CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 83 150 35.62 233 2 77 189 28.95 266 3 96 146 39.67 242 4 72 157 31.44 229 5 79 109 42.02 188 6 86 84 50.59 170 7 92 91 50.27 183 8 46 104 30.67 150 9 40 118 25.32 158 10 35 124 22.01 159 11 35 116 23.18 151 12 28 104 21.21 132 13 41 99 29.29 140 14 33 117 22.00 150 15 34 127 21.12 161 16 37 96 27.82 133 17 41 97 29.71 138 18 33 114 22.45 147 19 37 115 24.34 152 20 35 142 19.77 177 21 28 121 18.79 149 22 20 122 14.08 142 23 28 109 20.44 137 24 31 114 21.38 145 25 27 110 19.71 137 26 42 106 28.38 148 27 35 109 24.31 144 28 32 136 19.05 168 29 28 118 19.18 146 30 17 127 11.81 144 31 33 131 20.12 164 32 34 110 23.61 144 33 24 133 15.29 157 34 28 112 20.00 140 35 34 122 21.79 156 36 29 144 16.76 173 37 22 132 14.29 154 38 31 116 21.09 147 39 27 108 20.00 135 40 26 114 18.57 140 41 28 115 19.58 143 42 35 125 21.88 160 43 33 110 23.08 143 44 29 115 20.14 144 45 30 112 21.13 142 46 20 128 13.51 148 47 32 124 20.51 156 48 34 139 19.65 173 49 31 99 23.85 130 50 29 89 24.58 118 51 36 123 22.64 159 52 28 116 19.44 144 53 32 107 23.02 139 54 38 120 24.05 158 55 33 146 18.44 179 56 23 103 18.25 126 57 22 95 18.80 117 58 28 118 19.18 146 59 27 104 20.61 131 60 24 100 19.35 124 61 28 133 17.39 161 62 28 116 19.44 144 63 25 97 20.49 122 64 34 108 23.94 142 65 29 99 22.66 128 66 24 117 17.02 141 67 27 100 21.26 127 68 31 112 21.68 143 69 30 103 22.56 133 70 33 107 23.57 140 71 13 77 14.44 90 72 27 97 21.77 124 73 34 96 26.15 130 74 31 94 24.80 125 75 25 112 18.25 137 76 29 120 19.46 149 77 24 94 20.34 118 78 28 111 20.14 139 79 17 87 16.35 104 80 25 81 23.58 106 81 17 87 16.35 104 82 34 92 26.98 126 83 17 89 16.04 106 84 21 92 18.58 113 85 29 74 28.16 103 86 25 108 18.80 133 87 28 88 24.14 116 88 23 80 22.33 103 89 19 86 18.10 105 90 22 107 17.05 129 91 27 89 23.28 116 92 18 97 15.65 115 93 11 95 10.38 106 94 30 87 25.64 117 95 19 84 18.45 103 96 14 90 13.46 104 97 17 76 18.28 93 98 20 88 18.52 108 99 14 70 16.67 84 100 12 79 13.19 91 101 21 82 20.39 103 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 147 205 41.76 352 2 81 182 30.80 263 3 38 169 18.36 207 4 18 175 9.33 193 5 13 168 7.18 181 6 10 174 5.43 184 7 11 202 5.16 213 8 7 210 3.23 217 9 3 209 1.42 212 10 5 212 2.30 217 11 6 204 2.86 210 12 5 208 2.35 213 13 5 194 2.51 199 14 2 183 1.08 185 15 3 193 1.53 196 16 2 181 1.09 183 17 6 191 3.05 197 18 4 184 2.13 188 19 4 221 1.78 225 20 2 226 0.88 228 21 1 217 0.46 218 22 5 202 2.42 207 23 4 197 1.99 201 24 2 196 1.01 198 25 3 214 1.38 217 26 2 196 1.01 198 27 0 210 0.00 210 28 6 242 2.42 248 29 0 215 0.00 215 30 1 191 0.52 192 31 4 228 1.72 232 32 4 212 1.85 216 33 2 205 0.97 207 34 2 231 0.86 233 35 1 208 0.48 209 36 1 182 0.55 183 37 2 198 1.00 200 38 5 191 2.55 196 39 4 204 1.92 208 40 7 213 3.18 220 41 1 231 0.43 232 42 4 