CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 104 136 43.33 240 2 66 118 35.87 184 3 84 141 37.33 225 4 84 105 44.44 189 5 92 79 53.80 171 6 77 81 48.73 158 7 95 83 53.37 178 8 37 78 32.17 115 9 54 99 35.29 153 10 38 92 29.23 130 11 29 90 24.37 119 12 37 93 28.46 130 13 35 99 26.12 134 14 27 89 23.28 116 15 39 85 31.45 124 16 31 88 26.05 119 17 36 94 27.69 130 18 34 88 27.87 122 19 40 102 28.17 142 20 32 93 25.60 125 21 37 85 30.33 122 22 30 74 28.85 104 23 28 106 20.90 134 24 27 99 21.43 126 25 28 85 24.78 113 26 34 87 28.10 121 27 32 90 26.23 122 28 25 105 19.23 130 29 43 100 30.07 143 30 23 89 20.54 112 31 39 92 29.77 131 32 34 117 22.52 151 33 20 103 16.26 123 34 33 103 24.26 136 35 30 107 21.90 137 36 30 95 24.00 125 37 37 103 26.43 140 38 28 89 23.93 117 39 33 104 24.09 137 40 24 89 21.24 113 41 20 71 21.98 91 42 36 109 24.83 145 43 33 92 26.40 125 44 25 99 20.16 124 45 34 85 28.57 119 46 30 89 25.21 119 47 30 101 22.90 131 48 29 83 25.89 112 49 25 89 21.93 114 50 19 97 16.38 116 51 35 89 28.23 124 52 31 93 25.00 124 53 25 80 23.81 105 54 27 81 25.00 108 55 30 97 23.62 127 56 31 91 25.41 122 57 33 95 25.78 128 58 31 91 25.41 122 59 24 92 20.69 116 60 27 82 24.77 109 61 34 102 25.00 136 62 20 94 17.54 114 63 28 89 23.93 117 64 17 96 15.04 113 65 32 85 27.35 117 66 16 86 15.69 102 67 18 79 18.56 97 68 27 83 24.55 110 69 25 89 21.93 114 70 27 68 28.42 95 71 21 74 22.11 95 72 21 97 17.80 118 73 25 82 23.36 107 74 22 79 21.78 101 75 33 85 27.97 118 76 21 100 17.36 121 77 20 79 20.20 99 78 29 76 27.62 105 79 25 78 24.27 103 80 30 71 29.70 101 81 18 86 17.31 104 82 16 92 14.81 108 83 29 94 23.58 123 84 23 77 23.00 100 85 18 91 16.51 109 86 18 82 18.00 100 87 18 63 22.22 81 88 26 63 29.21 89 89 21 84 20.00 105 90 17 70 19.54 87 91 15 61 19.74 76 92 22 62 26.19 84 93 13 71 15.48 84 94 14 63 18.18 77 95 24 78 23.53 102 96 27 56 32.53 83 97 23 70 24.73 93 98 28 75 27.18 103 99 18 44 29.03 62 100 18 76 19.15 94 101 10 47 17.54 57 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 121 198 37.93 319 2 92 163 36.08 255 3 56 144 28.00 200 4 16 167 8.74 183 5 15 135 10.00 150 6 13 151 7.93 164 7 11 190 5.47 201 8 1 235 0.42 236 9 8 197 3.90 205 10 6 182 3.19 188 11 3 192 1.54 195 12 2 196 1.01 198 13 4 195 2.01 199 14 7 182 3.70 189 15 4 186 2.11 190 16 5 158 3.07 163 17 3 175 1.69 178 18 5 159 3.05 164 19 3 189 1.56 192 20 3 186 1.59 189 21 3 176 1.68 179 22 1 188 0.53 189 23 4 181 2.16 185 24 1 206 0.48 207 25 2 177 