CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 66 135 32.84 201 2 70 146 32.41 216 3 61 144 29.76 205 4 73 94 43.71 167 5 80 90 47.06 170 6 76 74 50.67 150 7 75 83 47.47 158 8 28 108 20.59 136 9 26 104 20.00 130 10 27 88 23.48 115 11 25 117 17.61 142 12 33 98 25.19 131 13 40 87 31.50 127 14 29 104 21.80 133 15 39 107 26.71 146 16 29 83 25.89 112 17 24 86 21.82 110 18 27 85 24.11 112 19 28 111 20.14 139 20 22 99 18.18 121 21 30 90 25.00 120 22 22 99 18.18 121 23 32 88 26.67 120 24 28 104 21.21 132 25 19 86 18.10 105 26 25 89 21.93 114 27 28 94 22.95 122 28 30 96 23.81 126 29 19 94 16.81 113 30 26 106 19.70 132 31 28 97 22.40 125 32 23 106 17.83 129 33 22 107 17.05 129 34 26 92 22.03 118 35 33 93 26.19 126 36 29 98 22.83 127 37 17 92 15.60 109 38 19 94 16.81 113 39 25 83 23.15 108 40 34 90 27.42 124 41 30 87 25.64 117 42 27 95 22.13 122 43 27 101 21.09 128 44 19 93 16.96 112 45 28 89 23.93 117 46 28 87 24.35 115 47 25 99 20.16 124 48 21 71 22.83 92 49 16 103 13.45 119 50 26 95 21.49 121 51 23 89 20.54 112 52 32 104 23.53 136 53 22 88 20.00 110 54 20 119 14.39 139 55 25 89 21.93 114 56 21 75 21.88 96 57 29 92 23.97 121 58 21 94 18.26 115 59 19 75 20.21 94 60 26 91 22.22 117 61 20 86 18.87 106 62 30 88 25.42 118 63 20 85 19.05 105 64 23 81 22.12 104 65 19 75 20.21 94 66 30 70 30.00 100 67 17 79 17.71 96 68 21 89 19.09 110 69 16 82 16.33 98 70 17 80 17.53 97 71 25 89 21.93 114 72 30 90 25.00 120 73 23 74 23.71 97 74 17 79 17.71 96 75 23 79 22.55 102 76 16 70 18.60 86 77 22 79 21.78 101 78 23 85 21.30 108 79 16 91 14.95 107 80 28 77 26.67 105 81 22 70 23.91 92 82 21 73 22.34 94 83 30 74 28.85 104 84 20 69 22.47 89 85 20 66 23.26 86 86 16 78 17.02 94 87 15 81 15.62 96 88 18 65 21.69 83 89 18 77 18.95 95 90 14 75 15.73 89 91 16 68 19.05 84 92 14 50 21.88 64 93 20 57 25.97 77 94 14 64 17.95 78 95 8 74 9.76 82 96 17 55 23.61 72 97 19 71 21.11 90 98 14 51 21.54 65 99 9 44 16.98 53 100 7 50 12.28 57 101 13 51 20.31 64 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 98 168 36.84 266 2 80 149 34.93 229 3 41 156 20.81 197 4 26 166 13.54 192 5 12 142 7.79 154 6 5 110 4.35 115 7 11 188 5.53 199 8 5 181 2.69 186 9 10 188 5.05 198 10 4 165 2.37 169 11 7 146 4.58 153 12 2 151 1.31 153 13 5 166 2.92 171 14 5 158 3.07 163 15 4 142 2.74 146 16 5 163 2.98 168 17 4 151 2.58 155 18 4 168 2.33 172 19 2 185 1.07 187 20 3 195 1.52 198 21 2 157 1.26 159 22 4 171 2.29 175 23 2 172 1.15 174 24 4 194 2.02 198 25 3 150 1.96 153 26 2 187 1.06 189 27 5 150 3.23 155 28 2 201 0.99 203 29 3 197 1.50 200 30 4 161 2.42 165 31 2 152 1.30 154 32 5 189 2.58 194 33 4 171 2.29 175 34 4 177 2.21 181 35 5 177 2.75 182 36 4 179 2.19 183 37 2 150 1.32 152 38 4 171 2.29 175 39 3 169 1.74 172 40 5 156 3.11 161 41 7 166 4.05 173 42 5 158 3.07 163 43 0 168 0.00 168 44 3 182 1.62 185 45 10 168 5.62 178 46 2 182 1.09 184 47 5 163 2.98 168 48 4 182 2.15 186 49 4 175 2.23 179 50 3 161 1.83 164 51 0 167 0.00 167 52 3 179 1.65 182 53 4 178 2.20 182 54 4 149 2.61 153 55 3 175 