/var/spool/slurm/d/job1155989/slurm_script: line 22: fg: no job control Bowtie seems to be working fine (tested command '/gscratch/srlab/programs/bowtie2-2.3.4.1-linux-x86_64/bowtie2 --version' [2.3.4]) Output format is BAM (default) Alignments will be written out in BAM format. Samtools path provided as: '/gscratch/srlab/programs/samtools-1.9/samtools' Reference genome folder provided is /gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/ (absolute path is '/gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/)' FastQ format assumed (by default) Processing sequences up to read no. 100000 from the input file Each Bowtie 2 instance is going to be run with 4 threads. Please monitor performance closely and tune down if needed! Input files to be analysed (in current folder '/gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test'): /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz Library was specified to be not strand-specific (non-directional), therefore alignments to all four possible bisulfite strands (OT, CTOT, OB and CTOB) will be reported Created output directory /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/AS-0.2/! Output will be written into the directory: /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/AS-0.2/ Setting parallelization to single-threaded (default) Current working directory is: /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test Now reading in and storing sequence information of the genome specified in: /gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/ chr NC_027300.1 (159038749 bp) chr NC_027301.1 (72943711 bp) chr NC_027302.1 (92503428 bp) chr NC_027303.1 (82398023 bp) chr NC_027304.1 (80503876 bp) chr NC_027305.1 (87043187 bp) chr NC_027306.1 (58785265 bp) chr NC_027307.1 (26434011 bp) chr NC_027308.1 (141712163 bp) chr NC_027309.1 (116138521 bp) chr NC_027310.1 (93888508 bp) chr NC_027311.1 (91880962 bp) chr NC_027312.1 (107758822 bp) chr NC_027313.1 (93901823 bp) chr NC_027314.1 (103963436 bp) chr NC_027315.1 (87796322 bp) chr NC_027316.1 (57682537 bp) chr NC_027317.1 (70695409 bp) chr NC_027318.1 (82978132 bp) chr NC_027319.1 (86795997 bp) chr NC_027320.1 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/gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz and /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz Input files are in FastQ format Processing reads up to sequence no. 100000 from /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz Writing a C -> T converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq Writing a G -> A converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq Created C -> T as well as G -> A converted versions of the FastQ file 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz (100001 sequences in total) Processing reads up to sequence no. 100000 from /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz Writing a C -> T converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq Writing a G -> A converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq Created C -> T as well as G -> A converted versions of the FastQ file 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz (100001 sequences in total) Input files are 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq (FastQ) Now running 4 individual instances of Bowtie 2 against the bisulfite genome of /gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/ with the specified options: -q --score-min L,0,-0.2 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --maxins 500 Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for CTread1GAread2CTgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-0.2 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --maxins 500 --norc)) Found first alignment: A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1 77 * 0 0 * * 0 0 TAATTTATTTATAAAAAAAATAAAAAAAAAATAAAAAAAAATTAATATTATATATTTTTTTTTTTATTTTAT FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF YT:Z:UP A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2 141 * 0 0 * * 0 0 AAAAAAAAATATATAATATTAATTTTTTTTTATTTTTTTTTTATTTTTTTTATAAATAAATTATATTTATAA FFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFF YT:Z:UP Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for GAread1CTread2GAgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-0.2 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --maxins 500 --norc)) Found first alignment: A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1 99 NC_027306.1_GA_converted 27312194 42 72M = 27312185 -81 TAATCCATTTACAAAAAAAACAAAAAAAAAACAAAAAAAAACTAATATCATACACTTCCTTTCTCACTCTAT FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:72 YS:i:0 YT:Z:CP A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2 147 NC_027306.1_GA_converted 27312185 42 72M = 27312194 81 TTACAAACATAATCCATTTACAAAAAAAACAAAAAAAAAACAAAAAAAAACTAATATCATACACTTCCTTTC FFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:72 YS:i:0 YT:Z:CP Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for GAread1CTread2CTgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-0.2 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --maxins 500 --nofw)) Found first alignment: A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1 77 * 0 0 * * 0 0 TAATCCATTTACAAAAAAAACAAAAAAAAAACAAAAAAAAACTAATATCATACACTTCCTTTCTCACTCTAT FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF YT:Z:UP A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2 141 * 0 0 * * 0 0 GAAAGGAAGTGTATGATATTAGTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTGTTTTTTTTGTAAATGGATTATGTTTGTAA FFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFF YT:Z:UP Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for CTread1GAread2GAgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-0.2 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --maxins 500 --nofw)) Found first alignment: A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1 77 * 0 0 * * 0 0 TAATTTATTTATAAAAAAAATAAAAAAAAAATAAAAAAAAATTAATATTATATATTTTTTTTTTTATTTTAT FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF YT:Z:UP A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2 141 * 0 0 * * 0 0 AAAAAAAAATATATAATATTAATTTTTTTTTATTTTTTTTTTATTTTTTTTATAAATAAATTATATTTATAA FFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFF YT:Z:UP >>> Writing bisulfite mapping results to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1_bismark_bt2_pe.bam <<< Unmapped sequences will be written to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_unmapped_reads_1.fq.gz and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_unmapped_reads_2.fq.gz Reading in the sequence files /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz and /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:18927:8187_1:N:0:AGTCAA NW_012561537.1 2 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:30626:11350_1:N:0:AGTCAA NW_012469074.1 2 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:5602:12101_1:N:0:AGTCAA NW_012564453.1 990 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:9164:16329_1:N:0:AGTCAA NW_012525198.1 1 100000 reads; of these: 100000 (100.00%) were paired; of these: 84372 (84.37%) aligned concordantly 0 times 7331 (7.33%) aligned concordantly exactly 1 time 8297 (8.30%) aligned concordantly >1 times 15.63% overall alignment rate 100000 reads; of these: 100000 (100.00%) were paired; of these: 83931 (83.93%) aligned concordantly 0 times 7698 (7.70%) aligned concordantly exactly 1 time 8371 (8.37%) aligned concordantly >1 times 16.07% overall alignment rate 100000 reads; of these: 100000 (100.00%) were paired; of these: 83867 (83.87%) aligned concordantly 0 times 7730 (7.73%) aligned concordantly exactly 1 time 8403 (8.40%) aligned concordantly >1 times 16.13% overall alignment rate 100000 reads; of these: 100000 (100.00%) were paired; of these: 84345 (84.34%) aligned concordantly 0 times 7405 (7.41%) aligned concordantly exactly 1 time 8250 (8.25%) aligned concordantly >1 times 15.65% overall alignment rate Processed 100000 sequences in total Successfully deleted the temporary files 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq, 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq, 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq Final Alignment report ====================== Sequence pairs analysed in total: 100000 Number of paired-end alignments with a unique best hit: 32931 Mapping efficiency: 32.9% Sequence pairs with no alignments under any condition: 53737 Sequence pairs did not map uniquely: 13332 Sequence pairs which were discarded because genomic sequence could not be extracted: 4 Number of sequence pairs with unique best (first) alignment came from the bowtie output: CT/GA/CT: 8340 ((converted) top strand) GA/CT/CT: 8100 (complementary to (converted) top strand) GA/CT/GA: 8081 (complementary to (converted) bottom strand) CT/GA/GA: 8406 ((converted) bottom strand) Final Cytosine Methylation Report ================================= Total number of C's analysed: 1402676 Total methylated C's in CpG context: 110277 Total methylated C's in CHG context: 2610 Total methylated C's in CHH context: 10616 Total methylated C's in Unknown context: 271 Total unmethylated C's in CpG context: 31936 Total unmethylated C's in CHG context: 351934 Total unmethylated C's in CHH context: 895303 Total unmethylated C's in Unknown context: 755 C methylated in CpG context: 77.5% C methylated in CHG context: 0.7% C methylated in CHH context: 1.2% C methylated in unknown context (CN or CHN): 26.4% Bismark completed