flowchart TB
    subgraph " "
    v2["Channel.fromList"]
    v3["Channel.fromList"]
    v81["in_format"]
    v82["out_format"]
    v93["in_format"]
    v94["out_format"]
    v104["in_format"]
    v105["out_format"]
    v161["hmm_in"]
    v162["hmm_batch"]
    v163["profile1"]
    v164["profile2"]
    v165["compress"]
    v171["compress"]
    v177["compress"]
    v188[" "]
    v189[" "]
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    v191[" "]
    v192[" "]
    v193["compress"]
    v199["compress"]
    v205["compress"]
    v212[" "]
    v213["compress"]
    v220[" "]
    v221["compress"]
    v227["compress"]
    v236["compress"]
    v243["compress"]
    v250["compress"]
    v260[" "]
    v261["compress"]
    v294["in_format"]
    v295["out_format"]
    v304["in_format"]
    v305["out_format"]
    v313["in_format"]
    v314["out_format"]
    v329["in_format"]
    v330["out_format"]
    v334[" "]
    v342["in_format"]
    v343["out_format"]
    v368["Channel.fromPath"]
    v387[" "]
    v395["Channel.of"]
    v398["Channel.fromPath"]
    v401["ch_workflow_summary"]
    v405["ch_methods_description"]
    v417["replace_names"]
    v418["sample_names"]
    end
    subgraph NFCORE_MULTIPLESEQUENCEALIGN
    subgraph MULTIPLESEQUENCEALIGN
    v29([UNTAR])
    v36([CUSTOM_PDBSTOFASTA])
    v39([FASTAVALIDATOR])
    subgraph PREPROCESS
    v47([TCOFFEE_EXTRACTFROMPDB])
    end
    subgraph TEMPLATES
    v58([CREATE_TEMPLATE])
    end
    subgraph STATS
    v73([TCOFFEE_SEQREFORMAT_SIM])
    v76([PARSE_SIM])
    v83([CONCAT_SIMSTATS])
    v86([CALCULATE_SEQSTATS])
    v95([CONCAT_SEQSTATS])
    v98([EXTRACT_PLDDT])
    v106([CONCAT_PLDDTS])
    v116([MERGE_STATS])
    v78(( ))
    v84(( ))
    v90(( ))
    v101(( ))
    end
    subgraph ALIGN
    subgraph COMPUTE_TREES
    v131([FAMSA_GUIDETREE])
    v134([CLUSTALO_GUIDETREE])
    v138([MAFFT_GUIDETREE])
    end
    v166([CLUSTALO_ALIGN])
    v172([FAMSA_ALIGN])
    v178([KALIGN_ALIGN])
    v183([LEARNMSA_ALIGN])
    v194([MAFFT_ALIGN])
    v200([MAGUS_ALIGN])
    v206([MUSCLE5_ALIGN])
    v214([TCOFFEE_ALIGN])
    v222([REGRESSIVE_ALIGN])
    v228([UPP_ALIGN])
    v237([TCOFFEE3D_ALIGN])
    v244([MTMALIGN_ALIGN])
    v251([FOLDMASON_ALIGN])
    v262([CONSENSUS])
    end
    v268([PIGZ_COMPRESS])
    subgraph EVALUATE
    v288([TCOFFEE_ALNCOMPARE_SP])
    v296([CONCAT_SP])
    v298([TCOFFEE_ALNCOMPARE_TC])
    v306([CONCAT_TC])
    v308([CALC_GAPS])
    v315([CONCAT_GAPS])
    v321([TCOFFEE_IRMSD])
    v324([PARSE_IRMSD])
    v331([CONCAT_IRMSD])
    v335([TCOFFEE_TCS])
    v344([CONCAT_TCS])
    v357([MERGE_EVAL])
    v291(( ))
    v301(( ))
    v310(( ))
    v326(( ))
    v339(( ))
    v346(( ))
    end
    v366([MERGE_STATS_EVAL])
    v369([PREPARE_SHINY])
    subgraph VISUALIZATION
    v382([FOLDMASON_CREATEDB])
    v388([FOLDMASON_MSA2LDDTREPORT])
    v383(( ))
    end
    v408([PREPARE_MULTIQC])
    v419([MULTIQC])
    v4(( ))
    v32(( ))
    v119(( ))
    v414(( ))
    v415(( ))
    v416(( ))
    v423(( ))
    v426(( ))
    end
    end
    subgraph " "
    v40[" "]
    v41[" "]
    v59["versions"]
    v87["seqstats"]
    v99[" "]
    v123[" "]
    v150[" "]
    v215[" "]
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    v245[" "]
    v252[" "]
    v263[" "]
    v269[" "]
    v333["versions"]
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    v389["html"]
    v391["versions"]
    v409[" "]
    v420[" "]
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    v422[" "]
    v425[" "]
    v427[" "]
    v429[" "]
    end
    v2 --> v4
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