CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 84 168 33.33 252 2 88 153 36.51 241 3 92 140 39.66 232 4 80 107 42.78 187 5 79 101 43.89 180 6 80 100 44.44 180 7 88 74 54.32 162 8 53 105 33.54 158 9 40 102 28.17 142 10 50 95 34.48 145 11 37 87 29.84 124 12 31 97 24.22 128 13 36 92 28.12 128 14 39 93 29.55 132 15 31 82 27.43 113 16 31 98 24.03 129 17 33 97 25.38 130 18 43 101 29.86 144 19 40 121 24.84 161 20 35 119 22.73 154 21 34 99 25.56 133 22 33 107 23.57 140 23 37 110 25.17 147 24 35 104 25.18 139 25 36 97 27.07 133 26 25 109 18.66 134 27 35 124 22.01 159 28 30 114 20.83 144 29 25 95 20.83 120 30 43 121 26.22 164 31 27 108 20.00 135 32 26 93 21.85 119 33 29 94 23.58 123 34 26 98 20.97 124 35 32 103 23.70 135 36 31 115 21.23 146 37 29 103 21.97 132 38 33 94 25.98 127 39 26 86 23.21 112 40 32 86 27.12 118 41 28 106 20.90 134 42 33 87 27.50 120 43 31 96 24.41 127 44 29 106 21.48 135 45 30 93 24.39 123 46 25 99 20.16 124 47 29 88 24.79 117 48 35 101 25.74 136 49 31 98 24.03 129 50 21 82 20.39 103 51 28 99 22.05 127 52 26 91 22.22 117 53 31 78 28.44 109 54 19 120 13.67 139 55 33 84 28.21 117 56 30 102 22.73 132 57 30 97 23.62 127 58 26 82 24.07 108 59 36 89 28.80 125 60 23 100 18.70 123 61 25 83 23.15 108 62 22 95 18.80 117 63 30 85 26.09 115 64 25 92 21.37 117 65 30 95 24.00 125 66 34 100 25.37 134 67 37 89 29.37 126 68 27 94 22.31 121 69 24 74 24.49 98 70 18 84 17.65 102 71 31 76 28.97 107 72 33 75 30.56 108 73 32 86 27.12 118 74 33 64 34.02 97 75 22 82 21.15 104 76 28 83 25.23 111 77 28 82 25.45 110 78 24 90 21.05 114 79 25 68 26.88 93 80 21 67 23.86 88 81 27 95 22.13 122 82 27 65 29.35 92 83 25 67 27.17 92 84 25 73 25.51 98 85 26 65 28.57 91 86 25 81 23.58 106 87 29 71 29.00 100 88 29 73 28.43 102 89 22 74 22.92 96 90 19 85 18.27 104 91 24 77 23.76 101 92 20 71 21.98 91 93 25 83 23.15 108 94 23 66 25.84 89 95 20 78 20.41 98 96 21 74 22.11 95 97 31 60 34.07 91 98 20 68 22.73 88 99 23 45 33.82 68 100 19 56 25.33 75 101 20 70 22.22 90 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 126 229 35.49 355 2 92 199 31.62 291 3 36 186 16.22 222 4 21 178 10.55 199 5 15 147 9.26 162 6 10 144 6.49 154 7 13 203 6.02 216 8 8 204 3.77 212 9 2 216 0.92 218 10 4 199 1.97 203 11 5 197 2.48 202 12 3 195 1.52 198 13 4 165 2.37 169 14 3 160 1.84 163 15 4 191 2.05 195 16 3 178 1.66 181 17 3 188 1.57 191 18 3 182 1.62 185 19 3 194 1.52 197 20 2 202 0.98 204 21 2 191 1.04 193 22 3 224 1.32 227 23 2 207 0.96 209 24 5 201 2.43 206 25 3 179 1.65 182 26 2 214 0.93 216 27 5 204 2.39 209 28 3 209 1.42 212 29 2 213 0.93 215 30 3 202 1.46 205 31 2 206 0.96 208 32 2 199 1.00 201 33 2 190 1.04 192 34 0 187 0.00 187 35 5 173 2.81 178 36 1 207 0.48 208 37 4 207 1.90 211 38 5 188 2.59 193 39 3 198 1.49 201 40 4 204 1.92 208 41 3 182 1.62 185 42 1 192 0.52 193 43 3 190 1.55 193 44 3 186 1.59 189 45 4 185 2.12 189 46 2 174 1.14 176 47 2 197 1.01 199 48 1 199 0.50 200 49 1 188 0.53 189 50 2 196 1.01 198 51 2 182 1.09 184 