1.12 179 26 6 200 2.91 206 27 4 181 2.16 185 28 0 197 0.00 197 29 4 195 2.01 199 30 3 192 1.54 195 31 3 196 1.51 199 32 5 195 2.50 200 33 3 170 1.73 173 34 3 192 1.54 195 35 3 222 1.33 225 36 3 187 1.58 190 37 4 170 2.30 174 38 2 185 1.07 187 39 3 197 1.50 200 40 1 175 0.57 176 41 1 212 0.47 213 42 3 171 1.72 174 43 0 157 0.00 157 44 4 163 2.40 167 45 4 173 2.26 177 46 4 194 2.02 198 47 1 196 0.51 197 48 4 183 2.14 187 49 3 211 1.40 214 50 2 170 1.16 172 51 4 192 2.04 196 52 1 185 0.54 186 53 2 176 1.12 178 54 2 209 0.95 211 55 4 151 2.58 155 56 5 206 2.37 211 57 2 174 1.14 176 58 1 205 0.49 206 59 4 178 2.20 182 60 1 186 0.53 187 61 4 158 2.47 162 62 3 171 1.72 174 63 3 186 1.59 189 64 1 191 0.52 192 65 2 181 1.09 183 66 2 191 1.04 193 67 5 163 2.98 168 68 2 185 1.07 187 69 3 169 1.74 172 70 2 167 1.18 169 71 5 191 2.55 196 72 1 153 0.65 154 73 4 160 2.44 164 74 3 151 1.95 154 75 2 187 1.06 189 76 2 152 1.30 154 77 4 159 2.45 163 78 2 161 1.23 163 79 3 161 1.83 164 80 1 133 0.75 134 81 3 171 1.72 174 82 1 162 0.61 163 83 6 122 4.69 128 84 1 173 0.57 174 85 6 160 3.61 166 86 1 150 0.66 151 87 1 150 0.66 151 88 3 140 2.10 143 89 1 122 0.81 123 90 3 130 2.26 133 91 1 144 0.69 145 92 5 135 3.57 140 93 2 158 1.25 160 94 1 154 0.65 155 95 3 152 1.94 155 96 1 130 0.76 131 97 1 119 0.83 120 98 0 99 0.00 99 99 2 70 2.78 72 100 1 74 1.33 75 101 2 144 1.37 146 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 180 255 41.38 435 2 169 271 38.41 440 3 131 280 31.87 411 4 111 320 25.75 431 5 141 381 27.01 522 6 116 446 20.64 562 7 93 521 15.15 614 8 75 596 11.18 671 9 73 497 12.81 570 10 75 535 12.30 610 11 86 543 13.67 629 12 75 533 12.34 608 13 87 482 15.29 569 14 107 564 15.95 671 15 77 549 12.30 626 16 78 562 12.19 640 17 108 601 15.23 709 18 78 569 12.06 647 19 94 594 13.66 688 20 98 589 14.26 687 21 85 633 11.84 718 22 83 618 11.84 701 23 96 613 13.54 709 24 68 578 10.53 646 25 85 624 11.99 709 26 93 666 12.25 759 27 75 646 10.40 721 28 79 642 10.96 721 29 87 636 12.03 723 30 74 622 10.63 696 31 69 593 10.42 662 32 86 624 12.11 710 33 78 623 11.13 701 34 64 596 9.70 660 35 80 601 11.75 681 36 62 581 9.64 643 37 45 630 6.67 675 38 81 678 10.67 759 39 64 627 9.26 691 40 56 610 8.41 666 41 76 565 11.86 641 42 50 621 7.45 671 43 61 581 9.50 642 44 68 595 10.26 663 45 67 610 9.90 677 46 63 590 9.65 653 47 77 576 11.79 653 48 61 585 9.44 646 49 53 591 8.23 644 50 69 587 10.52 656 51 50 578 7.96 628 52 48 597 7.44 645 53 60 586 9.29 