================

The provided filenames for paired-end alignments are /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz and /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz
Input files are in FastQ format
Processing reads up to sequence no. 100000 from /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz
Writing a C -> T converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq
Writing a G -> A converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq

Created C -> T as well as G -> A converted versions of the FastQ file 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz (100001 sequences in total)

Processing reads up to sequence no. 100000 from /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz
Writing a C -> T converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq
Writing a G -> A converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq

Created C -> T as well as G -> A converted versions of the FastQ file 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz (100001 sequences in total)

Input files are 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq (FastQ)
Now running 4 individual instances of Bowtie 2 against the bisulfite genome of /gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/ with the specified options: -q --score-min L,0,-2 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --maxins 500

Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for CTread1GAread2CTgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-2 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --maxins 500 --norc))
Found first alignment:
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1	99	NC_027323.1_CT_converted	7481142	2	12M4I24M3I6M1I2M1I19M	=	7481133	-72	TAATTTATTTATAAAAAAAATAAAAAAAAAATAAAAAAAAATTAATATTATATATTTTTTTTTTTATTTTAT	FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF	AS:i:-89	XS:i:-97	XN:i:0	XM:i:7	XO:i:4	XG:i:9	NM:i:16	MD:Z:24T1T1T19G1G10G0A0	YS:i:-83	YT:Z:CP
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2	147	NC_027323.1_CT_converted	7481133	2	21M4I24M3I6M1I2M1I10M	=	7481142	72	TTATAAATATAATTTATTTATAAAAAAAATAAAAAAAAAATAAAAAAAAATTAATATTATATATTTTTTTTT	FFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF	AS:i:-83	XS:i:-93	XN:i:0	XM:i:6	XO:i:4	XG:i:9	NM:i:15	MD:Z:1A31T1T1T19G1G3	YS:i:-89	YT:Z:CP
Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for GAread1CTread2GAgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-2 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --maxins 500 --norc))
Found first alignment:
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1	99	NC_027306.1_GA_converted	27312194	34	72M	=	27312185	-81	TAATCCATTTACAAAAAAAACAAAAAAAAAACAAAAAAAAACTAATATCATACACTTCCTTTCTCACTCTAT	FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF	AS:i:0	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	NM:i:0	MD:Z:72	YS:i:0	YT:Z:CP
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2	147	NC_027306.1_GA_converted	27312185	34	72M	=	27312194	81	TTACAAACATAATCCATTTACAAAAAAAACAAAAAAAAAACAAAAAAAAACTAATATCATACACTTCCTTTC	FFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF	AS:i:0	XS:i:-142	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	NM:i:0	MD:Z:72	YS:i:0	YT:Z:CP
Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for GAread1CTread2CTgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-2 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --maxins 500 --nofw))
Found first alignment:
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1	83	NC_027300.1_CT_converted	139219103	2	4M7I8M1I1M1I17M2I25M1I5M	=	139219106	63	ATAGAGTGAGAAAGGAAGTGTATGATATTAGTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTGTTTTTTTTGTAAATGGATTA	FFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF	AS:i:-97	XS:i:-101	XN:i:0	XM:i:6	XO:i:5	XG:i:12	NM:i:18	MD:Z:0T7T8T2T37G0G0	YS:i:-98	YT:Z:CP
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2	163	NC_027300.1_CT_converted	139219106	2	7M3I20M2I26M4I3M3I4M	=	139219103	-63	GAAAGGAAGTGTATGATATTAGTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTGTTTTTTTTGTAAATGGATTATGTTTGTAA	FFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFF	AS:i:-98	XS:i:-99	XN:i:0	XM:i:7	XO:i:4	XG:i:12	NM:i:19	MD:Z:3G1T3T4T2T39G0G1	YS:i:-97	YT:Z:CP
Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for CTread1GAread2GAgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-2 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --maxins 500 --nofw))
Found first alignment:
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1	83	NC_027309.1_GA_converted	111256157	2	16M3I8M8I37M	=	111256167	73	ATAAAATAAAAAAAAAAATATATAATATTAATTTTTTTTTATTTTTTTTTTATTTTTTTTATAAATAAATTA	FFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF	AS:i:-97	XS:i:-103	XN:i:0	XM:i:9	XO:i:2	XG:i:11	NM:i:20	MD:Z:1C6C0T3T13C0C3A25C0A1	YS:i:-108	YT:Z:CP
A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2	163	NC_027309.1_GA_converted	111256167	2	6M4I8M8I32M3D14M	=	111256157	-73	AAAAAAAAATATATAATATTAATTTTTTTTTATTTTTTTTTTATTTTTTTTATAAATAAATTATATTTATAA	FFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFF	AS:i:-108	XS:i:-104	XN:i:0	XM:i:8	XO:i:3	XG:i:15	NM:i:23	MD:Z:3T13C0C3A23^AAC2A0A4C2A2	YS:i:-97	YT:Z:CP

