CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 85 162 34.41 247 2 87 174 33.33 261 3 88 135 39.46 223 4 72 102 41.38 174 5 86 97 46.99 183 6 102 69 59.65 171 7 95 86 52.49 181 8 45 82 35.43 127 9 49 98 33.33 147 10 37 93 28.46 130 11 44 93 32.12 137 12 47 84 35.88 131 13 34 94 26.56 128 14 44 98 30.99 142 15 38 94 28.79 132 16 31 78 28.44 109 17 29 87 25.00 116 18 23 98 19.01 121 19 29 96 23.20 125 20 37 97 27.61 134 21 38 95 28.57 133 22 30 96 23.81 126 23 34 86 28.33 120 24 30 93 24.39 123 25 21 97 17.80 118 26 41 81 33.61 122 27 27 83 24.55 110 28 36 121 22.93 157 29 32 96 25.00 128 30 30 93 24.39 123 31 35 102 25.55 137 32 29 91 24.17 120 33 44 82 34.92 126 34 31 114 21.38 145 35 34 93 26.77 127 36 28 95 22.76 123 37 34 90 27.42 124 38 24 100 19.35 124 39 28 98 22.22 126 40 25 91 21.55 116 41 36 95 27.48 131 42 29 93 23.77 122 43 31 116 21.09 147 44 34 77 30.63 111 45 32 89 26.45 121 46 29 76 27.62 105 47 22 83 20.95 105 48 27 99 21.43 126 49 23 97 19.17 120 50 20 83 19.42 103 51 29 92 23.97 121 52 25 101 19.84 126 53 31 97 24.22 128 54 30 87 25.64 117 55 36 91 28.35 127 56 31 73 29.81 104 57 33 68 32.67 101 58 35 99 26.12 134 59 29 81 26.36 110 60 36 83 30.25 119 61 29 95 23.39 124 62 24 97 19.83 121 63 32 87 26.89 119 64 25 92 21.37 117 65 35 79 30.70 114 66 33 74 30.84 107 67 17 76 18.28 93 68 24 71 25.26 95 69 29 86 25.22 115 70 26 93 21.85 119 71 26 84 23.64 110 72 32 84 27.59 116 73 35 81 30.17 116 74 32 76 29.63 108 75 22 84 20.75 106 76 23 80 22.33 103 77 18 95 15.93 113 78 22 77 22.22 99 79 20 94 17.54 114 80 23 74 23.71 97 81 19 81 19.00 100 82 16 82 16.33 98 83 25 79 24.04 104 84 28 71 28.28 99 85 23 81 22.12 104 86 20 70 22.22 90 87 23 87 20.91 110 88 18 67 21.18 85 89 23 65 26.14 88 90 21 66 24.14 87 91 17 71 19.32 88 92 19 74 20.43 93 93 26 77 25.24 103 94 16 65 19.75 81 95 19 67 22.09 86 96 21 64 24.71 85 97 17 73 18.89 90 98 16 52 23.53 68 99 22 56 28.21 78 100 32 64 33.33 96 101 22 65 25.29 87 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 144 179 44.58 323 2 100 189 34.60 289 3 46 183 20.09 229 4 22 170 11.46 192 5 12 159 7.02 171 6 14 150 8.54 164 7 5 206 2.37 211 8 9 229 3.78 238 9 10 190 5.00 200 10 3 162 1.82 165 11 1 191 0.52 192 12 3 199 1.49 202 13 3 192 1.54 195 14 1 159 0.62 160 15 3 182 1.62 185 16 6 188 3.09 194 17 3 189 1.56 192 18 3 161 1.83 164 19 5 183 2.66 188 20 3 169 1.74 172 21 3 195 1.52 198 22 2 186 1.06 188 23 2 204 0.97 206 24 2 211 0.94 213 25 3 178 1.66 181 