CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 74 151 32.89 225 2 91 164 35.69 255 3 85 144 37.12 229 4 93 124 42.86 217 5 86 93 48.04 179 6 91 75 54.82 166 7 87 81 51.79 168 8 48 107 30.97 155 9 46 100 31.51 146 10 37 97 27.61 134 11 34 113 23.13 147 12 42 110 27.63 152 13 33 102 24.44 135 14 40 97 29.20 137 15 35 104 25.18 139 16 32 103 23.70 135 17 29 96 23.20 125 18 32 106 23.19 138 19 36 103 25.90 139 20 29 101 22.31 130 21 15 100 13.04 115 22 27 121 18.24 148 23 19 105 15.32 124 24 33 86 27.73 119 25 22 95 18.80 117 26 37 106 25.87 143 27 38 116 24.68 154 28 36 109 24.83 145 29 37 105 26.06 142 30 30 108 21.74 138 31 33 99 25.00 132 32 37 105 26.06 142 33 30 98 23.44 128 34 24 105 18.60 129 35 30 108 21.74 138 36 43 122 26.06 165 37 28 101 21.71 129 38 22 105 17.32 127 39 26 104 20.00 130 40 35 99 26.12 134 41 33 73 31.13 106 42 29 113 20.42 142 43 31 104 22.96 135 44 22 118 15.71 140 45 28 92 23.33 120 46 28 103 21.37 131 47 30 101 22.90 131 48 27 86 23.89 113 49 33 113 22.60 146 50 33 80 29.20 113 51 34 111 23.45 145 52 35 116 23.18 151 53 33 107 23.57 140 54 26 106 19.70 132 55 28 108 20.59 136 56 29 106 21.48 135 57 34 102 25.00 136 58 32 90 26.23 122 59 29 84 25.66 113 60 35 92 27.56 127 61 28 103 21.37 131 62 24 89 21.24 113 63 33 100 24.81 133 64 32 85 27.35 117 65 32 106 23.19 138 66 23 83 21.70 106 67 35 100 25.93 135 68 26 80 24.53 106 69 29 90 24.37 119 70 36 71 33.64 107 71 22 77 22.22 99 72 31 87 26.27 118 73 26 78 25.00 104 74 29 76 27.62 105 75 20 92 17.86 112 76 25 91 21.55 116 77 19 83 18.63 102 78 19 69 21.59 88 79 25 78 24.27 103 80 23 75 23.47 98 81 25 77 24.51 102 82 20 92 17.86 112 83 17 82 17.17 99 84 22 88 20.00 110 85 22 73 23.16 95 86 22 93 19.13 115 87 26 90 22.41 116 88 19 81 19.00 100 89 29 78 27.10 107 90 31 79 28.18 110 91 21 74 22.11 95 92 17 62 21.52 79 93 23 65 26.14 88 94 13 88 12.87 101 95 20 75 21.05 95 96 18 77 18.95 95 97 19 77 19.79 96 98 17 68 20.00 85 99 12 49 19.67 61 100 15 61 19.74 76 101 18 62 22.50 80 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 126 198 38.89 324 2 90 171 34.48 261 3 43 165 20.67 208 4 17 159 9.66 176 5 22 155 12.43 177 6 17 146 10.43 163 7 10 193 4.93 203 8 5 194 2.51 199 9 6 221 2.64 227 10 3 192 1.54 195 11 4 182 2.15 186 12 8 215 3.59 223 13 6 186 3.12 192 14 8 183 4.19 191 15 11 191 5.45 202 16 2 184 1.08 186 17 4 165 2.37 169 18 3 189 1.56 192 19 0 213 0.00 213 20 2 192 1.03 194 21 4 207 1.90 211 22 2 191 1.04 193 23 1 200 0.50 201 24 1 205 0.49 206 25 3 208 1.42 211 26 2 213 0.93 215 27 2 198 1.00 200 28 3 204 1.45 207 29 4 208 1.89 212 30 4 226 1.74 230 31 