CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 89 152 36.93 241 2 74 176 29.60 250 3 80 151 34.63 231 4 91 133 40.62 224 5 66 115 36.46 181 6 71 76 48.30 147 7 85 96 46.96 181 8 34 99 25.56 133 9 33 105 23.91 138 10 25 100 20.00 125 11 39 99 28.26 138 12 41 95 30.15 136 13 39 96 28.89 135 14 32 108 22.86 140 15 36 96 27.27 132 16 37 101 26.81 138 17 31 112 21.68 143 18 37 124 22.98 161 19 24 97 19.83 121 20 24 100 19.35 124 21 26 110 19.12 136 22 20 79 20.20 99 23 30 104 22.39 134 24 22 100 18.03 122 25 34 90 27.42 124 26 23 113 16.91 136 27 27 117 18.75 144 28 31 96 24.41 127 29 33 108 23.40 141 30 27 112 19.42 139 31 32 115 21.77 147 32 26 99 20.80 125 33 22 98 18.33 120 34 26 114 18.57 140 35 22 113 16.30 135 36 27 126 17.65 153 37 26 94 21.67 120 38 21 104 16.80 125 39 21 96 17.95 117 40 22 98 18.33 120 41 17 92 15.60 109 42 33 100 24.81 133 43 34 119 22.22 153 44 25 122 17.01 147 45 21 112 15.79 133 46 21 102 17.07 123 47 28 113 19.86 141 48 32 99 24.43 131 49 28 110 20.29 138 50 16 101 13.68 117 51 26 100 20.63 126 52 31 104 22.96 135 53 24 112 17.65 136 54 23 96 19.33 119 55 22 84 20.75 106 56 21 100 17.36 121 57 24 112 17.65 136 58 23 101 18.55 124 59 31 95 24.60 126 60 19 110 14.73 129 61 31 76 28.97 107 62 18 104 14.75 122 63 24 111 17.78 135 64 27 98 21.60 125 65 20 92 17.86 112 66 26 101 20.47 127 67 25 89 21.93 114 68 22 88 20.00 110 69 23 88 20.72 111 70 30 105 22.22 135 71 22 76 22.45 98 72 21 90 18.92 111 73 22 74 22.92 96 74 19 85 18.27 104 75 22 101 17.89 123 76 31 90 25.62 121 77 15 92 14.02 107 78 25 84 22.94 109 79 27 90 23.08 117 80 28 91 23.53 119 81 19 83 18.63 102 82 22 91 19.47 113 83 22 85 20.56 107 84 21 73 22.34 94 85 17 77 18.09 94 86 24 93 20.51 117 87 20 71 21.98 91 88 17 74 18.68 91 89 14 73 16.09 87 90 13 78 14.29 91 91 29 73 28.43 102 92 20 71 21.98 91 93 19 62 23.46 81 94 22 78 22.00 100 95 16 85 15.84 101 96 26 91 22.22 117 97 25 79 24.04 104 98 21 82 20.39 103 99 14 48 22.58 62 100 23 65 26.14 88 101 14 63 18.18 77 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 134 206 39.41 340 2 79 172 31.47 251 3 35 181 16.20 216 4 16 156 9.30 172 5 14 154 8.33 168 6 17 151 10.12 168 7 11 202 5.16 213 8 1 205 0.49 206 9 1 202 0.49 203 10 6 194 3.00 200 11 3 182 1.62 185 12 5 231 2.12 236 13 6 167 3.47 173 14 7 171 3.93 178 15 2 191 1.04 193 16 2 225 0.88 227 17 0 195 0.00 195 18 4 162 2.41 166 19 3 195 1.52 198 20 1 193 0.52 194 21 5 198 2.46 203 22 1 188 0.53 189 23 5 192 2.54 197 24 2 169 1.17 171 25 2 206 0.96 208 26 3 173 1.70 176 27 7 194 3.48 201 28 0 188 0.00 188 29 3 203 1.46 206 30 3 209 1.42 212 31 2 198 1.00 200 32 0 176 0.00 176 33 1 203 0.49 204 34 5 217 2.25 222 35 0 183 0.00 183 36 0 172 