1.69 178 56 3 161 1.83 164 57 3 173 1.70 176 58 5 173 2.81 178 59 3 160 1.84 163 60 5 159 3.05 164 61 4 173 2.26 177 62 3 150 1.96 153 63 2 156 1.27 158 64 3 177 1.67 180 65 5 191 2.55 196 66 3 155 1.90 158 67 2 146 1.35 148 68 6 148 3.90 154 69 4 134 2.90 138 70 2 164 1.20 166 71 2 141 1.40 143 72 3 151 1.95 154 73 1 144 0.69 145 74 6 147 3.92 153 75 1 160 0.62 161 76 1 173 0.57 174 77 2 148 1.33 150 78 4 143 2.72 147 79 2 126 1.56 128 80 2 148 1.33 150 81 3 133 2.21 136 82 1 136 0.73 137 83 3 138 2.13 141 84 5 127 3.79 132 85 4 135 2.88 139 86 3 112 2.61 115 87 3 130 2.26 133 88 1 116 0.85 117 89 0 115 0.00 115 90 3 122 2.40 125 91 3 124 2.36 127 92 0 130 0.00 130 93 1 151 0.66 152 94 6 108 5.26 114 95 2 108 1.82 110 96 4 104 3.70 108 97 1 94 1.05 95 98 0 107 0.00 107 99 1 67 1.47 68 100 1 64 1.54 65 101 3 103 2.83 106 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 171 286 37.42 457 2 159 246 39.26 405 3 145 276 34.44 421 4 159 302 34.49 461 5 136 370 26.88 506 6 131 426 23.52 557 7 97 498 16.30 595 8 107 592 15.31 699 9 78 517 13.11 595 10 89 515 14.74 604 11 92 491 15.78 583 12 82 465 14.99 547 13 89 471 15.89 560 14 90 558 13.89 648 15 86 501 14.65 587 16 104 502 17.16 606 17 92 527 14.86 619 18 100 555 15.27 655 19 99 602 14.12 701 20 110 583 15.87 693 21 112 579 16.21 691 22 95 533 15.13 628 23 101 563 15.21 664 24 90 560 13.85 650 25 96 564 14.55 660 26 88 599 12.81 687 27 83 553 13.05 636 28 86 590 12.72 676 29 94 564 14.29 658 30 65 587 9.97 652 31 76 551 12.12 627 32 83 578 12.56 661 33 80 548 12.74 628 34 85 532 13.78 617 35 78 559 12.24 637 36 60 589 9.24 649 37 78 579 11.87 657 38 67 621 9.74 688 39 60 581 9.36 641 40 61 539 10.17 600 41 86 531 13.94 617 42 58 547 9.59 605 43 55 541 9.23 596 44 63 529 10.64 592 45 55 554 9.03 609 46 63 523 10.75 586 47 56 535 9.48 591 48 57 514 9.98 571 49 46 516 8.19 562 50 57 492 10.38 549 51 40 498 7.43 538 52 39 483 7.47 522 53 46 488 8.61 534 54 37 492 6.99 529 55 56 481 10.43 537 56 47 546 7.93 593 57 36 527 6.39 563 58 51 495 9.34 546 59 45 530 7.83 575 60 34 504 6.32 538 61 39 467 7.71 506 62 50 470 9.62 520 63 38 446 7.85 484 64 40 480 7.69 520 65 40 453 8.11 493 66 41 430 8.70 471 67 41 424 8.82 465 68 41 439 8.54 480 69 33 449 6.85 482 70 39 466 7.72 505 71 38 407 8.54 445 72 37 420 8.10 457 73 38 430 8.12 468 74 37 442 7.72 479 75 30 402 6.94 432 76 40 415 8.79 455 77 37 391 8.64 428 78 33 378 8.03 411 79 33 401 7.60 434 80 35 410 7.87 445 81 28 341 7.59 369 82 33 380 7.99 413 83 36 374 8.78 410 84 39 359 9.80 398 85 32 365 8.06 397 86 29 382 7.06 411 87 32 349 8.40 381 88 30 344 8.02 374 89 28 356 7.29 384 90 32 352 8.33 384 91 36 298 10.78 334 92 27 319 7.80 346 93 24 317 7.04 341 94 25 305 7.58 330 95 32 312 9.30 344 96 23 300 7.12 323 97 26 307 7.81 333 98 26 288 8.28 314 99 16 205 7.24 221 100 28 183 13.27 211 101 23 270 7.85 293 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 51 76 40.16 127 2 63 87 42.00 150 3 52 68 43.33 120 4 54 85 38.85 139 5 23 96 19.33 