26 7 172 3.91 179 27 6 194 3.00 200 28 7 173 3.89 180 29 3 186 1.59 189 30 9 237 3.66 246 31 0 205 0.00 205 32 4 191 2.05 195 33 4 188 2.08 192 34 5 218 2.24 223 35 0 197 0.00 197 36 2 200 0.99 202 37 3 215 1.38 218 38 3 174 1.69 177 39 4 218 1.80 222 40 4 201 1.95 205 41 4 196 2.00 200 42 4 210 1.87 214 43 2 191 1.04 193 44 5 190 2.56 195 45 5 168 2.89 173 46 1 187 0.53 188 47 3 209 1.42 212 48 2 189 1.05 191 49 1 160 0.62 161 50 2 207 0.96 209 51 3 184 1.60 187 52 6 199 2.93 205 53 2 207 0.96 209 54 3 180 1.64 183 55 4 207 1.90 211 56 2 192 1.03 194 57 4 196 2.00 200 58 3 177 1.67 180 59 5 192 2.54 197 60 5 173 2.81 178 61 4 199 1.97 203 62 7 203 3.33 210 63 0 190 0.00 190 64 2 168 1.18 170 65 2 186 1.06 188 66 3 181 1.63 184 67 1 192 0.52 193 68 2 156 1.27 158 69 3 187 1.58 190 70 4 176 2.22 180 71 2 164 1.20 166 72 1 163 0.61 164 73 3 186 1.59 189 74 1 175 0.57 176 75 2 183 1.08 185 76 1 173 0.57 174 77 2 172 1.15 174 78 2 182 1.09 184 79 2 144 1.37 146 80 3 153 1.92 156 81 3 163 1.81 166 82 4 144 2.70 148 83 4 170 2.30 174 84 1 129 0.77 130 85 2 134 1.47 136 86 4 154 2.53 158 87 2 162 1.22 164 88 0 145 0.00 145 89 3 155 1.90 158 90 2 151 1.31 153 91 1 140 0.71 141 92 1 139 0.71 140 93 3 136 2.16 139 94 4 126 3.08 130 95 6 134 4.29 140 96 2 147 1.34 149 97 4 120 3.23 124 98 1 105 0.94 106 99 1 55 1.79 56 100 3 73 3.95 76 101 2 133 1.48 135 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 199 255 43.83 454 2 148 294 33.48 442 3 117 351 25.00 468 4 107 356 23.11 463 5 109 413 20.88 522 6 105 451 18.88 556 7 91 543 14.35 634 8 80 583 12.07 663 9 70 566 11.01 636 10 79 509 13.44 588 11 82 538 13.23 620 12 83 531 13.52 614 13 88 585 13.08 673 14 82 547 13.04 629 15 71 601 10.57 672 16 85 585 12.69 670 17 101 602 14.37 703 18 86 630 12.01 716 19 77 678 10.20 755 20 90 663 11.95 753 21 92 663 12.19 755 22 79 668 10.58 747 23 83 661 11.16 744 24 81 670 10.79 751 25 85 638 11.76 723 26 74 690 9.69 764 27 72 692 9.42 764 28 71 673 9.54 744 29 77 670 10.31 747 30 70 683 9.30 753 31 78 621 11.16 699 32 74 611 10.80 685 33 82 626 11.58 708 34 77 625 10.97 702 35 81 609 11.74 690 36 57 665 7.89 722 37 57 630 8.30 687 38 66 644 9.30 710 39 48 634 7.04 682 40 58 602 8.79 660 41 68 622 9.86 690 42 63 603 9.46 666 43 68 623 9.84 691 44 67 616 9.81 683 45 61 619 8.97 680 46 54 617 8.05 671 47 61 650 8.58 711 48 44 625 6.58 669 49 41 622 6.18 663 50 63 612 9.33 675 51 50 598 7.72 648 52 41 588 6.52 629 53 61 579 9.53 640 54 53 576 