in 0d 0h 1m 26s ==================== Bismark run complete ==================== /var/spool/slurm/d/job1155989/slurm_script: line 40: fg: no job control Bowtie seems to be working fine (tested command '/gscratch/srlab/programs/bowtie2-2.3.4.1-linux-x86_64/bowtie2 --version' [2.3.4]) Output format is BAM (default) Alignments will be written out in BAM format. Samtools path provided as: '/gscratch/srlab/programs/samtools-1.9/samtools' Reference genome folder provided is /gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/ (absolute path is '/gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/)' FastQ format assumed (by default) Processing sequences up to read no. 100000 from the input file Each Bowtie 2 instance is going to be run with 4 threads. Please monitor performance closely and tune down if needed! Input files to be analysed (in current folder '/gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test'): /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz Library was specified to be not strand-specific (non-directional), therefore alignments to all four possible bisulfite strands (OT, CTOT, OB and CTOB) will be reported Created output directory /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/AS-0.6/! Output will be written into the directory: /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/AS-0.6/ Setting parallelization to single-threaded (default) Current working directory is: /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test Now reading in and storing sequence information of the genome specified in: /gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/ chr NC_027300.1 (159038749 bp) chr NC_027301.1 (72943711 bp) chr NC_027302.1 (92503428 bp) chr NC_027303.1 (82398023 bp) chr NC_027304.1 (80503876 bp) chr NC_027305.1 (87043187 bp) chr NC_027306.1 (58785265 bp) chr NC_027307.1 (26434011 bp) chr NC_027308.1 (141712163 bp) chr NC_027309.1 (116138521 bp) chr NC_027310.1 (93888508 bp) chr NC_027311.1 (91880962 bp) chr NC_027312.1 (107758822 bp) chr NC_027313.1 (93901823 bp) chr NC_027314.1 (103963436 bp) chr NC_027315.1 (87796322 bp) chr NC_027316.1 (57682537 bp) chr NC_027317.1 (70695409 bp) chr NC_027318.1 (82978132 bp) chr NC_027319.1 (86795997 bp) chr NC_027320.1 (58021487 bp) chr NC_027321.1 (63420196 bp) chr NC_027322.1 (49854004 bp) chr NC_027323.1 (48650976 bp) chr NC_027324.1 (51481326 bp) chr NC_027325.1 (47900953 bp) chr NC_027326.1 (43943985 bp) chr NC_027327.1 (39600944 bp) chr NC_027328.1 (42488238 bp) chr NW_012341867.1 (84119 bp) chr NW_012341873.1 (59724 bp) chr NW_012397676.1 (2137 bp) chr NW_012520740.1 (1225 bp) chr NW_012533698.1 (1213 bp) chr NW_012527290.1 (1219 bp) chr NW_012539745.1 (1207 bp) chr NW_012553565.1 (1141 bp) chr NW_012447123.1 (1419 bp) chr NW_012433467.1 (1507 bp) chr NW_012355069.1 (9880 bp) chr NW_012368724.1 (4610 bp) chr NW_012410781.1 (1777 bp) chr NW_012461484.1 (1351 bp) chr NW_012376763.1 (3776 bp) chr NW_012426299.1 (1570 bp) chr NW_012407458.1 (1845 bp) chr NW_012396957.1 (2167 bp) chr NW_012373463.1 (4061 bp) chr NW_012372152.1 (4188 bp) chr NW_012529413.1 (1217 bp) chr NW_012469258.1 (1322 bp) chr NW_012364231.1 (5590 bp) chr NW_012416477.1 (1684 bp) chr NW_012355556.1 (9562 bp) chr NW_012504207.1 (1242 bp) chr NW_012470149.1 (1319 bp) chr NW_012370782.1 (4342 bp) chr NW_012560826.1 (1064 bp) chr NW_012384819.1 (3173 bp) chr NW_012498598.1 (1250 bp) chr NW_012531527.1 (1215 bp) chr NW_012418030.1 (1663 bp) chr NW_012429582.1 (1539 bp) chr NW_012549680.1 (1184 bp) chr NW_012445221.1 (1430 bp) chr NW_012570784.1 (1010 bp) chr NW_012352289.1 (11960 bp) chr NW_012373575.1 (4052 bp) chr NW_012433088.1 (1510 bp) chr NW_012354549.1 (10252 bp) chr NW_012482321.1 (1284 bp) chr NW_012438876.1 (1469 bp) chr NW_012439628.1 (1464 bp) chr NW_012519567.1 (1226 bp) chr NW_012395687.1 (2222 bp) chr NW_012348838.1 (17480 bp) chr NW_012564558.1 (1038 bp) chr NW_012496755.1 (1253 bp) chr NW_012476999.1 (1298 bp) chr NW_012468184.1 (1326 bp) chr NW_012540724.1 (1206 bp) chr NW_012528379.1 (1218 bp) chr NW_012421097.1 (1625 bp) chr NW_012446751.1 (1421 bp) chr NW_012482322.1 (1284 bp) chr NW_012528380.1 (1218 bp) chr NW_012396592.1 (2181 bp) chr NW_012438877.1 (1469 bp) chr NW_012522946.1 (1223 bp) 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NW_012434299.1 (1502 bp) chr NW_012429810.1 (1538 bp) chr NW_012454591.1 (1382 bp) chr NW_012413666.1 (1727 bp) chr NW_012408101.1 (1832 bp) chr NW_012407401.1 (1847 bp) chr NW_012483123.1 (1283 bp) chr NW_012360746.1 (6775 bp) chr NW_012416543.1 (1684 bp) chr NW_012386513.1 (2986 bp) chr NW_012409723.1 (1799 bp) chr NW_012405152.1 (1901 bp) chr NW_012537793.1 (1210 bp) chr NW_012410337.1 (1786 bp) chr NW_012568866.1 (1018 bp) chr NW_012395402.1 (2238 bp) chr NW_012504206.1 (1243 bp) chr NW_012428398.1 (1551 bp) chr NW_012408742.1 (1819 bp) chr NW_012499861.1 (1249 bp) chr NW_012434807.1 (1498 bp) chr NW_012553708.1 (1140 bp) chr NW_012354487.1 (10293 bp) chr NW_012487350.1 (1273 bp) chr NW_012471356.1 (1316 bp) chr NW_012544599.1 (1202 bp) chr NW_012457872.1 (1367 bp) chr NW_012538774.1 (1209 bp) chr NW_012444241.1 (1437 bp) chr NW_012514187.1 (1232 bp) chr NW_012393976.1 (2313 bp) chr NW_012488652.1 (1270 bp) chr NW_012396956.1 (2168 bp) chr NW_012558343.1 (1087 bp) chr NW_012482320.1 (1285 bp) chr NW_012420500.1 (1633 bp) chr NW_012455008.1 (1380 bp) chr NW_012480790.1 (1289 bp) chr NW_012443532.1 (1441 bp) chr NW_012358221.1 (7932 bp) chr NW_012394730.1 (2274 bp) chr NW_012531526.1 (1216 bp) chr NW_012461483.1 (1352 bp) chr NW_012497983.1 (1252 bp) chr NW_012376216.1 (3826 bp) chr NW_012426697.1 (1567 bp) chr NW_012354482.1 (10296 bp) chr NW_012485544.1 (1277 bp) chr NW_012422661.1 (1608 bp) chr NW_012558151.1 (1089 bp) chr NW_012393489.1 (2340 bp) chr NW_012566435.1 (1029 bp) chr NW_012495074.1 (1257 bp) chr NW_012461244.1 (1353 bp) chr NW_012570471.1 (1012 bp) chr NW_012489561.1 (1268 bp) chr NW_012433885.1 (1505 bp) chr NW_012359286.1 (7412 bp) chr NW_012469004.1 (1324 bp) chr NW_012505792.1 (1241 bp) chr NW_012548090.1 (1193 bp) chr NW_012411492.1 (1765 bp) chr NW_012450663.1 (1401 bp) chr NW_012547585.1 (1195 bp) chr NW_012473618.1 (1309 bp) chr NW_012516303.1 (1230 bp) chr NW_012384329.1 (3180 bp) chr NW_012412409.1 (1748 bp) chr NW_012395721.1 (2221 bp) chr NW_012427622.1 (1558 bp) chr NW_012348545.1 (18665 bp) chr NW_012412206.1 (1752 bp) chr NW_012528378.1 (1219 bp) chr NW_012349740.1 (15252 bp) chr NW_012392322.1 (2413 bp) chr NW_012566436.1 (1029 bp) chr NW_012341884.1 (44131 bp) chr NW_012403267.1 (1951 bp) chr NW_012526228.1 (1221 bp) chr NW_012538775.1 (1209 bp) chr NW_012510185.1 (1236 bp) chr NW_012355637.1 (9521 bp) chr NW_012367147.1 (4896 bp) chr NW_012414766.1 (1710 bp) chr NW_012543257.1 (1204 bp) chr NW_012554585.1 (1129 bp) chr NW_012550955.1 (1174 bp) chr NW_012473295.1 (1310 bp) chr NW_012506647.1 (1240 bp) chr NW_012416322.1 (1687 bp) chr NW_012361141.1 (6602 bp) chr NW_012498597.1 (1251 bp) chr NW_012561447.1 (1060 bp) chr NC_001960.1 (16665 bp) Single-core mode: setting pid to 1 Paired-end alignments will be performed ======================================= The provided filenames for paired-end alignments are /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz and /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz Input files are in FastQ format Processing reads up to sequence no. 100000 from /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz Writing a C -> T converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq Writing a G -> A converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq Created C -> T as well as G -> A converted versions of the FastQ file 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz (100001 sequences in total) Processing reads up to sequence no. 100000 from /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz Writing a C -> T converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq Writing a G -> A converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq Created C -> T as well as G -> A converted versions of the FastQ file 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz (100001 sequences in total) Input files are 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq (FastQ) Now running 4 individual instances of Bowtie 2 against the bisulfite genome of /gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/ with the specified options: -q --score-min L,0,-0.6 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --maxins 500 Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for CTread1GAread2CTgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-0.6 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --maxins 500 --norc)) Found first alignment: A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1 77 * 0 0 * * 0 0 TAATTTATTTATAAAAAAAATAAAAAAAAAATAAAAAAAAATTAATATTATATATTTTTTTTTTTATTTTAT FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF YT:Z:UP A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2 141 * 0 0 * * 0 0 AAAAAAAAATATATAATATTAATTTTTTTTTATTTTTTTTTTATTTTTTTTATAAATAAATTATATTTATAA FFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFF YT:Z:UP Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for GAread1CTread2GAgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-0.6 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --maxins 500 --norc)) Found first alignment: A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1 99 NC_027306.1_GA_converted 27312194 42 72M = 27312185 -81 