119 6 9 50 15.25 59 7 18 82 18.00 100 8 11 71 13.41 82 9 13 68 16.05 81 10 15 47 24.19 62 11 10 62 13.89 72 12 13 63 17.11 76 13 11 49 18.33 60 14 17 63 21.25 80 15 17 51 25.00 68 16 8 38 17.39 46 17 13 53 19.70 66 18 15 40 27.27 55 19 15 49 23.44 64 20 9 60 13.04 69 21 6 52 10.34 58 22 14 43 24.56 57 23 15 46 24.59 61 24 12 54 18.18 66 25 16 65 19.75 81 26 9 44 16.98 53 27 10 48 17.24 58 28 12 38 24.00 50 29 17 41 29.31 58 30 8 48 14.29 56 31 17 46 26.98 63 32 8 36 18.18 44 33 14 43 24.56 57 34 12 40 23.08 52 35 10 66 13.16 76 36 14 41 25.45 55 37 10 31 24.39 41 38 11 51 17.74 62 39 11 31 26.19 42 40 11 27 28.95 38 41 13 31 29.55 44 42 10 35 22.22 45 43 10 33 23.26 43 44 2 33 5.71 35 45 10 34 22.73 44 46 8 31 20.51 39 47 10 34 22.73 44 48 15 27 35.71 42 49 13 41 24.07 54 50 5 36 12.20 41 51 4 38 9.52 42 52 8 26 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173 6 3 202 1.46 205 7 1 102 0.97 103 8 5 126 3.82 131 9 2 116 1.69 118 10 4 116 3.33 120 11 1 128 0.78 129 12 2 121 1.63 123 13 2 96 2.04 98 14 4 104 3.70 108 15 4 101 3.81 105 16 2 105 1.87 107 17 1 89 1.11 90 18 0 89 0.00 89 19 5 89 5.32 94 20 5 78 6.02 83 21 0 94 0.00 94 22 3 92 3.16 95 23 6 95 5.94 101 24 2 87 2.25 89 25 7 99 6.60 106 26 7 95 6.86 102 27 7 68 9.33 75 28 4 74 5.13 78 29 5 98 4.85 103 30 2 65 2.99 67 31 5 73 6.41 78 32 6 71 7.79 77 33 4 95 4.04 99 34 6 75 7.41 81 35 2 73 2.67 75 36 2 82 2.38 84 37 3 91 3.19 94 38 4 67 5.63 71 39 4 91 4.21 95 40 4 71 5.33 75 41 6 63 8.70 69 42 2 66 2.94 68 43 1 65 1.52 66 44 3 68 4.23 71 45 0 54 0.00 54 46 4 47 7.84 51 47 0 42 0.00 42 48 2 62 3.12 64 49 2 54 3.57 56 50 3 43 6.52 46 51 1 50 1.96 51 52 0 53 0.00 53 53 3 54 5.26 57 54 1 53 1.85 54 55 0 60 0.00 60 56 1 37 2.63 38 57 2 45 4.26 47 58 2 71 2.74 73 59 1 45 2.17 46 60 2 57 3.39 59 61 3 50 5.66 53 62 1 40 2.44 41 63 1 47 2.08 48 64 0 29 0.00 29 65 0 50 0.00 50 66 0 38 0.00 38 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67 392 14.60 459 21 63 330 16.03 393 22 62 307 16.80 369 23 68 313 17.85 381 24 71 289 19.72 360 25 67 296 18.46 363 26 70 286 19.66 356 27 53 311 14.56 364 28 47 323 12.70 370 29 58 284 16.96 342 30 45 307 12.78 352 31 47 289 13.99 336 32 57 261 17.92 318 33 55 229 19.37 284 34 34 226 13.08 260 35 34 241 12.36 275 36 37 245 13.12 282 37 17 247 6.44 264 38 35 257 11.99 292 39 35 224 13.51 259 40 35 221 13.67 256 41 30 239 11.15 269 42 29 239 10.82 268 43 22 233 8.63 255 44 32 217 12.85 249 45 15 235 6.00 250 46 21 195 9.72 216 47 24 195 10.96 219 48 25 191 11.57 216 49 14 174 7.45 188 50 19 169 10.11 188 51 14 173 7.49 187 52 13 165 7.30 178 53 18 163 9.94 181 54 15 150 9.09 165 55 15 161 8.52 176 56 10 163 5.78 173 57 12 145 7.64 157 58 9 136 6.21 145 59 17 133 11.33 150 60 13 136 8.72 149 61 7 124 5.34 131 62 13 141 8.44 154 63 11 145 7.05 156 64 9 134 6.29 143 65 14 129 9.79 143 66 7 141 4.73 148 67 8 145 5.23 153 68 6 160 3.61 166 69 11 133 7.64 144 70 5 128 3.76 133 71 9 126 6.67 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