8.43 629 55 40 597 6.28 637 56 55 584 8.61 639 57 38 584 6.11 622 58 45 573 7.28 618 59 47 633 6.91 680 60 43 613 6.55 656 61 33 551 5.65 584 62 43 546 7.30 589 63 39 570 6.40 609 64 32 581 5.22 613 65 48 549 8.04 597 66 40 537 6.93 577 67 40 518 7.17 558 68 41 545 7.00 586 69 31 553 5.31 584 70 37 532 6.50 569 71 46 501 8.41 547 72 41 479 7.88 520 73 35 497 6.58 532 74 36 475 7.05 511 75 34 534 5.99 568 76 39 504 7.18 543 77 36 505 6.65 541 78 36 511 6.58 547 79 32 514 5.86 546 80 36 441 7.55 477 81 34 467 6.79 501 82 27 457 5.58 484 83 32 514 5.86 546 84 33 477 6.47 510 85 41 436 8.60 477 86 28 470 5.62 498 87 23 464 4.72 487 88 33 480 6.43 513 89 39 407 8.74 446 90 30 457 6.16 487 91 31 435 6.65 466 92 27 381 6.62 408 93 32 419 7.10 451 94 31 427 6.77 458 95 27 424 5.99 451 96 28 414 6.33 442 97 27 394 6.41 421 98 25 350 6.67 375 99 12 251 4.56 263 100 20 204 8.93 224 101 16 356 4.30 372 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 93 77 54.71 170 2 82 87 48.52 169 3 70 96 42.17 166 4 70 89 44.03 159 5 34 110 23.61 144 6 15 69 17.86 84 7 13 78 14.29 91 8 17 73 18.89 90 9 11 67 14.10 78 10 13 65 16.67 78 11 12 52 18.75 64 12 25 55 31.25 80 13 14 53 20.90 67 14 10 76 11.63 86 15 16 48 25.00 64 16 13 49 20.97 62 17 12 57 17.39 69 18 15 60 20.00 75 19 15 42 26.32 57 20 10 53 15.87 63 21 19 42 31.15 61 22 15 55 21.43 70 23 12 36 25.00 48 24 12 63 16.00 75 25 10 57 14.93 67 26 13 62 17.33 75 27 10 42 19.23 52 28 14 35 28.57 49 29 15 32 31.91 47 30 21 53 28.38 74 31 17 52 24.64 69 32 14 36 28.00 50 33 13 26 33.33 39 34 19 46 29.23 65 35 22 42 34.38 64 36 13 35 27.08 48 37 8 39 17.02 47 38 22 43 33.85 65 39 16 30 34.78 46 40 16 39 29.09 55 41 12 51 19.05 63 42 17 51 25.00 68 43 10 37 21.28 47 44 7 37 15.91 44 45 16 39 29.09 55 46 16 25 39.02 41 47 16 33 32.65 49 48 11 31 26.19 42 49 10 53 15.87 63 50 12 39 23.53 51 51 13 30 30.23 43 52 13 38 25.49 51 53 8 50 13.79 58 54 9 41 18.00 50 55 7 25 21.88 32 56 11 37 22.92 48 57 6 34 15.00 40 58 11 33 25.00 44 59 5 25 16.67 30 60 15 37 28.85 52 61 9 27 25.00 36 62 13 21 38.24 34 63 7 28 20.00 35 64 8 30 21.05 38 65 4 24 14.29 28 66 8 27 22.86 35 67 4 17 19.05 21 68 7 29 19.44 36 69 10 29 25.64 39 70 12 21 36.36 33 71 7 21 25.00 28 72 6 28 17.65 34 73 9 32 21.95 41 74 8 23 25.81 31 75 0 18 0.00 18 76 5 28 15.15 33 77 4 18 18.18 22 78 8 26 23.53 34 79 3 16 15.79 19 80 5 20 20.00 25 81 9 17 34.62 26 82 9 13 40.91 22 83 7 17 29.17 24 84 9 13 40.91 22 85 7 23 23.33 30 86 8 19 