209 1.88 213 43 2 202 0.98 204 44 4 205 1.91 209 45 2 194 1.02 196 46 4 185 2.12 189 47 3 185 1.60 188 48 1 199 0.50 200 49 3 216 1.37 219 50 2 218 0.91 220 51 2 223 0.89 225 52 2 204 0.97 206 53 2 194 1.02 196 54 5 242 2.02 247 55 3 200 1.48 203 56 2 196 1.01 198 57 4 192 2.04 196 58 3 228 1.30 231 59 4 219 1.79 223 60 3 211 1.40 214 61 4 219 1.79 223 62 1 214 0.47 215 63 1 191 0.52 192 64 3 199 1.49 202 65 5 205 2.38 210 66 3 206 1.44 209 67 1 175 0.57 176 68 0 213 0.00 213 69 2 181 1.09 183 70 2 182 1.09 184 71 2 195 1.02 197 72 1 202 0.49 203 73 3 188 1.57 191 74 1 173 0.57 174 75 1 172 0.58 173 76 4 176 2.22 180 77 1 204 0.49 205 78 1 171 0.58 172 79 3 153 1.92 156 80 3 169 1.74 172 81 3 190 1.55 193 82 0 158 0.00 158 83 2 173 1.14 175 84 3 170 1.73 173 85 2 182 1.09 184 86 1 172 0.58 173 87 2 157 1.26 159 88 3 160 1.84 163 89 1 162 0.61 163 90 3 155 1.90 158 91 4 152 2.56 156 92 2 154 1.28 156 93 2 163 1.21 165 94 1 154 0.65 155 95 2 133 1.48 135 96 4 118 3.28 122 97 6 138 4.17 144 98 2 108 1.82 110 99 2 74 2.63 76 100 6 85 6.59 91 101 3 121 2.42 124 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 173 285 37.77 458 2 139 292 32.25 431 3 108 325 24.94 433 4 84 345 19.58 429 5 93 396 19.02 489 6 73 449 13.98 522 7 73 557 11.59 630 8 63 619 9.24 682 9 63 566 10.02 629 10 51 551 8.47 602 11 74 539 12.07 613 12 64 533 10.72 597 13 55 555 9.02 610 14 67 546 10.93 613 15 59 567 9.42 626 16 64 605 9.57 669 17 67 629 9.63 696 18 65 649 9.10 714 19 56 626 8.21 682 20 62 642 8.81 704 21 63 645 8.90 708 22 59 620 8.69 679 23 75 631 10.62 706 24 71 623 10.23 694 25 62 616 9.14 678 26 66 631 9.47 697 27 51 635 7.43 686 28 47 631 6.93 678 29 59 645 8.38 704 30 51 678 7.00 729 31 60 655 8.39 715 32 67 622 9.72 689 33 51 662 7.15 713 34 52 590 8.10 642 35 59 604 8.90 663 36 46 671 6.42 717 37 58 630 8.43 688 38 57 691 7.62 748 39 61 641 8.69 702 40 49 648 7.03 697 41 58 679 7.87 737 42 47 657 6.68 704 43 58 633 8.39 691 44 54 646 7.71 700 45 55 639 7.93 694 46 35 671 4.96 706 47 47 676 6.50 723 48 48 641 6.97 689 49 38 657 5.47 695 50 47 637 6.87 684 51 44 662 6.23 706 52 33 596 5.25 629 53 54 607 8.17 661 54 38 619 5.78 657 55 38 610 5.86 648 56 45 608 6.89 653 57 26 668 3.75 694 58 32 633 4.81 665 59 50 627 7.39 677 60 27 583 4.43 610 61 36 601 5.65 637 62 34 584 5.50 618 63 43 568 7.04 611 64 28 593 4.51 621 65 39 537 6.77 576 66 29 535 5.14 564 67 26 574 4.33 600 68 33 591 5.29 624 69 34 558 5.74 592 70 35 534 6.15 569 71 35 551 5.97 586 72 24 523 4.39 547 73 31 532 5.51 563 74 34 483 6.58 517 75 24 507 4.52 531 76 30 538 5.28 568 77 28 475 5.57 503 78 27 494 5.18 521 79 34 500 6.37 534 80 30 481 5.87 511 81 27 470 5.43 497 82 22 509 4.14 531 83 29 501 5.47 530 84 22 485 4.34 507 85 27 430 5.91 457 86 29 474 5.77 503 87 30 478 5.91 508 88 22 473 4.44 495 89 24 413 5.49 437 