TAATCCATTTACAAAAAAAACAAAAAAAAAACAAAAAAAAACTAATATCATACACTTCCTTTCTCACTCTAT FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:72 YS:i:0 YT:Z:CP A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2 147 NC_027306.1_GA_converted 27312185 42 72M = 27312194 81 TTACAAACATAATCCATTTACAAAAAAAACAAAAAAAAAACAAAAAAAAACTAATATCATACACTTCCTTTC FFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:72 YS:i:0 YT:Z:CP Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for GAread1CTread2CTgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-0.6 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --maxins 500 --nofw)) Found first alignment: A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1 77 * 0 0 * * 0 0 TAATCCATTTACAAAAAAAACAAAAAAAAAACAAAAAAAAACTAATATCATACACTTCCTTTCTCACTCTAT FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF YT:Z:UP A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2 141 * 0 0 * * 0 0 GAAAGGAAGTGTATGATATTAGTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTGTTTTTTTTGTAAATGGATTATGTTTGTAA FFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFF YT:Z:UP Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for CTread1GAread2GAgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-0.6 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --maxins 500 --nofw)) Found first alignment: A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1 77 * 0 0 * * 0 0 TAATTTATTTATAAAAAAAATAAAAAAAAAATAAAAAAAAATTAATATTATATATTTTTTTTTTTATTTTAT FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF YT:Z:UP A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2 141 * 0 0 * * 0 0 AAAAAAAAATATATAATATTAATTTTTTTTTATTTTTTTTTTATTTTTTTTATAAATAAATTATATTTATAA FFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFF YT:Z:UP >>> Writing bisulfite mapping results to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1_bismark_bt2_pe.bam <<< Unmapped sequences will be written to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_unmapped_reads_1.fq.gz and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_unmapped_reads_2.fq.gz Reading in the sequence files /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz and /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:7862:1892_1:N:0:AGTCAA NW_012372622.1 1 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:3170:10739_1:N:0:AGTCAA NW_012413969.1 1585 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:30626:11350_1:N:0:AGTCAA NW_012469074.1 2 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:5602:12101_1:N:0:AGTCAA NW_012564453.1 990 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:9164:16329_1:N:0:AGTCAA NW_012525198.1 1 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:32669:24158_1:N:0:AGTCAA NW_012377215.1 2 100000 reads; of these: 100000 (100.00%) were paired; of these: 74372 (74.37%) aligned concordantly 0 times 7675 (7.67%) aligned concordantly exactly 1 time 17953 (17.95%) aligned concordantly >1 times 25.63% overall alignment rate 100000 reads; of these: 100000 (100.00%) were paired; of these: 72926 (72.93%) aligned concordantly 0 times 8201 (8.20%) aligned concordantly exactly 1 time 18873 (18.87%) aligned concordantly >1 times 27.07% overall alignment rate 100000 reads; of these: 100000 (100.00%) were paired; of these: 72898 (72.90%) aligned concordantly 0 times 8308 (8.31%) aligned concordantly exactly 1 time 18794 (18.79%) aligned concordantly >1 times 27.10% overall alignment rate 100000 reads; of these: 100000 (100.00%) were paired; of these: 74286 (74.29%) aligned concordantly 0 times 7674 (7.67%) aligned concordantly exactly 1 time 18040 (18.04%) aligned concordantly >1 times 25.71% overall alignment rate Processed 100000 sequences in total Successfully deleted the temporary files 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq, 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq, 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq Final Alignment report ====================== Sequence pairs analysed in total: 100000 Number of paired-end alignments with a unique best hit: 48756 Mapping efficiency: 48.8% Sequence pairs with no alignments under any condition: 33728 Sequence pairs did not map uniquely: 17516 Sequence pairs which were discarded because genomic sequence could not be extracted: 6 Number of sequence pairs with unique best (first) alignment came from the bowtie output: CT/GA/CT: 12620 ((converted) top strand) GA/CT/CT: 11808 (complementary to (converted) top strand) GA/CT/GA: 11781 (complementary to (converted) bottom strand) CT/GA/GA: 12541 ((converted) bottom strand) Final Cytosine Methylation Report ================================= Total number of C's analysed: 2058132 Total methylated C's in CpG context: 156512 Total methylated C's in CHG context: 6021 Total methylated C's in CHH context: 30382 Total methylated C's in Unknown context: 2428 Total unmethylated C's in CpG context: 49115 Total unmethylated C's in CHG context: 512396 Total unmethylated C's in CHH context: 1303706 Total unmethylated C's in Unknown context: 6413 C methylated in CpG context: 76.1% C methylated in CHG context: 1.2% C methylated in CHH context: 2.3% C methylated in unknown context (CN or CHN): 27.5% Bismark completed in 0d 0h 1m 27s ==================== Bismark run complete ==================== /var/spool/slurm/d/job1155989/slurm_script: line 57: fg: no job control Bowtie seems to be working fine (tested command '/gscratch/srlab/programs/bowtie2-2.3.4.1-linux-x86_64/bowtie2 --version' [2.3.4]) Output format is BAM (default) Alignments will be written out in BAM format. Samtools path provided as: '/gscratch/srlab/programs/samtools-1.9/samtools' Reference genome folder provided is /gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/ (absolute path is '/gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/)' FastQ format assumed (by default) Processing sequences up to read no. 100000 from the input file Each Bowtie 2 instance is going to be run with 4 threads. Please monitor performance closely and tune down if needed! Input files to be analysed (in current folder '/gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test'): /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz Library was specified to be not strand-specific (non-directional), therefore alignments to all four possible bisulfite strands (OT, CTOT, OB and CTOB) will be reported Created output directory /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/AS-1/! Output will be written into the directory: /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/AS-1/ Setting parallelization to single-threaded (default) Current working directory is: /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test Now reading in and storing sequence information of the genome specified in: /gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/ chr NC_027300.1 (159038749 bp) chr NC_027301.1 (72943711 bp) chr NC_027302.1 (92503428 bp) chr NC_027303.1 (82398023 bp) chr NC_027304.1 (80503876 bp) chr NC_027305.1 (87043187 bp) chr NC_027306.1 (58785265 bp) chr NC_027307.1 (26434011 bp) chr NC_027308.1 (141712163 bp) chr NC_027309.1 (116138521 bp) chr NC_027310.1 (93888508 bp) chr NC_027311.1 (91880962 bp) chr NC_027312.1 (107758822 bp) chr NC_027313.1 (93901823 bp) chr NC_027314.1 (103963436 bp) chr NC_027315.1 (87796322 bp) chr NC_027316.1 (57682537 bp) chr NC_027317.1 (70695409 bp) chr NC_027318.1 (82978132 bp) chr NC_027319.1 (86795997 bp) chr NC_027320.1 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/gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz and /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz Input files are in FastQ format Processing reads up to sequence no. 100000 from /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz Writing a C -> T converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq Writing a G -> A converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq Created C -> T as well as G -> A converted versions of the FastQ file 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz (100001 sequences in total) Processing reads up to sequence no. 100000 from /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz Writing a C -> T converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq Writing a G -> A converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq Created C -> T as well as G -> A converted versions of the FastQ file 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz (100001 sequences in total) Input files are 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq (FastQ) Now running 4 individual instances of Bowtie 2 against the bisulfite genome of /gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/ with the specified options: -q --score-min L,0,-1 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --maxins 500 Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for CTread1GAread2CTgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-1 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --maxins 500 --norc)) Found first alignment: A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1 77 * 0 0 * * 0 0 TAATTTATTTATAAAAAAAATAAAAAAAAAATAAAAAAAAATTAATATTATATATTTTTTTTTTTATTTTAT FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF YT:Z:UP A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2 141 * 0 0 * * 0 0 AAAAAAAAATATATAATATTAATTTTTTTTTATTTTTTTTTTATTTTTTTTATAAATAAATTATATTTATAA FFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFF YT:Z:UP Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for