3 199 1.49 202 32 1 226 0.44 227 33 6 194 3.00 200 34 1 214 0.47 215 35 3 230 1.29 233 36 3 192 1.54 195 37 4 181 2.16 185 38 2 173 1.14 175 39 4 207 1.90 211 40 2 189 1.05 191 41 2 221 0.90 223 42 2 207 0.96 209 43 2 218 0.91 220 44 2 194 1.02 196 45 1 182 0.55 183 46 2 183 1.08 185 47 3 172 1.71 175 48 2 197 1.01 199 49 3 187 1.58 190 50 5 193 2.53 198 51 1 188 0.53 189 52 5 191 2.55 196 53 5 210 2.33 215 54 4 196 2.00 200 55 4 200 1.96 204 56 3 210 1.41 213 57 6 185 3.14 191 58 6 213 2.74 219 59 5 202 2.42 207 60 4 224 1.75 228 61 0 194 0.00 194 62 9 190 4.52 199 63 4 197 1.99 201 64 1 201 0.50 202 65 3 197 1.50 200 66 7 203 3.33 210 67 3 193 1.53 196 68 4 186 2.11 190 69 5 181 2.69 186 70 4 175 2.23 179 71 5 194 2.51 199 72 4 177 2.21 181 73 4 155 2.52 159 74 2 166 1.19 168 75 2 172 1.15 174 76 3 175 1.69 178 77 4 166 2.35 170 78 3 148 1.99 151 79 2 178 1.11 180 80 3 147 2.00 150 81 4 164 2.38 168 82 3 159 1.85 162 83 1 170 0.58 171 84 5 153 3.16 158 85 2 178 1.11 180 86 3 169 1.74 172 87 1 147 0.68 148 88 0 136 0.00 136 89 2 157 1.26 159 90 3 140 2.10 143 91 0 133 0.00 133 92 5 143 3.38 148 93 0 132 0.00 132 94 6 133 4.32 139 95 1 120 0.83 121 96 1 142 0.70 143 97 3 124 2.36 127 98 2 105 1.87 107 99 0 73 0.00 73 100 2 67 2.90 69 101 2 118 1.67 120 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 202 294 40.73 496 2 158 298 34.65 456 3 111 327 25.34 438 4 107 341 23.88 448 5 91 377 19.44 468 6 116 439 20.90 555 7 63 523 10.75 586 8 71 597 10.63 668 9 67 501 11.80 568 10 64 580 9.94 644 11 57 548 9.42 605 12 72 555 11.48 627 13 53 556 8.70 609 14 65 606 9.69 671 15 71 595 10.66 666 16 56 602 8.51 658 17 77 585 11.63 662 18 74 612 10.79 686 19 73 594 10.94 667 20 66 629 9.50 695 21 72 619 10.42 691 22 83 634 11.58 717 23 65 630 9.35 695 24 70 660 9.59 730 25 65 649 9.10 714 26 65 620 9.49 685 27 71 679 9.47 750 28 65 661 8.95 726 29 66 664 9.04 730 30 71 647 9.89 718 31 60 620 8.82 680 32 67 623 9.71 690 33 66 647 9.26 713 34 53 599 8.13 652 35 68 658 9.37 726 36 49 650 7.01 699 37 47 672 6.54 719 38 58 633 8.39 691 39 50 630 7.35 680 40 52 619 7.75 671 41 45 605 6.92 650 42 47 632 6.92 679 43 60 628 8.72 688 44 39 658 5.60 697 45 53 641 7.64 694 46 36 633 5.38 669 47 46 599 7.13 645 48 51 632 7.47 683 49 37 592 5.88 629 50 44 636 6.47 680 51 35 587 5.63 622 52 31 583 5.05 614 53 34 578 5.56 612 54 41 547 6.97 588 55 38 634 5.65 672 56 34 625 5.16 659 57 26 583 4.27 609 58 32 621 4.90 653 59 33 572 5.45 605 60 27 539 4.77 566 61 28 579 4.61 607 62 27 578 4.46 605 63 34 510 6.25 544 64 35 524 6.26 559 65 22 558 3.79 580 66 38 540 6.57 578 67 31 