52 1 204 0.49 205 53 4 238 1.65 242 54 1 198 0.50 199 55 5 182 2.67 187 56 4 196 2.00 200 57 1 173 0.57 174 58 4 207 1.90 211 59 2 190 1.04 192 60 7 195 3.47 202 61 2 181 1.09 183 62 3 181 1.63 184 63 3 170 1.73 173 64 3 193 1.53 196 65 1 177 0.56 178 66 4 197 1.99 201 67 2 186 1.06 188 68 1 181 0.55 182 69 2 168 1.18 170 70 0 195 0.00 195 71 4 170 2.30 174 72 0 152 0.00 152 73 2 190 1.04 192 74 1 164 0.61 165 75 3 186 1.59 189 76 3 187 1.58 190 77 2 164 1.20 166 78 2 179 1.10 181 79 2 180 1.10 182 80 7 150 4.46 157 81 1 149 0.67 150 82 1 164 0.61 165 83 6 166 3.49 172 84 1 180 0.55 181 85 1 159 0.62 160 86 3 133 2.21 136 87 1 170 0.58 171 88 3 140 2.10 143 89 1 142 0.70 143 90 2 160 1.23 162 91 0 152 0.00 152 92 6 178 3.26 184 93 3 146 2.01 149 94 2 145 1.36 147 95 2 149 1.32 151 96 5 122 3.94 127 97 2 129 1.53 131 98 0 120 0.00 120 99 0 75 0.00 75 100 0 73 0.00 73 101 1 115 0.86 116 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 187 279 40.13 466 2 138 308 30.94 446 3 110 316 25.82 426 4 95 358 20.97 453 5 107 434 19.78 541 6 86 473 15.38 559 7 77 569 11.92 646 8 66 656 9.14 722 9 54 556 8.85 610 10 72 565 11.30 637 11 90 537 14.35 627 12 73 565 11.44 638 13 77 585 11.63 662 14 79 582 11.95 661 15 86 630 12.01 716 16 77 613 11.16 690 17 78 626 11.08 704 18 73 624 10.47 697 19 87 617 12.36 704 20 93 638 12.72 731 21 61 655 8.52 716 22 77 658 10.48 735 23 79 653 10.79 732 24 74 652 10.19 726 25 73 659 9.97 732 26 81 718 10.14 799 27 59 693 7.85 752 28 88 676 11.52 764 29 70 671 9.45 741 30 59 635 8.50 694 31 70 609 10.31 679 32 81 648 11.11 729 33 58 587 8.99 645 34 61 658 8.48 719 35 78 689 10.17 767 36 47 664 6.61 711 37 66 649 9.23 715 38 57 649 8.07 706 39 59 653 8.29 712 40 65 641 9.21 706 41 70 653 9.68 723 42 62 631 8.95 693 43 82 598 12.06 680 44 62 668 8.49 730 45 55 633 7.99 688 46 69 684 9.16 753 47 62 635 8.90 697 48 40 673 5.61 713 49 47 644 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CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 86 94 47.78 180 2 81 78 50.94 159 3 65 79 45.14 144 4 54 107 33.54 161 5 33 154 17.65 187 6 11 65 14.47 76 7 13 67 16.25 80 8 20 85 19.05 105 9 9 67 11.84 76 10 11 57 16.18 68 11 14 66 17.50 80 12 21 64 24.71 85 13 19 53 26.39 72 14 11 66 14.29 77 15 10 61 14.08 71 16 13 46 22.03 59 17 21 52 28.77 73 18 24 65 26.97 89 19 15 53 22.06 68 20 18 44 29.03 62 21 15 50 23.08 65 22 23 47 32.86 70 23 14 56 20.00 70 24 12 42 22.22 54 25 18 64 21.95 82 26 11 45 19.64 56 27 14 55 20.29 69 28 14 40 25.93 54 29 17 47 26.56 64 30 24 53 31.17 77 31 13 50 20.63 63 32 13 33 28.26 46 33 13 39 25.00 52 34 12 45 21.05 57 35 19 52 26.76 71 36 25 43 36.76 68 37 9 39 18.75 48 38 10 54 15.62 64 39 8 34 19.05 42 40 14 49 22.22 63 41 9 42 17.65 51 42 20 62 24.39 82 43 18 43 29.51 61 44 10 31 24.39 41 45 19 44 30.16 63 46 17 42 28.81 59 47 17 40 29.82 57 48 17 33 34.00 50 49 9 58 13.43 67 50 6 38 13.64 44 51 9 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