0.00 172 37 3 178 1.66 181 38 1 191 0.52 192 39 3 224 1.32 227 40 5 186 2.62 191 41 5 198 2.46 203 42 5 208 2.35 213 43 1 174 0.57 175 44 1 169 0.59 170 45 2 182 1.09 184 46 2 171 1.16 173 47 3 224 1.32 227 48 1 194 0.51 195 49 2 185 1.07 187 50 1 201 0.50 202 51 1 189 0.53 190 52 5 196 2.49 201 53 2 203 0.98 205 54 2 208 0.95 210 55 3 177 1.67 180 56 1 171 0.58 172 57 3 198 1.49 201 58 3 205 1.44 208 59 3 201 1.47 204 60 2 176 1.12 178 61 3 200 1.48 203 62 2 201 0.99 203 63 2 205 0.97 207 64 6 201 2.90 207 65 2 193 1.03 195 66 3 166 1.78 169 67 4 189 2.07 193 68 4 202 1.94 206 69 3 201 1.47 204 70 2 185 1.07 187 71 2 190 1.04 192 72 5 154 3.14 159 73 2 172 1.15 174 74 4 168 2.33 172 75 2 176 1.12 178 76 2 163 1.21 165 77 3 161 1.83 164 78 2 156 1.27 158 79 3 178 1.66 181 80 2 160 1.23 162 81 5 146 3.31 151 82 3 148 1.99 151 83 2 164 1.20 166 84 3 159 1.85 162 85 2 154 1.28 156 86 3 163 1.81 166 87 2 153 1.29 155 88 1 151 0.66 152 89 1 172 0.58 173 90 4 168 2.33 172 91 2 132 1.49 134 92 2 134 1.47 136 93 0 143 0.00 143 94 2 138 1.43 140 95 3 139 2.11 142 96 2 130 1.52 132 97 2 124 1.59 126 98 3 114 2.56 117 99 2 82 2.38 84 100 1 82 1.20 83 101 3 124 2.36 127 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 156 259 37.59 415 2 129 265 32.74 394 3 104 291 26.33 395 4 88 349 20.14 437 5 87 392 18.16 479 6 89 422 17.42 511 7 75 588 11.31 663 8 59 615 8.75 674 9 52 564 8.44 616 10 65 502 11.46 567 11 63 510 10.99 573 12 65 541 10.73 606 13 63 524 10.73 587 14 56 575 8.87 631 15 55 581 8.65 636 16 56 528 9.59 584 17 54 586 8.44 640 18 64 591 9.77 655 19 59 589 9.10 648 20 69 604 10.25 673 21 58 564 9.32 622 22 64 574 10.03 638 23 51 665 7.12 716 24 61 634 8.78 695 25 65 619 9.50 684 26 57 649 8.07 706 27 58 626 8.48 684 28 55 655 7.75 710 29 69 659 9.48 728 30 58 609 8.70 667 31 61 614 9.04 675 32 68 608 10.06 676 33 58 636 8.36 694 34 54 584 8.46 638 35 77 628 10.92 705 36 56 654 7.89 710 37 50 668 6.96 718 38 54 664 7.52 718 39 51 631 7.48 682 40 49 607 7.47 656 41 65 621 9.48 686 42 40 678 5.57 718 43 40 623 6.03 663 44 58 603 8.77 661 45 43 609 6.60 652 46 51 643 7.35 694 47 54 621 8.00 675 48 36 640 5.33 676 49 33 607 5.16 640 50 43 630 6.39 673 51 49 556 8.10 605 52 41 583 6.57 624 53 52 602 7.95 654 54 49 599 7.56 648 55 38 575 6.20 613 56 38 588 6.07 626 57 40 633 5.94 673 58 46 628 6.82 674 59 38 621 5.77 659 60 28 587 4.55 615 61 29 549 5.02 578 62 40 559 6.68 599 63 30 552 5.15 582 64 28 545 4.89 573 65 33 548 5.68 581 66 38 559 6.37 597 67 36 580 5.84 616 68 41 596 6.44 637 69 35 548 6.00 583 70 36 541 6.24 577 71 37 557 6.23 594 72 38 501 7.05 539 73 41 563 6.79 604 74 37 521 6.63 558 75 30 585 4.88 615 76 32 488 6.15 520 77 33 531 