90 28 447 5.89 475 91 29 413 6.56 442 92 30 467 6.04 497 93 24 394 5.74 418 94 25 391 6.01 416 95 34 450 7.02 484 96 27 404 6.26 431 97 15 428 3.39 443 98 19 402 4.51 421 99 17 262 6.09 279 100 22 247 8.18 269 101 19 377 4.80 396 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 74 110 40.22 184 2 65 118 35.52 183 3 70 83 45.75 153 4 61 103 37.20 164 5 18 156 10.34 174 6 17 75 18.48 92 7 15 74 16.85 89 8 13 92 12.38 105 9 14 70 16.67 84 10 6 83 6.74 89 11 10 59 14.49 69 12 15 88 14.56 103 13 16 63 20.25 79 14 16 79 16.84 95 15 20 57 25.97 77 16 10 67 12.99 77 17 9 66 12.00 75 18 15 59 20.27 74 19 19 69 21.59 88 20 12 63 16.00 75 21 13 68 16.05 81 22 14 53 20.90 67 23 18 58 23.68 76 24 11 64 14.67 75 25 14 52 21.21 66 26 9 60 13.04 69 27 16 62 20.51 78 28 13 58 18.31 71 29 16 41 28.07 57 30 17 50 25.37 67 31 12 62 16.22 74 32 15 52 22.39 67 33 17 55 23.61 72 34 13 51 20.31 64 35 17 56 23.29 73 36 14 55 20.29 69 37 9 46 16.36 55 38 13 44 22.81 57 39 9 46 16.36 55 40 15 40 27.27 55 41 12 46 20.69 58 42 13 73 15.12 86 43 16 56 22.22 72 44 11 64 14.67 75 45 15 88 14.56 103 46 10 41 19.61 51 47 12 50 19.35 62 48 9 47 16.07 56 49 13 51 20.31 64 50 10 51 16.39 61 51 6 46 11.54 52 52 13 47 21.67 60 53 14 41 25.45 55 54 11 52 17.46 63 55 13 33 28.26 46 56 16 40 28.57 56 57 12 45 21.05 57 58 12 41 22.64 53 59 8 35 18.60 43 60 7 39 15.22 46 61 7 40 14.89 47 62 10 35 22.22 45 63 6 33 15.38 39 64 9 36 20.00 45 65 5 35 12.50 40 66 9 39 18.75 48 67 7 27 20.59 34 68 5 38 11.63 43 69 3 42 6.67 45 70 9 31 22.50 40 71 7 30 18.92 37 72 7 21 25.00 28 73 7 22 24.14 29 74 12 25 32.43 37 75 11 38 22.45 49 76 9 33 21.43 42 77 3 40 6.98 43 78 7 33 17.50 40 79 8 32 20.00 40 80 5 30 14.29 35 81 6 27 18.18 33 82 5 30 14.29 35 83 5 19 20.83 24 84 6 32 15.79 38 85 5 27 15.62 32 86 12 19 38.71 31 87 8 29 21.62 37 88 2 16 11.11 18 89 4 22 15.38 26 90 4 28 12.50 32 91 4 23 14.81 27 92 6 25 19.35 31 93 8 22 26.67 30 94 8 24 25.00 32 95 6 16 27.27 22 96 8 17 32.00 25 97 5 25 16.67 30 98 3 20 13.04 23 99 2 2 50.00 4 CHG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 26 90 22.41 116 2 36 118 23.38 154 3 21 96 17.95 117 4 27 142 15.98 169 5 3 228 1.30 231 6 2 245 0.81 247 7 1 124 0.80 125 8 0 162 0.00 162 9 2 141 1.40 143 10 2 141 1.40 143 11 1 158 0.63 159 12 1 144 0.69 145 13 1 147 0.68 148 14 1 143 0.69 144 15 7 148 4.52 155 16 2 124 1.59 126 17 1 132 0.75 133 18 3 116 2.52 119 19 2 118 1.67 120 20 4 103 3.74 107 21 2 103 1.90 105 22 4 124 3.12 128 23 1 102 0.97 103 24 2 107 1.83 109 25 1 102 0.97 103 26 1 112 0.88 113 27 1 89 1.11 90 28 2 99 1.98 101 29 2 122 1.61 124 30 6 108 5.26 114 31 2 102 1.92 104 32 6 87 6.45 93 33 3 121 2.42 124 34 3 107 2.73 110 35 2 102 1.92 104 36 3 107 2.73 110 37 1 96 1.03 97 38 5 93 5.10 98 39 1 113 0.88 114 40 0 94 0.00 94 41 3 78 3.70 81 42 2 101 1.94 103 43 3 99 