GAread1CTread2GAgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-1 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --maxins 500 --norc)) Found first alignment: A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1 99 NC_027306.1_GA_converted 27312194 42 72M = 27312185 -81 TAATCCATTTACAAAAAAAACAAAAAAAAAACAAAAAAAAACTAATATCATACACTTCCTTTCTCACTCTAT FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:72 YS:i:0 YT:Z:CP A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2 147 NC_027306.1_GA_converted 27312185 42 72M = 27312194 81 TTACAAACATAATCCATTTACAAAAAAAACAAAAAAAAAACAAAAAAAAACTAATATCATACACTTCCTTTC FFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:72 YS:i:0 YT:Z:CP Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for GAread1CTread2CTgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-1 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --maxins 500 --nofw)) Found first alignment: A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1 77 * 0 0 * * 0 0 TAATCCATTTACAAAAAAAACAAAAAAAAAACAAAAAAAAACTAATATCATACACTTCCTTTCTCACTCTAT FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF YT:Z:UP A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2 141 * 0 0 * * 0 0 GAAAGGAAGTGTATGATATTAGTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTGTTTTTTTTGTAAATGGATTATGTTTGTAA FFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFF YT:Z:UP Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for CTread1GAread2GAgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-1 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --maxins 500 --nofw)) Found first alignment: A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1 77 * 0 0 * * 0 0 TAATTTATTTATAAAAAAAATAAAAAAAAAATAAAAAAAAATTAATATTATATATTTTTTTTTTTATTTTAT FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF YT:Z:UP A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2 141 * 0 0 * * 0 0 AAAAAAAAATATATAATATTAATTTTTTTTTATTTTTTTTTTATTTTTTTTATAAATAAATTATATTTATAA FFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFF YT:Z:UP >>> Writing bisulfite mapping results to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1_bismark_bt2_pe.bam <<< Unmapped sequences will be written to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_unmapped_reads_1.fq.gz and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_unmapped_reads_2.fq.gz Reading in the sequence files /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz and /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:7862:1892_1:N:0:AGTCAA NW_012372622.1 1 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:11279:2613_1:N:0:AGTCAA NW_012363676.1 1 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:23818:6825_1:N:0:AGTCAA NW_012556703.1 1 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:30626:11350_1:N:0:AGTCAA NW_012469074.1 2 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:5602:12101_1:N:0:AGTCAA NW_012564453.1 990 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:10583:13620_1:N:0:AGTCAA NW_012552221.1 1038 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:4264:13698_1:N:0:AGTCAA NC_001960.1 1 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:9164:16329_1:N:0:AGTCAA NW_012525198.1 1 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:32669:24158_1:N:0:AGTCAA NW_012377215.1 2 100000 reads; of these: 100000 (100.00%) were paired; of these: 63218 (63.22%) aligned concordantly 0 times 8926 (8.93%) aligned concordantly exactly 1 time 27856 (27.86%) aligned concordantly >1 times 36.78% overall alignment rate 100000 reads; of these: 100000 (100.00%) were paired; of these: 64789 (64.79%) aligned concordantly 0 times 8333 (8.33%) aligned concordantly exactly 1 time 26878 (26.88%) aligned concordantly >1 times 35.21% overall alignment rate 100000 reads; of these: 100000 (100.00%) were paired; of these: 64599 (64.60%) aligned concordantly 0 times 8429 (8.43%) aligned concordantly exactly 1 time 26972 (26.97%) aligned concordantly >1 times 35.40% overall alignment rate 100000 reads; of these: 100000 (100.00%) were paired; of these: 63093 (63.09%) aligned concordantly 0 times 8974 (8.97%) aligned concordantly exactly 1 time 27933 (27.93%) aligned concordantly >1 times 36.91% overall alignment rate Processed 100000 sequences in total Successfully deleted the temporary files 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq, 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq, 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq Final Alignment report ====================== Sequence pairs analysed in total: 100000 Number of paired-end alignments with a unique best hit: 59948 Mapping efficiency: 59.9% Sequence pairs with no alignments under any condition: 20586 Sequence pairs did not map uniquely: 19466 Sequence pairs which were discarded because genomic sequence could not be extracted: 9 Number of sequence pairs with unique best (first) alignment came from the bowtie output: CT/GA/CT: 15477 ((converted) top strand) GA/CT/CT: 14536 (complementary to (converted) top strand) GA/CT/GA: 14461 (complementary to (converted) bottom strand) CT/GA/GA: 15465 ((converted) bottom strand) Final Cytosine Methylation Report ================================= Total number of C's analysed: 2543324 Total methylated C's in CpG context: 187970 Total methylated C's in CHG context: 9684 Total methylated C's in CHH context: 55518 Total methylated C's in Unknown context: 6382 Total unmethylated C's in CpG context: 66313 Total unmethylated C's in CHG context: 622934 Total unmethylated C's in CHH context: 1600905 Total unmethylated C's in Unknown context: 23558 C methylated in CpG context: 73.9% C methylated in CHG context: 1.5% C methylated in CHH context: 3.4% C methylated in unknown context (CN or CHN): 21.3% Bismark completed in 0d 0h 1m 38s ==================== Bismark run complete ==================== /var/spool/slurm/d/job1155989/slurm_script: line 74: fg: no job control Bowtie seems to be working fine (tested command '/gscratch/srlab/programs/bowtie2-2.3.4.1-linux-x86_64/bowtie2 --version' [2.3.4]) Output format is BAM (default) Alignments will be written out in BAM format. Samtools path provided as: '/gscratch/srlab/programs/samtools-1.9/samtools' Reference genome folder provided is /gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/ (absolute path is '/gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/)' FastQ format assumed (by default) Processing sequences up to read no. 100000 from the input file Each Bowtie 2 instance is going to be run with 4 threads. Please monitor performance closely and tune down if needed! Input files to be analysed (in current folder '/gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test'): /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz Library was specified to be not strand-specific (non-directional), therefore alignments to all four possible bisulfite strands (OT, CTOT, OB and CTOB) will be reported Created output directory /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/AS-1_I60/! Output will be written into the directory: /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/AS-1_I60/ Setting parallelization to single-threaded (default) Current working directory is: /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test Now reading in and storing sequence information of the genome specified in: /gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/ chr NC_027300.1 (159038749 bp) chr NC_027301.1 (72943711 bp) chr NC_027302.1 (92503428 bp) chr NC_027303.1 (82398023 bp) chr NC_027304.1 (80503876 bp) chr NC_027305.1 (87043187 bp) chr NC_027306.1 (58785265 bp) chr NC_027307.1 (26434011 bp) chr NC_027308.1 (141712163 bp) chr NC_027309.1 (116138521 bp) chr NC_027310.1 (93888508 bp) chr NC_027311.1 (91880962 bp) chr NC_027312.1 (107758822 bp) chr NC_027313.1 (93901823 bp) chr NC_027314.1 (103963436 bp) chr NC_027315.1 (87796322 bp) chr NC_027316.1 (57682537 bp) chr NC_027317.1 (70695409 bp) chr NC_027318.1 (82978132 bp) chr NC_027319.1 (86795997 bp) chr NC_027320.1 (58021487 bp) chr NC_027321.1 (63420196 bp) chr NC_027322.1 (49854004 bp) chr NC_027323.1 (48650976 bp) chr NC_027324.1 (51481326 bp) chr NC_027325.1 (47900953 bp) chr NC_027326.1 (43943985 bp) chr NC_027327.1 (39600944 bp) chr NC_027328.1 (42488238 bp) chr NW_012341867.1 (84119 bp) chr NW_012341873.1 (59724 bp) chr NW_012397676.1 (2137 bp) chr NW_012520740.1 (1225 bp) chr NW_012533698.1 (1213 bp) chr NW_012527290.1 (1219 bp) chr NW_012539745.1 (1207 bp) chr NW_012553565.1 (1141 bp) chr NW_012447123.1 (1419 bp) chr NW_012433467.1 (1507 bp) chr NW_012355069.1 (9880 bp) chr NW_012368724.1 (4610 bp) chr NW_012410781.1 (1777 bp) chr NW_012461484.1 (1351 bp) chr NW_012376763.1 (3776 bp) chr NW_012426299.1 (1570 bp) chr NW_012407458.1 (1845 bp) chr NW_012396957.1 (2167 bp) chr NW_012373463.1 (4061 bp) chr NW_012372152.1 (4188 bp) chr NW_012529413.1 (1217 bp) chr NW_012469258.1 (1322 bp) chr NW_012364231.1 (5590 bp) chr NW_012416477.1 (1684 bp) chr NW_012355556.1 (9562 bp) chr NW_012504207.1 (1242 bp) chr NW_012470149.1 (1319 bp) chr NW_012370782.1 (4342 bp) chr NW_012560826.1 (1064 bp) chr NW_012384819.1 (3173 bp) chr NW_012498598.1 (1250 bp) chr NW_012531527.1 (1215 bp) chr NW_012418030.1 (1663 bp) chr NW_012429582.1 (1539 bp) chr NW_012549680.1 (1184 bp) chr NW_012445221.1 (1430 bp) chr NW_012570784.1 (1010 bp) chr NW_012352289.1 (11960 bp) chr NW_012373575.1 (4052 bp) chr NW_012433088.1 (1510 bp) chr NW_012354549.1 (10252 bp) chr NW_012482321.1 (1284 bp) chr NW_012438876.1 (1469 bp) chr NW_012439628.1 (1464 bp) chr NW_012519567.1 (1226 bp) chr NW_012395687.1 (2222 bp) chr NW_012348838.1 (17480 bp) chr NW_012564558.1 (1038 bp) chr NW_012496755.1 (1253 bp) chr NW_012476999.1 (1298 bp) chr NW_012468184.1 (1326 bp) chr NW_012540724.1 (1206 bp) chr NW_012528379.1 (1218 bp) chr NW_012421097.1 (1625 bp) chr NW_012446751.1 (1421 bp) chr NW_012482322.1 (1284 bp) chr NW_012528380.1 (1218 bp) chr NW_012396592.1 (2181 bp) chr NW_012438877.1 (1469 bp) chr NW_012522946.1 (1223 bp) 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NW_012434299.1 (1502 bp) chr NW_012429810.1 (1538 bp) chr NW_012454591.1 (1382 bp) chr NW_012413666.1 (1727 bp) chr NW_012408101.1 (1832 bp) chr NW_012407401.1 (1847 bp) chr NW_012483123.1 (1283 bp) chr NW_012360746.1 (6775 bp) chr NW_012416543.1 (1684 bp) chr NW_012386513.1 (2986 bp) chr NW_012409723.1 (1799 bp) chr NW_012405152.1 (1901 bp) chr NW_012537793.1 (1210 bp) chr NW_012410337.1 (1786 bp) chr NW_012568866.1 (1018 bp) chr NW_012395402.1 (2238 bp) chr NW_012504206.1 (1243 bp) chr NW_012428398.1 (1551 bp) chr NW_012408742.1 (1819 bp) chr NW_012499861.1 (1249 bp) chr NW_012434807.1 (1498 bp) chr NW_012553708.1 (1140 bp) chr NW_012354487.1 (10293 bp) chr NW_012487350.1 (1273 bp) chr NW_012471356.1 (1316 bp) chr NW_012544599.1 (1202 bp) chr NW_012457872.1 (1367 bp) chr NW_012538774.1 (1209 bp) chr NW_012444241.1 (1437 bp) chr NW_012514187.1 (1232 bp) chr NW_012393976.1 (2313 bp) chr NW_012488652.1 (1270 bp) chr NW_012396956.1 (2168 bp) chr NW_012558343.1 (1087 bp) chr NW_012482320.1 (1285 bp) chr NW_012420500.1 (1633 bp) chr NW_012455008.1 (1380 bp) chr NW_012480790.1 (1289 bp) chr NW_012443532.1 (1441 bp) chr NW_012358221.1 (7932 bp) chr NW_012394730.1 (2274 bp) chr NW_012531526.1 (1216 bp) chr NW_012461483.1 (1352 bp) chr NW_012497983.1 (1252 bp) chr NW_012376216.1 (3826 bp) chr NW_012426697.1 (1567 bp) chr NW_012354482.1 (10296 bp) chr NW_012485544.1 (1277 bp) chr NW_012422661.1 (1608 bp) chr NW_012558151.1 (1089 bp) chr NW_012393489.1 (2340 bp) chr NW_012566435.1 (1029 bp) chr NW_012495074.1 (1257 bp) chr NW_012461244.1 (1353 bp) chr NW_012570471.1 (1012 bp) chr NW_012489561.1 (1268 bp) chr NW_012433885.1 (1505 bp) chr NW_012359286.1 (7412 bp) chr NW_012469004.1 (1324 bp) chr NW_012505792.1 (1241 bp) chr NW_012548090.1 (1193 bp) chr NW_012411492.1 (1765 bp) chr NW_012450663.1 (1401 bp) chr NW_012547585.1 (1195 bp) chr NW_012473618.1 (1309 bp) chr NW_012516303.1 (1230 bp) chr NW_012384329.1 (3180 bp) chr NW_012412409.1 (1748 bp) chr NW_012395721.1 (2221 bp) chr NW_012427622.1 (1558 bp) chr NW_012348545.1 (18665 bp) chr NW_012412206.1 (1752 bp) chr NW_012528378.1 (1219 bp) chr NW_012349740.1 (15252 bp) chr NW_012392322.1 (2413 bp) chr NW_012566436.1 (1029 bp) chr NW_012341884.1 (44131 bp) chr NW_012403267.1 (1951 bp) chr NW_012526228.1 (1221 bp) chr NW_012538775.1 (1209 bp) chr NW_012510185.1 (1236 bp) chr NW_012355637.1 (9521 bp) chr NW_012367147.1 (4896 bp) chr NW_012414766.1 (1710 bp) chr NW_012543257.1 (1204 bp) chr NW_012554585.1 (1129 bp) chr NW_012550955.1 (1174 bp) chr NW_012473295.1 (1310 bp) chr NW_012506647.1 (1240 bp) chr NW_012416322.1 (1687 bp) chr NW_012361141.1 (6602 bp) chr NW_012498597.1 (1251 bp) chr NW_012561447.1 (1060 bp) chr NC_001960.1 (16665 bp) Single-core mode: setting pid to 1 Paired-end alignments will be performed ======================================= The provided filenames for paired-end alignments are /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz and /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz Input files are in FastQ format Processing reads up to sequence no. 100000 from /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz Writing a C -> T converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq Writing a G -> A converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq Created C -> T as well as G -> A converted versions of the FastQ file 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz (100001 sequences in total) Processing reads up to sequence no. 100000 from /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz Writing a C -> T converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq Writing a G -> A converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq Created C -> T as well as G -> A converted versions of the FastQ file 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz (100001 sequences in total) Input files are 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq (FastQ) Now running 4 individual instances of Bowtie 2 against the bisulfite genome of /gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/ with the specified options: -q --score-min L,0,-1 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --minins 60 --maxins 500 Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for CTread1GAread2CTgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-1 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --minins 60 --maxins 500 --norc)) Found first alignment: A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1 77 * 0 0 * * 0 0 TAATTTATTTATAAAAAAAATAAAAAAAAAATAAAAAAAAATTAATATTATATATTTTTTTTTTTATTTTAT FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF YT:Z:UP A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2 141 * 0 0 * * 0 0 AAAAAAAAATATATAATATTAATTTTTTTTTATTTTTTTTTTATTTTTTTTATAAATAAATTATATTTATAA FFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFF YT:Z:UP Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for GAread1CTread2GAgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-1 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --minins 60 --maxins 500 --norc)) Found first alignment: A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1 99 NC_027306.1_GA_converted 27312194 42 72M = 27312185 -81 TAATCCATTTACAAAAAAAACAAAAAAAAAACAAAAAAAAACTAATATCATACACTTCCTTTCTCACTCTAT FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:72 YS:i:0 YT:Z:CP A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2 147 NC_027306.1_GA_converted 27312185 42 72M = 27312194 81 TTACAAACATAATCCATTTACAAAAAAAACAAAAAAAAAACAAAAAAAAACTAATATCATACACTTCCTTTC FFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:72 YS:i:0 YT:Z:CP Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for GAread1CTread2CTgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-1 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --minins 60 --maxins 500 --nofw)) Found first alignment: A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1 77 * 0 0 * * 0 0 TAATCCATTTACAAAAAAAACAAAAAAAAAACAAAAAAAAACTAATATCATACACTTCCTTTCTCACTCTAT FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF YT:Z:UP A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2 141 * 0 0 * * 0 0 GAAAGGAAGTGTATGATATTAGTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTGTTTTTTTTGTAAATGGATTATGTTTGTAA FFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFF YT:Z:UP Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for CTread1GAread2GAgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-1 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --minins 60 --maxins 500 --nofw)) Found first alignment: A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1 77 * 0 0 * * 0 0 TAATTTATTTATAAAAAAAATAAAAAAAAAATAAAAAAAAATTAATATTATATATTTTTTTTTTTATTTTAT FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF YT:Z:UP A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2 141 * 0 0 * * 0 0 AAAAAAAAATATATAATATTAATTTTTTTTTATTTTTTTTTTATTTTTTTTATAAATAAATTATATTTATAA FFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFF YT:Z:UP >>> Writing bisulfite mapping results to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1_bismark_bt2_pe.bam <<< Unmapped sequences will be written to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_unmapped_reads_1.fq.gz and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_unmapped_reads_2.fq.gz Reading in the sequence files /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz and /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:14516:1172_1:N:0:AGTCAA NW_012564058.1 1 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:7862:1892_1:N:0:AGTCAA NW_012372622.1 1 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:11279:2613_1:N:0:AGTCAA NW_012363676.1 1 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:23818:6825_1:N:0:AGTCAA NW_012556703.1 1 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:30626:11350_1:N:0:AGTCAA NW_012469074.1 2 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:10583:13620_1:N:0:AGTCAA NW_012552221.1 1038 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:4264:13698_1:N:0:AGTCAA NC_001960.1 1 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:9164:16329_1:N:0:AGTCAA NW_012525198.1 1 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:32669:24158_1:N:0:AGTCAA NW_012377215.1 2 100000 reads; of these: 100000 (100.00%) were paired; of these: 66288 (66.29%) aligned concordantly 0 times 8243 (8.24%) aligned concordantly exactly 1 time 25469 (25.47%) aligned concordantly >1 times 33.71% overall alignment rate 100000 reads; of these: 100000 (100.00%) were paired; of these: 66103 (66.10%) aligned concordantly 0 times 8356 (8.36%) aligned concordantly exactly 1 time 25541 (25.54%) aligned concordantly >1 times 33.90% overall alignment rate 100000 reads; of these: 100000 (100.00%) were paired; of these: 67769 (67.77%) aligned concordantly 0 times 7701 (7.70%) aligned concordantly exactly 1 time 24530 (24.53%) aligned concordantly >1 times 32.23% overall alignment rate 100000 reads; of these: 100000 (100.00%) were paired; of these: 67597 (67.60%) aligned concordantly 0 times 7738 (7.74%) aligned concordantly exactly 1 time 24665 (24.66%) aligned concordantly >1 times 32.40% overall alignment rate Processed 100000 sequences in total Successfully deleted the temporary files 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq, 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq, 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq Final Alignment report ====================== Sequence pairs analysed in total: 100000 Number of paired-end alignments with a unique best hit: 57593 Mapping efficiency: 57.6% Sequence pairs with no alignments under any condition: 24568 Sequence pairs did not map uniquely: 17839 Sequence pairs which were discarded because genomic sequence could not be extracted: 9 Number of sequence pairs with unique best (first) alignment came from the bowtie output: CT/GA/CT: 14792 ((converted) top strand) GA/CT/CT: 13959 (complementary to (converted) top strand) GA/CT/GA: 13935 (complementary to (converted) bottom strand) CT/GA/GA: 14898 ((converted) bottom strand) Final Cytosine Methylation Report ================================= Total number of C's analysed: 2504605 Total methylated C's in CpG context: 183845 Total methylated C's in CHG context: 9562 Total methylated C's in CHH context: 59471 Total methylated C's in Unknown context: 6500 Total unmethylated C's in CpG context: 64978 Total unmethylated C's in CHG context: 610218 Total unmethylated C's in CHH context: 1576531 Total unmethylated C's in Unknown context: 23616 C methylated in CpG context: 73.9% C methylated in CHG context: 1.5% C methylated in CHH context: 3.6% C methylated in unknown context (CN or CHN): 21.6% Bismark completed in 0d 0h 1m 36s ==================== Bismark run complete ==================== /var/spool/slurm/d/job1155989/slurm_script: line 92: fg: no job control Bowtie seems to be working fine (tested command '/gscratch/srlab/programs/bowtie2-2.3.4.1-linux-x86_64/bowtie2 --version' [2.3.4]) Output format is BAM (default) Alignments will be written out in BAM format. Samtools path provided as: '/gscratch/srlab/programs/samtools-1.9/samtools' Reference genome folder provided is /gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/ (absolute path is '/gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/)' FastQ format assumed (by default) Processing sequences up to read no. 100000 from the input file Each Bowtie 2 instance is going to be run with 4 threads. Please monitor performance closely and tune down if needed! Input files to be analysed (in current folder '/gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test'): /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz Library was specified to be not strand-specific (non-directional), therefore alignments to all four possible bisulfite strands (OT, CTOT, OB and CTOB) will be reported Created output directory /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/AS-1.2_I60/! Output will be written into the directory: /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/AS-1.2_I60/ Setting parallelization to single-threaded (default) Current working directory is: /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test Now reading in and storing sequence information of the genome specified in: /gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/ chr NC_027300.1 (159038749 bp) chr NC_027301.1 (72943711 bp) chr NC_027302.1 (92503428 bp) chr NC_027303.1 (82398023 bp) chr NC_027304.1 (80503876 bp) chr NC_027305.1 (87043187 bp) chr NC_027306.1 (58785265 bp) chr NC_027307.1 (26434011 bp) chr NC_027308.1 (141712163 bp) chr NC_027309.1 (116138521 bp) chr NC_027310.1 (93888508 bp) chr NC_027311.1 (91880962 bp) chr NC_027312.1 (107758822 bp) chr NC_027313.1 (93901823 bp) chr NC_027314.1 (103963436 bp) chr NC_027315.1 (87796322 bp) chr NC_027316.1 (57682537 bp) chr NC_027317.1 (70695409 bp) chr NC_027318.1 (82978132 bp) chr NC_027319.1 (86795997 bp) chr NC_027320.1 (58021487 bp) chr NC_027321.1 (63420196 bp) chr NC_027322.1 (49854004 bp) chr NC_027323.1 (48650976 bp) chr NC_027324.1 (51481326 bp) chr NC_027325.1 (47900953 bp) chr NC_027326.1 (43943985 bp) chr NC_027327.1 (39600944 bp) chr NC_027328.1 (42488238 bp) chr NW_012341867.1 (84119 bp) chr NW_012341873.1 (59724 bp) chr NW_012397676.1 (2137 bp) chr NW_012520740.1 (1225 bp) chr NW_012533698.1 (1213 bp) chr NW_012527290.1 (1219 bp) chr NW_012539745.1 (1207 bp) chr NW_012553565.1 (1141 bp) chr NW_012447123.1 (1419 bp) chr NW_012433467.1 (1507 bp) chr NW_012355069.1 (9880 bp) chr NW_012368724.1 (4610 bp) chr NW_012410781.1 (1777 bp) chr NW_012461484.1 (1351 bp) chr NW_012376763.1 (3776 bp) chr NW_012426299.1 (1570 bp) chr NW_012407458.1 (1845 bp) chr NW_012396957.1 (2167 bp) chr NW_012373463.1 (4061 bp) chr NW_012372152.1 (4188 bp) chr NW_012529413.1 (1217 bp) chr NW_012469258.1 (1322 bp) chr NW_012364231.1 (5590 bp) chr NW_012416477.1 (1684 bp) chr NW_012355556.1 (9562 bp) chr NW_012504207.1 (1242 bp) chr NW_012470149.1 (1319 bp) chr NW_012370782.1 (4342 bp) chr NW_012560826.1 (1064 bp) chr NW_012384819.1 (3173 bp) chr NW_012498598.1 (1250 bp) chr NW_012531527.1 (1215 bp) chr NW_012418030.1 (1663 bp) chr NW_012429582.1 (1539 bp) chr NW_012549680.1 (1184 bp) chr NW_012445221.1 (1430 bp) chr NW_012570784.1 (1010 bp) chr NW_012352289.1 (11960 bp) chr NW_012373575.1 (4052 bp) chr NW_012433088.1 (1510 bp) chr NW_012354549.1 (10252 bp) chr NW_012482321.1 (1284 bp) chr NW_012438876.1 (1469 bp) chr NW_012439628.1 (1464 bp) chr NW_012519567.1 (1226 bp) chr NW_012395687.1 (2222 bp) chr NW_012348838.1 (17480 bp) chr NW_012564558.1 (1038 bp) chr NW_012496755.1 (1253 bp) chr NW_012476999.1 (1298 bp) chr NW_012468184.1 (1326 bp) chr NW_012540724.1 (1206 bp) chr NW_012528379.1 (1218 bp) chr NW_012421097.1 (1625 bp) chr NW_012446751.1 (1421 bp) chr NW_012482322.1 (1284 bp) chr NW_012528380.1 (1218 bp) chr NW_012396592.1 (2181 bp) chr NW_012438877.1 (1469 bp) chr NW_012522946.1 (1223 bp) chr NW_012519568.1 (1226 bp) chr NW_012380504.1 (3449 bp) chr NW_012390387.1 (2560 bp) chr NW_012407014.1 (1855 bp) chr NW_012482323.1 (1284 bp) chr NW_012363396.1 (5825 bp) chr NW_012533699.1 (1213 bp) chr NW_012507489.1 (1238 bp) chr NW_012481921.1 (1285 bp) chr NW_012518473.1 (1227 bp) chr NW_012407983.1 (1834 bp) chr NW_012394924.1 (2262 bp) chr NW_012381718.1 (3352 bp) chr NW_012361046.1 (6638 bp) chr NW_012442162.1 (1448 bp) chr NW_012429583.1 (1539 bp) chr NW_012423211.1 (1601 bp) chr NW_012378833.1 (3595 bp) chr NW_012457206.1 (1369 bp) chr NW_012492463.1 (1261 bp) chr NW_012546132.1 (1198 bp) chr NW_012363797.1 (5710 bp) chr NW_012531528.1 (1215 bp) chr NW_012402924.1 (1959 bp) chr NW_012535801.1 (1211 bp) chr NW_012493984.1 (1258 bp) chr NW_012400629.1 (2031 bp) chr NW_012511101.1 (1234 bp) chr NW_012539746.1 (1207 bp) chr NW_012535802.1 (1211 bp) chr NW_012548973.1 (1188 bp) chr NW_012419630.1 (1643 bp) chr NW_012508364.1 (1237 bp) chr NW_012450472.1 (1401 bp) chr NW_012446752.1 (1421 bp) chr NW_012444725.1 (1433 bp) chr NW_012571081.1 (1009 bp) chr NW_012363300.1 (5854 bp) chr NW_012567232.1 (1024 bp) chr NW_012409031.1 (1812 bp) chr NW_012387086.1 (2907 bp) chr NW_012573665.1 (1001 bp) chr NW_012565825.1 (1031 bp) chr NW_012429811.1 (1537 bp) chr NW_012349627.1 (15483 bp) chr NW_012420859.1 (1628 bp) chr NW_012452095.1 (1393 bp) chr NW_012389619.1 (2630 bp) chr NW_012386820.1 (2946 bp) chr NW_012531529.1 (1215 bp) chr NW_012347580.1 (25679 bp) chr NW_012555226.1 (1120 bp) chr NW_012364800.1 (5443 bp) chr NW_012353190.1 (11243 bp) chr NW_012505793.1 (1240 bp) chr NW_012413356.1 (1731 bp) chr NW_012345239.1 (37994 bp) chr NW_012490052.1 (1266 bp) chr NW_012549844.1 (1183 bp) chr NW_012424506.1 (1588 bp) chr NW_012441841.1 (1450 bp) chr NW_012491998.1 (1262 bp) chr NW_012513107.1 (1232 bp) chr NW_012451243.1 (1397 bp) chr NW_012569129.1 (1016 bp) chr NW_012521802.1 (1224 bp) chr NW_012544600.1 (1201 bp) chr NW_012386013.1 (3055 bp) chr 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/gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz and /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz Input files are in FastQ format Processing reads up to sequence no. 100000 from /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz Writing a C -> T converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq Writing a G -> A converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq Created C -> T as well as G -> A converted versions of the FastQ file 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz (100001 sequences in total) Processing reads up to sequence no. 100000 from /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz Writing a C -> T converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq Writing a G -> A converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq Created C -> T as well as G -> A converted versions of the FastQ file 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz (100001 sequences in total) Input files are 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq (FastQ) Now running 4 individual instances of Bowtie 2 against the bisulfite genome of /gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/ with the specified options: -q --score-min L,0,-1.2 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --minins 60 --maxins 500 Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for CTread1GAread2CTgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-1.2 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --minins 