5.85 564 78 34 522 6.12 556 79 32 527 5.72 559 80 34 497 6.40 531 81 32 485 6.19 517 82 31 486 6.00 517 83 32 436 6.84 468 84 28 493 5.37 521 85 18 432 4.00 450 86 26 474 5.20 500 87 27 456 5.59 483 88 33 458 6.72 491 89 29 441 6.17 470 90 26 438 5.60 464 91 29 473 5.78 502 92 22 457 4.59 479 93 29 407 6.65 436 94 22 442 4.74 464 95 25 418 5.64 443 96 18 408 4.23 426 97 25 396 5.94 421 98 13 419 3.01 432 99 13 282 4.41 295 100 21 228 8.43 249 101 17 384 4.24 401 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 56 88 38.89 144 2 54 74 42.19 128 3 66 97 40.49 163 4 53 104 33.76 157 5 33 133 19.88 166 6 15 66 18.52 81 7 11 67 14.10 78 8 11 79 12.22 90 9 14 56 20.00 70 10 19 59 24.36 78 11 9 62 12.68 71 12 16 64 20.00 80 13 9 70 11.39 79 14 8 60 11.76 68 15 19 59 24.36 78 16 12 64 15.79 76 17 20 70 22.22 90 18 7 47 12.96 54 19 12 61 16.44 73 20 13 67 16.25 80 21 11 53 17.19 64 22 14 48 22.58 62 23 17 58 22.67 75 24 14 69 16.87 83 25 12 53 18.46 65 26 14 53 20.90 67 27 8 53 13.11 61 28 15 33 31.25 48 29 8 62 11.43 70 30 12 47 20.34 59 31 14 56 20.00 70 32 14 46 23.33 60 33 13 35 27.08 48 34 9 54 14.29 63 35 20 54 27.03 74 36 5 53 8.62 58 37 11 45 19.64 56 38 8 41 16.33 49 39 12 33 26.67 45 40 13 57 18.57 70 41 7 50 12.28 57 42 10 55 15.38 65 43 8 37 17.78 45 44 11 42 20.75 53 45 16 51 23.88 67 46 10 43 18.87 53 47 6 49 10.91 55 48 19 30 38.78 49 49 8 52 13.33 60 50 9 35 20.45 44 51 9 28 24.32 37 52 9 50 15.25 59 53 13 46 22.03 59 54 9 39 18.75 48 55 9 42 17.65 51 56 8 43 15.69 51 57 16 45 26.23 61 58 12 24 33.33 36 59 10 36 21.74 46 60 13 45 22.41 58 61 7 37 15.91 44 62 7 23 23.33 30 63 6 33 15.38 39 64 5 34 12.82 39 65 6 32 15.79 38 66 10 39 20.41 49 67 6 38 13.64 44 68 5 33 13.16 38 69 12 37 24.49 49 70 6 33 15.38 39 71 5 22 18.52 27 72 6 19 24.00 25 73 4 16 20.00 20 74 14 25 35.90 39 75 9 34 20.93 43 76 6 23 20.69 29 77 4 25 13.79 29 78 10 37 21.28 47 79 4 10 28.57 14 80 5 23 17.86 28 81 4 23 14.81 27 82 10 29 25.64 39 83 6 19 24.00 25 84 9 22 29.03 31 85 8 26 23.53 34 86 5 24 17.24 29 87 7 23 23.33 30 88 4 26 13.33 30 89 2 27 6.90 29 90 3 23 11.54 26 91 3 26 10.34 29 92 6 35 14.63 41 93 6 16 27.27 22 94 6 21 22.22 27 95 4 22 15.38 26 96 4 14 22.22 18 97 7 18 28.00 25 98 8 23 25.81 31 99 4 0 100.00 4 CHG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 21 114 15.56 135 2 22 115 16.06 137 3 21 112 15.79 133 4 28 115 19.58 143 5 2 209 0.95 211 6 1 274 0.36 275 7 2 157 1.26 159 8 1 160 0.62 161 9 5 144 3.36 149 10 2 138 1.43 140 11 2 156 1.27 158 12 5 140 3.45 145 13 2 134 1.47 136 14 2 149 1.32 151 15 1 132 0.75 133 16 0 120 0.00 120 17 2 119 1.65 121 18 2 105 1.87 107 19 1 110 0.90 111 20 0 117 0.00 117 21 2 97 2.02 99 22 1 105 0.94 106 