>>> Writing bisulfite mapping results to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1_bismark_bt2_pe.bam <<<

Unmapped sequences will be written to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_unmapped_reads_1.fq.gz and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_unmapped_reads_2.fq.gz

Reading in the sequence files /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz and /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:7862:1892_1:N:0:AGTCAA	NW_012372622.1	1
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:11279:2613_1:N:0:AGTCAA	NW_012363676.1	1
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:6316:4100_1:N:0:AGTCAA	NW_012571403.1	1
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:23818:6825_1:N:0:AGTCAA	NW_012556703.1	1
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:30626:11350_1:N:0:AGTCAA	NW_012469074.1	2
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:5602:12101_1:N:0:AGTCAA	NW_012564453.1	990
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:10583:13620_1:N:0:AGTCAA	NW_012552221.1	1038
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:4264:13698_1:N:0:AGTCAA	NC_001960.1	1
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:8070:14904_1:N:0:AGTCAA	NW_012383296.1	3
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:16224:15530_1:N:0:AGTCAA	NW_012362018.1	6171
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:9164:16329_1:N:0:AGTCAA	NW_012525198.1	1
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:19560:17926_1:N:0:AGTCAA	NW_012573290.1	1
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:31458:21590_1:N:0:AGTCAA	NW_012570552.1	897
Chromosomal sequence could not be extracted for	A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:32669:24158_1:N:0:AGTCAA	NW_012377215.1	2
100000 reads; of these:
  100000 (100.00%) were paired; of these:
    4604 (4.60%) aligned concordantly 0 times
    1981 (1.98%) aligned concordantly exactly 1 time
    93415 (93.42%) aligned concordantly >1 times
95.40% overall alignment rate
100000 reads; of these:
  100000 (100.00%) were paired; of these:
    3799 (3.80%) aligned concordantly 0 times
    2047 (2.05%) aligned concordantly exactly 1 time
    94154 (94.15%) aligned concordantly >1 times
96.20% overall alignment rate
100000 reads; of these:
  100000 (100.00%) were paired; of these:
    4653 (4.65%) aligned concordantly 0 times
    1973 (1.97%) aligned concordantly exactly 1 time
    93374 (93.37%) aligned concordantly >1 times
95.35% overall alignment rate
100000 reads; of these:
  100000 (100.00%) were paired; of these:
    3883 (3.88%) aligned concordantly 0 times
    2080 (2.08%) aligned concordantly exactly 1 time
    94037 (94.04%) aligned concordantly >1 times
96.12% overall alignment rate
Processed 100000 sequences in total


Successfully deleted the temporary files 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq, 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq, 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq

Final Alignment report
======================
Sequence pairs analysed in total:	100000
Number of paired-end alignments with a unique best hit:	78422
Mapping efficiency:	78.4%

Sequence pairs with no alignments under any condition:	159
Sequence pairs did not map uniquely:	21419
Sequence pairs which were discarded because genomic sequence could not be extracted:	14

Number of sequence pairs with unique best (first) alignment came from the bowtie output:
CT/GA/CT:	20371	((converted) top strand)
GA/CT/CT:	18771	(complementary to (converted) top strand)
GA/CT/GA:	18838	(complementary to (converted) bottom strand)
CT/GA/GA:	20428	((converted) bottom strand)

Final Cytosine Methylation Report
=================================
Total number of C's analysed:	3356822

Total methylated C's in CpG context:	225580
Total methylated C's in CHG context:	20438
Total methylated C's in CHH context:	160600
Total methylated C's in Unknown context:	26215

Total unmethylated C's in CpG context:	95396
Total unmethylated C's in CHG context:	763005
Total unmethylated C's in CHH context:	2091803
Total unmethylated C's in Unknown context:	81851

C methylated in CpG context:	70.3%
C methylated in CHG context:	2.6%
C methylated in CHH context:	7.1%
C methylated in unknown context (CN or CHN):	24.3%


Bismark completed in 0d 0h 2m 40s

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Bismark run complete
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