508 5.75 539 68 37 487 7.06 524 69 35 515 6.36 550 70 32 508 5.93 540 71 20 533 3.62 553 72 33 494 6.26 527 73 26 474 5.20 500 74 26 480 5.14 506 75 28 501 5.29 529 76 34 476 6.67 510 77 31 508 5.75 539 78 29 526 5.23 555 79 27 486 5.26 513 80 23 491 4.47 514 81 21 472 4.26 493 82 32 442 6.75 474 83 28 463 5.70 491 84 25 490 4.85 515 85 27 458 5.57 485 86 24 417 5.44 441 87 28 440 5.98 468 88 24 417 5.44 441 89 21 435 4.61 456 90 26 440 5.58 466 91 26 407 6.00 433 92 18 448 3.86 466 93 26 381 6.39 407 94 33 399 7.64 432 95 28 437 6.02 465 96 22 393 5.30 415 97 18 405 4.26 423 98 20 361 5.25 381 99 20 268 6.94 288 100 15 233 6.05 248 101 14 389 3.47 403 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 90 107 45.69 197 2 68 75 47.55 143 3 71 85 45.51 156 4 50 104 32.47 154 5 21 129 14.00 150 6 17 71 19.32 88 7 10 82 10.87 92 8 18 87 17.14 105 9 13 76 14.61 89 10 15 48 23.81 63 11 21 88 19.27 109 12 21 65 24.42 86 13 12 64 15.79 76 14 17 59 22.37 76 15 19 56 25.33 75 16 11 40 21.57 51 17 21 67 23.86 88 18 17 52 24.64 69 19 15 49 23.44 64 20 24 54 30.77 78 21 21 48 30.43 69 22 16 45 26.23 61 23 16 40 28.57 56 24 10 51 16.39 61 25 21 39 35.00 60 26 12 52 18.75 64 27 21 44 32.31 65 28 12 39 23.53 51 29 16 45 26.23 61 30 16 50 24.24 66 31 15 54 21.74 69 32 10 42 19.23 52 33 12 42 22.22 54 34 11 54 16.92 65 35 13 39 25.00 52 36 11 39 22.00 50 37 8 42 16.00 50 38 15 49 23.44 64 39 16 42 27.59 58 40 9 44 16.98 53 41 17 39 30.36 56 42 16 50 24.24 66 43 20 40 33.33 60 44 15 44 25.42 59 45 15 42 26.32 57 46 10 27 27.03 37 47 13 31 29.55 44 48 9 44 16.98 53 49 9 59 13.24 68 50 13 44 22.81 57 51 9 29 23.68 38 52 9 31 22.50 40 53 17 51 25.00 68 54 8 31 20.51 39 55 15 39 27.78 54 56 11 26 29.73 37 57 15 25 37.50 40 58 12 29 29.27 41 59 8 28 22.22 36 60 4 46 8.00 50 61 8 23 25.81 31 62 7 33 17.50 40 63 6 25 19.35 31 64 9 27 25.00 36 65 14 16 46.67 30 66 8 23 25.81 31 67 3 39 7.14 42 68 16 26 38.10 42 69 9 22 29.03 31 70 9 24 27.27 33 71 9 23 28.12 32 72 7 23 23.33 30 73 10 18 35.71 28 74 5 24 17.24 29 75 7 27 20.59 34 76 6 21 22.22 27 77 8 31 20.51 39 78 5 22 18.52 27 79 6 24 20.00 30 80 3 14 17.65 17 81 6 15 28.57 21 82 6 19 24.00 25 83 6 21 22.22 27 84 8 15 34.78 23 85 11 31 26.19 42 86 10 13 43.48 23 87 4 22 15.38 26 88 10 14 41.67 24 89 11 25 30.56 36 90 6 20 23.08 26 91 5 11 31.25 16 92 4 27 12.90 31 93 7 20 25.93 27 94 11 13 45.83 24 95 7 17 29.17 24 96 7 9 43.75 16 97 11 13 45.83 24 98 2 20 9.09 22 99 3 0 100.00 3 CHG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 29 104 21.80 133 2 29 105 21.64 134 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