23 5 105 4.55 110 24 3 118 2.48 121 25 3 102 2.86 105 26 1 97 1.02 98 27 1 95 1.04 96 28 1 95 1.04 96 29 2 110 1.79 112 30 1 83 1.19 84 31 4 97 3.96 101 32 2 106 1.85 108 33 2 101 1.94 103 34 0 83 0.00 83 35 2 80 2.44 82 36 5 100 4.76 105 37 0 108 0.00 108 38 2 92 2.13 94 39 2 98 2.00 100 40 1 90 1.10 91 41 1 70 1.41 71 42 2 69 2.82 71 43 1 87 1.14 88 44 0 89 0.00 89 45 1 65 1.52 66 46 1 82 1.20 83 47 1 77 1.28 78 48 2 72 2.70 74 49 4 79 4.82 83 50 1 80 1.23 81 51 2 74 2.63 76 52 1 64 1.54 65 53 3 61 4.69 64 54 1 64 1.54 65 55 2 65 2.99 67 56 0 75 0.00 75 57 2 66 2.94 68 58 0 69 0.00 69 59 0 72 0.00 72 60 0 65 0.00 65 61 0 58 0.00 58 62 1 64 1.54 65 63 0 74 0.00 74 64 3 57 5.00 60 65 1 48 2.04 49 66 0 59 0.00 59 67 0 57 0.00 57 68 1 58 1.69 59 69 0 60 0.00 60 70 3 66 4.35 69 71 1 54 1.82 55 72 2 44 4.35 46 73 0 51 0.00 51 74 0 59 0.00 59 75 0 54 0.00 54 76 3 70 4.11 73 77 0 52 0.00 52 78 0 51 0.00 51 79 1 52 1.89 53 80 1 48 2.04 49 81 1 57 1.72 58 82 0 63 0.00 63 83 0 48 0.00 48 84 0 38 0.00 38 85 0 52 0.00 52 86 0 56 0.00 56 87 1 44 2.22 45 88 0 37 0.00 37 89 0 63 0.00 63 90 2 48 4.00 50 91 0 44 0.00 44 92 1 55 1.79 56 93 0 46 0.00 46 94 0 24 0.00 24 95 0 42 0.00 42 96 0 50 0.00 50 97 1 27 3.57 28 98 0 28 0.00 28 99 2 2 50.00 4 CHH context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 82 171 32.41 253 2 84 145 36.68 229 3 66 116 36.26 182 4 72 127 36.18 199 5 39 233 14.34 272 6 38 412 8.44 450 7 32 495 6.07 527 8 38 445 7.87 483 9 34 440 7.17 474 10 32 425 7.00 457 11 35 385 8.33 420 12 44 380 10.38 424 13 34 422 7.46 456 14 28 416 6.31 444 15 36 403 8.20 439 16 37 382 8.83 419 17 26 404 6.05 430 18 39 392 9.05 431 19 37 362 9.27 399 20 30 416 6.73 446 21 45 393 10.27 438 22 32 388 7.62 420 23 35 337 9.41 372 24 41 330 11.05 371 25 32 350 8.38 382 26 28 378 6.90 406 27 45 370 10.84 415 28 31 365 7.83 396 29 24 329 6.80 353 30 32 313 9.28 345 31 25 332 7.00 357 32 30 315 8.70 345 33 20 313 6.01 333 34 17 327 4.94 344 35 20 320 5.88 340 36 26 349 6.93 375 37 20 289 6.47 309 38 32 316 9.20 348 39 26 282 8.44 308 40 21 315 6.25 336 41 16 284 5.33 300 42 26 288 8.28 314 43 15 291 4.90 306 44 17 282 5.69 299 45 21 273 7.14 294 46 21 247 7.84 268 47 12 262 4.38 274 48 17 258 6.18 275 49 15 242 5.84 257 50 13 244 5.06 257 51 17 229 6.91 246 52 13 202 6.05 215 53 12 244 4.69 256 54 16 209 7.11 225 55 13 203 6.02 216 56 14 224 5.88 238 57 11 257 4.10 268 58 11 231 4.55 242 59 6 200 2.91 206 60 11 215 4.87 226 61 11 188 5.53 199 62 7 214 3.17 221 63 12 196 5.77 208 64 11 171 6.04 182 65 5 201 2.43 206 66 11 209 5.00 220 67 13 196 6.22 209 68 5 208 2.35 213 69 14 177 7.33 191 70 8 199 3.86 207 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