2.94 102 44 1 93 1.06 94 45 0 73 0.00 73 46 1 82 1.20 83 47 0 87 0.00 87 48 0 73 0.00 73 49 1 76 1.30 77 50 1 80 1.23 81 51 1 77 1.28 78 52 0 71 0.00 71 53 0 74 0.00 74 54 0 59 0.00 59 55 2 59 3.28 61 56 1 67 1.47 68 57 1 68 1.45 69 58 1 71 1.39 72 59 1 60 1.64 61 60 0 59 0.00 59 61 1 64 1.54 65 62 0 69 0.00 69 63 1 72 1.37 73 64 1 49 2.00 50 65 0 64 0.00 64 66 0 56 0.00 56 67 1 64 1.54 65 68 1 76 1.30 77 69 1 40 2.44 41 70 0 60 0.00 60 71 0 63 0.00 63 72 0 51 0.00 51 73 1 47 2.08 48 74 0 47 0.00 47 75 1 53 1.85 54 76 0 53 0.00 53 77 1 71 1.39 72 78 0 62 0.00 62 79 1 43 2.27 44 80 0 57 0.00 57 81 0 53 0.00 53 82 1 54 1.82 55 83 0 43 0.00 43 84 0 38 0.00 38 85 0 55 0.00 55 86 0 57 0.00 57 87 1 52 1.89 53 88 2 34 5.56 36 89 0 48 0.00 48 90 0 42 0.00 42 91 1 53 1.85 54 92 0 44 0.00 44 93 0 34 0.00 34 94 1 36 2.70 37 95 2 41 4.65 43 96 0 49 0.00 49 97 0 40 0.00 40 98 1 37 2.63 38 99 1 3 25.00 4 CHH context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 96 150 39.02 246 2 93 134 40.97 227 3 92 136 40.35 228 4 73 142 33.95 215 5 41 264 13.44 305 6 46 347 11.70 393 7 33 470 6.56 503 8 38 480 7.34 518 9 54 468 10.34 522 10 41 462 8.15 503 11 45 410 9.89 455 12 41 362 10.17 403 13 42 394 9.63 436 14 48 412 10.43 460 15 47 407 10.35 454 16 34 382 8.17 416 17 54 394 12.05 448 18 53 394 11.86 447 19 37 405 8.37 442 20 41 392 9.47 433 21 51 390 11.56 441 22 36 378 8.70 414 23 48 363 11.68 411 24 39 363 9.70 402 25 34 353 8.79 387 26 47 356 11.66 403 27 40 356 10.10 396 28 35 361 8.84 396 29 34 332 9.29 366 30 41 337 10.85 378 31 29 318 8.36 347 32 31 306 9.20 337 33 40 280 12.50 320 34 25 306 7.55 331 35 25 307 7.53 332 36 28 348 7.45 376 37 30 282 9.62 312 38 22 349 5.93 371 39 34 291 10.46 325 40 15 311 4.60 326 41 21 288 6.80 309 42 24 288 7.69 312 43 22 277 7.36 299 44 21 255 7.61 276 45 27 242 10.04 269 46 15 248 5.70 263 47 20 275 6.78 295 48 14 240 5.51 254 49 13 211 5.80 224 50 19 252 7.01 271 51 20 245 7.55 265 52 14 224 5.88 238 53 17 272 5.88 289 54 15 234 6.02 249 55 12 211 5.38 223 56 11 237 4.44 248 57 16 214 6.96 230 58 11 206 5.07 217 59 7 209 3.24 216 60 15 187 7.43 202 61 13 194 6.28 207 62 7 182 3.70 189 63 9 212 4.07 221 64 8 181 4.23 189 65 7 200 3.38 207 66 10 173 5.46 183 67 7 214 3.17 221 68 5 184 2.65 189 69 13 197 6.19 210 70 8 166 4.60 174 71 6 179 3.24 185 72 9 166 5.14 175 73 7 169 3.98 176 74 8 163 4.68 171 75 9 165 5.17 174 76 2 142 1.39 144 77 5 167 2.91 172 78 10 158 5.95 168 79 10 151 6.21 161 80 5 158 3.07 163 81 10 167 5.65 177 82 5 159 3.05 164 83 5 148 3.27 153 84 8 177 4.32 185 85 8 140 5.41 148 86 8 141 5.37 149 87 9 159 5.36 168 88 7 150 4.46 157 89 3 110 2.65 113 90 12 161 6.94 173 91 5 143 3.38 148 92 4 160 2.44 164 93 9 148 5.73 157 94 2 143 1.38 145 95 4 134 2.90 138 96 10 141 6.62 151 97 7 128 5.19 135 98 3 125 2.34 128 99 9 4 69.23 13