29.63 27 87 6 20 23.08 26 88 5 17 22.73 22 89 6 22 21.43 28 90 4 25 13.79 29 91 5 16 23.81 21 92 6 16 27.27 22 93 5 13 27.78 18 94 9 9 50.00 18 95 7 17 29.17 24 96 4 12 25.00 16 97 6 13 31.58 19 98 3 22 12.00 25 99 4 0 100.00 4 CHG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 34 115 22.82 149 2 28 103 21.37 131 3 22 107 17.05 129 4 21 136 13.38 157 5 2 224 0.88 226 6 2 264 0.75 266 7 3 137 2.14 140 8 1 177 0.56 178 9 3 126 2.33 129 10 2 131 1.50 133 11 3 164 1.80 167 12 1 133 0.75 134 13 2 109 1.80 111 14 2 128 1.54 130 15 2 142 1.39 144 16 2 128 1.54 130 17 1 122 0.81 123 18 2 114 1.72 116 19 1 115 0.86 116 20 0 104 0.00 104 21 3 100 2.91 103 22 3 90 3.23 93 23 2 111 1.77 113 24 2 93 2.11 95 25 1 94 1.05 95 26 1 120 0.83 121 27 2 104 1.89 106 28 5 103 4.63 108 29 1 95 1.04 96 30 3 68 4.23 71 31 4 97 3.96 101 32 0 97 0.00 97 33 4 119 3.25 123 34 4 87 4.40 91 35 3 80 3.61 83 36 5 87 5.43 92 37 2 90 2.17 92 38 3 98 2.97 101 39 0 111 0.00 111 40 1 79 1.25 80 41 1 73 1.35 74 42 2 87 2.25 89 43 4 95 4.04 99 44 1 85 1.16 86 45 1 52 1.89 53 46 1 68 1.45 69 47 1 85 1.16 86 48 3 59 4.84 62 49 2 56 3.45 58 50 3 63 4.55 66 51 1 66 1.49 67 52 2 50 3.85 52 53 1 63 1.56 64 54 1 66 1.49 67 55 2 73 2.67 75 56 2 69 2.82 71 57 0 72 0.00 72 58 0 82 0.00 82 59 0 62 0.00 62 60 0 61 0.00 61 61 0 59 0.00 59 62 0 54 0.00 54 63 1 78 1.27 79 64 1 49 2.00 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410 11.83 465 19 49 384 11.32 433 20 67 451 12.93 518 21 65 380 14.61 445 22 53 366 12.65 419 23 52 362 12.56 414 24 81 362 18.28 443 25 53 357 12.93 410 26 49 345 12.44 394 27 57 389 12.78 446 28 40 372 9.71 412 29 39 364 9.68 403 30 54 364 12.92 418 31 41 290 12.39 331 32 37 312 10.60 349 33 50 282 15.06 332 34 34 309 9.91 343 35 26 299 8.00 325 36 38 313 10.83 351 37 33 295 10.06 328 38 24 318 7.02 342 39 29 288 9.15 317 40 14 262 5.07 276 41 20 272 6.85 292 42 33 277 10.65 310 43 19 269 6.60 288 44 17 248 6.42 265 45 32 246 11.51 278 46 23 231 9.06 254 47 13 242 5.10 255 48 27 257 9.51 284 49 13 225 5.46 238 50 20 231 7.97 251 51 24 236 9.23 260 52 13 212 5.78 225 53 17 232 6.83 249 54 20 200 9.09 220 55 17 210 7.49 227 56 9 202 4.27 211 57 11 222 4.72 233 58 8 178 4.30 186 59 8 192 4.00 200 60 14 190 6.86 204 61 9 177 4.84 186 62 13 202 6.05 215 63 17 178 8.72 195 64 8 185 4.15 193 65 9 184 4.66 193 66 12 160 6.98 172 67 12 196 5.77 208 68 13 192 6.34 205 69 12 189 5.97 201 70 6 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