60 --maxins 500 --norc)) Found first alignment: A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1 77 * 0 0 * * 0 0 TAATTTATTTATAAAAAAAATAAAAAAAAAATAAAAAAAAATTAATATTATATATTTTTTTTTTTATTTTAT FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF YT:Z:UP A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2 141 * 0 0 * * 0 0 AAAAAAAAATATATAATATTAATTTTTTTTTATTTTTTTTTTATTTTTTTTATAAATAAATTATATTTATAA FFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFF YT:Z:UP Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for GAread1CTread2GAgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-1.2 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --minins 60 --maxins 500 --norc)) Found first alignment: A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1 99 NC_027306.1_GA_converted 27312194 42 72M = 27312185 -81 TAATCCATTTACAAAAAAAACAAAAAAAAAACAAAAAAAAACTAATATCATACACTTCCTTTCTCACTCTAT FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:72 YS:i:0 YT:Z:CP A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2 147 NC_027306.1_GA_converted 27312185 42 72M = 27312194 81 TTACAAACATAATCCATTTACAAAAAAAACAAAAAAAAAACAAAAAAAAACTAATATCATACACTTCCTTTC FFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:72 YS:i:0 YT:Z:CP Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for GAread1CTread2CTgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-1.2 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --minins 60 --maxins 500 --nofw)) Found first alignment: A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1 77 * 0 0 * * 0 0 TAATCCATTTACAAAAAAAACAAAAAAAAAACAAAAAAAAACTAATATCATACACTTCCTTTCTCACTCTAT FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF YT:Z:UP A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2 141 * 0 0 * * 0 0 GAAAGGAAGTGTATGATATTAGTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTGTTTTTTTTGTAAATGGATTATGTTTGTAA FFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFF YT:Z:UP Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for CTread1GAread2GAgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-1.2 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --minins 60 --maxins 500 --nofw)) Found first alignment: A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1 77 * 0 0 * * 0 0 TAATTTATTTATAAAAAAAATAAAAAAAAAATAAAAAAAAATTAATATTATATATTTTTTTTTTTATTTTAT FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF YT:Z:UP A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2 141 * 0 0 * * 0 0 AAAAAAAAATATATAATATTAATTTTTTTTTATTTTTTTTTTATTTTTTTTATAAATAAATTATATTTATAA FFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFF YT:Z:UP >>> Writing bisulfite mapping results to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1_bismark_bt2_pe.bam <<< Unmapped sequences will be written to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_unmapped_reads_1.fq.gz and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_unmapped_reads_2.fq.gz Reading in the sequence files /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz and /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:14516:1172_1:N:0:AGTCAA NW_012564058.1 1 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:7862:1892_1:N:0:AGTCAA NW_012372622.1 1 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:11279:2613_1:N:0:AGTCAA NW_012363676.1 1 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:13657:5196_1:N:0:AGTCAA NW_012453114.1 1 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:23818:6825_1:N:0:AGTCAA NW_012556703.1 1 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:25626:10708_1:N:0:AGTCAA NW_012343903.1 44092 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:30626:11350_1:N:0:AGTCAA NW_012469074.1 2 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:10583:13620_1:N:0:AGTCAA NW_012552221.1 1038 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:4264:13698_1:N:0:AGTCAA NC_001960.1 1 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:8070:14904_1:N:0:AGTCAA NW_012383296.1 3 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:16224:15530_1:N:0:AGTCAA NW_012362018.1 6171 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:9164:16329_1:N:0:AGTCAA NW_012525198.1 1 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:4408:16611_1:N:0:AGTCAA NW_012386841.1 2 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:32416:20556_1:N:0:AGTCAA NW_012564398.1 3 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:32669:24158_1:N:0:AGTCAA NW_012377215.1 2 100000 reads; of these: 100000 (100000100.00 reads; of these:% ) were paired; of these: 100000 (61609 (61.61%) aligned concordantly 0 times 8565 (8.56%) aligned concordantly exactly 1 time 29826 (100.0029.83%%) were paired; of these:) aligned concordantly >1 times 38.3960125% ( overall alignment rate60.12 %) aligned concordantly 0 times 9041 (9.04%) aligned concordantly exactly 1 time 30834 (30.83%) aligned concordantly >1 times 39.88% overall alignment rate 100000 reads; of these: 100000 (100.00%) were paired; of these: 60408 (60.41%) aligned concordantly 0 times 8831 (8.83%) aligned concordantly exactly 1 time 30761 (30.76%) aligned concordantly >1 times 39.59% overall alignment rate 100000 reads; of these: 100000 (100.00%) were paired; of these: 61778 (61.78%) aligned concordantly 0 times 8439 (8.44%) aligned concordantly exactly 1 time 29783 (29.78%) aligned concordantly >1 times 38.22% overall alignment rate Processed 100000 sequences in total Successfully deleted the temporary files 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq, 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq, 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq Final Alignment report ====================== Sequence pairs analysed in total: 100000 Number of paired-end alignments with a unique best hit: 64204 Mapping efficiency: 64.2% Sequence pairs with no alignments under any condition: 16872 Sequence pairs did not map uniquely: 18924 Sequence pairs which were discarded because genomic sequence could not be extracted: 15 Number of sequence pairs with unique best (first) alignment came from the bowtie output: CT/GA/CT: 16487 ((converted) top strand) GA/CT/CT: 15584 (complementary to (converted) top strand) GA/CT/GA: 15578 (complementary to (converted) bottom strand) CT/GA/GA: 16540 ((converted) bottom strand) Final Cytosine Methylation Report ================================= Total number of C's analysed: 2757611 Total methylated C's in CpG context: 198281 Total methylated C's in CHG context: 12030 Total methylated C's in CHH context: 79540 Total methylated C's in Unknown context: 9754 Total unmethylated C's in CpG context: 75060 Total unmethylated C's in CHG context: 663999 Total unmethylated C's in CHH context: 1728701 Total unmethylated C's in Unknown context: 37543 C methylated in CpG context: 72.5% C methylated in CHG context: 1.8% C methylated in CHH context: 4.4% C methylated in unknown context (CN or CHN): 20.6% Bismark completed in 0d 0h 1m 41s ==================== Bismark run complete ==================== /var/spool/slurm/d/job1155989/slurm_script: line 109: fg: no job control Bowtie seems to be working fine (tested command '/gscratch/srlab/programs/bowtie2-2.3.4.1-linux-x86_64/bowtie2 --version' [2.3.4]) Output format is BAM (default) Alignments will be written out in BAM format. Samtools path provided as: '/gscratch/srlab/programs/samtools-1.9/samtools' Reference genome folder provided is /gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/ (absolute path is '/gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/)' FastQ format assumed (by default) Processing sequences up to read no. 100000 from the input file Each Bowtie 2 instance is going to be run with 4 threads. Please monitor performance closely and tune down if needed! Input files to be analysed (in current folder '/gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test'): /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz Library was specified to be not strand-specific (non-directional), therefore alignments to all four possible bisulfite strands (OT, CTOT, OB and CTOB) will be reported Created output directory /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/AS-2/! Output will be written into the directory: /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/AS-2/ Setting parallelization to single-threaded (default) Current working directory is: /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test Now reading in and storing sequence information of the genome specified in: /gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/ chr NC_027300.1 (159038749 bp) chr NC_027301.1 (72943711 bp) chr NC_027302.1 (92503428 bp) chr NC_027303.1 (82398023 bp) chr NC_027304.1 (80503876 bp) chr NC_027305.1 (87043187 bp) chr NC_027306.1 (58785265 bp) chr NC_027307.1 (26434011 bp) chr NC_027308.1 (141712163 bp) chr NC_027309.1 (116138521 bp) chr NC_027310.1 (93888508 bp) chr NC_027311.1 (91880962 bp) chr NC_027312.1 (107758822 bp) chr NC_027313.1 (93901823 bp) chr NC_027314.1 (103963436 bp) chr NC_027315.1 (87796322 bp) chr NC_027316.1 (57682537 bp) chr NC_027317.1 (70695409 bp) chr NC_027318.1 (82978132 bp) chr NC_027319.1 (86795997 bp) chr NC_027320.1 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/gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz and /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz Input files are in FastQ format Processing reads up to sequence no. 100000 from /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz Writing a C -> T converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq Writing a G -> A converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq Created C -> T as well as G -> A converted versions of the FastQ file 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz (100001 sequences in total) Processing reads up to sequence no. 100000 from /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz Writing a C -> T converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq Writing a G -> A converted version of the input file 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz to 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq Created C -> T as well as G -> A converted versions of the FastQ file 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz (100001 sequences in total) Input files are 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq (FastQ) Now running 4 individual instances of Bowtie 2 against the bisulfite genome of /gscratch/srlab/strigg/data/Ssalar/GENOMES/ with the specified options: -q --score-min L,0,-2 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --maxins 500 Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for CTread1GAread2CTgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-2 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --maxins 500 --norc)) Found first alignment: A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1 99 NC_027323.1_CT_converted 7481142 2 12M4I24M3I6M1I2M1I19M = 7481133 -72 TAATTTATTTATAAAAAAAATAAAAAAAAAATAAAAAAAAATTAATATTATATATTTTTTTTTTTATTTTAT FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF AS:i:-89 XS:i:-97 XN:i:0 XM:i:7 XO:i:4 XG:i:9 NM:i:16 MD:Z:24T1T1T19G1G10G0A0 YS:i:-83 YT:Z:CP A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2 147 NC_027323.1_CT_converted 7481133 2 21M4I24M3I6M1I2M1I10M = 7481142 72 TTATAAATATAATTTATTTATAAAAAAAATAAAAAAAAAATAAAAAAAAATTAATATTATATATTTTTTTTT FFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF AS:i:-83 XS:i:-93 XN:i:0 XM:i:6 XO:i:4 XG:i:9 NM:i:15 MD:Z:1A31T1T1T19G1G3 YS:i:-89 YT:Z:CP Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for GAread1CTread2GAgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-2 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --maxins 500 --norc)) Found first alignment: A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1 99 NC_027306.1_GA_converted 27312194 34 72M = 27312185 -81 TAATCCATTTACAAAAAAAACAAAAAAAAAACAAAAAAAAACTAATATCATACACTTCCTTTCTCACTCTAT FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF AS:i:0 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:72 YS:i:0 YT:Z:CP A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2 147 NC_027306.1_GA_converted 27312185 34 72M = 27312194 81 TTACAAACATAATCCATTTACAAAAAAAACAAAAAAAAAACAAAAAAAAACTAATATCATACACTTCCTTTC FFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF AS:i:0 XS:i:-142 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:72 YS:i:0 YT:Z:CP Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for GAread1CTread2CTgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-2 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --maxins 500 --nofw)) Found first alignment: A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1 83 NC_027300.1_CT_converted 139219103 2 4M7I8M1I1M1I17M2I25M1I5M = 139219106 63 ATAGAGTGAGAAAGGAAGTGTATGATATTAGTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTGTTTTTTTTGTAAATGGATTA FFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF AS:i:-97 XS:i:-101 XN:i:0 XM:i:6 XO:i:5 XG:i:12 NM:i:18 MD:Z:0T7T8T2T37G0G0 YS:i:-98 YT:Z:CP A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2 163 NC_027300.1_CT_converted 139219106 2 7M3I20M2I26M4I3M3I4M = 139219103 -63 GAAAGGAAGTGTATGATATTAGTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTGTTTTTTTTGTAAATGGATTATGTTTGTAA FFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFF AS:i:-98 XS:i:-99 XN:i:0 XM:i:7 XO:i:4 XG:i:12 NM:i:19 MD:Z:3G1T3T4T2T39G0G1 YS:i:-97 YT:Z:CP Now starting a Bowtie 2 paired-end alignment for CTread1GAread2GAgenome (reading in sequences from 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq, with the options: -q --score-min L,0,-2 -p 4 --reorder --ignore-quals --no-mixed --no-discordant --dovetail --maxins 500 --nofw)) Found first alignment: A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_1:N:0:NGTCAA/1 83 NC_027309.1_GA_converted 111256157 2 16M3I8M8I37M = 111256167 73 ATAAAATAAAAAAAAAAATATATAATATTAATTTTTTTTTATTTTTTTTTTATTTTTTTTATAAATAAATTA FFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFF:FFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF AS:i:-97 XS:i:-103 XN:i:0 XM:i:9 XO:i:2 XG:i:11 NM:i:20 MD:Z:1C6C0T3T13C0C3A25C0A1 YS:i:-108 YT:Z:CP A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:1262:1016_2:N:0:NGTCAA/2 163 NC_027309.1_GA_converted 111256167 2 6M4I8M8I32M3D14M = 111256157 -73 AAAAAAAAATATATAATATTAATTTTTTTTTATTTTTTTTTTATTTTTTTTATAAATAAATTATATTTATAA FFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFF AS:i:-108 XS:i:-104 XN:i:0 XM:i:8 XO:i:3 XG:i:15 NM:i:23 MD:Z:3T13C0C3A23^AAC2A0A4C2A2 YS:i:-97 YT:Z:CP >>> Writing bisulfite mapping results to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1_bismark_bt2_pe.bam <<< Unmapped sequences will be written to 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_unmapped_reads_1.fq.gz and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_unmapped_reads_2.fq.gz Reading in the sequence files /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz and /gscratch/scrubbed/strigg/analyses/20190806_100K_Salmo_test/16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:7862:1892_1:N:0:AGTCAA NW_012372622.1 1 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:11279:2613_1:N:0:AGTCAA NW_012363676.1 1 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:6316:4100_1:N:0:AGTCAA NW_012571403.1 1 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:23818:6825_1:N:0:AGTCAA NW_012556703.1 1 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:30626:11350_1:N:0:AGTCAA NW_012469074.1 2 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:5602:12101_1:N:0:AGTCAA NW_012564453.1 990 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:10583:13620_1:N:0:AGTCAA NW_012552221.1 1038 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:4264:13698_1:N:0:AGTCAA NC_001960.1 1 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:8070:14904_1:N:0:AGTCAA NW_012383296.1 3 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:16224:15530_1:N:0:AGTCAA NW_012362018.1 6171 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:9164:16329_1:N:0:AGTCAA NW_012525198.1 1 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:19560:17926_1:N:0:AGTCAA NW_012573290.1 1 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:31458:21590_1:N:0:AGTCAA NW_012570552.1 897 Chromosomal sequence could not be extracted for A00177:85:HCW7VDRXX:1:2101:32669:24158_1:N:0:AGTCAA NW_012377215.1 2 100000 reads; of these: 100000 (100.00%) were paired; of these: 4604 (4.60%) aligned concordantly 0 times 1981 (1.98%) aligned concordantly exactly 1 time 93415 (93.42%) aligned concordantly >1 times 95.40% overall alignment rate 100000 reads; of these: 100000 (100.00%) were paired; of these: 3799 (3.80%) aligned concordantly 0 times 2047 (2.05%) aligned concordantly exactly 1 time 94154 (94.15%) aligned concordantly >1 times 96.20% overall alignment rate 100000 reads; of these: 100000 (100.00%) were paired; of these: 4653 (4.65%) aligned concordantly 0 times 1973 (1.97%) aligned concordantly exactly 1 time 93374 (93.37%) aligned concordantly >1 times 95.35% overall alignment rate 100000 reads; of these: 100000 (100.00%) were paired; of these: 3883 (3.88%) aligned concordantly 0 times 2080 (2.08%) aligned concordantly exactly 1 time 94037 (94.04%) aligned concordantly >1 times 96.12% overall alignment rate Processed 100000 sequences in total Successfully deleted the temporary files 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_C_to_T.fastq, 16C_26psu_1_S13_L001_R1_001_val_1.fq.gz_G_to_A.fastq, 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_C_to_T.fastq and 16C_26psu_1_S13_L001_R2_001_val_2.fq.gz_G_to_A.fastq Final Alignment report ====================== Sequence pairs analysed in total: 100000 Number of paired-end alignments with a unique best hit: 78422 Mapping efficiency: 78.4% Sequence pairs with no alignments under any condition: 159 Sequence pairs did not map uniquely: 21419 Sequence pairs which were discarded because genomic sequence could not be extracted: 14 Number of sequence pairs with unique best (first) alignment came from the bowtie output: CT/GA/CT: 20371 ((converted) top strand) GA/CT/CT: 18771 (complementary to (converted) top strand) GA/CT/GA: 18838 (complementary to (converted) bottom strand) CT/GA/GA: 20428 ((converted) bottom strand) Final Cytosine Methylation Report ================================= Total number of C's analysed: 3356822 Total methylated C's in CpG context: 225580 Total methylated C's in CHG context: 20438 Total methylated C's in CHH context: 160600 Total methylated C's in Unknown context: 26215 Total unmethylated C's in CpG context: 95396 Total unmethylated C's in CHG context: 763005 Total unmethylated C's in CHH context: 2091803 Total unmethylated C's in Unknown context: 81851 C methylated in CpG context: 70.3% C methylated in CHG context: 2.6% C methylated in CHH context: 7.1% C methylated in unknown context (CN or CHN): 24.3% Bismark completed in 0d 0h 2m 40s ==================== Bismark run complete ====================