646 54 36 589 5.76 625 55 54 576 8.57 630 56 54 570 8.65 624 57 53 551 8.77 604 58 52 585 8.16 637 59 55 556 9.00 611 60 35 566 5.82 601 61 53 608 8.02 661 62 65 534 10.85 599 63 36 512 6.57 548 64 41 510 7.44 551 65 51 572 8.19 623 66 43 535 7.44 578 67 43 518 7.66 561 68 48 506 8.66 554 69 46 541 7.84 587 70 41 467 8.07 508 71 55 549 9.11 604 72 33 527 5.89 560 73 32 509 5.91 541 74 46 477 8.80 523 75 38 469 7.50 507 76 31 459 6.33 490 77 43 477 8.27 520 78 40 459 8.02 499 79 38 481 7.32 519 80 44 442 9.05 486 81 37 441 7.74 478 82 33 425 7.21 458 83 48 459 9.47 507 84 30 419 6.68 449 85 38 456 7.69 494 86 47 417 10.13 464 87 28 400 6.54 428 88 39 431 8.30 470 89 39 399 8.90 438 90 28 435 6.05 463 91 29 409 6.62 438 92 39 393 9.03 432 93 27 414 6.12 441 94 33 399 7.64 432 95 41 363 10.15 404 96 34 399 7.85 433 97 38 334 10.22 372 98 27 379 6.65 406 99 18 256 6.57 274 100 26 224 10.40 250 101 21 342 5.79 363 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 63 98 39.13 161 2 65 79 45.14 144 3 68 79 46.26 147 4 63 98 39.13 161 5 32 120 21.05 152 6 18 55 24.66 73 7 14 76 15.56 90 8 12 77 13.48 89 9 10 66 13.16 76 10 18 55 24.66 73 11 24 58 29.27 82 12 15 67 18.29 82 13 22 51 30.14 73 14 9 66 12.00 75 15 20 50 28.57 70 16 16 50 24.24 66 17 15 51 22.73 66 18 21 43 32.81 64 19 13 54 19.40 67 20 13 58 18.31 71 21 12 39 23.53 51 22 13 59 18.06 72 23 13 40 24.53 53 24 9 47 16.07 56 25 19 40 32.20 59 26 20 38 34.48 58 27 13 51 20.31 64 28 15 40 27.27 55 29 16 40 28.57 56 30 14 40 25.93 54 31 8 42 16.00 50 32 14 39 26.42 53 33 14 44 24.14 58 34 9 54 14.29 63 35 13 49 20.97 62 36 9 31 22.50 40 37 11 44 20.00 55 38 13 42 23.64 55 39 12 37 24.49 49 40 11 43 20.37 54 41 9 53 14.52 62 42 9 58 13.43 67 43 10 29 25.64 39 44 7 44 13.73 51 45 11 43 20.37 54 46 8 27 22.86 35 47 13 43 23.21 56 48 11 32 25.58 43 49 15 57 20.83 72 50 9 38 19.15 47 51 8 28 22.22 36 52 10 39 20.41 49 53 12 46 20.69 58 54 16 38 29.63 54 55 2 29 6.45 31 56 5 32 13.51 37 57 7 31 18.42 38 58 8 32 20.00 40 59 9 31 22.50 40 60 5 42 10.64 47 61 6 29 17.14 35 62 5 29 14.71 34 63 8 25 24.24 33 64 5 41 10.87 46 65 2 22 8.33 24 66 5 32 13.51 37 67 7 38 15.56 45 68 5 29 14.71 34 69 4 31 11.43 35 70 6 29 17.14 35 71 5 25 16.67 30 72 10 15 40.00 25 73 5 24 17.24 29 74 6 17 26.09 23 75 8 25 24.24 33 76 10 24 29.41 34 77 6 22 21.43 28 78 8 25 24.24 33 79 2 24 7.69 26 80 6 26 18.75 32 81 7 22 24.14 29 82 2 17 10.53 19 83 8 21 27.59 29 84 7 23 23.33 30 85 10 20 33.33 30 86 6 25 19.35 31 87 6 17 26.09 23 88 5 19 20.83 24 89 5 38 11.63 43 90 5 24 17.24 29 91 9 23 28.12 32 92 6 12 33.33 18 93 5 25 16.67 30 94 4 18 18.18 22 95 7 14 33.33 21 96 4 18 18.18 22 97 2 23 8.00 25 98 3 14 17.65 17 99 5 1 83.33 6 CHG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 27 102 20.93 129 2 37 109 25.34 146 3 26 99 20.80 125 4 30 124 19.48 154 5 4 206 1.90 210 6 4 237 1.66 241 7 0 135 0.00 135 8 3 161 1.83 164 9 3 119 2.46 122 10 3 121 2.42 124 11 3 179 1.65 182 12 3 125 2.34 128 13 5 119 4.03 124 14 1 135 0.74 136 15 4 131 2.96 135 16 0 148 0.00 148 17 3 129 2.27 132 18 1 80 1.23 81 19 4 101 3.81 105 20 1 104 0.95 105 21 2 95 2.06 97 22 4 119 3.25 123 23 5 134 3.60 139 24 4 93 4.12 97 25 2 106 1.85 108 26 2 97 2.02 99 27 5 86 5.49 91 28 3 86 3.37 89 29 4 85 4.49 89 30 4 83 4.60 87 31 4 93 4.12 97 32 3 92 3.16 95 33 3 153 1.92 156 34 3 82 3.53 85 35 3 88 3.30 91 36 2 102 1.92 104 37 0 87 0.00 87 38 3 86 3.37 89 39 1 97 1.02 98 40 2 97 2.02 99 41 3 99 2.94 102 42 4 81 4.71 85 43 1 90 1.10 91 44 1 76 1.30 77 45 1 77 1.28 78 46 2 63 3.08 65 47 1 61 1.61 62 48 1 69 1.43 70 49 1 81 1.22 82 50 1 69 1.43 70 51 1 58 1.69 59 52 0 70 0.00 70 53 4 61 6.15 65 54 0 63 0.00 63 55 6 60 9.09 66 56 0 54 0.00 54 57 2 63 3.08 65 58 0 87 0.00 87 59 0 49 0.00 49 60 1 58 1.69 59 61 2 61 3.17 63 62 1 60 1.64 61 63 1 63 1.56 64 64 0 55 0.00 55 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15.22 460 19 64 403 13.70 467 20 65 420 13.40 485 21 75 370 16.85 445 22 49 388 11.21 437 23 67 338 16.54 405 24 64 292 17.98 356 25 46 348 11.68 394 26 46 378 10.85 424 27 56 369 13.18 425 28 46 340 11.92 386 29 46 392 10.50 438 30 55 361 13.22 416 31 44 303 12.68 347 32 35 303 10.36 338 33 50 260 16.13 310 34 33 334 8.99 367 35 43 320 11.85 363 36 46 343 11.83 389 37 31 319 8.86 350 38 35 328 9.64 363 39 50 272 15.53 322 40 25 261 8.74 286 41 24 283 7.82 307 42 40 283 12.38 323 43 30 268 10.07 298 44 30 247 10.83 277 45 35 260 11.86 295 46 20 265 7.02 285 47 19 229 7.66 248 48 28 233 10.73 261 49 14 229 5.76 243 50 16 233 6.43 249 51 24 236 9.23 260 52 9 213 4.05 222 53 21 215 8.90 236 54 16 215 6.93 231 55 14 218 6.03 232 56 17 210 7.49 227 57 20 208 8.77 228 58 10 215 4.44 225 59 20 188 9.62 208 60 14 199 6.57 213 61 17 168 9.19 185 62 11 186 5.58 197 63 12 183 6.15 195 64 11 191 5.45 202 65 15 176 7.85 191 66 18 174 9.38 192 67 16 182 8.08 198 68 13 177 6.84 190 69 14 176 7.37 190 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